4U8WA

Hiv-1 wild type protease with grl-050-10a (a gem-difluoro-bis-tetrahydrofuran as p2-ligand)
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Design of gem-Difluoro-bis-Tetrahydrofuran as P2 Ligand for HIV-1 Protease Inhibitors to Improve Brain Penetration: Synthesis, X-ray Studies, and Biological Evaluation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 bh10
molecule keywords HIV-1 Protease
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-08-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4u8wA00
1LS5A 3R0WA 4A4QA 4B70A 4JPEA 2QMDA 3Q5HA 1K2CA 2VJ7A 4YE3A 1WKRA 5P5HA 4CPXA 1BAIA 1VIJA 3VFAA 1B11A 5C9DA 3INDA 3H5BA 3URLA 5P7GA 1K1UA 2R43A 2MIPA 4XKXA 5DR4A 3EM6A 3VYFA 5P48A 5IVRA 2AVMA 4HA5A 2BKTA 1ZJ7A 3EMYA 4MC2A 3VEUA 3QBHA 1IDAA 2QU2A 4Y3MA 5HE4A 5P2XA 1CPIA 4OBZB 3VF5A 1UPJA 1ZTZA 5AH7A 2FNTA 1BDRA 2V16C 4GB2A 2HB3A 3QAAA 5P1FA 4Y44A 1D4YA 3PWMA 4OBGA 5P37A 3G6ZA 1BXQA 5BWYA 5P66A 3LIZA 4FSLA 1RPIA 2QZLA 3KFRA 1FMUA 4OBJA 1A9MA 1APWE 3G72A 5P1HA 5P6KA 5P1SA 3O9AA 4Y3WA 5P7FA 2FGVA 4PZWA 2ZYEA 5P5PA 3FKTA 3SA4A 4I0IA 1MTBA 4LC7A 3INEA 3OU3A 5P2IA 3TPLA 3HLOA 5P4BA 5P70A 5P8OA 4DJOA 3ECGA 4TVHA 5HTZA 5HDXA 4YD4A 1MT9A 5P0JA 4Y5PA 5P87A 4YA8A 3T7QA 2QHZA 1MPPA 5P1XA 1FGCC 5P1TA 5P6ZA 3Q6YA 4Y3HA 5P3OA 1YM4A 5P47A 5P8MA 5P8SA 2G1SA 4FCOA 4FSEA 3VLAA 3IXJA 5P6WA 5P04A 4ZSRA 5P76A 2VNNA 4FRIA 4JPCA 4Y5EA 5P88A 4Y3AA 1FF0C 4L7JA 2O4KA 1BV9A 1YTHA 5P4PA 5KQZA 2VIJA 4MC9A 3SA3A 2O4SA 4B77A 2AOEA 4Y37A 2G26A 2OHTA 4D88A 3UDPA 5P7BA 1D4JA 3ZOVA 4EJDA 2G69A 1GVVA 3KDCA 5P3GA 5P8LA 5P68A 3R1GB 5P2VA 3ER3E 3RTNA 2FNSA 5OYXA 5DR8A 3HW1A 1WBKA 5P3AA 4R95A 5P2GA 1DAZC 5P4CA 4I0HA 5P5ZA 2PYNA 2NTRA 3S85A 2QMGA 5OZ2A 1PSAA 3TL9A 5P6TA 1APUE 5P00A 2RKGA 3EBZA 4RRNA 4HLAA 3URJA 5IVSA 2V13A 3OHFA 4WTUA 5KR1A 5IS4A 1BV7A 4EXHA 5P5LA 5OZUA 3U71A 1GVUA 2IGXA 1HWRA 3L59A 4Y45A 4AZYA 1IIQA 3UDJA 2NPHA 5P50A 2AVQA 4Y5BA 4B0QA 3UDRA 4Y36A 5HCOA 4CKUA 5P2MA 3BXRA 3TPJA 4I0EA 3CKTA 2QK5A 5P2TA 1EBYA 1HTRB 3BGCA 3GGUA 1EPOE 1OD1A 2IEOA 2ZHSA 5PEPA 4CPRA 1FQ5A 3SPKA 1AJXA 1EAGA 4Y4ZA 5OZLA 5P3BA 5P7QA 1KJ7A 4B1CA 2UY0A 3NU3A 5P0WA 5P8IA 1D4LA 2FGUA 4LP9A 3O9DA 3D1ZA 4LHHA 3PWRA 5P40A 5JG1A 3RSXA 2WL0A 4Y3ZA 3S43A 3LHGA 2HM1A 4QGIA 2J9JB 5P6EA 3K5DA 3OADA 3D91A 3IAWA 5AH8A 1ZAPA 2I4WA 4OBKA 2VS2A 4J0PA 1FG6C 3EKYA 1OEXA 2VJ6A 2QD7A 3NWQA 5P3MA 4OBDA 3VV8A 3OXXA 5P7EA 2OHNA 4Y3JA 5P39A 4JP9A 1AAQA 5P31A 2QCIA 2WHHA 2QMFA 5KOSA 3K5GA 4ZSMA 4GZFA 2AOFA 1N49A 1YG9A 4ZIPA 2FS4A 3SLZA 3QBFA 3EKXA 1JLDA 5OYWA 1PSOE 5P4UA 3S2OA 1SDTA 3KM4A 1D4SA 5AH9A 1PSNA 2ZJHA 2FMBA 3D20A 3NXNA 2APRA 5KR8A 5P65A 5P7TA 1WBMA 3EL4A 3ZKXA 5CONA 3LPJA 4J0TA 2F3FA 1XE5A 3HBOA 3OUDB 3ZKMA 2BB9A 2IGYA 3KT5A 3PWWA 5OYVA 2OHMA 4NPTA 3O9LA 1QRPE 4HDPA 3OXCA 5P4YA 5P5FA 1QBRA 2WF4A 2F80A 5P3VA 3O9HA 4XXSA 4A6BA 5P85A 5P4FA 1AM5A 5P2YA 2AOGA 3O9BA 1K6CA 3BVBA 5P8EA 4N00A 2AVSA 5P5NA 4RCEA 2BQVA 4LBTA 3VV7A 1SGZA 5COOA 5P4ZA 5HDVA 4ER1E 5P0PA 1XS7D 2JJJA 1FQ8A 5P0QA 1UH7A 5P4WA 1MVPA 4Y51A 5ER1E 4QJ6A 5P0SA 3L58A 3S45A 5DGWA 1ODWA 3IN4A 3KYRA 4LXAA 4Y5AA 5P80A 4RLDA 3SKFA 4Y5KA 5P82A 5P6DA 1HXWA 4DQFA 3JVYA 5P6GA 2ZJLA 1HVJA 1SMRA 3UFNA 5ISJA 3U6AA 5P8HA 5KOQA 5DR7A 4AMTA 1TQFA 5P10A 4ZPEA 4E43A 4DPIA 4J17A 2P4JA 5P44A 4EXGA 3HZCA 2HIZA 5KR0A 5OZKA 4QJAA 3BXSA 2I4VA 2QHYA 5P0MA 3ZKGA 3S7LA 2VIEA 1W5VA 4HEGA 4Y3FA 5KR2A 3GGXA 2ZGAA 2VNMA 3CIDA 4TVGA 4U8WA 2ASIA 4YD6A 3QS1A 5P1AA 1XDHA 2B8VA 2ZHVA 5P69A 2WEAA 2O4LA 4EP2A 3QROA 5P5JA 2VKMA 2I4UA 3S7MA 3EM4A 5P0NA 4RCFA 5IVQA 4CPQA 5P5XA 1EC0A 5P8TA 5P6VA 3WSJA 3PRSA 4H3JA 5EZXA 5HD0A 2HPFA 3LZUA 3PSGA 4R91A 4YBFA 3HVPA 3O9IA 3KFNA 5P59A 3TTPA 2HB2A 5C9BA 1CMSA 5P6MA 3OK9A 4DFGA 5P8JA 4M8YA 3DJKA 1GVTA 1PPKE 1BXOA 5P55A 5P7RA 2PWCA 4K4RA 3PHVA 5P1EA 1W50A 5P6OA 5DPZA 5OZPA 3ZPTA 5OZXA 5B18A 4Y43A 1RV7A 2G1OA 5P4GA 3UFLA 5P2OA 4Y58A 4Y5NA 1LYAB 5DGUA 5P6NA 3JW2A 4GJ6A 4X2LA 5P5GA 4GJDA 5TOLA 2PH6A 3WZ6A 2HPEA 3Q70A 5DR0A 5P49A 1HSGA 4BELA 1YTIA 3UQWA 3OTYA 5P7UA 4DI2A 2G27A 2AZ9A 4QJ7A 4KE0A 4R93A 4K4QA 4DJQA 3OY4A 1FEJC 2QNPA 2FDPA 2IKUA 4YHQA 3OAGA 5P7DA 2QI4A 1YX9A 5P1QA 4CPTA 5DQCA 8HVPA 2A1EA 3OQKA 5DQ1A 4GJAA 4ZPGA 1PPME 1HXBA 4J1FA 4Y3YA 4Z22A 5P79A 3TPRA 5P05A 5DQ4A 2BBBA 2V00A 4D85A 3UQRA 1MT8A 1NH0A 1RL8A 5P7OA 5I3YA 2G22A 1M4HA 4AA9A 1G0VA 5P4XA 1YT9A 2IL2A 3NDXA 2QI0A 2B60A 2O4NA 1FMXA 1SIPA 1EC3A 5ER2E 3K4VC 2PSGA 3S43B 1G6LA 3LZYA 4YOBA 2G1YA 2ER7E 5P0EA 5F01A 3C9XA 1DIFA 3OADB 4QJ2A 4Y56A 5OZZA 5OZDA 5P1GA 5OZEA 5P45A 3UDMA 5I3WA 4ZPFA 5SZ9A 3TOFA 6APRE 2QI7A 4FM7A 4OBHA 5P5YA 5AGZA 4B05A 1HVHA 4HVPA 5P6FA 5IVTA 5P4MA 5P73A 3EL9A 2NNPA 5P33A 3R0YA 4MC1A 3RU1A 5I70A 5HDZA 5P0GA 5P2DA 1BIMA 5P3EA 5P22A 4Y48A 4ER2E 1Z8CA 4Y4TA 2PQZA 1SIVA 1HIVA 3ZPSA 2WJOA 1IDBA 3CICA 3HVGA 3UDQA 2QZWA 4GJCA 3S54A 3F9QA 5KQYA 1HVSA 2P3BA 4ZEAA 5P2ZA 2RMPA 3O9GA 5P5UA 2R5PA 4PPHA 4Y3XA 2OHRA 5P86A 4U7QA 3DV5A 3KT2A 1BDLA 5P7WA 3KA2A 4J55A 4F74A 5P6HA 5BRYA 5C9FA 1AJVA 3O9LB 4FLGA 4APRE 5P0UA 1BBSA 3GI5A 5AHAA 1W5YA 4FRSA 2ZJJA 1T6GA 4ACUA 1MRXA 3D1YA 1C6YA 5OZAA 5P2LA 4D8CA 3QVCA 4NPUA 4F76A 4F75A 3UCBA 4LAPA 4J1CA 2QHCA 5P4SA 1AIDA 4RGHA 3NDTA 4YD7A 5P42A 1J71A 2IENA 3LIVA 4B72A 5P4JA 1EC1A 3ER5E 3OOZA 3KDBA 3L5BA 2G24A 3U7SA 5P7KA 5P1RA 5P72A 2JJIA 4L6BA 1CZIE 4Y57A 3PVKA 1DP5A 2RKFA 4YCTA 1HVRA 3B7VA 3UDHA 5P13A 5P4IA 3ZKSA 1XN2A 1T6EX 1YTJA 3CYWA 3IXOA 1B6JA 5P8NA 2Z4OA 1MESA 5P2HA 3VLBA 1SDVA 4F73A 5OYSA 3CKRA 3INHA 4Y4WA 5P3UA 4Y5MA 2ZE1A 3IA9A 4FE6A 3FSMA 3FNUA 4H1EA 4WY6A 2CENA 3PGIA 2RENA 4BFBA 4NJVA 1BWAA 2G1RA 1APVE 3WZ8A 2BJUA 5P43A 3URIA 3OU1B 4TRZA 5KAOA 3R2FA 3EL5A 4Y4JA 1ZPKA 1NPVA 5P6AA 3QIHA 4Y53A 5OZGA 3FNSA 2PSUA 1FG8C 3D3TA 3PCZA 5AHCA 5P7PA 1GVXA 5P01A 5P27A 1GNOA 5P23A 3NUJA 2PYMA 4Y4BA 4ACXA 1QDMA 1NPWA 2PWRA 1MT7A 3L5CA 5P8RA 2WEDA 3BHEA 3S56A 4YDFA 1HIHA 4YBIA 5P2WA 1SDUA 2PK5A 3T7XA 4DV9A 2BPZA 4JECA 5P8CA 5P14A 2V11C 3QN8A 3OHHA 2NXDA 5P8UA 5OYRA 3H0BA 3I6OA 5P8PA 5P2QA 5P19A 3LNKA 5SXNA 1EPPE 4Y4DA 4EP3A 2A4FA 1MIQA 1EC2A 1HPSA 5P3XA 5P0YA 2FDDA 5P57A 1MUIA 1META 3EL0A 1G35A 5P2BA 2G20A 2QP8A 2PMAA 1EBZA 1K1TA 3PBDA 5KQXA 5P26A 5P77A 3VF7A 5KQFA 5P07A 5P36A 5P0IA 4J1HA 1XN3A 1EPRE 4I0FA 3K1WA 2VIYA 5P4QA 2P3CA 3ZKNA 4MC6A 3G70A 2G94A 2QMPA 4RZ1A 3OUCA 5DR1A 3B80A 1BVEA 3MXDA 2JE4A 3INFA 4QLHA 3FV3A 3GW5A 5P3DA 3APRE 4H3GA 5P7ZA 4J1EA 5P1YA 2BPWA 4FL8A 3M9FA 3CKPA 1HVIA 1BVGA 2Q3KA 3S8IA 1W6HA 3OAGB 3OUBA 3MSKA 5P6CA 2NMYA 4GMIA 1TSQA 4CPUA 5P09A 5OZCA 3SA8A 3TLHA 1AZ5A 4GJ5A 2OHSA 3GI0A 3ZMGA 5OZQA 1UH8A 5OZOA 2XFJA 4S1GA 4K4PA 5P41A 5P2UA 5P75A 1XE6A 4EWOA 4B78A 3O9EA 2OHLA 3LINA 5P6RA 1KZKA 2NXMA 5P81A 5HE7A 5P46A 2FLEA 1K2BA 2BPXA 3SAAA 5P56A 5P4DA 2NR6A 2XFKA 1GNMA 1K6TA 4DJYA 2RSPA 5DR3A 5P5SA 2AVVA 5OYUA 5JFPA 5P5OA 1SH9A 2QI6A 5P4AA 5P4NA 1T7JA 3VCMA 4Y5GA 4FRKA 5P7XA 5P1VA 5P7MA 5E5KA 5P5KA 5P1LA 5P0XA 3PMYA 2NNKA 5P0DA 3S53A 1HIIA 4J0YA 1HEGE 4Y3DA 3KMXA 1PROA 1M43A 4Q1NA 3QRSA 5P8BA 5P1OA 1EPNE 4TRWA 1ZBGA 4XX3A 4Y3PA 5OZ1A 5P0VA 1MSMA 4NJUA 4Y4XA 1W5XA 2WF2A 5P0BA 5P3JA 4QJ9A 4DJVA 4DVFA 3GI6A 4Y4GA 3DM6A 2P3BB 1EEDP 1HPVA 5OYTA 5P1UA 3DV1A 3PMUA 2ANLA 2AIDA 5P7JA 2OF0A 3ZKIA 4I10A 4J1IA 2B7ZA 2G21A 2I4QA 4I0GA 4Y50A 3RVIA 3K4VA 5OZYA 5P7IA 2H6SA 4L7GA 3N3IA 5JFUA 1SMEA 5P58A 4I8WA 1LF3A 3A2OA 4YDGA 1ZPAA 5OYZA 5P7VA 2IDWA 2OHKA 4OBFA 3PM4A 4DUSA 1FQ6A 4COEA 2UXZA 2IS0A 1E81E 5P6QA 1HBVA 1EBKC 3AUPA 2Q11A 3L38A 1FLHA 3PB5A 1DMPA 5P30A 5CLMA 4ZE6A 3HAUA 2CEMA 4B1EA 5P7LA 2IRZA 5P4HA 5P5EA 4J54A 3T3CA 1FIVA 4HZTA 4LXMA 1AXAA 3DUYA 2VA6A 1DPJA 3NU5A 3SKGA 4CPWA 5P1NA 3OGPA 3EXOA 2BPVA 2HAHA 1A30A 2WF3A 2B8LA 5P4RA 4Q1XA 1HTGA 3NR6A 3O9CA 4RVXA 1B5FA 3SM2A 1QBUA 1EPLE 3ZPUA 3OWNA 3TKGA 1A8GA 2J9JA 2VIZA 1B6LA 3IVHA 4HDFA 4NJTA 1LYBA 1NSOA 4YD3A 4CMSA 1HPXA 1HTFA 1A94A 4Y38A 5P28A 5SY3A 5P25A 4Z50A 1XL2A 5P61A 4HE9A 5P0HA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LS5 A;  3R0W A;  4A4Q A;  4B70 A;  4JPE A;  2QMD A;  3Q5H A;  1K2C A;  2VJ7 A;  4YE3 A;  1WKR A;  5P5H A;  4CPX A;  1BAI A;  1VIJ A;  3VFA A;  1B11 A;  5C9D A;  3IND A;  3H5B A;  3URL A;  5P7G A;  1K1U A;  2R43 A;  2MIP A;  4XKX A;  5DR4 A;  3EM6 A;  3VYF A;  5P48 A;  5IVR A;  2AVM A;  4HA5 A;  2BKT A;  1ZJ7 A;  3EMY A;  4MC2 A;  3VEU A;  3QBH A;  1IDA A;  2QU2 A;  4Y3M A;  5HE4 A;  5P2X A;  1CPI A;  4OBZ B;  3VF5 A;  1UPJ A;  1ZTZ A;  5AH7 A;  2FNT A;  1BDR A;  2V16 C;  4GB2 A;  2HB3 A;  3QAA A;  5P1F A;  4Y44 A;  1D4Y A;  3PWM A;  4OBG A;  5P37 A;  3G6Z A;  1BXQ A;  5BWY A;  5P66 A;  3LIZ A;  4FSL A;  1RPI A;  2QZL A;  3KFR A;  1FMU A;  4OBJ A;  1A9M A;  1APW E;  3G72 A;  5P1H A;  5P6K A;  5P1S A;  3O9A A;  4Y3W A;  5P7F A;  2FGV A;  4PZW A;  2ZYE A;  5P5P A;  3FKT A;  3SA4 A;  4I0I A;  1MTB A;  4LC7 A;  3INE A;  3OU3 A;  5P2I A;  3TPL A;  3HLO A;  5P4B A;  5P70 A;  5P8O A;  4DJO A;  3ECG A;  4TVH A;  5HTZ A;  5HDX A;  4YD4 A;  1MT9 A;  5P0J A;  4Y5P A;  5P87 A;  4YA8 A;  3T7Q A;  2QHZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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