4UPJA

Human immunodeficiency virus type 2 protease mutant with lys 57 replaced by leu (k57l) complex with u097410 [4-hydroxy-3-[1-[3-[[[[(tert-butyloxycarbonyl) aminomethyl]carbonyl]amino]phenyl]propyl]coumarin
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTLEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based design of novel HIV protease inhibitors: carboxamide-containing 4-hydroxycoumarins and 4-hydroxy-2-pyrones as potent nonpeptidic inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-2 PROTEASE
molecule tags Hydrolase (acid protease)
source organism Human immunodeficiency virus 2
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4upjA00
1ENTE 5P4DA 2F80A 3FNTA 1D4HA 3ZLQA 5P3UA 3WSJA 4A4QA 3JW2A 5P78A 4Y4AA 1XL5A 3ZL7A 4Y58A 5P0UA 2HS1A 5P39A 5P82A 1AZ5A 1EPLE 2QI5A 2IENA 4TRWA 3OQFA 1EBYA 3Q6YA 3OOZA 3ZKSA 4TRZA 1K6CA 2AIDA 4TRYA 5P1VA 3G72A 4Y45A 2I4QA 3VSXA 5OZBA 4I0EA 4RLDA 3S7MA 1MVPA 5OZPA 5P7ZA 1K6TA 4CPWA 5P0BA 1W51A 3SACA 4DJYA 5P80A 4RZ1A 1PPLE 5P3PA 1HSGA 2FDDA 1FF0C 3UDMA 2VIEA 3S54A 5P8CA 4DQBA 5COPA 2ER9E 3EKQA 1M0BA 2IDWA 2OHUA 1DIFA 2CENA 4EXHA 4J5JA 4JOOA 5P28A 1E81E 4H1EA 3KDCA 5HTZA 5P34A 3HZCA 4LL3A 3LIQA 4CKUA 1AAQA 5P3MA 1J71A 2FDPA 2FDEA 5P36A 4NPTA 5P38A 4DH6A 3OOTA 1Q9PA 2PWCA 3PCWA 5P54A 3OUDA 4FRSA 5OYRA 5P2UA 2R3WA 3O9HA 2JE4A 4LHHA 5P8VA 1EC1A 2IS0A 5JODA 1HVIA 4R92A 2AZBA 2BPVA 4L1AA 1QDMA 5OYUA 3RTNA 3DOXA 5BWYA 2VJ9A 5OZ3A 5P7NA 5IS4A 5SY2A 5EZXA 5P7TA 5P11A 5P7WA 5P2JA 2QZXA 4F76A 1ODYA 4Z4XA 2AZ8A 2AVSA 5F01A 3S45A 5C9FA 5B18A 5AH7A 3PHVA 4EXGA 4ZPFA 2O4NA 5OZTA 2VIZA 4Y3FA 3Q70A 5P33A 5P7MA 5P16A 2G69A 4QJ8A 5P44A 4PEPA 1AJXA 3URJA 3IXJA 5P5FA 5P6RA 4FM8A 4YDGA 5P5DA 3PI5A 4RCDA 3LNKA 3CIDA 3UF3A 3GGAA 2AVQA 3NXNA 5P0DA 4AA9A 5P77A 2QD8A 5P2TA 5T4SA 3S43A 5P69A 2ER7E 2JYSA 3S56A 5P2SA 3OTSA 4EJDA 2RMPA 2AODA 3IVHA 4GJCA 2HC0A 5P7IA 5P70A 3NUJA 4FIVA 5P0VA 3OAGA 2QNQA 4ER4E 4L7JA 5P7UA 2IGXA 4TVHA 3ECGA 5P6LA 3QROA 2JJIA 3H0BA 1PPKE 5P53A 3SM1A 1D4JA 4K4PA 5P29A 1HPVA 2HS2A 2ZE1A 3U6AA 5P31A 4CPRA 4L6BA 5JFUA 2Q54A 3O9GA 2AQUA 4R93A 3MSKA 5P22A 2NMZA 2WEBA 2VNNA 3OGPA 5P4TA 5P2IA 5P48A 5P8QA 3EL1A 1T6EX 5P0QA 2ASIA 1QBSA 1TW7A 5P72A 3L58A 3MSLA 3L5DA 3OADA 2F3KA 3PJ6A 2SAMA 4FS4A 5P4AA 1MSNA 3GI0A 4DQGA 4FGXA 3PWWA 4DPFA 4ZE6A 5P0FA 3RSVA 1CZIE 5P4RA 5P5HA 4FAEA 5P17A 5P1TA 1LYAB 4YBIA 5P00A 2ZHVA 3PMUA 4CPXA 3VFBA 5P2BA 4H3JA 5P62A 2QI0A 5P8LA 3Q3TA 2R9BA 4HLAA 1G6LA 1APWE 4B70A 5P7CA 3VYFA 4RYCA 3BUFA 5FIVA 1SIPA 4FL8A 2OHKA 3EKTA 3UHLA 5DR3A 4XKXA 1SBGA 4GJDA 5HVPA 2WEZA 5P8KA 3IN3A 4ZIPA 3URLA 3CKRA 1YX9A 2AOIA 5P6CA 1G2KA 5P24A 5P73A 1QS8A 2QP8A 2P8HA 1W50A 1FEJC 4YD6A 5P79A 5P5LA 4F74A 4B00A 1LYWA 3TTPA 2WEDA 4YBFA 4DJXA 5P32A 5P2ZA 2AZ9A 1BXOA 1EBWA 5P0NA 1ZP8A 3FNSA 4Y3JA 2QZKA 3KFRA 1A30A 5P8DA 3UQWA 1OEWA 3OU4B 2P83A 4QJAA 4S1GA 4OBDA 4Y3ZA 3UDPA 2APRA 3EM4A 1W5WA 2QD6A 3PVKA 5P8RA 3O9LB 2G21A 5P08A 3ST5A 3UDYA 2RKGA 1LF4A 4GIDA 2VA6A 5E5KA 1XDHA 1FQ8A 4Y4TA 5P5VA 3PWRA 1YG9A 1YTJA 3QIHA 1EC0A 1FIVA 2EWYA 5OZ2A 3HVPA 4DQHA 3UQXA 2HB4A 3K5FA 5BS4A 5P3EA 3K5DA 1A8KA 5P3KA 5P3HA 1HEFE 3ZPSA 3B80A 1FKNA 5OZ1A 5P13A 2IL2A 1W5VA 3HW1A 4FRJA 5P5YA 1FG6C 3RTMA 5P1EA 3LPIA 2Z54A 4Y50A 2XYEA 3LPKA 3NDXA 3DCRA 4Y3YA 4EQ0A 3QAAA 3INHA 4FRKA 1GVVA 3R2FA 1GVXA 1RNEA 3RSXA 1FMBA 5P7VA 5P8BA 3T3CA 5P2AA 1LYBB 5P05A 3O99A 3LITA 3DV5A 4JPEA 1DPJA 5OZSA 3OU3A 5OZNA 2BPXA 4DJRA 4J1KA 1A94A 4AA8A 3NDWA 3I7EA 4YD4A 4OD9A 2OHQA 2P4JA 2V13A 3LIZA 3RTHA 5P6QA 2OHNA 2VJ6A 5P2RA 5OZWA 5P7LA 3PGIA 3CYXA 3TH9A 5P89A 5I3YA 4AZYA 5P7YA 5P3GA 3OXWA 3NUOA 4I12A 2AVOA 2NXDA 3DV1A 4YCKA 4Y4DA 1OEXA 4NPUA 4APEA 3OXXA 1BILA 5KQFA 5OZOA 2QI7A 4FSEA 3C9XA 5DR7A 4LXMA 2F8GA 3T6IA 2G94A 5P3SA 3D1XA 5P88A 1HXWA 1C6ZA 4GJ6A 5P14A 1BDQA 4A6CA 7HVPA 5P5KA 4I0HA 1FQXA 4Y9WA 1T7KA 5C9BA 5P0OA 1MIQA 3U71A 5OZJA 3KMYA 5P5XA 3L3AA 4I1CA 1LF3A 2QMDA 1Z8CA 1XE5A 5P4HA 5P4SA 4Y3WA 3PRSA 5P2WA 3SO9A 3WZ7A 3QRMA 4AMTA 3TPLA 3PLLA 5OZZA 3SKGA 2V12C 5ENKA 5TOLA 4QLHA 3INFA 2OHLA 4FM7A 4GJBA 5P3CA 2BQVA 4LXKA 4JECA 4YD5A 4FE6A 4Y3SA 3WB5A 3CMSA 3GI5A 4OBGA 2G1YA 1KJ7A 5P0RA 1E82E 2WKZA 4HVPA 2ZJIA 3HBOA 4B05A 1TCWA 5P65A 4EP3A 5AGZA 2R5QA 5KOQA 1FG8C 3S53A 5COKA 5OZ4A 5COOA 5ER2E 1F7AA 4NJUA 4Y3EA 5P2DA 4Y4ZA 2B8LA 5SXNA 1SP5A 1META 3PB5A 4XX3A 4Y37A 1KJ4A 3ZPUA 3SA7A 4BEKA 2PK6A 3L5BA 4Y4EA 1FQ4A 1APVE 4Y43A 4X2LA 2G22A 1HHPA 5HDVA 1XS7D 3ZKMA 4RGHA 1TSUA 3VLAA 3SLZA 2NXLA 3OUBA 5P6FA 1ODXA 4U8WA 1EAGA 2JXRA 1WBMA 1K6VA 5P3FA 5P8IA 1YM4A 4HZTA 2PK5A 3INEA 3O9EA 3BVBA 2G27A 3IN4A 4Y4WA 5KQZA 3O9CA 5P1NA 4DV9A 5P8GA 1EC3A 3OGQA 5HE7A 3UFLA 1HSIA 3KF0A 5P0JA 1KZKA 2BPYA 3FKTA 5P1UA 2PH6A 2FXEA 3BUGA 5DR4A 2WF1A 3TL9A 4R5NA 4A6BA 4R8YA 1WKRA 2ANLA 1M4HA 3QVIA 2B7FA 1HIIA 5P1SA 5F00A 4COEA 5P0YA 5P04A 1BDRA 1FMXA 1AVFA 4Y3GA 5OYXA 4LC7A 5P2HA 4DJVA 5OZ5A 1MTBA 3IGBA 2ZHUA 4Y3AA 4DI2A 1W5YA 3WZ6A 5P3IA 3EL9A 3BRAA 5PEPA 3EL0A 4LXAA 5P5WA 5P4NA 4APRE 5AHBA 1UPJA 4LBTA 1MUIA 2R38A 3BUHA 2QNPA 4J54A 1K2CA 3OHHA 3NU5A 3SA8A 3D1ZA 5P4OA 3NDTA 1PFZA 2PC0A 4GMIA 5P4UA 2I4VA 1ZSRA 4QJ6A 1E80E 3KMXA 2ZHTA 5P0TA 5OZGA 5P02A 4YOAA 1FQ7A 2QU2A 5P6OA 5P1FA 3KFSA 4RRNA 5P8UA 3MXEA 3OUCA 5P5MA 3VV8A 3TOHA 4RCFA 1YT9A 5P4BA 4J55A 1M43A 2F81A 3INDA 5OZ8A 3TLHA 4YCTA 4CPSA 4FAFA 4GZFA 3BXRA 2QAKA 2MIPA 1PPME 1MPPA 2FGUA 5DQ4A 2BB9A 5OZRA 1AXAA 5P4KA 1VIKA 3EKVA 2ER0E 1K2BA 3AUPA 3EBZA 3G70A 4Y3LA 1T6GA 3QPJA 1B6MA 2Q11A 3KT5A 1GVWA 1HOSA 3UDNA 2PYNA 5P6GA 4PZWA 1EEDP 4NJSA 5P1CA 4YCYA 6UPJA 2CEJA 5P85A 1HWRA 3A2OA 5P63A 5P5SA 1D4YA 2ZJLA 2PWRA 5OYTA 3ER5E 2IQGA 5P6ZA 1B6JA 5P4PA 5P5ZA 4RVIA 5P3LA 5P3QA 3KDBA 4MC6A 5P51A 4EJ8A 4H3GA 3KN0A 4OBKA 5DR8A 5OZAA 4DJQA 1ZSFA 4HDFA 4I0DA 1K6PA 5P2FA 1B11A 5P3YA 4J1CA 5IVQA 3OQDA 3TKWA 1B6LA 4Y6MA 2G24A 1FQ6A 3O9AA 4U7VA 1MT7A 4E43A 3LINA 3O9BA 3UQPA 5P6TA 1SDTA 3VG1A 5P6MA 1HIVA 5OYVA 5P1JA 3EKXA 4OBZB 2QI4A 1APUE 4FM6A 5BRYA 1QBUA 4Y5EA 4L7GA 1LS5A 2VA7A 5P0WA 3JVYA 5P4IA 4CPQA 4QGIA 5P45A 3PSYA 4HEGA 4YDFA 3RU1A 2AOFA 1DW6C 4Y47A 5P20A 3H5BA 3O9DA 5OZ7A 2G1NA 3PSUA 4JPCA 5P7FA 5P2GA 4Y3HA 1XL2A 1LV1A 2ZHRA 5OZCA 2AVMA 1MRWA 5P30A 4B78A 3IAWA 3MXDA 1Z1RA 3I2LA 3R0WA 3UQRA 2ZYEA 2OHSA 4BFDA 3OQ7A 1F34A 3OXVA 4YHQA 1BXQA 5P3NA 5DGWA 3FSMA 5P7XA 4ZPEA 1T7JA 3TPPA 1EPOE 2NPHA 4U7QA 2I4DA 2CEMA 1LYAA 3BGCA 4FRIA 1IDBA 1AIDA 4K4RA 5P50A 3SA4A 3ZKIA 5DR1A 5HDUA 2R8NA 1MRXA 5OYYA 4F73A 3TPRA 5P23A 3VV7A 3VF5A 3OK9A 4Y5KA 5P5RA 5P3DA 3MWSA 3UDQA 1ZJ7A 4RVXA 5P3VA 3EKWA 3VLBA 5P74A 1C70A 1IZHA 3HVGA 5P0EA 1ER8E 2WECA 5OZFA 5P8JA 5P1BA 2ZJNA 3PSGA 4J1IA 3KT2A 3OHFA 5P4ZA 4YD7A 3NU4A 3D91A 3VUCA 1QRPE 3QBFA 5P0LA 3TOFA 3TNEA 4GYEA 1HVKA 1A8GA 1UH9A 4Y5GA 1WBKA 4I11A 3U7SA 1XN2A 1ZTZA 5P5JA 4DQCA 1IVPA 1HVSA 5P09A 4Y4XA 5P8OA 5OZYA 3NWXA 3PMYA 1HTRB 5P7KA 5P0SA 1HIHA 2WF3A 3UDRA 4FSLA 5P8NA 1TQFA 3NLSA 4Y56A 5DQCA 4D88A 1B5FB 3LIXA 2FNTA 5P27A 1B6PA 2ZJMA 3OU4A 1HPOA 3EKYA 3TPJA 4BELA 4MC2A 4Y35A 4NJVA 1PROA 5P7OA 3APPA 3WB4A 4DJWA 3IXKA 5P0HA 5DQ5A 2NXMA 2XFIA 5P59A 5P66A 1N49A 3O9LA 3KA2A 3NXEA 5P3XA 3TOGA 3N4LA 5P6VA 3FX5A 4FCOA 3JVWA 4Y4GA 4J0YA 2J9JB 2V16C 3FIVA 4Q1NA 2BPZA 3BHEA 3PCZA 4ZSRA 3QBHA 4WY1A 2QI3A 1BVEA 3EL5A 5P18A 3N3IA 4HE9A 3VFAA 3GGUA 1CPIA 5P1WA 3K1WA 2V11C 4XX4A 5P1DA 2PMAA 3VV6A 4Y54A 2HM1A 2FLEA 3L59A 5OZXA 5AH9A 5P83A 1LF2A 1Z1HA 4B1DA 6APRE 4GJ7A 1D4KA 1ZBGA 1ZLFA 5P8TA 2B42A 4D85A 4B1EA 5P4CA 3QP0A 4HDPA 2Q3KA 2P3BB 2WF4A 2AOJA 5P5AA 3FNUA 1B6KA 4J0PA 3OQAA 2O4SA 3HLOA 3EXOA 3SKFA 4EHCA 1HPSA 4NKKA 3LZSA 2O4PA 3L5FA 2I4XA 5SZ9A 3QS1A 4CMSA 5KAOA 2B60A 1C6YA 2P3DA 1U8GA 5P1AA 4ZPGA 3SA5A 1BAIA 4ACUA 3NSHA 1LYBA 1FQ5A 2AOGA 4Y4JA 4Y5AA 3DM6A 4ZLSA 5DQ2A 3DUYA 2I4UA 1YTGA 3NU6A 4DPIA 2IEOA 4I0ZA 4Y39A 5P6JA 1RQ9A 4Y5NA 3BXSA 1YTIA 4DJUA 5KR1A 3PBZA 5OYZA 2ZDZA 3NR6A 2FIVA 3M9FA 1VIJA 3T7QA 3UTLA 4GJ5A 4WTUA 5P4QA 2I1AA 5AH8A 1IZDA 5P5BA 5P6XA 5OZ6A 3AIDA 5CLMA 5P6WA 5HD0A 1NPVA 2PSVA 3S7LA 1ZPAA 2VIYA 1LEEA 5P87A 3I8WA 4LAPA 5OZIA 2XFKA 5P5OA 3OU1B 4I8ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ENT E;  5P4D A;  2F80 A;  3FNT A;  1D4H A;  3ZLQ A;  5P3U A;  3WSJ A;  4A4Q A;  3JW2 A;  5P78 A;  4Y4A A;  1XL5 A;  3ZL7 A;  4Y58 A;  5P0U A;  2HS1 A;  5P39 A;  5P82 A;  1AZ5 A;  1EPL E;  2QI5 A;  2IEN A;  4TRW A;  3OQF A;  1EBY A;  3Q6Y A;  3OOZ A;  3ZKS A;  4TRZ A;  1K6C A;  2AID A;  4TRY A;  5P1V A;  3G72 A;  4Y45 A;  2I4Q A;  3VSX A;  5OZB A;  4I0E A;  4RLD A;  3S7M A;  1MVP A;  5OZP A;  5P7Z A;  1K6T A;  4CPW A;  5P0B A;  1W51 A;  3SAC A;  4DJY A;  5P80 A;  4RZ1 A;  1PPL E;  5P3P A;  1HSG A;  2FDD A;  1FF0 C;  3UDM A;  2VIE A;  3S54 A;  5P8C A;  4DQB A;  5COP A;  2ER9 E;  3EKQ A;  1M0B A;  2IDW A;  2OHU A;  1DIF A;  2CEN A;  4EXH A;  4J5J A;  4JOO A;  5P28 A;  1E81 E;  4H1E A;  3KDC A;  5HTZ A;  5P34 A;  3HZC A;  4LL3 A;  3LIQ A;  4CKU A;  1AAQ A;  5P3M A;  1J71 A;  2FDP A;  2FDE A;  5P36 A;  4NPT A;  5P38 A;  4DH6 A;  3OOT A;  1Q9P A;  2PWC A;  3PCW A;  5P54 A;  3OUD A;  4FRS A;  5OYR A;  5P2U A;  2R3W A;  3O9H A;  2JE4 A;  4LHH A;  5P8V A;  1EC1 A;  2IS0 A;  5JOD A;  1HVI A;  4R92 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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