4WY1A

Crystal structure of human bace-1 bound to compound 24b
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
400
structure length
394
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of a Series of Efficient, Centrally Efficacious BACE1 Inhibitors through Structure-Based Drug Design.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 102
structure length 394
sequence length 400
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2014-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4wy1A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4wy1A02
4Y58A 2F8GA 5AHBA 5KOSA 3G6ZA 3NSHA 4R5NA 3DV1A 1TCWA 5P22A 3UCBA 5DR4A 3IXJA 5P8HA 5P25A 2RMPA 3QN8A 5OZ1A 3OXCA 1FMBA 5OZYA 4DPFA 3UDNA 3EKWA 1ZJ7A 1SDTA 5P7RA 3RTHA 5UPJA 1HOSA 4J1CA 2ASIA 2VNNA 1QS8A 5AGZA 5P5RA 5IVSA 3S56A 5P5CA 1YT9A 2VIEA 4BFDA 4NKKA 5P1FA 5HDXA 1KJ4A 3OQ7A 5SXNA 3EKPA 5P2GA 3Q3TA 4DJWA 5P5BA 4Y3LA 3UHLA 3KFRA 3I25A 3PI5A 3PJ6A 3IXOA 5AHCA 1K6CA 5P3YA 1MSMA 4Y35A 1SP5A 1A94A 2HS1A 5EZZA 3R2FA 4Y3ZA 5P4JA 4DJYA 4Y3SA 1BILA 3D91A 3APRE 5P7JA 5HE7A 4J1IA 7HVPA 3TPJA 3SKFA 5P3XA 2FGVA 1HPVA 5P2FA 2QD7A 4B72A 2ZHTA 1SH9A 2AVMA 5P3EA 3K5DA 3R0YA 5P4OA 3NU9A 3PM4A 1BIMA 1FQ4A 5OZKA 3EKQA 2AZCA 3ST5A 2ER0E 3DJKA 2HB3A 3OUAA 5P11A 2WF3A 3ZL7A 3PHVA 5P06A 5P5JA 4LXKA 5P7IA 1B6PA 1PPLE 1Z1HA 3EBZA 2VA7A 3QAAA 2PK5A 5P5DA 5P7PA 3DK1A 4QLHA 2OHSA 1EPRE 5P31A 5P7UA 1ENTE 1BWAA 5P4MA 5P6CA 3UDHA 4Y43A 2P3AA 4EJDA 5P6IA 1FG6C 5P4DA 1YX9A 3OQAA 2FDDA 1MPPA 2AOGA 4EP3A 3CMSA 4K4QA 1XDHA 5OZXA 2ZJNA 4Y4EA 3KFSA 4NJUA 2QAKA 4J5JA 2FGUA 2G26A 3OTYA 5OZBA 1LS5A 4D8CA 2ZE1A 5IVRA 2WEDA 5P4GA 5P26A 3LPKA 1UPJA 2G20A 2V0ZC 1B6LA 3OAGB 1MIQA 4B70A 4Y53A 2NR6A 2VJ7A 2IDWA 5P18A 3RVIA 5P0LA 5KOQA 1ZBGA 4Y6MA 3IN4A 4KB9A 4Y3QA 3DUYA 2VIZA 3D3TA 4Y36A 3TOFA 1M4HA 3KN0A 1DIFA 3SM2A 1BXOA 2B42A 2OHKA 1HVJA 3IGBA 4R95A 1LZQA 2R43A 3SA4A 5OZMA 2O40A 3RTNA 1ODYA 5P4NA 4DQFA 3EL9A 4FAFA 1HXWA 5DQ1A 5P6UA 4Y5MA 1MRWA 5P6KA 1SGZA 2QI5A 5P3PA 1TCXA 1GVUA 2RSPA 5P64A 2XFJA 5DR7A 3S2OA 4FM8A 2ER7E 3UF3A 4DJUA 2ER6E 4K9HA 5ER2E 5HDZA 3N3IA 2FNSA 1J71A 4RVJA 1CZIE 5P2BA 1HBVA 1DMPA 1ZTZA 5P5PA 1YTJA 3SA5A 4ZSRA 4Y47A 3L5BA 3D20A 3NYGA 3QS1A 5P1EA 5P0YA 1HVKA 5P40A 3BUFA 2G1RA 5AHAA 3MXDA 1HVSA 5P09A 1FQ5A 2V11C 4J0YA 2QI1A 4QJ9A 4QJ2A 1K1UA 2FNTA 2G94A 5P1SA 3CIDA 5IVQA 2JE4A 5P2XA 1E81E 2BPWA 3BGCA 4DFGA 3PSUA 4GJ7A 4FCOA 5P5TA 1LYWA 5F00A 2PH8A 1PSOE 5P53A 3KMXA 5P6ZA 5P5NA 1SMRA 1FFIC 5OZWA 5OZSA 5P01A 3ZPSA 1EBWA 3EKVA 3PRSA 2H6TA 1NPWA 1PPKE 3BHEA 3OOTA 4Y5KA 5P8QA 3UFNA 2J9KA 4A4QA 3L5EA 2BBBA 2QMPA 5P4KA 1W5VA 5P3CA 2QNNA 2VKMA 4AZYA 4YCTA 3SABA 1JLDA 2R5PA 2AVOA 1META 4FL8A 4Y4XA 5P5IA 5P8TA 5P48A 5P44A 5P3VA 3URIA 3GGUA 5P3LA 3UQWA 4FGXA 4ZE6A 5HU1A 5P0SA 2ZJJA 3CICA 4B0QA 3S8IA 4ACXA 2O4SA 4H3IA 5P1KA 1AVFA 2P3CA 4Y3HA 5OZ9A 5P2QA 1LV1A 2G1YA 1GVWA 5P75A 4AMTA 4XKXA 5P33A 5P0CA 2Q3KA 4FSLA 1VIJA 4D85A 5P5FA 3AIDA 5P0IA 4M8YA 5P1PA 4I0ZA 3L58A 2Q64A 3OQDA 1FGCC 5JFUA 4U8WA 1AZ5A 4I10A 4Y4GA 5P4BA 2V16C 5P80A 3EKTA 4CPSA 4I0IA 3CIBA 5P83A 2MIPA 4B78A 1FB7A 2QHCA 5OZAA 5P27A 1B6JA 1G0VA 2XFKA 3OHFA 1BV7A 3PWWA 3VF5A 2HAHA 2FLEA 1G6LA 3HLOA 1CPIA 5P6GA 1ZSFA 2HM1A 4DQBA 1FG8C 4LXAA 4DJQA 4Y4JA 4DUSA 1FFFC 5P10A 5P1VA 5P2JA 5P07A 4PHVA 2VJ9A 5P56A 5DQCA 2PSVA 4GJBA 5TOLA 2G1OA 4NJTA 3LNKA 5P4RA 2EWYA 5P20A 3PB5A 3S54A 2Q11A 4FRJA 5P6RA 1HIIA 3NU6A 5P8UA 1SDVA 4KE1A 1YG9A 3LPIA 2WEBA 5P1OA 1FQ8A 4J0VA 1EBYA 4I8ZA 2NXLA 4K8SA 2PYNA 5P3KA 3LZSA 5P8EA 3PWMA 3OU1A 1FLHA 1AIDA 5DR0A 3PVKA 5C9BA 3BRAA 4FRSA 2AOJA 2WECA 5OYRA 2QHZA 5C9FA 3D1XA 5P1TA 3S7MA 3PLDA 4I0GA 3ZPUA 4U7QA 1GNMA 3SM1A 3FKTA 2F81A 4J1FA 5P58A 3RSVA 5P15A 4CP7A 3PEPA 2BKTA 5P0BA 2VJ6A 3OUCA 1XS7D 1NH0A 1D4YA 5P3BA 4D83A 3WB4A 1BBSA 4FE6A 4J0TA 1OD1A 1W5WA 3UDQA 4R8YA 3LIYA 4OC6A 1FKNA 5P1WA 5P17A 4B1EA 2Q15A 5P4SA 3CKRA 1HRNA 2B7FA 2BPZA 4YOAA 2QMDA 3L5DA 4ZPFA 5P70A 1BVEA 4EHCA 4Y5GA 5OZFA 3U7SA 5P3DA 3DV5A 5IVTA 4ZEAA 1D4JA 3HAWA 5ENKA 3LZUA 4MC6A 3VSXA 2NTRA 1F7AA 4HZTA 1FQ7A 1SMEA 4WY6A 2G1NA 2VIYA 1ODWA 4B1CA 1ER8E 5P6HA 3ZMGA 4EQJA 3PMYA 4CKUA 1LYBB 2OHMA 5JODA 3PMUA 5OZNA 4GYEA 1YTIA 4Z2ZA 2P3BA 3VYDA 5DQ4A 5I3VA 1EAGA 4RLDA 5OZUA 1NSOA 2FDPA 3TKGA 3NUOA 1HVIA 1N49A 7UPJA 1KJFA 1W6HA 3G70A 1AJVA 1HSIA 1D4LA 3I8WA 5P0ZA 1WBKA 2P8HA 1MTBA 1HXBA 3VCMA 2P4JA 5P0KA 2FDEA 5P03A 2F80A 4COEA 4ZSPA 2WF2A 1E82E 3GGXA 3NXNA 4J1HA 5SY2A 3UPJA 2HC0A 4OBJA 2OHUA 3WZ8A 1KJHA 5P2ZA 5P2YA 5P42A 3UQUA 2O4KA 2QZKA 1MRXA 5P7AA 4ZIPA 4RVIA 5IE1A 3PCZA 2OAHA 4Y41A 3UDMA 1HPSA 1QBUA 4Y5CA 1B5FA 3UDJA 4MC9A 3KDDA 1XE6A 3K1WA 4LHHA 3T7PA 1HIHA 1A8KA 1AM5A 3FIVA 4DJOA 1QBTA 3ZKMA 1GVTA 2QI0A 3I2LA 5P7BA 5DR1A 5P82A 5P6XA 3T6IA 2PWCA 3KFNA 3BUGA 5P0XA 3GI0A 5P5MA 1C70A 4CPRA 3NDXA 3LPJA 5HD0A 4AA9A 4EP2A 1HVHA 4PYVA 1IVQA 1E5OE 5F01A 3WZ6A 1RPIA 3NDTA 5P8PA 3BXSA 3O9AA 3QI1A 1HPOA 2OF0A 3D1YA 1XE5A 1PFZA 4APRE 4ZSQA 5P3JA 4EJ8A 3KDCA 3ZKGA 6APRE 5OZPA 2OHLA 4TRYA 1MERA 1K6VA 3LIZA 2QHYA 5P4WA 4LAPA 3GGVA 5ISKA 4X7IA 4FIVA 1C6ZA 2QZWA 2ER9E 4OBZA 2R3TA 5P0TA 1HTGA 5OYTA 2B8VA 3VLBA 2CEJA 3OWNA 4TVHA 5P65A 2I0AA 4LC7A 5OZ8A 2ANLA 5BRYA 1Z8CA 3LZVA 2NNPA 2VNMA 3U6AA 4PZXA 5P1NA 2UPJA 2AOIA 1A30A 5P74A 5P1IA 5P6PA 2B8LA 5P7EA 4DJPA 5P8CA 1IZEA 2OHNA 3R4BA 5P0MA 3O9CA 5DR3A 4HEGA 4M8XA 1TSUA 2BKSA 5P4YA 5P6OA 2A1EA 4ER4E 1EC3A 2AVVA 4GJDA 4L7GA 4Z50A 5P2CA 4JPEA 3O9DA 5P1LA 3NDUA 3OXXA 5P2IA 5P4ZA 1C6YA 1LEEA 2WL0A 4JECA 5DQ5A 5P8VA 5P1YA 5P51A 1HEFE 4RRNA 1ZSRA 3SLZA 4QJAA 1XL5A 3PBZA 2V12C 4Y3JA 5P3WA 5P47A 5P68A 5OZDA 3OQFA 1SDUA 4I0HA 3IVHA 4YD6A 3B80A 5P7LA 5B18A 5KR0A 4YD7A 1HEGE 1T6GA 1HWRA 2P3DA 1T3RA 5OZVA 2QD8A 3SA3A 5P57A 5P55A 5P12A 5P1HA 1LYAA 5E5KA 5P5HA 4DQCA 3O9FA 3SO9A 3CYWA 3QVCA 5JFPA 1HTEA 5P2UA 4H3FA 4Y5BA 4DJVA 1AAQA 4H1EA 3MSJA 4F73A 3WSJA 5P79A 1U8GA 2Z54A 1IBQA 4CPXA 2I4WA 5P6QA 4Y3RA 1D4SA 5P1BA 3EKXA 3L38A 3ZLQA 5P1QA 3O99A 5COPA 4OBKA 2AOHA 1WBMA 5SZ9A 5P2AA 3NDWA 4DJXA 2I4UA 4XX3A 5P0FA 3HDKA 5ENMA 3URJA 2UY0A 1HSHA 4EJLA 4E43A 3LZYA 4LXMA 4Y3TA 4XXSA 5P7WA 5KAOA 3TLHA 5APRE 5OYYA 5P0NA 5P2KA 5P5OA 3LINA 1SIVA 4Y5EA 2WHHA 4Y3EA 5COKA 4YBIA 2QP8A 4L6BA 5PEPA 5P30A 3VF3A 2B7ZA 5P1MA 5P2SA 1IVPA 2QU3A 3QVIA 5P1GA 4Y4AA 3S53A 3WZ7A 5OYZA 4NJSA 1RQ9A 5P5XA 4EPJA 5P7VA 3NU3A 4MC2A 3Q6YA 1W6IA 3QBFA 3HAUA 3HBOA 1QBSA 3QRMA 1SIPA 4Y3XA 2J9JA 3TNEA 5P5GA 5KQXA 2UXZA 4PEPA 1LYWB 4WY1A 5OZ5A 1IZDA 4Y5AA 1FQ6A 5P2EA 5P0RA 3S43A 2QNQA 1EPNE 5OZHA 4J0PA 3INDA 5P6NA 3FX5A 3URLA 5P8KA 1K6PA 2AOEA 1M0BA 2WKZA 5OZIA 5AH6A 5P3AA 3N4LA 2AZ8A 4YOBA 3EM4A 2AQUA 5P3MA 5OZ0A 3MXEA 3L3AA 1HVLA 3BVBA 1ZPKA 1PSNA 2IRZA 4Y44A 3EC0A 4RZ1A 3UTLA 4YD5A 4Q5MA 3ZKSA 2PQZA 3QBHA 5P8BA 1BVGA 5DPZA 5P3NA 3UDRA 3NUJA 2QI4A 5P2WA 2HB4A 1UH7A 2AIDA 5KQYA 2JXRA 5P89A 5P38A 2HS2A 3KT5A 4Y3DA 4Y5NA 3VF7A 3H5BA 1YM4A 3TPPA 2QD6A 5P8RA 5FIVA 2O4NA 5P50A 2VS2A 3APPA 3QIHA 3OY4A 3KF0A 3KMYA 3HZCA 1MUIA 2ZGAA 5P7ZA 3WB5A 2HPEA 5P0WA 2NXMA 4Y48A 1EPQE 5OZ4A 4Y39A 3IXKA 3DCKA 3TL9A 2QZXA 1B6KA 4B1DA 4DI2A 2R8NA 1TSQA 3TPRA 4Y54A 1MEUA 4QJ8A 4GJAA 2IKUA 5P5YA 5KR2A 3A2OA 4L1AA 4Y4ZA 3OUDA 4Y3FA 3MSKA 1FMUA 5P6AA 2RENA 5P7SA 5P8OA 4IVTA 5P4QA 1GNNA 5P5QA 1FEJC 3ZOVA 4D88A 4PPHA 5DR8A 4UPJA 5P13A 1RNEA 3U71A 5P0OA 1BDQA 3B7VA 4B00A 2APRA 2V00A 4Y5LA 3R0WA 4BELA 4CPTA 5HE4A 2FMBA 2NMYA 3OGQA 1EPME 2R38A 5P3IA 1MT8A 4YD3A 3VG1A 1HTRB 3OTSA 2G24A 3VFBA 3KA2A 4YCKA 4Y4BA 4H3GA 1GVVA 2I4DA 4Y3MA 3H0BA 1OEXA 5P39A 5SY3A 5HVPA 3OADA 1DPJA 4JOOA 3RTMA 4DJRA 5P6EA 4BFBA 4PZWA 4Y4DA 5P4HA 4HA5A 2JYSA 3OU1B 1XL2A 5HDVA 1W51A 3I6OA 3VYEA 5P62A 3NU4A 4OD9A 5P5ZA 4Y56A 5P7NA 5P5SA 5P63A 5P4CA 1Z1RA 3HW1A 3VV8A 4TVGA 3OXWA 5P8MA 5P4XA 5BWYA 5P72A 3OUBA 1B6MA 1KJ7A 5P3TA 5P7TA 2ZHRA 3KDBA 2ZHVA 4HLAA 1K6TA 4Y3WA 5P6SA 5P8JA 3VV6A 5OZLA 3HVGA 4FAEA 2R3WA 3SAAA 3QRVA 2ZJKA 5P8AA 2OHTA 3EMYA 4GJCA 5OZOA 5KQFA 4OBHA 4DH6A 5KQZA 1APVE 2BPYA 2G1SA 4OC6B 2QCIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y58 A;  2F8G A;  5AHB A;  5KOS A;  3G6Z A;  3NSH A;  4R5N A;  3DV1 A;  1TCW A;  5P22 A;  3UCB A;  5DR4 A;  3IXJ A;  5P8H A;  5P25 A;  2RMP A;  3QN8 A;  5OZ1 A;  3OXC A;  1FMB A;  5OZY A;  4DPF A;  3UDN A;  3EKW A;  1ZJ7 A;  1SDT A;  5P7R A;  3RTH A;  5UPJ A;  1HOS A;  4J1C A;  2ASI A;  2VNN A;  1QS8 A;  5AGZ A;  5P5R A;  5IVS A;  3S56 A;  5P5C A;  1YT9 A;  2VIE A;  4BFD A;  4NKK A;  5P1F A;  5HDX A;  1KJ4 A;  3OQ7 A;  5SXN A;  3EKP A;  5P2G A;  3Q3T A;  4DJW A;  5P5B A;  4Y3L A;  3UHL A;  3KFR A;  3I25 A;  3PI5 A;  3PJ6 A;  3IXO A;  5AHC A;  1K6C A;  5P3Y A;  1MSM A;  4Y35 A;  1SP5 A;  1A94 A;  2HS1 A;  5EZZ A;  3R2F A;  4Y3Z A;  5P4J A;  4DJY A;  4Y3S A;  1BIL A;  3D91 A;  3APR E;  5P7J A;  5HE7 A;  4J1I A;  7HVP A;  3TPJ A;  3SKF A;  5P3X A;  2FGV A;  1HPV A;  5P2F A;  2QD7 A;  4B72 A;  2ZHT A;  1SH9 A;  2AVM A;  5P3E A;  3K5D A;  3R0Y A;  5P4O A;  3NU9 A;  3PM4 A;  1BIM A;  1FQ4 A;  5OZK A;  3EKQ A;  2AZC A;  3ST5 A;  2ER0 E;  3DJK A;  2HB3 A;  3OUA A;  5P11 A;  2WF3 A;  3ZL7 A;  3PHV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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