4Y3EA

Endothiapepsin in complex with fragment 5
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3eA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3eA01
3OQKA 1FMUA 5P5SA 3K4VA 5P0XA 4GJ8A 2QCIA 1CMSA 3RVIA 2WF1A 5P3OA 4FLGA 1G35A 5P0HA 3QRSA 1NSOA 4YCYA 3H0BA 3GI0A 5P3FA 5P5GA 2FDPA 3OADA 3EBZA 3LPJA 5P77A 5FIVA 4DQEA 4K9HA 1GNNA 2QD8A 4FGXA 1EBYA 3QBHA 3O9GA 2FXEA 3R0YA 2G1OA 5OZBA 1FIVA 2OHUA 2QD6A 4DJYA 2FGVA 5P86A 4I1CA 3BC4A 4RVJA 5P6EA 4D89A 3CIBA 1FFIC 4QJAA 3ZKMA 3VYEA 2PYMA 4I0IA 1QBTA 5P7ZA 4Y4EA 4OC6B 3S54A 1T7JA 2G1RA 1FGCC 1YM4A 3L59A 1AJVA 4LC7A 1YTGA 5P5DA 5P1XA 1BDQA 2NTRA 5P2YA 5OZFA 4DQFA 2B42A 5P3EA 4K4QA 5OZJA 1AVFA 3OTYA 5P34A 1IDBA 1HEGE 2AODA 5P7DA 3CMSA 4YHQA 5P3HA 4ACXA 1AAQA 1HVLA 4J0VA 2I1AA 5P7JA 5P2HA 5P7KA 5DGWA 1BXQA 1EPPE 1GNMA 1TW7A 3D91A 5OZ4A 1MUIA 4J1EA 1KJHA 5P78A 5OYUA 3OWNA 4YA8A 5P2TA 2NR6A 5I3VA 5I3YA 3EM6A 1IZIA 3PI0A 1EAGA 1SDVA 1M4HA 3EL5A 5P3AA 4B0QA 5I3WA 4DPIA 1YTJA 5P39A 1QBRA 5P5ZA 4YDFA 5KR2A 1E81E 5JFPA 1OEWA 5P3JA 5IE1A 4CPSA 1B5FA 5P65A 1K2BA 4KE0A 4ACUA 3NU4A 4K4RA 5HDXA 5C9DA 2PSVA 3VSXA 1Z8CA 5AH8A 4IVSA 3TPLA 4Y3GA 3SA6A 3WZ8A 1IVPA 1YTIA 3L5DA 2HM1A 5P52A 4EQJA 2PWCA 3QVCA 2O4PA 4OBKA 2ER9E 1IBQA 1QRPE 5P8GA 3LIVA 5COOA 4RLDA 4AA8A 2P3CA 5P5MA 2WHHA 2PYNA 3GGXA 1SMEA 5SZ9A 5OZMA 5HDUA 1DAZC 5P1DA 1QDMA 4J1IA 5P29A 1UH9A 3L58A 5P6GA 3T7PA 4GMIA 3EL1A 5P8AA 5EZXA 3IAWA 5ISKA 4PYVA 5P1BA 2HB3A 5P1ZA 5P2DA 2QMPA 5DR8A 2WEDA 3C9XA 5P0TA 4J0PA 5P4OA 4YD3A 4L1AB 1HVHA 1D4HA 5KR1A 4F74A 3NDXA 4EHCA 5P79A 1MT7A 4CMSA 3KFRA 2OAHA 5P2LA 2ANLA 5IVTA 2QHYA 4TRZA 1HHPA 1MIQA 2QHZA 3NUJA 4TVHA 4DI2A 3SA3A 2AVMA 1TSUA 5P8QA 1NH0A 5P1CA 5P8SA 5I70A 4Q1WA 1ME6A 4DH6A 1ODWA 3EKXA 3UQPA 5SXNA 1DIFA 1MRXA 1PROA 5HE4A 3OU4B 4OC6A 5HE7A 5P6TA 3IXOA 3KT5A 5OYVA 1C70A 3I2LA 4ZEAA 3PCZA 1IVQA 1GVVA 2ER7E 5P6RA 2QMDA 1ZJ7A 4Y35A 4J1FA 5P5TA 3KDBA 4R91A 1LF2A 5P62A 3TPPA 2Q15A 2ER0E 3EXOA 5OZWA 5P5RA 1KJ7A 1IZDA 5P0JA 3EKYA 5ISJA 5P46A 4YOAA 1GVXA 5P05A 5P0OA 3SA9A 1NPAA 4EXGA 4Z2ZA 5P6BA 4RZ1A 1MSMA 2XYFA 4ZPFA 4GJ6A 2FGUA 2AOCA 3TPRA 4R8YA 1D4IA 2PK6A 2G1YA 5P80A 1HEFE 5P4KA 4Y3DA 5P8NA 2PH8A 1EPOE 5P63A 4LP9A 5P70A 4BELA 2QK5A 3SA4A 4LXMA 5COPA 4TVGA 3O9BA 4HLAA 5P6FA 4ER4E 3EL9A 5P71A 3IN4A 2RKGA 5P30A 3O9EA 1HSIA 5P4HA 4J0ZA 3IXKA 4U8WA 4AUCA 3UDNA 1HVCA 3UPJA 3G70A 2P3DA 4MC9A 5DR0A 1OEXA 5IS4A 2ZHSA 2BPVA 4AMTA 5P28A 3I7EA 5P00A 5OZPA 2HS1A 3O9LB 2RENA 1EC1A 2VIZA 5P59A 4OBGA 3L38A 5P1PA 4Y5EA 5KQYA 4DJRA 3OOTA 3NU3A 3QS1A 1C6XA 3OHFA 1EPME 4Y3NA 4JP9A 1W5XA 3FNSA 2WKZA 3ST5A 5P7HA 1TSQA 5P23A 2IGYA 5OZAA 5OZ6A 4DFGA 1APWE 3NUOA 4L1AA 1RL8A 5P5XA 2EWYA 2Q55A 2QI3A 1LYBB 3UDYA 5P1FA 1W51A 3SM2A 4R92A 3QVIA 3HAWA 3O99A 3PI5A 5P07A 4HDFA 4Y4UA 3QBFA 4YE3A 1W5YA 5DR1A 5P27A 5P7MA 2H6SA 5OYZA 2HB2A 1PSOE 3TH9A 2F3KA 2Q54A 3NDTA 3FKTA 2HPEA 2P3BB 1RNEA 4Y36A 5OZ3A 4H3GA 5P3UA 3QROA 3ZL7A 3TPJA 2RKFA 4ZSMA 5P1UA 3BUFA 3EL0A 4Y38A 1Z1RA 5SY2A 5P8PA 3L5CA 1BXOA 4Y5CA 5CONA 2G26A 5P7CA 5P5KA 2JYSA 4K4PA 1FQ7A 3BUHA 5OZ8A 1XL5A 3K5CA 1HBVA 4XXSA 5P4MA 2Z54A 2PMAA 3FX5A 4Y4WA 2VIJA 1A8GA 1VIKA 1E82E 5DPZA 4TRYA 3VCMA 3OU3A 5P3NA 3PWRA 5HCTA 3EC0A 5P75A 3K5GA 1TCWA 4YD7A 5P03A 1T6GA 4PZXA 1HVKA 5P7XA 2FNSA 4GJCA 4PHVA 4CP7A 5KOQA 2ZE1A 4Y3LA 1EPQE 5P5AA 5P0KA 3S43B 4PPHA 5P6SA 1DW6C 3EM3A 5P45A 1IIQA 3LZYA 5P6YA 4RYCA 3VFBA 3LPIA 4Y50A 4Y51A 4Y47A 1T7KA 3UDHA 2PC0A 3GGUA 5IVSA 2FNTA 2WF4A 4Y3MA 2F80A 2R8NA 2UY0A 3PB5A 5P4EA 4D88A 4DUSA 3INFA 5KQZA 4Y3FA 2QMGA 4GJ9A 5AHAA 4ER1E 3SFCA 5P66A 1XN3A 5OYQA 1SIVA 2VJ7A 5IVQA 5P5EA 3TTPA 4Y58A 3HVGA 3QP0A 5F01A 3VF5A 5P4AA 5P1GA 1HTGA 4CPQA 5P0CA 1K2CA 5P0NA 4H3JA 3Q3TA 2VA6A 5P0ZA 5P6WA 1FQXA 1K1TA 4QJ9A 2Q11A 1K6TA 3RSXA 1FQ4A 4F73A 4YD6A 5P01A 5P16A 3WB4A 4LXKA 4B77A 5P4YA 5DQ5A 2ZJMA 4GJ7A 4OD9B 4Y57A 5J25A 1K6VA 4OBJA 3BXRA 3S56A 1XL2A 4D83A 3UDRA 5P83A 4L7JA 2PQZA 4IVTA 4DJPA 4J54A 3NYGA 3CICA 5P3BA 5P1SA 5P7QA 3INEA 5BRYA 3LIYA 3FV3A 4Y4ZA 2P3BA 2J9KA 5P38A 3WB5A 3OK9A 5P3WA 4DJWA 3R0WA 1GVWA 3T7XA 2O4SA 3DK1A 1TZSA 5P31A 8HVPA 5P55A 1MEUA 4Q1YA 3IXJA 4GJ5A 4Y45A 2P3AA 2R38A 4Y5LA 5B18A 5P4GA 3QAAA 2R5PA 5DR3A 2ZJHA 1BDLA 4RCEA 3QRMA 5P3IA 4RVXA 3MXEA 2UXZA 3QPJA 3CYXA 4Y39A 5P8IA 2Q3KA 3WSJA 4Y5GA 3K5DA 2BQVA 5P8UA 4F76A 2WF3A 3OXWA 3O9HA 5P3CA 1NPVA 2V0ZC 1CPIA 3SA7A 3RU1A 5E5JA 5P3LA 2AOHA 4CKUA 2JJJA 2B7FA 4I10A 5P8TA 3S45A 5OZRA 5P6LA 2VA5A 3S43A 4QJ6A 4Y4GA 1TCXA 3TOHA 3SKGA 1E80E 1FKNA 2A4FA 2G22A 3O9AA 4GJDA 5BS4A 3TKGA 5P15A 1D4SA 2F8GA 1IZHA 5P6PA 5ER1E 5P19A 5P0GA 4TRWA 1ODXA 3LINA 1FG6C 4Y5MA 3HAUA 4A6CA 4DJUA 3PMYA 3ZKGA 4Y6MA 1HWRA 3JVWA 4J17A 3DOXA 3M9FA 5P1AA 3VV7A 3L5BA 3KYRA 2HB4A 4J1CA 1LF4A 2QZKA 5P02A 3U6AA 1LZQA 5P2EA 5JFUA 3K5FA 1OHRA 4ZPEA 1G0VA 3OAGB 4NKKA 4I12A 5COKA 3BRAA 3Q6YA 4I0EA 5OZQA 1A30A 2G24A 5P32A 1ER8E 5OZGA 1A8KA 5P85A 5OZ2A 5P48A 3S85A 1SMRA 2I4QA 5P7BA 3PVKA 1LYAA 1HTFA 2QI6A 4LXAA 1K6CA 2AZ8A 2AOFA 5P2JA 3B80A 5TOLA 3EKWA 4LHHA 4Y5PA 1Q9PA 5P0VA 2FDEA 1LYWB 4YOBA 3T3CA 4DVFA 2VKMA 5EZZA 3N3IA 4S1GA 4QJ2A 3O9CA 4OD9A 5P67A 1AM5A 1DMPA 1JLDA 3LHGA 5P6UA 3KA2A 4Z22A 1D4JA 3SAAA 3INHA 5OZ0A 4RVIA 5P2IA 3PBDA 5OZZA 1UPJA 5P3PA 3RSVA 4CPXA 3RTHA 4KUPA 5P42A 1T3RA 3PSYA 5P4LA 4A6BA 2Z4OA 5P0PA 1U8GA 4Y3RA 4CPRA 4FRKA 5P7UA 5P4DA 3DM6A 5KQFA 3VYDA 5P2XA 5P7NA 3PM4A 2ZHUA 4FSLA 1FQ5A 2ZGAA 5HVPA 2Q64A 4Y5AA 3BGCA 3PMUA 1FMXA 1FMBA 5P6OA 5P7FA 1MVPA 1AJXA 3PWWA 5OZUA 5BWYA 3LPKA 1GVTA 5P25A 4EQ0A 1HXWA 3G72A 5P61A 3WZ7A 5P7GA 1B6JA 1B6PA 1ZSRA 2J9JB 2ZHTA 5P4CA 2BB9A 4Y44A 2QNNA 2QI5A 2B8VA 5P4PA 5P0UA 4Y3SA 2QZWA 4Y3WA 3AUPA 5P49A 4I11A 5P84A 3PLDA 3VV8A 5P08A 5P0FA 2V16C 4F75A 3ECGA 1HTEA 1D4KA 4RRSA 4KE1A 5P72A 5P4WA 4Y4BA 3D1YA 3S53A 4DQGA 1AXAA 1MTRA 3NSHA 4Y9WA 2BKSA 3S8IA 3NR6A 5P3GA 4Q1XA 5P0IA 3LZVA 5OYRA 4Q5MA 1HSHA 5P8VA 4FS4A 3KDDA 1BDRA 3ZKSA 3INDA 3LZUA 5P50A 3OQFA 7UPJA 4FM7A 4Y4DA 2O4NA 5P81A 5PEPA 5HDVA 4DJXA 3S2OA 5P68A 3TNEA 3MSLA 5AGZA 1YM2A 4AA9A 3ER5E 4HVPA 2QMFA 4JPCA 2ZJJA 2AVQA 5P2UA 4I0GA 3HZCA 5P4QA 3OAGA 1DPJA 5P5FA 3UF3A 3O9FA 4MC2A 4HDPA 4GJBA 3JW2A 1SBGA 4JPEA 1ZAPA 3UQUA 2JXRA 2HAHA 5OYXA 5P0DA 2ZHRA 3VV6A 4AZYA 3TOFA 4DJOA 5OZ7A 9HVPA 2IQGA 3WZ6A 5P4UA 5HTZA 1FF0C 1LYWA 2CEMA 4Y54A 2R9BA 4KB9A 5OZOA 4Y5KA 3IN3A 5P6JA 3NXEA 4YD5A 2FIVA 4N00A 5P6QA 1HVIA 1RV7A 6UPJA 1EC0A 3I6OA 3PBZA 4B05A 2HS2A 5P8HA 2O4KA 2QD7A 4EJDA 2RSPA 4GZFA 2QNQA 1ZSFA 6FIVA 3KDCA 4E43A 4Y4TA 4Y3XA 5P8BA 2VJ9A 3VF7A 2OHKA 3HDKA 3KMXA 5OZNA 3URLA 5OZYA 2G21A 5P18A 3L5EA 3ZPTA 3VEUA 4RGHA 2OHRA 2PK5A 4RROA 3UQWA 4B70A 3OXCA 4RRNA 5KAOA 5P4ZA 5HE5A 2F81A 1BAIA 3D20A 2XYEA 4YCKA 3OUDA 4PZWA 4DJQA 3NDUA 1YT9A 5P7PA 5P8EA 2R3WA 2F3EA 3GI5A 3KFNA 3OY4A 2NXMA 1SGZA 3LITA 5OYTA 5P6NA 1E5OE 4Y53A 2NNKA 1BV9A 3SLZA 3VFAA 4LBTA 3URJA 3D3TA 4CPWA 2J9JA 4I0ZA 5P69A 5P6IA 3CKPA 4I0HA 1Z1HA 2PSGA 2FMBA 1B6KA 4Y3HA 5P4JA 4Y56A 3O9IA 5P4NA 3SQFA 5AHBA 5P1HA 5DGUA 4B78A 5IVRA 5P2GA 1G6LA 7HVPA 3PLLA 5DR7A 2FLEA 5F00A 1WBKA 4DPFA 5P2NA 5P6DA 5JG1A 3VSWA 2WF2A 3A2OA 1M43A 1D4LA 3NU6A 5P1JA 5P4RA 1HSGA 4QJ7A 4ZE6A 3GI6A 5P88A 3PGIA 4NPUA 5OZXA 1BVEA 3SM1A 1GVUA 1UH8A 5P41A 3DV5A 5P0WA 2CEJA 4I8ZA 4Y4XA 2FXDA 5P7OA 5UPJA 5P7LA 2V12C 4YDGA 4MC1A 3K1WA 1QBUA 3PSGA 1FQ6A 3PWMA 2OF0A 2VNNA 3Q70A 4EJLA 5C9BA 2IDWA 1AIDA 4Y3AA 4Y48A 4Y37A 5P5YA 3SO9A 5P3SA 4I8WA 2P4JA 5OZCA 1SDUA 1EBZA 4Y3QA 1FEJC 2NNPA 1G2KA 2I4XA 2BPZA 5P5VA 4HA5A 2V11C 5OZKA 4OBDA 4B72A 3GI4A 3GGVA 3OQ7A 1PPLE 2I4UA 2VIYA 5P1MA 5OYWA 4L6BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OQK A;  1FMU A;  5P5S A;  3K4V A;  5P0X A;  4GJ8 A;  2QCI A;  1CMS A;  3RVI A;  2WF1 A;  5P3O A;  4FLG A;  1G35 A;  5P0H A;  3QRS A;  1NSO A;  4YCY A;  3H0B A;  3GI0 A;  5P3F A;  5P5G A;  2FDP A;  3OAD A;  3EBZ A;  3LPJ A;  5P77 A;  5FIV A;  4DQE A;  4K9H A;  1GNN A;  2QD8 A;  4FGX A;  1EBY A;  3QBH A;  3O9G A;  2FXE A;  3R0Y A;  2G1O A;  5OZB A;  1FIV A;  2OHU A;  2QD6 A;  4DJY A;  2FGV A;  5P86 A;  4I1C A;  3BC4 A;  4RVJ A;  5P6E A;  4D89 A;  3CIB A;  1FFI C;  4QJA A;  3ZKM A;  3VYE A;  2PYM A;  4I0I A;  1QBT A;  5P7Z A;  4Y4E A;  4OC6 B;  3S54 A;  1T7J A;  2G1R A;  1FGC C;  1YM4 A;  3L59 A;  1AJV A;  4LC7 A;  1YTG A;  5P5D A;  5P1X A;  1BDQ A;  2NTR A;  5P2Y A;  5OZF A;  4DQF A;  2B42 A;  5P3E A;  4K4Q A;  5OZJ A;  1AVF A;  3OTY A;  5P34 A;  1IDB A;  1HEG E;  2AOD A;  5P7D A;  3CMS A;  4YHQ A;  5P3H A;  4ACX A;  1AAQ A;  1HVL A;  4J0V A;  2I1A A;  5P7J A;  5P2H A;  5P7K A;  5DGW A;  1BXQ A;  1EPP E;  1GNM A;  1TW7 A;  3D91 A;  5OZ4 A;  1MUI A;  4J1E A;  1KJH A;  5P78 A;  5OYU A;  3OWN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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