4Y3FA

Endothiapepsin in complex with fragment 78
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3fA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3fA01
5P69A 2QHYA 3PLLA 5P24A 5DQ2A 3O9IA 4GB2A 5T4SA 3OGPA 5P13A 5OZZA 4PHVA 1PFZA 3FV3A 4AA8A 4HDBA 2G1OA 1LYAB 5P5EA 1FLHA 5P4AA 5P76A 4JP9A 3BVAA 4DQCA 1YX9A 2FDPA 3PI0A 5EZZA 2I4WA 5P5RA 3GGUA 4S1GA 3K5GA 2QMDA 5P2LA 5COKA 3OHHA 3D91A 3D3TA 2AZCA 4NPUA 3QI1A 3LZYA 2F3KA 1MPPA 3Q6YA 2AQUA 2ZE1A 5OZEA 4Y3XA 2R38A 5C9FA 2PMAA 5P6LA 5KQZA 3OU1A 3K5DA 1HBVA 3NR6A 5OZGA 5P5LA 2R3WA 3VYEA 5P31A 1D4JA 5P73A 4OBHA 3LINA 5P06A 5P3YA 2BPYA 1YT9A 1ZAPA 2PSUA 2WF0A 3NDXA 4K8SA 5PEPA 3EL5A 3T7XA 2B42A 1SGUA 3LZUA 5P41A 4DJQA 2Q5KA 1DAZC 3Q3TA 4ER2E 3QBHA 5P7GA 4J1KA 4B72A 4FM7A 3OQAA 4Y41A 5P6GA 5OYTA 2Z4OA 1D4LA 3JVYA 3OAGB 3VF5A 2BBBA 5P1DA 5BWYA 5P45A 5P4LA 1MRWA 1MT8A 4DQBA 5P0FA 5OZ5A 4LL3A 3K4VA 3I2LA 1G6LA 1IIQA 2NMYA 4U8WA 5P7BA 1JLDA 2BPXA 5P71A 3EL4A 3OU3A 1K6PA 3R1GB 3KM4A 3EL9A 4FRIA 5OZ4A 3QIHA 3D1YA 4Y5NA 3HVPA 1EEDP 2BPZA 1DW6C 4Y3WA 2WF2A 3RVIA 5OZUA 3PJ6A 5OZ2A 2G27A 4I0DA 2HS2A 1GVTA 5P72A 4A6CA 1EC1A 3CYXA 1G0VA 2ZGAA 5OZ9A 4YCKA 3NDTA 1ZBGA 5OZ3A 5P8TA 5P01A 3MSLA 3GI4A 2JJJA 3U7SA 2OHQA 4FRKA 1BWAA 3S7LA 5P4MA 1NPWA 5OZHA 4MC2A 5ER1E 1YTGA 5P54A 3IXOA 3JVWA 3GGVA 4DQGA 2WF3A 2G22A 4DI2A 1IVQA 4NPTA 5P0RA 5P53A 5DR8A 4ZSMA 2HC0A 5P0DA 3CIDA 3TOFA 4BFBA 5P3IA 3GGXA 2QI6A 1PPLE 5P02A 4Y5MA 5P82A 1GNNA 1SGZA 5P8JA 2O4KA 5P64A 5P39A 5E5KA 5P47A 5IVTA 3UCBA 5P8HA 4R91A 1APTE 5P0CA 2PYMA 2P4JA 4Y3PA 3L5BA 3EKTA 3UFLA 5P4GA 5P5YA 3INFA 5P6JA 2QP8A 5P8GA 2R43A 1M4HA 1RV7A 2A4FA 2P3BA 3SKFA 2VJ9A 5P8NA 3TKWA 4APRE 4DJUA 4MC6A 1MUIA 4JPEA 3ZKGA 3FKTA 4RYGA 4J0TA 1HSHA 3BHEA 1B6LA 3NWQA 1HTGA 3Q70A 1LV1A 4GZFA 3S85A 2VA6A 3OU4B 4U7QA 4J1HA 4YOAA 5P85A 2HIZA 2ZJIA 3LZSA 3UDYA 5ER2E 5P0KA 2P3CA 5OZ8A 1EBYA 1T6EX 5P8AA 4DV9A 3SM1A 4ZLSA 5P3QA 4Y56A 1K6CA 1CPIA 2Q55A 3K5CA 2RENA 3OUDA 2OHKA 2BQVA 2QI3A 3EXOA 4ZSQA 3RTHA 4YD4A 4Y3FA 5P38A 3CIBA 5OZ0A 1MTBA 2G1RA 5P2FA 5P6SA 3VCMA 4FCOA 3NDWA 2VNMA 3GI5A 1KZKA 3TPJA 3OXXA 3UFNA 3HZCA 1IZHA 2OHTA 3ER3E 3R0WA 5P1YA 2PK6A 3D1XA 1YTIA 5P7YA 5P25A 5F00A 3EM6A 5P4IA 3PSGA 4Z50A 3ZKIA 1FF0C 2QD7A 1MEUA 4H3GA 4PPHA 4RRNA 1EPPE 2AVOA 4ZIPA 5P0BA 3H5BA 3APPA 5P3EA 4Y3QA 5P11A 2F81A 5P26A 2HPEA 5P59A 4Y4JA 1APUE 5P0HA 1LYBA 4Y36A 4WTUA 5P4OA 4Q1YA 3RTMA 3LIQA 3IVHA 4XX4A 3EKXA 4I0EA 2OAHA 5OZKA 3SA8A 5CLMA 3MSKA 1D4HA 5P68A 2BKSA 2ANLA 4AMTA 5P6CA 3VG1A 2Q11A 5P77A 1HPOA 4Y43A 5SZ9A 2OHRA 1W6HA 1HEFE 3Q4BA 3B80A 1MRXA 5JFPA 2AOHA 1E80E 5P6YA 5P36A 4L7HA 2I4UA 3EKVA 5P4UA 5OZWA 1FMXA 5OZXA 3UQXA 2I4XA 1SBGA 3DV5A 5OZLA 2G1NA 1KJGA 2IRZA 1BXQA 4ZPGA 5P8CA 5KQFA 4I10A 4B05A 2QI7A 3OTSA 4LXMA 5FIVA 3NYGA 3SFCA 5OZYA 4CKUA 5P20A 2H6SA 5P2IA 3UDMA 1ZPKA 5P2TA 2O4PA 1HOSA 4DJWA 1DPJA 5HTZA 5DQ5A 2OHLA 3SA7A 2O4NA 1ZLFA 5P6TA 3QRMA 1K6VA 3SA4A 5P7OA 1ZJ7A 4Z4XA 1AXAA 3BUGA 2WJOA 4HEGA 4Y37A 2WEAA 4CPXA 5P3FA 2NXMA 3N4LA 2J9JA 5P27A 3IXJA 1K2BA 3T6IA 1HEGE 5P7FA 5P6OA 2QD6A 1TQFA 6APRE 4HA5A 4Y51A 2NNPA 2I4DA 3EC0A 5P3KA 1NPVA 4GJ9A 2F3FA 5P5MA 1QBUA 4RZ1A 4J0PA 5P5VA 3M9FA 5P33A 4TRYA 3TKGA 5F01A 1Z8CA 5P4XA 1F7AA 3CICA 7HVPA 4YOBA 3OADB 4CPRA 4TVHA 2CEJA 1IDBA 3QAAA 1GVXA 5P2AA 5P2JA 3VV6A 1FIVA 2XFKA 1KJ7A 2AOEA 5P4PA 3I6OA 1PSAA 3FIVA 5P3AA 4QGIA 1F34A 4Y3AA 5P5JA 3S8IA 4A4QA 1FQ8A 3APRE 3DCRA 2P8HA 5P8MA 5P2SA 3PMYA 5P7EA 5P2KA 2Q54A 2I0AA 2B8LA 3GW5A 1ER8E 2R5PA 5P4ZA 1GVVA 1META 1SDVA 5P2ZA 4DJYA 4RLDA 3VFBA 4DH6A 4NJTA 5P34A 2JJIA 5EZXA 3HD8A 5P6UA 4PEPA 4D88A 3R4BA 1RQ9A 4OBKA 4I8ZA 3IXKA 5P03A 3HBOA 3I7EA 1B6KA 2UY0A 4YD3A 2RSPA 4EXHA 2IKOA 3FSMA 3OUCA 2OHSA 1C6XA 1K6TA 6FIVA 5P10A 5P88A 2F8GA 3PWWA 4EQJA 3CYWA 5HE4A 2ZDZA 4Y3ZA 3SO9A 5P1PA 4OBGA 3VLAA 2IKUA 3LNKA 4EP2A 4MC1A 4YBFA 4RVXA 4D89A 4XXSA 5P1QA 5P08A 5P81A 3I8WA 5CONA 2G26A 4YD6A 5P50A 3DOXA 4L7GA 2FNSA 5KAOA 3HAUA 4Y58A 4EQ0A 3EL0A 1IZEA 3EKPA 1IZDA 5SY3A 1W5VA 4Y9WA 2PWRA 4YA8A 5P8IA 3OGQA 3GI6A 3NU5A 3OOZA 4LAPA 1VIKA 5P4RA 1SDUA 2WKZA 5OZSA 5P8PA 1A8KA 1W50A 2MIPA 5P2QA 1G35A 2PQZA 5P3NA 3SACA 3ZKQA 1XN3A 4BFDA 3UDJA 5P7NA 3QP0A 3SA9A 1HIVA 4D85A 1EPQE 3UQPA 5P2RA 5P0TA 5P3WA 3S43A 5OYUA 5OYWA 3OQKA 3UTLA 4RVIA 5HDVA 4EPJA 3QPJA 4FM8A 5P05A 5ISJA 2R8NA 5DR0A 5P5TA 1A9MA 4AZYA 2ASIA 3UF3A 5P0JA 1EBZA 3LIZA 4J1IA 2QZXA 1QS8A 5P1XA 5P1ZA 2F80A 3S53A 2G21A 2IQGA 1LYAA 5P7XA 3LPIA 2HPFA 4Q1NA 5E5JA 5AH8A 4GJBA 1BILA 4Y4GA 3PGIA 1D4IA 3IN4A 5AGZA 1GVUA 3OHFA 3LHGA 4LBTA 3NU4A 3UDHA 5P6DA 3BVBA 5P0MA 5P0LA 3O9FA 1SMRA 4ACXA 5P6NA 5P1FA 5P3BA 5HDUA 5P3TA 5AH7A 1YTJA 3VSWA 5P2OA 3URJA 1B5FB 5P14A 4ZSRA 5P5WA 5IS4A 5P7LA 4M8YA 5P0GA 2FMBA 4FL8A 3EMYA 4ER1E 2NNKA 1HVRA 2I4QA 3UHLA 1FMUA 3VLBA 4DFGA 1QBRA 2ZJMA 5P2BA 3ZOVA 3ZKSA 5P3ZA 4DUSA 1RL8A 2O4LA 2I0DA 5P3CA 4B1CA 2APRA 4K4RA 3OTYA 1BAIA 2QI1A 2PC0A 1SIVA 5HDXA 3OAGA 5P3SA 2JXRA 1SIPA 4FRJA 4Y5KA 3KDCA 3S45A 5P66A 1ZP8A 1EC2A 5KOSA 1W6IA 3VF7A 3BUFA 4FAEA 1HVKA 5P12A 4ZE6A 3O9DA 5P00A 3R2FA 4QJ2A 4I0ZA 3EL1A 1PPKE 1MT7A 5P44A 1HSIA 8HVPA 2R5QA 5P43A 2NR6A 4Y4EA 4CPQA 4I11A 2F3EA 3SLZA 4Y5LA 5P5AA 5JFUA 2VA5A 5P6AA 3TH9A 3QS1A 5P62A 5P4SA 5P5UA 1CMSA 5P30A 4Y4UA 4AUCA 5P48A 2HM1A 1AZ5A 5OZJA 4Y3TA 5P7DA 2ZHUA 1T6GA 5OZFA 4IVSA 4PYVA 4R92A 4EJ8A 4Y57A 1LYWB 1M43A 4KE1A 3L5EA 4U7VA 5P8UA 2ZJJA 5OZOA 4A6BA 3WB4A 5P40A 3HLOA 1B6MA 3U6AA 2WF4A 5P2YA 5P6KA 3L5CA 3L38A 3O9HA 4Y35A 5P7VA 2IL2A 1LF3A 2PK5A 1A8GA 4XX3A 3QVIA 5ENKA 1AJVA 1D4YA 3WZ8A 1HVSA 1E81E 1ZSRA 1RNEA 2G24A 3FNUA 5P1EA 5P5HA 3OUBA 2O4SA 3C9XA 2ZJNA 1LEEA 5HE5A 4FSEA 5P0NA 4EHCA 5P46A 3LIYA 4EJDA 2UPJA 1DIFA 3HAWA 1FGCC 5P8LA 4EP3A 4FRSA 3BUHA 3VYDA 3ZPTA 2AOIA 4DJVA 1LYWA 2ER0E 3U71A 2AZBA 4YD7A 4BEKA 4CMSA 3KN0A 3PSYA 4Y5CA 2BKTA 3NU9A 4FS4A 1EBWA 1Z1HA 2FDDA 2WF1A 5P5DA 4F74A 2QK5A 2J9KA 3GI0A 4B0QA 5JODA 5P7IA 5DR7A 4J0ZA 4GJDA 1GVWA 3PRSA 3K4VC 3EM4A 5P0EA 1WBMA 4RRSA 3SKGA 5JG1A 2OHUA 5OYRA 3UDRA 1FFIC 4HE9A 5P3OA 2EWYA 3L58A 1ME6A 5IE1A 4NKKA 1T7JA 4YCTA 1WKRA 3SQFA 3O9CA 1HIHA 5P1TA 4GJ6A 1QRPE 5OYZA 2PYNA 3OU4A 5P3JA 3TOGA 5DR3A 3BGCA 3T7QA 2WEZA 1SMEA 5P5GA 2RKFA 2QI5A 3NDUA 2FXDA 3L5DA 3DK1A 2IGXA 3KF0A 5HE7A 5P2CA 5SXNA 3IA9A 4Y5BA 4Y3SA 2V13A 3OQ7A 2ZJLA 3OXWA 3EKWA 1QBSA 3DM6A 1BDRA 2QNNA 5ENMA 2ZHTA 2G1SA 5P60A 1HVLA 4PZXA 1UH7A 5P16A 2AOCA 2G69A 2QU3A 2WEDA 5P5OA 4YDGA 3ZLQA 4RCEA 3EKYA 3NUJA 3RSVA 2B7FA 3VF3A 1YM2A 1AAQA 4L1AB 1ODWA 5P6EA 4Y3LA 1FFFC 5P1GA 4GJ8A 5P4BA 1B11A 5P07A 1TW7A 2VJ7A 5P6HA 5P6ZA 5OZMA 5P32A 3WSJA 4EXGA 5P8DA 3MXEA 5P7KA 5OZBA 4Y4BA 5P8KA 3URIA 3OOTA 3NXEA 4ZPEA 3UDNA 3TLHA 1SDTA 2QZLA 5P04A 5AHCA 5P4FA 3URLA 1AJXA 5OYSA 3D1ZA 5UPJA 2NXDA 3TPRA 2ER6E 1HTRB 4I0GA 3LPKA 2IGYA 1MSNA 3FNSA 1OHRA 2AVVA 1FG8C 4R93A 5IVSA 3UDKA 5P86A 2RKGA 4JECA 3UDQA 2B60A 4I0JA 1AM5A 1TSUA 1EPME 1PSNA 1ODXA 4RROA 1HTEA 3DCKA 5P1RA 1HHPA 1YM4A 1GKTA 3LPJA 3ZL7A 2NPHA 3JW2A 3VFAA 2AOGA 2Q3KA 5B18A 5OYXA 6UPJA 2ZYEA 1HRNA 2B8VA 5DQ4A 5P2DA 5P2HA 3HDKA 2QNPA 4JPCA 5OZCA 3T3CA 2PSVA 4WY1A 4Y38A 1MERA 3ZKMA 3BRAA 4OD9B 3KFSA 3WZ6A 4FM6A 4X2LA 2HB3A 4LC7A 3VV7A 4EJKA 1K1UA 5P1HA 1ZTZA 2Q63A 5P5ZA 4Y47A 4EWOA 1FQ5A 4F76A 5P80A 2BPVA 3OXCA 4RCFA 5P2MA 3UQWA 3L5FA 1ODYA 4NJVA 5P8EA 5P5XA 5OZPA 1W51A 2P3AA 5P1WA 3A2OA 3MWSA 3BC4A 3NWXA 3K1WA 4FLGA 2A1EA 5P49A 3INHA 3VYFA 2FIVA 1HPXA 1T3RA 3RTNA 3LIXA 5P0QA 4Y3DA 4DVFA 4EYRA 1FG6C 2QZKA 4L6BA 2JYSA 1EPRE 4QJAA 4Y45A 4R5NA 5HCOA 1HVIA 4H3IA 3PM4A 5P0YA 2G94A 4YDFA 1E5OE 5KR8A 1UH9A 3DV1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P69 A;  2QHY A;  3PLL A;  5P24 A;  5DQ2 A;  3O9I A;  4GB2 A;  5T4S A;  3OGP A;  5P13 A;  5OZZ A;  4PHV A;  1PFZ A;  3FV3 A;  4AA8 A;  4HDB A;  2G1O A;  1LYA B;  5P5E A;  1FLH A;  5P4A A;  5P76 A;  4JP9 A;  3BVA A;  4DQC A;  1YX9 A;  2FDP A;  3PI0 A;  5EZZ A;  2I4W A;  5P5R A;  3GGU A;  4S1G A;  3K5G A;  2QMD A;  5P2L A;  5COK A;  3OHH A;  3D91 A;  3D3T A;  2AZC A;  4NPU A;  3QI1 A;  3LZY A;  2F3K A;  1MPP A;  3Q6Y A;  2AQU A;  2ZE1 A;  5OZE A;  4Y3X A;  2R38 A;  5C9F A;  2PMA A;  5P6L A;  5KQZ A;  3OU1 A;  3K5D A;  1HBV A;  3NR6 A;  5OZG A;  5P5L A;  2R3W A;  3VYE A;  5P31 A;  1D4J A;  5P73 A;  4OBH A;  3LIN A;  5P06 A;  5P3Y A;  2BPY A;  1YT9 A;  1ZAP A;  2PSU A;  2WF0 A;  3NDX A;  4K8S A;  5PEP A;  3EL5 A;  3T7X A;  2B42 A;  1SGU A;  3LZU A;  5P41 A;  4DJQ A;  2Q5K A;  1DAZ C;  3Q3T A;  4ER2 E;  3QBH A;  5P7G A;  4J1K A;  4B72 A;  4FM7 A;  3OQA A;  4Y41 A;  5P6G A;  5OYT A;  2Z4O A;  1D4L A;  3JVY A;  3OAG B;  3VF5 A;  2BBB A;  5P1D A;  5BWY A;  5P45 A;  5P4L A;  1MRW A;  1MT8 A;  4DQB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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