4Y3MA

Endothiapepsin in complex with fragment 103
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 86
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3mA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3mA01
5P2OA 3T7XA 4J5JA 4IVSA 3O9EA 3O9LB 2R43A 5P4LA 2VA7A 3K5GA 4Y38A 3SACA 2BJUA 2PMAA 5P1AA 1FG8C 5BWYA 5HVPA 3OXVA 5I3XA 5P29A 1SMRA 5P2AA 4ER4E 4DI2A 4YD7A 3HVPA 4EYRA 2AZBA 5P5IA 5P4GA 5P86A 2NXLA 5P5DA 1SMEA 5P88A 3OQFA 4Y56A 5DGWA 5P7HA 5OZHA 2OHPA 4K4PA 4CPWA 2HPFA 5P4YA 5P8VA 1FIVA 5P1VA 5P70A 3Q5HA 3JVYA 4CPTA 1CZIE 5P6AA 1C70A 4Y3LA 3Q70A 1G35A 3LPJA 3HAWA 1EPME 4L6BA 2G1SA 4Y3EA 5P1LA 6FIVA 1QDMA 4AA8A 4U7QA 5P39A 5P3HA 2QK5A 3NU6A 1GVXA 2B8VA 5OZVA 1HVHA 5OZYA 3S2OA 1AIDA 1MUIA 4CMSA 3LZVA 4AA9A 1EPQE 5P6FA 1YTGA 5P4NA 3K4VA 1UH7A 2B42A 4WY6A 5P0HA 5P6VA 4DJVA 1D4JA 1A8GA 3PWWA 3KFNA 2RMPA 3OOZA 4Y37A 4I0GA 5P6ZA 1ZP8A 5P24A 4FAFA 3PJ6A 2FDEA 3EC0A 2OHNA 4HEGA 2AOGA 3SKFA 2NXMA 5OZIA 5P30A 4DH6A 1APUE 1C6YA 3TH9A 5P5XA 4Y3DA 1W6IA 5P5YA 5P2KA 1PPLE 3ZOVA 3VV6A 1TW7A 5P3OA 3PI5A 4DJQA 1AXAA 5COKA 3TPLA 5P17A 3DK1A 3NDWA 4DJYA 3VYFA 1ZPAA 4RYCA 5BRYA 4Z2ZA 4WTUA 1JLDA 5P35A 3G72A 3ZL7A 2ZJIA 3LZUA 3S54A 4K4RA 1VIJA 4OBJA 3LZYA 1ZJ7A 3SKGA 5P4UA 3T3CA 3OUCA 5OYSA 1QBRA 5OZ7A 4GJBA 2BKSA 1BIMA 5P6YA 4R92A 3T7QA 5P40A 3D20A 2P3CA 3UFLA 4Q1NA 5P36A 3Q4BA 3QBHA 5P7CA 3TNEA 4EP2A 4RLDA 3ST5A 5P0EA 5AH7A 3O9GA 4Y4TA 2ANLA 2ZE1A 3KT5A 2Q64A 4Y39A 4Y6MA 1BVGA 1BWAA 3EKPA 2R5QA 5P06A 2JJJA 3BGBA 3I6OA 4DPIA 1KJFA 3TOHA 1W50A 4EQJA 5P0SA 5OZBA 3NUJA 4OBZB 4FGXA 5EZXA 1EPLE 2F3KA 5P3SA 4DQGA 3IGBA 2QHCA 3NR6A 4B1EA 3S7MA 3ZPUA 5P0RA 5P0YA 5P8UA 3EM6A 4JECA 4YDGA 3WSJA 5P1HA 2QP8A 2HB3A 5OZMA 1K1UA 5P1EA 2AVOA 3TOFA 3DCRA 4GMIA 1HVJA 1MERA 3MSKA 2QNPA 5ENMA 2NTRA 1FKNA 3CYXA 1F34A 2AZCA 5IVTA 5P8RA 5P3TA 5P4EA 5OZ4A 3IXKA 1LYBB 1B5FA 1LYAA 1DW6C 5P8QA 3WZ6A 4WY1A 1G2KA 5DR4A 4HLAA 1Z8CA 3MXDA 5P6IA 2HB4A 4RZ1A 3SA7A 5P2RA 1XS7D 5HCTA 5P0TA 3GGVA 5OZXA 1BVEA 1T3RA 3TTPA 3KYRA 1DP5A 4TRYA 5P3RA 5SZ9A 1IZEA 3PGIA 1SDTA 3DV5A 1EC0A 1T7IA 4BFBA 3UDRA 4EJDA 2O4KA 2QHZA 1LYWA 5I3VA 1E82E 5P2FA 4FCOA 1HIIA 2P4JA 3R0YA 1YTJA 2ZJNA 3BRAA 1NH0A 5P01A 1KZKA 3PSUA 3OHHA 4Q1YA 5OYZA 1HRNA 5P8HA 4EHCA 3VV7A 1T6GA 5P0BA 5P7OA 2F8GA 2HPEA 1HWRA 3BUHA 3LPIA 3NXEA 5P8NA 3CIBA 3EL0A 5P51A 3N3IA 1VIKA 5P46A 4FSEA 2OHUA 4QJ6A 3L5CA 3TL9A 2WF4A 5P57A 4D89A 3DUYA 5OZZA 1FGCC 3EKVA 3VG1A 5P4VA 1SGZA 5BS4A 5P66A 5P42A 2PSUA 4Y57A 2P3BB 3EKTA 5P3UA 5P48A 3O9FA 3TKWA 3GGUA 1BWBA 1D4HA 5DR7A 4PZWA 5OZEA 5DGUA 5P02A 1T6EX 5P4JA 2R38A 3NU9A 2AZ8A 5P5LA 2Q63A 2FXDA 4Y47A 2P83A 3TLHA 3OTYA 1HTFA 4NJTA 4CPQA 5C9BA 1ZBGA 5P1PA 3APPA 4Y4GA 4DJUA 5JFUA 1CPIA 5P7XA 3OQ7A 5DR1A 4LL3A 1AJXA 1BDRA 4JPEA 3QI1A 5OZKA 5P2DA 2BBBA 3ZPTA 2Q5KA 5P6SA 4K8SA 1FQ5A 3VFAA 1WBKA 3KA2A 5F00A 4B1DA 4Y4UA 3PM4A 3VYDA 5P71A 2VIZA 3INFA 1HHPA 5P45A 4Q1XA 2J9KA 4Z22A 3KN0A 1W5VA 1D4SA 3OK9A 5P7TA 5P4WA 4QJ8A 5P7QA 3FX5A 1K6CA 3N4LA 2PC0A 4D88A 4DVFA 2P3AA 3URJA 1W6HA 2ASIA 4GJ5A 5P2JA 4S1GA 3SLZA 4HZTA 5P7EA 3OU3A 3HZCA 1EEDP 5P31A 3KM4A 3OY4A 4Y3WA 3H0BA 3DV1A 3O9IA 5P83A 2I4UA 3IVHA 5P3FA 5OYUA 1TZSA 3QRMA 2IGXA 6UPJA 5P2WA 4I0HA 5P8PA 4U8WA 4YCYA 2ER6E 1LEEA 2H6TA 5P5WA 3B80A 5AHAA 3K5CA 2VIEA 4H3IA 1QS8A 4Y5PA 5P4CA 1GVWA 3UTLA 3ER3E 5P0VA 2QNQA 2AOIA 1NPVA 5OZ3A 2Z4OA 3DJKA 4OBDA 3R2FA 4FL8A 4Z50A 3QIHA 5P2SA 4GJAA 2RSPA 3QN8A 5P0KA 5P26A 1PPKE 2APRA 5P73A 3QS1A 3LHGA 1K2CA 2B60A 3NWXA 4H3FA 5P13A 4LHHA 5P3GA 4EXGA 5P6LA 5P3PA 4X2LA 1GVTA 1RQ9A 1U8GA 7HVPA 4Y4WA 2Q55A 1Q9PA 5F01A 3PMUA 4ZSQA 5P3WA 5P1YA 4PPHA 4Y3PA 2HS1A 4I8WA 3D3TA 3FIVA 3DOXA 5HTZA 2R5PA 4PYVA 5P76A 1G0VA 3PWMA 5UPJA 1DMPA 3NU3A 5OYVA 2VKMA 4Y3RA 5P55A 5P2XA 4UPJA 4EXHA 5P3BA 1LF3A 3URIA 5P74A 3RTNA 2WEAA 2G69A 4X7IA 3L5DA 2WKZA 4Y51A 2Q15A 3MWSA 3KFRA 5OZCA 4YHQA 3SQFA 2ZJKA 4KE0A 4QJAA 5P7BA 4XX4A 1MEUA 5P64A 4LBTA 3K5FA 4TRWA 2QI3A 5HU1A 2QMFA 5P6XA 4J1IA 2QI6A 1K6PA 1FG6C 4YBIA 5KOSA 3BUFA 5DQCA 4FIVA 2AOCA 3LIQA 1APTE 5SY2A 1HVIA 5OZ5A 1EBYA 3OTSA 5P5ZA 3GI5A 5P5RA 1GVUA 3PEPA 1FMBA 4TRZA 3INHA 2QD7A 4ZE6A 3FV3A 3G6ZA 9HVPA 1B6JA 1DAZC 5P63A 5P6UA 4DQBA 4XXSA 2ZDZA 4I0EA 5P6QA 3S45A 5P18A 5ISKA 1W5WA 5P0AA 3EXOA 2XYFA 5P65A 2OHKA 3ZKXA 5P4TA 3RTHA 3BXRA 4I0ZA 5HU0A 3PCWA 5KQFA 5P0MA 3QBFA 5OZTA 2WEDA 2OHTA 4A4QA 4FRIA 3NDXA 4Y3XA 4Y3HA 3PI0A 2O4PA 1BV9A 5P1WA 5P4SA 4MC2A 5P2LA 1RPIA 1OHRA 5P3CA 2PK5A 4OBKA 4B00A 3GGXA 4Y3YA 5OZSA 3LZSA 5OYRA 1LF4A 5P3MA 1HEFE 5P7IA 3KFPA 2ZJHA 2VS2A 3OHFA 4CKUA 1APWE 4LXKA 1QBSA 3I7EA 3OU4B 2F80A 1B5FB 1LYAB 5P23A 5P3VA 5P2UA 5OYXA 1SIVA 3L5BA 2OHSA 3QPJA 5CLMA 5P5UA 5P8TA 3TOGA 4R93A 5P41A 4H1EA 5P7FA 1KJHA 3NUOA 4Y3ZA 1IVPA 3D1YA 5HD0A 2BPVA 1XL2A 4XX3A 2G1YA 5DR0A 5JODA 5P79A 1HVRA 3ZKGA 5P72A 4BFDA 5P1RA 3QVCA 1BILA 4Y58A 1SIPA 5OZFA 1ME6A 1QBTA 5P7YA 2B7FA 1EAGA 1LYWB 5TOLA 3VUCA 2ZJJA 4L1AA 3M9FA 1PFZA 5DQ1A 3SA6A 3LIZA 3OGQA 1LF2A 3VF5A 4NJUA 5P2NA 1MTRA 1MSNA 2RKGA 3PLDA 5P1XA 5P7NA 3ZMGA 5IVSA 1MT9A 5P1FA 2IS0A 5P5KA 1N49A 4FAEA 4LXMA 1LS5A 3EKQA 2I4VA 2QMDA 4RVJA 3G70A 3IXOA 2NR6A 5T4SA 2JJIA 4DQEA 4Y4DA 4Y35A 3T11A 4H3JA 3L38A 5P8OA 1TQFA 3O9HA 4I12A 4F73A 1T7JA 2QZKA 5P69A 5P3JA 3S53A 5P5QA 5P0IA 3EL9A 3URLA 2JXRA 3NU4A 3QP0A 4DJWA 3UF3A 2G24A 1OEWA 1HXBA 4FSLA 5P19A 5P5EA 3KF0A 5FIVA 1BXQA 4YDFA 3HBOA 4EPJA 2WF1A 5I3YA 2VNNA 2R9BA 5P6CA 1EBZA 3K5DA 1AZ5A 5DQ4A 2G1OA 5P5JA 5DQ2A 5E5JA 5P4PA 1GNOA 3S85A 5P77A 4OD9A 4Y54A 5OZ0A 3QRSA 4HA5A 5P0OA 1EC2A 4AZYA 2VJ6A 2PK6A 1MESA 5P0GA 5PEPA 4OC6A 4MC1A 2Q11A 3IVIA 4Y45A 2ZJLA 5AH8A 4RRNA 5P4OA 3OAGA 2BQVA 2OHLA 1ER8E 1T7KA 2ZGAA 3L5FA 4Y53A 4I10A 1W5YA 1A30A 2V10C 5P4XA 5P8MA 5P4BA 3NDUA 5P0QA 1QRPE 5P0JA 5P81A 4J54A 5P7JA 3KMYA 5JG1A 1F7AA 1ZLFA 4J1HA 4RYGA 1ENTE 5P8CA 5HE7A 3FNSA 1MIQA 5P8LA 3OUBA 5OZ1A 1FEJC 3U71A 5P2TA 4DQFA 4HE9A 4Y5KA 3OQKA 5P34A 5OZJA 4DUSA 5IVQA 3UQXA 3D1XA 1AJVA 5P6NA 5AGZA 5ER2E 1LV1A 5P1GA 3PWRA 1IBQA 4GJDA 1IIQA 4Y5NA 3VCMA 3K4VC 5P8FA 5P0WA 5P3XA 5P14A 1HXWA 1HVCA 1RV7A 3SAAA 2NPHA 2QD6A 4RGHA 5OYTA 1EPRE 2QCIA 3EL1A 4CP7A 4I8ZA 2F3FA 4GJCA 3C9XA 3EBZA 2V12C 3L5EA 2OHQA 5P1ZA 4B72A 3HW1A 3CIDA 2AIDA 4GB2A 5DQ5A 4DQHA 3NSHA 3EL4A 5KQZA 2HAHA 4J0YA 2Q54A 3QAAA 1OD1A 1E81E 5OZWA 3IA9A 1AM5A 1K6TA 5P8EA 4Y3QA 4ACUA 1UH9A 2UPJA 2IKOA 2QI0A 3UHLA 4ZSPA 1C6ZA 4FS4A 4YBFA 4Z4XA 5P8IA 2XYEA 5P4IA 5P87A 5P4MA 3OQDA 2G26A 2I4WA 5P0LA 3VLBA 4H3GA 2ER7E 4F75A 5P60A 4GJ6A 2ZYEA 2PQZA 3OUAA 1J71A 4M8XA 1GNMA 4ACXA 4R95A 1BBSA 3OU1A 5C9DA 2FXEA 1SBGA 5P0FA 5P2VA 2H6SA 2FGUA 4J1CA 2O4SA 5OZUA 1HOSA 2QAKA 4QJ9A 3T6IA 1WBMA 3PVKA 1HSIA 2UY0A 4Y3AA 3AUPA 1D4LA 5P84A 2QHYA 4E43A 4EWOA 1EC3A 4KE1A 1MT7A 3EKWA 5P7VA 3EM4A 5P7KA 3RTMA 5P11A 1XDHA 1Z1HA 3KDCA 5P05A 5P7GA 3UQWA 3NYGA 3RSXA 5AH6A 4U7VA 3DM6A 3OGPA 5P1BA 4PHVA 3VEUA 1SDUA 5ISJA 3SA4A 1WKRA 4A6CA 5P5MA 5P0PA 4D83A 3UDPA 2AVQA 2G21A 1HPXA 5P37A 3UQPA 1YM4A 2FDDA 2PSGA 4APEA 2FIVA 4DJXA 3UQRA 2ZJMA 3APRE 4MC9A 1CMSA 5B18A 1BXOA 3R1GB 5DPZA 2WECA 3UPJA 5OYWA 2A1EA 4FM7A 1FB7A 3MSLA 1PSOE 2WEBA 3UDQA 2HM1A 4Y3JA 3CKTA 3SO9A 1MTBA 1LZQA 4YD3A 5P04A 1PSNA 3OUDA 3SA8A 1FQ6A 5OZQA 5P7ZA 4GJ9A 1A9MA 1HPOA 3SA3A 4KB9A 5P2YA 2I4QA 1EPOE 5P67A 2VA6A 5OZLA 2ZHRA 3EKYA 3PRSA 5P1NA 5P58A 5P7DA 3UDHA 2O4NA 1HPVA 5P49A 2FNTA 4DPFA 4Y3TA 1TSQA 4I0FA 5HDXA 1FMXA 4CPUA 3VF3A 1META 3SM1A 5P89A 5P28A 5P1DA 2AVMA 3D91A 3L59A 5I70A 4Y50A 4EJ8A 4ZPFA 1KJ7A 5P27A 1HTEA 1IDAA 1SDVA 4Y5BA 4I11A 2UXZA 5P5OA 1ZSFA 5AH9A 4Y5GA 5OZ9A 4EQ0A 2O4LA 5P85A 2G1RA 4Y4BA 3Q3TA 2ER9E 3SABA 3EKXA 3PBDA 3QVIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2O A;  3T7X A;  4J5J A;  4IVS A;  3O9E A;  3O9L B;  2R43 A;  5P4L A;  2VA7 A;  3K5G A;  4Y38 A;  3SAC A;  2BJU A;  2PMA A;  5P1A A;  1FG8 C;  5BWY A;  5HVP A;  3OXV A;  5I3X A;  5P29 A;  1SMR A;  5P2A A;  4ER4 E;  4DI2 A;  4YD7 A;  3HVP A;  4EYR A;  2AZB A;  5P5I A;  5P4G A;  5P86 A;  2NXL A;  5P5D A;  1SME A;  5P88 A;  3OQF A;  4Y56 A;  5DGW A;  5P7H A;  5OZH A;  2OHP A;  4K4P A;  4CPW A;  2HPF A;  5P4Y A;  5P8V A;  1FIV A;  5P1V A;  5P70 A;  3Q5H A;  3JVY A;  4CPT A;  1CZI E;  5P6A A;  1C70 A;  4Y3L A;  3Q70 A;  1G35 A;  3LPJ A;  3HAW A;  1EPM E;  4L6B A;  2G1S A;  4Y3E A;  5P1L A;  6FIV A;  1QDM A;  4AA8 A;  4U7Q A;  5P39 A;  5P3H A;  2QK5 A;  3NU6 A;  1GVX A;  2B8V A;  5OZV A;  1HVH A;  5OZY A;  3S2O A;  1AID A;  1MUI A;  4CMS A;  3LZV A;  4AA9 A;  1EPQ E;  5P6F A;  1YTG A;  5P4N A;  3K4V A;  1UH7 A;  2B42 A;  4WY6 A;  5P0H A;  5P6V A;  4DJV A;  1D4J A;  1A8G A;  3PWW A;  3KFN A;  2RMP A;  3OOZ A;  4Y37 A;  4I0G A;  5P6Z A;  1ZP8 A;  5P24 A;  4FAF A;  3PJ6 A;  2FDE A;  3EC0 A;  2OHN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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