4Y3QA

Endothiapepsin in complex with fragment 109
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 86
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3qA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3qA01
1PROA 5P1XA 5P2BA 3KYRA 5P0HA 5P3MA 4ER4E 2QI6A 2QI5A 4L6BA 1UPJA 3I2LA 1AXAA 4R95A 5P2KA 3U7SA 4AUCA 5P7XA 3OXVA 2QHYA 4RRSA 2NXLA 4QJ9A 5P02A 4Y4TA 1CPIA 1HEFE 3EKQA 3KDCA 2R38A 5P6UA 5P38A 4L7GA 5P1SA 3IXOA 5P6MA 2BPYA 4I8WA 2ZHRA 5P2YA 2PK5A 5P18A 1HVIA 5P65A 5P7WA 3SPKA 3DOXA 1MT8A 5P4WA 3KN0A 3VV6A 4ER1E 1FEJC 4FRJA 3MXEA 4Y5PA 4CP7A 5HDZA 1ODWA 3HLOA 2ASIA 5P7RA 5P6KA 3L5BA 3UHLA 4KE0A 5P2WA 2FNTA 4QJ8A 3FNTA 1EPME 3EM4A 5P7DA 1K1TA 1LEEA 5OYQA 1ME6A 4Y3WA 5P67A 5P2QA 4ACXA 4JP9A 4Z22A 1RL8A 5OZCA 4GIDA 1LYWB 4DJQA 3OQ7A 4DJOA 4B78A 3NU3A 1BXOA 4FRKA 1Z1RA 5P5TA 3TPJA 3QRMA 4B1EA 3LIYA 5P31A 5P8TA 5P1JA 1A8GA 3VV8A 3UDJA 5EZXA 3Q4BA 5DR7A 2XFJA 4D89A 3KDDA 5P6FA 4Y48A 4J1CA 1T7JA 4I1CA 1OEWA 5P44A 3QRVA 5P2MA 5P8PA 3R0YA 4BFBA 3DCKA 4Q1YA 5P7CA 1FQ5A 3A2OA 4Y39A 4Y35A 5P4SA 5P3VA 5P06A 5OZVA 5P8BA 5P54A 5P7MA 5P2NA 3PLDA 4Y51A 5APRE 5KR8A 3OXXA 4YOAA 5P12A 4Y5LA 3NR6A 4K9HA 5P4NA 5OZ9A 5OZWA 4RCFA 1FG8C 3ZMGA 2B8VA 2PYMA 3OAGB 5OYUA 5OZ7A 3UF3A 2VNMA 5P55A 3I8WA 5P3ZA 5P8AA 5P0LA 5P5BA 3URLA 4QJ2A 1EPLE 3OU1B 1UH8A 2ZDZA 5P0JA 4EYRA 4APEA 3BGBA 3PJ6A 3S8IA 4DQCA 5P5CA 1YT9A 3Q5HA 5FIVA 4EWOA 2WHHA 2V13A 1AIDA 3BUGA 2ZGAA 1IVPA 3ZKGA 3ZKXA 1CMSA 2RMPA 1F34A 1TSQA 4DPIA 1HBVA 3OTSA 5P5DA 5P5JA 3KA2A 1NPVA 3DM6A 4FS4A 3U71A 1UH7A 4Y36A 1PSOE 3KFRA 2QMPA 5P4FA 3PB5A 1A30A 1N49A 1FFIC 5P7ZA 3UQPA 4OBZB 1YTHA 2O4KA 5COPA 3QIHA 2PWRA 5P2XA 2BKSA 3UQXA 3UDKA 3PM4A 4CPXA 5BS4A 5P7PA 5HD0A 1FB7A 3SKFA 1FQ7A 3L5FA 4Y3RA 3WZ7A 5C9FA 3TL9A 4R8YA 4NPUA 3O9DA 1YTIA 5P7JA 4L7JA 2IGYA 5JODA 3D91A 4YD3A 3LNKA 4J54A 1BDLA 4DJWA 4EQJA 5KQZA 2AOGA 3QS1A 5P2OA 4I0JA 5P58A 5KQYA 5P4QA 3UDHA 1Q9PA 4Y5NA 3EM6A 4TRZA 2VJ9A 3M9FA 4H3GA 3Q3TA 5DR3A 1D4LA 4FM6A 5P59A 3EL9A 4DJUA 3O9BA 3S54A 2JE4A 2AVSA 2UY0A 3K5FA 1HTFA 1T7KA 2BJUA 5HE7A 2P3BA 3GI6A 2ZE1A 5I3YA 4RVIA 1MVPA 4EXGA 4Y3HA 4YDGA 4LAPA 3OU4B 4MC9A 5P07A 2BPXA 2HPFA 5P5UA 1HVCA 2IEOA 1ZSFA 5P3IA 1KJ7A 1SH9A 3RTHA 3GW5A 5SXNA 5P10A 1ENTE 4QLHA 3VF7A 5AH7A 5P6SA 3VCMA 5P29A 1GVVA 4TVGA 5DGWA 2VIJA 3PWMA 5OYRA 3S56A 2QNQA 1DP5A 5P6CA 4AA9A 3O9IA 4XKXA 5P36A 2VA7A 5HDXA 5P1WA 4YCTA 1HTEA 2G27A 5P32A 4YCKA 5P6BA 2VS2A 2FMBA 1MT7A 4MC1A 5P5LA 2FXEA 2WF1A 1B5FB 5EZZA 4J1EA 3K5CA 4Y5AA 5P3RA 3RSXA 4Y37A 3SO9A 2FDDA 5P0XA 3ER3E 3OADB 1B6PA 4YD7A 5P8CA 5DR4A 3DJKA 4I0FA 4JECA 1IBQA 5P0SA 3VSWA 4Y44A 3S85A 1BV7A 3EXOA 3KM4A 3OWNA 5P85A 1KJFA 2BPVA 2VNNA 2BBBA 3IXKA 2ZJKA 3VV7A 5HCOA 1G2KA 5P3NA 5OYYA 3FNUA 2PSVA 4R5NA 2RENA 3WZ8A 2HB4A 3DV1A 5P3QA 1XL2A 2G1SA 4H3FA 1HIVA 4I0IA 2Q55A 3EBZA 3GI0A 5P6NA 3INFA 3NU6A 5P0TA 2WF3A 4Y3DA 3PMYA 5P0ZA 2JXRA 3PBDA 5OZXA 4FL8A 5P66A 1B11A 1W50A 1HIIA 4Q1WA 8HVPA 2NMZA 2QMDA 2ZJHA 4NPTA 1MTRA 1YTGA 1ZP8A 4RVJA 5P0AA 1D4JA 5DQ4A 4Y56A 2F3FA 1GNNA 1MERA 4A6BA 5P69A 2VIYA 4JPEA 1K1UA 4WY1A 3OQDA 3UDNA 3SA5A 4FRIA 5P1TA 1BVGA 5COKA 1HOSA 3IN4A 6APRE 3NSHA 2F3EA 5HE4A 2J9JB 5P70A 1E81E 1EEDP 4K4PA 3R4BA 4K4QA 4TRWA 4EJLA 1SP5A 5OZ0A 4L1AB 1ZPKA 1HVKA 1SDTA 2BB9A 3BRAA 3PSYA 2V12C 3I25A 5OZSA 5SY3A 5P3OA 1LYAA 4MC2A 5P3YA 5P8RA 3GGXA 5P8DA 5P04A 3RSVA 2WL0A 5I3VA 3TPLA 4TRYA 4FSLA 5P61A 3SACA 5P1GA 1DPJA 4J1IA 1D4HA 2P83A 4Y6MA 1APWE 5P30A 4OBDA 1NH0A 4XX3A 1FF0C 5P40A 3NUOA 3TPPA 5P5IA 3UDYA 3EM3A 2EWYA 3WSJA 4DJPA 2VIZA 2AVOA 3QBHA 3L58A 5DQ2A 2QI0A 4LC7A 2IKUA 4JOOA 3TOHA 1C6XA 1XL5A 5P83A 2V16C 2WEAA 2QZXA 1FG6C 1SDVA 3OUBA 2IGXA 1PSAA 1E5OE 3SA3A 2J9KA 3AIDA 2B60A 4RVXA 1OEXA 5DR0A 1HSGA 5SY2A 4PZWA 1MRXA 3HBOA 5P3AA 2F8GA 4L7HA 2FGVA 5HDUA 5AH9A 4EP2A 4CPRA 5J25A 5CLMA 4DJYA 1SMRA 5P4PA 3IGBA 5ISJA 3S7MA 1K2BA 5OZTA 2ZJMA 2AODA 2RKGA 5DQCA 2Q15A 2MIPA 4Y58A 3AUPA 3EC0A 1CZIE 5IVSA 2HS1A 4FSEA 3EL1A 1LZQA 5P4OA 3PWWA 4Y3NA 2P4JA 5DR8A 3D20A 5P5PA 3QROA 2V0ZC 3SM2A 2QI4A 3PVKA 4EPJA 4RZ1A 4I8ZA 2IRZA 5P7UA 1GVTA 5P5OA 1G6LA 5P52A 2WJOA 2XYEA 2HAHA 3WZ6A 5P13A 5OZQA 3NXNA 4OD9A 3R0WA 1XN3A 2ER0E 2AZ9A 5OZPA 5P76A 4ZSPA 2FNSA 5KR0A 2IDWA 2UPJA 4YBIA 2QZKA 3QVIA 5P2ZA 4J0PA 2RKFA 5P3LA 3LZVA 2HIZA 5P6ZA 5OZZA 2Q64A 5HVPA 2R8NA 1ZAPA 1MRWA 3O9HA 1ODXA 1XE5A 4IVSA 5P45A 2CENA 1K6PA 1HHPA 5P4IA 5P26A 3O99A 5P28A 5E5JA 3PLLA 3HW1A 2VKMA 5P1OA 2AOHA 1HVLA 3OUDA 5P23A 5P8LA 1TW7A 5P3BA 4PZXA 4LL3A 3IVIA 1TSUA 3QP0A 1PPKE 2AZ8A 1HSIA 5OZDA 2I4DA 1PFZA 2PWCA 3TPRA 5P0IA 2R5QA 1NSOA 2RSPA 3EKYA 4Y3FA 3KDBA 3NDTA 3INDA 2HPEA 3LPJA 1EC1A 5P0MA 4ZE6A 4DQEA 1XDHA 1LF4A 5F00A 4NJSA 2AOJA 1EAGA 4AZYA 5OZRA 4CPTA 5P5NA 1FLHA 4GB2A 2OF0A 5P5FA 5P8FA 3ZKNA 1W5YA 4Y4EA 4ZPFA 5P7IA 4OBKA 3VYFA 1OHRA 3N4LA 2QHZA 5P17A 3UFNA 4FE6A 1AJVA 5P1FA 2AIDA 5OZMA 3LPKA 3DUYA 5P6XA 2G69A 3JVWA 4GJ9A 2ZHTA 1FQ6A 2Q54A 3PCWA 1WBMA 4CPWA 5P2UA 2F80A 3UQRA 1APTE 3FSMA 4K4RA 3F9QA 5T4SA 2OHTA 1IZHA 4H1EA 2FXDA 5P8OA 3L5EA 5P1LA 2Q3KA 4J0YA 3UPJA 5OZYA 5P0QA 7HVPA 3C9XA 5JFUA 4B1DA 5OZJA 1HEGE 1HXWA 5JFPA 5AH8A 5P2SA 5BWYA 1HVHA 3PMUA 3VF5A 4J0ZA 2QU2A 5P1HA 1Z1HA 3PEPA 1M0BA 3BGCA 5P2VA 1MPPA 1LYWA 3QI1A 4U7VA 5P4ZA 3TOGA 4Y9WA 1NPWA 3S43B 4QJ6A 4GMIA 1QBUA 1HPOA 4ZLSA 4LXMA 3URIA 4YD4A 3B7VA 2H6TA 2QI7A 3INEA 4QGIA 5OZGA 1LS5A 3IN3A 4F74A 3S53A 5P11A 3SM1A 2OHKA 1DMPA 3LPIA 2A1EA 5P1UA 2ZYEA 3UQUA 3VLBA 5OZ6A 2I0AA 3BVBA 1IZEA 5DGUA 5P7NA 3H5BA 4Q5MA 1BWBA 4NKKA 5AHBA 4Z4XA 1E80E 3QVCA 4N00A 4PHVA 4DI2A 5KR1A 1AZ5A 5P3HA 5P1YA 4B00A 2SAMA 3APRE 2PSGA 2IENA 1K6TA 2I1AA 5OZ1A 3OAGA 2NNKA 2BPWA 5P6PA 5P0YA 1LYBB 4A4QA 3MWSA 5P27A 5P6WA 4OC6B 5AHCA 2OHQA 5ER1E 5AGZA 5P4DA 3EKXA 3OU1A 5P3XA 2FGUA 2OHLA 1GNMA 5P1PA 1ODYA 5P72A 4DQFA 3OUCA 4Y41A 5P4LA 4ZSMA 1FGCC 1WBKA 3TLHA 1W5VA 2WF2A 3G6ZA 2B7ZA 2WF4A 4BELA 4J1KA 3SA7A 4Y3ZA 5P84A 1B6MA 2AZBA 5OZFA 3OGPA 5P3CA 5P6IA 3CYXA 4M8XA 5P7QA 5I70A 5P8EA 1NPAA 3T7XA 2B7FA 4Y43A 3T7QA 4Y4WA 5KQXA 5P3WA 2PH6A 1FMUA 1LF3A 5P1BA 5P50A 1YTJA 2HB3A 4OBZA 3IA9A 3OK9A 3UFLA 5P09A 1E82E 5P7FA 4QJ7A 3KFSA 1U8GA 2G26A 1BDQA 2O40A 2F3KA 5AHAA 1BVEA 3JW2A 4S1GA 4CPQA 4DQHA 3BXSA 4I0HA 5P33A 3CKPA 1G0VA 1Z8CA 1UH9A 3NWQA 5P6LA 1PPME 4WTUA 3MSJA 3RVIA 1BV9A 3KT5A 1ER8E 1C70A 5P3PA 5OZNA 4Y5BA 1G35A 1GKTA 2H6SA 5P0CA 5P86A 3BVAA 4I10A 3D1YA 1BAIA 1EPPE 1MSNA 1DIFA 1KJGA 1EBYA 3BC4A 3OQFA 5P5MA 4Y5KA 3HZCA 3EL5A 5P3FA 4X2LA 4QJAA 2P3DA 2PC0A 4FM8A 2F81A 3CIDA 5OYXA 3EL4A 5HDVA 3PWRA 4OBHA 4Y38A 5P3EA 1TZSA 2Q63A 3LZUA 4D8CA 5P24A 1HWRA 4YOBA 5P7EA 2R3TA 3B80A 5ER2E 5P60A 5P8UA 1VIKA 5P6JA 5KR2A 3T11A 3UTLA 4EHCA 2V11C 5OZ2A 2ZJIA 3HAWA 3L3AA 2QD6A 5P8JA 2G24A 5P46A 3IXJA 5AH6A 2B42A 5P48A 3LIXA 4Q1NA 3OU4A 1T7IA 4DV9A 5P7KA 2BKTA 3SKGA 2P3CA 5P87A 2HB2A 4D83A 4DUSA 3SFCA 5P3UA 4Y53A 4YBFA 4Y3QA 1BWAA 5P2JA 4DVFA 1GVXA 3I6OA 5P2DA 5P7HA 4E43A 2JYSA 1BILA 3VFBA 5P7SA 5OZOA 5P5EA 5PEPA 2V00A 1QBRA 1F7AA 1B5FA 1MTBA 3SA6A 4Y3LA 5SZ9A 4MC6A 1B6LA 5P5VA 1IVQA 1HVSA 3FV3A 4Y50A 1XE6A 4NJUA 4JPCA 1C6YA 3OADA 3Q70A 2R9BA 2OHNA 2VA6A 2HC0A 5P8NA 5P1ZA 2PSUA 5E5KA 5P4CA 1GVUA 1A8KA 4YCYA 3OGQA 5P62A 3GI4A 3GGUA 5ISKA 4ER2E 2ZJLA 4GJDA 3SA8A 3MXDA 3OQKA 1BIMA 3VG1A 5P0PA 3KFNA 1YX9A 5C9BA 2G21A 3OXWA 1M43A 1K2CA 5P15A 4J17A 2I0DA 5P63A 3O9CA 4HDPA 2P8HA 3VF3A 4HLAA 5P68A 5P2RA 3VUCA 3O9LB 5P6EA 4FGXA 5P53A 4B77A 5P2TA 3SA4A 3ST5A 4WY6A 1EC3A 5OZLA 4DQGA 4KUPA 3EKWA 5P14A 5P2GA 3OUAA 5P7AA 2FDEA 1EPOE 5P35A 1BXQA 1C6ZA 1RPIA 2QU3A 5P0GA 4APRE 2PK6A 4Y3EA 4HDFA 2QCIA 4FRSA 5P1QA 5P7BA 2WKZA 4HZTA 5P3SA 5P6HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1PRO A;  5P1X A;  5P2B A;  3KYR A;  5P0H A;  5P3M A;  4ER4 E;  2QI6 A;  2QI5 A;  4L6B A;  1UPJ A;  3I2L A;  1AXA A;  4R95 A;  5P2K A;  3U7S A;  4AUC A;  5P7X A;  3OXV A;  2QHY A;  4RRS A;  2NXL A;  4QJ9 A;  5P02 A;  4Y4T A;  1CPI A;  1HEF E;  3EKQ A;  3KDC A;  2R38 A;  5P6U A;  5P38 A;  4L7G A;  5P1S A;  3IXO A;  5P6M A;  2BPY A;  4I8W A;  2ZHR A;  5P2Y A;  2PK5 A;  5P18 A;  1HVI A;  5P65 A;  5P7W A;  3SPK A;  3DOX A;  1MT8 A;  5P4W A;  3KN0 A;  3VV6 A;  4ER1 E;  1FEJ C;  4FRJ A;  3MXE A;  4Y5P A;  4CP7 A;  5HDZ A;  1ODW A;  3HLO A;  2ASI A;  5P7R A;  5P6K A;  3L5B A;  3UHL A;  4KE0 A;  5P2W A;  2FNT A;  4QJ8 A;  3FNT A;  1EPM E;  3EM4 A;  5P7D A;  1K1T A;  1LEE A;  5OYQ A;  1ME6 A;  4Y3W A;  5P67 A;  5P2Q A;  4ACX A;  4JP9 A;  4Z22 A;  1RL8 A;  5OZC A;  4GID A;  1LYW B;  4DJQ A;  3OQ7 A;  4DJO A;  4B78 A;  3NU3 A;  1BXO A;  4FRK A;  1Z1R A;  5P5T A;  3TPJ A;  3QRM A;  4B1E A;  3LIY A;  5P31 A;  5P8T A;  5P1J A;  1A8G A;  3VV8 A;  3UDJ A;  5EZX A;  3Q4B A;  5DR7 A;  2XFJ A;  4D89 A;  3KDD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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