4Y3YA

Endothiapepsin in complex with fragment b42
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of endothiapepsin-fragment complexes from crystallographic fragment screening using a novel, diverse and affordable 96-compound fragment library.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 78
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3yA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3yA01
5P8BA 2QD7A 2VA5A 3NU4A 3OGQA 1G0VA 6APRE 2AOJA 5P0OA 1N49A 1IDBA 5P6XA 3BC4A 4M8XA 2FNTA 4DQEA 4FSLA 5P4TA 1TW7A 3S56A 4B00A 4L6BA 3UQPA 2Q15A 4GB2A 2OHLA 2WF3A 5P70A 1FQ5A 2AZ9A 3FKTA 4YCTA 1IVQA 1Z8CA 4U7QA 4LXMA 5P4GA 1W6HA 3IGBA 5HE4A 3FNUA 4EQJA 5P1KA 4J1FA 3O9EA 3OU4B 5OZJA 4J5JA 4Z22A 3H0BA 3OU1A 1SDVA 2Q54A 4HDPA 3VSXA 3D91A 5P3TA 3GGXA 5P2JA 2QP8A 4YBFA 1SIVA 1T7KA 1T7JA 3TNEA 3UDHA 4Y3EA 5OZ3A 2F3EA 4Y47A 1BWBA 1MSMA 1XN3A 4K4QA 4FSEA 2ZHTA 3QP0A 4DPFA 3INDA 5OZ6A 5P1WA 5P5GA 4DJYA 4BFBA 4BEKA 5P84A 1HBVA 4Y56A 3OUBA 3I7EA 4Q1WA 1HVHA 2NMYA 4RLDA 3QI1A 3LZVA 1KJFA 3EL5A 5P0TA 3QAAA 1J71A 3VUCA 1YTHA 1ODYA 5P1QA 4L7GA 4R95A 2G21A 1MTRA 1KJ7A 5P6FA 5HVPA 1A8GA 3L38A 4NJTA 4I0FA 3VF3A 3UTLA 3SFCA 3ZKXA 5OZLA 4Y4BA 4KB9A 2O4NA 2QU3A 4ZSPA 5P4OA 3S7LA 3NDUA 4LHHA 4FRIA 1ENTE 3LZYA 1MVPA 5P19A 2QD6A 3UF3A 1XE5A 1PPLE 3ECGA 5P0MA 2P3BB 1MEUA 3NU6A 5P0PA 2ASIA 4FM7A 5P7YA 5P3XA 1YX9A 1VIJA 5P8EA 5P5MA 1YM2A 1MRXA 1EC3A 1HWRA 2MIPA 3NDXA 2G1NA 5P26A 5OZVA 5P83A 1SP5A 3EM4A 2O4KA 4DJQA 3RVIA 4QJ6A 3DV5A 1B5FB 2AOHA 4ZSMA 4CPRA 5P8QA 5P7DA 4DFGA 4R8YA 5IE1A 3Q5HA 4Q1NA 5IVRA 1MPPA 3L58A 3UDYA 5P55A 3BXSA 1FEJC 3O99A 4B77A 3NU5A 1FG8C 2BJUA 5COKA 3Q6YA 1UH8A 1EEDP 3SABA 2I1AA 4R93A 5P73A 5P6MA 1UH9A 4Y45A 3OOTA 5OZ4A 4YD3A 3K5CA 3KDCA 4YOBA 5P2GA 1E5OE 2ER0E 3R0WA 5AHCA 5OYXA 2UPJA 5P3ZA 3EKTA 5P8OA 2BPYA 4Y4JA 5P5BA 3PSUA 4I0ZA 4ZPEA 1BXQA 4ZEAA 3BGBA 3ZKGA 4Y3DA 3EKXA 1PSOE 1QS8A 5OZRA 5P0LA 2AVQA 3PCZA 4HDFA 5P20A 2APRA 3VLAA 3ZPUA 1XN2A 1PPKE 5CLMA 1YTIA 2ZHVA 5OZ8A 1ZAPA 3EKPA 4I0JA 3GI6A 5P8TA 1YT9A 2QZWA 1OD1A 1D4YA 4YE3A 2AVSA 3APRE 5SZ9A 2IGXA 2R9BA 3OU4A 4J1CA 1FMUA 3LPJA 5P23A 2FXDA 2I4QA 1LEEA 5OZCA 1SIPA 1RPIA 1NH0A 5P1EA 5HD0A 4EQ0A 4APEA 1ME6A 4ZPGA 1OEXA 4UPJA 5P48A 3S85A 4K4RA 3ZKMA 2OHPA 3UQRA 3NU9A 1B6KA 4HE9A 3LHGA 5P1RA 5OZTA 1A30A 1RQ9A 3KA2A 1C6YA 3ZOVA 5P88A 3QRSA 5OZFA 2WEAA 5P7IA 2ZGAA 4YD4A 5P2AA 3HVGA 2IL2A 1MTBA 5P5QA 2WF0A 5P7CA 2NXDA 1GNOA 3OAGB 4Y36A 2J9KA 4YA8A 4YDFA 5P1SA 5I70A 2AQUA 4D89A 2BPZA 4J1KA 3MXEA 2G94A 3L5CA 3S2OA 5P4AA 4DQFA 5HE7A 5P3SA 1PFZA 2ZHUA 5P0DA 3WB5A 1FFIC 3PGIA 4OBDA 1A94A 5SXNA 4APRE 2WF1A 1EBYA 4JPEA 5P57A 3S45A 2QAKA 5KOQA 4GJ5A 3HLOA 5C9BA 6UPJA 1K6TA 5P0GA 2QI7A 3OQKA 5JFPA 3VYFA 2R5PA 3OUCA 1YTJA 4J55A 3UHLA 4Y3RA 4B1EA 5P6EA 1WKRA 5BWYA 3Q70A 1BAIA 2R3TA 5HU1A 2OHKA 2F81A 5P28A 4Y3LA 1BILA 1IZHA 2P3BA 1HXBA 3RSXA 5KR8A 3BHEA 2IQGA 4DJUA 4Y4WA 2I0DA 2FDPA 5P4MA 4B1DA 5P1MA 3O9AA 3PJ6A 5P8RA 1CPIA 4LC7A 5P67A 3S43B 1B5FA 5P3HA 2AZBA 4Y5PA 2G1SA 5P4UA 5P74A 1BWAA 5P2TA 3PWWA 4HDBA 4FRSA 2G27A 2P3CA 5P04A 5P7XA 1LYAB 2BPVA 5BRYA 5P7BA 5P0IA 5P7TA 1W5XA 3D1XA 5OZUA 5P69A 3M9FA 1HEGE 2BPWA 4A6BA 3OXXA 4I0IA 4ZLSA 5P1XA 3KMYA 3ER3E 3KDDA 2JJIA 1KJGA 5P4CA 4Y3HA 5P0VA 3TKGA 1FMBA 5OYVA 5P40A 5COPA 2V13A 4J1IA 5ER1E 2PSVA 5P7HA 5P3RA 1K6VA 4HVPA 4I0DA 1PSAA 1TSUA 5P2LA 4M8YA 5P0KA 5TOLA 4QJ9A 2HS2A 3SA6A 1HVIA 4Y5NA 1DAZC 1K6PA 3D1ZA 5P5RA 3ZMGA 5KQXA 3PCWA 5P0XA 4J0PA 1GVUA 5P66A 5P58A 1HIHA 5OZMA 2OHUA 4B0QA 5P7WA 2O4PA 1M0BA 1CZIE 3PRSA 1EC1A 4Y43A 5P56A 1ZJ7A 7UPJA 5KR2A 5P6VA 5P62A 2G1RA 3DOXA 1K1TA 5P49A 5I3WA 3TH9A 3FSMA 5HE5A 1KZKA 4RRNA 3L5EA 5P1YA 5ENMA 5P3LA 3UDKA 3EKYA 3PBZA 2IRZA 4EJKA 3BUHA 2AODA 5P13A 2HIZA 5P2DA 4DPIA 3BXRA 3GGUA 5OZQA 5P6CA 5P77A 3NXNA 3IVHA 4EXGA 1KJ4A 2R8NA 4QJ7A 2AOFA 3RTNA 1A9MA 1SGZA 4CPTA 4FE6A 4QGIA 2I4DA 3CKTA 3O9IA 5OZDA 4EXHA 3PLDA 2PQZA 3OAGA 5HDXA 5P7LA 1SDUA 3IXJA 3K4VC 3FNTA 2HB4A 3EBZA 3CIDA 1HEFE 2FDEA 4J0ZA 5P60A 2FIVA 3O9BA 3PB5A 2R3WA 5P89A 5P6KA 1ZSRA 5P3GA 1EBZA 5P36A 2WF4A 5P1IA 3BUGA 5P24A 2VS2A 1W5VA 3DK1A 5P6UA 2VJ9A 3S53A 4GJ9A 2ZJKA 3VEUA 4DQGA 1K1UA 3OUDB 5P0ZA 1AIDA 2H6TA 3AIDA 5OYYA 3QVCA 1WBKA 5HDUA 1XDHA 2FS4A 4PYVA 5P2QA 3SO9A 5JG1A 3WB4A 2O4SA 1NPWA 2B7ZA 4A4QA 1HSHA 1HVRA 5P2HA 1YG9A 2F3KA 5P4HA 3LIXA 4EWOA 5P3UA 4ER1E 3APPA 2QI5A 1UPJA 4ER2E 3S43A 2R43A 1HSGA 1GVTA 3ER5E 1G2KA 1SMRA 5JFUA 1OHRA 5P6YA 4GJCA 2VA6A 5P08A 3INHA 1LYAA 4ZE6A 5KR0A 1D4LA 3R2FA 4XKXA 5P3DA 2QZLA 4QJ2A 4Y4ZA 3NLSA 3UDNA 2Q11A 5OZYA 4S1GA 1YTGA 1E82E 4Y5BA 4FM6A 3TPPA 4GJAA 2BKTA 2B60A 4H3IA 2AIDA 4KUPA 3UDMA 3DJKA 5P1GA 5P6GA 5P2NA 1QRPE 5P27A 2B7FA 3EKWA 2WECA 1BDRA 4FL8A 1Z1RA 1LF2A 2P8HA 3RTMA 2WKZA 4U8WA 4I0EA 5IVTA 3IXOA 4TVGA 4B70A 5P30A 5P4NA 1B6MA 2BKSA 1META 1TSQA 4GJ8A 2NTRA 4WY1A 4BELA 4Q1XA 4DV9A 2IGYA 4F73A 5P29A 5P4ZA 4MC9A 3SKGA 3QN8A 3DCRA 1GVWA 2QI1A 4XXSA 5P8LA 1ZTZA 3NDTA 3OHHA 5ISKA 4AA8A 4PZWA 1SMEA 3O9LB 4YHQA 3EL0A 1E80E 2HC0A 4Y3FA 1FG6C 5OYQA 2AOIA 5P8GA 1C6XA 4IVSA 3CIBA 1IZIA 1BDQA 5PEPA 5P3CA 2ZJMA 5OZ0A 1T3RA 3A2OA 5P16A 1AAQA 4LL3A 5OYRA 4EYRA 3ST5A 1U8GA 1EC0A 4I12A 3SA9A 1EBWA 2XFKA 4I11A 5AH6A 5P1BA 4LXKA 4F76A 5P87A 5KQZA 1HTRB 1XS7D 4K4PA 1RV7A 4DI2A 1G35A 5P41A 4OC6B 5SY3A 3HBOA 3ZLQA 3JVYA 2PWCA 2V0ZC 2ANLA 2NPHA 2NMZA 2UY0A 5P05A 3ZL7A 5OZZA 5P3JA 2A4FA 1Q9PA 5P8KA 4I8ZA 5P3WA 2ER6E 4ZIPA 5C9FA 2F80A 3U7SA 5P7UA 4J1EA 5OYUA 2Q3KA 1RL8A 3I8WA 3NSHA 5P4KA 2SAMA 1ZP8A 1TCXA 2O40A 3LZSA 5P8CA 3WZ8A 4FM8A 2QZKA 3KDBA 4NKKA 1TQFA 3OUDA 1ZLFA 3HD8A 2OHMA 4YCYA 5P81A 1D4HA 3UFNA 1SGUA 1C70A 3NXEA 4COEA 5AHAA 5OZXA 1DIFA 5P06A 3L5FA 4DVFA 4R5NA 3TOFA 3FV3A 4Y3MA 1HIVA 3BVAA 3HAUA 5OZ1A 3L59A 1ZPKA 4JOOA 5P6SA 5P3MA 3UFLA 3VV6A 4KE0A 2V16C 5P0QA 4YCKA 3TLHA 5P4PA 1FFFC 3LITA 1FQ6A 3PM4A 2FGUA 1NPVA 2UXZA 2P3AA 2CENA 4WY6A 3IN3A 5P3PA 5EZXA 5P2WA 4Y3ZA 1ER8E 2PC0A 4OBHA 5P0RA 5DQ1A 3OU3A 1BVEA 5P3YA 3VYDA 1AJXA 4Y4AA 2AOEA 3K1WA 3BUFA 1FF0C 1MSNA 5P34A 3CICA 5P4RA 5P54A 2B8LA 5P6NA 1M43A 4DJXA 4GJDA 4KE1A 4GZFA 2QI0A 3OK9A 4LAPA 3NUOA 5P80A 5I3VA 5T4SA 3GW5A 5P0HA 5P6ZA 5DQCA 1TZSA 3OHFA 3TKWA 3Q3TA 5P6LA 5P7EA 3UQUA 3N4LA 3C9XA 2QNPA 4L7HA 2OHTA 4Y3AA 1HPOA 4RVIA 4K9HA 4Y4EA 1IZDA 3H5BA 2NXMA 5P01A 3SA4A 4H3FA 1GNNA 4Y5GA 5P1TA 5P7SA 4DH6A 5P3EA 3MXDA 5P71A 5P0SA 4A6CA 3VF7A 1G6LA 3MSJA 5P51A 3TOGA 2VJ7A 5P2FA 4OBKA 2ER7E 5P35A 4AUCA 1HIIA 5P8AA 3MWSA 3OWNA 4PPHA 4OD9B 3KFPA 3O9LA 1UH7A 5P4BA 3R0YA 5HCOA 4D83A 1B6PA 4FAEA 2ZDZA 4DJWA 4Y9WA 1HVSA 3PLLA 5I3YA 5P6OA 4DQHA 1BIMA 4Y4TA 5P25A 3GGAA 2WEDA 2EWYA 3NWXA 3VLBA 1HPXA 5P0WA 5OZ7A 4TRYA 5P4JA 1MIQA 5DR1A 2PK5A 2FLEA 4B1CA 4RYCA 5OZWA 5P79A 2AVVA 4YBIA 5P09A 2P4JA 4Y39A 2F8GA 3QIHA 5P0FA 4AZYA 2V00A 3UDRA 3N3IA 3HW1A 4OC6A 1K2BA 4F74A 4Y3WA 2RSPA 1QBUA 4RZ1A 5P2VA 5P3OA 2ZHSA 2O4LA 2PMAA 3O9GA 5P3AA 5OYSA 2IENA 5DGUA 3OTSA 3NR6A 3K4VA 2ZJNA 3IAWA 5DQ4A 2Q63A 5P43A 2QNNA 2PK6A 3PWRA 5P2MA 1A8KA 3BGCA 3WSJA 1DP5A 1M4HA 5AHBA 4H3GA 4QJ8A 5KOSA 4EJLA 1HVLA 1GKTA 2G69A 3QVIA 1DMPA 2AVMA 5E5JA 4FLGA 5P7GA 1AM5A 1NSOA 5P53A 1HRNA 5SY2A 3K5GA 4Y6MA 2G26A 4XX4A 4J0VA 2P3DA 5P32A 3PVKA 2ZJLA 5OZ9A 1HTFA 2QI4A 1PPME 5P1DA 1T7IA 4Y4UA 3KN0A 4Y3YA 1APWE 4GJBA 1PROA 4ZSQA 3O9CA 1IVPA 3OADB 5JODA 5OZAA 5P5VA 3DCKA 3TTPA 2I4UA 3URJA 5P5HA 1LYWB 5P3KA 5P1PA 1XL2A 5P4FA 3OY4A 3KM4A 5KQFA 3KF0A 4RRSA 3UQWA 5P7AA 2B42A 3D1YA 1GNMA 2QHCA 4EP2A 4Y3NA 5IVQA 5P6BA 1SH9A 2QD8A 3VYEA 5IS4A 2PWRA 5P8VA 2NR6A 3SM2A 5P15A 1W5WA 2FGVA 4EP3A 4DQCA 1AJVA 5P5KA 3KYRA 4JECA 5P0YA 2PH8A 5EZZA 5HDVA 1FQ7A 5P3FA 5F01A 2AZCA 3GI5A 5P8IA 1ZSFA 2WHHA 5P5DA 4Y51A 4Y38A 4ACXA 2BQVA 1QBTA 4AMTA 5ISJA 1W6IA 2AOCA 5P18A 2R38A 5P7KA 2WF2A 2RMPA 1QBRA 3LIZA 3SPKA 5P1HA 4EPJA 4K8SA 4OD9A 3OQFA 1HSIA 4I10A 3BVBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P8B A;  2QD7 A;  2VA5 A;  3NU4 A;  3OGQ A;  1G0V A;  6APR E;  2AOJ A;  5P0O A;  1N49 A;  1IDB A;  5P6X A;  3BC4 A;  4M8X A;  2FNT A;  4DQE A;  4FSL A;  5P4T A;  1TW7 A;  3S56 A;  4B00 A;  4L6B A;  3UQP A;  2Q15 A;  4GB2 A;  2OHL A;  2WF3 A;  5P70 A;  1FQ5 A;  2AZ9 A;  3FKT A;  4YCT A;  1IVQ A;  1Z8C A;  4U7Q A;  4LXM A;  5P4G A;  1W6H A;  3IGB A;  5HE4 A;  3FNU A;  4EQJ A;  5P1K A;  4J1F A;  3O9E A;  3OU4 B;  5OZJ A;  4J5J A;  4Z22 A;  3H0B A;  3OU1 A;  1SDV A;  2Q54 A;  4HDP A;  3VSX A;  3D91 A;  5P3T A;  3GGX A;  5P2J A;  2QP8 A;  4YBF A;  1SIV A;  1T7K A;  1T7J A;  3TNE A;  3UDH A;  4Y3E A;  5OZ3 A;  2F3E A;  4Y47 A;  1BWB A;  1MSM A;  1XN3 A;  4K4Q A;  4FSE A;  2ZHT A;  3QP0 A;  4DPF A;  3IND A;  5OZ6 A;  5P1W A;  5P5G A;  4DJY A;  4BFB A;  4BEK A;  5P84 A;  1HBV A;  4Y56 A;  3OUB A;  3I7E A;  4Q1W A;  1HVH A;  2NMY A;  4RLD A;  3QI1 A;  3LZV A;  1KJF A;  3EL5 A;  5P0T A;  3QAA A;  1J71 A;  3VUC A;  1YTH A;  1ODY A;  5P1Q A;  4L7G A;  4R95 A;  2G21 A;  1MTR A;  1KJ7 A;  5P6F A;  5HVP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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