4Y3YA

Endothiapepsin in complex with fragment b42
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structures of endothiapepsin-fragment complexes from crystallographic fragment screening using a novel, diverse and affordable 96-compound fragment library.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 78
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3yA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3yA01
4Y5GA 3DK1A 4I0HA 2QU2A 5KQYA 5P05A 5AH9A 2V12C 5P0XA 3O9EA 4KE0A 3L38A 1E5OE 5P57A 2VA7A 2B42A 5DR3A 2WF0A 3RTNA 5P8FA 4K4RA 1HOSA 1YTIA 5HE5A 1NPVA 3BRAA 1BAIA 1BVGA 2H6TA 5P88A 3Q6YA 3ZL7A 4CPWA 1GNOA 5AHAA 1FEJC 4J1FA 1MRXA 3OUCA 5P5SA 2ZHTA 4BFDA 3OADA 2HB2A 5P6WA 3EL5A 5P3JA 4LP9A 2BKTA 4DJQA 5P5QA 4RYCA 3SLZA 3TPJA 5P1JA 4YDFA 5P4ZA 5P8QA 5P1ZA 3OXVA 5KQZA 2AZBA 4Y3MA 3O99A 2QP8A 5HCOA 1MSNA 4Y4ZA 5P27A 3NXEA 1ZPAA 5P8BA 3MXEA 5P82A 4ZSMA 3QVIA 3S45A 5P1XA 1FQ5A 5I3XA 5P6FA 5OYSA 4Y4TA 3UTLA 5P3GA 1E80E 2WEDA 5OZ1A 3U71A 1KJ7A 5OZ4A 4K4PA 5CONA 3LIYA 3KN0A 2QI7A 5P6KA 4Y3GA 5P8RA 6UPJA 2F81A 1TSUA 1BXOA 2FDEA 3TOFA 1XE5A 3QRMA 5OZEA 1FF0C 3NDWA 3WZ8A 4TRYA 5F01A 5P3RA 5P4YA 5P1QA 4XX4A 2FDPA 3ZPSA 3PWMA 3ZKXA 3O9IA 1EBZA 4RCEA 5TOLA 5JFUA 3SA5A 5P62A 5OZ9A 5P0JA 1PPME 5P7CA 7UPJA 5OZ6A 1GVWA 5P6GA 1BWAA 2QMFA 3DV5A 3O9AA 4DQBA 3GGAA 5P5NA 3UDNA 2QMDA 5DR8A 3NU3A 3HZCA 5P3SA 5P0BA 4Y3JA 2R38A 3FNSA 2PH8A 2Z54A 3OAGB 3L58A 1UH9A 3S54A 2ZGAA 3B80A 3I6OA 5AH8A 3SPKA 2WKZA 3L59A 5P76A 5DR7A 2ZJMA 4Y5LA 2FNTA 5P1BA 4B1CA 5P3XA 2XFKA 1T6GA 5P0WA 3KT2A 5OZHA 1ODXA 3ZPUA 4RRSA 2QZKA 5P1SA 5HE4A 1SGUA 2MIPA 3IGBA 2QNNA 4Y3ZA 2IENA 1ZBGA 3VYEA 5P0LA 5P5KA 4PZWA 1K2BA 3INEA 1PPKE 5P2EA 2G21A 4COEA 5P23A 5P03A 2IQGA 3OHHA 2A1EA 5OZTA 4APEA 4LL3A 5P43A 3QROA 2QNPA 5IVSA 1HVIA 5KR0A 5P5BA 3BXSA 1FGCC 5DQ5A 3RSXA 1FFIC 4YD3A 3TPRA 4QJ2A 4GJCA 3KM4A 4Y3PA 2P3DA 5P0AA 3U6AA 4DJPA 5P3DA 1IDBA 4J1IA 3UFNA 1HWRA 3VSXA 3A2OA 5P8CA 5P2KA 4CPQA 3G6ZA 1A8KA 4XXSA 5P44A 4CP7A 5IE1A 5P11A 2I4XA 4U7QA 4A6CA 1UH7A 1LYAB 3T6IA 3WB5A 1EPLE 4J0YA 1KJHA 4J54A 4MC6A 3T7PA 1ZPKA 2F8GA 4LC7A 2QHYA 3SAAA 5P31A 2P3BB 3BUGA 3QS1A 5HDZA 5P0SA 5P6RA 5P6XA 2R8NA 4I0GA 3TPPA 3FNTA 5P0RA 1XN3A 3OU3A 3FSMA 4M8XA 3UQPA 4YCKA 5P24A 4I0IA 4L1AA 3URLA 4GIDA 4Y3NA 2O4NA 2JXRA 2AVSA 4FRIA 5OZ5A 3TLHA 3UCBA 2PMAA 1BILA 3LIXA 4LBTA 5BS4A 3VUCA 2WF1A 5P6QA 5OZKA 5IS4A 2I4DA 5KAOA 5P4HA 2F3FA 1SDVA 5I3YA 4J1KA 3L5BA 5P83A 4YOBA 1MRWA 1QBSA 3DOXA 4UPJA 2OHQA 1W51A 1M0BA 5P18A 5OYYA 3BGCA 1PSNA 3ZOVA 4E43A 3HLOA 3OTYA 1FLHA 4EP2A 5P4RA 1HPOA 1D4YA 2AVQA 2AZ9A 2QCIA 1D4JA 2NMYA 3CIBA 5OZZA 3LHGA 5P1GA 3OU4B 4PEPA 2AOIA 4KB9A 4RROA 1GVUA 4R95A 3PVKA 4X2LA 4BEKA 2APRA 5P3PA 5OZ7A 5P1PA 5P7GA 2I4WA 1APWE 5P39A 5P58A 5P6TA 4MC1A 3SABA 2HB4A 2B7ZA 3VV6A 3EM3A 4DH6A 2CENA 5P5OA 5P1HA 2IRZA 1PROA 3K1WA 5HCTA 5OZRA 5SZ9A 3BUFA 3S7MA 3GGVA 4YBFA 1CPIA 1K1TA 5P4IA 5SXNA 3OQ7A 5HU1A 2ER9E 1HTEA 5P6PA 5P0DA 4I11A 2Q11A 5P7WA 5P74A 3NXNA 4Q1WA 4Y4DA 1PSOE 5P2JA 3MSLA 1RNEA 1K6VA 3QAAA 1DIFA 1MT9A 5P5YA 3CKRA 2P3CA 5P30A 5P1DA 3OQFA 5UPJA 1DPJA 4Y54A 4HZTA 4YD4A 3TKWA 5P8JA 1HTGA 4OC6B 2F3EA 2VS2A 1IVQA 2R3TA 3EL4A 5P4XA 5P5EA 4ZEAA 5P0NA 1B6JA 2FS4A 5P70A 3PWRA 2QMGA 5P8TA 4Y3FA 2QZXA 5OYWA 2XYFA 5OZMA 5OZVA 4DPIA 4OBZB 4D88A 3I8WA 2QI5A 3BHEA 3IA9A 3VYDA 5P7BA 3O9HA 4ZSQA 3LZUA 2R43A 5F00A 5P7VA 2QI0A 5OZNA 1HVLA 5OZPA 5P33A 5P7PA 1FFFC 1MT8A 5OZBA 1KJ4A 3OK9A 1NPWA 4PHVA 1WBKA 4Y38A 4BFBA 2AQUA 3CKTA 2G1SA 5P6MA 1Q9PA 5P4TA 4RYGA 4F75A 5OZJA 1SP5A 2J9KA 3PCZA 5P4CA 5HTZA 3PWWA 1EC1A 3NLSA 1E82E 1J71A 3OU4A 2AOCA 3OU1B 2G27A 2OF0A 1JLDA 4APRE 2NR6A 5HDUA 3LIQA 5P3OA 2OHUA 5P7FA 2HS2A 3CICA 4L7JA 5P69A 5P78A 5P7OA 1Z1RA 5COOA 5OZUA 5P3NA 5OZ3A 1PFZA 5KR2A 1EC2A 2QMPA 2AOFA 5P1KA 1B6KA 4WTUA 1EC3A 2WF3A 5P6IA 4Y5AA 5AHBA 1N49A 4F73A 5JFPA 1E81E 5P6NA 3UQWA 5AH7A 4H3FA 3I25A 1YG9A 2PQZA 3PCWA 2ASIA 1W5XA 1XS7D 1ODWA 5P37A 1T6EX 5P4GA 3B7VA 4DUSA 3UFLA 3NR6A 2HAHA 5ENKA 3HAWA 5P4VA 4CPSA 3T7QA 4RCDA 5OYUA 3KA2A 5P8VA 1SMEA 1BV9A 5P71A 1TCXA 5P7YA 3O9GA 5P5MA 2F3KA 4FL8A 4I0ZA 4OBKA 1D4LA 4J1EA 2QK5A 1META 4ZLSA 1T3RA 1HPSA 4FRSA 5P2LA 4EJDA 4Y4WA 4ER1E 2VA6A 5P87A 2Q55A 1HSGA 5P3HA 4RVXA 5P48A 2G20A 4OBZA 4TVHA 3VFAA 3JVWA 2PWRA 3TL9A 4I0FA 2Q63A 5BRYA 1EPQE 4Y39A 1HTRB 3R1GB 3PM4A 3NDUA 1TZSA 5P3FA 4AA8A 5OZ8A 1MPPA 3OUDA 5P15A 3SACA 1XN2A 5P0QA 1ZSFA 1GVTA 2ZJJA 4CKUA 3O9FA 5P3YA 1TW7A 3GGXA 2QI6A 5COPA 5P2BA 1XL5A 4Y4JA 3RTMA 3IN4A 2G1YA 3PI0A 1LYBA 1RL8A 4Y5EA 5P4OA 2OAHA 5P0ZA 2V16C 3O9LB 2AZCA 3DCKA 4PPHA 1OHRA 3VSWA 4B70A 4LXMA 1EPOE 5P5IA 4Y5MA 4CPUA 4DI2A 5CLMA 3NUJA 3OGQA 2VIJA 3OU1A 4Y4GA 5OZQA 3EC0A 3SA8A 4EJKA 2AOGA 3INDA 2JJJA 3UPJA 2PSVA 3QP0A 3UHLA 2AOJA 3EKWA 5P1YA 3EL9A 5OZSA 4WY1A 3NU6A 2BPVA 3NYGA 5P13A 1B6MA 1HTFA 3FV3A 5DQ2A 5P2UA 3LINA 4XKXA 5DGUA 5P8PA 1ODYA 5P0HA 5P1FA 1YTHA 4DVFA 2A4FA 3UDQA 1OEWA 3GI0A 3OXCA 3OTSA 1IVPA 5OYRA 5DQCA 2QNQA 1ER8E 3OUAA 4Y3DA 5P47A 4DJVA 2QI3A 3HDKA 5P2YA 4AZYA 4H3JA 1HVRA 3ZKSA 5HDVA 2OHNA 2WF4A 1BBSA 1HRNA 5P7LA 4JP9A 3HD8A 4K9HA 1EBYA 3PEPA 4OBFA 5OZXA 5P35A 1KJFA 4DJRA 2ZJNA 4HLAA 5OYVA 3INHA 2UPJA 5P22A 3SKGA 1B6PA 2AVVA 1SBGA 1T7IA 1SDTA 3SO9A 2G69A 4RLDA 5P2GA 4FM7A 2IKOA 5P00A 2HPEA 1FG6C 5P77A 4FAEA 3IVIA 5P2AA 2BPYA 5P6YA 1RV7A 5P6VA 1XDHA 2FGUA 2G22A 2VA5A 3OQKA 4Y57A 3LIZA 2PWCA 5P5AA 2JYSA 2JJIA 5KQXA 4Y5KA 5KQFA 3O9LA 4H3GA 2ZJLA 5P6EA 3PB5A 5P1TA 4RGHA 2EWYA 1FQXA 4DJXA 4L1AB 4AA9A 2AOHA 3ST5A 5P2VA 2FNSA 1DP5A 2RENA 4YD5A 4ER2E 5P2TA 3T3CA 3LPKA 5DQ4A 2NXMA 5P2ZA 3PHVA 4DQFA 1F7AA 2PK6A 4JOOA 4XX3A 5P26A 3O9DA 5P6LA 1VIJA 2F80A 4ACXA 2FIVA 5P2IA 3ZMGA 3QPJA 4TRWA 2PH6A 4GJDA 3TTPA 3NU4A 3D1ZA 2B60A 4A4QA 4DQCA 5JODA 1QDMA 5P1LA 5P1OA 5P89A 4F76A 5P3QA 5P8MA 2I0DA 1YT9A 4Y3QA 4FIVA 5P7QA 4L7GA 5P7MA 5P4LA 1LF4A 2O4LA 5P16A 5P7KA 1SH9A 3UDYA 4GJAA 1QRPE 1EEDP 5P3IA 5P0TA 1EPPE 5P5HA 3PRSA 4Y5NA 3S53A 5OZOA 2QHZA 5P14A 5P3VA 2Q64A 1TCWA 1YTGA 3WZ6A 4Y36A 5DQ1A 3QI1A 4PYVA 5P64A 4Y3SA 5P1WA 5P7IA 5P0KA 3HVGA 5P6UA 3K5FA 4Y50A 4GB2A 5P8KA 4Y9WA 4DJOA 4Y3HA 3PBDA 3O9BA 2ER6E 3S2OA 5P4KA 4FM6A 4D85A 5P6DA 2AVMA 3LPIA 3LZVA 5P38A 4LXKA 2QU3A 1EBWA 5P4NA 2HC0A 5OYZA 1HIIA 4Y48A 1LEEA 5P42A 3GGUA 5P07A 3FIVA 3L5EA 2JE4A 4NJVA 4R91A 5P0UA 5P6SA 1MSMA 2WHHA 2VIYA 2PYNA 3R4BA 1CZIE 5P80A 5P1RA 5P3KA 3SA6A 2NNPA 1HVJA 2QAKA 5P5TA 5P52A 3K4VA 1MTBA 2BB9A 3IN3A 3NU5A 3OWNA 5HDXA 4ZE6A 5P8GA 4ZIPA 4D8CA 1HXWA 5DGWA 1D4SA 5I3VA 2UY0A 3KYRA 3BVBA 3NU9A 2XYEA 5P01A 3VV8A 5P67A 5P5JA 3H5BA 2Q15A 1NPAA 2V10C 4Y3XA 3EBZA 4YD6A 5P7NA 1FMUA 4Q5MA 4J55A 2O4PA 4FE6A 2I4VA 3CIDA 3UQUA 4OBJA 5P6AA 2R9BA 4B72A 2ER7E 1U8GA 3PSUA 4AUCA 5ENMA 4PZXA 1B6LA 5P4EA 5P41A 5P73A 4FSLA 2WL0A 5P5XA 4R92A 4Y3EA 1HEGE 2OHTA 5ER1E 5AHCA 5P1CA 4Y4UA 3VCMA 5P6JA 3ZKGA 3LZYA 1ZP8A 2AZ8A 5P75A 2FXDA 5B18A 3K5DA 3VV7A 4Y5PA 5P7UA 4ACUA 1BDRA 5P1IA 3UDJA 3FNUA 4DFGA 5P2HA 2J9JA 3N4LA 1EAGA 1RQ9A 3PMUA 1C6XA 5COKA 1HIHA 3KDDA 5P4FA 2NXDA 3IXKA 5P32A 2BPXA 4R93A 1EPRE 1BDQA 5OZ0A 5P4PA 4Y56A 5SY2A 4IVSA 5C9FA 1HVCA 5DPZA 4J0VA 2QD7A 1M4HA 4CPTA 2NNKA 5SY3A 3DCRA 3OUDB 5P45A 2OHMA 5P29A 1HPXA 3D3TA 4U8WA 1MUIA 1HXBA 3INFA 1FMXA 1IDAA 3GI5A 4QGIA 4R8YA 3EM6A 4B0QA 3L5DA 5KR1A 4GJ9A 4EYRA 2ZDZA 5OYTA 3APPA 3KFPA 4DQHA 4Z50A 1LYBB 4AMTA 4S1GA 1GKTA 3OXWA 4YBIA 2B7FA 4B00A 1D4HA 3S43A 3TOGA 2HIZA 3DV1A 1BIMA 1ZSRA 2Q5KA 4Y5CA 3CMSA 1AXAA 1AZ5A 4Y58A 2IDWA 1GVXA 3D1XA 1A9MA 5P04A 3URIA 4Y3YA 3Q3TA 4Y41A 3GI6A 1FIVA 4NKKA 1A30A 3FX5A 5P2OA 2R3WA 5OZFA 4Z22A 3NDTA 3R0WA 3KDBA 6APRE 3PLLA 3SA3A 5P0IA 4ZPFA 3VYFA 4Z4XA 2ANLA 3EXOA 5KOSA 1OD1A 5OYQA 2ZYEA 5P56A 1UPJA 1F34A 1QBUA 4CPRA 2OHSA 3PI5A 1A94A 5EZXA 7HVPA 5ISJA 2AOEA 4B05A 2VJ6A 3BUHA 4FM8A 4YCYA 3UQXA 3RSVA 1Z1HA 5P5CA 3I2LA 5OZWA 4B77A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y5G A;  3DK1 A;  4I0H A;  2QU2 A;  5KQY A;  5P05 A;  5AH9 A;  2V12 C;  5P0X A;  3O9E A;  4KE0 A;  3L38 A;  1E5O E;  5P57 A;  2VA7 A;  2B42 A;  5DR3 A;  2WF0 A;  3RTN A;  5P8F A;  4K4R A;  1HOS A;  1YTI A;  5HE5 A;  1NPV A;  3BRA A;  1BAI A;  1BVG A;  2H6T A;  5P88 A;  3Q6Y A;  3ZL7 A;  4CPW A;  1GNO A;  5AHA A;  1FEJ C;  4J1F A;  1MRX A;  3OUC A;  5P5S A;  2ZHT A;  4BFD A;  3OAD A;  2HB2 A;  5P6W A;  3EL5 A;  5P3J A;  4LP9 A;  2BKT A;  4DJQ A;  5P5Q A;  4RYC A;  3SLZ A;  3TPJ A;  5P1J A;  4YDF A;  5P4Z A;  5P8Q A;  5P1Z A;  3OXV A;  5KQZ A;  2AZB A;  4Y3M A;  3O99 A;  2QP8 A;  5HCO A;  1MSN A;  4Y4Z A;  5P27 A;  3NXE A;  1ZPA A;  5P8B A;  3MXE A;  5P82 A;  4ZSM A;  3QVI A;  3S45 A;  5P1X A;  1FQ5 A;  5I3X A;  5P6F A;  5OYS A;  4Y4T A;  3UTL A;  5P3G A;  1E80 E;  2WED A;  5OZ1 A;  3U71 A;  1KJ7 A;  5OZ4 A;  4K4P A;  5CON A;  3LIY A;  3KN0 A;  2QI7 A;  5P6K A;  4Y3G A;  5P8R A;  6UPJ A;  2F81 A;  1TSU A;  1BXO A;  2FDE A;  3TOF A;  1XE5 A;  3QRM A;  5OZE A;  1FF0 C;  3NDW A;  3WZ8 A;  4TRY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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