4Y3ZA

Endothiapepsin in complex with fragment 41
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3zA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3zA01
3LITA 3L5BA 1FEJC 2BJUA 2QNQA 5P3QA 4GJ6A 1OEXA 1SIPA 4LXAA 1HTEA 3D91A 4FRJA 3EKXA 2FLEA 4YE3A 1FIVA 3LPJA 2FGUA 1NPWA 3UQXA 4A4QA 1MRXA 5OYSA 1FMBA 5P28A 4DPFA 1A8KA 4D89A 5P8DA 5P3OA 4LXKA 5P5VA 4Y3PA 2ZJHA 3PBDA 5P7BA 5JFPA 1HOSA 3NDTA 5P0MA 5P5JA 1T6GA 4ZIPA 5P8BA 3PMYA 3BGCA 2CENA 5OZQA 5F00A 3SA5A 1KJGA 4FRIA 4BEKA 1K1TA 1BXOA 3TOFA 2PC0A 2NTRA 1APUE 4J0TA 4FGXA 3KFSA 2WF2A 1B5FB 3ZPUA 5P3LA 2ZDZA 3SA6A 3RVIA 3WZ6A 3PSUA 5P2NA 2OHNA 4I1CA 4MC2A 4K4PA 5P37A 5P4LA 3RTHA 3FNTA 4EJ8A 2IENA 5I3XA 3EKQA 5P03A 4Y58A 1PPKE 4Y5BA 3U7SA 3CKPA 5HU0A 5P8TA 2ZE1A 5P1BA 5T4SA 4RRSA 5P79A 5P3TA 3O9LB 4U8WA 3QBHA 1GKTA 3EKPA 5P0IA 4Y4XA 2QI7A 4F74A 1XE5A 5HE4A 4F73A 3Q70A 3EKYA 3IXJA 3MWSA 1E80E 5P8GA 5J25A 5I70A 5P13A 5OZOA 4RROA 5P5PA 1QBTA 3SLZA 5P3FA 2AQUA 3WZ7A 5KAOA 5P4PA 3OY4A 2NXMA 3QN8A 5P1PA 1MERA 3QPJA 5P7PA 4K4RA 5P63A 4R93A 4CPUA 4DQGA 4J1FA 5P1GA 4KB9A 1HXWA 3DUYA 3H0BA 4Y48A 4HLAA 1LYWA 4Y41A 3URJA 2NR6A 2IEOA 2R3TA 1B6PA 3FKTA 4Y5AA 5P6PA 5HCOA 3FSMA 4ZSMA 1FQXA 1ZSRA 5P0RA 1AAQA 5OZBA 5ER2E 1XS7D 2VA5A 4Y4DA 2J9JA 2JXRA 2QU3A 5P2AA 3SO9A 5OZDA 5ER1E 1EPLE 5P5BA 3PCWA 4OBHA 1GVWA 1HIHA 5KR2A 4Y50A 5P78A 3ZKSA 5P24A 3O9FA 4ZSQA 4E43A 2FDPA 5P2OA 4OC6B 1T3RA 2F81A 3PRSA 5P0HA 4MC1A 4S1GA 3UDNA 4Y38A 5P8AA 1OEWA 3INHA 2V00A 5B18A 4Y53A 4JP9A 3HBOA 3VV8A 5P18A 3QI1A 5P3SA 1EEDP 1BDRA 1SGUA 2P3AA 3KA2A 2JJIA 5P3AA 4I0GA 4RYGA 4DI2A 1A8GA 4ZE6A 1WKRA 3SKFA 5HE7A 5P86A 3MSLA 3EBZA 5P2KA 1PSNA 1ZSFA 1IZIA 2AZCA 4LXMA 1MSMA 4CPXA 1YM4A 5HDVA 2FNSA 3NWQA 5P2TA 2QHZA 4ER1E 1MT9A 3ZMGA 3D1XA 1APWE 2FDDA 3PI0A 4I0FA 3SFCA 3EM6A 5P1FA 3KT5A 5P07A 5P4SA 1K2BA 2VIEA 3NXNA 4Y4JA 2AOFA 4Z22A 1NSOA 1BILA 4Y5LA 4YCKA 4NJSA 2O40A 1HPSA 5P12A 3RTMA 2OHQA 3T3CA 5DQ4A 5P46A 1TSUA 3VCMA 4Y3FA 1SBGA 2VKMA 2Q54A 4K9HA 2Q3KA 1CMSA 3WSJA 4B1EA 3JVYA 2AODA 3O9CA 1MT7A 4DQEA 5P1YA 2AVOA 4FM8A 5DQ1A 2O4NA 3PWWA 1RQ9A 4LBTA 3FX5A 5P6GA 5P0SA 3KDBA 2A4FA 5P17A 5P6JA 4DJQA 3QP0A 3B80A 5P3GA 5DGUA 3O99A 1F7AA 2H6SA 3OUDB 2F8GA 5P5CA 3VLAA 4J0PA 2ZYEA 2Q15A 5P1ZA 5P6QA 1HEGE 3K4VA 5AH6A 2OHUA 4DH6A 5OZSA 4CPTA 4GJ7A 2XYEA 3APPA 2WF4A 1UH7A 3QS1A 3IN3A 5P25A 3ZPSA 1F34A 2VNNA 3HW1A 5P40A 4Y5PA 3OXXA 4Y3LA 4FRKA 1BIMA 2OF0A 3JW2A 4Y3WA 4EHCA 3R4BA 5P57A 5I3VA 1WBKA 3Q6YA 2J9JB 4IVSA 4WY6A 5OYTA 1C6XA 4CPWA 1IVPA 5P6VA 5P45A 4EP3A 2FMBA 2HPFA 3T7PA 2PWCA 1FMUA 1C6YA 5P7EA 5P7TA 2NXLA 5P0UA 3BVBA 2BKSA 3VFAA 3ZKGA 4EPJA 1W5WA 2FNTA 4Y43A 5P7YA 4I8ZA 4J1EA 5OYWA 1HSIA 5P6AA 3TKWA 5P2BA 3LIYA 5P8SA 5P5IA 3A2OA 5ENKA 2XFJA 1Z1HA 4LAPA 1HVLA 3UDKA 2PYNA 4YD4A 5OYYA 2WJOA 4B77A 2QMFA 4H3GA 2QNNA 2AIDA 2PSUA 2QZXA 4R5NA 1SDUA 5P44A 4DQBA 1FQ7A 5OZCA 5OZAA 5P42A 2BPWA 3RSXA 4D8CA 3N3IA 3T7XA 4I8WA 4DJYA 3UPJA 4Y4GA 3WZ8A 3NU5A 4JPEA 5FIVA 2VA6A 3UQWA 3VG1A 3ZOVA 5P8RA 4GJBA 4X2LA 3O9BA 4PEPA 5OZ8A 4YD7A 5EZZA 3EM3A 5P1IA 2ER0E 5P75A 3S7MA 4GB2A 1UPJA 4U7QA 5P5LA 5P7HA 4Q5MA 4R8YA 3SA9A 5P0XA 5P4VA 5P8PA 2R3WA 3VYEA 2QD7A 3PJ6A 1FQ6A 1PFZA 5P48A 5HD0A 5P70A 2BB9A 3I25A 1EPOE 3D3TA 1QBRA 4YDGA 5P5SA 2ZJMA 3MSJA 3HAWA 3HVPA 4YCTA 5P4WA 2VIJA 5P38A 2B8LA 1HVCA 5P27A 1SGZA 5P3ZA 4FS4A 3OUBA 4COEA 2QI5A 4HEGA 4L7HA 2P3BA 5C9FA 4YDFA 4OBJA 3ZKNA 4OBGA 2QNPA 3LIZA 4NJUA 5P0ZA 3GGUA 1HXBA 3OHFA 6UPJA 5P0PA 3CKTA 5P69A 4GMIA 5P2YA 2WEBA 5OZGA 5P0TA 3OAGA 2NPHA 1ZBGA 1T7JA 3O9LA 5P7ZA 4QJ8A 2IS0A 5P1XA 1EBWA 5P62A 4B0QA 4JPCA 5P7RA 5P33A 2NNKA 1LEEA 2IGYA 2Q64A 3BXRA 4LHHA 5P4XA 5P84A 2QCIA 3NLSA 2ER7E 3HVGA 1LZQA 5IE1A 2G1SA 3NUOA 7HVPA 1AJVA 4Y3AA 5HDUA 5P85A 1PROA 3NDUA 4YD6A 3DM6A 5P4CA 4DJWA 3VSWA 5P51A 4B1CA 1HPOA 2G69A 3S85A 3OWNA 4CMSA 2FIVA 5OZPA 5P3IA 2PQZA 5P7QA 5P5UA 3PM4A 1N49A 5P2FA 4GJDA 4Y3GA 4Y3HA 4Y5EA 3KDDA 2FXEA 5P0FA 4QLHA 4DVFA 2I4VA 1YTJA 3T7QA 3VYFA 3DV1A 3PMUA 5P82A 5P6KA 5P89A 1Q9PA 1IVQA 3F9QA 5P53A 1A94A 2I4XA 5P74A 4Y4ZA 2WEZA 1HSHA 2HC0A 4EYRA 1MT8A 4NKKA 5P7AA 2QHYA 1XDHA 4OBFA 5P2QA 4XX3A 4OC6A 2FGVA 1FQ4A 2R5PA 5P2IA 1M43A 5AH7A 3LZVA 3EM4A 4D85A 2OHTA 4CKUA 5P3VA 2P8HA 2IKUA 5P08A 5P6WA 2FS4A 3I2LA 2BPVA 3QAAA 1W5VA 3T11A 3GW5A 1HVIA 1TQFA 3U71A 5P2VA 3M9FA 4K4QA 1AIDA 2IDWA 3PVKA 5P56A 3SABA 1HVRA 2ZJLA 4F76A 1HPVA 4NJTA 3LIQA 5ENMA 3EKWA 2P3BB 2QK5A 5P1EA 4AMTA 3PLLA 1HVHA 5HTZA 1GVVA 5P4RA 2WHHA 5P6RA 3TPRA 5OZKA 3R1GB 3PWRA 5COPA 1TCXA 5P4OA 3CIDA 5P8UA 5P5MA 3BXSA 3TOGA 5JODA 3OAGB 4KUPA 1LS5A 4X7IA 4YHQA 3GI6A 2HB2A 4FCOA 5P77A 4EJLA 1EPME 2B8VA 2RKGA 1TSQA 1B11A 5OZYA 1BV9A 5P7MA 2Q55A 3QBFA 4KE1A 2MIPA 5OYQA 4A6CA 1BWAA 1MEUA 3UDPA 1DIFA 4MC9A 2H6TA 5KOSA 2XFIA 5P6DA 3VEUA 4YBIA 2WECA 5P20A 5IVTA 2APRA 3PB5A 3NUJA 1IZEA 2QMGA 2OAHA 4B72A 5P64A 3URLA 5P0DA 4DQFA 5P5WA 3L59A 3OUDA 4QGIA 5OZ5A 4H1EA 3RTNA 5P0OA 1XL5A 5P4HA 3SM2A 4CP7A 4M8YA 5P4JA 5JG1A 4FIVA 2ZHTA 2O4SA 5P1DA 5P41A 3CIBA 1KJHA 2ZHVA 4Z2ZA 5P5XA 1BBSA 5P0WA 1ODYA 5P8CA 1BV7A 4RVJA 1G35A 2ZJIA 2IKOA 2Q63A 4I0DA 3OU4A 3PHVA 2OHSA 4XKXA 5OZ2A 2QD6A 4B78A 4HZTA 1ODWA 3K1WA 5DGWA 3KMXA 3S56A 5OZZA 5P1CA 4RRNA 4Y3DA 2JE4A 3EL1A 4FSLA 3ER5E 5IS4A 4Q1YA 2JYSA 1IZHA 4RZ1A 5P4YA 3GI4A 2AVVA 4EQJA 5OZVA 3GGXA 3AUPA 3OQAA 4KE0A 3TPPA 2I1AA 2B42A 4Y4BA 4I12A 4Y35A 4Y9WA 5KQFA 1AJXA 1DP5A 1NH0A 2I4UA 2R8NA 2JJJA 2WF0A 5DR1A 1YT9A 1ZP8A 1LYAB 1K6TA 3UF3A 3SPKA 1T6EX 3OQKA 2ANLA 3I7EA 1K6VA 1YG9A 5P6OA 3VV7A 2P83A 1VIJA 3OTSA 2PWRA 2VNMA 2A1EA 3KM4A 5P2HA 4QJAA 5P1VA 4FL8A 5DPZA 3LPIA 1ZLFA 3BC4A 6APRE 5C9DA 5P3CA 9HVPA 5OZ3A 4IVTA 3HAUA 2BBBA 1XL2A 4R92A 3KF0A 4L7GA 3NSHA 5P8HA 3S8IA 5P72A 1DAZC 2ASIA 5DR0A 4BFDA 1PPME 4I11A 5P8FA 1D4IA 4HDPA 5P0GA 1CPIA 4FLGA 5P73A 1ZTZA 5P58A 4Y39A 4EXHA 5P10A 1A30A 3NWXA 5P76A 2NMYA 3DCRA 4R91A 5AHBA 5P0YA 5P16A 4HDBA 3KFNA 4LC7A 2G20A 3CYWA 5P2UA 1IDAA 5OZJA 5P8IA 1ENTE 4F75A 3LHGA 5P52A 1KJFA 5ISKA 5P6XA 5OZRA 5OZEA 5P47A 1G2KA 2F80A 5OYUA 1EPRE 4FAEA 2BPYA 1W6IA 2SAMA 5P5HA 1GNNA 1FQ5A 5P7SA 2PH6A 5OYVA 4DJRA 3OU1A 3EL0A 5APRE 4TVHA 3OU4B 5P60A 3TTPA 3TH9A 4ZLSA 3NXEA 4Y4EA 4ACUA 2OHMA 5P3XA 3GI5A 1E5OE 4FM7A 3BUHA 5COKA 3HLOA 5AH9A 3TKGA 3UQRA 5P4IA 3FV3A 3LZYA 3DV5A 3SA7A 2RMPA 4HA5A 2NNPA 4K8SA 5P39A 3ZKMA 3RSVA 2IL2A 3URIA 5P7WA 4NPTA 3OTYA 2G1YA 3K5DA 3VYDA 3S54A 1ME6A 5P2CA 3OU3A 1META 1LYBA 1MVPA 3PWMA 5P2SA 3IA9A 4Y57A 5P2JA 5HCTA 2QI0A 4Y54A 4FM6A 5P0LA 1BWBA 3S2OA 4Y5NA 3O9EA 3INEA 4I0IA 3EKVA 3Q4BA 5AH8A 4Y4TA 1OD1A 2QZLA 5P26A 2ZJKA 4Y3MA 5I3WA 5P8OA 5P1KA 3BRAA 5P3RA 3MSKA 5P0CA 1XN2A 3OGQA 5KQZA 3UFNA 3DCKA 2HS1A 3HDKA 3R0YA 5P1SA 4TRYA 5OZNA 3ZKXA 2I0DA 4GIDA 1B6MA 1K2CA 2AZ9A 5P4MA 4DUSA 4DJPA 1XE6A 3SQFA 5PEPA 4GJCA 2AVQA 2V13A 2B7ZA 1UH9A 3LPKA 1IBQA 3UDMA 3OGPA 4L7JA 5P35A 2CEMA 1UH8A 4Z50A 3UQUA 5P0JA 3LINA 4Y3RA 5P6UA 3UTLA 5P3DA 1MTBA 3NU9A 4YBFA 1GVUA 4AA8A 4RVIA 4Y3NA 3PCZA 5P4EA 3OXCA 5P05A 5HVPA 4EQ0A 8HVPA 5P43A 4JOOA 5P71A 5P4AA 3D20A 3JVWA 5OZ0A 5P4FA 5P7UA 5DR4A 5P1OA 3EC0A 1SMEA 3G72A 3OUCA 3TPLA 1HTRB 4CPSA 3ZLQA 4Y3EA 3O9AA 2PMAA 3TPJA 1HIIA 1K1UA 1BDLA 4CPQA 3CICA 1APVE 4ACXA 3ZPTA 5P6BA 3BHEA 3VUCA 1MRWA 2G1OA 2AOCA 2QMPA 1MPPA 1NPAA 4Y3QA 1GVTA 5P0KA 1IZDA 5P0AA 1W50A 5P7XA 5OZ9A 3OU1B 1Z1RA 3ST5A 5P0VA 3QRSA 3UDJA 1HRNA 1HTFA 2PYMA 3PI5A 4YD3A 4A6BA 2XFKA 2UPJA 4WTUA 3OXWA 5P4BA 2R9BA 5P3BA 1LV1A 1CZIE 3EMYA 1ZPKA 3FNUA 1SMRA 5P04A 5P6YA 1LF4A 1Z8CA 1VIKA 4GZFA 5P65A 5P2ZA 5P2WA 5OZ1A 5P6LA 4DV9A 3LZSA 5P50A 4RCFA 1G0VA 2WF3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3LIT A;  3L5B A;  1FEJ C;  2BJU A;  2QNQ A;  5P3Q A;  4GJ6 A;  1OEX A;  1SIP A;  4LXA A;  1HTE A;  3D91 A;  4FRJ A;  3EKX A;  2FLE A;  4YE3 A;  1FIV A;  3LPJ A;  2FGU A;  1NPW A;  3UQX A;  4A4Q A;  1MRX A;  5OYS A;  1FMB A;  5P28 A;  4DPF A;  1A8K A;  4D89 A;  5P8D A;  5P3O A;  4LXK A;  5P5V A;  4Y3P A;  2ZJH A;  3PBD A;  5P7B A;  5JFP A;  1HOS A;  3NDT A;  5P0M A;  5P5J A;  1T6G A;  4ZIP A;  5P8B A;  3PMY A;  3BGC A;  2CEN A;  5OZQ A;  5F00 A;  3SA5 A;  1KJG A;  4FRI A;  4BEK A;  1K1T A;  1BXO A;  3TOF A;  2PC0 A;  2NTR A;  1APU E;  4J0T A;  4FGX A;  3KFS A;  2WF2 A;  1B5F B;  3ZPU A;  5P3L A;  2ZDZ A;  3SA6 A;  3RVI A;  3WZ6 A;  3PSU A;  5P2N A;  2OHN A;  4I1C A;  4MC2 A;  4K4P A;  5P37 A;  5P4L A;  3RTH A;  3FNT A;  4EJ8 A;  2IEN A;  5I3X A;  3EKQ A;  5P03 A;  4Y58 A;  1PPK E;  4Y5B A;  3U7S A;  3CKP A;  5HU0 A;  5P8T A;  2ZE1 A;  5P1B A;  5T4S A;  4RRS A;  5P79 A;  5P3T A;  3O9L B;  4U8W A;  3QBH A;  1GKT A;  3EKP A;  5P0I A;  4Y4X A;  2QI7 A;  4F74 A;  1XE5 A;  5HE4 A;  4F73 A;  3Q70 A;  3EKY A;  3IXJ A;  3MWS A;  1E80 E;  5P8G A;  5J25 A;  5I70 A;  5P13 A;  5OZO A;  4RRO A;  5P5P A;  1QBT A;  3SLZ A;  5P3F A;  2AQU A;  3WZ7 A;  5KAO A;  5P4P A;  3OY4 A;  2NXM A;  3QN8 A;  5P1P A;  1MER A;  3QPJ A;  5P7P A;  4K4R A;  5P63 A;  4R93 A;  4CPU A;  4DQG A;  4J1F A;  5P1G A;  4KB9 A;  1HXW A;  3DUY A;  3H0B A;  4Y48 A;  4HLA A;  1LYW A;  4Y41 A;  3URJ A;  2NR6 A;  2IEO A;  2R3T A;  1B6P A;  3FKT A;  4Y5A A;  5P6P A;  5HCO A;  3FSM A;  4ZSM A;  1FQX A;  1ZSR A;  5P0R A;  1AAQ A;  5OZB A;  5ER2 E;  1XS7 D;  2VA5 A;  4Y4D A;  2J9J A;  2JXR A;  2QU3 A;  5P2A A;  3SO9 A;  5OZD A;  5ER1 E;  1EPL E;  5P5B A;  3PCW A;  4OBH A;  1GVW A;  1HIH A;  5KR2 A;  4Y50 A;  5P78 A;  3ZKS A;  5P24 A;  3O9F A;  4ZSQ A;  4E43 A;  2FDP A;  5P2O A;  4OC6 B;  1T3R A;  2F81 A;  3PRS A;  5P0H A;  4MC1 A;  4S1G A;  3UDN A;  4Y38 A;  5P8A A;  1OEW A;  3INH A;  2V00 A;  5B18 A;  4Y53 A;  4JP9 A;  3HBO A;  3VV8 A;  5P18 A;  3QI1 A;  5P3S A;  1EED P;  1BDR A;  1SGU A;  2P3A A;  3KA2 A;  2JJI A;  5P3A A;  4I0G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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