4Y43A

Endothiapepsin in complex with fragment 42
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 86
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y43A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y43A01
3R0YA 2I0AA 3OAGB 4Y4TA 5P5TA 5KQXA 5DQ2A 4OBZB 4ZSQA 3CMSA 1PPLE 1XN2A 3BUHA 5BWYA 5DR8A 3LIYA 4Y37A 5DR1A 5P2ZA 3PI5A 3OUDA 2XFIA 3SQFA 5P0GA 2NR6A 1D4IA 2AZ8A 4Y3WA 5P1GA 1EEDP 2BPZA 3ZOVA 5ISKA 5OZUA 1UH7A 1MT8A 5P2IA 4WTUA 5P4OA 3KFRA 4DPIA 2VIZA 2OHLA 4I11A 4Y3NA 5P86A 4Q1YA 1QBSA 2B7ZA 4J1HA 5P1QA 1K1UA 1LYAA 2OHMA 4HZTA 5C9FA 1JLDA 4Y54A 4EPJA 5P55A 3OK9A 4GJ6A 3PWWA 2VJ7A 1LYWA 4B78A 5I3WA 1RV7A 2NNKA 6APRE 4L6BA 1AIDA 5OYQA 4ZSPA 5P71A 1MIQA 1FFFC 4YD4A 5APRE 5P42A 4GJCA 2F3KA 4IVTA 5P25A 5P1FA 3EL4A 1K6CA 1YTHA 1HTFA 5P54A 1BV7A 4JPEA 3TPLA 3WZ6A 5P7ZA 4DJOA 5OYRA 1A8GA 5COPA 3SABA 3VF3A 2VJ9A 1C6YA 5P3TA 1SP5A 5P1SA 5P5PA 5P0XA 3O9AA 5P0SA 2QI7A 3TKWA 5P1DA 2Q64A 1TCWA 4HA5A 3S43B 5P3YA 5P2MA 4YOAA 3RVIA 1YM4A 3TNEA 4CPUA 2JXRA 4CPQA 3PSUA 3KYRA 1HRNA 2AOCA 4TRZA 5P5MA 5P15A 3OGPA 3I7EA 3IVHA 4Y4GA 5FIVA 2PSVA 4J0YA 4JOOA 3LIZA 1EC0A 1MERA 5P8GA 5IS4A 2VS2A 5P7DA 2F8GA 5P88A 3OQFA 2ZJKA 3SKGA 4BFDA 3FKTA 1F34A 5IE1A 5P40A 1TCXA 1T7IA 4BELA 4FRKA 3EKWA 1F7AA 1QDMA 4YBFA 1MESA 3L3AA 3UQXA 1A9MA 1GNOA 3VSXA 5P18A 3ZKQA 4RCEA 5P5NA 1E80E 5P0EA 3INFA 4Y36A 5SY3A 4CPWA 4CPRA 2P8HA 1MVPA 5HE7A 5P0QA 4R91A 3QBHA 2J9JA 5P4UA 5JFUA 3DJKA 1DP5A 3O9FA 2V0ZC 4RYGA 1RQ9A 4BFBA 3OADB 4Y4XA 1D4LA 4U7VA 2VA7A 5P7IA 4Y35A 3QRSA 5P39A 1FQ6A 5P6MA 4LXKA 4I0HA 3CIBA 3T11A 1TQFA 3KFNA 3D1YA 3NWXA 5P1TA 2V13A 2G24A 3LZYA 3GGAA 3URIA 3OXCA 5P4LA 3FNUA 1QRPE 3LHGA 4Y3RA 2G20A 2P3BA 3RSXA 3QPJA 5OZBA 1FQ4A 5P7UA 1LF2A 1FQ8A 3OU1A 1TZSA 1KJGA 1W5VA 5E5KA 5P3ZA 2HS2A 4Y57A 1HSIA 3IGBA 3DOXA 2VKMA 3IAWA 3T6IA 3PGIA 2AOGA 3DV5A 1ER8E 1HBVA 1PFZA 5P38A 2B42A 4ACXA 2FIVA 1GVXA 5P2AA 4AA9A 5P77A 2IDWA 2HS1A 1NSOA 5AGZA 1MRWA 2HB4A 5KOSA 2SAMA 5P3QA 2J9KA 2OHQA 5P2TA 3PI0A 1PSOE 3PJ6A 3ST5A 1T7JA 5P2JA 2PSUA 1D4KA 4Y5EA 5P6OA 5DQ5A 3IN4A 2R8NA 2HM1A 4I8WA 2IKUA 5OYZA 3PMUA 4FRJA 5OZRA 5HVPA 1U8GA 3OU3A 4DQEA 5P09A 1ZPAA 5P1UA 5P1MA 3OQ7A 5P7TA 5P72A 5AH7A 4QLHA 4M8YA 5OZHA 3UDQA 5HTZA 1MT7A 1HXWA 2UXZA 2V10C 2QMFA 5P2NA 3EM6A 3U7SA 1OHRA 2FDPA 4ZIPA 1UPJA 3GGVA 4DJYA 3UDMA 5P2DA 1Q9PA 5KQFA 5C9BA 4LL3A 4EWOA 1APTE 1APUE 4RCDA 2IKOA 1XE6A 3EKVA 4Y53A 4EP3A 2F3FA 3S85A 4EYRA 3UTLA 5P4DA 3VV7A 4R8YA 3INEA 3UDNA 1MSNA 1RNEA 4GIDA 2BB9A 5P0VA 5EZXA 3OTSA 3WB5A 1IZDA 2Z4OA 2Q3KA 1B6LA 5HDXA 5HDUA 4Y4ZA 4FCOA 3R2FA 1EAGA 3CICA 5DGUA 4DQHA 2PH8A 1BIMA 3CKRA 4MC6A 1D4HA 4OD9B 4OC6A 2PK6A 3NWQA 3UDHA 5P5GA 1YTJA 5P27A 3ZL7A 3OU4B 1AAQA 5OZOA 5P32A 1BWBA 2AVOA 2R5PA 1J71A 4XXSA 1D4YA 4J0TA 4E43A 3SM1A 5P7OA 1G2KA 4FE6A 5OZVA 5CLMA 3LINA 3PEPA 1FLHA 2ZJJA 5OZPA 3SA6A 1HVJA 3I25A 3URLA 1QBTA 1FMXA 2JE4A 2BBBA 1VIJA 4J17A 5P8QA 3NYGA 1B6PA 3AUPA 5P7MA 1OD1A 3Q5HA 1BDRA 5ER1E 5P1WA 5P6UA 2ZJLA 2G1OA 2QD6A 5P4HA 1HVIA 3QS1A 4EJ8A 2P3AA 2NXMA 1AM5A 5OZ4A 4Y3DA 5P67A 1SMEA 4DPFA 3FNTA 4PEPA 5P6JA 5ISJA 3D1ZA 2I4UA 5P8MA 5P6PA 1BV9A 5P20A 1SDVA 5P45A 5P8TA 5P8HA 4OBFA 4XKXA 4CKUA 1QBUA 1XDHA 4J0VA 2ZHVA 1HIIA 3D91A 5OZ1A 3GW5A 3L58A 1RPIA 4B70A 1WKRA 3QP0A 1KJHA 5P7YA 3VLBA 4CPTA 1B6KA 5CONA 2WECA 3KDDA 2O40A 2VNMA 5P7NA 1BDLA 5P8EA 1SIVA 5P5JA 2IGXA 5P7RA 4J5JA 1MPPA 2QHYA 2Q15A 3PRSA 5P5IA 5AHBA 3OTYA 5P50A 5P51A 2QI6A 1G0VA 5P4WA 5P2EA 5P6WA 4DFGA 3D3TA 2AVQA 3KA2A 2ZJMA 1SBGA 5IVSA 2V11C 3PM4A 3S56A 2G22A 3EL5A 5P8NA 4J0ZA 4NJTA 2WEZA 1B6MA 5P0KA 2G26A 5JODA 5P69A 5P85A 3RU1A 5OZYA 5P11A 5P6SA 1UH8A 2AZCA 4L7HA 1HTEA 3S7LA 5SXNA 5P3SA 5P7KA 4Z50A 2PWRA 5P2UA 4Y3YA 3VFAA 4MC9A 1FFIC 5P8IA 4FM8A 1EPOE 3INDA 5P31A 5SZ9A 1HXBA 5OZNA 5P0MA 5P63A 4QJ7A 4PZWA 3HD8A 4I0GA 5P33A 1W5WA 5P1JA 3OQAA 5P8OA 1C6XA 1YG9A 5IVTA 5P6FA 2RKFA 5AHAA 2Q5KA 4DI2A 2JJJA 1PSAA 2IL2A 1HVCA 3I8WA 2WEAA 5P2FA 4Y38A 3WZ8A 4RVIA 5P1RA 5P7CA 9HVPA 3OHFA 4K9HA 5P0FA 1XL2A 4Y3LA 5P12A 1YTIA 5P6RA 1EPQE 2Q63A 3R0WA 3NDXA 3UFNA 2ZJIA 1HEFE 3IXJA 4R95A 1SH9A 5P4VA 1EPLE 4YBIA 1K2CA 3QRVA 2QK5A 3FX5A 4EXGA 2AZ9A 1LYBA 2HIZA 3BUGA 2R3TA 3APPA 4B00A 2V12C 3EKQA 5P53A 3G72A 4DUSA 3MXDA 4J54A 5P4BA 3NDTA 2QI1A 5P4PA 2WHHA 5P41A 1FIVA 1ZAPA 5OZJA 2VA5A 1LF4A 3VF5A 4RRSA 4YE3A 5P3MA 5P6QA 5HD0A 5P2VA 3O9LB 1HSGA 5P1ZA 2RENA 4UPJA 5OZ3A 4OBGA 4Y3TA 5P4AA 2QI0A 1HIVA 5P8LA 2B8LA 5P49A 4TRYA 1HEGE 1YTGA 5P6XA 3U71A 2VIEA 5P2RA 3Q70A 4YDFA 3VV8A 2VIYA 2ANLA 3DUYA 1IIQA 1PPKE 4N00A 1OEXA 5P6AA 5P3EA 2RKGA 4QGIA 4Y5GA 4PHVA 3GI6A 5P1IA 1VIKA 5ENMA 5OZ2A 4H3IA 5P7LA 4B05A 5KQZA 5P76A 5I3YA 4JECA 1ZSFA 3UQUA 5DGWA 3OXWA 1BXQA 4Y47A 5AH9A 3OUDB 5OZEA 4HDPA 3OQKA 2QNNA 4YCTA 3ZKIA 2OHTA 5T4SA 3SKFA 4Q5MA 3DV1A 3K4VC 4D85A 2P4JA 5KR1A 5P7EA 1C70A 3B7VA 4EQ0A 2G69A 3JVWA 3T3CA 2ZDZA 3T7PA 5P2OA 1Z1RA 3PCWA 5P02A 5P57A 5P68A 3NU4A 4J1CA 3DCKA 1DIFA 1ENTE 4EHCA 3R1GB 4I10A 2FDDA 5DPZA 1XL5A 4FSEA 5P0PA 1EBZA 5ER2E 3OADA 5P8JA 3NXNA 3IA9A 4Y39A 3PBZA 2CEMA 2HB3A 3OUAA 5P17A 5OZMA 4Y3MA 4EJLA 1YM2A 3EKTA 4J1KA 4Y56A 1SDUA 3L38A 3SACA 5P0CA 3PVKA 5P0TA 2QI3A 5P6IA 2HPEA 3BXSA 3T7XA 4KE0A 4ZEAA 3FIVA 4HE9A 4Q1XA 4F75A 1B5FA 2FMBA 4OBJA 4L7GA 4H3GA 4HVPA 4GJ8A 5P30A 1ODYA 4HEGA 1EBYA 3S7MA 3LZUA 3UHLA 4B1CA 5P26A 1HVSA 3GGUA 3LZVA 4DV9A 2WEDA 3UQPA 1PROA 2V00A 3OY4A 3NXEA 3L5BA 5P14A 2NTRA 3DK1A 3PSGA 1BWAA 5P07A 5JG1A 4Y50A 2QD7A 4RLDA 3LPKA 5KR2A 5P75A 2BPVA 4GJAA 3VYEA 2PYNA 2Q55A 5KQYA 1M0BA 3TH9A 2AOHA 2I0DA 5P5DA 3OUBA 4BEKA 3TLHA 2ASIA 3HAWA 1W50A 5P4CA 5P2KA 3BGCA 5P5QA 4D88A 1MRXA 5P28A 5JFPA 3ZKGA 4I0JA 3R4BA 1A30A 3O9IA 5P1CA 3VYDA 3ZLQA 2F80A 4NPTA 2ER6E 3QVCA 2I4XA 4YDGA 5OZ9A 5P74A 4NJVA 4ZSRA 1W5YA 1AJVA 4F74A 2WF3A 4TVGA 4I12A 5DR0A 1DAZC 2B7FA 4R5NA 1GVVA 2HPFA 5P04A 1HVRA 1CMSA 5P5KA 5P3CA 1BBSA 2P83A 4IVSA 2OHPA 3O9GA 2G21A 3EM4A 3OOZA 5HCTA 3IVIA 3C9XA 1HTGA 1WBMA 5P0NA 4XX3A 5P6HA 2BPYA 5OZIA 4DJVA 4Y9WA 3D1XA 1HTRB 2FGUA 4YD7A 2WJOA 1FQ5A 1UH9A 5P36A 3UDPA 4QJ8A 1DW6C 2HAHA 4RYCA 5P3DA 5IVRA 5P5EA 1IVQA 2ZJNA 1ZPKA 5P8RA 1TSQA 3JW2A 5OZ6A 3EMYA 1FGCC 3D20A 5HDVA 4RVXA 1APVE 5P7FA 2P3DA 4CPXA 2WF2A 3EC0A 5P10A 5P29A 3SA8A 4M8XA 1HVKA 1NPVA 5B18A 2P3BB 1XE5A 5P1HA 2XYFA 5P3HA 1W6IA 4OD9A 5KR8A 3RTNA 1KJ4A 4Y41A 1AJXA 1K6VA 3VEUA 3OU4A 1GNMA 3DM6A 5OZLA 4Y5BA 3TKGA 4CP7A 5P1EA 2FXEA 3WSJA 2H6TA 4J0PA 2RSPA 4ER2E 2VIJA 3TPRA 4D89A 2ER0E 3SAAA 4FGXA 4DJPA 3K5DA 3KT2A 3NU3A 3VYFA 2XFKA 3VCMA 5OYXA 3PCZA 3SO9A 1OEWA 1EPME 4X7IA 4Y6MA 5HU1A 3IN3A 1IZIA 3UPJA 3NUOA 5OZSA 5P4MA 2WL0A 4I0DA 1N49A 5P1NA 5P56A 4YCYA 2AOJA 1FQ7A 3ER3E 1G6LA 5P4SA 1IZHA 5P5BA 3SA3A 4KB9A 5E5JA 1KJFA 5P06A 2G27A 3NDWA 2NNPA 4RGHA 5P3BA 3KDBA 4K4RA 5HE5A 8HVPA 3OXVA 2PH6A 3HAUA 5P37A 2NMZA 1K6PA 5P8SA 5P3OA 3KN0A 5P8FA 2QU3A 5P1VA 3MXEA 2OHNA 5P05A 3OHHA 5P89A 2FXDA 5P0LA 2QNPA 2WKZA 1LS5A 3BXRA 4TVHA 1EC1A 1K6TA 5P2SA 5KOQA 4ZLSA 3LPJA 4XX4A 1CPIA 4EXHA 5P0AA 1FKNA 5P66A 2B8VA 3BUFA 4DQBA 3BVAA 4EJDA 4I8ZA 5P5FA 4ZSMA 1CZIE 4Y4UA 4Y51A 1LF3A 5OYUA 4Y3FA 1DPJA 4OC6B 3RTHA 5P73A 4Y5MA 5AHCA 2HB2A 1B6JA 4Y3HA 5P24A 4LAPA 4JP9A 2R3WA 1IVPA 4FAEA 4Z2ZA 5COKA 4B72A 5P7HA 3L5FA 3VLAA 5BRYA 1IDAA 4L1AA 5OZAA 1T7KA 5P3XA 5OZFA 4Y5CA 4J1EA 3VG1A 1K1TA 3QVIA 5P8CA 4Y44A 4ER1E 3EM3A 1QS8A 5P7SA 2MIPA 4FRIA 4FS4A 5BS4A 5P5XA 1FB7A 4Y3JA 2I4DA 5P3LA 2JJIA 3MSKA 3L5CA 5J25A 3BC4A 4NPUA 3O9EA 3Q3TA 5P4NA 5P13A 5P4YA 5P34A 5P6GA 1APWE 2QI5A 1HOSA 2R43A 1LV1A 5P0HA 1FQXA 4A6CA 3KMXA 1LEEA 1EBWA 2QP8A 3AIDA 5P3RA 4Y5NA 1FEJC 3O9BA 5P1KA 2QCIA 3OAGA 1IBQA 3RSVA 5P6LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3R0Y A;  2I0A A;  3OAG B;  4Y4T A;  5P5T A;  5KQX A;  5DQ2 A;  4OBZ B;  4ZSQ A;  3CMS A;  1PPL E;  1XN2 A;  3BUH A;  5BWY A;  5DR8 A;  3LIY A;  4Y37 A;  5DR1 A;  5P2Z A;  3PI5 A;  3OUD A;  2XFI A;  3SQF A;  5P0G A;  2NR6 A;  1D4I A;  2AZ8 A;  4Y3W A;  5P1G A;  1EED P;  2BPZ A;  3ZOV A;  5ISK A;  5OZU A;  1UH7 A;  1MT8 A;  5P2I A;  4WTU A;  5P4O A;  3KFR A;  4DPI A;  2VIZ A;  2OHL A;  4I11 A;  4Y3N A;  5P86 A;  4Q1Y A;  1QBS A;  2B7Z A;  4J1H A;  5P1Q A;  1K1U A;  1LYA A;  2OHM A;  4HZT A;  5C9F A;  1JLD A;  4Y54 A;  4EPJ A;  5P55 A;  3OK9 A;  4GJ6 A;  3PWW A;  2VJ7 A;  1LYW A;  4B78 A;  5I3W A;  1RV7 A;  2NNK A;  6APR E;  4L6B A;  1AID A;  5OYQ A;  4ZSP A;  5P71 A;  1MIQ A;  1FFF C;  4YD4 A;  5APR E;  5P42 A;  4GJC A;  2F3K A;  4IVT A;  5P25 A;  5P1F A;  3EL4 A;  1K6C A;  1YTH A;  1HTF A;  5P54 A;  1BV7 A;  4JPE A;  3TPL A;  3WZ6 A;  5P7Z A;  4DJO A;  5OYR A;  1A8G A;  5COP A;  3SAB A;  3VF3 A;  2VJ9 A;  1C6Y A;  5P3T A;  1SP5 A;  5P1S A;  5P5P A;  5P0X A;  3O9A A;  5P0S A;  2QI7 A;  3TKW A;  5P1D A;  2Q64 A;  1TCW A;  4HA5 A;  3S43 B;  5P3Y A;  5P2M A;  4YOA A;  3RVI A;  1YM4 A;  3TNE A;  4CPU A;  2JXR A;  4CPQ A;  3PSU A;  3KYR A;  1HRN A;  2AOC A;  4TRZ A;  5P5M A;  5P15 A;  3OGP A;  3I7E A;  3IVH A;  4Y4G A;  5FIV A;  2PSV A;  4J0Y A;  4JOO A;  3LIZ A;  1EC0 A;  1MER A;  5P8G A;  5IS4 A;  2VS2 A;  5P7D A;  2F8G A;  5P88 A;  3OQF A;  2ZJK A;  3SKG A;  4BFD A;  3FKT A;  1F34 A;  5IE1 A;  5P40 A;  1TCX A;  1T7I A;  4BEL A;  4FRK A;  3EKW A;  1F7A A;  1QDM A;  4YBF A;  1MES A;  3L3A A;  3UQX A;  1A9M A;  1GNO A;  3VSX A;  5P18 A;  3ZKQ A;  4RCE A;  5P5N A;  1E80 E;  5P0E A;  3INF A;  4Y36 A;  5SY3 A;  4CPW A;  4CPR A;  2P8H A;  1MVP A;  5HE7 A;  5P0Q A;  4R91 A;  3QBH A;  2J9J A;  5P4U A;  5JFU A;  3DJK A;  1DP5 A;  3O9F A;  2V0Z C;  4RYG A;  1RQ9 A;  4BFB A;  3OAD B;  4Y4X A;  1D4L A;  4U7V A;  2VA7 A;  5P7I A;  4Y35 A;  3QRS A;  5P39 A;  1FQ6 A;  5P6M A;  4LXK A;  4I0H A;  3CIB A;  3T11 A;  1TQF A;  3KFN A;  3D1Y A;  3NWX A;  5P1T A;  2V13 A;  2G24 A;  3LZY A;  3GGA A;  3URI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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