4Y44A

Endothiapepsin in complex with fragment 164
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y44A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y44A01
4RCFA 5P34A 1W5XA 5P8CA 3UQWA 3LPJA 3RSXA 4FM6A 4HEGA 2G1SA 1MPPA 5OZOA 5OZGA 1ZAPA 4LBTA 3B80A 5OZSA 5OZYA 1FQ6A 3T7PA 4DH6A 5P2HA 3KA2A 2NR6A 5P0OA 1RPIA 2I0AA 4LHHA 3KFPA 5P2SA 4RYCA 4AMTA 5P2TA 5P0ZA 2IEOA 4GMIA 3OWNA 3R2FA 3OY4A 1BIMA 1MESA 5P39A 1ODXA 3O9EA 1F34A 5OZQA 5P1CA 5P7KA 5P8JA 2AVOA 2UXZA 5P7WA 2RENA 5P8DA 1SIPA 2F3EA 1FLHA 4GJAA 5P06A 4EQJA 3EL0A 4LC7A 2WF4A 4FSEA 3OQDA 1SP5A 3DJKA 5I3VA 4Y4ZA 3O9DA 3LZVA 5P0LA 3QBHA 1E5OE 5P66A 5P6KA 4YDFA 3IN4A 3OXXA 4H3IA 3T7QA 1KJ4A 2HPFA 5P1DA 4B70A 5P5UA 2ZHUA 3L5BA 1C70A 2ZJIA 1BV7A 2QMPA 1OEXA 1HTGA 1QBRA 5P4JA 5IVSA 3QS1A 4DJPA 4ACXA 4J0TA 3Q6YA 5P2KA 5P8FA 3OK9A 3R4BA 3CMSA 3SACA 2ZJHA 5P7QA 3ZPSA 2OHLA 1FIVA 5DQ5A 4EYRA 3DK1A 5I3YA 1XE6A 3OU4B 5KOQA 4Y4XA 3PB5A 3ZPUA 1FMXA 1HVSA 4Y39A 4FS4A 1SDVA 1ZP8A 2WF2A 2IL2A 3EBZA 3OQAA 5P7OA 1APUE 5KOSA 1E82E 3FV3A 2WHHA 3HVGA 5P6WA 3PCZA 3UFLA 1C6XA 5OZFA 1SIVA 1EC2A 4TRZA 3VFAA 1HBVA 5P12A 5P1FA 2HPEA 3EKWA 4RRSA 5P16A 2IS0A 1FMUA 5P1XA 5P09A 5P4NA 3SLZA 5P31A 3S2OA 2AVSA 5DR7A 3APRE 3FNUA 3IA9A 4NJVA 1IVQA 1VIJA 3OU4A 4I1CA 2G21A 4J5JA 5P38A 4DJOA 3C9XA 5OZDA 3UPJA 2PYMA 3DOXA 4CP7A 5P77A 5P35A 2V0ZC 5P5VA 3UDYA 4H3JA 5P0UA 5P51A 3OHFA 1W5VA 3INHA 1BDLA 3K5DA 1Z1RA 4LXMA 5P8TA 1YTGA 2WF3A 5P6LA 3L38A 1Q9PA 5OZEA 4Y54A 4JPCA 5DQ4A 2VJ7A 3FIVA 4YD4A 5ENKA 5P1QA 4ACUA 3NU5A 5P71A 4CPQA 4I8WA 4PZXA 1D4HA 2BKTA 2QD7A 1SMRA 3PSGA 5P0RA 5DQ2A 1M43A 2XFKA 3QROA 1FG8C 4K4PA 5P45A 4XX3A 2PYNA 2VA5A 4DQFA 1BBSA 4YDGA 1F7AA 1TSUA 4I12A 1HOSA 5P8RA 3K4VA 3Q3TA 4CPXA 1SDUA 3EKTA 3K5FA 5I70A 2QHZA 5ENMA 4Y4WA 2P3DA 5KR8A 4FGXA 1W6HA 2IRZA 3OTSA 1ZJ7A 5P8EA 3BXSA 3DV1A 5P37A 3ZKQA 5P8MA 4GJ9A 1DP5A 1EBYA 3QRVA 2QNQA 4Y5LA 5P0MA 5P5SA 3H0BA 5EZXA 2Q54A 5P8SA 3S53A 4Y38A 4NJUA 4Y3HA 3MXDA 4GJ6A 2BBBA 1W50A 5P6NA 5P5YA 1YX9A 5P4RA 1XDHA 1BVEA 4R92A 3KFSA 3BUGA 1BILA 1MERA 5P0KA 1B6LA 1YTHA 3SM2A 3DM6A 1U8GA 1LYBB 2JE4A 5DR8A 3GI4A 5P6IA 4Y6MA 4M8XA 5P61A 5P29A 5COPA 5P6TA 1PSOE 5C9DA 2AOHA 4Y4TA 3EKQA 5P3PA 1PPLE 4Y45A 1M4HA 3PM4A 4B1CA 1HXWA 3SAAA 3INFA 1HPXA 1EPQE 5HD0A 2ZDZA 3BGCA 4J1KA 4WTUA 4J1HA 1SGUA 4Y53A 4TVGA 3HD8A 5DQCA 5P4MA 4Y4BA 1APWE 3S43B 1MTRA 3SPKA 5HU0A 3O99A 1PROA 1LYBA 2Z4OA 1HVHA 2XFJA 5BRYA 3UFNA 1MTBA 1M0BA 2PK5A 3UDJA 1G6LA 2QZWA 3KM4A 2ZJJA 4J1CA 2FDEA 5HE4A 2UY0A 5P7BA 5P7VA 3LZSA 5P86A 2RKGA 3U71A 3ZKGA 3TL9A 1B6MA 1TCXA 4GJCA 1FFIC 3PBZA 2FGVA 5IE1A 3O9CA 2AVMA 5P0PA 2BPYA 1IZEA 4OBZB 4EXHA 5P81A 5P2JA 5P36A 1QBUA 4XXSA 3OADA 3VF7A 3QVCA 3L59A 3O9LA 1HVKA 3S43A 5P1UA 5P88A 1ZLFA 3QRMA 1LYAB 4BFBA 3EL9A 5P2FA 3H5BA 5P07A 1ZBGA 3Q4BA 1LEEA 5P5IA 4ER1E 3OQ7A 3T11A 5P6QA 3OUDB 3U6AA 1AJVA 1EPME 5OZ0A 4I0GA 5P2IA 1KJHA 4Y58A 4QJAA 4YD3A 3MWSA 2QU3A 4Z50A 3JW2A 3S7MA 4OBZA 3VUCA 1G2KA 5CLMA 4L1AB 5P3EA 1FGCC 5P0JA 4GYEA 5P1VA 2H6SA 5OZRA 2A4FA 3PI0A 4WY6A 5DR1A 5P2WA 4U7QA 2R5QA 5P70A 4E43A 4RVJA 1LYAA 5P2BA 4F74A 3O9IA 4ZPEA 4YBIA 1YM4A 2OHQA 5P1MA 1HSIA 3LNKA 4FRJA 4Y5KA 3TKWA 1EEDP 1UH9A 1EBKC 3B7VA 2QK5A 5KR0A 5P8QA 5BWYA 2HC0A 1YT9A 5P8PA 5OZLA 2QI5A 4Y3DA 1HTRB 3EXOA 5P2RA 3ZKIA 4L1AA 1IVPA 2P8HA 5P0WA 2EWYA 4Y9WA 8HVPA 5OZAA 2QI7A 4QLHA 5HU1A 5F00A 1BWAA 4MC6A 5AH9A 3BUFA 5OZUA 4J17A 2BPZA 4AA8A 3HDKA 5P25A 4L7JA 3GI5A 1TCWA 5DGUA 4KE1A 4R8YA 5P2DA 5COOA 5P52A 4DQBA 4YHQA 1T6EX 5DQ1A 2AOFA 4B05A 1LZQA 5HCOA 4OC6B 3EMYA 5P7MA 5P7IA 1EC3A 2CEJA 3LITA 3PJ6A 2AOIA 4OBHA 5P75A 1PPME 1QBTA 1EPRE 2PMAA 2Q15A 3O9HA 4APRE 1WBMA 2XFIA 4DJUA 5JODA 5P1RA 2AOJA 5P67A 3AIDA 2RKFA 4IVTA 2F3KA 5P5LA 5P6PA 5ER1E 2FS4A 4GJ8A 5AH7A 4RYGA 3EM4A 4GB2A 3S85A 5P0CA 1FF0C 4Y4EA 5P2LA 2VIJA 1SBGA 5P2MA 3L5EA 3SA3A 3SA4A 4J0ZA 4ER4E 5OZWA 1BDQA 5P0BA 5AH6A 2VIZA 4Y57A 4B00A 5P2NA 3NR6A 4Y3ZA 2WEDA 5P3IA 4EJDA 3K1WA 3QAAA 1D4SA 4B78A 5P7LA 5OZ8A 4Y3TA 4AZYA 1EAGA 2BPXA 1ZPKA 4QJ6A 1KJGA 3OUBA 5P6FA 3VLBA 1D4KA 4QGIA 3KMYA 1UH7A 4QJ8A 5FIVA 2G94A 5HDVA 5P4AA 5HCTA 5DR0A 5P8KA 4DJRA 4Y3YA 5P10A 2PH8A 4Y5CA 5E5KA 1BAIA 1C6ZA 3PSYA 2QI1A 5P33A 3T6IA 3CKRA 3D20A 1B6KA 4Q1WA 5P62A 3I25A 5KQFA 2VA7A 4FCOA 4EPJA 1C6YA 2O40A 5IVQA 2ZJMA 2VJ6A 3PVKA 3RTHA 2V13A 3DUYA 2QHCA 5P78A 2G27A 4Y4JA 4EQ0A 2P4JA 4B1EA 2P83A 4FE6A 4CPTA 3RSVA 5P03A 3URLA 3PI5A 5P6ZA 3PEPA 4WY1A 3VFBA 1NPVA 4A6BA 6UPJA 5P3BA 2IGYA 5OZ9A 1MRWA 2A1EA 1RNEA 4CMSA 4DV9A 5P0NA 2HB4A 4F75A 4F73A 2B8LA 5P4YA 3K5GA 5P20A 2FIVA 1HVRA 1HIVA 5P3OA 2I1AA 5P1IA 1FQ7A 2PC0A 3S45A 3D3TA 3GI0A 5P0GA 5OZ7A 1QRPE 5P53A 2O4PA 3KFNA 5P6RA 3QRSA 3ER5E 3BVAA 3LIQA 4S1GA 5P6OA 2VIEA 4DVFA 3S56A 2NMYA 1FQ5A 2AODA 1SDTA 2ZHSA 5P0HA 5P1KA 2G1YA 4L6BA 4J0YA 4DJXA 4DI2A 3OUCA 3BXRA 1DAZC 4QJ9A 3VSWA 3PCWA 5P4WA 4Y3LA 5P3LA 5OYYA 3UQUA 4NPUA 3PRSA 5P1NA 2OHPA 4Y3NA 2AQUA 5I3WA 1LS5A 5P47A 4RZ1A 3CYWA 2OF0A 1XE5A 2O4NA 1BV9A 1HPSA 3HAWA 4FAFA 5P57A 3LIXA 3RVIA 1CMSA 1FB7A 5OZMA 4Q1NA 1K6TA 5P0TA 1MEUA 2BKSA 5P2QA 1ODYA 3Q5HA 5P1YA 4EP2A 3G6ZA 4GJBA 4Y41A 3BUHA 4YBFA 3QP0A 4Q1XA 3WZ8A 5P7AA 5P1PA 3OTYA 2ZGAA 3NWXA 1LF3A 3OGPA 4J0VA 1E81E 5OZIA 1B6JA 2FXDA 3VV6A 1IIQA 1QBSA 1NH0A 1Z1HA 5UPJA 3PWWA 1PPKE 5P40A 5P7NA 1EBWA 4J0PA 1BWBA 2I0DA 4PPHA 5P2OA 2I4VA 3TPLA 4FIVA 4NJSA 3TLHA 2J9JB 2QI3A 5P3NA 4Y5MA 1B6PA 2SAMA 2I4QA 4X7IA 3K5CA 1AJXA 1TZSA 3VF3A 1D4JA 3HLOA 5J25A 4EJLA 5P3FA 3L5DA 5P69A 5P23A 3I8WA 5P8HA 1HSHA 4TRYA 1EPNE 3D91A 2ZHRA 3GI6A 5OZNA 3QIHA 5P80A 3KYRA 1JLDA 2QHYA 4Y5AA 2XYFA 5P4DA 3BGBA 3R1GB 5P2ZA 4OBKA 5P5FA 3OU3A 5P1BA 4YCYA 2J9JA 1MT8A 3O9GA 5OYVA 5P4UA 4K4RA 4Z4XA 2WEZA 5P2XA 5OZ6A 1D4IA 3IXJA 4R93A 4XKXA 5P7SA 1IDBA 2OHUA 5KQZA 5P01A 4ZSPA 2R3TA 5P5OA 5OZ3A 3FSMA 4XX4A 3LZYA 3UTLA 4Y3WA 1ENTE 3TNEA 2B7FA 3RU1A 3CKTA 3QI1A 1TSQA 2ZHVA 5C9FA 2WF0A 2AOEA 3NDUA 1ZSRA 3L5CA 5P4BA 4ZSMA 4QJ7A 5P46A 1SGZA 5SZ9A 1CPIA 3WZ7A 4I10A 2Z54A 3DCKA 3URJA 5P41A 1A8KA 2WL0A 1YTIA 5P7GA 4AUCA 3VV8A 4CKUA 2QAKA 2HAHA 1GNOA 1FQ4A 3UDMA 4Y5EA 2QZKA 2APRA 2P3AA 3KDBA 3SABA 2JJIA 4OBDA 1ODWA 5KR2A 2F81A 4HZTA 4ER2E 4DJYA 1HVLA 4GIDA 1OHRA 3KT5A 3OHHA 2V10C 4Y35A 2VIYA 5DPZA 5P5GA 3PSUA 3SA9A 5P8AA 4EHCA 4DJVA 4Y5NA 3ZOVA 5OZZA 1GVXA 2NXLA 3EC0A 2FNTA 3QN8A 5P3UA 3HZCA 4Y3AA 5P5ZA 2HB2A 1N49A 3VYEA 1EC1A 5P15A 1BXQA 3MSLA 1MVPA 4YD7A 1A8GA 5P2CA 4OBFA 5P0DA 3LZUA 4Y3XA 2AZCA 3ECGA 1BXOA 5SY2A 3BHEA 2BB9A 1KJ7A 3G72A 5P1AA 5P1TA 1HHPA 5KQYA 5ISJA 3IXKA 3D1XA 2G20A 2HIZA 2PH6A 5P55A 3AUPA 2F8GA 1WKRA 3CIBA 3EL4A 4Y3FA 4HE9A 4FRSA 3APPA 3ST5A 2QI4A 4J1EA 3A2OA 5OZ2A 4J1FA 4D88A 4CPUA 5P82A 1TQFA 2R38A 1HTFA 5P13A 1GVTA 5P64A 5P4XA 2BPVA 4CPRA 2OHKA 3IXOA 1APTE 5P54A 5P5QA 5OYQA 3L5FA 2VJ9A 3SA8A 4NKKA 2WECA 3ZKMA 5P6EA 4DFGA 4Y56A 2OHMA 1LV1A 1MT9A 1HPOA 1OEWA 1XL2A 2Q3KA 3EL1A 5OZPA 3PLLA 5P87A 4R91A 5P3SA 5P49A 5OZJA 4I0EA 4MC1A 4YCTA 4A4QA 2QI0A 5F01A 5JFPA 3NSHA 4RROA 4Y3MA 2B7ZA 2ZYEA 2VKMA 3MSJA 1EPOE 5P1SA 4MC9A 5SY3A 4OD9B 5HE5A 1HPVA 3FKTA 5P2GA 3GGAA 5HE7A 5P85A 4HDPA 3S7LA 3WZ6A 5P8IA 5AGZA 2NNKA 4YCKA 1HTEA 4KB9A 3IN3A 5P3MA 1CZIE 1DW6C 1G0VA 5P32A 3T3CA 5P4SA 5P3GA 1GVUA 3OUDA 3SKGA 4Y3RA 4Y51A 4GJDA 5P5WA 3PWRA 5DGWA 2NPHA 5JFUA 4YD6A 1K6CA 3TPJA 9HVPA 3NUOA 4D83A 4DQCA 2B60A 4CPWA 2P3CA 5P4HA 5P4FA 1D4YA 3ZKNA 5HDZA 4U8WA 1YM2A 1YTJA 2V00A 4GJ5A 2FGUA 3UQXA 4J55A 3IAWA 1MT7A 2QNNA 2H6TA 5P8NA 1ZSFA 2P3BB 5P5HA 1GNMA 4IVSA 4UPJA 1NSOA 2BPWA 2PQZA 1UH8A 1RV7A 2ER0E 3NU4A 5P4QA 5P74A 1VIKA 3ZLQA 5KR1A 3JVYA 3LHGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RCF A;  5P34 A;  1W5X A;  5P8C A;  3UQW A;  3LPJ A;  3RSX A;  4FM6 A;  4HEG A;  2G1S A;  1MPP A;  5OZO A;  5OZG A;  1ZAP A;  4LBT A;  3B80 A;  5OZS A;  5OZY A;  1FQ6 A;  3T7P A;  4DH6 A;  5P2H A;  3KA2 A;  2NR6 A;  5P0O A;  1RPI A;  2I0A A;  4LHH A;  3KFP A;  5P2S A;  4RYC A;  4AMT A;  5P2T A;  5P0Z A;  2IEO A;  4GMI A;  3OWN A;  3R2F A;  3OY4 A;  1BIM A;  1MES A;  5P39 A;  1ODX A;  3O9E A;  1F34 A;  5OZQ A;  5P1C A;  5P7K A;  5P8J A;  2AVO A;  2UXZ A;  5P7W A;  2REN A;  5P8D A;  1SIP A;  2F3E A;  1FLH A;  4GJA A;  5P06 A;  4EQJ A;  3EL0 A;  4LC7 A;  2WF4 A;  4FSE A;  3OQD A;  1SP5 A;  3DJK A;  5I3V A;  4Y4Z A;  3O9D A;  3LZV A;  5P0L A;  3QBH A;  1E5O E;  5P66 A;  5P6K A;  4YDF A;  3IN4 A;  3OXX A;  4H3I A;  3T7Q A;  1KJ4 A;  2HPF A;  5P1D A;  4B70 A;  5P5U A;  2ZHU A;  3L5B A;  1C70 A;  2ZJI A;  1BV7 A;  2QMP A;  1OEX A;  1HTG A;  1QBR A;  5P4J A;  5IVS A;  3QS1 A;  4DJP A;  4ACX A;  4J0T A;  3Q6Y A;  5P2K A;  5P8F A;  3OK9 A;  3R4B A;  3CMS A;  3SAC A;  2ZJH A;  5P7Q A;  3ZPS A;  2OHL A;  1FIV A;  5DQ5 A;  4EYR A;  3DK1 A;  5I3Y A;  1XE6 A;  3OU4 B;  5KOQ A;  4Y4X A;  3PB5 A;  3ZPU A;  1FMX A;  1HVS A;  4Y39 A;  4FS4 A;  1SDV A;  1ZP8 A;  2WF2 A;  2IL2 A;  3EBZ A;  3OQA A;  5P7O A;  1APU E;  5KOS A;  1E82 E;  3FV3 A;  2WHH A;  3HVG A;  5P6W A;  3PCZ A;  3UFL A;  1C6X A;  5OZF A;  1SIV A;  1EC2 A;  4TRZ A;  3VFA A;  1HBV A;  5P12 A;  5P1F A;  2HPE A;  3EKW A;  4RRS A;  5P16 A;  2IS0 A;  1FMU A;  5P1X A;  5P09 A;  5P4N A;  3SLZ A;  5P31 A;  3S2O A;  2AVS A;  5DR7 A;  3APR E;  3FNU A;  3IA9 A;  4NJV A;  1IVQ A;  1VIJ A;  3OU4 A;  4I1C A;  2G21 A;  4J5J A;  5P38 A;  4DJO A;  3C9X A;  5OZD A;  3UPJ A;  2PYM A;  3DOX A;  4CP7 A;  5P77 A;  5P35 A;  2V0Z C;  5P5V A;  3UDY A;  4H3J A;  5P0U A;  5P51 A;  3OHF A;  1W5V A;  3INH A;  1BDL A;  3K5D A;  1Z1R A;  4LXM A;  5P8T A;  1YTG A;  2WF3 A;  5P6L A;  3L38 A;  1Q9P A;  5OZE A;  4Y54 A;  4JPC A;  5DQ4 A;  2VJ7 A;  3FIV A;  4YD4 A;  5ENK A;  5P1Q A;  4ACU A;  3NU5 A;  5P71 A;  4CPQ A;  4I8W A;  4PZX A;  1D4H A;  2BKT A;  2QD7 A;  1SMR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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