4Y45A

Endothiapepsin in complex with fragment 291
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y45A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y45A01
1BIMA 1K6VA 5P1TA 5P6KA 2AOHA 1BAIA 2PSGA 2WJOA 2P3DA 3INEA 2IEOA 5P4LA 5P5DA 1TZSA 5P37A 5CONA 1BVEA 3QIHA 3TL9A 4Y5KA 1XL5A 5P7CA 4J1FA 5P4OA 5P4EA 4DJRA 1G2KA 5KQZA 2ZJJA 1QDMA 5OZ4A 5OZKA 1ZPAA 3EKXA 5ER2E 1HIVA 5P7DA 1HPSA 4RYGA 2NNKA 1RPIA 1HVKA 5P72A 3QRSA 4PZWA 4Y3HA 1TCXA 4H3GA 3ZPUA 4X2LA 3EL9A 2ZJHA 4Y3AA 5P8JA 1FG8C 2HS2A 1HTRB 2XFJA 3CKPA 5P75A 2CEMA 4DJQA 4OC6A 9HVPA 3OU3A 1HVHA 1TQFA 3WZ7A 5P10A 3BUGA 3PWWA 5P53A 3SLZA 4MC1A 1HPVA 5P8PA 1B6LA 3APPA 5P6UA 5P86A 3ZKGA 2Z4OA 4X7IA 1DW6C 3VFAA 4I0HA 3PGIA 2G20A 4QLHA 4AA9A 4CKUA 5DQCA 4M8XA 4DVFA 1OEWA 3LPJA 4WTUA 1IVQA 5P2RA 5P7SA 2RKGA 4EPJA 3QVCA 1PSAA 5P3YA 5P5OA 4B1CA 3DV1A 3BUHA 2ZJLA 2QI6A 2VIEA 5P87A 5UPJA 5T4SA 1EC2A 2VA6A 4HZTA 4RCFA 2G1RA 2G69A 1AJVA 3URJA 3NDTA 5P5PA 1APWE 2R38A 5P6AA 1QBSA 1J71A 1YTIA 1K6PA 5P1GA 3LINA 4FCOA 2OHNA 5P1ZA 2P83A 2NTRA 5P3OA 4YD6A 4R91A 5P66A 1EPME 3OADB 5P2LA 3CMSA 5P6PA 4EWOA 4OC6B 3UDYA 1HTFA 2R8NA 2VJ9A 4EJ8A 1SP5A 5P7TA 4YD5A 3OU4A 3L38A 4FSEA 3D91A 1FFIC 4ZPFA 3MSJA 2ZJIA 1ZSFA 2WF1A 5OZ6A 5P6QA 2AVQA 3S7LA 5P39A 3O9IA 3TKWA 3ZKNA 1GNMA 5DQ2A 3OTYA 5P42A 5P7YA 2HPEA 1T6GA 3R2FA 5ER1E 5P6TA 4MC6A 2QD8A 2F3EA 5P0FA 4KB9A 5OYVA 5P5AA 5C9FA 3PSGA 5P5RA 5P4GA 1EBZA 3K5DA 4RVJA 5P8OA 5P8IA 5SY2A 1A8GA 4Y5EA 3UFLA 3ZPTA 2OF0A 1LV1A 1ZP8A 2HS1A 1EBKC 2FDDA 3OXVA 5P2JA 1ODYA 4CPWA 4Y3QA 4LBTA 2RMPA 5P62A 1M4HA 1ZLFA 3HBOA 4FLGA 4QGIA 5P2EA 5P4DA 2AZ9A 1BWAA 1G6LA 1B6KA 5OZIA 3BGBA 2IENA 1G0VA 3ZKQA 4I0JA 2P3BB 3PSYA 1HVJA 5P6GA 5OZMA 3T7PA 5P13A 1WBMA 5P33A 1D4IA 1QBTA 5KR8A 5P8KA 1PSOE 2QMFA 2WF4A 2BKSA 1MESA 5P61A 3S43A 2QHCA 1MEUA 1QRPE 3SA5A 3PRSA 3GI0A 3CIBA 3PMYA 3UDKA 3VUCA 5P4WA 4AA8A 2QI3A 5P22A 1BILA 2OHLA 4Y3EA 4FRJA 3VF7A 5P4FA 4E43A 2Q54A 4GJDA 5APRE 3CICA 3KM4A 5P1UA 2ZJKA 1AJXA 4D88A 1B6PA 2QI4A 5P12A 2FDPA 2FLEA 5P56A 5P0WA 4L6BA 4Y39A 2ZJNA 5P7ZA 2PC0A 4B78A 4ZSMA 1Z8CA 2AQUA 5AHAA 4NPTA 4HEGA 4QJ2A 4LAPA 5P4YA 3PWMA 3UDNA 1T7IA 3INFA 1EC3A 4Y5LA 4DH6A 5P8RA 2PK6A 3NU4A 2F3FA 3EKWA 5P0HA 2ER0E 4B0QA 3UDMA 3NDUA 4Y47A 5P7VA 4FL8A 5P4RA 4J1IA 4NPUA 1MT8A 3S43B 1XDHA 2BJUA 3KMXA 5P3GA 1SDTA 3IVIA 2Q64A 5P26A 3O9HA 3KYRA 5P0PA 4FM7A 1PSNA 1FLHA 5P3BA 1RNEA 4Y4WA 4HDBA 3ZOVA 1OHRA 5P44A 5P0ZA 4GJ7A 5P24A 1C6YA 3VLBA 3WB4A 5OZAA 3SQFA 5P04A 3D1ZA 5P0NA 5P6EA 3R4BA 1IZHA 5OYZA 4KE1A 2PYMA 1KZKA 3QBFA 1MRXA 1AAQA 3VCMA 4Y4EA 3INHA 1MRWA 3H5BA 3DCKA 1E82E 3QAAA 5P6SA 5HE4A 5P3WA 1LF3A 1GVUA 3OXXA 4FIVA 5P19A 3KF0A 5P23A 4Y4GA 3K5GA 2VIYA 5OZVA 3K5CA 3QROA 5P89A 1EPQE 3L5CA 2QI5A 4ZIPA 6FIVA 5P0AA 3LIQA 4RYCA 1XE5A 5P7BA 2VS2A 2QD7A 5P78A 3IA9A 2BPVA 2ZYEA 4OBZB 3C9XA 2QZLA 3VV8A 2HC0A 1UH9A 5P4BA 4H1EA 5P1WA 5AHCA 1LS5A 4EYRA 4EJLA 3OWNA 3HAWA 2WECA 3PEPA 3GGUA 5ISJA 5P0BA 4D85A 2OHMA 5P2NA 2AOGA 2AVVA 4H3FA 3SA3A 3BXRA 3VEUA 3URLA 5P73A 1SH9A 2UPJA 1DPJA 1MUIA 5P6ZA 3KN0A 4J1HA 5OZBA 1OD1A 5P38A 2AOJA 5P8BA 3S56A 4YD3A 1B5FB 1C6ZA 1MPPA 4OD9A 5P1SA 1WBKA 1IIQA 3K4VC 3QN8A 2ZHRA 2PH6A 5P52A 1KJ7A 5P82A 5BRYA 1LF4A 4Q5MA 2QI7A 3EM6A 4WY1A 4Y3FA 3DUYA 5P7HA 2IGXA 5OZHA 3OU1B 1EEDP 2BB9A 4AZYA 1APUE 5P7XA 3OQFA 3IXJA 4YBIA 5OZ3A 3VSWA 2J9KA 2AVOA 4U8WA 2Z54A 5P5VA 5P0EA 2O40A 3AIDA 5OZLA 5ENKA 4EQJA 5KOQA 4Z22A 4FS4A 1APVE 4Y5CA 4YCKA 1ZJ7A 3DM6A 3L5DA 2G1SA 2G22A 4L7HA 3TTPA 2P4JA 1C70A 1ZAPA 3I7EA 4D89A 4OBHA 4BELA 2CENA 2V0ZC 5IS4A 3EMYA 5P5QA 2IKUA 4U7VA 4DJUA 2ANLA 2IGYA 4B77A 4PYVA 5DR1A 5P7QA 2NNPA 3ZKXA 3SM2A 1DIFA 3S53A 3VYFA 2I1AA 5P2QA 3RSVA 4ER1E 1HEGE 3LIZA 5OYYA 2ZHSA 4GJ5A 2IS0A 2JE4A 3EL5A 4Y5PA 1RV7A 2JYSA 3UQRA 4YBFA 3OHFA 1PPME 3IVHA 3S45A 1EPNE 3O9CA 5C9BA 2Q63A 3VYEA 4FRIA 2ZJMA 1FQ7A 2IDWA 3PBZA 5EZXA 3G72A 2CEJA 5KAOA 1EBYA 5P3XA 5P2SA 3VV6A 1BVGA 4D8CA 5P49A 2NPHA 5DR4A 4FAFA 5P81A 5P55A 5P6WA 2QNNA 2A4FA 5P2BA 5P1LA 5P7AA 3FNUA 2HM1A 3OOZA 3OQKA 1HTGA 4NJUA 3U6AA 1YG9A 1HTEA 2AIDA 2QU3A 5P4SA 3SA6A 5OYWA 4B00A 2Q15A 1GKTA 2XYEA 4EP2A 5P6XA 3PCZA 4A6CA 2QAKA 3BUFA 3EKTA 5IE1A 1HVLA 2O4SA 3OUCA 4DFGA 1XS7D 3OGQA 5P68A 3MSLA 5P03A 4Y36A 4B1DA 1K6CA 2IKOA 4YOAA 4DPFA 1TSQA 4K4QA 4ZSQA 3I8WA 5P2XA 1YT9A 3IXKA 3T3CA 5P3MA 4DQCA 3CYWA 3DCRA 3O9EA 5OZ8A 4APEA 5P08A 1MTRA 1ENTE 1A8KA 3L5FA 2ER9E 1ZPKA 5P6BA 5P65A 5P3UA 5P1BA 4JOOA 3OUBA 5OZXA 4LL3A 3SO9A 3EC0A 4Z50A 2NXLA 5TOLA 4LHHA 3LZUA 1AIDA 5P7MA 5P6VA 3KT5A 1GVVA 1HIHA 1ER8E 4Y3GA 5P71A 4A4QA 3NR6A 5P5KA 3R1GB 1EPLE 5P8AA 5SY3A 1ZBGA 3TLHA 5P3KA 1YX9A 4R95A 4J0PA 2I4XA 5P80A 1XN2A 4JP9A 4Y57A 5P8DA 1HPOA 1GVWA 4BFDA 2WL0A 5P8CA 3B7VA 7UPJA 1SIPA 4YA8A 3ZKMA 2OHQA 1FQXA 2AOIA 4I11A 3NUOA 4Y54A 1BDRA 3TPLA 5P77A 5P36A 5P31A 4CPUA 3PWRA 5P6IA 3DJKA 5P4QA 2I4VA 1T7KA 3I25A 2EWYA 3UDPA 5P05A 1ZSRA 1CZIE 1FQ4A 3ZLQA 5P5MA 5P4KA 2PWCA 5HD0A 1IDAA 1IZEA 1LYAA 4PEPA 5P0VA 3O9LA 1C6XA 4GJ9A 4TRYA 5OZ1A 4I0IA 3NWQA 4YD7A 5DGWA 3K5FA 4GJBA 1F7AA 1LYBA 1UH8A 1NSOA 4GJAA 5ISKA 1UPJA 3GI5A 3KFSA 5HCTA 2WF2A 5P4VA 3U7SA 4DUSA 2VIZA 1Q9PA 3SAAA 4LC7A 4Y5GA 5P2TA 1BBSA 2OHTA 1KJ4A 4Y4AA 3TNEA 5OZOA 2PSVA 5P79A 2QK5A 5F00A 5P5GA 2FMBA 3RVIA 5CLMA 5P1AA 5DGUA 1LEEA 5DR8A 2BKTA 5P84A 5P07A 2PYNA 2B42A 2BPYA 3MWSA 4R93A 2ZGAA 2VNMA 1JLDA 3AUPA 3ER5E 3OOTA 5P27A 3WSJA 3UFNA 2XFKA 4NKKA 3LNKA 4RRSA 5P5NA 2G1OA 4FGXA 4JPEA 2OHKA 3T7QA 5P4PA 3R0YA 2PH8A 4ZSPA 4N00A 4DJOA 4RCEA 5COKA 5P2UA 3VF3A 1LYAB 3VSXA 2V11C 4TVHA 3OU4B 2V13A 3O9LB 4RVIA 1LZQA 5P2OA 2RENA 5P8VA 1DMPA 3IN3A 2O4KA 3RTMA 1SMEA 4DJXA 5P2IA 1E5OE 3RU1A 1LF2A 5P6DA 1CMSA 1W5WA 1OEXA 2VJ6A 5HVPA 1YTHA 5P1NA 5HU1A 2I0DA 5KR0A 5P06A 5P3AA 4J54A 2WF3A 3JVWA 5OZ0A 1NPAA 4I0FA 4Y3TA 5P69A 2QHZA 5P0YA 3TPPA 2R3TA 4NJVA 3FKTA 3HVGA 5P8MA 4PPHA 5AHBA 2HB3A 2FGVA 3L5EA 1FQ6A 2HB2A 5P3QA 1FMXA 2ZHUA 3Q4BA 4Q1YA 4Y3LA 5OYSA 5P40A 4CPTA 1D4JA 1MSNA 5P7WA 5OZJA 5P7JA 2BBBA 3BVAA 4B72A 3UPJA 3SFCA 5OYXA 5P1DA 3Q5HA 4FM6A 5P0TA 4Y5BA 4DPIA 5SXNA 4Y5MA 3LZYA 2IL2A 4LXMA 3VYDA 4HA5A 2QZKA 2VNNA 4OBFA 4LXKA 4RCDA 5P4XA 3OY4A 3PSUA 4GJCA 1HVCA 5P4JA 5OZTA 5P1IA 1BDQA 4AUCA 4EJKA 1HVIA 5P2DA 5P5EA 4BEKA 4GYEA 4J0VA 3FNTA 3VFBA 2FXEA 1A9MA 5P2ZA 1Z1RA 2J9JA 5P7NA 1XL2A 4RVXA 5P02A 5E5JA 3UQXA 3HW1A 5DQ5A 5P3SA 4R5NA 5P1CA 2V10C 2ER6E 3LHGA 4ACXA 3M9FA 4GB2A 3ST5A 5P5FA 3PM4A 4Y3NA 2R43A 4YDFA 3O9GA 2O4PA 3MXEA 5OZEA 1NPWA 2R3WA 5P0MA 1T6EX 5JG1A 5JFUA 4DJWA 3UCBA 3UQWA 3EM4A 3NU9A 4Y4XA 3DOXA 4QJ6A 4BFBA 3ZKSA 5SZ9A 5I3VA 3A2OA 5P1PA 1AM5A 1FMBA 1T3RA 1K2BA 3S54A 3IGBA 5P3VA 5AH9A 2BQVA 3PHVA 4DQHA 5OZFA 5HDUA 3UQPA 2UY0A 5KOSA 3HD8A 1FMUA 1XN3A 5P2VA 1W51A 2QP8A 5P7RA 5JODA 5P8EA 5P3HA 1NH0A 4TRZA 4J55A 5P2HA 3UF3A 2ASIA 1A94A 2AOEA 1FQ8A 2OHPA 1BV7A 5P7PA 5P0QA 1W5XA 5DQ4A 4DJVA 1FGCC 5P0OA 2P3AA 4IVSA 2WEZA 4Z2ZA 5P0CA 3BHEA 2P3CA 1B6JA 3K1WA 1K2CA 3INDA 3VG1A 1BDLA 4HVPA 5COOA 4TRWA 4J1EA 2QI1A 3BVBA 4EP3A 1W6IA 3PVKA 3TOGA 1HOSA 4XKXA 4R8YA 6UPJA 4OBKA 3EKYA 2JJJA 5P1FA 1ODXA 4I10A 1E81E 5EZZA 4Y4DA 4Y56A 5P8SA 4Y3WA 4CPRA 3FV3A 5P54A 4HE9A 5P57A 4Y43A 1BXQA 2OHRA 2QZXA 1BXOA 2B7ZA 1META 1ME6A 2FNTA 4K4PA 2NXDA 3U71A 3CIDA 3L59A 4LXAA 5P3ZA 4QJ7A 5P2WA 3NUJA 5P8FA 3APRE 4Y4JA 5OZ9A 4Y38A 4J1KA 1HIIA 4CP7A 4Y9WA 2RSPA 4I1CA 3OQ7A 4I8ZA 1FB7A 1MT9A 4Y5NA 1EC0A 2A1EA 3LZVA 1PROA 1F34A 2FS4A 5P4ZA 3LIVA 3S7MA 5ENMA 3DK1A 5P6CA 1D4SA 2AZCA 4Y3SA 5P3PA 5P6JA 2O4LA 5KQYA 5P63A 2OAHA 4Y3YA 4TVGA 3DV5A 4B05A 4K4RA 1GVTA 3EKQA 3T6IA 5DPZA 1FF0C 3EKVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BIM A;  1K6V A;  5P1T A;  5P6K A;  2AOH A;  1BAI A;  2PSG A;  2WJO A;  2P3D A;  3INE A;  2IEO A;  5P4L A;  5P5D A;  1TZS A;  5P37 A;  5CON A;  1BVE A;  3QIH A;  3TL9 A;  4Y5K A;  1XL5 A;  5P7C A;  4J1F A;  5P4O A;  5P4E A;  4DJR A;  1G2K A;  5KQZ A;  2ZJJ A;  1QDM A;  5OZ4 A;  5OZK A;  1ZPA A;  3EKX A;  5ER2 E;  1HIV A;  5P7D A;  1HPS A;  4RYG A;  2NNK A;  1RPI A;  1HVK A;  5P72 A;  3QRS A;  4PZW A;  4Y3H A;  1TCX A;  4H3G A;  3ZPU A;  4X2L A;  3EL9 A;  2ZJH A;  4Y3A A;  5P8J A;  1FG8 C;  2HS2 A;  1HTR B;  2XFJ A;  3CKP A;  5P75 A;  2CEM A;  4DJQ A;  4OC6 A;  9HVP A;  3OU3 A;  1HVH A;  1TQF A;  3WZ7 A;  5P10 A;  3BUG A;  3PWW A;  5P53 A;  3SLZ A;  4MC1 A;  1HPV A;  5P8P A;  1B6L A;  3APP A;  5P6U A;  5P86 A;  3ZKG A;  2Z4O A;  4X7I A;  1DW6 C;  3VFA A;  4I0H A;  3PGI A;  2G20 A;  4QLH A;  4AA9 A;  4CKU A;  5DQC A;  4M8X A;  4DVF A;  1OEW A;  3LPJ A;  4WTU A;  1IVQ A;  5P2R A;  5P7S A;  2RKG A;  4EPJ A;  3QVC A;  1PSA A;  5P3Y A;  5P5O A;  4B1C A;  3DV1 A;  3BUH A;  2ZJL A;  2QI6 A;  2VIE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5FIV A;  4U7Q A;  2I4U A;  5P16 A;  5P8Q A;  2AZ8 A;  1GVX A;  5P4T A;  4DQB A;  2B8L A;  4FRK A;  1UH7 A;  1AVF A;  4Y3Z A;  1YTG A;  3RTH A;  5P30 A;  1GNO A;  1LYW A;  5P0S A;  4Y3D A;  2F81 A;  2G27 A;  5OZ7 A;  1K6T A;  1E80 E;  5IVT A;  2IRZ A;  4GID A;  3FX5 A;  3OQD A;  3QS1 A;  1VIJ A;  2ZDZ A;  5P11 A;  5I70 A;  3FNS A;  1W50 A;  1SBG A;  4ZPE A;  3D1Y A;  4RRO A;  2FIV A;  5P88 A;  5P0I A;  4J5J A;  4Y41 A;  4XXS A;  1SIV A;  3NXE A;  2BPW A;  5AGZ A;  3D3T A;  3QRV A;  3SA4 A;  5P6H A;  5P4C A;  1IVP A;  5P5S A;  1EPR E;  5JFP A;  2O4N A;  3ZMG A;  1HXB A;  3LPI A;  3EL0 A;  2WEB A;  5P2G A;  4AMT A;  5P8N A;  5KQF A;  2AZB A;  1FKN A;  2BPX A;  1SGU A;  2RKF A;  4I0E A;  3KT2 A;  1YM2 A;  4OBJ A;  4XX3 A;  3SM1 A;  4Y6M A;  4DQF A;  1HSH A;  4Y3J A;  5P3D A;  2G21 A;  4NJS A;  4YCT A;  5P7L A;  3ZKI A;  5P8G A;  2OHU A;  5P5W A;  1LYW B;  2JJI A;  5P41 A;  4Y3P A;  3FSM A;  1D4H A;  1A30 A;  5P5U A;  2B60 A;  1SDV A;  5P00 A;  2AVS A;  4FRS A;  4F76 A;  2G24 A;  1K1T A;  3PCW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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