4Y47A

Endothiapepsin in complex with fragment 162
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
329
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 85
structure length 329
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y47A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y47A01
3EKXA 5P0IA 5P8AA 1PPLE 2P3DA 3TOGA 2R8NA 4QGIA 1DW6C 2CEMA 5P7RA 3ZKNA 4CPUA 3T7XA 1KJFA 3TL9A 2WL0A 3FNSA 3SKFA 3A2OA 3S43A 4EP2A 1TSUA 1LV1A 1YG9A 2HPFA 3NDTA 3T7QA 2PH6A 3O9AA 4CPSA 5P52A 1FMUA 4QJ7A 2JE4A 3EBZA 4Y5PA 5HD0A 4Y9WA 1K1UA 2WEZA 5OZXA 2PSVA 2XYEA 4ZIPA 5P4WA 4DJXA 5JG1A 4RRNA 2FGVA 1T7KA 3Q5HA 4M8XA 4Y4GA 3NDXA 5P54A 5SY3A 2UXZA 4B00A 4I0HA 4EP3A 5P0GA 1HIHA 5HDXA 5ER2E 4R5NA 1XE6A 5P4KA 3PGIA 1RPIA 2R5PA 1QRPE 2CENA 5P3WA 5OYYA 3S2OA 5P28A 4L6BA 1RL8A 1MERA 2ZHRA 3IN4A 4BEKA 4ER4E 2G1YA 5P00A 2F81A 1BVGA 4HDPA 2V13A 4Y3HA 5P5WA 3EKVA 4D89A 5P0ZA 4YCTA 5P56A 1B6PA 1F7AA 4Y45A 5P18A 2FXEA 5P08A 4F75A 3PWMA 4R93A 4PYVA 1C70A 5P8NA 5P3AA 2Q64A 1AAQA 2I0AA 5DR7A 2FGUA 4FSEA 3QBFA 5OZFA 3KFNA 2QZWA 1A30A 3OU1A 3NU4A 5P09A 1DIFA 3O9LB 3OXCA 3NSHA 3L5FA 4D83A 5KQZA 4GJCA 3PMYA 5P3QA 3PSUA 3OAGA 4J0ZA 1SGZA 1LF4A 4L7HA 3OADB 5P6IA 3TOFA 2B7ZA 4EJLA 1YTHA 5P4QA 3H5BA 3LPKA 3VLAA 2QZLA 3SA4A 5OZBA 1HHPA 5P0KA 2J9KA 5OZSA 2F8GA 2NNPA 3Q6YA 3O9GA 5P4TA 5P8MA 4BFDA 3ZKSA 5OYTA 4CPWA 3DOXA 5E5JA 2FNTA 2QU3A 1BXOA 4CPTA 4YOAA 4J55A 1UPJA 4Y44A 4DJQA 1B6KA 5UPJA 2APRA 5P38A 5P3GA 5DQ1A 5KR1A 5P7MA 4FRSA 1IVQA 4L1AA 5P2OA 2OHSA 3K1WA 4I0FA 4XKXA 5P3OA 3Q70A 3K5DA 1PPME 5P74A 4Y3WA 5P3JA 1BDQA 5P3BA 2I4XA 5DR3A 1XL5A 3HAUA 3PCZA 4B78A 1N49A 2H6SA 2FLEA 5OZRA 3OGPA 4L7JA 1EBZA 1LYBB 3LITA 4RYCA 3VV7A 5P8HA 5P6HA 4JP9A 5P65A 1LYWB 4YBFA 1WBMA 4Y3AA 1HSHA 3LIQA 3OXXA 3LZUA 4QJ9A 4MC6A 4J0VA 3CIDA 3PHVA 3L5DA 3KDBA 4Y4WA 2OHLA 3EKTA 5P2UA 3CIBA 2IENA 3NU6A 2QI0A 3OQKA 5P1WA 1Q9PA 2WF3A 4Z50A 1EPPE 2G69A 1FQXA 5B18A 4Y4EA 3FSMA 3EKPA 4Y53A 3VCMA 3CMSA 2IEOA 3OTYA 2CEJA 1SDTA 5P10A 3INEA 1EBYA 4EXGA 3QVCA 2QMGA 4NJVA 2HIZA 3SA6A 3O9IA 2G27A 3HAWA 5P82A 5ISJA 3ZPUA 4Y48A 2AVMA 3VF5A 1D4YA 3ZPSA 4JOOA 1KJ7A 1T7IA 1MSNA 3PM4A 5AHAA 1XN2A 5P1IA 3KT5A 5KAOA 5I3XA 5KQFA 4FAFA 5DQ4A 4K4RA 4PZWA 3OQAA 3GI6A 3NYGA 1HVIA 3C9XA 3DJKA 2BPZA 4Y36A 5P5AA 3EM6A 2P3CA 2SAMA 3TNEA 2Q54A 3I8WA 5F00A 4GMIA 5OYRA 1G35A 5P8DA 3VV6A 3ER3E 4H3JA 3NU9A 5P70A 5P69A 3T6IA 5P1TA 3VF3A 3B7VA 3OUBA 5P3XA 1K2CA 5P03A 4RVIA 1E82E 4Y38A 5P6DA 1YTJA 5P6YA 3EM3A 3EKWA 1W51A 4R8YA 4HEGA 3O9CA 3UQWA 5P49A 2P3AA 2Q55A 3G70A 2A1EA 3OQDA 3UDHA 4FM6A 2NXLA 4LP9A 4RCEA 3S85A 5C9BA 3DV5A 5P8JA 7UPJA 5P0RA 4I0ZA 1W6IA 4EJDA 4Y3QA 4A6CA 3VSWA 1ZTZA 2VJ6A 4OBJA 4WY1A 2ZJKA 3LZSA 4OD9A 5ENKA 1ODXA 3TPRA 1APWE 3PI0A 2ER9E 2RSPA 4YD3A 3LIVA 4RZ1A 1PSOE 4LXKA 5P7YA 5KR0A 5P59A 1KZKA 2WF2A 3SO9A 5HE5A 5OZNA 3BXRA 1VIKA 4OBFA 1HEGE 5C9DA 5OZ8A 5AH7A 3ZLQA 5P7CA 2FDEA 3ST5A 1IBQA 3BHEA 3D1XA 3PLDA 5P4FA 5P17A 3PSYA 4M8YA 4DQCA 3QP0A 4DJOA 3I25A 3NXEA 5OZEA 2V12C 2UPJA 4B1EA 5P53A 2AVVA 2OF0A 3TTPA 2Q3KA 2J9JA 5P6ZA 4OBDA 2IS0A 5P48A 5OZOA 1PFZA 2R43A 5P8UA 5P6BA 2BPYA 2BPWA 1B5FA 5P16A 3UPJA 5IVSA 4HE9A 2R38A 5OZ3A 4Y5MA 3UDQA 3S43B 3PRSA 1E5OE 5P4CA 5P2CA 1HOSA 3IXJA 5P31A 1ZSRA 3SM1A 3OK9A 2AOGA 3I6OA 3RSVA 1TW7A 2Q63A 2QI5A 2R5QA 4Y47A 3LIXA 5HU0A 3CICA 4FGXA 3DM6A 4Y5GA 1LYAA 5P6EA 5P8VA 3NUOA 4FAEA 1EPQE 2BKSA 5P8QA 5P0WA 4RCFA 2ZJLA 5P8KA 2G94A 4U7VA 5P1QA 2O4SA 4U7QA 1TSQA 3NWQA 5OYUA 2F3KA 1WKRA 1E81E 1EPOE 1LZQA 3OU3A 5OZ9A 5P6CA 3O9HA 3QRMA 1KJGA 1YM4A 5P6TA 2Q5KA 1OD1A 2NNKA 2QNQA 3WB4A 1FFIC 4DJUA 2B60A 3EL4A 2AOFA 2QU2A 1FIVA 3GI5A 5P0MA 4KUPA 5P0SA 3T11A 5P0QA 1MIQA 3GGVA 5I3VA 4ZEAA 1TQFA 5P2KA 4YCYA 1SH9A 5P4YA 5P71A 3NR6A 4CPQA 3TKGA 3I7EA 3IN3A 1HVCA 5AHBA 4HA5A 3OUDA 2JXRA 5P05A 1NPAA 4NJSA 1Z1RA 1QBSA 1BV7A 1XL2A 5P24A 5P34A 3OU1B 3URIA 4DPFA 2VIYA 2XFJA 3MWSA 3OAGB 5P5DA 5IVRA 3UDMA 5OZIA 5OZGA 4FRKA 3VF7A 4J0TA 1OHRA 4D88A 4RRSA 1YX9A 4Y58A 1HSIA 2QI4A 2AOHA 2ZJHA 1SMRA 5P84A 5P8PA 3OUAA 2I4VA 3LPIA 1G0VA 1GNNA 1QS8A 3LHGA 3OU4A 4QJ6A 4Y35A 1IZDA 2VIZA 3GI4A 3UHLA 1SDVA 2NMZA 1PSAA 5HCOA 5P4VA 2G1OA 3APPA 4CKUA 2ZE1A 4X2LA 3APRE 1HTGA 4ZLSA 4OBZA 4K4PA 4L1AB 3JVYA 5P4MA 5P22A 2I4UA 5P6SA 5OYQA 1LS5A 5P5CA 5P26A 2ZHVA 5OZ5A 5HVPA 5P6PA 4J1IA 5P8FA 1HTEA 3KMXA 2AVQA 1FLHA 4YD5A 5P1HA 1CMSA 4DQBA 5P3NA 3WZ8A 1EPRE 3IA9A 4X7IA 4YD7A 2PWCA 3LZVA 4B1DA 5I3WA 1UH7A 2HPEA 5P4BA 2V10C 5APRE 2QHCA 1HIVA 5P1RA 2BJUA 5P1BA 4YDFA 4OBKA 1K6CA 4Z2ZA 3KA2A 3RU1A 1HXBA 5P2QA 1BWBA 2QHZA 5P0DA 4Y57A 4A4QA 5P5NA 1YT9A 2O4PA 3G6ZA 5P32A 3HW1A 2AOIA 1HSGA 5P6VA 1GVUA 5P6UA 2IL2A 4J1EA 3VG1A 4R95A 4Y4UA 3FV3A 5C9FA 1HVSA 5P5RA 2IGXA 5P7VA 3WZ7A 1IZIA 5P4GA 3VLBA 5P02A 5OYVA 3ZKQA 4R92A 5P7QA 3U6AA 1T7JA 1K6TA 4XX4A 4I1CA 2AOEA 1K6PA 1HWRA 4A6BA 3L59A 5P72A 3QS1A 2QAKA 4TRWA 4EJKA 3SLZA 5P7IA 5P1XA 2Z4OA 5P68A 2OHTA 1RV7A 4ZSQA 3SA9A 3PLLA 1FQ5A 5P25A 3CYWA 5OZHA 5P8BA 5P6LA 4Q5MA 2PYNA 4E43A 1ZPKA 3N4LA 1B6LA 4ZPFA 3GGUA 5P0YA 4YCKA 3JW2A 3L5CA 1MRWA 5BRYA 2NPHA 4ER2E 4Y3TA 5I70A 2AIDA 5P4AA 5P6OA 4RLDA 5P7TA 2QNPA 4I0GA 2O4KA 1ZBGA 2BPVA 5P0NA 1M43A 1FKNA 2R3WA 4S1GA 2IKOA 5P3HA 2O4NA 3HVGA 4TVGA 5ER1E 4CPRA 3LNKA 5OZLA 6UPJA 5P2WA 2AOCA 3DK1A 3T7PA 1MVPA 4EYRA 3D20A 5DQ5A 5P0EA 1XE5A 3TPPA 5ENMA 3HD8A 3PJ6A 5COKA 5P3FA 5P5GA 4H3GA 4IVSA 1MT8A 4EQJA 2VNNA 1FG6C 5P41A 4ZPEA 2PK5A 5P6XA 2ZJIA 2AODA 5P43A 4DV9A 4DFGA 2RKGA 4Y5AA 4XXSA 4CMSA 2ER7E 2OHKA 5KQYA 2JJJA 4DQFA 3AUPA 5OZDA 2VJ9A 3L58A 4Y5LA 4J54A 3O99A 5P19A 4Y43A 4I0JA 5P7HA 5P64A 4I0IA 4EQ0A 2QI6A 1ENTE 1ZP8A 3UQUA 3UCBA 3K5GA 3LZYA 1B5FB 4F74A 3VYFA 2HB3A 3EL9A 1FEJC 5IVTA 1IIQA 3PEPA 5P2SA 1MT7A 2AQUA 5P1OA 4Y3GA 3KDDA 1ZPAA 3RTHA 2WF4A 3TH9A 5P6NA 1QBUA 3BUHA 4J1CA 4NPUA 3QVIA 5P3LA 3M9FA 2FS4A 5P4JA 1M0BA 4I12A 3EKQA 1U8GA 3NDWA 4Y3NA 1ODWA 1LYAB 3QI1A 4YBIA 5EZZA 5HE7A 5DR0A 5P4IA 2QD7A 4I0DA 5P1EA 1T6EX 3IXKA 1GVVA 4LC7A 2PMAA 4Y50A 2BB9A 5OZUA 5P0CA 4DJWA 5P27A 3UDJA 3VSXA 2F80A 4R91A 3K4VC 1META 4J1FA 4AA8A 5P51A 3L5BA 4DQHA 4Q1XA 5DR4A 3QPJA 3MSKA 5P6GA 5EZXA 5F01A 4Y3PA 1BDRA 2RMPA 1IVPA 1BV9A 3TKWA 1DAZC 3ECGA 5P7SA 5P30A 3PSGA 3MSLA 4GJ8A 1CZIE 3NU3A 2OHNA 5P7EA 5OZMA 4ACUA 3ZKGA 3NU5A 5HE4A 5P1PA 4AA9A 1MRXA 5P2TA 4Y3DA 2IQGA 5P7OA 3NUJA 3IVHA 2I4DA 4Y5CA 3SACA 3RSXA 2WEDA 4LXMA 3KT2A 3QROA 2QZXA 4YD4A 2F3FA 4Y54A 3QRSA 2G1NA 1LF2A 2XFIA 5IS4A 5KOSA 5HDUA 1HPOA 1HXWA 3CKRA 4NJTA 3H0BA 1F34A 5P2YA 1W5VA 3HLOA 3UDNA 1SBGA 3SAAA 3I2LA 1FQ4A 3UDRA 1EC3A 5OYWA 1EBKC 4PHVA 1VIJA 5BWYA 4NJUA 1OEWA 1SDUA 4MC1A 4Y4JA 3SA3A 2IRZA 2G1SA 3GI0A 4GJ7A 2WF1A 1A8GA 5P0TA 1OEXA 3OU4B 4EWOA 3ZKMA 5P1KA 5OYZA 5BS4A 2QCIA 3T3CA 5P7JA 4H3FA 3OTSA 1NPVA 1EC2A 4Y41A 5P0BA 5P4OA 2HS1A 3KM4A 3QN8A 3G72A 4JPEA 3TPLA 3OWNA 4OBZB 5P79A 5P11A 5P83A 5KOQA 1J71A 4APRE 5P6RA 3ZKIA 1FG8C 4H3IA 3K5FA 5P0FA 5OZVA 4Y3JA 3SA7A 2QD8A 3RVIA 2PK6A 2AVOA 3PB5A 3KDCA 5P7LA 4JPCA 1KJ4A 5P89A 1ME6A 5P8CA 5DGWA 4CPXA 2HAHA 2VIEA 4YE3A 2B8LA 1XN3A 2ZYEA 5P1LA 2VIJA 2Q11A 1Z8CA 4I8ZA 3L3AA 4AZYA 5P5BA 2PYMA 4Y4DA 1BVEA 1LYWA 1K6VA 4PPHA 4OC6A 1APUE 4FCOA 5P4DA 3URJA 4HVPA 5P3YA 2OHMA 5P62A 5P85A 2HB4A 3S7MA 3ZL7A 5DQ2A 5P5PA 2A4FA 3S54A 3VFBA 1ZLFA 3TOHA 2G21A 5P7DA 5P1GA 5P7XA 4DJRA 3BUFA 1A9MA 5OYXA 5P6QA 5P61A 5P6KA 5P2FA 5P2HA 5P5ZA 4Y4ZA 5SY2A 5P7FA 1DPJA 5P1CA 1B6JA 4PEPA 5P5YA 5HTZA 2P83A 2ZJJA 4Y3SA 2V0ZC 3VV8A 4GJ9A 3UF3A 4HLAA 3BVAA 4Y39A 1FF0C 5P2AA 3UFLA 2V11C 2ZGAA 1TCWA 4B05A 3S45A 3IAWA 4DVFA 4NPTA 3ZOVA 1GNOA 2QI7A 5AH8A 4Q1YA 3FNTA 3FX5A 3WSJA 4ACXA 4MC2A 1A94A 1K2BA 2PH8A 8HVPA 3HDKA 3HVPA 3R1GB 2NTRA 1T6GA 5DR1A 4DH6A 4FSLA 5KQXA 5P2ZA 4Y51A 1MTRA 1BIMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EKX A;  5P0I A;  5P8A A;  1PPL E;  2P3D A;  3TOG A;  2R8N A;  4QGI A;  1DW6 C;  2CEM A;  5P7R A;  3ZKN A;  4CPU A;  3T7X A;  1KJF A;  3TL9 A;  2WL0 A;  3FNS A;  3SKF A;  3A2O A;  3S43 A;  4EP2 A;  1TSU A;  1LV1 A;  1YG9 A;  2HPF A;  3NDT A;  3T7Q A;  2PH6 A;  3O9A A;  4CPS A;  5P52 A;  1FMU A;  4QJ7 A;  2JE4 A;  3EBZ A;  4Y5P A;  5HD0 A;  4Y9W A;  1K1U A;  2WEZ A;  5OZX A;  2PSV A;  2XYE A;  4ZIP A;  5P4W A;  4DJX A;  5JG1 A;  4RRN A;  2FGV A;  1T7K A;  3Q5H A;  4M8X A;  4Y4G A;  3NDX A;  5P54 A;  5SY3 A;  2UXZ A;  4B00 A;  4I0H A;  4EP3 A;  5P0G A;  1HIH A;  5HDX A;  5ER2 E;  4R5N A;  1XE6 A;  5P4K A;  3PGI A;  1RPI A;  2R5P A;  1QRP E;  2CEN A;  5P3W A;  5OYY A;  3S2O A;  5P28 A;  4L6B A;  1RL8 A;  1MER A;  2ZHR A;  3IN4 A;  4BEK A;  4ER4 E;  2G1Y A;  5P00 A;  2F81 A;  1BVG A;  4HDP A;  2V13 A;  4Y3H A;  5P5W A;  3EKV A;  4D89 A;  5P0Z A;  4YCT A;  5P56 A;  1B6P A;  1F7A A;  4Y45 A;  5P18 A;  2FXE A;  5P08 A;  4F75 A;  3PWM A;  4R93 A;  4PYV A;  1C70 A;  5P8N A;  5P3A A;  2Q64 A;  1AAQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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