4Y4BA

Endothiapepsin in complex with fragment 323
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y4bA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y4bA01
3IVHA 5P6ZA 5P1NA 4MC9A 3PMUA 2ZHUA 3EL9A 1WKRA 2F3KA 5P47A 1M0BA 4QLHA 3LZSA 1UH7A 4H1EA 3BUFA 4PEPA 1BBSA 5P6VA 2WJOA 5P6MA 2Q15A 1TCXA 3N3IA 5HE4A 4D88A 3K4VA 3DJKA 3EKWA 4RVIA 2B8VA 1TW7A 4RVXA 1SDUA 5P3NA 4J1FA 2VIJA 4DJYA 4EJKA 2V16C 2QD6A 1LYAB 4DPFA 3OGPA 5P10A 5BS4A 3FNTA 3K5DA 3WZ8A 4APEA 2OHSA 5P2KA 5HTZA 3QBFA 2V10C 3OQKA 1PROA 1IZEA 2ASIA 5P3BA 5OYXA 3T11A 5P65A 3BUHA 3JW2A 4YCTA 3L5BA 4ER4E 3GI5A 4Y50A 3KFPA 3BRAA 3R0WA 4J1IA 5P3OA 5P3QA 3RTHA 1KJHA 3EMYA 4GJCA 4ZPFA 4J5JA 5HDUA 5P0YA 2ER6E 4Y5CA 5P85A 4LXAA 2IDWA 4R93A 5P2IA 5P7IA 6FIVA 4FSLA 2WEDA 4DJOA 2HIZA 5P3HA 1GKTA 2QU3A 2R3WA 3F9QA 2FNSA 5P35A 3RSXA 5P1KA 1FQ8A 2P3AA 5P3YA 3BVBA 1HVSA 5HU1A 4Y4DA 4PHVA 1GNMA 3T7XA 5AHBA 2I0AA 5P3DA 7HVPA 5P0JA 4Y57A 4D85A 3GGAA 2QI7A 5P0OA 4DQGA 5P3XA 3I7EA 4ER1E 3BC4A 5P00A 2BPVA 1FG8C 2O4SA 2V11C 2J9JB 5P0TA 4Y5LA 2QNPA 5P64A 1FF0C 1B5FA 2VJ7A 5P0WA 5P7UA 2G1RA 3QAAA 5HU0A 3Q4BA 4Y35A 5P3MA 1IZIA 5P4IA 4DQBA 3NU4A 1AZ5A 5HDXA 4L1AB 5KR2A 1Z8CA 5OZNA 2UY0A 1BILA 5P7RA 1K1UA 5P0IA 2IL2A 3FIVA 4EJDA 4GZFA 5P2GA 5HE5A 4QJ8A 5P1CA 5KR1A 3PHVA 5P5RA 1BDQA 4J1HA 4EP3A 3NU5A 4Y3ZA 2FIVA 2G22A 3URJA 4YDGA 2V13A 4GB2A 5P29A 4OBGA 1SDVA 4L7GA 5P7LA 1IIQA 4HZTA 5P7VA 3OUAA 1D4JA 1FEJC 1ODXA 3SA4A 1SIVA 3L58A 3EL0A 5P5DA 2ZJIA 3L59A 2G1SA 1K6TA 1AJVA 5P8VA 5P07A 5FIVA 4EXHA 3VCMA 4WTUA 5KQZA 1B6JA 5P4RA 2NNKA 1OD1A 3QROA 3R2FA 5P59A 1DIFA 3UTLA 2WEZA 5P41A 2IQGA 5JFUA 5P81A 3OU4A 5P1UA 5P2MA 4NJVA 3GW5A 3K5CA 2FGUA 1PPME 3UFNA 3TPLA 5P04A 3S43A 2NMYA 2AQUA 4I10A 1MERA 2WF4A 3EM6A 4Y53A 2QMDA 4L6BA 3TOFA 5P5PA 1XDHA 5CLMA 4Y4BA 3VV8A 5P1QA 1OHRA 3ER3E 4Y3GA 5P0RA 3S85A 4B05A 3OHHA 2BPZA 5OZ7A 2PMAA 3HLOA 3VYFA 1FMUA 4Y3RA 5P1EA 3ST5A 3VF7A 5P80A 4H3JA 2H6SA 2HPFA 3OUDA 4GIDA 3QBHA 2QAKA 5P2BA 5P1VA 4Y5EA 4GJAA 1MT9A 2FXDA 3UDHA 3NDXA 4RRNA 4RYGA 1HVHA 5P6TA 3FV3A 1T7IA 5P22A 1QS8A 3TOGA 3RTNA 5APRE 3O9GA 1MPPA 3OXXA 2OHPA 4U8WA 2P3DA 5P7NA 5AH9A 4AMTA 3DV1A 5AHCA 3LIQA 2O4NA 2WL0A 1G6LA 1FGCC 4GYEA 1HHPA 5P7FA 2F3FA 3OXCA 2IEOA 2J9KA 2R38A 5OZ0A 3D20A 4OD9B 3EM4A 2I4DA 1TSUA 4Y3LA 1VIJA 4FM7A 3EKXA 3DV5A 4BELA 2I4XA 5P2EA 5P1JA 5SY2A 3NUJA 4Y4JA 3LIXA 4AZYA 3IN3A 5SZ9A 1TQFA 1LS5A 1MSNA 1LYAA 5DGWA 5P4UA 4HVPA 5P7MA 1HPVA 5COKA 5P14A 4QJ7A 5KAOA 4EHCA 2QZKA 5P3WA 5P1DA 4Y3NA 3INFA 3K5GA 1ENTE 2B42A 4XXSA 1KZKA 4YDFA 3B80A 1DP5A 1W5VA 5OZKA 3LPJA 3ZKQA 3VUCA 3H0BA 5P54A 3EKQA 1W6HA 1XE6A 4UPJA 1WBKA 1XN3A 3UQWA 3KDDA 3BGBA 4ZLSA 5P2QA 4BEKA 5DR8A 3EL4A 3ZPUA 1GVXA 5P3FA 5COPA 4J1KA 5P7PA 5AH7A 2AOGA 4OC6A 5I3VA 2WEBA 4FLGA 3CKRA 2ZJMA 1PSOE 1QRPE 3NWQA 3VV7A 2ZJHA 5AGZA 2OHQA 5P82A 5P1SA 4FM8A 3NSHA 4B00A 2PH8A 3SO9A 4YBFA 3FKTA 2G24A 5P0LA 3BXSA 4Y58A 3I6OA 1K6VA 1NPVA 1IDBA 3WZ6A 2XFKA 3GI0A 4U7VA 4IVSA 1MT8A 5P5MA 1ODYA 1TSQA 1HWRA 3DM6A 3PMYA 5E5JA 5P0BA 5P7DA 4DUSA 3SACA 5P48A 2QZXA 4S1GA 3OY4A 4YA8A 5P6GA 4JECA 3SA7A 2J9JA 3PBDA 2SAMA 4Y5PA 5IVSA 2G1NA 4Y4AA 5P0MA 3PLLA 3MSKA 2BQVA 5P3SA 4EJLA 4QJ6A 3KMYA 1FMBA 1HTFA 2PYMA 2XFJA 2ZGAA 3K1WA 2QD8A 1E81E 3TTPA 5P4AA 1W51A 2WF1A 1BDRA 3ZMGA 5EZZA 2ZHTA 4L1AA 4I0GA 2CEMA 2G21A 2P83A 5P24A 1ZLFA 1KJ4A 1EC0A 5ER1E 3WB4A 3KA2A 4ACUA 5P4GA 5P4YA 5P7BA 1E80E 1FFFC 2NXMA 2OHKA 5P73A 3UCBA 3UDRA 1EC1A 2VIEA 5OYSA 5OZSA 4ZIPA 3CIBA 3PWRA 4Y37A 3VYEA 5P34A 5DGUA 5P0EA 2FDPA 4OBDA 2XFIA 5P53A 2QCIA 3VFBA 4F75A 1LEEA 5OYUA 5P28A 1Z1HA 3KDBA 5P89A 1ZP8A 3NXNA 4FRJA 5OZ2A 4FGXA 5P1AA 3OADB 4Y3SA 2BPYA 2UPJA 4I8WA 4OBZB 3SPKA 1LF2A 3I8WA 4CPSA 1MSMA 1M4HA 1OEWA 5P0NA 2UXZA 4I12A 3LZVA 4PPHA 4Y4UA 3S53A 4F76A 5P8OA 1APVE 5P74A 1EPME 5P5QA 5P3RA 5P5OA 2G1OA 3O9FA 3TNEA 3EC0A 8HVPA 4YD3A 4J55A 5P49A 5IE1A 5OZ8A 5P88A 3R1GB 3JVWA 1MTRA 4A4QA 5OZTA 1K2BA 2IGXA 5OYQA 3OWNA 4I0ZA 5P8LA 4ZSPA 5P6AA 2OAHA 3GGXA 5HDVA 5P5ZA 3HDKA 3PVKA 2HS2A 5OZIA 1G35A 5P2YA 4XKXA 5OZFA 4FL8A 2I4WA 2JJJA 3MSLA 4TRWA 1B6KA 1PSNA 5AHAA 4LC7A 5P0HA 4DJRA 4U7QA 4JPCA 5P46A 1K2CA 5OZ6A 4RCDA 1EC3A 1HSIA 1AIDA 5P1YA 4DJWA 3NDUA 2ZHSA 5P4PA 1LYWB 2R5PA 4Y3XA 5P31A 1UH8A 4F73A 5DQ4A 4BFBA 4HE9A 5HVPA 1LF4A 3L38A 2AVOA 1YTGA 2PSUA 2WEAA 5P66A 3TOHA 4CPQA 1APTE 1LZQA 4I8ZA 1HXWA 4DJXA 5P4TA 5I70A 3LPKA 2QMFA 4L7JA 5P6QA 1BIMA 1XL2A 2B60A 3ZLQA 1D4SA 3L5CA 3S56A 9HVPA 4R92A 4YD5A 5P08A 2QNNA 2PSVA 3U6AA 2IGYA 5P7OA 3PWMA 3U71A 5P0KA 5OZGA 3SA3A 4K9HA 1BDLA 3KDCA 3NU3A 5OZAA 4KE0A 3PLDA 2Q11A 1N49A 3M9FA 2RSPA 3WSJA 2V00A 5OYWA 4K4QA 3T7QA 5P0AA 4DJPA 2FLEA 3PJ6A 5P1GA 1GVWA 3R4BA 3WZ7A 4FRSA 1SMEA 1B6LA 2O4PA 4HA5A 2HM1A 2G27A 2I4VA 2QZWA 5P6HA 3UF3A 5PEPA 5UPJA 1XS7D 1YX9A 4DQHA 5P1BA 1BV7A 2ZJJA 4Y44A 1FQXA 4XX3A 4TRZA 4Y9WA 5P61A 4L7HA 5P8JA 1QBTA 5KR0A 3K4VC 4Z22A 5I3YA 1RL8A 1HIVA 1YT9A 3BUGA 2CENA 5P09A 5P1WA 1TCWA 3QRMA 5P1RA 5P4OA 1FIVA 1HPOA 3EBZA 2PQZA 3PBZA 2R9BA 3PB5A 3PCZA 4DFGA 5OZPA 3CYXA 5P2WA 3NDTA 3T6IA 4RRSA 5P4QA 3ZPTA 5P4BA 1HRNA 5P78A 5P32A 3RSVA 2I4QA 4LAPA 7UPJA 4DV9A 4KE1A 4QJAA 3IXJA 1U8GA 2A4FA 4J0ZA 2NXLA 3UDMA 1PPKE 3QRSA 5OYTA 2ZJLA 5P5UA 5P40A 5P03A 4M8XA 4APRE 3OU3A 5P15A 3CKTA 1EPQE 2AOIA 3UFLA 1BXOA 2XYEA 5P0UA 1FLHA 5OZQA 3FX5A 3OU1B 4DQCA 3Q6YA 5P6CA 5P2DA 3OOZA 5OZ9A 2BB9A 3ZKNA 1T7JA 2BPWA 1A9MA 1IDAA 5P4KA 4TRYA 4KUPA 5P2JA 2JJIA 2B7FA 1UPJA 2NTRA 4OBJA 3QN8A 5OZ3A 3TKGA 5OZBA 3O9AA 3SA6A 2WF3A 3OADA 3UHLA 2I4UA 5P6DA 1T7KA 2BJUA 5KQYA 4OBZA 4I0DA 2PC0A 2Z4OA 1QBSA 5P8KA 4DJUA 5P8HA 5I3WA 5DPZA 4I0FA 2G69A 2OHRA 3OUCA 1F7AA 1ZBGA 1SP5A 1J71A 4YD7A 3O9HA 1DAZC 4E43A 3D1ZA 3C9XA 1HXBA 5C9FA 4Y5KA 6UPJA 5P5NA 4Z2ZA 1ZJ7A 1SH9A 5P3KA 4CPXA 2AOEA 3UDQA 3GI4A 5E5KA 1RNEA 2R8NA 4RROA 2MIPA 4MC6A 4YD4A 1C70A 2EWYA 4B1CA 4J1EA 2QD7A 5P2ZA 2VS2A 5P2LA 5P58A 1HEFE 1RPIA 2F8GA 5P4NA 5P3IA 5P3PA 5DR1A 4NJSA 4ZE6A 2AZ9A 3OHFA 4IVTA 4J0YA 2O4LA 2QMPA 1HIHA 5KOSA 3CIDA 5P2SA 5P55A 5P6EA 3VSXA 5DR4A 5OZOA 4R91A 3HW1A 3O99A 5P8UA 5P4SA 4Y3QA 5P8DA 4Z50A 4RCEA 4N00A 5KOQA 5P7HA 4I11A 1BVEA 4EQJA 3SAAA 2QI1A 5OYZA 5P4MA 1W6IA 3QRVA 3APPA 3LIVA 4HEGA 1FG6C 3LITA 4Y3YA 3KN0A 5P50A 4DJQA 3I25A 3NUOA 4Y4ZA 3TPRA 2RKFA 3O9BA 5P5YA 2AZCA 5P71A 3IXKA 1SGZA 4CKUA 5P6KA 2B8LA 5P4HA 5P83A 1TZSA 1K6PA 3PSYA 4YD6A 2O4KA 5DQ5A 2ZHRA 4FM6A 3LPIA 4FCOA 5P0GA 3VSWA 5P76A 1Z1RA 5P8NA 4PZXA 2FMBA 1K1TA 4I1CA 1MESA 5C9BA 5AH6A 3DUYA 4Y41A 1CPIA 5P2AA 5P6WA 5IVQA 2Q64A 3CMSA 2QNQA 3SA8A 2Q54A 5J25A 2QU2A 1GVUA 5P1FA 2CEJA 2FDDA 5P7TA 4J54A 1IVQA 1FQ5A 3G6ZA 1IBQA 5P0DA 2QI3A 3EL1A 4Y5BA 1G0VA 2P4JA 5P2OA 3RTMA 3BVAA 3UDJA 3CKPA 2JYSA 3INHA 5P1XA 5OZUA 2ZDZA 4YOBA 4D89A 5P5GA 1D4IA 3EL5A 5P67A 2JXRA 2AVVA 5P0ZA 4FS4A 1EPLE 4ZSMA 3ZL7A 1YTHA 5P1HA 5P8QA 5F00A 4YCKA 1BV9A 5P8SA 4Y3JA 5P4EA 3SFCA 3NWXA 4LHHA 5OYRA 3S7MA 3ZKMA 5P2HA 5P3TA 1EAGA 5IS4A 1VIKA 5OZ4A 1ZPKA 3VG1A 4NJUA 4GJ6A 1MTBA 1NSOA 1W5YA 4H3GA 1AAQA 2IKOA 4DQFA 4Y54A 4MC1A 2R43A 3ZKIA 5P6FA 2ZE1A 3IVIA 1G2KA 3UDPA 2AVSA 2APRA 4DPIA 3IA9A 4ER2E 5P8FA 2I1AA 4B72A 2BPXA 5OYVA 5P6PA 5P4ZA 2V0ZC 3GGVA 5P5EA 5P87A 4J0VA 3KF0A 4AA9A 4HLAA 2ER7E 4Y5AA 3QPJA 2IRZA 2VIZA 3MWSA 3PRSA 5P0QA 3BHEA 1B6MA 5P0PA 2ER0E 2NXDA 4DI2A 4D8CA 1A8GA 3DOXA 5P12A 5P6UA 2OF0A 3Q5HA 3OU1A 1AJXA 3NXEA 5P5AA 4R5NA 4RYCA 5P77A 5P3JA 2ZJNA 4FIVA 4GMIA 3VLAA 5DR3A 4Y4WA 2AODA 1MVPA 1SBGA 2BKSA 2BKTA 1M43A 4JPEA 2OHLA 4DVFA 1ME6A 4QGIA 5KQXA 1WBMA 2HS1A 3ECGA 3INEA 2ANLA 1W5WA 4QJ9A 2H6TA 5P6SA 2AIDA 3HAUA 2QP8A 4J1CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3IVH A;  5P6Z A;  5P1N A;  4MC9 A;  3PMU A;  2ZHU A;  3EL9 A;  1WKR A;  2F3K A;  5P47 A;  1M0B A;  4QLH A;  3LZS A;  1UH7 A;  4H1E A;  3BUF A;  4PEP A;  1BBS A;  5P6V A;  2WJO A;  5P6M A;  2Q15 A;  1TCX A;  3N3I A;  5HE4 A;  4D88 A;  3K4V A;  3DJK A;  3EKW A;  4RVI A;  2B8V A;  1TW7 A;  4RVX A;  1SDU A;  5P3N A;  4J1F A;  2VIJ A;  4DJY A;  4EJK A;  2V16 C;  2QD6 A;  1LYA B;  4DPF A;  3OGP A;  5P10 A;  5BS4 A;  3FNT A;  3K5D A;  3WZ8 A;  4APE A;  2OHS A;  5P2K A;  5HTZ A;  3QBF A;  2V10 C;  3OQK A;  1PRO A;  1IZE A;  2ASI A;  5P3B A;  5OYX A;  3T11 A;  5P65 A;  3BUH A;  3JW2 A;  4YCT A;  3L5B A;  4ER4 E;  3GI5 A;  4Y50 A;  3KFP A;  3BRA A;  3R0W A;  4J1I A;  5P3O A;  5P3Q A;  3RTH A;  1KJH A;  3EMY A;  4GJC A;  4ZPF A;  4J5J A;  5HDU A;  5P0Y A;  2ER6 E;  4Y5C A;  5P85 A;  4LXA A;  2IDW A;  4R93 A;  5P2I A;  5P7I A;  6FIV A;  4FSL A;  2WED A;  4DJO A;  2HIZ A;  5P3H A;  1GKT A;  2QU3 A;  2R3W A;  3F9Q A;  2FNS A;  5P35 A;  3RSX A;  5P1K A;  1FQ8 A;  2P3A A;  5P3Y A;  3BVB A;  1HVS A;  5HU1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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