4Y4GA

Endothiapepsin in complex with fragment b53
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of endothiapepsin-fragment complexes from crystallographic fragment screening using a novel, diverse and affordable 96-compound fragment library.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 78
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y4gA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y4gA01
2G27A 1FMXA 4Y43A 4DJWA 3HW1A 5P6UA 2ER0E 2G1NA 6APRE 1BV9A 5OYTA 2B8VA 1FFIC 3UHLA 3N4LA 1XL5A 5P1QA 4LHHA 3LITA 2OHMA 2Q55A 3PI0A 2FXDA 3FNUA 1BXOA 5P66A 3EBZA 5P02A 5P2LA 5HE5A 1GNNA 5P16A 2WL0A 4Y38A 1HVJA 5DR8A 2ZYEA 3ZPTA 1G2KA 3VSXA 3BVBA 5P2TA 3TPRA 2P3CA 1XL2A 1QBUA 2QD7A 1MT8A 5P3TA 3VEUA 4B78A 1SH9A 4Y4WA 5P7UA 5P7WA 3LZYA 2VA6A 2QZWA 2G21A 4J55A 4F73A 5P08A 1SIVA 3BGCA 5P0PA 1B6KA 3OOZA 5P5GA 5P2NA 1TQFA 2V11C 1LYWA 4I0GA 3L5CA 1NPVA 1JLDA 3OHHA 5OZAA 3D1XA 5P7PA 3GI5A 5P47A 4HDBA 1DMPA 1BDLA 1SDTA 3Q3TA 3IVIA 2NXMA 1U8GA 1K6TA 3OUDB 5OZEA 2UY0A 5I3VA 2ZHSA 1HRNA 4NPUA 4Y54A 5P6YA 4OBZB 5P5UA 4ACXA 2MIPA 5P1OA 1MEUA 4QJ9A 1CPIA 5P3UA 1OD1A 2FDPA 8HVPA 1FQ7A 4L7GA 4OD9B 2ZHUA 2BPWA 5P4CA 5IVQA 5P5RA 5HDUA 3KDCA 5P3OA 3NDWA 5SZ9A 5P7KA 1F34A 2CEJA 1OEWA 5COOA 4F75A 5P7RA 3IGBA 3L5BA 4Y50A 1XE6A 5P1GA 5P74A 4DQBA 3PSGA 4Z2ZA 3UDPA 3DM6A 2G1YA 2Q5KA 2PQZA 2R8NA 2IKOA 1B6JA 2QMDA 3L3AA 3NLSA 4B05A 1HHPA 4Q1NA 3UDKA 2QP8A 1HWRA 1KJ4A 5P4RA 4J1FA 4B0QA 5P4NA 2QMGA 1EC2A 3KDBA 5P5WA 5OZ3A 2J9JB 4XX4A 5P5FA 5P44A 2OHRA 5P6GA 3PBDA 5AH8A 3EL5A 5P87A 5PEPA 3UPJA 5P8SA 1T3RA 5P0KA 5HD0A 2AVMA 5P4FA 4FRIA 2HS1A 3T7PA 3KFNA 3LIXA 5COPA 3PI5A 4LXKA 2Q54A 3PGIA 2B8LA 3EKWA 4GJ6A 5P3WA 5P5HA 4GJCA 3U7SA 1HIHA 4LC7A 1BDRA 4AZYA 5OYYA 1HVIA 3SABA 3ZLQA 4Y36A 5HE4A 4E43A 4Y4ZA 5P4KA 2QAKA 3OUAA 4DJOA 3SFCA 3QS1A 4DJQA 4ER2E 4XXSA 2HC0A 3DK1A 5P8PA 5P03A 4OC6A 3IA9A 1OHRA 2ZJMA 3DCRA 5P75A 1KJHA 4FCOA 5P43A 5P6PA 4Y5KA 5P30A 2IDWA 5P1BA 4Y6MA 2PWRA 5P3HA 4Y48A 3NUJA 4Q1XA 5P0IA 2PC0A 1GVWA 4HDFA 3GW5A 5OZVA 3LIZA 4I10A 5P3QA 4HDPA 5P6XA 2QZKA 4DPFA 5HCTA 2WF0A 4Y5BA 2AVQA 4TVHA 5P3SA 4MC2A 2VJ6A 3EM4A 4U7VA 5P8HA 2OHLA 4Y4UA 5P8TA 5DPZA 1T6GA 3EKXA 3UQPA 5OZ9A 1FLHA 4KB9A 5P63A 6FIVA 4J5JA 5OZUA 4TRYA 2F3EA 4JECA 3O9AA 1HXBA 4OBHA 3VF5A 3LHGA 5P5ZA 2P4JA 3L59A 4KE0A 2FMBA 5P4JA 1FQ5A 2OHUA 5P23A 4Y3YA 3Q70A 1GVUA 5AH6A 4CPUA 5P4LA 4Y5LA 4CPXA 4JOOA 1ZBGA 2PSVA 4HVPA 3PSUA 1WBKA 3GGUA 3IN3A 4LAPA 5P0FA 1IZDA 5P7AA 1ZSFA 5IVSA 5P84A 2AZCA 1GVTA 3LINA 5P3NA 3UDQA 2QU3A 4X2LA 5DQ5A 1APWE 4H3FA 1K6CA 4XKXA 5P5PA 3ZPUA 4YE3A 1KJGA 2VKMA 3F9QA 1SDVA 2PWCA 3RTHA 5P0EA 1ODWA 4GJAA 4Y57A 5P0HA 5OZQA 3R2FA 3EXOA 3SKGA 1A8GA 5P78A 4EJ8A 4A6BA 3FNTA 2RKGA 1HPSA 3QBHA 4UPJA 5P8EA 5P0RA 5P46A 3QROA 5P7GA 1ZPKA 5P6JA 5BS4A 1FQXA 2QI4A 4PZXA 4MC1A 3QBFA 5P1SA 3SA6A 3O99A 5P1YA 1F7AA 4HA5A 1Z1HA 5OZ8A 5P1LA 4GB2A 2V00A 1EPOE 1K2CA 2NXDA 1FMBA 4B70A 2Q11A 3LPIA 4ER4E 1HVLA 2P8HA 5E5KA 5P1RA 2NPHA 5P12A 3VV7A 5HU0A 3SA3A 2IKUA 5P0QA 3ZKIA 3S8IA 3PJ6A 3Q6YA 2ZGAA 3IXKA 4AA9A 5DR4A 5P2ZA 5P6IA 4RCDA 1BV7A 3S43B 4Y3LA 5P1HA 3A2OA 4YDGA 5P5IA 1C6XA 1EPLE 3VUCA 2SAMA 5P0XA 2QD8A 3UTLA 1TCXA 5P4EA 3QVIA 3VG1A 2HPEA 2NXLA 1EC3A 5P3XA 5P6KA 4FRKA 1C6YA 1ME6A 1SP5A 1ER8E 5P3JA 5P6OA 5I3YA 1IDAA 5P50A 3KA2A 3OQKA 5P0UA 3HVPA 1Z1RA 1IZHA 4K4QA 5P0DA 4PZWA 2ZHTA 5P13A 3K4VC 1MSMA 4COEA 5P2UA 3TH9A 1D4IA 5P6NA 5P4AA 5P6SA 4YD5A 2VIEA 4Y4EA 3NR6A 5ER2E 5OYUA 3LIQA 5P1DA 3OADB 5P5EA 2OHNA 4WY6A 4OBGA 3URLA 4YOAA 5P4OA 1GNOA 2B7FA 5P15A 1ODXA 2IEOA 1T7JA 5P7HA 1EPRE 5P85A 4DJPA 2XYFA 3AUPA 1FMUA 5P6DA 3ZKMA 4QJ6A 3O9DA 5P1CA 5ENKA 5IVTA 3SLZA 1HEGE 5P0CA 5ISJA 5JODA 5P5MA 3OK9A 3HD8A 3NWXA 3T7QA 2BB9A 5P6TA 4B1EA 1LS5A 5P25A 5P55A 4MC9A 4RZ1A 4Y3PA 2FGUA 1ZSRA 5P36A 5P61A 3EL4A 4Y35A 5P2WA 3VFAA 1FG8C 4FAEA 2VA7A 4BELA 5P70A 3LNKA 3HDKA 3ZKSA 2B42A 3S85A 5P4WA 2XFIA 1AAQA 5OZ2A 4ER1E 3PCWA 5KR8A 3EKQA 3KFRA 3MSJA 1W50A 4Y3DA 5P1PA 3ST5A 1HSHA 1SMEA 2AVVA 5P1VA 4L6BA 2PK5A 5P1MA 4X7IA 1EPPE 2G24A 4J0VA 5P5SA 3FNSA 3I8WA 5P05A 5P3RA 5P53A 5P1UA 5P5BA 2OHKA 5AHAA 1D4HA 4DJXA 1MSNA 2P3BB 4I8WA 1FEJC 2QCIA 4RCEA 2ASIA 4I0HA 2I4QA 2OAHA 2VA5A 3OUBA 3ZKXA 2UXZA 2AQUA 5OZIA 2V13A 1GKTA 1RL8A 3LPKA 5P52A 5P11A 2VNMA 5P6MA 4Y4XA 4Q5MA 1IDBA 5COKA 2AOJA 3VLAA 3OQ7A 3NU9A 2QI5A 4R91A 1HIIA 2OF0A 3I7EA 2IL2A 2O4SA 1J71A 5P24A 3OU4B 5DGWA 3Q5HA 5P5QA 3GI4A 7HVPA 5KQZA 4I0ZA 1QBRA 5C9DA 3ZOVA 3PLDA 4J0PA 3QAAA 5HDZA 4QJ2A 1BWBA 4Y47A 1T7IA 3BHEA 5P59A 2V16C 2AOHA 5P8CA 3VSWA 4H3GA 4EQ0A 4RGHA 5P3DA 2VS2A 1MERA 4Y5GA 5P6QA 4FAFA 3JVYA 5CONA 3S56A 2NNPA 5P6AA 4CKUA 4Y45A 1MPPA 5P48A 1LZQA 5IVRA 3KFSA 3OAGB 4QJ7A 4Y3NA 2VNNA 3TPPA 1B6MA 1A30A 1SGUA 4RCFA 1Q9PA 1M0BA 4Y58A 4DPIA 4ZPEA 5OZ7A 1LYBA 5OZOA 3K5DA 4H3IA 4Y4AA 3CMSA 1PFZA 4ZPFA 3FV3A 3GI6A 5P04A 3T3CA 3WB4A 1GVVA 4GIDA 5P2GA 2QI7A 1YM2A 3NXNA 3O9LB 5P8RA 3D20A 4J1HA 3IN4A 5P26A 2CENA 3UF3A 2IRZA 4Y5NA 5P0BA 3CIDA 4A4QA 2O4NA 1BVGA 4JPEA 2QI3A 3OU1A 5AGZA 4D88A 3N3IA 4RYGA 3UDMA 3UQWA 3DOXA 3GI0A 4L1AB 3BRAA 3OXCA 5P4HA 3NDUA 5P38A 4I11A 5P8KA 5P6RA 4FM7A 2AZ9A 1YTIA 3FIVA 5P88A 5P8OA 4I0DA 3MXDA 2FDDA 5KAOA 1G6LA 4Z22A 1BIMA 5P14A 2G20A 5P8LA 2JYSA 3TOFA 3LZVA 3NU4A 5P0OA 3EC0A 4I0IA 2HPFA 4CP7A 4EJDA 4F74A 5P6EA 5P18A 1NPWA 1HVSA 4K4PA 4WY1A 5P5CA 3DCKA 1HVRA 4ZSQA 4R8YA 1D4SA 1YX9A 1KJFA 1EPQE 2I4UA 2QI1A 2Q3KA 2ZJJA 3MWSA 4DQFA 1EPME 5P6VA 1B5FB 3PRSA 4Y53A 3NU6A 4RLDA 3BC4A 4L7HA 5OZ5A 5ER1E 3BXRA 2JE4A 2ZE1A 3KDDA 2HM1A 5OZZA 1BILA 3VLBA 3CICA 5P06A 5P2CA 3QRSA 4Y5CA 5P58A 2AOFA 2QNPA 2VIJA 4DQCA 1FQ8A 1LYAB 3ZKNA 5DR1A 1VIJA 5P5OA 3R0YA 3FKTA 5P4VA 2BKTA 4IVTA 3BUHA 4R95A 3R4BA 1K6PA 4EQJA 5P7BA 2H6SA 3SA7A 2ZHVA 5J25A 5P7XA 3SA4A 5P3GA 1XN3A 3R1GB 4APRE 4HEGA 3WB5A 5DQ2A 2G69A 3APRE 5OZ6A 5OYSA 4K4RA 4TVGA 3RSXA 2BKSA 5C9BA 1SBGA 1Z8CA 5P4TA 4Y5MA 3ER5E 2AOIA 3T7XA 4JPCA 5P73A 4K9HA 4NJSA 3OUDA 2ER6E 1HOSA 5P7SA 3B80A 4DV9A 1FIVA 4H1EA 2RKFA 3I6OA 2BPVA 4OBZA 3PBZA 4QJAA 1HVCA 4GJDA 4R93A 5P1AA 2R3TA 4OD9A 3RTMA 2I4DA 2NMZA 3CKTA 3S7MA 2PH8A 4B77A 3NUOA 2P83A 1GVXA 2BPZA 1DW6C 5P7JA 1MIQA 3TOGA 2XFJA 3ZMGA 2PSUA 5P5JA 3CYWA 1IIQA 1C70A 4J1CA 3QPJA 3CIBA 2FXEA 2QMPA 4YD3A 3NYGA 3GGVA 2VIYA 5P4XA 4PHVA 2IQGA 1DAZC 3S7LA 2ZJNA 3EMYA 3S53A 3KT5A 4FGXA 5P4ZA 2AODA 2ZDZA 5P4BA 1TZSA 5P07A 1EEDP 4FS4A 5KOSA 2FNSA 5HTZA 2ER9E 2R43A 2Z54A 2J9JA 3QVCA 1K6VA 1TCWA 3HZCA 1MRXA 5P7CA 5P22A 5OYQA 5SXNA 5HDXA 5P60A 3PEPA 1AVFA 4DJRA 3VFBA 5ENMA 3VV8A 3NU5A 5P8NA 3UQUA 5P7TA 3RU1A 4LL3A 1ZLFA 1DIFA 2QZXA 3BVAA 4Y3RA 5P89A 4EJKA 4OBDA 2BJUA 5P29A 2HAHA 2Z4OA 5P2HA 5P3CA 4YD4A 2QU2A 1PPKE 5P1IA 4U7QA 1YTHA 1QS8A 5P4IA 3QN8A 3GGXA 2V0ZC 4S1GA 3EKTA 5OYVA 2EWYA 3M9FA 2FGVA 3OHFA 4Y3WA 1IZIA 2V12C 2V10C 3IVHA 5P5KA 3TNEA 5P7EA 5OZSA 2AIDA 3RSVA 1K1TA 1UH8A 5P6WA 3PMUA 1VIKA 3NSHA 4J0ZA 2BPXA 3OUCA 5P1FA 4Y3GA 4B1CA 4DJUA 3DV5A 3Q4BA 1ZP8A 5P8VA 2BQVA 5P40A 5P5TA 3ER3E 3CKPA 3L5EA 5P77A 4M8YA 4CPTA 5P76A 3KMYA 4BFBA 1MUIA 4JP9A 5P3BA 1DP5A 4FSLA 5P31A 1G0VA 2B60A 3TLHA 5P0GA 3TPLA 3PWMA 1SMRA 3OQDA 5I3WA 5P0YA 2HB2A 1TW7A 3VYEA 5P8FA 4Y3EA 1E81E 1G35A 5P8GA 1OEXA 4GMIA 1D4YA 2ZJHA 4Y51A 1SIPA 5P35A 4IVSA 5P2JA 3WZ6A 1BXQA 3HAUA 4EXGA 5P1WA 3QRMA 1CMSA 3PMYA 1W5XA 1QBSA 3GGAA 1HBVA 3WSJA 5TOLA 1XDHA 4EXHA 5P1TA 5P34A 2ZJIA 4CPWA 1FKNA 5EZZA 2WF2A 1A9MA 3SAAA 3KT2A 3LPJA 3CYXA 3O9FA 4YDFA 2QK5A 3LZSA 5P7DA 5P6CA 5OZTA 2HB4A 4Y37A 1MT9A 5P6FA 3EKPA 1AJVA 3O9HA 2IGXA 3BUFA 1YTGA 2WHHA 5P2OA 5P8QA 2ZJKA 5P0TA 4YA8A 4YBIA 5P2RA 5HU1A 1GNMA 3TKWA 5P32A 3HVGA 4YD7A 5AH7A 5P7LA 3UFLA 4AMTA 4CPQA 5P6ZA 2ZJLA 1LYWB 4RVJA 5P10A 5HCOA 1TSQA 2HS2A 3PWRA 2Q15A 3URIA 3D1YA 1QDMA 3L5FA 4J0TA 4FM8A 4ZE6A 4YCKA 5OZXA 1AXAA 1HXWA 3OOTA 4GYEA 5OYWA 3BGBA 3DV1A 1APVE 3SKFA 4FSEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2G27 A;  1FMX A;  4Y43 A;  4DJW A;  3HW1 A;  5P6U A;  2ER0 E;  2G1N A;  6APR E;  1BV9 A;  5OYT A;  2B8V A;  1FFI C;  3UHL A;  3N4L A;  1XL5 A;  5P1Q A;  4LHH A;  3LIT A;  2OHM A;  2Q55 A;  3PI0 A;  2FXD A;  3FNU A;  1BXO A;  5P66 A;  3EBZ A;  5P02 A;  5P2L A;  5HE5 A;  1GNN A;  5P16 A;  2WL0 A;  4Y38 A;  1HVJ A;  5DR8 A;  2ZYE A;  3ZPT A;  1G2K A;  3VSX A;  3BVB A;  5P2T A;  3TPR A;  2P3C A;  1XL2 A;  1QBU A;  2QD7 A;  1MT8 A;  5P3T A;  3VEU A;  4B78 A;  1SH9 A;  4Y4W A;  5P7U A;  5P7W A;  3LZY A;  2VA6 A;  2QZW A;  2G21 A;  4J55 A;  4F73 A;  5P08 A;  1SIV A;  3BGC A;  5P0P A;  1B6K A;  3OOZ A;  5P5G A;  5P2N A;  1TQF A;  2V11 C;  1LYW A;  4I0G A;  3L5C A;  1NPV A;  1JLD A;  3OHH A;  5OZA A;  3D1X A;  5P7P A;  3GI5 A;  5P47 A;  4HDB A;  1DMP A;  1BDL A;  1SDT A;  3Q3T A;  3IVI A;  2NXM A;  1U8G A;  1K6T A;  3OUD B;  5OZE A;  2UY0 A;  5I3V A;  2ZHS A;  1HRN A;  4NPU A;  4Y54 A;  5P6Y A;  4OBZ B;  5P5U A;  4ACX A;  2MIP A;  5P1O A;  1MEU A;  4QJ9 A;  1CPI A;  5P3U A;  1OD1 A;  2FDP A;  8HVP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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