4Y4TA

Endothiapepsin in complex with fragment 114
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y4tA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y4tA01
1EPOE 1MT9A 2QU2A 5P7IA 4PPHA 1EBWA 1SP5A 3IVHA 1OD1A 3BUGA 4FE6A 3UQRA 3VUCA 1TW7A 4Z2ZA 5AH9A 1EBKC 3SAAA 2ZHTA 5IVQA 2AOHA 4EQJA 3BXRA 5P13A 4BFBA 5P6RA 3ZKIA 4OC6B 4TRZA 5P66A 4R5NA 3ZL7A 5OZMA 1LYAB 5J25A 3SPKA 3VYDA 1PSAA 3VFBA 2AVQA 3UQXA 2OAHA 4Y3QA 2G1OA 3BVAA 3BUFA 5OZCA 4MC9A 1HPSA 2ZYEA 1SMRA 2G1SA 5P8QA 5P6WA 5P5VA 2WEDA 3H5BA 5ISKA 1NPAA 5P5IA 3O9AA 1APVE 3TKGA 1QS8A 3FKTA 5DQ4A 5KQFA 1BIMA 1NPVA 5P5CA 5BS4A 5P82A 5P23A 2BPXA 3TLHA 2P3AA 4FAEA 3L5BA 3WB5A 3LHGA 3BHEA 3QI1A 3QBHA 3I6OA 2BPVA 3LIYA 1LF4A 3KFNA 4DUSA 4Y3AA 3EKXA 4FM6A 5P5AA 3VF3A 3WZ6A 1PSNA 2PC0A 3PCWA 4XKXA 1B6KA 1IDBA 3APPA 4Q1NA 3UDKA 3QVCA 3AIDA 3HW1A 5P3FA 4FRJA 5P2AA 3NUJA 1LYWA 2G1NA 2AOIA 3AUPA 1FMBA 5OZGA 3K5GA 1KJGA 4FGXA 3FX5A 5B18A 5P2YA 4L7GA 2I4XA 2UPJA 3ER3E 2FXEA 3D3TA 5EZXA 2WEAA 4Y4AA 1AJXA 3VCMA 3DUYA 6FIVA 3KDBA 1PFZA 3RSVA 2AOEA 5OYXA 5OZLA 3VG1A 5OYZA 5OZ5A 4GJCA 2IGYA 1TQFA 4DJYA 5P8DA 5HU1A 5DR3A 3JVYA 2A4FA 1DMPA 1Z8CA 1IVQA 3QRSA 5P2VA 2AQUA 4Y3PA 2P3BB 1IZHA 3NU4A 5P53A 2JE4A 5P8UA 1HVJA 5P0ZA 1MEUA 4D88A 3L5DA 4DJXA 2QI6A 3KN0A 4J5JA 5OZUA 3OADA 5F00A 5P78A 5P0CA 5OYRA 1FIVA 1A94A 2Z54A 3SFCA 1GVUA 5HDXA 3IXOA 3SA9A 2O4NA 2V16C 4B70A 4GJBA 4EPJA 2O4KA 5HDVA 5KOQA 4TRYA 4EJLA 4PEPA 4R92A 5P0NA 5OZNA 1TZSA 4GJ8A 3OUDB 4CPSA 5P04A 5HU0A 3O9LA 1K2BA 5DR0A 1SDTA 4Y58A 5P1QA 5OZ4A 5P4XA 3ZKQA 5P3RA 2NXLA 3NWQA 3SKGA 5P8FA 2VS2A 5P2CA 3ST5A 5P35A 5OZFA 1ZTZA 3CKRA 4GIDA 4DPIA 1OEXA 4J0PA 3WZ8A 4Y5EA 4FRSA 3OAGA 3B80A 5P3YA 5P71A 1HSHA 1T3RA 1C6ZA 4Y4EA 1WBMA 5OZYA 4GJ6A 5P73A 3O9HA 4Y5LA 3OQDA 4DQHA 4J1CA 3IXKA 4EXHA 3O9CA 4OBFA 2PK6A 2F81A 3GI6A 2NNPA 3INDA 5P8RA 2BPYA 5DR8A 5OZXA 1BXQA 3GGAA 2AVSA 2P3CA 5P15A 3NWXA 5OZ2A 1AAQA 3K5CA 4I0DA 1W6IA 2VNNA 5DR7A 3S45A 3U6AA 4FSEA 3TPRA 1LYAA 1D4HA 4RYCA 4PHVA 9HVPA 5P4TA 3FSMA 4ZIPA 3IN3A 6APRE 2Q54A 5OZIA 5ER2E 2PYMA 3DCKA 1XE5A 1ER8E 3SA7A 1UPJA 2HB3A 2NMZA 1MTRA 5APRE 5CLMA 3TOFA 4DJUA 4EJDA 3NU5A 3KF0A 3OUAA 4B1CA 5P3PA 4OD9B 1QDMA 3NDTA 4FCOA 2QMPA 5OZ6A 5P7XA 5P5FA 4K4QA 5P05A 4R93A 4H3JA 1EC3A 1NPWA 4Y43A 5P6MA 5P46A 3RU1A 3IVIA 3L5EA 1QBSA 1FQ8A 4I0ZA 4ZE6A 5P5LA 1MSNA 5DPZA 1SH9A 3UDMA 3KMXA 2Q55A 2Q11A 1HTFA 5P7MA 2G20A 4B72A 3OQFA 4GJ5A 3K4VC 3SM1A 5P7SA 2P8HA 4U7QA 5P3NA 1ODWA 3LITA 1AJVA 5P7LA 5P4YA 2H6TA 3BC4A 4Y53A 5P0TA 3KYRA 4OBHA 1FLHA 5P4ZA 5P3JA 3SLZA 2R8NA 5C9FA 3PMYA 2QCIA 1AXAA 1N49A 2IRZA 5P5ZA 3TPPA 2JJIA 3G70A 5P12A 5P2UA 4ER4E 2OHSA 5P7YA 3NDUA 3VYEA 1BXOA 1GVTA 2V10C 2R3TA 4M8XA 2VIEA 2P3DA 5E5KA 3L5CA 3HDKA 2RKFA 1HVKA 2HB2A 1GKTA 2IS0A 2AIDA 4J0YA 5P4GA 3GGXA 1TSQA 4PZXA 5I70A 3PSYA 4HE9A 5P0MA 3QROA 5SXNA 5OZSA 3LPKA 3K1WA 5F01A 2FDEA 4EJ8A 1MT8A 1W6HA 2RKGA 3UFLA 1A30A 1AM5A 1FQ7A 5P83A 1HPXA 2R43A 3S7MA 4YD6A 4Y36A 2HB4A 5P4WA 5P0FA 4OBJA 1BV9A 2PSVA 4A6BA 5DR4A 1RQ9A 3EM3A 5P1SA 3S53A 1HVLA 3OUDA 2HPEA 2JXRA 4DQFA 4LAPA 1HPVA 3GI0A 5P3VA 5P1GA 2AVOA 4Y3TA 3S43B 3T3CA 5P0KA 3PBDA 5P2OA 1BWBA 5P3GA 4HDBA 4Y5NA 3FNTA 5P30A 2NTRA 3R0YA 4Y3HA 5P7JA 4B0QA 4J1IA 4F74A 1SDVA 4L1AB 5OZ1A 2ZJKA 3TTPA 5P1EA 1MTBA 3VLAA 3WB4A 5P85A 1ZBGA 5P80A 5P56A 2XFIA 3KMYA 2RSPA 1G35A 4DFGA 1SGUA 2NXMA 4L6BA 3R1GB 5P7QA 5IS4A 5SZ9A 1CMSA 2PK5A 3VV8A 3MSJA 3LZUA 4ZEAA 3QP0A 5HDUA 1WKRA 1EPRE 3NDXA 4YDGA 1MPPA 5I3VA 5P7NA 3K5DA 2APRA 4F75A 5P3DA 5P3AA 5P0BA 5P6JA 5KR0A 5P6IA 3TPJA 5P6GA 4Y4JA 2R9BA 1BDLA 2V13A 2V00A 4EJKA 5OZQA 2CEJA 4YD5A 5P2ZA 5P62A 5P5EA 3BRAA 5P6TA 3Q5HA 3PCZA 5P5YA 1EPQE 5P5SA 2IDWA 3INFA 1GVWA 5P0OA 5P4CA 5P1HA 4GJ9A 4K9HA 5COOA 1W51A 4DJPA 5KR8A 5P7DA 1DP5A 2FGUA 1HXBA 3TL9A 3LINA 4Q1XA 1K1TA 3OU4A 5P7WA 3NXEA 1MUIA 2VJ6A 3L3AA 1J71A 2ZHVA 4LXKA 4OD9A 5P3UA 4Y5MA 3SA5A 3FNUA 5DQ1A 1NH0A 1M43A 4KE1A 3M9FA 5P0PA 5PEPA 2I4VA 2G26A 3OOTA 2FIVA 2FNTA 3OXCA 5P88A 2QD7A 3ZPSA 5C9BA 3CICA 5OYUA 2QD8A 3PWMA 2HC0A 4Y3XA 2BB9A 2IENA 3LIXA 5DQ2A 4MC1A 3NXNA 3LZYA 3FV3A 4DJRA 2PH8A 5P27A 4YHQA 2WF3A 5P2LA 3ZMGA 5OZTA 5P4OA 2ZHSA 3KT2A 5AGZA 5P6ZA 2B42A 4B00A 3TPLA 1ZPAA 4Y51A 4YCTA 3T11A 2H6SA 4Y3NA 1ZPKA 4K4PA 3RTNA 3NR6A 4COEA 3PJ6A 5P07A 4I1CA 5P0UA 3CIBA 4NPUA 1MRWA 4ZSPA 2QI0A 4CPWA 4RCFA 4HDFA 4FL8A 2I4UA 2AZBA 5P29A 3QIHA 3CYXA 4I11A 3SO9A 5COPA 4PZWA 2I1AA 3NLSA 5P0AA 4J1FA 5P2RA 2FMBA 5HE4A 3S85A 3IXJA 2IGXA 3O9BA 3QRMA 2I4DA 5P48A 1KJ7A 3SKFA 1B6LA 4Y37A 5P5HA 1EAGA 2F80A 3CMSA 3PI5A 3OHHA 4NJTA 3QRVA 1ENTE 5P8AA 3BUHA 2JYSA 3OQAA 1HVSA 5EZZA 2AOFA 1EEDP 5OZVA 4DJWA 2FXDA 3INEA 1MSMA 2VA5A 3VF7A 2AOJA 5IVTA 5JFUA 5OZBA 3HLOA 3Q70A 1GNNA 5SY3A 1W5YA 3JW2A 5P22A 5P4PA 1K6VA 3CKTA 5P43A 5P74A 4Y3FA 5P16A 1F7AA 3NYGA 3BGCA 2ER7E 2NXDA 4YOBA 5P4FA 1FMUA 2IKUA 5P0XA 4B77A 3VSXA 3HVPA 2G1YA 5P2MA 4J1HA 1PROA 3D1XA 4PYVA 2AOGA 3OU1A 4QJ7A 5P63A 4I0EA 2J9JA 4LXMA 3RVIA 2ANLA 5P0GA 2B7FA 5P5TA 4U7VA 3UQPA 3TKWA 2F8GA 3Q3TA 3LNKA 3PRSA 4HLAA 4RVJA 7HVPA 2QNPA 1FG6C 4D85A 3KA2A 4NJSA 2WF2A 5P0JA 5C9DA 1B11A 4LP9A 3PHVA 5P0YA 4N00A 2QNQA 4UPJA 1MERA 3UPJA 4DPFA 4RLDA 4DQEA 2Z4OA 4Y3RA 4RCEA 5OYTA 3OOZA 4RRSA 5DQ5A 1DW6C 5P4DA 3A2OA 5P0EA 4Y35A 3QPJA 3EKYA 5P7AA 5P32A 5P77A 5IE1A 3WZ7A 5BWYA 4Q1YA 1FEJC 5TOLA 1LYBA 5P6DA 2QI5A 3MXDA 5P7HA 3QN8A 5AH8A 2I4QA 3T7QA 4LBTA 3HVGA 4YOAA 3EL5A 1BVGA 2HS1A 5P6PA 2HIZA 4ZPFA 2QZLA 5OYWA 5P36A 5P41A 3UCBA 5P3CA 3DM6A 1FQ6A 5P1RA 1FG8C 3EL1A 2ZJLA 5P8VA 5JODA 3MSLA 2Q15A 5OZRA 4FRIA 1HOSA 5P2HA 2R5QA 1IZDA 5P4JA 5P14A 3EKVA 1OHRA 3UHLA 5P8SA 3EMYA 1BWAA 3T7PA 5P1PA 5P18A 2J9KA 1HIIA 1XS7D 2SAMA 5FIVA 5T4SA 5AHCA 2FLEA 2ER0E 5P6FA 4X2LA 3SQFA 4Y54A 5P84A 5OZ0A 4Y48A 3ZPUA 1RNEA 5P1KA 4Z50A 1BBSA 4ER1E 4D89A 5P0RA 5P4LA 4BFDA 4B78A 5OYVA 4Y5AA 4I12A 4OC6A 5P3QA 5P7BA 2OHNA 4LXAA 5P4VA 1OEWA 5P1NA 1LEEA 5P4NA 1HRNA 2QHZA 5COKA 2WECA 5P25A 4I0JA 5OYQA 1FF0C 2EWYA 1DIFA 1QBUA 3GW5A 4FM8A 5KQXA 4D8CA 2PSGA 5P2BA 5P28A 1BILA 4OBZB 4Y5PA 3KFRA 3TOGA 4Y3LA 3KM4A 1ZSFA 3OUCA 5P5PA 2NMYA 5P4EA 3U71A 1SGZA 3D91A 2O40A 1AIDA 2WF0A 4B1DA 5P7UA 4QGIA 4LC7A 3I8WA 5P51A 2R5PA 5P3MA 1XN3A 4DJOA 3RTHA 3D20A 2F3KA 5I3WA 2XYEA 5UPJA 1EC0A 5P5NA 5P6XA 4DH6A 1HIVA 1YT9A 3DJKA 2ZJJA 3R2FA 5P7TA 3UDQA 2AZ8A 3I2LA 5OZZA 4Y3YA 1F34A 2ASIA 3PSGA 1YX9A 3EM6A 5OZAA 1C6XA 4Y39A 3OY4A 2ZHUA 4FM7A 2G1RA 3INHA 4ZSQA 5P1OA 3K5FA 2P4JA 5DGWA 5P4AA 3RTMA 5DQCA 1EPLE 5AH7A 5OZOA 3OU3A 3OQKA 5P65A 1BDQA 3PI0A 3EKQA 2HAHA 5P64A 3D1ZA 1HVRA 1UH7A 5P5JA 5P2WA 4QJ9A 4BEKA 4NJVA 1D4KA 5OZEA 1SDUA 2G27A 4HZTA 3BVBA 1EBYA 5HDZA 4Z4XA 4DVFA 3R0WA 4NPTA 4EWOA 5P7RA 4FS4A 4Y47A 4QLHA 5KOSA 2HPFA 4RZ1A 5AH6A 2P3BA 3PM4A 4Y5CA 3K4VA 2QI4A 4K4RA 5P4QA 2NR6A 2P83A 5P7GA 5P7FA 4ZSRA 1HEGE 1KJHA 4CPUA 4A4QA 5P26A 3MXEA 1TCXA 4Y5KA 4LHHA 3ZLQA 5P1TA 2QZXA 3BXSA 5P1FA 3SA6A 1B6JA 3O99A 5P4HA 1D4LA 4EP2A 1VIJA 2VNMA 5P70A 4J1KA 1HEFE 2JJJA 5P3KA 2B8LA 4GZFA 3UQUA 5P8TA 5P2DA 1G6LA 3DV1A 1MT7A 5P59A 1FQXA 1FB7A 2IQGA 2G69A 3ECGA 3FNSA 4J0VA 2ZJHA 3UDRA 1BAIA 4RRNA 2PWCA 5P7CA 5P5UA 5OZJA 5P3OA 4M8YA 4Y44A 5P6QA 3TOHA 5KAOA 3OTSA 4CP7A 2ZE1A 5P45A 1LYWB 2VKMA 5I3YA 1RL8A 3NSHA 4ACXA 1YTJA 1D4JA 4QJ8A 2FGVA 2OHKA 4I8WA 5P3HA 2ZDZA 4L7HA 3LPIA 5P38A 4CPXA 2IEOA 4Y9WA 3PEPA 5P7OA 1HWRA 5P2IA 5P3BA 5OYYA 4KB9A 5P5MA 5P5GA 2CENA 1SIPA 3N3IA 1KJ4A 1HPOA 5P1WA 5P54A 3RSXA 1TCWA 5P72A 4Y41A 1LZQA 1EPPE 5P0QA 1SBGA 5P4KA 4Y3DA 1APTE 3PLDA 5KR2A 5P3XA 4QJ2A 4Y3ZA 1HHPA 3S7LA 1UH8A 1A8KA 4JPCA 1EC1A 4YD4A 4WY1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EPO E;  1MT9 A;  2QU2 A;  5P7I A;  4PPH A;  1EBW A;  1SP5 A;  3IVH A;  1OD1 A;  3BUG A;  4FE6 A;  3UQR A;  3VUC A;  1TW7 A;  4Z2Z A;  5AH9 A;  1EBK C;  3SAA A;  2ZHT A;  5IVQ A;  2AOH A;  4EQJ A;  3BXR A;  5P13 A;  4BFB A;  5P6R A;  3ZKI A;  4OC6 B;  4TRZ A;  5P66 A;  4R5N A;  3ZL7 A;  5OZM A;  1LYA B;  5J25 A;  3SPK A;  3VYD A;  1PSA A;  3VFB A;  2AVQ A;  3UQX A;  2OAH A;  4Y3Q A;  2G1O A;  3BVA A;  3BUF A;  5OZC A;  4MC9 A;  1HPS A;  2ZYE A;  1SMR A;  2G1S A;  5P8Q A;  5P6W A;  5P5V A;  2WED A;  3H5B A;  5ISK A;  1NPA A;  5P5I A;  3O9A A;  1APV E;  3TKG A;  1QS8 A;  3FKT A;  5DQ4 A;  5KQF A;  1BIM A;  1NPV A;  5P5C A;  5BS4 A;  5P82 A;  5P23 A;  2BPX A;  3TLH A;  2P3A A;  4FAE A;  3L5B A;  3WB5 A;  3LHG A;  3BHE A;  3QI1 A;  3QBH A;  3I6O A;  2BPV A;  3LIY A;  1LF4 A;  3KFN A;  4DUS A;  4Y3A A;  3EKX A;  4FM6 A;  5P5A A;  3VF3 A;  3WZ6 A;  1PSN A;  2PC0 A;  3PCW A;  4XKX A;  1B6K A;  1IDB A;  3APP A;  4Q1N A;  3UDK A;  3QVC A;  3AID A;  3HW1 A;  5P3F A;  4FRJ A;  5P2A A;  3NUJ A;  1LYW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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