4Y53A

Endothiapepsin in complex with fragment 54
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 88
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y53A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y53A01
4J1IA 1BDRA 5P86A 4LXAA 1HXWA 3LZYA 1Q9PA 5P4CA 5OYTA 3S43A 5P1AA 1BVEA 4YOAA 4H3IA 5OZQA 5P0QA 5P7YA 1K1UA 4B1DA 5P0NA 2B7FA 3BUFA 2O4LA 5SY3A 1SIPA 6APRE 5DR4A 5P4PA 4LAPA 2QZKA 4GJ6A 4TVGA 3FNSA 3T7PA 4H3GA 4K4QA 1B6JA 5P5RA 2WF1A 3OAGA 3ZL7A 2OAHA 1BDQA 5ER1E 1PPLE 3TNEA 1NPWA 3PHVA 1B6MA 5P1TA 5P5HA 4K4RA 3I2LA 4RROA 3OU3A 3MWSA 5OZPA 3EM6A 4BFDA 1SBGA 3PBZA 1HPXA 1EAGA 4TRZA 2QK5A 3U6AA 2QMGA 4D89A 3R0WA 1FG8C 5P13A 5P30A 2RKGA 4Y3AA 5OZ4A 3FV3A 5P68A 1AZ5A 5P15A 5P50A 2FMBA 5P7FA 2G20A 1RNEA 1D4YA 5P2LA 5CONA 3LZVA 5OZ2A 4RZ1A 1AIDA 3OUDB 3I6OA 4FE6A 3EC0A 4Y3LA 4OBJA 3URIA 2NXLA 2PMAA 3KFRA 3KDDA 3OQKA 5OYXA 4EP2A 1YTJA 1HPOA 5KQYA 5P3NA 3AUPA 3DOXA 1A30A 3INHA 3IA9A 3LPKA 3SA5A 2CENA 5P1PA 3SA6A 3UHLA 4GIDA 5P2IA 6FIVA 2VIZA 1ZPKA 2QI3A 5FIVA 5HE4A 5P61A 3HDKA 4J5JA 5OZ0A 3TL9A 1HEGE 5P39A 2B7ZA 1LYAB 1EPOE 4EJ8A 5P8NA 5IVRA 5P2XA 5J25A 4L6BA 3NSHA 5P7PA 5P2WA 4L1AB 1TQFA 2NNKA 1E80E 3NR6A 3OQFA 5OZWA 1K2BA 2FDEA 4YCTA 3L5FA 5OZZA 4B78A 5OZLA 3SQFA 3FNUA 2QP8A 4D88A 1ZAPA 2PSGA 3S43B 8HVPA 5P37A 3QPJA 1T7IA 5OYSA 1APTE 3OQDA 4ER1E 4M8XA 2NPHA 3Q5HA 5P5ZA 5P79A 1HVHA 3EL0A 2FXDA 4MC9A 3ECGA 3ZOVA 3HBOA 5C9DA 4DJOA 5P2BA 1G2KA 5P6GA 2G26A 3L5EA 5P3RA 3UQWA 5P8BA 2P3DA 3C9XA 3OAGB 4EXHA 3F9QA 4Y37A 3CYXA 3QS1A 4FM8A 3LHGA 3VF7A 3PLLA 5P5NA 5P06A 4QLHA 5C9BA 2ZYEA 1RPIA 2QI5A 2AOEA 3NXNA 1B6KA 2WL0A 3CKRA 3WB4A 3K4VC 3VF5A 1EPRE 5P7EA 1F34A 2AOGA 5P0EA 1VIJA 2G22A 1Z1HA 1NPAA 3ER3E 3PWRA 3TLHA 5OYRA 2XFKA 2QMFA 5P8GA 4Z2ZA 2HM1A 1RV7A 3ZKMA 3QVCA 3OADA 4FM6A 5APRE 4Y39A 5P03A 3VF3A 4Q1XA 5IS4A 4K8SA 3OUBA 5P6PA 5OZCA 5DR3A 4GJ5A 1PSAA 3SA8A 4DH6A 2R3TA 4FAFA 3JW2A 5P62A 4DQGA 1HVSA 2XYEA 3GGUA 9HVPA 1D4JA 3OUCA 3INDA 4XKXA 4RVJA 1TW7A 4YA8A 2OHNA 1C70A 4I0EA 2QMDA 5SZ9A 3KA2A 3BC4A 3RTMA 1D4SA 5P7KA 5P1RA 3LITA 1ZJ7A 3BUGA 3S7LA 4DVFA 4QJ2A 2BPVA 5OZGA 5P11A 2I4VA 4DQCA 2R8NA 4JPEA 4LL3A 4DQBA 5P4DA 2BPZA 1C6ZA 1HTGA 5P2FA 5P0LA 5P73A 1FMBA 2Q64A 5P28A 2PQZA 5P17A 4YCKA 1OHRA 2ZJIA 2OHSA 5P2CA 3Q70A 3GI6A 5I3YA 3D1ZA 4DJPA 2OF0A 5P4TA 4Y5AA 5P4GA 4DUSA 3RSVA 2B60A 2XYFA 5P4AA 1IDBA 4B0QA 5BS4A 2VIEA 4DFGA 5P64A 4A6BA 3OGPA 4D85A 2QZWA 1EBYA 2IL2A 4Y38A 5OZ6A 2O4PA 2WEZA 5HE5A 2QU3A 4B1CA 3MXDA 2V00A 2F81A 1GVVA 3OWNA 5P3UA 3QN8A 3KDCA 1LYBA 1FF0C 5P3PA 4ZSRA 4EWOA 4D8CA 4Y35A 5P19A 5P40A 3O9CA 5P0VA 2P3CA 3BVAA 2A1EA 1W5VA 3GI0A 5AHCA 2BB9A 4PZXA 2WF3A 5DPZA 4L7GA 4MC2A 4ZPEA 3PMUA 3T7XA 3PBDA 5P14A 5KQXA 5P2RA 1DIFA 5P1HA 5P04A 3DM6A 4Y3PA 5ISJA 3GGVA 4CPSA 3OADB 3S85A 5DR0A 2V13A 3OOTA 4IVTA 4Y3DA 2WECA 1FB7A 1HSGA 4YD6A 2XFJA 5JG1A 5P0ZA 2HPFA 1DMPA 5ISKA 2BPWA 3JVYA 5P00A 1W50A 1FEJC 4Y4AA 3UDMA 5P51A 1LZQA 4I0ZA 5P8UA 3PRSA 1GNMA 4F74A 3SA7A 2NTRA 3N4LA 2ZJJA 5P3VA 2Q5KA 4Y3EA 2ZHVA 4GJAA 5P6QA 3SA4A 1CMSA 3QI1A 5P8MA 5AGZA 3EL5A 5P8DA 4HLAA 1SGUA 5OYWA 4HEGA 4H3JA 2PK5A 4OD9A 5P27A 5F00A 3BRAA 3WSJA 5DGUA 4Y43A 2AOIA 4E43A 5OZIA 3KFNA 5COOA 5P8QA 1LF2A 1SP5A 3ZKQA 4ZLSA 5P0BA 2PH6A 4PHVA 5I3WA 1EPQE 1EBWA 1GVUA 2O4NA 7HVPA 1OEXA 3UQXA 3SA3A 5P6DA 5HD0A 3NYGA 5P3IA 3G72A 2WJOA 4B00A 2AODA 2ZHRA 3SABA 2NXDA 3PB5A 4DJRA 4R95A 5P8FA 5P8TA 2G1NA 1Z1RA 3IXKA 1IZIA 4Y4WA 5P6BA 4Y3JA 3EKQA 1KJ7A 1PSOE 3WZ6A 5P22A 4R92A 3FIVA 1G6LA 1DPJA 1B6LA 4A4QA 5P67A 5P0PA 3S7MA 3Q4BA 3QBHA 3UCBA 4ZPFA 5P0HA 1DAZC 5P5PA 1BWBA 3OTSA 1FMXA 4Y50A 2Q63A 4U8WA 3O9GA 4FGXA 3D1XA 5SY2A 1IZHA 5P43A 4JECA 1EPPE 4Y5CA 2AVVA 3K5DA 5P4BA 5P5VA 2ZJMA 2I0DA 4YBFA 5P8EA 3LINA 3EKTA 4ZSMA 2AOCA 4FSEA 2G94A 5P6AA 4LXMA 5P5WA 4F76A 1FLHA 2VNMA 5OZTA 2PSVA 3NU4A 3QVIA 2ER6E 3UDNA 3LNKA 5KR1A 5P6UA 2NNPA 3PWMA 4DPIA 2NMYA 1AJVA 1YM2A 5P0MA 1J71A 3D91A 2AOJA 4J54A 4LHHA 5P4UA 1A8GA 5P1EA 5P7UA 4APEA 1MESA 3T11A 3G6ZA 2OHRA 5P87A 3TPPA 3ZKXA 4YD3A 5OZDA 5P6LA 2WHHA 4YD5A 5P4VA 2F3KA 1HIIA 1QBRA 1ZP8A 5HDXA 4ZIPA 3WB5A 3KM4A 1Z8CA 4K4PA 3O9HA 5P8PA 4EQ0A 5P74A 1T7JA 4OD9B 3BGBA 3DJKA 3QRMA 4Y3GA 3TKWA 4H1EA 5P6JA 3LZSA 2RKFA 1FKNA 1AAQA 4JPCA 5P5SA 5ENKA 3I25A 1BBSA 5HU0A 5COPA 2I4DA 2FDDA 3G70A 2RMPA 5KR8A 5JFPA 1WKRA 5P3BA 4KE0A 5P6WA 1YM4A 2HB2A 1NSOA 5KR0A 5P2EA 5P80A 3GGXA 1QBTA 4J1HA 5P5FA 3UPJA 2QNQA 4FSLA 5P5OA 4L7JA 3NDUA 2R9BA 2WF4A 5P4YA 1BILA 4Y5EA 5P8KA 3DCKA 2B8LA 4J0ZA 2UXZA 4DV9A 3K4VA 5AH8A 4Y4UA 4DI2A 1YT9A 2BQVA 3CKTA 5P0SA 5P4RA 2AVSA 1TSQA 2VKMA 4I10A 3TOFA 4OBKA 3KMYA 4J1EA 4Y3NA 3TTPA 3O9FA 3OK9A 4PPHA 3FNTA 1MT7A 3URJA 4WTUA 4EYRA 4GJBA 3EKXA 1GVWA 2FS4A 4RYCA 4CPUA 4LXKA 1RL8A 5P6CA 1K2CA 5P44A 1ZLFA 3EM3A 3OGQA 2G27A 3QRVA 5OZ1A 2APRA 5P4IA 5P4EA 2QNNA 2ASIA 4OBFA 1OEWA 4DJUA 3SACA 5P1UA 5AHAA 1GNOA 3VFAA 5P1NA 5P3TA 3A2OA 3LIQA 4I1CA 5P7NA 5P5EA 4NPTA 5OZHA 5P6YA 2VJ9A 2OHUA 4RCEA 5P5LA 5P5UA 2PYMA 1FQXA 4FL8A 3KMXA 1APUE 3VYFA 1MUIA 4HVPA 4Y5BA 3UTLA 5DQ1A 3NWXA 5HDUA 2B42A 5P0RA 3UQUA 5OZBA 1PPKE 1EC2A 2IKOA 2P8HA 4U7QA 5P47A 4YD7A 4CPQA 5P84A 4Y3ZA 3NUOA 4QJ7A 2G1SA 2BKSA 5P2GA 3I7EA 5P0KA 5P85A 4X7IA 4OC6A 3UQRA 4HDPA 5P2OA 3PVKA 3S2OA 2F3FA 5P38A 1E5OE 1LF4A 2G1RA 3UQPA 1BV9A 3S8IA 5HE7A 4Y5NA 3O99A 1FIVA 4NJTA 5P1WA 5P2VA 3NXEA 1VIKA 4Y4BA 5P8HA 4NJUA 4GJCA 1FGCC 3DV1A 3GI5A 5OZNA 5IE1A 5OZFA 5P1KA 3OXWA 3T3CA 4Y56A 3OHHA 3R1GB 5P1MA 2QCIA 5P7CA 3NU9A 5P6OA 4Y41A 4BELA 4RLDA 5IVQA 1TSUA 2VS2A 4ZEAA 4EXGA 1HOSA 3VYEA 3H0BA 3INEA 2WEAA 4EJDA 5B18A 2MIPA 4DJWA 2VA7A 4Y4ZA 5P72A 5P1FA 3APRE 5P4QA 3SAAA 4IVSA 1NH0A 5KOQA 1UH8A 3ZKSA 5P4SA 1SDTA 5P3ZA 5P5BA 4HDBA 1MTBA 5P5DA 2XFIA 2OHKA 3TH9A 5P7IA 5P24A 2ER7E 5AHBA 5OZ3A 5IVSA 3LIYA 2AQUA 2BPYA 5P1XA 4Y4DA 3KT2A 5P2MA 3B80A 1MT8A 2FGVA 1MIQA 3PWWA 3VEUA 3HVPA 5P52A 2AIDA 2ZHTA 5P8CA 5F01A 2AOHA 3BHEA 5OZ8A 3PGIA 5P0DA 4FM7A 3ZKIA 5P6SA 3OXCA 3VYDA 3WZ8A 1TZSA 1K6PA 3R0YA 4TRWA 3TPLA 3UDPA 2QI1A 4FAEA 4YDFA 5P0AA 2BKTA 1QS8A 1XL2A 4AZYA 2O40A 5P0WA 4AUCA 5P1OA 1IDAA 1FQ5A 2R3WA 4CPXA 5OZSA 2G24A 5P3JA 4GJ7A 5P41A 1LEEA 4I0JA 5DGWA 5OZUA 5CLMA 2QMPA 5P20A 5P77A 5HDZA 2UPJA 3EL9A 3M9FA 5P3MA 1T3RA 3DCRA 1HEFE 4OC6B 1AXAA 2QZLA 3PI0A 3PM4A 5P8LA 2JXRA 4FS4A 4RCFA 5P1LA 1ZSRA 2QD8A 4CKUA 3L59A 4Y9WA 3HAWA 5OZJA 2WEBA 4I0GA 4RCDA 3EXOA 5P5YA 5P0IA 3CIBA 3IXJA 1E82E 2Q54A 4QGIA 3L58A 3OU4A 1EBZA 1HVJA 4Z50A 1WBMA 2QHZA 5OZOA 1UPJA 3D1YA 7UPJA 2ZHUA 4Q1WA 5P4OA 5COKA 3O9DA 5DR7A 5P7QA 4GB2A 2ZJNA 4Y5LA 2FLEA 3QIHA 2A4FA 4CPRA 4BFBA 4Y58A 5BWYA 4Q5MA 2NMZA 5P59A 5TOLA 3PCWA 5P6RA 2CEMA 3NDXA 3SKFA 3VV7A 3OOZA 4FRSA 4Q1YA 2IS0A 5P2YA 2IRZA 5OZVA 2QZXA 2BBBA 4Y4TA 2FGUA 3HVGA 5P0YA 2HPEA 1K1TA 2QD7A 5OZ5A 4KB9A 3Q6YA 3VFBA 4D83A 2R5PA 5P7XA 3NWQA 3CMSA 3BGCA 5P0GA 5P1YA 4AA9A 3RVIA 3PSYA 5P5MA 2AZ8A 1A9MA 4ACUA 5P7JA 4APRE 4FIVA 5EZZA 2HAHA 5P6NA 1W5XA 3K5GA 1PROA 4ZSQA 4XX3A 3NDTA 5P2SA 1YTGA 3VLBA 3VSXA 4OBGA 5P81A 5P3CA 4EJKA 1HPSA 5P31A 2QNPA 5P0JA 4Q1NA 5P4XA 1K6VA 4NPUA 1AJXA 1BVGA 1N49A 1IZEA 5P7MA 3OU1A 2FNTA 3EMYA 4ACXA 3SPKA 2OHTA 5P55A 2J9JA 4BEKA 5P49A 1FQ7A 3QBFA 5P2QA 5P66A 1APWE 1D4IA 2ZHSA 1FQ8A 3SFCA 2SAMA 2R5QA 4B1EA 1APVE 4Y5MA 3L5BA 3LIVA 1EBKC 2AZ9A 3IXOA 1T6EX 5P5JA 5P6ZA 3DV5A 4B72A 2IEOA 1LS5A 2PH8A 4LBTA 3EL4A 5P0XA 3QP0A 5P45A 3FSMA 2HS2A 2I0AA 3QRSA 3VV8A 3D3TA 4NJVA 5P18A 1EC3A 5P1JA 4EQJA 5P3GA 4Y3RA 5P10A 3IAWA 1WBKA 4OBZA 4DQEA 4DQHA 5OZXA 5P56A 4RRNA 2P83A 4XX4A 5DQ4A 5P7HA 2Q15A 5HVPA 1G0VA 3MSJA 3K5CA 5P23A 1W5YA 1EC0A 3QROA 3O9IA 5P7DA 1B6PA 3IVHA 4WY1A 3OU4B 5P83A 1EPME 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J1I A;  1BDR A;  5P86 A;  4LXA A;  1HXW A;  3LZY A;  1Q9P A;  5P4C A;  5OYT A;  3S43 A;  5P1A A;  1BVE A;  4YOA A;  4H3I A;  5OZQ A;  5P0Q A;  5P7Y A;  1K1U A;  4B1D A;  5P0N A;  2B7F A;  3BUF A;  2O4L A;  5SY3 A;  1SIP A;  6APR E;  5DR4 A;  5P4P A;  4LAP A;  2QZK A;  4GJ6 A;  4TVG A;  3FNS A;  3T7P A;  4H3G A;  4K4Q A;  1B6J A;  5P5R A;  2WF1 A;  3OAG A;  3ZL7 A;  2OAH A;  1BDQ A;  5ER1 E;  1PPL E;  3TNE A;  1NPW A;  3PHV A;  1B6M A;  5P1T A;  5P5H A;  4K4R A;  3I2L A;  4RRO A;  3OU3 A;  3MWS A;  5OZP A;  3EM6 A;  4BFD A;  1SBG A;  3PBZ A;  1HPX A;  1EAG A;  4TRZ A;  2QK5 A;  3U6A A;  2QMG A;  4D89 A;  3R0W A;  1FG8 C;  5P13 A;  5P30 A;  2RKG A;  4Y3A A;  5OZ4 A;  3FV3 A;  5P68 A;  1AZ5 A;  5P15 A;  5P50 A;  2FMB A;  5P7F A;  2G20 A;  1RNE A;  1D4Y A;  5P2L A;  5CON A;  3LZV A;  5OZ2 A;  4RZ1 A;  1AID A;  3OUD B;  3I6O A;  4FE6 A;  3EC0 A;  4Y3L A;  4OBJ A;  3URI A;  2NXL A;  2PMA A;  3KFR A;  3KDD A;  3OQK A;  5OYX A;  4EP2 A;  1YTJ A;  1HPO A;  5KQY A;  5P3N A;  3AUP A;  3DOX A;  1A30 A;  3INH A;  3IA9 A;  3LPK A;  3SA5 A;  2CEN A;  5P1P A;  3SA6 A;  3UHL A;  4GID A;  5P2I A;  6FIV A;  2VIZ A;  1ZPK A;  2QI3 A;  5FIV A;  5HE4 A;  5P61 A;  3HDK A;  4J5J A;  5OZ0 A;  3TL9 A;  1HEG E;  5P39 A;  2B7Z A;  1LYA B;  1EPO E;  4EJ8 A;  5P8N A;  5IVR A;  5P2X A;  5J25 A;  4L6B A;  3NSH A;  5P7P A;  5P2W A;  4L1A B;  1TQF A;  2NNK A;  1E80 E;  3NR6 A;  3OQF A;  5OZW A;  1K2B A;  2FDE A;  4YCT A;  3L5F A;  5OZZ A;  4B78 A;  5OZL A;  3SQF A;  3FNU A;  2QP8 A;  4D88 A;  1ZAP A;  2PSG A;  3S43 B;  8HVP A;  5P37 A;  3QPJ A;  1T7I A;  5OYS A;  1APT E;  3OQD A;  4ER1 E;  4M8X A;  2NPH A;  3Q5H A;  5P5Z A;  5P79 A;  1HVH A;  3EL0 A;  2FXD A;  4MC9 A;  3ECG A;  3ZOV A;  3HBO A;  5C9D A;  4DJO A;  5P2B A;  1G2K A;  5P6G A;  2G26 A;  3L5E A;  5P3R A;  3UQW A;  5P8B A;  2P3D A;  3C9X A;  3OAG B;  4EXH A;  3F9Q A;  4Y37 A;  3CYX A;  3QS1 A;  4FM8 A;  3LHG A;  3VF7 A;  3PLL A;  5P5N A;  5P06 A;  4QLH A;  5C9B A;  2ZYE A;  1RPI A;  2QI5 A;  2AOE A;  3NXN A;  1B6K A;  2WL0 A;  3CKR A;  3WB4 A;  3K4V C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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