4Y57A

Endothiapepsin in complex with fragment 63
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y57A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y57A01
2I0DA 5OZJA 5P6PA 4YOAA 2B7ZA 5P7XA 3PCZA 5P60A 4H1EA 5P7NA 3PSGA 2B60A 4Y5NA 5OZ3A 4Y3WA 2ZHSA 4DQFA 3URIA 2J9KA 5OYYA 3FNSA 4ZPEA 2WF0A 4YCYA 4AZYA 3OUCA 3PWRA 5P1QA 5P5RA 2Z54A 5P3GA 4Y35A 1W6IA 4YD7A 1HVSA 3L38A 1G0VA 3SPKA 2G21A 4YBIA 3BUGA 1E5OE 5DQCA 2WEDA 4GJBA 2G94A 2HM1A 5P4SA 5P4JA 4RLDA 4DVFA 1XN3A 3NSHA 5P1VA 3UDRA 5P4BA 4CKUA 1QBTA 4YD6A 5DR0A 1PSAA 5SY3A 3T7XA 3QRVA 4I8WA 1FLHA 2R3WA 4Y3DA 3IXJA 5COKA 5P85A 2BPWA 5P5AA 4Y5EA 1META 5P1PA 5P4DA 2AVOA 2O4PA 4APEA 5OZUA 5OYRA 5P8GA 3UCBA 5HD0A 5AH9A 3T7QA 1BBSA 5P8UA 5OZ6A 2VA6A 4F75A 1BXQA 1RV7A 3VG1A 4DJRA 4EWOA 5P22A 1EPNE 1D4LA 2QD6A 5OZ5A 3OXVA 3NR6A 3TPLA 1BVEA 5ER1E 3QN8A 3EM6A 2FNSA 1K6PA 4XX3A 5P68A 3T11A 3K5DA 5P1FA 3SFCA 4B72A 5P3JA 1PPME 1Z1RA 2P3AA 2IEOA 3D1XA 1OEWA 5DR3A 2OHUA 5OZIA 3GI5A 5P4AA 4B1EA 1K6VA 5JFPA 2F8GA 5OZZA 2I4XA 3FIVA 5P8HA 3OU4A 3TKGA 4J1EA 4RZ1A 5IVQA 4CPWA 5P4CA 3I2LA 5P3PA 4R92A 4I11A 3EKTA 3QVIA 4YDGA 4I0GA 4YD5A 4OBJA 4RYCA 5KAOA 3UQWA 2F3KA 3IA9A 4TRYA 1QBRA 3LPKA 3URJA 5P4LA 5OZQA 2FDPA 2F3EA 5P1MA 1ZSFA 4Y4BA 2WF4A 5P03A 4FE6A 5P0QA 5P3OA 3HDKA 1W5YA 4Y3GA 1Q9PA 2XFKA 2PK6A 5P59A 2VIEA 3WB5A 5IVSA 1VIKA 2NNPA 4B1CA 4HLAA 5OZEA 3S53A 5DPZA 5P17A 4J54A 3HAUA 2IQGA 5P5UA 5P70A 5OZ4A 5OYWA 4Y3TA 2OAHA 5P32A 4RCDA 1MEUA 3VSWA 3VV7A 1K2CA 3IN3A 4LAPA 5P6CA 1T7JA 4NJTA 5F01A 1OHRA 5P80A 5P71A 1Z1HA 4X2LA 5P6VA 5P5QA 5P30A 3PGIA 1EC2A 2XFJA 3D91A 5P1NA 5P6TA 5P1RA 3PCWA 5P3DA 3SA8A 1ZAPA 2G1SA 5P6NA 3QROA 5P72A 4B0QA 2B7FA 5I70A 4GJ9A 3KM4A 2O4SA 3PLLA 3TKWA 3G72A 3PRSA 4HZTA 1MERA 1MUIA 4Y3QA 1B6PA 3EL4A 5P6GA 3MWSA 4J5JA 4PEPA 2HS1A 4HE9A 4Z50A 2WF3A 3SA4A 3OQ7A 4HA5A 3PSYA 3SA5A 3AIDA 3NDTA 1RQ9A 1F7AA 5COPA 5DR8A 3VF5A 1KJFA 3OGPA 5P0UA 1DP5A 5P38A 1ODWA 5P3HA 4BELA 4Y5PA 3S54A 1D4SA 1D4KA 5P8IA 2QNQA 2FGUA 5PEPA 3MXEA 3OTSA 4Y47A 5OZAA 5P2LA 2ASIA 5P5OA 1YG9A 3MSLA 1ZPAA 4D83A 2V0ZC 4I0FA 5HTZA 3OAGA 1HIVA 5P5VA 5P4OA 5OZHA 5P4EA 5OZ7A 5DR1A 5P0YA 2ZE1A 1CPIA 3QRSA 4J1HA 4LP9A 5P2BA 1XE5A 1T6GA 4MC1A 4J1KA 3SKFA 5P0OA 5P1CA 2WJOA 4FAEA 4OBDA 5JG1A 1EBKC 3ZPSA 2IGXA 2MIPA 4J0VA 1A8GA 3LINA 2IRZA 2QI0A 5DQ4A 3O9HA 5P0WA 4OC6A 5P53A 2Q64A 2FDDA 1MT8A 1QDMA 2Q15A 1LF2A 2UPJA 2P3BA 5C9DA 1LYWB 3CKTA 4J0YA 2O4KA 1MVPA 4Y3NA 5P64A 1YTHA 1EEDP 5AGZA 2NXDA 4Y4AA 5P6DA 4CPTA 4Z2ZA 4M8XA 3R0WA 3S43A 5OYVA 1CMSA 4ER1E 3I8WA 4F73A 4L1AB 4KB9A 3DCRA 4QGIA 4QJ8A 3U71A 3OK9A 3EMYA 5P0MA 2QMFA 3I25A 3UDMA 1BILA 3Q70A 1EBYA 3INEA 3GGUA 5OZVA 2ZJJA 4E43A 3PLDA 3K1WA 5SXNA 3GI4A 1YM2A 4U7QA 5P6SA 3TPPA 3U7SA 1SMRA 5P8TA 2PH8A 2QZLA 3SM1A 1NPVA 2PWCA 4GMIA 5F00A 4Y44A 1ZTZA 4JOOA 4ZEAA 4YA8A 5OYTA 5HCOA 3L3AA 3BXRA 3L59A 5OYQA 5P6UA 2I4UA 3T6IA 3MXDA 3KFNA 5P2ZA 3T3CA 3JVWA 4J0PA 1HVRA 1FMBA 3BUFA 3SQFA 4Y43A 4J0TA 4RRSA 1ZP8A 2B8VA 5HU0A 1WKRA 5P58A 4Z4XA 5P4GA 3D3TA 4K4PA 2HAHA 5P44A 4H3GA 3SLZA 1HVHA 1GVWA 2AOHA 2PC0A 4YE3A 3NU4A 2AOFA 5P3NA 4L7GA 2Q5KA 2FS4A 3K5GA 5P8NA 3OOTA 5P1XA 5P42A 4U8WA 3UFLA 3HVGA 5KQYA 1APTE 1CZIE 4DJWA 2PQZA 5P55A 2ZHRA 1QS8A 2XFIA 4Y4TA 5P37A 5P1JA 5P7AA 3SA6A 1YTJA 4HDFA 1SDVA 2PSGA 3PMUA 5P3ZA 4HDBA 5P2EA 4EPJA 5OZFA 1SDTA 2WEAA 4CPQA 5P62A 1LF3A 1DW6C 4DUSA 5P5ZA 5P34A 4GJAA 2P83A 2ER0E 5P76A 5HDUA 2QHZA 1LV1A 4TVHA 5P4ZA 2QNNA 4R5NA 3VLBA 1LYAA 5P2CA 2R9BA 3UPJA 3TPJA 3D20A 2QZXA 2SAMA 2PMAA 5KQXA 3G70A 5P4UA 5P6AA 2QZWA 5P3UA 3O9LA 1IZIA 1B11A 5IS4A 2BKSA 4FSEA 5SY2A 1HVJA 4TRWA 3INHA 2UY0A 5P4WA 5P65A 3FSMA 4B00A 1A8KA 5P0LA 4FM8A 5P14A 4CMSA 5P2MA 5P3TA 4EJKA 4R93A 5OZLA 5P7RA 3UQUA 2FNTA 2EWYA 5P5SA 5ER2E 3VYEA 5P4NA 5ISKA 5AH6A 2AVMA 3CMSA 1FKNA 4DPIA 5P1IA 1APWE 3CKPA 5BRYA 4I0DA 2PSVA 4Q1XA 1EBWA 2VJ9A 4B05A 4RGHA 1PROA 1C6YA 4Y4UA 5P73A 4Y3JA 3WSJA 1EPLE 3IGBA 3GI0A 3FV3A 3QAAA 3S2OA 3PBZA 1EC3A 3BC4A 2FLEA 3EBZA 2G27A 3QIHA 3OQDA 1E81E 4WY6A 3PWWA 3HLOA 5P5NA 3VV6A 1NPAA 3O9FA 5P83A 6FIVA 4Q1WA 4Y56A 4Y3FA 1SBGA 1HOSA 4Y50A 1UH7A 4K8SA 3ZKXA 3ECGA 5T4SA 1ZPKA 4LL3A 3PWMA 5P0KA 5P7VA 4TVGA 5P7JA 2OHQA 2QD7A 5P8FA 4FSLA 1FEJC 2H6TA 2V16C 3FX5A 5P10A 5C9BA 1RNEA 7UPJA 1UH9A 5P4XA 3INFA 3DV5A 3NDXA 4X7IA 5JFUA 1UPJA 5FIVA 3CKRA 5P11A 5B18A 1PPKE 4COEA 1WBMA 1FMUA 2O4NA 2Q63A 1DPJA 4YBFA 3SA7A 5P0ZA 5P81A 4Q1YA 2JXRA 3K4VA 1ODYA 3MSJA 4ER2E 5P8AA 4QJ6A 4HEGA 4ACUA 3S7MA 1W5WA 4Y3MA 5P2UA 1YTIA 4L7HA 3EM3A 2WHHA 4NPUA 5EZXA 4CPRA 5P1DA 2J9JA 1D4YA 5P69A 3EKXA 1TSUA 6APRE 2VJ7A 4OBZB 4PHVA 5COOA 5OZYA 5P7FA 4J17A 5P4QA 5OZOA 3EKWA 4ZSRA 1GVTA 3OHHA 2QHCA 4RVIA 4Y3AA 6UPJA 2AOGA 2AQUA 2IKUA 1TCWA 5P3BA 1HTFA 1BIMA 5P5KA 1EC0A 4J1IA 2BB9A 1FQ8A 4L6BA 8HVPA 3FKTA 4Y38A 3APPA 1GNNA 1MPPA 3L58A 5KQZA 4GJ7A 2NMYA 2R5PA 4RCFA 1KZKA 1FQ5A 5P1AA 5OZRA 5P78A 3FNUA 1EPQE 3T7PA 5P2JA 2RKFA 1ZBGA 1YX9A 4EP3A 4XKXA 3VYDA 3IVHA 1FF0C 1MSNA 5P2FA 5P7KA 5P7BA 4H3FA 3EL5A 3ZKIA 3JVYA 1DMPA 2A4FA 3M9FA 4CPUA 1LZQA 4Y3SA 5P5YA 1FG6C 2VNMA 5P13A 2HPFA 3B80A 2QK5A 2V00A 5P3YA 1W5XA 1K1TA 1XL5A 1EPRE 2RSPA 5P0EA 4EJLA 5IE1A 5P66A 4EP2A 1HVCA 4EYRA 5P5TA 3OAGB 3BHEA 4DH6A 5P20A 2NTRA 4NJVA 5P3KA 1B6MA 2F3FA 1G6LA 4R95A 5I3YA 5P63A 3OQFA 4NKKA 1FB7A 3IXOA 4PZXA 2PK5A 4DFGA 4LXMA 7HVPA 2RKGA 5P4TA 1SIVA 3UDKA 1M4HA 3ZPUA 1YTGA 1KJHA 4OC6B 2OHMA 5P29A 1ME6A 4J55A 4Y5AA 5P6HA 4JECA 5P0VA 2AIDA 5P6EA 3CIBA 5P16A 1T3RA 2P3BB 3VF3A 3OQAA 1MSMA 4R91A 4DQGA 3DUYA 4IVSA 4Y4ZA 2BPZA 1KJGA 2JJJA 1APVE 4DQEA 5P7OA 5P3RA 4QJ9A 2JE4A 4DJQA 4Y3EA 1SGZA 3S43B 4YHQA 5CONA 4Q1NA 2FIVA 5P0IA 5TOLA 5P8CA 5P6QA 4A6CA 3EM4A 5HDVA 2PYMA 1HVIA 5P2AA 4I0IA 5OYUA 5P6WA 4U7VA 1K1UA 5P0TA 5P56A 5P7GA 2AVQA 1TQFA 3R1GB 5P23A 5P1LA 2AZ9A 2ER6E 3UQPA 3NUOA 3EL1A 4I0JA 4Y5MA 4Y54A 1HSIA 2HB2A 5P5MA 3NU5A 1PSOE 2HB4A 4FRSA 1T7KA 5P79A 2BJUA 1ZSRA 1HEFE 5P5IA 5P39A 2HIZA 3PB5A 5P6IA 4GB2A 3Q5HA 1HSHA 5OYXA 3ZPTA 4KE0A 3S45A 3O9BA 4XXSA 3OU1A 5P0SA 2FXEA 1HXWA 3QBFA 4I0ZA 1MTBA 2ZJKA 2P3CA 3I7EA 2B42A 3OOZA 1HPXA 3RTHA 1HWRA 2ZGAA 1EPOE 5P18A 5AHAA 3UDPA 5P8MA 5P6BA 4J0ZA 3IXKA 3VFBA 5P28A 1W51A 4ZIPA 2O4LA 5P7QA 1TZSA 5P1GA 3NXNA 5P7YA 3KMYA 5P7EA 3RTMA 1IBQA 5OZSA 1WBKA 4NPTA 2I4DA 3UHLA 5J25A 1GNOA 3EL9A 3UQXA 2XYEA 4EQJA 2P3DA 4Y4WA 4ACXA 3LHGA 2ANLA 1GVUA 3KDBA 2Z4OA 5OZNA 4RVXA 4DQCA 2BPYA 3QBHA 5DQ1A 3CICA 4XX4A 3OY4A 1MIQA 4QJ7A 2A1EA 4FCOA 4JP9A 2QMPA 3VEUA 4DQHA 3I6OA 3OXCA 3KDDA 3DV1A 1HEGE 2QMDA 4DJPA 4Y4GA 4GIDA 1UH8A 5P84A 1A94A 1N49A 5OYSA 1D4IA 2I4WA 5I3VA 2VS2A 4Z22A 5OZPA 5P2IA 4LBTA 3KF0A 3OGQA 4GJCA 5P47A 3SKGA 2RMPA 4DJYA 1LYAB 2NPHA 4RROA 5P52A 1IDAA 1XDHA 5P6YA 3EKPA 5P86A 4CP7A 4B78A 1IVPA 4GJDA 5P3FA 3K5FA 1SP5A 4TRZA 3O9LB 4Y4EA 5HDXA 3L5DA 4FAFA 5P4IA 2VIZA 1K6CA 1EBZA 5P3AA 4FRIA 3LIYA 2I4VA 5P4FA 5P1OA 4FL8A 2ZYEA 1AXAA 5P1KA 5HDZA 4DJUA 2QI4A 1PPLE 5E5KA 4OBKA 4Y37A 1YT9A 4CPSA 3VUCA 2Q11A 4J1CA 1PSNA 4I10A 4Y5BA 2WECA 2FDEA 1SH9A 4PZWA 5P4PA 4DV9A 4I0HA 1KJ4A 5P8QA 5OZMA 3UF3A 5OZTA 5P2SA 3LZYA 3O99A 4FRKA 3OXXA 5UPJA 1LEEA 4OBFA 1BV9A 5KR8A 5DGUA 3R2FA 5P8RA 5P3SA 4EQ0A 3L5FA 4Y3YA 3HD8A 1EPME 5P08A 5OZ2A 1K2BA 4Y48A 3QI1A 4BFDA 3HAWA 1IDBA 4Y45A 1EAGA 1FQ4A 1AVFA 5P25A 2AOEA 3Q3TA 5P5FA 5P50A 1FQ6A 5P5WA 3TH9A 2VA7A 3BXSA 1HHPA 5OZWA 3KFSA 5P2YA 5P33A 5P77A 3IN4A 5OYZA 3N4LA 3OWNA 1MTRA 1HXBA 5KQFA 1E82E 5P6KA 5P3IA 4YOBA 4IVTA 3A2OA 4DQBA 1MRWA 2VA5A 4Y53A 5P5EA 1K6TA 3L5BA 5P5LA 4B77A 5ISJA 2FGVA 3UDHA 3G6ZA 3KFPA 2OHTA 3EKYA 5P6FA 3EKQA 3VYFA 9HVPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2I0D A;  5OZJ A;  5P6P A;  4YOA A;  2B7Z A;  5P7X A;  3PCZ A;  5P60 A;  4H1E A;  5P7N A;  3PSG A;  2B60 A;  4Y5N A;  5OZ3 A;  4Y3W A;  2ZHS A;  4DQF A;  3URI A;  2J9K A;  5OYY A;  3FNS A;  4ZPE A;  2WF0 A;  4YCY A;  4AZY A;  3OUC A;  3PWR A;  5P1Q A;  5P5R A;  2Z54 A;  5P3G A;  4Y35 A;  1W6I A;  4YD7 A;  1HVS A;  3L38 A;  1G0V A;  3SPK A;  2G21 A;  4YBI A;  3BUG A;  1E5O E;  5DQC A;  2WED A;  4GJB A;  2G94 A;  2HM1 A;  5P4S A;  5P4J A;  4RLD A;  4DVF A;  1XN3 A;  3NSH A;  5P1V A;  3UDR A;  5P4B A;  4CKU A;  1QBT A;  4YD6 A;  5DR0 A;  1PSA A;  5SY3 A;  3T7X A;  3QRV A;  4I8W A;  1FLH A;  2R3W A;  4Y3D A;  3IXJ A;  5COK A;  5P85 A;  2BPW A;  5P5A A;  4Y5E A;  1MET A;  5P1P A;  5P4D A;  2AVO A;  2O4P A;  4APE A;  5OZU A;  5OYR A;  5P8G A;  3UCB A;  5HD0 A;  5AH9 A;  3T7Q A;  1BBS A;  5P8U A;  5OZ6 A;  2VA6 A;  4F75 A;  1BXQ A;  1RV7 A;  3VG1 A;  4DJR A;  4EWO A;  5P22 A;  1EPN E;  1D4L A;  2QD6 A;  5OZ5 A;  3OXV A;  3NR6 A;  3TPL A;  1BVE A;  5ER1 E;  3QN8 A;  3EM6 A;  2FNS A;  1K6P A;  4XX3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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