4Y5AA

Endothiapepsin in complex with fragment 206
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystallographic Fragment Sreening of an Entire Library
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5aA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5aA01
2HS2A 1AJXA 4ZPGA 3VSXA 2VNNA 4J1IA 3IN3A 1G6LA 3G70A 4Z50A 5P66A 2QHCA 5P6LA 2QZXA 4GJCA 3DM6A 4ER1E 5OZZA 5P49A 5P7VA 4U8WA 2VIYA 3K5FA 3S54A 1HPSA 1G2KA 5P8AA 5P2WA 3T7QA 1T7JA 5OZMA 4B1CA 1GVTA 3K5DA 4F75A 1FF0C 1SMRA 3T7XA 3LZVA 4Y51A 4E43A 3FIVA 5P1AA 4TVHA 2FDDA 3OTSA 3PJ6A 4XKXA 2JXRA 5P3VA 5P4KA 5COPA 3OU1B 1HIVA 3KFPA 4J0VA 2R38A 5HDUA 3T11A 2BKTA 2AOGA 5ISJA 4Y5MA 1IIQA 2PSGA 5P3FA 1KJ4A 1K2BA 1T6EX 5SXNA 3HAUA 4Y35A 2WF0A 3PSGA 1HEFE 6UPJA 4PEPA 5P8RA 1TCXA 4LHHA 2P4JA 2QMGA 5P3XA 5P8OA 3NR6A 5OZJA 2NMYA 3OUDA 2RKGA 1PPLE 5P6CA 3GI4A 2QD8A 4XX4A 3EM4A 5P85A 5OZNA 1TW7A 5P1EA 1YT9A 5P7JA 2O4NA 1ZBGA 3FNUA 4RYGA 1HSGA 5KR0A 2JJIA 5P69A 3SPKA 5OYXA 4I8ZA 4LAPA 5OZSA 3K4VA 3DV1A 2J9KA 2P8HA 3UFNA 3BGBA 5P7DA 1QRPE 5P2TA 5P6TA 5KR2A 5P5SA 3HDKA 5P3LA 3O9IA 2Q64A 3EL0A 4Y5BA 4B0QA 1BDQA 1RPIA 1HTGA 3D3TA 5DR4A 2R8NA 2QMPA 5P7NA 1G35A 5I3XA 5P3YA 5UPJA 5I70A 3SA4A 5P58A 4Q1WA 4LP9A 5P05A 4DQGA 5P8KA 4CPUA 1YM2A 2NXLA 4AMTA 2VA7A 3GGUA 2J9JB 3OTYA 5P59A 3PI5A 3PBZA 5OZRA 5P6KA 3RTNA 4A6CA 2P3CA 5COOA 5P16A 4I0FA 1K1TA 4LBTA 4Y45A 5P5BA 5P7EA 1J71A 5P3RA 3K4VC 1KJGA 4B00A 2V00A 4Y3NA 4EP3A 5P39A 5P0IA 1XS7D 1EC3A 5P1SA 3O9LB 4DQCA 3T3CA 2WF2A 5AH9A 2RENA 2VIEA 5P3WA 1T3RA 3OQFA 5P4HA 4MC1A 5P6QA 1CMSA 3O99A 5OZCA 3UQWA 3O9AA 1SIVA 4Y4JA 2O40A 5P20A 4ZIPA 2FNSA 1GNMA 3ZKMA 3SA8A 1MERA 2ZHRA 1A30A 2BB9A 1FMXA 2WEAA 1PSAA 5P5PA 4L7HA 5HU1A 3SFCA 1YTGA 1KJFA 5P45A 2NPHA 5P64A 1ZSFA 4FRKA 1B6JA 3QVCA 5P7CA 3UDHA 4D88A 4Q1YA 3KFNA 5P1LA 5AH7A 1PROA 4A6BA 1LF2A 5ISKA 5BRYA 3PSYA 2WF4A 4B1EA 3FSMA 3I2LA 4QLHA 2HM1A 5IE1A 5P3NA 4APRE 3EKQA 4Y3LA 2XYEA 1NPWA 2OHNA 3NU4A 4Y57A 1LZQA 2IKOA 5P19A 4YOBA 3SM1A 3IXJA 3IN4A 5P6PA 4FM7A 5P65A 2AOIA 4YD3A 4U7VA 4QJ8A 1ZTZA 5OZBA 2V10C 1RQ9A 5P1CA 4I0GA 2IDWA 3S53A 3RVIA 3RTMA 4GZFA 1HPXA 3URIA 4K4QA 1HRNA 5P0TA 3SA9A 1E80E 2QNNA 3M9FA 4K9HA 3UF3A 3BXRA 3LZSA 1EBKC 4Z4XA 4Y3WA 3UHLA 5P84A 5P0EA 2A4FA 4DJUA 5KQXA 4HE9A 5P5GA 2R3WA 3IGBA 2WHHA 3IA9A 5P4FA 1MEUA 1IDAA 3L58A 5P3OA 3K5CA 5P2GA 3QIHA 5P6AA 5P2QA 3NU3A 4EQ0A 4GJ9A 3TOHA 4YBIA 1FMBA 3MWSA 1D4IA 2R5QA 4K4PA 4RVIA 4J0YA 2R9BA 3BC4A 3K5GA 4LXMA 5OZ8A 2I4VA 2AVQA 2Z54A 1TQFA 2V11C 5P5LA 3MSKA 5P46A 4PHVA 5PEPA 4Y50A 4Q1NA 2BPWA 3ZMGA 2VA6A 1DIFA 1XN3A 2ZHUA 3BVAA 3FNSA 5KOQA 4F74A 1KJHA 3LHGA 3VF5A 1YX9A 1PPME 4RVXA 3SA6A 5OZVA 5P3SA 1FQXA 5TOLA 4WY6A 1EC0A 4Y4BA 1K6TA 4HEGA 1A9MA 4EXGA 5P41A 4APEA 3OADA 2UPJA 2G26A 3SA3A 4OC6A 3DCKA 4EJKA 4D85A 3ZKSA 2RKFA 3O9HA 3TTPA 3LINA 3PRSA 2G20A 2XFIA 5P7UA 5P1VA 2QHZA 5BS4A 3U71A 3VV7A 4QGIA 5DR3A 1Q9PA 1XE6A 2QI0A 2FIVA 4J1FA 4I0ZA 5P4XA 3KYRA 4GJ8A 3EKTA 2G27A 5P10A 2HPFA 4QJ6A 3KFRA 4CPRA 5BWYA 3LIVA 3INDA 5HE7A 4Y47A 3ER5E 4FAEA 1APUE 3NXEA 5P5MA 5SY3A 4Y3QA 4HDFA 3TPLA 3OK9A 2Q63A 3AUPA 1QBTA 3G6ZA 1UH9A 1TZSA 4OBGA 5OZEA 3VLBA 2NNKA 1HIHA 4RGHA 1EPOE 3UDPA 4XXSA 5P80A 2ZJIA 5P8JA 3OOTA 3UDKA 5P42A 1EPNE 4CPXA 1SDUA 4Y5KA 2PQZA 4ACUA 1FQ4A 3WZ8A 1Z1HA 4J1CA 3L38A 5P53A 5HCOA 5P7OA 1HPOA 1T7KA 4LXKA 4DQEA 5I3VA 4GJ5A 5P8MA 4NJUA 4EYRA 1HTEA 1QBRA 3HLOA 4JP9A 1DMPA 5P7KA 5HVPA 5P5FA 4JPEA 2I0DA 3FV3A 4Y3DA 5OZLA 5HE5A 1A8KA 5P6XA 3IVHA 5HU0A 5P44A 5P8PA 5KR1A 3VEUA 1BILA 3CKTA 3VYEA 4BEKA 5P6EA 3JVWA 4CKUA 4Y3SA 2UXZA 1SP5A 3OU3A 4Y39A 2IS0A 2OHUA 1B6KA 4OBDA 4OBFA 4Y3XA 1WBMA 1MVPA 5OYSA 4AZYA 3PM4A 4YD5A 3ZKQA 4ACXA 1HHPA 4RZ1A 4D89A 1UH7A 3G72A 2I4UA 2ZJNA 2G22A 3QBFA 1EBWA 5P7IA 1HVLA 5P7TA 2ZE1A 5P1KA 5P1JA 1K1UA 1QBSA 3VUCA 3HVGA 4LL3A 2ZHSA 4OD9A 5P25A 4EJLA 5HCTA 4RRSA 1D4LA 2HIZA 1FG6C 3NDUA 3VV6A 1F34A 5P5AA 5P5IA 3SKGA 3ZPSA 2WEBA 4DJWA 5P83A 5P0QA 4I10A 5P8NA 1QBUA 5P0RA 1OEWA 4QJ2A 3IAWA 2R43A 3LPKA 4B1DA 5ER1E 4DI2A 3PVKA 5P36A 5P5YA 3S7MA 4FM6A 4NJSA 2Q54A 5OYQA 5P0MA 2Q15A 5AGZA 4J1KA 5P7LA 5OYVA 2FDEA 2P83A 3RSVA 1UPJA 2G69A 3BVBA 3OXXA 3PCWA 3UDMA 4RVJA 5P14A 3EKPA 5P0HA 3PWMA 4Y43A 4J55A 3UTLA 5P4TA 2V13A 3INHA 3LIXA 2ER7E 5P3QA 5P7HA 5P8QA 5P7GA 1U8GA 2BPXA 2XFKA 3PGIA 4YCTA 4ER2E 2IRZA 2PSUA 2RSPA 4DJYA 2WF3A 2R5PA 3LIYA 5P67A 5OZDA 4XX3A 4DPFA 4Y3TA 4YD7A 1K6CA 5P27A 2UY0A 4RROA 1GKTA 2JJJA 4Y3AA 2NTRA 5DGUA 5CONA 8HVPA 3QBHA 5P3KA 1EPLE 4Y4TA 3L5EA 3MSLA 5P2DA 1IDBA 4YHQA 5DR8A 5IVQA 4M8YA 3UFLA 5P73A 3K1WA 2IEOA 3HAWA 4Y5LA 5P1UA 4Y44A 4DQBA 4Y3GA 5P47A 4YCYA 1ZLFA 3CYWA 2QHYA 1HVSA 5P30A 3KDDA 3T6IA 4EJ8A 2PYNA 5P7PA 4GJ6A 3KMYA 3L5DA 1EPPE 5T4SA 5P8DA 3WZ7A 1ZPAA 1OEXA 2ZHTA 1EPRE 3S56A 1NPVA 3EC0A 1XL5A 5DR7A 1FQ6A 1OHRA 2G1RA 2ER9E 2R3TA 1BWBA 4DJVA 5OZGA 3UQXA 4I0JA 4PPHA 1W50A 1EBZA 2APRA 2QZWA 1EAGA 5P8EA 3OAGB 3DUYA 1IZEA 4Y37A 5KR8A 5P1XA 2Z4OA 3OUAA 2FGVA 2BPVA 4FLGA 5P5OA 2BPYA 1LYAA 3EKYA 2FMBA 1MSNA 3D91A 4UPJA 4Z2ZA 1D4JA 2I0AA 3VV8A 3ZKGA 4Q5MA 4U7QA 2FGUA 3QS1A 5HDXA 1LS5A 5P00A 2PK6A 3C9XA 2ER6E 4EQJA 3VG1A 2OF0A 3WB5A 3LZYA 1BXQA 3OUCA 3OQDA 3O9EA 1B6MA 2QI4A 2HC0A 3QPJA 1GVVA 5DQ5A 5P4JA 3KF0A 5OZFA 1YTIA 4JOOA 5P61A 5SZ9A 2NXMA 3L5CA 5P7WA 2QI1A 3UQRA 4Y4EA 5P12A 3QRMA 1GNNA 3H5BA 1HSHA 2P3BA 4J1EA 2ZYEA 5P29A 4KUPA 2Q5KA 1BV9A 4Y5EA 3B7VA 4R93A 3HW1A 3VCMA 2AOCA 1ZAPA 4GYEA 1A94A 4FL8A 3L3AA 4LC7A 2ASIA 2QAKA 5P0WA 1RV7A 4TVGA 5P2LA 3EL1A 4Y5AA 5KQFA 2I4XA 3TKWA 3O9BA 4DQHA 3HD8A 3KDBA 1AIDA 3PB5A 4GB2A 2Q3KA 3WB4A 3NDWA 5P2SA 4FAFA 5P4YA 5HTZA 5P6RA 5I3YA 4A4QA 3ZOVA 4ER4E 1D4KA 1HIIA 5P4RA 4CPTA 5ENMA 5P4AA 5P8LA 5P3GA 3N3IA 1HEGE 1APTE 5P56A 4DVFA 5P40A 4IVSA 2O4PA 4Y5NA 1EPQE 2QMDA 5P50A 1FQ8A 4WTUA 5DPZA 5P0LA 4B78A 3ZKNA 5P01A 2G1NA 4B05A 4OD9B 4H1EA 3U6AA 5P0BA 3UDQA 2JYSA 5P17A 2XFJA 4FRIA 3MXDA 5P6OA 4DFGA 5P70A 3O9CA 3S7LA 4BFDA 4DJXA 4QJ7A 4MC6A 3UDYA 1ODYA 3LZUA 1W5YA 1HSIA 2IL2A 5P5TA 5P4PA 3QP0A 4OBZA 2QMFA 4GMIA 2AVOA 5P0PA 5E5KA 2O4LA 3PLDA 4ZSMA 4TRWA 5P2IA 5P8IA 3JW2A 5JFPA 4KB9A 5P5HA 2BQVA 1PSOE 5P86A 1F7AA 5P54A 4EP2A 5P37A 5P2MA 3BUHA 1GVUA 5P5KA 2V16C 1M0BA 2HAHA 2NXDA 1FG8C 1XE5A 4H3FA 1TSQA 3OU1A 5P5CA 5P7YA 4AA9A 5P2RA 5P07A 4R5NA 5P7FA 5P55A 3DOXA 3CYXA 1VIKA 2OHMA 5P5DA 3EM6A 5P09A 2A1EA 3ZKIA 3OXWA 4TRZA 3SQFA 2NNPA 5OZKA 2HB3A 5P7XA 2H6TA 3KFSA 2G1YA 1T6GA 4MC2A 4DUSA 5P7MA 5P78A 5OZ0A 3MSJA 1AJVA 2QI6A 1LEEA 1N49A 1VIJA 1MIQA 1BBSA 1D4HA 5OZAA 2H6SA 3OOZA 1G0VA 1DPJA 5P6UA 3PHVA 4RYCA 3GGXA 5P63A 3OQKA 3GGAA 5P4LA 5J25A 1PFZA 5OZ5A 2WEZA 2HB4A 3SLZA 5P4BA 5P5WA 4OBHA 2VJ6A 3OUDB 4Y3JA 5P3EA 2PC0A 5P4SA 1FMUA 2OHTA 1ZSRA 5P7QA 4Y3RA 5P7SA 3QVIA 3IXOA 1MUIA 3ZKXA 5HDZA 4BFBA 4PYVA 5P6VA 1E5OE 1ZP8A 3R0YA 1E82E 2PH6A 3HVPA 2HS1A 2AODA 2G1OA 5HE4A 3OUBA 4NKKA 5P6MA 3NSHA 3BHEA 4R92A 5P72A 5P3ZA 5P2ZA 5P1TA 5ENKA 5P5JA 1B6PA 4HZTA 5P43A 3U7SA 3DV5A 3UDRA 2CENA 1C6YA 4GJBA 5APRE 5P8HA 1K2CA 1JLDA 4ZSQA 2QI3A 3IVIA 1APVE 3S8IA 5P1OA 4ZE6A 3ZPTA 3KT2A 3I25A 3NU6A 4FE6A 5OZUA 2AVSA 2FNTA 3EL5A 7UPJA 1LYAB 3OY4A 2QU3A 5P0OA 4Y3FA 5P3JA 4NJVA 5P0YA 2I1AA 5P0JA 3SKFA 5OZOA 5P77A 5P3DA 2B7FA 5OZXA 3BXSA 1YTJA 4J0PA 5DR1A 2OHKA 2V0ZC 2QI7A 5P3HA 4B77A 5AH6A 5P4IA 5P8CA 3OWNA 2BBBA 3EL9A 2FDPA 5P5UA 5P87A 4R91A 5P1GA 5P4MA 4M8XA 1LYWA 1PPKE 2I4WA 2WF1A 4Y38A 1AVFA 4Y56A 3TOGA 1E81E 3GW5A 1QDMA 5OZIA 4RCEA 4L6BA 1W51A 2CEJA 3EKVA 5P4QA 2P3BB 4YE3A 5P74A 2G94A 3UDJA 2P3AA 3LITA 5DGWA 5P51A 2IKUA 5P5XA 2QP8A 3I7EA 2ZJKA 5P0SA 2AZ8A 5P0AA 3O9FA 4H3IA 4CPSA 4Y3EA 2OHPA 3GI5A 3PMUA 5P81A 4FSEA 1LF3A 2VIZA 3TOFA 1AXAA 2G24A 5P4OA 2FXEA 1GVXA 1AAQA 1WKRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2HS2 A;  1AJX A;  4ZPG A;  3VSX A;  2VNN A;  4J1I A;  3IN3 A;  1G6L A;  3G70 A;  4Z50 A;  5P66 A;  2QHC A;  5P6L A;  2QZX A;  4GJC A;  3DM6 A;  4ER1 E;  5OZZ A;  5P49 A;  5P7V A;  4U8W A;  2VIY A;  3K5F A;  3S54 A;  1HPS A;  1G2K A;  5P8A A;  5P2W A;  3T7Q A;  1T7J A;  5OZM A;  4B1C A;  1GVT A;  3K5D A;  4F75 A;  1FF0 C;  1SMR A;  3T7X A;  3LZV A;  4Y51 A;  4E43 A;  3FIV A;  5P1A A;  4TVH A;  2FDD A;  3OTS A;  3PJ6 A;  4XKX A;  2JXR A;  5P3V A;  5P4K A;  5COP A;  3OU1 B;  1HIV A;  3KFP A;  4J0V A;  2R38 A;  5HDU A;  3T11 A;  2BKT A;  2AOG A;  5ISJ A;  4Y5M A;  1IIQ A;  2PSG A;  5P3F A;  1KJ4 A;  1K2B A;  1T6E X;  5SXN A;  3HAU A;  4Y35 A;  2WF0 A;  3PSG A;  1HEF E;  6UPJ A;  4PEP A;  5P8R A;  1TCX A;  4LHH A;  2P4J A;  2QMG A;  5P3X A;  5P8O A;  3NR6 A;  5OZJ A;  2NMY A;  3OUD A;  2RKG A;  1PPL E;  5P6C A;  3GI4 A;  2QD8 A;  4XX4 A;  3EM4 A;  5P85 A;  5OZN A;  1TW7 A;  5P1E A;  1YT9 A;  5P7J A;  2O4N A;  1ZBG A;  3FNU A;  4RYG A;  1HSG A;  5KR0 A;  2JJI A;  5P69 A;  3SPK A;  5OYX A;  4I8Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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