4Y5BA

Endothiapepsin in complex with fragment 261
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Sreening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5bA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5bA01
2V0ZC 4PZXA 5P6OA 2Q55A 4EJLA 3ZKSA 1NPWA 1K1TA 5P5ZA 3HDKA 2AZ9A 3PBDA 4CPUA 3T7XA 1XL2A 1HIIA 4YD4A 3OQAA 3HZCA 3IA9A 5P5PA 2F8GA 3QAAA 4Y45A 3UFNA 4B1CA 3LPJA 3ZKQA 5C9BA 1PPLE 2F3KA 1IVPA 4Y5BA 4FSEA 4K4QA 5HU1A 1DIFA 3PRSA 5P8OA 5P23A 5P50A 5P5GA 4AA8A 5P11A 2BPYA 6APRE 3OXXA 2WJOA 5P55A 5P5CA 2AOGA 4LC7A 2CEMA 2FS4A 5P5SA 2OHQA 2IS0A 3QVCA 5P02A 3FV3A 1DP5A 5SZ9A 2AZCA 5P5TA 1OD1A 4Y4UA 3D1ZA 5F00A 4EYRA 1K6PA 4MC6A 5P7AA 3UPJA 5P1AA 1U8GA 2B8VA 2Q5KA 1HVJA 3IXKA 4L7JA 3EL0A 2JJJA 4DJWA 4YOAA 2HPEA 5P5BA 1MTBA 1N49A 3SKFA 3INEA 4FM7A 5P1PA 3VFBA 1ZAPA 4Y3AA 5P5FA 1F7AA 1HOSA 2ASIA 4I0EA 5P1OA 5P7PA 4OD9A 3OU4A 4Q1XA 5P1VA 2AVMA 2AOJA 2NNPA 2WEDA 5P8AA 4K4PA 3KFRA 4L1AB 3KT2A 4Z4XA 2WEAA 5P8KA 3O9GA 5P37A 2NPHA 2HS2A 3I6OA 3NU6A 2ZYEA 5OZYA 1K2CA 5DR3A 2AVOA 2Q15A 3HBOA 4EXGA 5ER1E 2G20A 3ZMGA 4BELA 2NMYA 1YTGA 2ZHRA 5P5NA 3EKTA 3R0WA 5P1TA 1DW6C 5P26A 1SP5A 4Y4TA 1PSNA 4Y51A 3OQKA 5OYSA 3F9QA 2G94A 1TQFA 3VLAA 1MSMA 4Y5NA 1BXQA 2R38A 5DGWA 2AVSA 2HPFA 2RMPA 4Y5AA 5P1WA 3NXNA 4FGXA 3OAGB 2PSGA 3KA2A 5SY2A 4QJ8A 3R4BA 1T7JA 5P6NA 1KJ7A 1ODWA 3BUFA 4ZE6A 5P6ZA 1PSAA 5P0RA 5P75A 5KQFA 1FG6C 4DQBA 5P16A 2SAMA 4Y4GA 1YTIA 1SMEA 4Y5GA 2J9KA 3TPJA 5P1YA 5OYQA 3S8IA 4L7GA 2HS1A 3PEPA 2AOEA 1MT8A 1HTEA 1Z1HA 4D88A 5P2SA 1MVPA 5P8HA 5OZDA 1ZLFA 5DGUA 3NDTA 5BRYA 5P77A 1M0BA 3K5CA 3O9LB 1PPKE 5P2ZA 5P0CA 5P72A 1HTGA 3FNSA 2V13A 2FXEA 1D4KA 1B5FB 1PFZA 4ZSQA 5P7FA 2BPWA 4PPHA 5P2BA 5BWYA 4Y4BA 3S43A 5HE5A 5P8QA 5P10A 4NJUA 1HTRB 5OZBA 2V11C 4CPSA 3HW1A 4YE3A 1HVLA 3PVKA 3URLA 5P3DA 2NR6A 5P6QA 2Q3KA 5P85A 1FB7A 5P6SA 3L5FA 1FEJC 4U8WA 3BUGA 4I0ZA 5UPJA 1GVXA 1EEDP 4GIDA 3SABA 2VIYA 5AH7A 4BEKA 2IGXA 4B70A 1LZQA 2G1YA 5IVSA 3UDHA 5DR7A 4K8SA 1NPAA 4R95A 1JLDA 5CLMA 4Y41A 1EC3A 2Q11A 3NDWA 5P6BA 3EL1A 2PYNA 1T6GA 1ZSFA 5P7MA 4CPTA 5P4DA 5P3QA 4H3FA 5P6KA 4YOBA 1DPJA 1LYWA 1XE6A 4Y3RA 1C6YA 3TPRA 2B7ZA 3ZKMA 4Y3MA 4B72A 1BVEA 2AOFA 1BILA 2Z4OA 3PI5A 5IVQA 3PI0A 1IBQA 2I4DA 3L5CA 2QMPA 5P0DA 4B1EA 4FLGA 4Y3PA 3WSJA 5P3IA 5P1DA 5IVRA 1AM5A 5P6WA 5P04A 5OZ7A 4FIVA 4RVJA 3EL5A 3FX5A 3SLZA 5DQCA 4LXAA 4JOOA 2ZHSA 3TOFA 3EKVA 4GJAA 4Y43A 5F01A 5P51A 4XKXA 1B6PA 5P6MA 5KR0A 5P7EA 5E5JA 2I1AA 3PMYA 3RTHA 3L5DA 5KQYA 3Q5HA 4GJDA 3UDRA 5P1BA 3URIA 1HWRA 2PC0A 5COPA 4Y56A 6UPJA 2OHNA 1Z1RA 4Y37A 5P8GA 5P2KA 2ZDZA 3LIQA 1ZBGA 3QBHA 4J54A 4LXMA 3NYGA 3HAUA 1GVTA 4OBZA 4DQGA 4R5NA 4YD6A 3QS1A 4A4QA 2PWRA 4KE0A 1G2KA 4LP9A 5JG1A 3KT5A 1EC0A 3QRMA 1KJ4A 3UQWA 2ER0E 5IVTA 4DQHA 2APRA 2HM1A 4AA9A 2WEBA 3UFLA 5P3RA 2O40A 5P3FA 1HVKA 4RYCA 3SA3A 5P2HA 4GJBA 1WBKA 5P5VA 5P5AA 3LZSA 2VA6A 4OC6B 4ER1E 4NJVA 1A8GA 1B6MA 1AXAA 4Q1WA 3OXVA 3APPA 2F80A 3LHGA 5P3EA 3H0BA 3U7SA 5OYVA 4J0VA 5HCOA 3OU1A 5P2NA 5COKA 2HIZA 3CYXA 3QRSA 2OHUA 2HC0A 5P3BA 2NXLA 1RPIA 2QHZA 5P70A 5EZZA 3MXDA 1LEEA 2QU2A 1OHRA 2I4WA 3QIHA 1DAZC 3D3TA 1SBGA 1GNMA 5OZLA 1HRNA 4I0FA 3G72A 2QI1A 5KR2A 4Y38A 3O9DA 1FQ8A 3TPLA 3EC0A 5P1EA 5P63A 2ZJJA 3A2OA 4HVPA 4GMIA 3NU9A 4J0PA 2QMDA 3VUCA 5HE7A 3EKYA 1ZSRA 4CMSA 2WECA 3UDQA 5OZIA 5P8CA 1HVSA 4L7HA 2FDDA 4APEA 5P4XA 1UH8A 2QCIA 6FIVA 1BDQA 2PQZA 3EM6A 3WZ6A 1T7KA 2R9BA 3OGQA 3OQDA 1IZDA 2QNQA 3PBZA 4FM6A 1B11A 3QRVA 4Y5CA 3K5GA 3L58A 5P1KA 4DJQA 5P8TA 2PSUA 3EBZA 3NDUA 4OBFA 3OUCA 4HZTA 3KN0A 3KMXA 5P89A 1MT7A 5P62A 5P43A 4FRKA 5P19A 4PHVA 3SAAA 4RLDA 4GJ9A 5P65A 3K5FA 5P4HA 2XFJA 1QBRA 4FL8A 5HDZA 3QP0A 3S85A 5P0XA 3OHFA 5P7ZA 1EPOE 2VJ7A 3PSGA 4RCFA 2BBBA 4QLHA 2HB3A 5P4WA 5P24A 3JVWA 2PWCA 5KAOA 5P4VA 3I25A 1OEWA 2OAHA 4B0QA 2XFKA 3L5BA 4H3GA 2NXDA 3ZKGA 4TRZA 2OF0A 1SMRA 3S56A 5P80A 4RROA 1SGUA 3ER5E 5P7GA 4Z50A 1HVRA 1VIJA 5HDUA 3QPJA 1J71A 4DH6A 2VIEA 5P7YA 2AZ8A 3BUHA 1MT9A 5OYWA 5P3CA 1K2BA 4A6BA 3PM4A 1FQXA 5P27A 4NJSA 4ACUA 4EJKA 4OBKA 4E43A 5P0OA 4RYGA 3K5DA 1E81E 4D8CA 3PMUA 4Y57A 2FMBA 5P4PA 2IENA 5P3NA 4XX3A 4LAPA 1Q9PA 3QROA 3KFNA 3PHVA 3CICA 4Y47A 2O4PA 3TOHA 1TCWA 1Z8CA 3CYWA 5P03A 5P6AA 1PROA 4Y3YA 2IGYA 2IKOA 1KJHA 5P8LA 3UF3A 2I0DA 2AQUA 2ER6E 4FE6A 2VIJA 5P5KA 3LZYA 4WY6A 5P7OA 1QRPE 4RGHA 2R3TA 2QZXA 4Q1NA 3BVBA 5P3GA 5P0JA 2QI7A 5P83A 4I8ZA 5P2FA 1BV9A 3IN4A 4ZSMA 4R93A 3BRAA 1D4YA 5P8BA 5P5OA 5P4JA 5P7QA 5P6IA 5P09A 1MUIA 3EL9A 3VLBA 4X7IA 1KJGA 1FMXA 4DUSA 4R92A 3B7VA 3SA8A 5P5WA 4B00A 5P5MA 3UQPA 1TSQA 4Y5MA 5AH6A 5P52A 5P6GA 5P29A 4DVFA 2VA5A 3CKRA 3PB5A 5I3WA 5P6HA 3K1WA 5P6TA 3ZL7A 3OUDA 5OZ5A 3URJA 1GNOA 3CKPA 3DCKA 1ME6A 4PYVA 2G1OA 4QJ2A 4GJ7A 4ER2E 3D1YA 5P18A 5P4IA 5P5EA 2BQVA 2IEOA 1DMPA 3Q4BA 3SFCA 2Z54A 4I0DA 1FMBA 3HAWA 5KR1A 5OZVA 1YTHA 5P6UA 5P2JA 1CZIE 1QS8A 5P2GA 2FIVA 3CIDA 5P78A 3Q3TA 2NTRA 1CPIA 3KF0A 3SPKA 5P5UA 4QJAA 5P46A 1LYBA 5P59A 1A9MA 5PEPA 2I4VA 3PCZA 4TRWA 3WZ7A 1EAGA 1LYAA 4Y3XA 3DUYA 4I0GA 1EBWA 4ER4E 5P6RA 4LHHA 5P28A 4GJCA 5P4QA 3RSXA 3UTLA 4DJYA 3VF5A 4DJUA 2EWYA 4Y6MA 3CKTA 3VCMA 1XN3A 5OZWA 3BVAA 5P2DA 5P6VA 3VYFA 3QN8A 3L59A 5P20A 5P1GA 4WTUA 1YX9A 3INFA 4J1EA 3PLDA 5P7IA 1XL5A 5OYYA 2RENA 1UPJA 1ODXA 3VSWA 2AVVA 1ER8E 5P1XA 3WB4A 5HU0A 3GGAA 4YHQA 2BPVA 5P5YA 4Y3WA 2PK5A 2WL0A 1RNEA 3HD8A 5J25A 1HEFE 2VIZA 3OADB 3U6AA 4Y3EA 3SM2A 5P7VA 3LZVA 2O4SA 5P33A 5P1RA 4YD3A 3DOXA 2AIDA 5B18A 5P2LA 3PCWA 5P42A 1D4SA 3TL9A 2J9JB 5CONA 1MRWA 3NU5A 3VYDA 4ZIPA 3C9XA 3SA9A 4Y3TA 4FSLA 2ER7E 1HBVA 3BXRA 3TH9A 5P0FA 1E5OE 1T6EX 3VV6A 1FQ6A 4EP3A 3R1GB 4MC1A 4CPRA 4B77A 4UPJA 5DQ1A 3VG1A 2ZJHA 3GI0A 4Y3FA 1AZ5A 5P6JA 3OOTA 2R43A 5OZ1A 2QD8A 3IXOA 5P6PA 1EBKC 5P68A 5OZJA 3SM1A 1C70A 3EM3A 3S7MA 1FFIC 1NPVA 2RKGA 1ZPKA 1M4HA 5DPZA 3IGBA 5P41A 5P4CA 4JPCA 5P47A 3CMSA 1W51A 2H6TA 5E5KA 5P01A 5JFPA 5P39A 5OZTA 5P4MA 5P0KA 5P8NA 1SGZA 3IAWA 3ST5A 5P6FA 5P4BA 5P7XA 3OK9A 3PWWA 5P2UA 4FCOA 1A8KA 3KM4A 4FRIA 2F3FA 3DM6A 3SQFA 1W5VA 2P8HA 1LF4A 4F73A 2OHPA 4Y3GA 4YCTA 3OGPA 4RCEA 2ER9E 1LF3A 1XE5A 2QD7A 5P1HA 3O9EA 4RVIA 5DR8A 5COOA 5P1LA 4B05A 1YT9A 1W6HA 5P36A 5P8IA 3Q6YA 4HE9A 1T3RA 4N00A 5OZCA 4TRYA 2UY0A 1TSUA 3UQRA 2ZHTA 2OHMA 2NMZA 2RKFA 3IXJA 3ZKXA 4Y5EA 5OZ9A 2QD6A 2VS2A 3ZKIA 3QI1A 5OZ8A 5P8RA 5P8PA 3ECGA 4Y4XA 2JJIA 1SDVA 5P0ZA 4CKUA 2G69A 2QZLA 4QGIA 5P40A 5P49A 4A6CA 2OHRA 4PEPA 5P8FA 3DV1A 4R91A 1ZPAA 1SIVA 3S53A 4OD9B 3OU4B 4DV9A 4BFDA 4TVGA 1SIPA 2G21A 5OZPA 1AJVA 4RRSA 1HTFA 3KDDA 1OEXA 3PSYA 1SDTA 2G26A 4GYEA 1WBMA 5P53A 2I4XA 4DFGA 5P1MA 4AMTA 4RRNA 1E82E 3L3AA 3T7PA 4GJ5A 5OZAA 5BS4A 5P84A 4K4RA 2G27A 3UDKA 2NXMA 1MPPA 1MTRA 1KJFA 1EBYA 2P3DA 1LYBB 3QVIA 3UQUA 5P17A 3PSUA 4IVTA 3TNEA 4QJ9A 5OYXA 2ZGAA 4L1AA 5OZ3A 2BKSA 4ZSPA 5P4GA 5P64A 1LYAB 4ZSRA 5P4KA 5P8MA 5P57A 5P0MA 4KUPA 5P3PA 4GJ8A 2G1SA 5P0QA 5OZRA 3NDXA 1WKRA 3ZPSA 5OZ0A 5AHCA 3IVIA 2Q54A 2XYEA 1C6ZA 2H6SA 2WF2A 2BKTA 4Y3DA 2QI6A 5OYTA 1BXOA 5P5QA 4ZPGA 4F74A 1SDUA 2ZHUA 4Y9WA 2B60A 2P4JA 2P3AA 2QK5A 3RU1A 1A94A 2IDWA 1IDAA 5P5HA 1HIHA 4PZWA 5OZEA 1FGCC 3UCBA 1FMUA 3MSKA 5SXNA 4XXSA 2FNTA 4JP9A 2FDEA 5OZUA 5T4SA 2V16C 3OUAA 3EKXA 2V00A 1FLHA 1D4LA 4AZYA 5JODA 3TKGA 5EZXA 2P3BA 1QBTA 5OZKA 5P7BA 2FGVA 3GGVA 1AAQA 4JECA 5P0YA 1D4IA 5IE1A 5HDVA 4Y39A 5P22A 1TW7A 5P2WA 2QNNA 2HAHA 3LNKA 3L5EA 3H5BA 5OZXA 4KE1A 1FQ4A 3EMYA 5P0IA 5P5IA 5P6LA 3DJKA 3S43B 5P60A 1APVE 3T7QA 3LIZA 1XS7D 4GB2A 2V12C 5P1QA 3O9LA 5AHAA 2QI4A 2CENA 5P88A 5P5JA 5P3LA 4J17A 1ZJ7A 3O9BA 1B5FA 2F81A 3OU3A 2OHTA 3SACA 1MESA 1ENTE 3APRE 1EBZA 1QBSA 5P00A 2G1RA 2QAKA 5P6EA 1GNNA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2V0Z C;  4PZX A;  5P6O A;  2Q55 A;  4EJL A;  3ZKS A;  1NPW A;  1K1T A;  5P5Z A;  3HDK A;  2AZ9 A;  3PBD A;  4CPU A;  3T7X A;  1XL2 A;  1HII A;  4YD4 A;  3OQA A;  3HZC A;  3IA9 A;  5P5P A;  2F8G A;  3QAA A;  4Y45 A;  3UFN A;  4B1C A;  3LPJ A;  3ZKQ A;  5C9B A;  1PPL E;  2F3K A;  1IVP A;  4Y5B A;  4FSE A;  4K4Q A;  5HU1 A;  1DIF A;  3PRS A;  5P8O A;  5P23 A;  5P50 A;  5P5G A;  4AA8 A;  5P11 A;  2BPY A;  6APR E;  3OXX A;  2WJO A;  5P55 A;  5P5C A;  2AOG A;  4LC7 A;  2CEM A;  2FS4 A;  5P5S A;  2OHQ A;  2IS0 A;  3QVC A;  5P02 A;  3FV3 A;  1DP5 A;  5SZ9 A;  2AZC A;  5P5T A;  1OD1 A;  4Y4U A;  3D1Z A;  5F00 A;  4EYR A;  1K6P A;  4MC6 A;  5P7A A;  3UPJ A;  5P1A A;  1U8G A;  2B8V A;  2Q5K A;  1HVJ A;  3IXK A;  4L7J A;  3EL0 A;  2JJJ A;  4DJW A;  4YOA A;  2HPE A;  5P5B A;  1MTB A;  1N49 A;  3SKF A;  3INE A;  4FM7 A;  5P1P A;  3VFB A;  1ZAP A;  4Y3A A;  5P5F A;  1F7A A;  1HOS A;  2ASI A;  4I0E A;  5P1O A;  5P7P A;  4OD9 A;  3OU4 A;  4Q1X A;  5P1V A;  2AVM A;  2AOJ A;  2NNP A;  2WED A;  5P8A A;  4K4P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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