4Y5MA

Endothiapepsin in complex with fragment 328
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5mA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5mA01
4J54A 4WY1A 4AMTA 2IENA 3S7MA 5J25A 3TL9A 4QGIA 1MTRA 2Q55A 5P77A 5OZGA 5DQ4A 2ANLA 2HPFA 5OZXA 1ZPAA 2F3EA 5P0WA 4ZSPA 5P0AA 1KJFA 2CENA 4Y3LA 3NDXA 2AIDA 3SABA 2OHSA 3HDKA 5HDXA 4NJTA 5P0MA 4EXGA 1B5FA 1CPIA 4I0HA 6UPJA 3SA7A 5OZOA 2RKGA 4ZEAA 4EHCA 2F80A 5P5ZA 2Z54A 4ER1E 2ZHSA 3HW1A 4I0GA 3OU3A 2ZHRA 3NWQA 3EKXA 4GJCA 3G70A 4J0YA 4Z4XA 2IGXA 5P4FA 1B5FB 5P8JA 5AH8A 5EZXA 3BXRA 1YTIA 3OXVA 3OTSA 3CKRA 1ZBGA 1HIHA 3BGCA 1Z1RA 4GMIA 3NLSA 4TRZA 5P4YA 1EAGA 5OZFA 3T7XA 3SFCA 5ER1E 3OUBA 3EKVA 3PBZA 3IXJA 2UY0A 8HVPA 1ZSRA 4HDBA 1B6PA 5P0EA 5P1CA 4Y35A 4FRIA 5OZQA 4I1CA 2RSPA 4I10A 2FDPA 5P46A 2ER7E 5COPA 4PYVA 3NWXA 3EL1A 1XE6A 4Y3PA 5DR3A 5P3CA 5P5HA 2IKUA 4BFDA 5P69A 4XXSA 4K8SA 5P3IA 4Y4DA 1FMXA 3I6OA 1APWE 5JFPA 2B7ZA 5OZ6A 4YHQA 1BWAA 3FX5A 5P59A 5OZJA 5P4XA 3T6IA 3H0BA 1YG9A 3UQWA 1EPOE 3TOHA 3URLA 4FM7A 5P3VA 5P1VA 2QD6A 5AH6A 1QBTA 1IVPA 4OBHA 5P2RA 4FCOA 3ZKNA 5P7OA 5OZ3A 4CPRA 3UFNA 3NU6A 4LXAA 1EPLE 3K4VC 5P35A 5P83A 2FGUA 3SLZA 4Y3FA 4Y4ZA 5P16A 5P47A 5P10A 3NDUA 1HSGA 1OEWA 5P2VA 3SA4A 2QK5A 5P6XA 2QZKA 5P4IA 1MTBA 5OYZA 5P6RA 5TOLA 2Q5KA 3OAGA 5P2ZA 2NTRA 5P1LA 3CYWA 2PK5A 5P8CA 1TCXA 5HE4A 5COKA 5DQ5A 3FV3A 2AOGA 2I4XA 5AH9A 3NUOA 3VF7A 3OAGB 3QRSA 3FNUA 4OBDA 2OHUA 5P4WA 2QCIA 3MXEA 1BDLA 4GJ6A 4YA8A 5P1SA 3TKWA 3RSVA 1EBZA 3S45A 4DPFA 5P48A 5P5NA 2FDEA 5OZHA 3RTHA 2G27A 1AM5A 4JOOA 3OU4A 5KR2A 4Q1NA 2PH6A 2OF0A 4S1GA 4RVIA 5P76A 1PSAA 2BKTA 5HU1A 5AHCA 5P2DA 1SIVA 5P1IA 1GNNA 5KR0A 5P42A 3SA8A 2UPJA 3VCMA 5OZUA 4QJ2A 2WECA 5P7EA 4GB2A 1VIKA 4MC1A 4DJXA 2JJJA 2B8VA 3GGAA 3OU4B 4ZPGA 2WL0A 3UTLA 1HOSA 5P8RA 1DMPA 3D20A 1A8KA 2R9BA 1GVWA 2I0AA 4Y48A 5P0CA 1IZDA 1G0VA 1XL5A 5P6QA 3ZPUA 4L7HA 1JLDA 3PMYA 5I3WA 5P6AA 3IN4A 5HE7A 2G1SA 4LHHA 2OHMA 1PSNA 2QNPA 2PSGA 3QAAA 3OQAA 1LYAA 4J1IA 3GI6A 3O9CA 5P0LA 3UDJA 1Z8CA 1AAQA 5SXNA 1ZTZA 5P7TA 5P8GA 5P63A 5P86A 2VNMA 5P17A 5KOQA 1IVQA 4Y5KA 5P7SA 3Q4BA 3O9LA 5P6OA 2FMBA 5E5KA 2VIYA 2WF0A 5P72A 5P07A 3O9IA 3VSXA 1HVHA 3PVKA 2IS0A 2ZDZA 2FNSA 2AOIA 3K1WA 4I0FA 1IIQA 4K4PA 5P65A 5P89A 1FQ6A 4YCYA 3KDCA 5P6FA 3BXSA 5P4JA 5P1ZA 1HIVA 3SAAA 2B42A 5P88A 3KFRA 3CMSA 5P09A 4Y41A 3IAWA 5OZDA 3OXWA 1BDRA 1U8GA 2HS1A 5P0TA 5ISKA 5P7MA 5P0DA 2QI3A 3UFLA 1Z1HA 3NU4A 4ZSMA 4Y50A 5P5BA 2V11C 5P7VA 1SH9A 2ZJMA 4Y9WA 5P28A 5P7GA 1FFIC 4YD5A 5P4CA 2QU3A 4B0QA 4EP2A 3Q3TA 1MIQA 3PJ6A 3ZKXA 5P62A 2P3DA 5P4PA 1DIFA 5P2MA 3VG1A 4QJ7A 4I8ZA 2R43A 3D1YA 4Y58A 4L7JA 3MSJA 1WBKA 5C9BA 2PSVA 3EKTA 2JYSA 2G1RA 4DVFA 2ER9E 3QBHA 3NU3A 5P55A 3URJA 2VIEA 2AVQA 4Y3YA 3S2OA 2G1NA 3PB5A 2BPYA 2O4PA 4YDFA 3QVCA 4H3JA 4ZLSA 2AZBA 5P7JA 1GKTA 5P2FA 5P4LA 3EL4A 5P7PA 4U7QA 1D4IA 5P25A 5P66A 4QLHA 1K1TA 4PHVA 1LYWA 3PBDA 5P75A 5OZPA 5OZ0A 5P4QA 1MERA 4ER2E 2BPZA 1K6CA 4LXMA 5P3AA 5P7WA 4I0ZA 5I3XA 4FSEA 5P5FA 4RYCA 3FNSA 5P3QA 5P7YA 1LYWB 1FQXA 5HDZA 2F3FA 2WF1A 2JE4A 3DJKA 1PROA 5P5SA 2ZGAA 1BDQA 5P3PA 2QAKA 1ZJ7A 3DUYA 5P3KA 3VLAA 2OAHA 4OBFA 4FRJA 1MESA 1BBSA 3ZKGA 3KM4A 2Q3KA 5P2JA 1QBUA 5P6SA 5JODA 3BC4A 3OXCA 3QRMA 2G69A 5OYSA 5P53A 5P87A 3PHVA 5ENKA 3OTYA 5P6BA 3UDMA 5P8UA 5P1QA 2IGYA 2QHCA 2ZE1A 1MPPA 3R1GB 2J9KA 2F3KA 4EXHA 1RV7A 3LINA 3A2OA 5P2YA 5P6KA 1SGZA 3OU1A 1A9MA 1ME6A 4J1KA 5P26A 3UDNA 1FF0C 4R5NA 3O9DA 1TZSA 5KR1A 3L5FA 5P3WA 4J1CA 5P6PA 3SM2A 4GJDA 4Q1WA 2BB9A 3MSLA 4Y53A 3O9EA 4J0ZA 4Y4BA 2R8NA 1LYBA 1TQFA 5P8TA 1EPME 3VSWA 1EBWA 5P02A 5BRYA 4DQBA 5ISJA 2PH8A 5P3YA 5P0RA 1SBGA 3WZ6A 5HDUA 3BGBA 1LYBB 2VJ7A 2WEDA 1HVSA 3O9BA 4J0TA 4LBTA 2AOFA 5OZ4A 5OZTA 5P1TA 4Y5GA 1KJHA 2HIZA 1IZEA 5P4ZA 4YD6A 3B80A 3GW5A 2QD8A 1W6IA 2NNPA 4GYEA 5P1FA 5KQYA 2WEBA 5P20A 4Y3AA 5P51A 5P5MA 1KJ7A 2BBBA 2F81A 3KN0A 4NPUA 4D85A 3G6ZA 1DAZC 5P5OA 5P5CA 4R93A 2I4DA 3L38A 2P8HA 3PCWA 3R4BA 3OGQA 3TPLA 2I0DA 2SAMA 4H1EA 3N3IA 4DJQA 3D1ZA 4Y5LA 4OBGA 1T7JA 1G2KA 5OYYA 2ZHVA 2V13A 4FE6A 4RROA 4LL3A 5P0KA 1MRWA 2HB2A 3APPA 3L5EA 2HB4A 5P6JA 3CKPA 5P4TA 2QNQA 5P0FA 4TVHA 4L1AA 2B7FA 5P3SA 1LZQA 5P7AA 5I3VA 5P7BA 3U71A 3OQKA 5P11A 1LS5A 4RCFA 4YE3A 4Z50A 1OHRA 1HTGA 4DJWA 3SA5A 4CMSA 2ASIA 3CKTA 3FKTA 5P0QA 3LZVA 1AJXA 2WHHA 4L1AB 4Y6MA 3U7SA 3DCRA 5OZSA 4ZPFA 4FSLA 5P6YA 3SKFA 3MXDA 3AUPA 5AHBA 2FXDA 5P19A 3S56A 4Y5CA 4GIDA 4ZSRA 4YBIA 1FMUA 3OUAA 4FLGA 3PMUA 3GGVA 2VIJA 3BRAA 4Y4EA 4Q5MA 3PM4A 1PPME 3TNEA 2A4FA 5DQ1A 5P8BA 3UDPA 1AZ5A 4B1DA 1IDAA 4DQEA 5P5LA 5P1KA 4ZE6A 1B11A 3IVHA 4X7IA 5P2AA 5OZIA 4EYRA 1FG8C 1E80E 1T6GA 5P7LA 1NH0A 3PWWA 2OHTA 2OHQA 4DQFA 1SDVA 2XFJA 5P40A 5JFUA 5P85A 3HBOA 3OQDA 2R5PA 5OZRA 4H3IA 3OWNA 5DR8A 1DW6C 5P5QA 1SMRA 4NJSA 5OZMA 5P6LA 4GJBA 5P5RA 4HA5A 5P31A 1NPAA 2G1YA 2ZJNA 1C6YA 3NU9A 5IVTA 4DQGA 2AVMA 5OZKA 2VJ6A 2VA7A 3EL9A 1FKNA 5OZZA 1HTEA 5P23A 5P58A 5P4KA 1EC0A 4PZXA 2R38A 4I11A 3MSKA 5KAOA 5BWYA 3BHEA 2QU2A 3URIA 1GVTA 5P5DA 3R0WA 3OADA 5ER2E 2VA6A 1BV9A 4JPEA 2R5QA 3UPJA 4F73A 5P3TA 1D4HA 2AOCA 1GVVA 4Y51A 5P03A 5OZNA 1W5VA 1SDUA 3FNTA 5I3YA 2G94A 3OADB 4PPHA 2AOEA 4J55A 5P0HA 5P5AA 2I4WA 3BVBA 1BVGA 4AA8A 2BQVA 1G6LA 4FM6A 2QHZA 5P2EA 1PPKE 5DR7A 4EQJA 4I0DA 5HE5A 3PSUA 5BS4A 1EPQE 5P8LA 2VS2A 5P3JA 9HVPA 3KMYA 1EPNE 1MSNA 3QI1A 5P78A 1APVE 4MC9A 1BWBA 5OZ8A 1HXBA 4YCKA 3O99A 4H3FA 4R92A 4PEPA 3NR6A 3IXKA 2P83A 1E82E 3DK1A 1OD1A 2JJIA 3EMYA 5P38A 3ECGA 4FIVA 3OUDA 5P1JA 2O4SA 1FFFC 5P7IA 4J17A 3SM1A 3S85A 1A94A 4Y4TA 1HSHA 2H6TA 5DR1A 3VV6A 5P3GA 1HPVA 4Z22A 2AZCA 3SACA 1PPLE 4D8CA 1QBSA 4QJ6A 5HTZA 3OUDB 2QI4A 3S8IA 4EJ8A 4ZPEA 1MT9A 2EWYA 4Y5NA 3TPPA 2Q63A 4L6BA 5OYXA 2ZJHA 2XYEA 5P6TA 2ZJLA 4DJRA 5P3NA 2OHLA 5P6WA 5HDVA 3FIVA 4ZIPA 4Y3GA 4FRKA 2V12C 1HWRA 1GVXA 4K9HA 1LEEA 1ZP8A 3TPJA 3VFAA 1VIJA 5KOSA 5P15A 2NXDA 5P39A 4B1EA 3NXEA 4IVSA 3VLBA 4TRYA 1SDTA 2AODA 1T7KA 3EM4A 5P08A 5P0IA 4EJLA 2QMDA 1GNMA 1LYAB 5EZZA 1F34A 4XX4A 3KA2A 1G35A 3LIZA 3L3AA 3IVIA 4HE9A 2F8GA 3ZKIA 1IBQA 4RGHA 4CPWA 1QS8A 5P7RA 5SY2A 3O9LB 5P8FA 2Z4OA 3I2LA 3QRVA 5P7ZA 5P1EA 1W5XA 1M0BA 2AVOA 2NXMA 3EBZA 1HHPA 5P8OA 5P80A 2BPXA 1LF3A 5P8NA 5P6MA 1FQ7A 3NSHA 3NU5A 5P0BA 3S53A 4DJUA 5IVSA 5P4VA 5P7FA 1HEGE 3EKPA 4GJ9A 4LC7A 4DPIA 3VF5A 5OZAA 1D4LA 1YM2A 5OYWA 5P5TA 2APRA 4OC6A 3SA6A 4DQCA 5P1BA 3WB5A 3PEPA 4Y37A 2AZ9A 2ZJIA 4WTUA 5P00A 5HCTA 1BIMA 4TVGA 3QP0A 1K6PA 4HLAA 2VKMA 4GZFA 4NKKA 1ZSFA 4OC6B 4J0PA 5OZ5A 5P3DA 4RCEA 4FS4A 3GI0A 5COOA 3ZPTA 5P3BA 3OUCA 5P8IA 4F76A 4CP7A 4COEA 4D89A 5P56A 1DPJA 4EQ0A 4HEGA 1XN3A 5P06A 3HD8A 1GVUA 2G21A 4Y3WA 4YD3A 3ST5A 2BKSA 4DQHA 3NYGA 3VYEA 3QVIA 5HU0A 5OZCA 5P2NA 3CIBA 3L59A 4Y3EA 4Y57A 4F75A 4R95A 1HPSA 2PSUA 5P8HA 3O9HA 5SY3A 1OEXA 2NNKA 4Y3ZA 4Y4UA 1APTE 3CICA 4APEA 2G1OA 3MWSA 4YD7A 4B77A 2ZJJA 3UDKA 3HVGA 2P3BA 3KMXA 5P1AA 3NDWA 3PRSA 5F01A 5P3LA 1MUIA 4J0VA 3CYXA 3LITA 1EC3A 3HZCA 5P1OA 5IVQA 4B72A 4NJUA 3OOTA 5ENMA 4RLDA 5P14A 2P3BB 5P2UA 1T7IA 4H3GA 1XDHA 4WY6A 5OZVA 1TSQA 3INHA 3QBFA 2OHKA 1UH7A 1SGUA 1A8GA 3ZKSA 3N4LA 4RRSA 5P3HA 1MEUA 2VA5A 1FLHA 2Q64A 3BUFA 4GJ8A 5P2LA 3I8WA 2ZYEA 5P3RA 2P3AA 3KF0A 1C6ZA 1CMSA 3UDRA 4Y5BA 4RZ1A 3T7QA 4ACXA 3IGBA 3RVIA 4YCTA 4DJYA 1ODYA 5P45A 4R8YA 1NSOA 5OZLA 1XL2A 3QROA 5P2IA 3VFBA 3HAWA 5P79A 4Y4AA 1HTRB 4M8XA 4B70A 5CONA 3OU1B 1ZAPA 2IL2A 3DM6A 4MC2A 3ZKMA 3PLLA 1ODWA 4QJ8A 3I25A 3OGPA 1YT9A 4KE0A 5B18A 5P27A 4Z2ZA 3Q6YA 3VYFA 4OBZA 4Y3NA 3D91A 5P6ZA 1D4JA 1EC1A 3INFA 5P41A 2AOJA 5P7KA 4RCDA 1GNOA 3PGIA 6FIVA 5KQXA 2UXZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J54 A;  4WY1 A;  4AMT A;  2IEN A;  3S7M A;  5J25 A;  3TL9 A;  4QGI A;  1MTR A;  2Q55 A;  5P77 A;  5OZG A;  5DQ4 A;  2ANL A;  2HPF A;  5OZX A;  1ZPA A;  2F3E A;  5P0W A;  4ZSP A;  5P0A A;  1KJF A;  2CEN A;  4Y3L A;  3NDX A;  2AID A;  3SAB A;  2OHS A;  3HDK A;  5HDX A;  4NJT A;  5P0M A;  4EXG A;  1B5F A;  1CPI A;  4I0H A;  6UPJ A;  3SA7 A;  5OZO A;  2RKG A;  4ZEA A;  4EHC A;  2F80 A;  5P5Z A;  2Z54 A;  4ER1 E;  2ZHS A;  3HW1 A;  4I0G A;  3OU3 A;  2ZHR A;  3NWQ A;  3EKX A;  4GJC A;  3G70 A;  4J0Y A;  4Z4X A;  2IGX A;  5P4F A;  1B5F B;  5P8J A;  5AH8 A;  5EZX A;  3BXR A;  1YTI A;  3OXV A;  3OTS A;  3CKR A;  1ZBG A;  1HIH A;  3BGC A;  1Z1R A;  4GMI A;  3NLS A;  4TRZ A;  5P4Y A;  1EAG A;  5OZF A;  3T7X A;  3SFC A;  5ER1 E;  3OUB A;  3EKV A;  3PBZ A;  3IXJ A;  2UY0 A;  8HVP A;  1ZSR A;  4HDB A;  1B6P A;  5P0E A;  5P1C A;  4Y35 A;  4FRI A;  5OZQ A;  4I1C A;  2RSP A;  4I10 A;  2FDP A;  5P46 A;  2ER7 E;  5COP A;  4PYV A;  3NWX A;  3EL1 A;  1XE6 A;  4Y3P A;  5DR3 A;  5P3C A;  5P5H A;  2IKU A;  4BFD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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