4Y5MA

Endothiapepsin in complex with fragment 328
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5mA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y5mA01
2G26A 3NUJA 1NPWA 1RQ9A 4F74A 1HVSA 5P3WA 5IVTA 1Q9PA 2FIVA 4M8XA 4Y5BA 1FQXA 3ZKSA 1AVFA 5KQXA 3GI5A 2G94A 4D88A 3BRAA 5P8HA 1RNEA 3TH9A 5P3EA 1NH0A 5P14A 2A1EA 5P2GA 4I0GA 4QJ6A 4I10A 5P04A 2V12C 4HVPA 2AVSA 5P4TA 4AUCA 3PCWA 5P32A 1YTJA 3O9EA 5P6CA 5P56A 3URJA 2R38A 3OQKA 2PC0A 5P64A 3KYRA 4DJQA 5P5HA 4IVSA 5HE4A 3OY4A 2Z4OA 5P3DA 3IAWA 2R8NA 2PK5A 3O9CA 4YCTA 5P6VA 2P3CA 5P4IA 3GGXA 1HVLA 4RVIA 2AOEA 5P19A 1OEWA 1DW6C 5P78A 4ER4E 5P1QA 2QCIA 1A30A 1EPME 5P1NA 1BDRA 5P50A 4EXGA 4DJVA 5P6AA 1LF4A 2RMPA 5P12A 4LAPA 1G2KA 2ZGAA 5P26A 2V11C 5SZ9A 3CYWA 2G1NA 4Y5LA 5P2NA 1ZTZA 4GIDA 5P79A 2ZJLA 1ZPAA 3TPRA 5P0UA 4LXKA 5P46A 1PPKE 5P6NA 1TSUA 1HSHA 3UQRA 2NMYA 5P4GA 2AOHA 1ME6A 2AODA 5P0IA 5P5BA 3B80A 2QMPA 5P0RA 3L38A 1PSOE 4I0JA 2WJOA 1XS7D 4Y4DA 4IVTA 1AXAA 5DR7A 2HB3A 3MSLA 2F80A 3TPJA 1T7IA 3PI0A 3WB5A 2IENA 2AIDA 3FNTA 2WF0A 5OZ0A 2WF3A 4FRIA 2BPVA 2AOIA 1EC3A 4CPQA 3OU1B 3WSJA 5P89A 3KFSA 5P66A 2QZLA 1T7KA 1Z8CA 3EXOA 3EKPA 2I4VA 3O9BA 3OU1A 4Y43A 4QGIA 4Y53A 4GZFA 3PWRA 1G6LA 5P72A 5P1LA 4J1HA 2P8HA 5OZ6A 5IS4A 2NXMA 4Y41A 3S8IA 1B6MA 3F9QA 4DQCA 2I0DA 5EZZA 5P52A 5P6IA 4YBIA 4B0QA 4DV9A 4TRYA 5P4JA 5P8UA 4J0PA 4L6BA 4A4QA 4F73A 2AVMA 3EL5A 5P1TA 5SY2A 4AA8A 1MSNA 4TRZA 5P6XA 4PEPA 3PLDA 3TOHA 2IDWA 2Z54A 2QI1A 4K4PA 5JFUA 4HE9A 1HIIA 2I4UA 1AAQA 3SPKA 4ZPGA 1SGUA 3K5CA 4Y5PA 2RSPA 2XYFA 4Y51A 3CICA 4ACUA 3UDYA 2BKSA 5HE5A 2QD7A 4AZYA 1D4YA 5I3XA 3O9GA 5P7DA 4EP3A 5CONA 1QDMA 5P4EA 1NPVA 3SKGA 5P74A 4XXSA 3FSMA 4DJXA 2G24A 5P2DA 5P8TA 3Q70A 5P60A 4RLDA 5E5JA 3VUCA 4K9HA 4EYRA 4EWOA 4CPUA 5P3XA 2AZCA 1RL8A 1BV7A 2HB2A 1M0BA 3NU9A 1HSGA 3INDA 4JPEA 2RKFA 4EJKA 3EM3A 2VS2A 5P2ZA 4DQHA 2O4PA 3OUDB 3KFPA 1C70A 1MRXA 5P70A 5OZPA 1W6HA 5P8GA 2A4FA 3K1WA 3OUDA 5P7UA 3UHLA 3I25A 5P1AA 6APRE 3DOXA 5P5QA 3EC0A 4XX3A 4J54A 1C6XA 2PH8A 4MC6A 2HM1A 4Q1WA 1FFIC 5P1UA 3VF7A 3L5FA 5P5MA 5P0JA 4Y3GA 4YD5A 1GVTA 1LF3A 5DQ5A 5P2LA 1UH8A 4Z2ZA 3PWMA 3OUBA 2Q63A 4Y4EA 3UDKA 3MSKA 5DGWA 5P49A 5P0VA 3ZOVA 3FKTA 5P57A 3LIQA 5OYQA 1YM2A 4J0YA 4B1EA 3PRSA 3QRVA 1MEUA 5P40A 5P7NA 4YCYA 3KA2A 2QHCA 3OUCA 3PSYA 4GJ7A 2WF1A 3EL1A 5P0BA 5P5FA 5HD0A 2AOJA 3ZKQA 3ER3E 1LS5A 4DJUA 5P1SA 1MPPA 3JW2A 4LC7A 5J25A 6FIVA 3VLAA 5P39A 1DIFA 3ZKGA 2V16C 3FNSA 4AMTA 3VFBA 5P1HA 2OHQA 1RPIA 1W6IA 5HTZA 1LYBB 3PCZA 5P85A 5P3ZA 4Y3MA 4NJUA 5P61A 5P1XA 3ZL7A 1LYBA 1LYWA 1LEEA 5P6ZA 2H6SA 3BXRA 5P18A 3VLBA 5P15A 5P31A 3T7XA 5OZFA 4QJ9A 4LL3A 5OZMA 5P00A 4BEKA 3IXJA 2PYMA 4Y6MA 5P7AA 1CZIE 1FQ5A 4ZPFA 1IZIA 2ASIA 4I8WA 5OZ4A 5P2KA 3VV8A 4B05A 4CPTA 3OQFA 2Q5KA 3VCMA 5P8SA 1NPAA 1EEDP 4BFDA 3GI4A 2VIYA 3DV5A 1XE5A 4J0TA 4J1FA 2OHRA 3RSVA 2ER9E 4Y54A 1W5VA 3D1XA 2BJUA 4YDGA 4QJ2A 5SXNA 7HVPA 4GYEA 1UH7A 4Y4ZA 5P3YA 1C6YA 5P0NA 4DI2A 3RVIA 1BXOA 4EJ8A 3ST5A 5P8CA 1BDLA 2F3EA 3QS1A 1IZEA 5OYRA 2ZJNA 3BUFA 5KQYA 5P16A 5P3JA 5OZCA 3T6IA 5P3KA 1XN3A 4A6CA 4FE6A 2QI3A 4UPJA 4TVHA 5JFPA 4HA5A 2BKTA 3OXCA 2IEOA 1OHRA 2OHLA 4FGXA 5P01A 5P2YA 1B6KA 5P1YA 1XN2A 5P7BA 2QU3A 1IDAA 3PGIA 5P7JA 4DUSA 2B60A 3VF5A 3IA9A 5OYSA 5P7IA 2ZJHA 5P6OA 5P5GA 3TNEA 3WZ7A 5P5JA 3EM4A 4GJ5A 5KQFA 5P27A 4RRNA 5P2RA 3LIZA 5P03A 2QD8A 3I8WA 2MIPA 4JECA 3SA3A 1TZSA 4Y4AA 5P3PA 3LZUA 3ZKNA 1LF2A 5ISKA 1IVQA 2H6TA 1HIHA 5P6TA 3GW5A 5P05A 2NR6A 3GI6A 3VV6A 4EXHA 3QPJA 5P2MA 3QVCA 4R92A 1EC0A 5P8QA 5P24A 4R8YA 1APUE 5P4CA 3HW1A 3S53A 4Y3SA 5P4WA 1MT7A 5P53A 2B8VA 4RYGA 1QBSA 3SKFA 4EP2A 4Y36A 4ZSPA 5OZLA 4CPSA 3EBZA 5P5YA 4ZLSA 2P3DA 5OZ8A 2IRZA 3TL9A 5P02A 5P34A 3D91A 5P5OA 1KJGA 4HEGA 3QRMA 3MXEA 2G20A 1A8KA 5P8EA 3LNKA 1NSOA 3IVHA 5SY3A 5P7GA 2HC0A 3T11A 4YA8A 1SP5A 4LXMA 3I7EA 3U7SA 4H3JA 4FM7A 3KDCA 1FMUA 4B00A 5I3WA 2O4NA 5B18A 2QI7A 4FRSA 5CLMA 4I11A 3PWWA 1PSNA 2IL2A 2OHMA 5P5PA 3CKRA 3EKXA 5AH6A 1EPPE 4OBFA 1FB7A 5P3FA 5P2XA 4X2LA 2QNPA 4QJ7A 1AM5A 4WY6A 3EM6A 5P76A 4CPRA 2APRA 4DVFA 1K6CA 3TOGA 5P7WA 3HZCA 5DQ1A 3PEPA 1SMEA 4CP7A 4Y3XA 4Y3AA 2JE4A 4OC6B 1YTHA 2OHTA 3SA9A 4I0IA 4J1KA 3AUPA 4I8ZA 4JP9A 3OU3A 4GJ8A 3TKWA 5P3GA 2OHNA 5P4OA 3DJKA 5P4NA 1BXQA 5OZJA 2AOCA 5P09A 4FRJA 4U8WA 3KT2A 1HEGE 5P6GA 3L59A 1B6JA 2WF4A 1HOSA 1EBWA 2IGYA 4HZTA 5P6LA 4J1CA 4NKKA 5P36A 4ZE6A 5P2CA 2QI0A 2G1YA 1QBRA 3G70A 3LPIA 2WF2A 5COKA 1FQ4A 3TOFA 3TPLA 3PSGA 3D3TA 1E80E 3NU4A 4J55A 3UQXA 5P0DA 2QMFA 5P55A 4E43A 2QMGA 1BV9A 2QMDA 3K5GA 3OXVA 5DR1A 5P6PA 4LBTA 5P2WA 2G27A 1SH9A 3SA8A 1APTE 3VYDA 1K2CA 4HLAA 5P8OA 3I2LA 4Y3LA 5OZZA 5F01A 3CMSA 5P7PA 1GNMA 1RV7A 5P07A 5P8KA 3EL4A 3BHEA 3FX5A 8HVPA 3PLLA 1PROA 3OWNA 4GJBA 5OZAA 5P3HA 5P2HA 2R5QA 3K4VA 2ZHRA 4Y5EA 1MT9A 1YT9A 5P22A 1WBKA 1XE6A 3NU6A 4D8CA 2HB4A 3ZKMA 5P8PA 1SDUA 1G35A 2ER7E 2ZJIA 5P87A 5P4AA 3IN4A 3LZSA 5KOQA 5P0HA 2NMZA 5P48A 3LPKA 5P2QA 5P7MA 5P88A 4GJ9A 2BPYA 5P2VA 4PHVA 1FG8C 3NDWA 1K6PA 1VIJA 4Y56A 4COEA 2ZHTA 4Y4TA 5P5RA 3R4BA 1IZHA 3SO9A 1FQ8A 3KFNA 2P83A 3PI5A 1FEJC 5AH8A 5EZXA 5P1JA 4L1AB 5ER1E 2I4DA 1EBKC 4Y3PA 1HXBA 3CKTA 4OBJA 4L1AA 3INFA 2G22A 5P6FA 5P4KA 3GGUA 5P7HA 1TSQA 1EBYA 3BC4A 2FGVA 1IZDA 2HIZA 3HDKA 3S7LA 4Y45A 4D89A 4RCEA 5P30A 5P37A 2AZ9A 3BGCA 2EWYA 4ZSQA 4Z4XA 3EKVA 4J0VA 4MC1A 1HTGA 1XDHA 4RGHA 4DJRA 1IIQA 2I0AA 4WTUA 4RVXA 5P8LA 1ER8E 2JYSA 5P8DA 1FFFC 3LZYA 3VV7A 3BVBA 4DJYA 1TCWA 5P71A 4PZXA 5P42A 2VA7A 2PH6A 5P80A 5P2AA 5P3IA 4ZSRA 5P1IA 3DCKA 5P7KA 4FSEA 3NXNA 4DJPA 3BGBA 4Y44A 1E5OE 4B72A 5P5AA 5P6BA 2FDDA 5AHBA 5P28A 5P6DA 5P62A 4FIVA 3TTPA 5P8NA 5P5TA 5P0SA 1SMRA 5AGZA 5P08A 1B5FB 5P1VA 5P3TA 3VFAA 1ZLFA 5OZ5A 5HU1A 1B5FA 4EPJA 1ODXA 5P6RA 5P5NA 3NLSA 1ZBGA 5P10A 2QK5A 1T7JA 3NDXA 2V0ZC 1GKTA 2NNKA 5BRYA 5P7EA 2NTRA 5KR1A 5P5IA 5P6MA 3KMYA 5P8RA 5OZ2A 5P11A 2I1AA 1AIDA 1YG9A 1MESA 4WY1A 1PSAA 5P7TA 2QD6A 1FQ6A 5P5SA 3PM4A 5OZ1A 5HDZA 5P7SA 1BAIA 3PSUA 5P8MA 4B1DA 5HDUA 3VSXA 5OZGA 1HIVA 1W50A 2HS2A 4PYVA 4EJDA 4GJDA 5P4BA 5P83A 5P4PA 1KZKA 3S45A 5P47A 4B78A 3UQPA 3RTHA 1APWE 3OOTA 2HPFA 4Y4UA 5P59A 1HHPA 4OBHA 2QU2A 3O99A 2O4SA 1MSMA 4I1CA 3OOZA 3OQ7A 1OD1A 2XFKA 1KJ4A 2IKUA 4J0ZA 5P4LA 2ZDZA 1VIKA 1B11A 3U71A 3EKWA 4DQGA 3UF3A 3WZ6A 2BPWA 5OZUA 3OTYA 2R9BA 3DUYA 2QZKA 5P1RA 5P67A 1T6EX 3AIDA 4K8SA 4ER1E 5P8AA 2ZHUA 3MWSA 5P2IA 3D20A 1CMSA 1ZSRA 3UDNA 5OZXA 5KR8A 1EPOE 1GNNA 4Y5GA 1QRPE 3I6OA 5P3SA 1AJXA 1F34A 3ZPTA 3SAAA 2OF0A 4M8YA 1EPRE 1CPIA 4KB9A 5P1OA 1A8GA 4QJ8A 5P4FA 2R3TA 1WBMA 2QI6A 5P4UA 2ER6E 5PEPA 5P29A 4R91A 2V13A 5P6UA 3UCBA 5P5CA 3O9AA 3EMYA 2IS0A 2VKMA 1GNOA 3UFNA 4YBFA 3D1YA 5APRE 3S54A 3UFLA 3Q4BA 5P4ZA 1ZJ7A 2XFJA 3LITA 3URLA 5OZYA 1LZQA 3OHFA 3NWXA 2FNTA 4FRKA 1QBTA 3KDBA 5AH7A 2I4WA 5AHCA 3LPJA 1J71A 5P0LA 4R93A 1M43A 4GJAA 5ISJA 2PYNA 5P1ZA 5P0XA 1GVVA 1MERA 1EPQE 4Y3QA 5P2TA 1D4IA 3UDPA 3HAUA 3S7MA 7UPJA 1ZP8A 3IGBA 3TPPA 1SGZA 4YCKA 2VJ7A 3K5FA 3OQDA 1GVXA 2AZBA 1PPME 4ER2E 1DPJA 5P20A 1HPVA 4NPTA 3HBOA 2QNQA 1HPOA 1BVEA 4Y3NA 2BB9A 3UDHA 1K1TA 2ZE1A 3OUAA 3R2FA 1ZSFA 4H1EA 1E81E 3C9XA 3IVIA 4GMIA 1A9MA 4KE1A 1MTBA 5OZSA 2AOGA 3K4VC 5P5KA 5P33A 5P3LA 1BWBA 5IVRA 1BDQA 3IXOA 1Z1HA 2G1SA 2ER0E 2G21A 3RTMA 2B7FA 2Q54A 1OEXA 3S2OA 2FGUA 2Q64A 4D85A 1BWAA 3OU4B 3RTNA 3OHHA 4L7JA 5DR4A 5AHAA 3OU4A 4Y57A 3Q3TA 4H3FA 1BVGA 1EC2A 5P69A 3PBZA 4R5NA 5DR0A 3NYGA 1K2BA 2ZHVA 4FM6A 5P3NA 4J1IA 3UTLA 1M4HA 2R43A 3VYEA 2B7ZA 3TKGA 1GVWA 4OBZB 2OHUA 4BELA 1FIVA 4EQ0A 2J9KA 3QVIA 4OBZA 5IVSA 3SLZA 3FV3A 3EL0A 2PSUA 3SABA 1FMXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2G26 A;  3NUJ A;  1NPW A;  1RQ9 A;  4F74 A;  1HVS A;  5P3W A;  5IVT A;  1Q9P A;  2FIV A;  4M8X A;  4Y5B A;  1FQX A;  3ZKS A;  1AVF A;  5KQX A;  3GI5 A;  2G94 A;  4D88 A;  3BRA A;  5P8H A;  1RNE A;  3TH9 A;  5P3E A;  1NH0 A;  5P14 A;  2A1E A;  5P2G A;  4I0G A;  4QJ6 A;  4I10 A;  5P04 A;  2V12 C;  4HVP A;  2AVS A;  5P4T A;  4AUC A;  3PCW A;  5P32 A;  1YTJ A;  3O9E A;  5P6C A;  5P56 A;  3URJ A;  2R38 A;  3OQK A;  2PC0 A;  5P64 A;  3KYR A;  4DJQ A;  5P5H A;  4IVS A;  5HE4 A;  3OY4 A;  2Z4O A;  5P3D A;  3IAW A;  2R8N A;  2PK5 A;  3O9C A;  4YCT A;  5P6V A;  2P3C A;  5P4I A;  3GGX A;  1HVL A;  4RVI A;  2AOE A;  5P19 A;  1OEW A;  1DW6 C;  5P78 A;  4ER4 E;  5P1Q A;  2QCI A;  1A30 A;  1EPM E;  5P1N A;  1BDR A;  5P50 A;  4EXG A;  4DJV A;  5P6A A;  1LF4 A;  2RMP A;  5P12 A;  4LAP A;  1G2K A;  2ZGA A;  5P26 A;  2V11 C;  5SZ9 A;  3CYW A;  2G1N A;  4Y5L A;  5P2N A;  1ZTZ A;  4GID A;  5P79 A;  2ZJL A;  1ZPA A;  3TPR A;  5P0U A;  4LXK A;  5P46 A;  1PPK E;  5P6N A;  1TSU A;  1HSH A;  3UQR A;  2NMY A;  5P4G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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