4Y9WA

Aspartic proteinase sapp2 secreted from candida parapsilosis at 0.82 a resolution.
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
333
structure length
327
Chain Sequence
SPSSPLYFEGPSYGIRVSVGSNKQEQQVVLDTGSSDFWVVDSSASCQKGNCKQYGTFDPHSSTSFKSLGSSFSIGYGDKSSSIGTWGQDTIYLGGTSITNQRFADVTSTSVNQGILGVGRVETESANPPYDNVPITLKKQGKIKTNAYSLYLNSPGAATGTIIFGGVDNAKYSGKLIEEPLVSDRYLAVNLKSLNYNGDNSNAGFGVVVDSGTTISYLPDSIVDDLANKVGAYLEPVGLGNELYFIDCNAQGSASFTFDNGAKITVPLSEFVLQACVWGLQSSDRQNVPPILGDNFLRHAYVVFNLDKETVSLAQVKYTSASSVSAI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Aspartic Proteinase Sapp2 Secreted from Candida Parapsilosis at 0.82 A Resolution.
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Aspartic acid endopeptidase Sapp2
total genus 93
structure length 327
sequence length 333
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y9wA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y9wA01
2VA6A 3PLDA 2ER9E 2I0DA 1EBKC 4Y3MA 5P75A 1HHPA 3FNTA 1K6TA 5P1DA 2ZHRA 4Y4UA 5PEPA 4U7VA 1D4JA 4J1IA 5OZKA 1MSMA 2VA5A 1ZAPA 5CLMA 1LEEA 2WECA 5P0VA 3K1WA 3JVYA 3S7LA 2B60A 1HIHA 4M8XA 5KR1A 4U7QA 5SXNA 5P5DA 5P86A 5OZQA 4YHQA 5P6RA 5OZ7A 5P8SA 5ENMA 4GJDA 1AJXA 2WF4A 1MVPA 5P2VA 2O4LA 5P5TA 4F74A 3O9CA 4EQJA 4Y5AA 3ZPTA 5I3XA 1KZKA 5P69A 3VYFA 3C9XA 2BKTA 5TOLA 5P5CA 3PB5A 3OGPA 2WF2A 5DQCA 2FDEA 4OBZB 4I1CA 3K4VA 2BJUA 3EKPA 3DJKA 4FAFA 1D4LA 2AOIA 2B7ZA 3EL4A 5P5ZA 5P8VA 5KQXA 4HDPA 3SQFA 4EYRA 2VJ9A 2VIJA 5P0WA 4YDFA 4H3JA 4OBGA 4B1CA 4Z2ZA 1C6XA 3PWWA 2AZBA 1KJHA 4YD5A 2QNPA 2V16C 4RVJA 5P54A 5P3IA 2RENA 5P6LA 1LYAB 1K1UA 4OBJA 3NXNA 5P0BA 1AXAA 3BC4A 4APRE 1F7AA 4OC6B 5OZWA 3L5BA 3L5CA 5P2LA 1A8GA 5P7EA 4DQEA 7HVPA 2AVMA 3PSUA 1GVTA 1A9MA 1WBKA 5P0YA 3TPPA 3VV6A 5P3PA 4J0PA 4Y4TA 5P8FA 3O9LB 2R8NA 3OXCA 5AH6A 2QNQA 5OZ9A 5ENKA 4YD3A 5P3WA 4D88A 4J0ZA 5P16A 3AUPA 1XDHA 4Y5MA 1APVE 3SPKA 8HVPA 5P0OA 5P4UA 5P1WA 3D1XA 1Z8CA 2ZYEA 3DK1A 3GI5A 4Y3TA 5OZLA 5P7NA 2BPXA 4HZTA 1N49A 5EZZA 1HEGE 2QZXA 5P84A 3N3IA 2Q63A 1IDAA 5ER1E 1YTIA 3L5DA 5P04A 4RRSA 1RNEA 4RGHA 5P31A 1APUE 2QZLA 4Y36A 1EPOE 3HD8A 5P3NA 5HVPA 5P2WA 4QJ2A 1IBQA 5P2IA 1BV9A 4DJPA 5P3GA 4Y3AA 3IVIA 4K4PA 3DM6A 1F34A 3PMUA 1XE6A 3I25A 3U71A 5P09A 5P5VA 5P8KA 2IDWA 5HE7A 2HIZA 2ZJHA 2ZJNA 3K4VC 1FKNA 4Y41A 5KOSA 5P2YA 3FKTA 1K6PA 2V00A 4S1GA 4RLDA 5P3JA 2WEDA 5P06A 1MRWA 1EC3A 1LS5A 5P3TA 2ASIA 3S8IA 3URIA 4Y57A 1HVRA 2ANLA 5P2ZA 4K4RA 5P7TA 1MT7A 1E82E 5P3HA 5KOQA 4OBFA 1OD1A 5P7UA 3ZOVA 5SZ9A 5OZEA 3UFNA 2H6SA 1NH0A 3M9FA 5P29A 2R38A 1YT9A 3S53A 3IVHA 5P2MA 3LHGA 3OUDB 2XFIA 5AH8A 2QD6A 1TW7A 5OZ5A 5P7LA 3KA2A 1T3RA 3EL0A 1HPSA 2QI4A 2WEAA 4QJ8A 1SDVA 4DPIA 2OHKA 3OU4A 5OYXA 3IN4A 4J0YA 5IVQA 5P3DA 4ZLSA 2HB2A 2G1RA 3IA9A 1HIIA 1FF0C 1FEJC 2F3FA 5P23A 5OYWA 5DR0A 4H3FA 1BVGA 3BHEA 3O9GA 5P1NA 1HRNA 1RPIA 2AQUA 3HBOA 1HVSA 1HTRB 4DVFA 1G2KA 4DQHA 5P32A 2NR6A 3OQFA 5P4EA 2P3BB 1QBRA 4I0EA 3OXVA 3PCZA 1A94A 4LXKA 1G6LA 4EP3A 1ZJ7A 3GGXA 3IGBA 3MXDA 3VF7A 1T7IA 4Y3EA 3RTHA 3SA6A 2WF0A 1K6CA 3SFCA 5P8DA 5ER2E 1GKTA 4RCEA 5KR0A 4Y3YA 5P1PA 5P2BA 3KF0A 5P2OA 1FIVA 3VSXA 1HTEA 5P18A 4Y3FA 1LF4A 1PPME 4K8SA 2R5QA 5I3WA 5P07A 5P2JA 2NMYA 5IVTA 4Y47A 5P25A 4D85A 2G20A 3L38A 4Y3WA 4NJUA 5P46A 5P2HA 1QBTA 1YTHA 5DR4A 1FFFC 1HTFA 2VA7A 3I8WA 4GJ9A 5P1ZA 3UQRA 4EPJA 3OHHA 5HE5A 3PVKA 4R95A 5P5WA 1B5FB 3G70A 5P76A 1HIVA 3S45A 3URLA 4Y5CA 3VCMA 2I4QA 4Y4AA 3EL9A 3K5FA 5P2CA 2AOCA 4YD7A 3FNSA 3ZPUA 5BRYA 4M8YA 4QJ7A 5P6OA 3PHVA 1AM5A 4ER1E 4DJVA 4R92A 4I0DA 1NPVA 4Y4EA 5P6MA 4I0JA 1HSIA 4EJKA 3PSGA 2NPHA 3VYDA 5P51A 5P6GA 2Q64A 4OD9B 5P6CA 1FG6C 3QN8A 3CKTA 4Y3GA 2A4FA 2IGYA 4YCKA 3NXEA 3T7XA 2QMDA 4GJ7A 2IEOA 3EL5A 3OAGB 5COPA 3O99A 2PQZA 2JE4A 5P1TA 5P2DA 2JXRA 1G0VA 2ZJJA 5P2KA 5KR2A 3KFRA 3IXOA 1EPPE 5P72A 3LZYA 5P10A 5P88A 5B18A 4PEPA 2ZJMA 4J1FA 2BBBA 4RCDA 1T6EX 5P63A 1FQ7A 4JOOA 3GW5A 4ZEAA 4K4QA 4FGXA 3PI5A 3QAAA 4L7JA 5P8EA 3PEPA 5OZDA 5P7VA 5KQZA 5P5IA 1HVKA 4COEA 5OZ8A 1AVFA 2VJ7A 4ZE6A 5P59A 5OYYA 4ER4E 3TNEA 7UPJA 4ZPGA 4AMTA 3OU1B 5AGZA 2VIYA 4L1AB 3EL1A 1MSNA 1IDBA 4GJ6A 4I0IA 2FXEA 5I3VA 5ISKA 1AJVA 5HCTA 5P3UA 4FM8A 2FMBA 2OHQA 1PPKE 1FQ8A 4HE9A 1BXQA 5DR3A 3RSVA 3NU3A 2VIEA 4Q5MA 3O9LA 4Y6MA 9HVPA 5AH7A 3UDPA 4KE1A 1IIQA 3CYXA 5OZCA 3EMYA 4A4QA 5P0DA 1Z1RA 4CMSA 2R9BA 3UCBA 4Y3QA 1ZTZA 5P7IA 3UPJA 5FIVA 2B7FA 1ODWA 4A6BA 2H6TA 3TOGA 4ER2E 1CMSA 5AHAA 5P4LA 4ZSMA 3QVIA 2J9KA 5P6PA 5P1YA 4Z50A 5P6TA 5OZUA 2WEZA 3K5GA 3LIYA 2HAHA 3VLBA 4B0QA 3PI0A 2NXDA 4L6BA 5P0RA 3NSHA 3ZKGA 2IGXA 2QMGA 3MSJA 3T11A 1W51A 4GYEA 1SMEA 3GGAA 5KQFA 1K1TA 3O9BA 5HD0A 4ZSRA 2O4PA 1NPWA 3EXOA 4Y4ZA 5P2XA 4KB9A 5P0AA 1FG8C 3AIDA 3HZCA 4YCYA 1FQ4A 3PCWA 1QBSA 3PSYA 3OXXA 1C6YA 1PPLE 3UQXA 2AVQA 1T7JA 2HPFA 5OZ0A 4FRJA 5P1BA 5P4OA 4DFGA 6APRE 1BBSA 4QJ9A 2VNNA 1MRXA 4YD4A 1EPME 1LYBA 1B6LA 2G24A 3NDWA 3UF3A 4Y5BA 3CICA 3S54A 4RCFA 5OZPA 4NKKA 4PZWA 1XL2A 2FNSA 5JODA 3NLSA 1YX9A 5P6FA 3S43B 1QDMA 5P47A 1BWAA 4FM7A 1U8GA 4CPXA 1MERA 5P44A 3T6IA 3VG1A 5P55A 5P5EA 3JVWA 5P0QA 2QMPA 5P1OA 1PSAA 4LAPA 4RROA 2IQGA 2RKGA 3BXRA 1SBGA 3PWRA 5P8NA 1XL5A 4FRKA 2OHRA 2QD8A 1ZP8A 3OUBA 4CPQA 1WBMA 3BXSA 3OY4A 1HPXA 3OOTA 2PSVA 2QP8A 2WF3A 4NJSA 2NTRA 1ME6A 5P03A 2OHTA 2I4WA 1VIJA 1FMBA 3I7EA 3N4LA 3QBHA 4YOAA 4Y3NA 4ZSPA 2QHCA 2O4KA 4WY6A 4D89A 1TSQA 4R8YA 2QZKA 5P6VA 4H3GA 5JFPA 3R2FA 1E80E 2OHPA 5P2RA 3QP0A 5P7SA 1HVHA 5DR1A 5P4SA 2ER0E 3LIVA 2Q5KA 3O9IA 4Y3ZA 4Y45A 1G35A 1RV7A 5P2QA 3OQKA 3RU1A 2V10C 5P3KA 2WKZA 4RVXA 4LXAA 3KDDA 3EC0A 1QBUA 5P8TA 1SDUA 1TCXA 1W6HA 4GIDA 3FNUA 1EC2A 5P0GA 4DJQA 5P2EA 5P6QA 1KJ4A 2IKOA 2V11C 2PH6A 4B1EA 2OHMA 1XN2A 3ZKNA 1ODXA 5CONA 5P7OA 5BWYA 5P1EA 2I0AA 2VKMA 3T3CA 4EXHA 3EM6A 1AAQA 2QMFA 2ZE1A 5OZYA 3INHA 3ZL7A 4Y56A 2WL0A 4Y53A 3UDYA 5P4WA 4DQCA 2QI1A 1SIVA 4Y37A 1KJ7A 5P4IA 3LPJA 3O9HA 1HXBA 5P66A 5P30A 3LITA 2Q55A 3OU3A 3HW1A 4I0ZA 1HVIA 1BAIA 1MESA 4Y3SA 4Y4BA 4DJWA 1HSGA 5P4AA 5JFUA 4FRIA 3OADA 2AOFA 3S56A 1RQ9A 4Q1WA 1Z1HA 3QVCA 1ZSFA 1TSUA 5P58A 4OBHA 3INFA 3HAWA 1T6GA 3VEUA 1OEXA 1DMPA 4TVGA 5P83A 1NPAA 1MTRA 5P0HA 3Q4BA 1FQXA 3KMXA 5P52A 3URJA 3PJ6A 4OBKA 1TQFA 2QAKA 5P28A 2VIZA 1BXOA 3SLZA 1D4KA 3NU4A 3SACA 4LP9A 4GJAA 1HVLA 5OZZA 2FDDA 4J1KA 3QPJA 1W6IA 3PBZA 1C6ZA 5OZ1A 1APWE 3VF3A 1DP5A 2IKUA 3S7MA 2QCIA 1FQ5A 2WEBA 3VFAA 1XS7D 2NNPA 4J5JA 1GVVA 2J9JB 5P1SA 3NWQA 3KN0A 4FLGA 3U6AA 5P6HA 5P6BA 4DJUA 3L5FA 2HB4A 4Y5LA 2B8VA 4YDGA 5HTZA 1PSNA 3OU1A 3DCKA 3KFSA 5P22A 2Q15A 2QU3A 2JJIA 4IVSA 5P0SA 2O4NA 5P26A 3UDMA 1FGCC 4CPTA 3UFLA 4FS4A 5OZOA 3UDRA 3ZMGA 4YE3A 3BVAA 5HE4A 2WJOA 3LINA 5P1LA 4B72A 3INEA 2A1EA 5OZSA 4EJLA 3KDCA 5P8GA 5P8QA 5DQ4A 4EJDA 4ZIPA 5P1CA 2EWYA 5P0UA 5P0PA 3K5DA 1BWBA 4KE0A 1M0BA 5OYTA 1SDTA 1ER8E 5T4SA 5P2FA 2P83A 3SA9A 4YCTA 4FCOA 5DGWA 4DQFA 2BKSA 5P8MA 5P3MA 1TZSA 5P7QA 2IENA 4J0TA 5P5QA 5P8BA 1B11A 3BGCA 3KM4A 5P24A 3Q6YA 1IZEA 3B80A 4Y3LA 3D3TA 1EBYA 5OYZA 5I70A 5P8AA 4LBTA 5E5KA 2JYSA 4AZYA 1OHRA 2QI7A 1YTJA 3TLHA 3KT5A 2ER7E 1META 2AOEA 5P4TA 5P8UA 4J1CA 2ZDZA 4Z4XA 3VSWA 5P85A 4BFDA 1EPRE 4EHCA 5OYSA 3CIBA 2Q11A 2HS1A 5P8CA 1VIKA 1IVQA 5P3AA 4CPWA 1D4IA 3TOFA 2AVOA 1MPPA 3NDXA 1K2CA 1LZQA 5P20A 1XE5A 1M4HA 1EPNE 3EM4A 5P02A 3SAAA 3BUHA 3H0BA 2BB9A 5P1JA 3S43A 3Q5HA 4D8CA 1BDRA 3H5BA 5P15A 3MSLA 5P0XA 4EWOA 2NXLA 3SA3A 5P68A 4EXGA 5P5UA 5AHCA 5P1FA 1E5OE 4HA5A 1GVUA 4HVPA 2HS2A 5DR8A 2BPWA 2NMZA 3LIXA 3OGQA 5P5JA 2PWRA 5P6EA 4Y38A 5DQ2A 1EAGA 5P5LA 4XKXA 1T7KA 2V13A 5OYVA 5P00A 3LIZA 2G1NA 3VYEA 4PHVA 4CP7A 4FL8A 1ZSRA 4Y4WA 5P5PA 5P1GA 1GNOA 5P65A 4OBZA 3QRVA 5P0LA 5P4XA 2JJJA 1W5XA 2AOJA 2QI5A 4UPJA 3EKXA 4LHHA 1WKRA 3APRE 3L59A 2R3WA 5OZ6A 2G1YA 3FX5A 4XX4A 5P7PA 5P3ZA 5SY3A 4GJ8A 5P1MA 4DJOA 5HDXA 1A30A 3L5EA 3ECGA 3O9DA 2Z4OA 3GI6A 4J55A 2XFKA 3NUJA 4YA8A 3NDTA 4X2LA 4Y5NA 5P7DA 1LYAA 1GVXA 1W5YA 3OQ7A 3S85A 5C9FA 1HVJA 5P27A 1YM4A 3OWNA 2P8HA 1QS8A 3QIHA 3NWXA 4OC6A 4TRYA 4Q1XA 5BS4A 5P2SA 1K2BA 5P2UA 4GJBA 4H1EA 5P1AA 2PYMA 4TVHA 5IE1A 5P0MA 3Q3TA 1CZIE 3O9AA 4BEKA 1MEUA 4Y9WA 3SKGA 5DR7A 4I8WA 4FE6A 3PGIA 4L7HA 2WF1A 5P42A 2VNMA 3ZKQA 4I8ZA 1IZIA 2BQVA 2QHZA 2HB3A 3ER3E 5P4MA 1DPJA 5AHBA 1SH9A 1SGZA 3QBFA 3TPLA 2PK6A 5P3FA 4GJ5A 5P0NA 3OU4B 3ER5E 5AH9A 2QI6A 3OK9A 2IS0A 4DUSA 5P37A 5F01A 4DJXA 5P6UA 1RL8A 3PWMA 1ZLFA 2VJ6A 5P3LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2VA6 A;  3PLD A;  2ER9 E;  2I0D A;  1EBK C;  4Y3M A;  5P75 A;  1HHP A;  3FNT A;  1K6T A;  5P1D A;  2ZHR A;  4Y4U A;  5PEP A;  4U7V A;  1D4J A;  4J1I A;  5OZK A;  1MSM A;  2VA5 A;  1ZAP A;  5CLM A;  1LEE A;  2WEC A;  5P0V A;  3K1W A;  3JVY A;  3S7L A;  2B60 A;  1HIH A;  4M8X A;  5KR1 A;  4U7Q A;  5SXN A;  5P5D A;  5P86 A;  5OZQ A;  4YHQ A;  5P6R A;  5OZ7 A;  5P8S A;  5ENM A;  4GJD A;  1AJX A;  2WF4 A;  1MVP A;  5P2V A;  2O4L A;  5P5T A;  4F74 A;  3O9C A;  4EQJ A;  4Y5A A;  3ZPT A;  5I3X A;  1KZK A;  5P69 A;  3VYF A;  3C9X A;  2BKT A;  5TOL A;  5P5C A;  3PB5 A;  3OGP A;  2WF2 A;  5DQC A;  2FDE A;  4OBZ B;  4I1C A;  3K4V A;  2BJU A;  3EKP A;  3DJK A;  4FAF A;  1D4L A;  2AOI A;  2B7Z A;  3EL4 A;  5P5Z A;  5P8V A;  5KQX A;  4HDP A;  3SQF A;  4EYR A;  2VJ9 A;  2VIJ A;  5P0W A;  4YDF A;  4H3J A;  4OBG A;  4B1C A;  4Z2Z A;  1C6X A;  3PWW A;  2AZB A;  1KJH A;  4YD5 A;  2QNP A;  2V16 C;  4RVJ A;  5P54 A;  5P3I A;  2REN A;  5P6L A;  1LYA B;  1K1U A;  4OBJ A;  3NXN A;  5P0B A;  1AXA A;  3BC4 A;  4APR E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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