4YA8A

Structure of plasmepsin ii from plasmodium falciparum complexed with inhibitor pg394
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
SSNDNIELVDFQNIMFYGDAEVGDNQQPFTFILDTGSANLWVPSVKCTTAGCLTKHLYDSSKSRTYEKDGTKVEMNYVSGTVSGFFSKDLVTVGNLSLPYKFIEVIDTNGFEPTYTASTFDGILGLGWKDLSIGSVDPIVVELKNQNKIENALFTFYLPVHDKHTGFLTIGGIEERFYEGPLTYEKLNHDLYWQITLDAHVGNISLEKANCIVDSGTSAITVPTDFLNKMLQNLDVIKVPFLPFYVTLCNNSKLPTFEFTSENGKYTLEPEYYLQHIEDVGPGLCMLNIIGLDFPVPTFILGDPFMRKYFTVFDYDNHSVGIALAKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of plasmepsin II from Plasmodium falciparum in complex with two hydroxyethylamine-based inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Plasmodium falciparum
molecule keywords Plasmepsin-2
total genus 85
structure length 329
sequence length 329
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.4.23.39: Plasmepsin II.
pdb deposition date 2015-02-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ya8A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ya8A01
3O9EA 3K1WA 5P61A 4Y54A 5P6LA 1AAQA 4Y4DA 1HVIA 4IVTA 3U7SA 5P2XA 7HVPA 1QBTA 1BDRA 4OBGA 5P6KA 5DR7A 5P1JA 5P5YA 2OAHA 4ZSPA 4APEA 1LYBA 5ISKA 3OQDA 2BPZA 3OOTA 4RLDA 5P87A 2QHZA 5P3SA 1T3RA 5OZKA 5P65A 1MSMA 5P01A 3O9LB 3NU5A 2Z4OA 1A8KA 3EL4A 1SGZA 3M9FA 3PWRA 4CPRA 4EJDA 4AA8A 4LHHA 5P26A 5P4WA 4BFBA 1FF0C 4J0VA 4DH6A 4I0EA 5JODA 5P6CA 3RVIA 2NMZA 2AVVA 4PHVA 5HDUA 3SA6A 2IGYA 4J1KA 3NU3A 5P73A 5P7UA 3FV3A 2XFJA 2ZJJA 3JW2A 1EC3A 5P4TA 4F73A 5P77A 3TPLA 4Y39A 1K2BA 2ZHTA 2FNTA 1BDQA 2UPJA 4CMSA 5P6JA 3UF3A 5IVQA 3OXVA 5HE4A 5P5XA 4DQHA 4OBKA 2WEDA 4YE3A 1IVPA 5P08A 5P8OA 3OU1A 2XFIA 4ZIPA 2I0AA 1HIIA 1W5VA 3BGCA 1MT7A 3SPKA 5P4YA 5IVSA 5SY2A 5P10A 2R3TA 1ZJ7A 3LIYA 5OZBA 5P7JA 3Q5HA 1C6YA 2ER0E 3MSJA 3PBZA 4WY1A 3I2LA 3S85A 2HB4A 2OHKA 2P3AA 5P4CA 4GYEA 5P8JA 1T7KA 4J1FA 2NXLA 4RVXA 2I0DA 1KJ7A 2NTRA 1ZTZA 1FQ4A 2JJIA 5P19A 1FQ8A 5P3TA 5AGZA 5P0NA 3UDYA 5P5ZA 4Y5CA 5P0GA 4B72A 2O4KA 3LZUA 5P0SA 4RGHA 5P8EA 5OZJA 3FNTA 3KFSA 5P1VA 3LIVA 2VIYA 1BBSA 5P2ZA 1EBKC 1LYWA 4RYGA 3OADB 1HSGA 4FSEA 1VIJA 1HXBA 5P1MA 4D85A 5DQ5A 2QHYA 2WHHA 3TNEA 3UDQA 4Y3EA 1W5XA 2PYMA 3INEA 2AIDA 3LPKA 3UTLA 1SDTA 3CICA 2XYEA 3O9CA 4Y5EA 3Q4BA 3SAAA 5P7KA 2OHSA 3IA9A 2VNNA 2Z54A 3D1YA 3NDXA 4YD5A 3VV8A 5DQCA 4Y4EA 5P4VA 4J54A 5DQ2A 4FS4A 1GVUA 4Y3SA 4FIVA 4ER2E 5KR8A 3VF3A 4YD6A 2QD7A 3KFPA 1FG6C 5P67A 3QIHA 5HTZA 2VNMA 3OXCA 1AZ5A 4EXGA 4YD3A 5AHCA 4I0ZA 1HVKA 4OBDA 3R1GB 4Y5LA 5P4RA 5P2MA 5P4NA 5P8RA 5DPZA 5P2RA 2V11C 3TL9A 5I70A 5P12A 3QVCA 4PZXA 2I4VA 3UQXA 5P5QA 4LXAA 2HAHA 2G22A 5P83A 4DJQA 1B5FA 4EQJA 5OYQA 1QBSA 3CKTA 3G70A 1HWRA 3N3IA 5P52A 5P37A 2F8GA 6UPJA 5P3NA 4NJUA 2JE4A 3LINA 1LYAB 5P8QA 5OZUA 1SGUA 3K5CA 1WBMA 1E82E 3CYWA 3WZ7A 5OZWA 1HSIA 3WZ8A 4TVGA 3NU9A 3CKPA 2QZKA 3SA5A 3VV7A 5P6NA 1IZEA 2HM1A 3NDTA 3OUDB 1FG8C 4AUCA 3SLZA 1XDHA 2WL0A 5OZLA 5P6XA 4Q5MA 1EBWA 5P7ZA 2QU3A 2WEZA 3PCZA 5P6ZA 5P8CA 5P63A 5P4AA 5P85A 4FM8A 4YA8A 3HVGA 1W5WA 4Y3WA 3CKRA 5ENMA 2G24A 5P5OA 2VA5A 3SABA 1FMUA 3OUCA 4Y5GA 5KOQA 2QZWA 1K6VA 3Q3TA 5KQZA 4PPHA 5P25A 3SA7A 3SA9A 4Y3PA 5P3XA 3DM6A 3I6OA 2G1RA 2V0ZC 4RRNA 4DQEA 2RENA 4Y37A 5OZHA 2I4UA 3ZPTA 3DUYA 3OHFA 1BIMA 2IENA 4RRSA 5P04A 1MRWA 2NR6A 1LYBB 1LEEA 5AH7A 5P47A 1DW6C 1MIQA 5P1CA 5P8FA 3S53A 5P1LA 3TH9A 3WSJA 4DJVA 5P56A 1U8GA 2Q63A 4QGIA 5P0JA 2BJUA 5SY3A 5P29A 2G1NA 4WY6A 2I4XA 3KF0A 4ZSRA 5P07A 4GJ9A 4YOAA 5P4PA 1M0BA 2QZLA 3QPJA 1C6XA 3OQKA 1ME6A 2BQVA 2QNNA 2AOHA 5F00A 1RL8A 3WB4A 1HBVA 5P49A 3U6AA 3G6ZA 4Y3ZA 3PVKA 5P8BA 1K1UA 5I3XA 1BDLA 3EL0A 3EKQA 3LITA 4NJTA 1TCWA 4DQGA 3OU1B 5P78A 2R5PA 2VIJA 3GGAA 3PI0A 5P36A 1G6LA 4CKUA 2ZGAA 4Y3YA 3L5EA 3H0BA 4EP2A 1PPKE 4X7IA 2IQGA 3D1ZA 4KE0A 2VJ7A 3B7VA 5P5HA 3TOHA 3DCKA 5P70A 1APUE 3S43A 5P80A 3SO9A 2SAMA 3OTSA 5P4DA 4B1DA 5P2LA 1D4LA 2FDEA 5P4SA 2VS2A 5P0UA 2AVOA 3NLSA 3UDNA 4D83A 1APTE 4WTUA 2WF1A 2WF4A 1MESA 4Y38A 5I3YA 5P3ZA 5P0LA 5P30A 5JFPA 2O4SA 1FGCC 3GI6A 4K4PA 2JJJA 4Y41A 2I1AA 4HDBA 2IL2A 5P34A 1A8GA 4J1CA 1EPLE 5P03A 2HIZA 1B6PA 2A4FA 5HDXA 4B00A 3KDBA 4QJAA 2XYFA 1GNMA 5OYUA 1TSUA 3L5FA 2RMPA 3NUJA 5P16A 4GIDA 1APVE 3CMSA 1META 1MRXA 5P33A 2QI7A 2ZHRA 4DVFA 3OAGA 3KN0A 3S8IA 5P3JA 3ZKXA 1TCXA 1EC0A 5P62A 4FGXA 3APRE 4CP7A 3FX5A 2ZJMA 2Q11A 5P39A 4FRJA 4NJVA 4Y5AA 4A6BA 3QRSA 5OZ2A 2QI1A 1LS5A 4APRE 4Z2ZA 1APWE 3O9BA 1AJVA 4FSLA 5P38A 3S7LA 5HU0A 5P1OA 4AMTA 3L3AA 3T3CA 5P7BA 1PSNA 4NPUA 5P1EA 1BILA 3KDDA 1EC2A 1YTIA 2Q64A 1C6ZA 1LYAA 1HVSA 1HVHA 2HPFA 2OHUA 3L5DA 3O9DA 1G2KA 4FRSA 1YTGA 3CYXA 5IVTA 4Y3TA 5P0AA 5P32A 3S2OA 5P4BA 2G26A 3MWSA 5P27A 4B1EA 5P1WA 4GJBA 3TPPA 2QHCA 2QMGA 3LPJA 1QRPE 1W51A 3KDCA 5P2CA 3WB5A 1M43A 5P3QA 5P5NA 5OZGA 5P5GA 1B5FB 1HVCA 3SA8A 3VF5A 1AM5A 2G20A 3S45A 3EL9A 4Q1XA 4LXKA 4Y48A 3OHHA 3RSXA 2AZCA 3UQWA 2F81A 3SACA 4I1CA 5P7FA 2G1YA 5P6RA 3VSWA 5DQ1A 5P4KA 5P4EA 4ZPFA 2B7ZA 5P8TA 4Y3XA 1FKNA 3L5CA 3ZKQA 5P7VA 4ZSMA 3LIZA 1BAIA 2PK6A 3IN3A 5P3VA 3NDUA 2HB2A 4LL3A 2PH8A 4Q1WA 1DPJA 1RQ9A 5OZYA 5OZOA 4RROA 3S54A 1XN2A 5APRE 5P4ZA 3PSYA 2F3EA 1MT9A 3S7MA 3OU4A 4YCYA 3PI5A 5P7YA 1AVFA 5AH8A 5DGUA 4LC7A 4RYCA 3LZSA 3SFCA 5E5JA 2IEOA 5P6DA 5P7MA 4Y43A 1G35A 5P6FA 5P6EA 5OZ8A 3IN4A 3NXNA 5P4GA 1ODWA 1QS8A 5HCTA 3GI0A 3WZ6A 5P4XA 4Y47A 5P2FA 5P68A 4I11A 4HEGA 3IXOA 4OC6B 2ANLA 1K6TA 4CPUA 2AOCA 5P4UA 5P6PA 2WECA 4HE9A 4Y4AA 5P60A 4I0FA 4YD7A 4H3GA 3JVYA 5P5UA 2P4JA 1FQ5A 2HS1A 2QMDA 1FEJC 5DQ4A 3GGVA 4Y9WA 5DR4A 4NJSA 5P0OA 5P0TA 3VFAA 5P2OA 4Y3GA 3BXSA 1YM4A 1W6HA 3PRSA 1Z1HA 3DCRA 2ER9E 5P1IA 5P2EA 4D89A 1EAGA 1SBGA 5P1KA 3BUGA 5P15A 5P4JA 3PBDA 5OZCA 2Q55A 3HZCA 2UY0A 5P7XA 3URIA 2IKUA 1BVGA 3HLOA 3MXEA 3NWXA 4OD9B 3I8WA 5FIVA 4JPEA 5OZVA 1EPQE 5P3AA 1W5YA 1BXOA 3OY4A 2B8VA 3HAWA 4X2LA 3DOXA 5JFUA 5P7RA 4H3JA 2VIEA 5HCOA 4DQFA 3L38A 2IDWA 4Y3HA 4EJLA 3DK1A 5P2NA 5P4MA 4DJWA 5P6OA 5P50A 3EKXA 3BUHA 1YG9A 4U7QA 4DJPA 4B77A 1IZDA 3PJ6A 4Y3QA 5P02A 1SDUA 1ER8E 1D4HA 4D88A 2FDPA 5P3GA 2F80A 3ECGA 5P3HA 1FQ6A 4K4RA 5HVPA 5P22A 4A4QA 5P6GA 3SA4A 3OGQA 4I10A 3ST5A 3QRVA 3S43B 4CPTA 1CPIA 1FLHA 4GMIA 5P1PA 3VCMA 4L6BA 4IVSA 1HPXA 5OZ1A 1HXWA 3NYGA 5P0FA 3RSVA 3IVHA 5P86A 1IIQA 5P7GA 5P1DA 5KR0A 5P8SA 1XE6A 2PSUA 2QK5A 5P7QA 3FNSA 1Z1RA 3H5BA 3NU6A 5P24A 5P48A 5BWYA 1B6LA 3ZPUA 2EWYA 4DUSA 3EBZA 4QJ7A 1A30A 4NKKA 1FQXA 2PSVA 1TQFA 3RTMA 4RCEA 3DV1A 5AHBA 2FMBA 1IDAA 5ISJA 1MTBA 1KJ4A 2BKSA 3BVBA 2WF3A 3OAGB 3INHA 3LIXA 3ZKIA 3I25A 1B6MA 2VJ9A 4K9HA 3VYDA 1OD1A 1DP5A 1ZAPA 3EXOA 3VG1A 5P5KA 1PPLE 2H6SA 5P42A 2AVQA 3K5FA 4Y3LA 3UQPA 4E43A 5DR1A 1B6JA 4H1EA 4B1CA 5P7TA 3EL5A 2R38A 2V10C 3QN8A 5P35A 2OHMA 3UQRA 4B0QA 3SM1A 1D4IA 4OBFA 4ZSQA 1KJGA 5COOA 1QDMA 1ZLFA 4TVHA 5P44A 5AH9A 3ZMGA 5P58A 1M4HA 4FRIA 5P0CA 5P89A 4Z22A 7UPJA 1ZPKA 2AOEA 4Q1NA 4UPJA 4I12A 1J71A 1MUIA 1T7IA 4J0PA 1G0VA 4RCFA 4DPIA 5I3VA 3SQFA 4J0YA 4EJ8A 4FE6A 5P0VA 5P13A 4H3FA 4Y3JA 2QAKA 4Y5NA 5P7IA 5P0BA 3T7QA 1RNEA 5P05A 3QI1A 3QAAA 2QZXA 4HLAA 1HIHA 1XE5A 5OZZA 4GB2A 2P3DA 1BWAA 3LPIA 1EBZA 3L5BA 4J0TA 4Y5KA 2J9KA 4DFGA 5P4LA 1UH8A 5P18A 4DV9A 1HPOA 1QBUA 3PGIA 4Y53A 5P2DA 1BXQA 2G69A 5P1YA 1PFZA 4OC6A 1D4KA 3URJA 4MC1A 5P43A 4CPXA 3EM6A 2ZJHA 5P2JA 3ZLQA 5P09A 4EQ0A 3LHGA 3UDPA 2PSGA 3OU4B 4Y4ZA 5COKA 1FB7A 2BBBA 5P5FA 5C9DA 2G94A 4I0DA 1MERA 2NMYA 4BFDA 2G1SA 4ZPGA 3RTHA 4L7JA 3MSLA 5P2VA 5P76A 4R91A 3HW1A 3TKGA 4FAFA 4CPSA 5CLMA 5HD0A 4LBTA 1BV7A 4BELA 4J1IA 5CONA 5OYXA 2I4DA 4AZYA 1AJXA 4OD9A 2AVSA 1XL5A 2FS4A 3UDMA 5T4SA 5KR1A 5P7EA 4JPCA 2J9JB 2JYSA 5OZXA 1LF3A 5HE7A 4I0HA 2HC0A 5P2HA 3PMUA 1EPOE 1PROA 3KT2A 5P7PA 2P3BA 4DJXA 3Q70A 3UFLA 2QCIA 3QBFA 5P0IA 2G21A 3TTPA 4KB9A 5P0QA 3O9HA 4L1AB 5P59A 5HE5A 4COEA 5P0RA 3OU3A 1NH0A 4J17A 3VV6A 4DJUA 3PWWA 5P2UA 1AXAA 5P72A 3CIBA 3IXKA 4K8SA 3TOGA 2AOGA 5P20A 4N00A 1MPPA 5P3PA 5KOSA 5EZXA 3VLBA 5ENKA 4S1GA 1HVJA 4QJ6A 3NXEA 3CIDA 3ZOVA 2ZDZA 2QNPA 2NNKA 3D3TA 4FLGA 4YDFA 3NU4A 2Q54A 3L58A 2R5QA 5P1HA 4Y3RA 5BRYA 5P5PA 2QI4A 3PWMA 3BC4A 4TRWA 1BWBA 3QS1A 3ZKMA 2V16C 5P0DA 1DAZC 3O9GA 1HTEA 1HPVA 1IBQA 3HD8A 5UPJA 2VIZA 2BB9A 1B11A 1OEXA 1T6GA 4EYRA 3GW5A 4RZ1A 5P7OA 3APPA 2AOIA 5P6SA 3EKPA 1HTRB 1NPWA 5BS4A 2RKFA 5P88A 5IE1A 4ER1E 4JOOA 3LZYA 3NUOA 4DQCA 2O4LA 3EKTA 1KZKA 2VJ6A 3G72A 4FM6A 3SM2A 4B78A 2QMPA 3NSHA 4U8WA 5P75A 5P1XA 5P74A 3EKVA 3SKGA 4OBHA 5P1UA 5P0WA 1KJHA 5P1TA 1AIDA 1JLDA 2OHTA 4HA5A 8HVPA 4NPTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3O9E A;  3K1W A;  5P61 A;  4Y54 A;  5P6L A;  1AAQ A;  4Y4D A;  1HVI A;  4IVT A;  3U7S A;  5P2X A;  7HVP A;  1QBT A;  1BDR A;  4OBG A;  5P6K A;  5DR7 A;  5P1J A;  5P5Y A;  2OAH A;  4ZSP A;  4APE A;  1LYB A;  5ISK A;  3OQD A;  2BPZ A;  3OOT A;  4RLD A;  5P87 A;  2QHZ A;  5P3S A;  1T3R A;  5OZK A;  5P65 A;  1MSM A;  5P01 A;  3O9L B;  3NU5 A;  2Z4O A;  1A8K A;  3EL4 A;  1SGZ A;  3M9F A;  3PWR A;  4CPR A;  4EJD A;  4AA8 A;  4LHH A;  5P26 A;  5P4W A;  4BFB A;  1FF0 C;  4J0V A;  4DH6 A;  4I0E A;  5JOD A;  5P6C A;  3RVI A;  2NMZ A;  2AVV A;  4PHV A;  5HDU A;  3SA6 A;  2IGY A;  4J1K A;  3NU3 A;  5P73 A;  5P7U A;  3FV3 A;  2XFJ A;  2ZJJ A;  3JW2 A;  1EC3 A;  5P4T A;  4F73 A;  5P77 A;  3TPL A;  4Y39 A;  1K2B A;  2ZHT A;  2FNT A;  1BDQ A;  2UPJ A;  4CMS A;  5P6J A;  3UF3 A;  5IVQ A;  3OXV A;  5HE4 A;  5P5X A;  4DQH A;  4OBK A;  2WED A;  4YE3 A;  1IVP A;  5P08 A;  5P8O A;  3OU1 A;  2XFI A;  4ZIP A;  2I0A A;  1HII A;  1W5V A;  3BGC A;  1MT7 A;  3SPK A;  5P4Y A;  5IVS A;  5SY2 A;  5P10 A;  2R3T A;  1ZJ7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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