4YCYA

Endothiapepsin in complex with fragment 218
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
323
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 83
structure length 323
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ycyA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ycyA01
3O9LB 4OC6B 1K6VA 5OZWA 5I3WA 4EP2A 1XDHA 4GJ7A 2NXMA 4Y3ZA 2BPZA 1MPPA 1BDQA 4RCEA 2P8HA 3ZKXA 2HS2A 2AZBA 3INEA 3NDTA 3ER5E 5P7ZA 4QJAA 5P28A 1QS8A 1C6XA 3GGXA 4D8CA 4Y51A 1HSHA 1AJXA 5P06A 2R8NA 4Y3MA 4DJWA 1QBSA 2PSGA 3TPRA 5P5IA 5P4SA 5P82A 5OYWA 1PPME 3OUDA 1A94A 1PFZA 2B42A 3PSYA 3TH9A 1HSIA 5P64A 5P6ZA 1HVIA 2JYSA 1D4LA 4PZXA 5P5DA 5P5XA 4GZFA 2NMZA 5E5KA 4AA9A 2QK5A 2QMFA 1G2KA 4B0QA 4CPQA 4J0TA 5P02A 2I4VA 2V13A 5F00A 5P2AA 1J71A 3SQFA 5P47A 4DJUA 3NUJA 4DJXA 4J0YA 4RCFA 5P6HA 3NDXA 4GYEA 5P87A 2G1YA 3RTMA 3D3TA 1HVHA 1FIVA 3GGAA 1MRWA 5P4UA 3UFLA 1W50A 1BDLA 3DV1A 5P18A 5P41A 3GI0A 5P5OA 3QBHA 4FAFA 5P56A 5P0TA 5FIVA 3HAWA 5P1ZA 3OHFA 4TVHA 5P1IA 2ER7E 2EWYA 3IVIA 5P4PA 1MUIA 3WB5A 5DPZA 4XKXA 6UPJA 5P5ZA 1K6CA 5SZ9A 4FSEA 4DJQA 3EKXA 2FDEA 5P7CA 3S56A 3OOZA 5P04A 4I0ZA 5OZGA 2UXZA 3GGVA 1MTRA 5P4IA 3OTYA 3K5FA 3I6OA 3PB5A 1MERA 5P6DA 4IVSA 4AZYA 1Z1HA 2ZDZA 5P1FA 2IENA 5P4BA 5P8DA 5OZUA 1IZHA 1T3RA 4OBFA 3OQFA 5KR1A 4LHHA 2WJOA 4Y5GA 5P85A 1U8GA 4FGXA 5P2QA 3NXEA 1KJFA 1TCWA 3SABA 1ODYA 4M8YA 1BVGA 5KAOA 5P0VA 1EPQE 4H1EA 2OHLA 5P4AA 3PRSA 5OZ9A 5P0WA 3PI5A 3L38A 2ER0E 5I70A 2XFJA 4GJDA 2G94A 5P26A 5OZMA 3KDCA 5E5JA 3LPJA 5SXNA 2WEBA 2FLEA 4FSLA 1YT9A 2OHNA 4QGIA 5IS4A 2RENA 1T6GA 4OD9A 5P1LA 2OF0A 5P1PA 3TTPA 2WEAA 2QZLA 1MIQA 3PWWA 4JECA 4U8WA 3PMUA 2NMYA 4J1FA 5P69A 2O4KA 2G1NA 1HHPA 1EPRE 3R1GB 3VF7A 2J9KA 4GB2A 1PROA 4L7HA 5B18A 5P0BA 1HRNA 3OU4B 4Y44A 1FG8C 4ER1E 5P3VA 3D1ZA 4L7JA 3UQWA 2QI5A 3O9BA 3WZ7A 4DPIA 3HZCA 3S45A 5P0YA 1FQ6A 1FQ8A 4FS4A 3NU5A 1FQXA 3D91A 3UDMA 3TL9A 4I11A 2XYFA 5P62A 3UDJA 2AOJA 4J17A 4YCKA 2FXDA 2G1RA 4I0IA 4BFDA 5P6JA 3APPA 4J0VA 4DJOA 1T7JA 1HXBA 1W6HA 5P6MA 5P4YA 3A2OA 5KQXA 1LV1A 5P32A 5P6WA 3LNKA 4Y9WA 1HIIA 5BS4A 4Y3FA 2FDDA 2PWRA 1YTHA 4Q1XA 3LINA 3T7XA 5P68A 2ZE1A 3ER3E 1TSQA 3PSGA 4DJRA 5P27A 3UHLA 3PEPA 1ZSRA 5P3OA 2G26A 2BPVA 3G70A 2PC0A 1EAGA 3SA5A 3DV5A 5P16A 3CYXA 4CPTA 5AH7A 1MSMA 2VJ7A 5P2VA 1SGUA 4HDFA 2BQVA 1T7IA 5P0NA 3QI1A 4RZ1A 5P40A 3R4BA 5P07A 3EKTA 2ZGAA 5OZ8A 4Q1NA 2ZJKA 2PQZA 4COEA 2F81A 1ENTE 3O9EA 1XN3A 1ODXA 1F7AA 5OZIA 1MT8A 2PSVA 2F3EA 5P2WA 5P7JA 5P25A 2ZJIA 5HU1A 5P1AA 3CKTA 1W5XA 5P5AA 1FMXA 5P4GA 3SLZA 1HEGE 5P4OA 1T7KA 2QI3A 3IN3A 5P5MA 3I2LA 5P45A 5P35A 4Y3GA 4CPUA 2FGVA 2Q3KA 4A6BA 3OUCA 1MESA 1TCXA 5OZOA 2R3TA 4MC1A 5P0IA 3ECGA 1HPXA 3NYGA 4Y4WA 5OZEA 5P5BA 5P1WA 1W51A 5P1GA 1CZIE 5COPA 5P2SA 3TNEA 1HPVA 1N49A 3FSMA 4Y53A 5P5WA 1K1TA 2AZ9A 4F74A 5IVSA 1META 3CIDA 1SDVA 1E5OE 1YTIA 2QZWA 5OZDA 5P0AA 3VCMA 4Y47A 3SA6A 5P3ZA 1EPOE 5ISJA 1AVFA 4OBZA 3VG1A 1AM5A 3KFPA 4ZE6A 5OYYA 5P5GA 3QROA 4DJVA 2APRA 1Z1RA 1D4HA 1GVWA 5P1NA 5P2TA 1AIDA 4K4PA 3UDYA 4FCOA 5P3EA 2H6SA 2B60A 4B00A 4IVTA 4BEKA 1F34A 4EJLA 2P4JA 3VUCA 1BBSA 2FDPA 5P65A 4WY1A 3KDBA 1XN2A 3VF3A 1ZJ7A 4Y38A 5P8SA 1HTEA 5P7KA 2AQUA 5P01A 4D83A 5P7GA 5OZ2A 2G21A 3O9LA 4FRSA 5P1SA 5P1XA 3Q70A 4R92A 5P84A 3OTSA 2WHHA 4KE0A 4DI2A 3EMYA 3EXOA 4FM8A 1SIVA 4APRE 2HB2A 2VS2A 3OOTA 3PBZA 3IXJA 5EZZA 4HLAA 4YD6A 5P75A 1G35A 5TOLA 4Z2ZA 3IGBA 4OBKA 5IE1A 2ANLA 4XXSA 1ZAPA 3VF5A 4JOOA 4FL8A 4EPJA 4YA8A 3VFBA 3I8WA 5P3TA 5P1VA 4EXGA 4QJ6A 5P7IA 2QU3A 4TRYA 5P8MA 1XL2A 4CKUA 1TW7A 4Y4TA 1LYBB 1QRPE 3HAUA 4ZSPA 1B5FB 3FNTA 1EPME 4Q1YA 5OZNA 5P0CA 2QNNA 5P29A 1HVJA 4I1CA 4OBGA 3VSWA 2R5QA 4YDGA 3UQUA 4PHVA 2QI1A 3TOGA 2F3FA 3PSUA 5P6YA 3Q3TA 4DQGA 3EKYA 5P8VA 5OZCA 2WEZA 2V10C 5P17A 4QLHA 5P2KA 3BRAA 1A9MA 1DAZC 3BGBA 5P2RA 2FGUA 4Z4XA 3PCWA 5P0DA 2VA6A 5CONA 3CYWA 5P8LA 4L7GA 1IIQA 2PYMA 2BBBA 5P3SA 2QNQA 4Y3XA 3PM4A 2WF2A 5DR1A 3CICA 4YD5A 4XX3A 5P24A 5OZPA 2PYNA 4HZTA 5C9FA 2WL0A 5KOQA 4D88A 4QJ8A 1WKRA 1CMSA 5P3MA 5P4CA 3L5BA 3EKPA 4AMTA 4Y3PA 3UTLA 4MC9A 4Y41A 2Q55A 5P19A 3TPLA 3PWMA 1B6KA 3OUBA 5P61A 3R2FA 2I0DA 4J1IA 4HA5A 3N4LA 5AH8A 3VYDA 3DJKA 5P2EA 1B11A 1HBVA 4LXAA 5P4HA 5OZ6A 5P00A 2FIVA 1D4YA 3LZSA 4X7IA 3MSLA 5P53A 2IQGA 5OZHA 3CKRA 3UQRA 5P3FA 2QI4A 1UPJA 4S1GA 3IXOA 3NLSA 5OZRA 5P6KA 5P4VA 2Q11A 5P4LA 3IAWA 1BXOA 2VIZA 4I8ZA 3VLAA 5P4MA 1BWBA 3MSKA 5P46A 5P52A 5DQ4A 2QU2A 3OQAA 5P1RA 3ZKGA 4YDFA 3FX5A 2PWCA 5P2YA 4Y3RA 3UDHA 1APWE 5P6GA 5P7FA 3OUAA 4GJCA 3L3AA 3QRMA 2ZHVA 2BKTA 5P55A 3OU4A 3EL0A 4D85A 1IVQA 2J9JA 2FMBA 2F80A 5HE5A 1EBKC 2NPHA 3LHGA 4OBDA 5P3PA 3UQXA 2QI7A 1AXAA 3KT5A 5EZXA 5P57A 5KQFA 4CPRA 3NR6A 4TRWA 2WF1A 3PJ6A 1UH7A 2VA7A 2VA5A 1FEJC 3JVYA 3GI4A 4Y6MA 3SM2A 1CPIA 4Y3HA 1PPKE 5P15A 2OHQA 3TPPA 5OZLA 3DUYA 4FRIA 4N00A 1RNEA 5P1BA 3QPJA 5SY3A 4F76A 3DOXA 2AOFA 4Y4ZA 4B1DA 2G27A 4L1AA 3NWQA 3LIQA 3VSXA 1MEUA 4LC7A 4H3FA 3PCZA 2G24A 4FM7A 3BVAA 2PK6A 3EM3A 5COKA 3TPJA 3JW2A 4BFBA 2AOGA 1E81E 2F3KA 3H5BA 3QAAA 2ZJNA 5P5QA 2AODA 2V0ZC 3DK1A 5P6CA 4AUCA 4ZLSA 4DQHA 4ER2E 2G1SA 1FQ4A 2NXDA 5P0SA 5P31A 3PBDA 4EWOA 4JPCA 3SKGA 4Y4XA 1W6IA 4A4QA 1YTGA 1TZSA 3EKWA 4ZIPA 1YX9A 2ZHRA 4Y3EA 1RPIA 4HE9A 4B05A 4Y50A 3SKFA 4NJTA 1E80E 1HTFA 4JP9A 2OHUA 1YTJA 5P8OA 5BRYA 2AVVA 3FKTA 3M9FA 4R5NA 2QI6A 5DQ1A 1G0VA 1HEFE 3ZKSA 2O4LA 2VIEA 5KR2A 2FNSA 3QRSA 1APVE 3D20A 4TVGA 5P20A 5OZQA 5P1DA 2HIZA 1B6PA 4HDPA 3B7VA 4Y5AA 3K1WA 1LYAB 1C6ZA 2RMPA 2BB9A 2SAMA 2J9JB 5OZTA 1B6MA 4Y5PA 5HTZA 3PLLA 2QP8A 3R0YA 2I4UA 3SM1A 3O9HA 1OEWA 3KMXA 2B8LA 1UH9A 3QVCA 1LF4A 5P08A 3O9IA 1NPAA 3OU1A 2QZXA 5I3XA 4DVFA 2IKOA 3EL9A 4Y3NA 3DM6A 3K5DA 1PSOE 1TQFA 5OYRA 5P5YA 3O9CA 5P58A 5JFPA 5I3VA 4XX4A 4CP7A 2QMPA 1W5VA 3K5GA 1FMBA 3OHHA 5P50A 2NTRA 3SFCA 2VIYA 4PYVA 4DQFA 4B1CA 4K4RA 1IBQA 4PEPA 2QD6A 4YCYA 1HPSA 4E43A 4L1AB 3MWSA 2P3CA 5P0PA 5P7VA 1MT9A 4YD4A 2O40A 3BUGA 5P7SA 5P1HA 3U7SA 1DIFA 1BILA 3HD8A 2Q5KA 2JXRA 4Y39A 5DR4A 1HPOA 4ZPGA 1A30A 3CMSA 4Y3LA 5P6RA 3OXWA 4YBFA 4K4QA 5P3YA 2BPWA 2HB3A 4PPHA 3VEUA 2BPXA 1APUE 3K4VC 4Y3SA 1BXQA 1KZKA 1DPJA 5P7MA 4BELA 4YE3A 5OZYA 5P2HA 4KUPA 6APRE 2WF3A 5P2NA 4Y5BA 4AA8A 5T4SA 3T11A 2NNKA 5P0ZA 5P1QA 1ZLFA 5P0HA 1IVPA 2ER9E 2QMDA 5P6SA 4RVIA 4FRKA 3F9QA 2JJJA 2Q15A 1Q9PA 4DJPA 3PGIA 5P7QA 5P3QA 5P6BA 3S7MA 4EJKA 3NU6A 4B78A 1QDMA 3LIZA 4B1EA 1A8KA 2IL2A 5P6PA 2QAKA 1LYBA 1SH9A 1B5FA 5P78A 1UH8A 5P8TA 1K6PA 4J1KA 3KDDA 5HDXA 4Y4DA 5DGUA 5OZ5A 5P74A 1BVEA 5P8JA 5OZSA 1LYWA 5DR8A 3G6ZA 5AH9A 5P0JA 2NR6A 1JLDA 3INDA 3QN8A 5KR8A 5HCOA 5SY2A 4ACUA 1AAQA 5HDZA 1YG9A 5HE4A 3TOFA 4JPEA 3UF3A 4RCDA 4LAPA 3VV6A 3OU3A 3RU1A 3OU1B 3U6AA 4J54A 5P5JA 2NNPA 5P1TA 4EHCA 1GNMA 2AOEA 5P6AA 2OHRA 3EKVA 4EXHA 3S53A 3S8IA 2XFIA 1ME6A 4ZPEA 1YM4A 1XS7D 1GNNA 1K2BA 4FE6A 5P3BA 2A4FA 5P6FA 3DCRA 4Y3TA 3SO9A 4DJYA 1BDRA 3KM4A 4J55A 1ZPKA 2JE4A 5P2JA 5OZ1A 2QI0A 3ZKNA 2AZ8A 5P34A 3BGCA 4I10A 1HTRB 3LZUA 4Y4BA 3RTHA 3KFRA 1VIKA 5OYUA 5P60A 4K9HA 3S7LA 2VNNA 3CIBA 1HWRA 3HW1A 3KFSA 5P5FA 5P7BA 5P81A 5CLMA 1FG6C 3OXXA 1HVKA 2IS0A 1KJ4A 5ER2E 5P03A 1HXWA 5P2DA 5HU0A 1FGCC 2V16C 4J1EA 5KQYA 1BV7A 2IGXA 5P6NA 1HOSA 1VIJA 5JG1A 2I4XA 5P0RA 2BJUA 4Y3DA 5P09A 3DCKA 4Y5LA 4HVPA 5OZZA 2AVQA 5P0EA 5P0MA 3O9FA 5P0XA 2NXLA 2AOIA 4B70A 3QS1A 2P83A 1IDBA 3ST5A 2QHYA 1XE5A 5OYZA 5P79A 4DQEA 2V00A 1QBRA 3EC0A 1GVUA 4Y57A 4Y3AA 3UFNA 3QBFA 4LL3A 5P4QA 1LF3A 5P05A 3APRE 3AUPA 5P42A 3OXVA 4RYGA 1GVTA 1M0BA 5P5HA 5P5LA 5P8BA 5P7UA 1HSGA 1IZIA 3L5CA 5P70A 3HLOA 5P37A 1LYWB 1W5WA 5P33A 1HVCA 2BPYA 2IRZA 1GVVA 3OQKA 5ENMA 1EC2A 1FMUA 5P8KA 3EM6A 1K1UA 5P7TA 4LXMA 5HD0A 1T6EX 4GJAA 4DV9A 4HDBA 2HB4A 4EJ8A 4EYRA 5P5RA 2WF4A 2R38A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3O9L B;  4OC6 B;  1K6V A;  5OZW A;  5I3W A;  4EP2 A;  1XDH A;  4GJ7 A;  2NXM A;  4Y3Z A;  2BPZ A;  1MPP A;  1BDQ A;  4RCE A;  2P8H A;  3ZKX A;  2HS2 A;  2AZB A;  3INE A;  3NDT A;  3ER5 E;  5P7Z A;  4QJA A;  5P28 A;  1QS8 A;  1C6X A;  3GGX A;  4D8C A;  4Y51 A;  1HSH A;  1AJX A;  5P06 A;  2R8N A;  4Y3M A;  4DJW A;  1QBS A;  2PSG A;  3TPR A;  5P5I A;  5P4S A;  5P82 A;  5OYW A;  1PPM E;  3OUD A;  1A94 A;  1PFZ A;  2B42 A;  3PSY A;  3TH9 A;  1HSI A;  5P64 A;  5P6Z A;  1HVI A;  2JYS A;  1D4L A;  4PZX A;  5P5D A;  5P5X A;  4GZF A;  2NMZ A;  5E5K A;  4AA9 A;  2QK5 A;  2QMF A;  1G2K A;  4B0Q A;  4CPQ A;  4J0T A;  5P02 A;  2I4V A;  2V13 A;  5F00 A;  5P2A A;  1J71 A;  3SQF A;  5P47 A;  4DJU A;  3NUJ A;  4DJX A;  4J0Y A;  4RCF A;  5P6H A;  3NDX A;  4GYE A;  5P87 A;  2G1Y A;  3RTM A;  3D3T A;  1HVH A;  1FIV A;  3GGA A;  1MRW A;  5P4U A;  3UFL A;  1W50 A;  1BDL A;  3DV1 A;  5P18 A;  5P41 A;  3GI0 A;  5P5O A;  3QBH A;  4FAF A;  5P56 A;  5P0T A;  5FIV A;  3HAW A;  5P1Z A;  3OHF A;  4TVH A;  5P1I A;  2ER7 E;  2EWY A;  3IVI A;  5P4P A;  1MUI A;  3WB5 A;  5DPZ A;  4XKX A;  6UPJ A;  5P5Z A;  1K6C A;  5SZ9 A;  4FSE A;  4DJQ A;  3EKX A;  2FDE A;  5P7C A;  3S56 A;  3OOZ A;  5P04 A;  4I0Z A;  5OZG A;  2UXZ A;  3GGV A;  1MTR A;  5P4I A;  3OTY A;  3K5F A;  3I6O A;  3PB5 A;  1MER A;  5P6D A;  4IVS A;  4AZY A;  1Z1H A;  2ZDZ A;  5P1F A;  2IEN A;  5P4B A;  5P8D A;  5OZU A;  1IZH A;  1T3R A;  4OBF A;  3OQF A;  5KR1 A;  4LHH A;  2WJO A;  4Y5G A;  5P85 A;  1U8G A;  4FGX A;  5P2Q A;  3NXE A;  1KJF A;  1TCW A;  3SAB A;  1ODY A;  4M8Y A;  1BVG A;  5KAO A;  5P0V A;  1EPQ E;  4H1E A;  2OHL A;  5P4A A;  3PRS A;  5OZ9 A;  5P0W A;  3PI5 A;  3L38 A;  2ER0 E;  5I70 A;  2XFJ A;  4GJD A;  2G94 A;  5P26 A;  5OZM A;  3KDC A;  5E5J A;  3LPJ A;  5SXN A;  2WEB A;  2FLE A;  4FSL A;  1YT9 A;  2OHN A;  4QGI A;  5IS4 A;  2REN A;  1T6G A;  4OD9 A;  5P1L A;  2OF0 A;  5P1P A;  3TTP A;  2WEA A;  2QZL A;  1MIQ A;  3PWW A;  4JEC A;  4U8W A;  3PMU A;  2NMY A;  4J1F A;  5P69 A;  2O4K A;  2G1N A;  1HHP A;  1EPR E;  3R1G B;  3VF7 A;  2J9K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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