4YDFA

Crystal structure of compound 9 in complex with htlv-1 protease
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
PVIPLDPARRPVIKAQVDTQTSHPKTIEALLDTGADMTVIPIALFSSNTPLKNTSVLGAGGQTQDHFKLTSLPVLIRLPFRTTPIVLTSCLVDTKNNWAIIGRDALQQCQGVLYLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Privileged Structures Meet Human T-Cell Leukemia Virus-1 (HTLV-1): C2-Symmetric 3,4-Disubstituted Pyrrolidines as Nonpeptidic HTLV-1 Protease Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human t-lymphotropic virus 1
molecule keywords HTLV-1 Protease
total genus 20
structure length 116
sequence length 116
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ydfA00
3LPJA 3RTNA 1A8GA 5AH8A 2I4UA 5P2ZA 5P0QA 4EP2A 5P19A 4YCYA 3VLBA 2FNTA 3G72A 5COPA 1LF2A 3PGIA 1D4YA 3TNEA 2VNMA 4Y9WA 3KT5A 5P75A 2G24A 5P74A 2VA5A 1GVWA 5OZAA 7UPJA 4ZLSA 5P45A 2APRA 1SGZA 3CYXA 3D1XA 4RYCA 5P44A 5DQ1A 4AA8A 5P4CA 3G70A 2PSGA 2UXZA 5P4PA 1Z8CA 3TH9A 5EZXA 5P71A 2F3KA 1ER8E 2B7FA 2QI5A 1ZJ7A 5P85A 4J1EA 5P26A 2H6TA 5P3DA 4Y57A 5F01A 5P66A 5P1CA 5P4QA 5EZZA 3TOHA 3ZKGA 5P0NA 4BFDA 3LZVA 5OZ2A 2VJ7A 1ZBGA 2V10C 3UCBA 5P89A 1LYWB 5P1JA 1WBKA 1LEEA 2IGYA 1BDRA 4ZE6A 3KMYA 4Y3NA 5SZ9A 3VUCA 5P0PA 2PC0A 2OHSA 2NNKA 4H3GA 5P68A 2QD7A 2IGXA 5P7QA 4AZYA 5P7TA 5P4IA 3T3CA 2ZJLA 1D4JA 5OZKA 1LF4A 5P3EA 4FS4A 3VF5A 4Y48A 2RMPA 1HTFA 4ZPEA 5OZXA 2BKTA 3ZPSA 5P6WA 4PHVA 1C6ZA 3QRSA 3PI0A 5P4GA 4Y35A 4K4QA 3MSLA 5P8BA 3BXRA 3EM3A 4GYEA 3KFNA 3WB5A 5P7AA 3DV5A 4DUSA 1TQFA 4K4PA 5HVPA 4Y43A 1K2BA 5DR3A 5P6VA 3BXSA 2IKUA 2QZLA 4KE0A 4Y3ZA 5P0WA 4J1KA 5DR0A 5HDXA 4I8ZA 3R1GB 3QRMA 3EBZA 3UDNA 3KA2A 5P29A 3QP0A 2QP8A 5P3UA 5P1SA 1VIKA 2BPZA 4EXGA 5P7WA 3EXOA 4K9HA 3OY4A 1MTBA 5P3FA 1HRNA 4Y6MA 2HM1A 2AZBA 5P6XA 4YOAA 3S54A 4J0VA 1BV9A 5P7LA 4EJDA 1B6LA 4DPIA 3G6ZA 2BKSA 2Q11A 5P2IA 5OZDA 4OC6A 2O40A 1IBQA 5DGUA 3PBZA 4Y3HA 2F80A 2BPXA 4EJLA 1RNEA 2AOGA 5C9DA 4Y3EA 5C9FA 2VA7A 2JE4A 5P6IA 1HPOA 1GNMA 4PZWA 3ZKMA 5P2TA 5P2BA 5P5OA 3OAGB 3VV6A 4APEA 3GI0A 5P4XA 5P5TA 5P3JA 5T4SA 4H3FA 1LS5A 2QU2A 2ASIA 1HPSA 3O9CA 4XX3A 4FAFA 4R5NA 4XX4A 1LYAB 2WF0A 3HDKA 3TLHA 2WEBA 4EYRA 4H3IA 2PSVA 4Y5LA 5OZEA 1A30A 4I0DA 5OZ0A 4NPTA 4OBHA 4YD4A 1GNOA 1LV1A 1GVUA 1W5VA 2G69A 1FQ5A 4OBDA 5P0TA 2WHHA 3EL0A 5P51A 1MUIA 5P34A 1HSHA 4Y3MA 5OZIA 5OYZA 5P63A 3I2LA 2P83A 1QBRA 1LYBB 2QMGA 3UDMA 1W6HA 1EPQE 4MC2A 5OZGA 3T6IA 3OQFA 4J1HA 1T3RA 1D4LA 4J0ZA 1FQ6A 3VV8A 3L5CA 3WZ6A 2QI6A 5P8IA 5DQCA 2G22A 5I3VA 2ZJMA 3QPJA 1M4HA 2WKZA 3PMYA 1TW7A 5FIVA 5COKA 3QBHA 1MVPA 4GJ5A 1UH8A 3ER3E 4L1AB 3O9IA 5P0UA 5P4NA 5P5IA 4COEA 5OZMA 3PHVA 3T11A 4YHQA 3R0YA 1PROA 5P3QA 4Q1WA 1T7JA 3OTYA 2OHKA 5P5FA 5P52A 3INFA 1HVKA 3IA9A 5SY2A 3INEA 1B6MA 3URIA 3O9DA 1SMEA 1IDBA 2QI7A 4DJOA 1ZSRA 3GGVA 5DGWA 3IN4A 5F00A 4L7HA 5P5ZA 1EPLE 1XDHA 5P2MA 3EKXA 5OZTA 4ZSMA 4FM7A 5E5JA 5OZSA 5P60A 5OZWA 5P72A 4YD7A 3D1YA 1MTRA 3NXNA 2G1SA 3SLZA 3UDHA 4FE6A 5P1MA 4EP3A 3FNSA 3FV3A 1EPNE 1HHPA 1NPWA 1W50A 3OWNA 2R3TA 3LPIA 3ER5E 4YE3A 1SIPA 4ZIPA 1HTGA 3NXEA 1G2KA 1OD1A 4MC9A 5P0CA 5P6MA 3OXWA 2P3BB 4FL8A 5P0JA 1K6PA 3EL9A 2OHNA 3OAGA 1HTEA 2SAMA 3WSJA 5P8HA 3F9QA 2OF0A 3HBOA 3DM6A 2FDEA 4IVSA 1CPIA 4EXHA 4I0JA 1WKRA 2BQVA 4A4QA 1BBSA 2PYMA 3GI6A 4Y5BA 5IE1A 5P8UA 2O4SA 1RV7A 3OQAA 1EBYA 3PJ6A 6APRE 5P5LA 2P3DA 5OZJA 3OXXA 2VJ9A 5P8VA 1M0BA 5P3CA 3MWSA 4Y45A 1AVFA 1AAQA 4KB9A 1RL8A 4B1DA 5OYXA 5P1VA 5P4EA 5P8FA 3UQXA 4GJ6A 4JP9A 2I4DA 4DPFA 4R95A 5P0MA 1PPKE 4YCKA 2XFJA 3OHFA 1KJGA 3OUAA 2G20A 4D85A 4CPWA 1K6VA 5P41A 5P6RA 4Y41A 3FNTA 4YBFA 3VF7A 5P04A 3K1WA 2FMBA 1W6IA 2R5PA 4JOOA 3KFRA 3NSHA 1HEFE 1BDLA 2HB2A 3UHLA 3HW1A 5P4RA 4IVTA 5SXNA 5P5KA 5P86A 4RVXA 5P8TA 5P4DA 3L5EA 1FFFC 4YDFA 1FB7A 1TSUA 4J1FA 1SIVA 5P6PA 1QBSA 1G6LA 3HZCA 5KAOA 4R91A 3L38A 5OZFA 1SGUA 5HDUA 2PWCA 1JLDA 5P3HA 3WZ7A 2XFKA 5P1QA 5P5NA 1W51A 4Y4TA 5P0OA 3ZKXA 3ZKIA 2FNSA 2F81A 4J0PA 2VKMA 3EKVA 5P3SA 1HSGA 2WF3A 4J54A 3O9LB 5OYRA 1T7KA 5P6LA 2HPFA 2QI0A 1HPVA 1APUE 1APVE 2BB9A 1U8GA 4RCDA 5P6ZA 3NU5A 2NMZA 4BEKA 1NSOA 2ZE1A 4LC7A 3L5FA 3OGPA 1LF3A 5OZQA 2QI4A 4Y5AA 1AIDA 1SH9A 4I0HA 3HAWA 5P5AA 1ENTE 4RRNA 2O4NA 3HVPA 4YD5A 5OZPA 5P8MA 1DMPA 3L5BA 5OZNA 4HZTA 2FLEA 5HU1A 5DR1A 2G1RA 2AOFA 3S2OA 4OBZA 4GJ8A 1XL2A 2NTRA 3OUBA 2J9JB 2QCIA 3NR6A 5P4VA 5P76A 2FGUA 3NU3A 3LINA 4LXAA 5P7JA 3EKYA 2FS4A 2WF4A 1SMRA 3QVIA 2OHPA 1HXBA 4Y39A 3WB4A 2BBBA 5P2UA 2V12C 3SPKA 1IZDA 2PH6A 4Y4XA 5P3BA 2I1AA 4BELA 3IAWA 3EL5A 3EC0A 4CPQA 1YTGA 2HPEA 3TPJA 3GGXA 5DR7A 4Y58A 4OBJA 5OZ8A 3VV7A 2VIYA 5OZ7A 2V13A 5P0IA 3VSWA 2IQGA 4YOBA 1WBMA 4I8WA 4YD6A 3RVIA 2I4WA 2Z4OA 4RLDA 5P57A 3O9HA 4Y3SA 3S43B 4EHCA 3BUHA 4EQJA 3EKQA 4DQCA 1FQ4A 3NYGA 2ANLA 4DJRA 5AHCA 2MIPA 1E5OE 3I25A 4ACXA 4J0TA 4HEGA 3L5DA 4LP9A 2ZDZA 5P1HA 1EPPE 2RKGA 2AVVA 3BHEA 5P6JA 3S7MA 4CPRA 2O4PA 5P79A 5P16A 2NMYA 2IS0A 3DK1A 4I0GA 2OHUA 2R8NA 4Y3LA 1FMUA 2NNPA 3AIDA 5P4MA 4Y4EA 1T7IA 5P6OA 1ZPKA 2VJ6A 1ODWA 4J5JA 5OZUA 5P3MA 2ZHRA 3PVKA 1RPIA 5P62A 3O9LA 1ZLFA 3SM2A 3UPJA 2QAKA 1HVCA 5P2YA 1GVVA 4Y44A 2G1YA 5P6FA 2WEZA 5P88A 1FMBA 2P8HA 2AOCA 4EPJA 4GB2A 1DAZC 5P64A 4NJSA 1KJHA 1FQ8A 5P2CA 3DCKA 4NPUA 5P10A 5ENKA 2HIZA 2AOHA 2Q54A 3SA9A 4H1EA 5P22A 4Y56A 2PK6A 1UPJA 4NJTA 4K4RA 1XE5A 1GKTA 4TRWA 3FIVA 3ST5A 4Y3WA 5OYVA 3OQ7A 3PBDA 5P7PA 1A94A 5P7GA 4KE1A 3NUJA 4PYVA 2B8VA 3VFBA 3BGBA 4RROA 4CPSA 3LNKA 5P5DA 1APWE 2AZCA 5P83A 2QHCA 1DIFA 2QI1A 4DQGA 3UDKA 4HDPA 2PYNA 3LIZA 2QZXA 3U71A 3QS1A 3PB5A 3RTMA 3SA8A 4FSLA 1EC1A 2AVOA 5P5WA 3O9AA 5KQXA 2QNQA 2I0AA 4DJQA 4QJ8A 2G26A 4J1CA 2BPYA 4RRSA 4B70A 5HE4A 5P13A 5P2NA 3T7XA 4GJ9A 4B78A 2QNPA 1BAIA 3U6AA 4CMSA 2HB3A 4GJCA 5OYWA 5KQYA 1ODYA 3U7SA 3I7EA 1KJ4A 4B00A 2AOJA 4RVJA 2ER0E 5P8SA 1EEDP 1MEUA 3DOXA 2XFIA 4NKKA 5P30A 1ZSFA 1G0VA 4TVHA 2QHYA 4FRJA 1IIQA 1MRWA 3PEPA 5P4KA 5P6NA 5KR8A 1FG8C 4HA5A 4Q5MA 3K5CA 3OOZA 5P5HA 5DQ5A 5P03A 5E5KA 5P01A 2WEAA 3VLAA 4HLAA 4DJUA 2P4JA 4DI2A 3QIHA 5P1XA 3URLA 3KYRA 3D91A 5AH9A 4XKXA 3LHGA 5P4TA 1GNNA 2FIVA 5P2SA 5P54A 5P8OA 4FIVA 3ECGA 2XYEA 1APTE 2AQUA 3FSMA 5P0GA 5P2RA 5P1NA 1BWBA 3SABA 2UPJA 1LYWA 5AH7A 1KJ7A 2ZHSA 4Y3RA 5P78A 5B18A 3OU3A 4GIDA 4APRE 2B42A 3ZL7A 1TCWA 2ZHVA 4RZ1A 2I4XA 5OZ4A 2QHZA 2ZJNA 3BUFA 5P4FA 4B0QA 1D4HA 4ZEAA 1ODXA 1D4IA 1TSQA 3NU9A 4CP7A 3PLLA 3S56A 5P08A 2F3FA 5P3TA 3TOGA 1YM2A 2ZJJA 2PWRA 5P5RA 3CKPA 5P3OA 1IVQA 1MESA 2PK5A 1EC3A 3QVCA 4Q1XA 5SY3A 3B7VA 4I0EA 3CKRA 3HD8A 1BVGA 4YBIA 2A4FA 5P0XA 4DH6A 4WTUA 3KT2A 3URJA 5P5PA 1FFIC 3S53A 2ER6E 3WZ8A 5P48A 3UDJA 1XN2A 5HTZA 2R5QA 5P81A 5OYYA 1FKNA 5OZVA 1E81E 3LIVA 4GJAA 5P02A 2O4LA 5P7MA 2AOEA 5ENMA 3TOFA 5P7RA 2Q5KA 4OD9B 3R0WA 1YTJA 4B72A 5P7IA 4Y5EA 2RENA 4Y4BA 2OAHA 4N00A 5P4BA 3ZLQA 5P1ZA 2G94A 4Y3FA 3EKPA 1FQXA 2VS2A 5OZLA 3SAAA 5P3XA 3CKTA 4Y4AA 3SA4A 4TVGA 5OZ1A 3KDCA 1B11A 3I8WA 5C9BA 4QJ7A 3EM6A 1HEGE 3VG1A 1PPLE 1PSAA 4JECA 4Y3TA 5P7CA 1FGCC 5P3YA 4KUPA 3LITA 5P0FA 1BXQA 5P43A 1NPAA 1YT9A 2WJOA 3L59A 3OU1B 2AZ8A 3UDQA 1QBUA 4CPUA 2ZGAA 5P3IA 5P3LA 1MT7A 2I0DA 1BDQA 5P8NA 4DQEA 1Z1RA 3MXDA 1GVTA 3OUCA 3UF3A 1LYAA 1BILA 1QBTA 3UQUA 4X2LA 3VFAA 3PI5A 5OYTA 1FIVA 1F7AA 2H6SA 1AJXA 5P5XA 2UY0A 5JFPA 5P3VA 5OZZA 3N3IA 4TRZA 4FRIA 4LHHA 3EM4A 4Y3PA 3MSKA 1QDMA 5KR2A 3PMUA 3SQFA 1MT9A 5P0YA 3I6OA 1W5WA 4LXMA 3SO9A 3VYEA 1BV7A 5P7VA 1EBZA 2P3AA 2Q55A 1HVRA 3NUOA 3KMXA 1PSOE 3NDTA 5P5YA 1LYBA 2VNNA 1HIVA 2R43A 3IN3A 5AHBA 5P7HA 3OADB 3UQPA 4Y5CA 3QN8A 3KFPA 1TCXA 1C6YA 2FDDA 3K4VA 2V0ZC 4B05A 3BVBA 5P8AA 5P33A 1E82E 4AMTA 3LIYA 3VEUA 3VSXA 5P8PA 3Q6YA 1A9MA 1VIJA 2IKOA 3ZOVA 5P06A 4R93A 4DVFA 4JPEA 1EBWA 4Y47A 5P67A 5I3XA 5P5QA 5P3PA 5OZCA 2ER9E 3RSXA 3DCRA 1HOSA 5P7YA 4L1AA 3ZMGA 5P05A 4S1GA 3IXJA 5P6GA 5P7OA 5APRE 1EAGA 1QS8A 4OBFA 2Q3KA 1PFZA 4Y3GA 5KR0A 5AH6A 1HXWA 4Y54A 4LL3A 5P17A 5P3AA 1MSMA 5P4ZA 4ZPFA 2R9BA 3GGAA 1MT8A 3JW2A 3ZKQA 4DJPA 3TPPA 1W5YA 5HE5A 4E43A 5BS4A 5P8CA 4UPJA 3CIBA 5P46A 5P5UA 1BXOA 5I3WA 3UFLA 5P5SA 5P87A 2Q63A 2QD8A 3K4VC 3L3AA 3NLSA 1MERA 1DP5A 3VF3A 5P3NA 5P7FA 4Y53A 2ZJKA 3UFNA 1K1UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3LPJ A;  3RTN A;  1A8G A;  5AH8 A;  2I4U A;  5P2Z A;  5P0Q A;  4EP2 A;  5P19 A;  4YCY A;  3VLB A;  2FNT A;  3G72 A;  5COP A;  1LF2 A;  3PGI A;  1D4Y A;  3TNE A;  2VNM A;  4Y9W A;  3KT5 A;  5P75 A;  2G24 A;  5P74 A;  2VA5 A;  1GVW A;  5OZA A;  7UPJ A;  4ZLS A;  5P45 A;  2APR A;  1SGZ A;  3CYX A;  3D1X A;  4RYC A;  5P44 A;  5DQ1 A;  4AA8 A;  5P4C A;  3G70 A;  2PSG A;  2UXZ A;  5P4P A;  1Z8C A;  3TH9 A;  5EZX A;  5P71 A;  2F3K A;  1ER8 E;  2B7F A;  2QI5 A;  1ZJ7 A;  5P85 A;  4J1E A;  5P26 A;  2H6T A;  5P3D A;  4Y57 A;  5F01 A;  5P66 A;  5P1C A;  5P4Q A;  5EZZ A;  3TOH A;  3ZKG A;  5P0N A;  4BFD A;  3LZV A;  5OZ2 A;  2VJ7 A;  1ZBG A;  2V10 C;  3UCB A;  5P89 A;  1LYW B;  5P1J A;  1WBK A;  1LEE A;  2IGY A;  1BDR A;  4ZE6 A;  3KMY A;  4Y3N A;  5SZ9 A;  3VUC A;  5P0P A;  2PC0 A;  2OHS A;  2NNK A;  4H3G A;  5P68 A;  2QD7 A;  2IGX A;  5P7Q A;  4AZY A;  5P7T A;  5P4I A;  3T3C A;  2ZJL A;  1D4J A;  5OZK A;  1LF4 A;  5P3E A;  4FS4 A;  3VF5 A;  4Y48 A;  2RMP A;  1HTF A;  4ZPE A;  5OZX A;  2BKT A;  3ZPS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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