4YDGA

Crystal structure of compound 10 in complex with htlv-1 protease
Total Genus 21
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
21
sequence length
116
structure length
108
Chain Sequence
PVIPLDPARRPVIKAQVDTQTSHPKTIEALLDTGADMTVIPIALFSSNTPLKNTTQDHFKLTSLPVLIRLPFRTTPIVLTSCLVDTKNNWAIIGRDALQQCQGVLYLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Privileged Structures Meet Human T-Cell Leukemia Virus-1 (HTLV-1): C2-Symmetric 3,4-Disubstituted Pyrrolidines as Nonpeptidic HTLV-1 Protease Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human t-cell leukemia virus 1 (strain japan atk-1 subtype a)
molecule keywords HTLV-1 protease
total genus 21
structure length 108
sequence length 116
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ydgA00
4I0JA 5P0WA 3PEPA 5P2GA 5DR3A 5P8LA 4Y5LA 1GNMA 5P5RA 1YTIA 5P64A 3G70A 5P8BA 5P4LA 5P0DA 1T7JA 5P5ZA 3SAAA 1HOSA 5EZZA 5OYVA 5P8TA 3VYDA 4D88A 2P3DA 3S2OA 4Y3FA 5OYZA 3A2OA 1SDVA 5P6GA 4A6BA 4Q1XA 4FAFA 6UPJA 4GYEA 4J17A 1HTRB 1EPRE 3VF3A 2ZJJA 2B8VA 5P70A 1HVRA 3K5DA 5P7IA 3GI5A 5P4GA 1JLDA 3K5GA 5P4VA 1GVWA 1XN3A 3PI0A 3OHFA 2OHPA 2Q3KA 1ZAPA 1IVPA 5P0XA 1KZKA 4EJLA 3QROA 2ZJHA 4FIVA 1E82E 4R91A 5P36A 3B80A 5P6HA 5P8UA 4I1CA 4U8WA 2VA7A 5P79A 5P5GA 3VLAA 3LHGA 1FMXA 2WJOA 5P8NA 5P0RA 4DJWA 4H3IA 1LYWA 3TOGA 5P2IA 4Y3PA 3EM3A 2RKGA 4J0ZA 5P53A 5P3OA 3QN8A 3LITA 2HM1A 4Y5CA 3RTMA 3VYEA 2QHYA 5P7UA 2QU2A 1M43A 1DIFA 5P39A 2P3AA 1APUE 1BIMA 4APRE 3UDYA 3T7QA 4OC6B 1HPXA 3VUCA 4D83A 2QD6A 1MPPA 7UPJA 2NXMA 5P4PA 4GJAA 3S7MA 3UQWA 2J9KA 3SA9A 1TSUA 1EPLE 5P40A 2BPYA 5P1WA 3UFLA 1HTEA 4B00A 3SM1A 3IVHA 5P0IA 3AIDA 3HW1A 2QK5A 4X2LA 3LNKA 5UPJA 2F3EA 5OZ0A 5P73A 3O9LB 1HIIA 3OQDA 1EBKC 1ODYA 3O9CA 2Q5KA 4YCKA 3U6AA 2I0DA 4Z2ZA 5P1DA 1TCWA 4NJUA 1OEWA 4OBDA 5OZ1A 1ODXA 2VIEA 4Y51A 4QJ9A 3IAWA 1SIVA 4FM6A 4DH6A 3QRVA 1GNOA 4BEKA 2UXZA 4L1AB 1BXQA 3O9GA 3NLSA 5P6NA 5P5FA 5P2DA 8HVPA 1MRXA 1EPME 5P8PA 1HIVA 2ZHSA 3T7XA 2XFKA 5OZEA 1HHPA 5P3YA 5P4QA 5P8KA 5P41A 4Y3WA 5OZ8A 3ST5A 2A1EA 4XX3A 4ZPEA 1CPIA 3D20A 4RCFA 5P8DA 3FNUA 1ZTZA 5OZCA 3L59A 4PYVA 3TPPA 5IVTA 3CMSA 2I4WA 2WF3A 3D91A 5P6KA 5OZNA 4B72A 1SIPA 5P8QA 5P1HA 4YD4A 3BHEA 5OYXA 4ZSQA 5P0BA 3S56A 3Q4BA 5OYQA 3CIDA 2QZKA 5P1QA 1MTBA 5P74A 4R8YA 1MUIA 4Q1WA 5P2YA 3T11A 3PCWA 3Q3TA 5I3VA 1EPNE 3OY4A 3NXNA 3R0YA 5P7WA 5P8VA 2V13A 4AA9A 3HDKA 2IGXA 3ZPUA 4RCDA 1SMEA 5P78A 5P44A 5P0VA 3AUPA 5P6SA 2QI4A 3NUJA 4J1HA 2NXDA 5P2BA 5P0PA 1HIHA 2WEBA 4NJVA 3HVGA 5P24A 1B5FA 2PQZA 1QBRA 5P15A 3VEUA 5P42A 1HXWA 5P1NA 1YTGA 1KJHA 1HSIA 3KDCA 1AJXA 2VS2A 4CPUA 1RQ9A 3DCKA 3FX5A 1B11A 5P00A 4YOAA 4Y4JA 1HPOA 5TOLA 2G1YA 2B7FA 2VNNA 5C9FA 1EC0A 3OK9A 3O9AA 4KE0A 4YOBA 3ER3E 1LF2A 2IS0A 3UDHA 5P2AA 5P5XA 5P1KA 1IZHA 4ER2E 3LIVA 3TKWA 1K6CA 4Y5PA 2QZLA 5P7FA 3UDJA 4J55A 5P1JA 6FIVA 3OTSA 5OZQA 4ZSRA 1HXBA 5P3PA 1F7AA 1B6LA 2AODA 4ZE6A 1UH8A 3BRAA 4DQEA 2WEAA 4LL3A 5P2LA 4RRSA 3KMYA 4Y5NA 5P2CA 5HCOA 3PSUA 5P4RA 5P2OA 5P1VA 5P1SA 5P6AA 3K4VA 1LYWB 1KJ7A 5CLMA 4Y45A 3PM4A 3O9EA 3BVAA 5OZ9A 4YD3A 2PWRA 3OADA 2AOJA 1TQFA 3VF7A 3EL5A 5P62A 5P7LA 1EC2A 3UPJA 5B18A 2B42A 5KAOA 4Y4UA 3L5EA 3FSMA 3NWXA 4JPEA 4I0GA 1PPME 2ER6E 1GVTA 2AIDA 1IZDA 1BV7A 2A4FA 4YCYA 4I8WA 4DQGA 4FM8A 2WF0A 1HVIA 2NNKA 5E5KA 2FGVA 2ZHVA 5F00A 1LEEA 2Q11A 5P6BA 2F81A 4AZYA 4Y3GA 5JFPA 3UDNA 3CYXA 4IVSA 4DQHA 3NU3A 3QBHA 4LBTA 2Q63A 2I4QA 5P58A 1YX9A 2EWYA 1QS8A 5P61A 3NXEA 1HBVA 3RVIA 5KQZA 2CEMA 4RRNA 3ZKMA 1A9MA 3FNTA 5KR1A 5P02A 5P0NA 5EZXA 2V0ZC 1W5WA 4Y4DA 5P3TA 1NPWA 1PFZA 2VNMA 5P5KA 5P09A 5P0ZA 4D85A 3NDWA 3KF0A 1EBZA 2BPXA 4ZEAA 1C6ZA 3GGUA 5P4CA 5P5TA 3UTLA 2PYMA 1FMBA 5OZYA 5P5HA 5P4TA 2BBBA 4DJYA 2G69A 5OZWA 1M4HA 5P7NA 5E5JA 5P45A 4S1GA 2QI1A 5P31A 4K9HA 5P7AA 4QJAA 4R95A 1ER8E 3JW2A 2RKFA 2ZJIA 5P6XA 4HVPA 4H3GA 3SA5A 3D1XA 4FSEA 5P38A 1LF4A 4J5JA 4RYCA 5P0GA 5P1RA 1KJFA 2PSGA 4YE3A 3QIHA 2JE4A 5P0YA 2AQUA 5P2MA 4Z50A 3ER5E 3Q70A 4DPIA 2FS4A 4L6BA 3UHLA 2H6SA 4R93A 4Y53A 5P34A 5P7BA 5HD0A 5P7EA 5KOSA 5P8JA 2AOIA 2QNPA 4I0HA 3TKGA 3DV1A 4EQJA 1MSMA 2FXDA 1BDRA 5P6TA 4APEA 3K5FA 3G6ZA 1MIQA 5P4SA 1BXOA 5OZLA 3RTHA 3BVBA 2Q15A 4Y35A 2HB4A 1META 5FIVA 2B60A 5P1UA 1FG6C 4B78A 5P6VA 1TSQA 2ZYEA 1B5FB 3S43A 1HVKA 3QI1A 1YG9A 3QRSA 4Z22A 4F73A 5P7RA 3PI5A 5P0JA 3L58A 5P57A 2QP8A 1K1UA 2IKUA 3O9FA 4PEPA 3EM4A 1E80E 1SDTA 4B05A 4JP9A 2JJIA 5P4UA 1M0BA 3UDKA 4WY1A 5SXNA 4FCOA 5P2KA 5P69A 1ZBGA 2JJJA 4RGHA 4DJQA 4DI2A 1IZEA 5DR4A 2RENA 5P2RA 1K6PA 4Y3NA 1XE5A 4CPSA 3PJ6A 5P3MA 3GGXA 5P65A 2XYEA 4XKXA 4DJOA 2ZGAA 3EBZA 5P01A 3TL9A 4CPWA 3H0BA 5P4FA 3INHA 3BUHA 4Y4TA 5AH8A 4J1IA 4FM7A 4I0FA 3S45A 3I2LA 3G72A 4Y3LA 5P7CA 4AMTA 1D4SA 4XX4A 4Y57A 2UY0A 4B1EA 3INFA 3APRE 5ISKA 5P63A 3RTNA 4EWOA 2WF1A 5AH6A 3OADB 1PPLE 4GJCA 4Y47A 3NU5A 2AVVA 5OYUA 4U7QA 2ZHUA 3IXJA 5P76A 5P0TA 5P3AA 5P47A 5P7QA 2P3CA 4TRWA 3OUBA 1T6EX 5C9DA 5P4IA 2Q64A 5HE4A 5P1OA 1BWAA 1WKRA 2G20A 3T7PA 2BPVA 3EL9A 1RPIA 3QPJA 2AOCA 1D4JA 3RSXA 5P68A 1HVLA 5P2ZA 3O99A 2NPHA 4CP7A 1BDQA 1FG8C 5P7DA 3PWMA 5P5IA 3BUGA 3VV6A 5P1YA 5OZ3A 3MSJA 5AHCA 5P4OA 1HPVA 5P8IA 3K1WA 5P3ZA 3WB4A 2PH8A 2P3BA 1K1TA 2AZ9A 2P83A 5P8CA 5HU1A 2R9BA 3GI6A 1W6HA 1MERA 4ACXA 5DR0A 1SDUA 1FQ7A 1IZIA 4M8YA 2F3FA 3ZPTA 4K4RA 3D1YA 4I0IA 3I8WA 3LINA 4Y3SA 2G22A 4B77A 5P55A 4HDBA 4DUSA 3TPRA 5F01A 2R8NA 4Y41A 1MT7A 5P1MA 5P1ZA 5P22A 2O4NA 5P6LA 3WZ8A 4L7GA 1A8KA 1N49A 3HD8A 3TNEA 2BB9A 4ZIPA 2VA5A 3SLZA 3LPIA 3OU1A 3R4BA 3UFNA 3OHHA 4FRIA 5OZGA 1TW7A 3EXOA 2B8LA 4FLGA 4RYGA 3BGCA 3QP0A 4RROA 5JFUA 4R92A 1HWRA 1EBYA 3ZKQA 4CMSA 4BFBA 4BFDA 2HS1A 3SABA 2V00A 4Y3ZA 2JXRA 4I0DA 2ER7E 1MTRA 1PPKE 3GGAA 5OZOA 4Y5GA 3OQ7A 3TPJA 4JOOA 3SACA 4J0PA 2QI7A 3FKTA 2F80A 1HSHA 2AOEA 4B1DA 3PRSA 3DM6A 1Z1RA 4DPFA 3NDUA 2CEJA 5P0QA 1HEGE 5P80A 3L5DA 3F9QA 3LZUA 4RLDA 2R43A 5P6FA 3LIXA 1HVCA 3I7EA 4DQFA 2V12C 5P2TA 5P6EA 5SY2A 5P5DA 2QMGA 4GJBA 5COPA 5P3SA 3S43B 4EHCA 3PWRA 4PZWA 4Y4WA 5P5QA 4Y48A 3EKVA 4OBGA 4HEGA 5HTZA 3GI4A 3VSWA 5AH9A 4Y44A 3LIZA 4GJ7A 7HVPA 3H5BA 1EBWA 5P0HA 3EKTA 5OZ4A 5P4AA 1FQ5A 3ZL7A 2FDEA 4DJXA 5P3UA 2BKSA 5P6MA 2ER9E 5DQ4A 4Y6MA 1T6GA 2O40A 5P37A 4Y5MA 4L7JA 3WSJA 5OZ5A 5P8HA 1KJ4A 3B7VA 1XDHA 4DVFA 3OQKA 1RV7A 2I1AA 1W5YA 3SKFA 4I11A 1FIVA 5P28A 4COEA 4HLAA 1OEXA 2QI5A 1FB7A 5OZBA 4LXKA 3UCBA 2I4DA 5P10A 3D1ZA 2OHQA 1FFFC 1T7IA 5P1TA 3HAWA 3URIA 3NU4A 3TPLA 2R3WA 2HPEA 2VJ7A 1TZSA 4Y3JA 4MC6A 2VJ9A 4Y37A 5P6QA 2QI6A 2NTRA 1QBSA 1HRNA 1IBQA 1LF3A 1FLHA 4I0EA 4DJVA 3QAAA 2G27A 5OYWA 3KN0A 2OHTA 1PROA 1GVXA 2PSUA 5P3IA 5OZPA 1ZLFA 2XFIA 4Q5MA 5ENKA 3WZ6A 2BPZA 2CENA 5OYSA 4ZSMA 3APPA 5P3KA 4NJTA 5P18A 3OQAA 5P6DA 3PLDA 2IL2A 4F75A 4Y3RA 3IN4A 4LXMA 5P4EA 3EMYA 4HDPA 1F34A 2FNSA 5P2NA 2G1RA 3OGQA 1MESA 5P1AA 5OZUA 4LXAA 3UQPA 1IDAA 1HPSA 2P3BB 5HDVA 2WEDA 5P6PA 1NSOA 4F76A 4Y56A 4NKKA 1XL2A 4Y5BA 5CONA 4CPRA 5P3FA 4QJ2A 3ECGA 2R5PA 3SO9A 5P86A 2BKTA 5P35A 2PK5A 2F8GA 3FIVA 4B70A 5P4BA 2NMYA 4YCTA 4KE1A 1QDMA 3OUCA 2ASIA 5IVRA 4YD5A 5P07A 5P0LA 3OU4A 5OZ7A 3ZLQA 1D4HA 4QLHA 5P17A 2PMAA 2NMZA 2IENA 5P3LA 1QBUA 3UQUA 5P7YA 4DJUA 3T6IA 3I6OA 5P2JA 2RMPA 2PWCA 4I0ZA 4Y43A 2FMBA 5DQ5A 3OU1B 5P20A 1T3RA 2AZ8A 3QVIA 2FXEA 3KYRA 4HDFA 5OZZA 4Y3EA 3R2FA 2FGUA 1GVVA 1EPQE 1AAQA 1PSAA 2G1OA 4YA8A 2OAHA 5P1IA 3UQXA 5P0FA 4RVXA 3M9FA 4WTUA 4K4PA 3SA7A 5P7XA 5AGZA 3NUOA 2P4JA 5P0KA 4J0VA 4Y3DA 5OZAA 1OD1A 5P3XA 5P7SA 4Y5EA 4K8SA 2QAKA 2FIVA 3GI0A 1ZPKA 5P7VA 5P5VA 5P19A 5P11A 5P8FA 1SBGA 2QNNA 9HVPA 1YTJA 5P54A 4DFGA 1D4YA 2VIJA 3EM6A 5I70A 5IVSA 4EQ0A 3PCZA 3CIBA 1AM5A 1HVHA 1W50A 2WL0A 4YHQA 3OXXA 4U7VA 1XL5A 2FDPA 5OZVA 1T7KA 1GKTA 4HA5A 4GJ9A 1DAZC 2HB2A 2MIPA 5P5OA 5OZSA 2R38A 2FNTA 5P30A 3SA8A 1ZJ7A 3SA6A 4FSLA 2JYSA 3LIYA 3KDBA 2QU3A 1XE6A 1YM2A 1K6VA 1W5VA 2AOFA 3OUAA 4R5NA 1YT9A 2BPWA 2O4PA 3N4LA 5OZFA 4H3JA 2BJUA 1APTE 1YM4A 5HE5A 2IRZA 3S7LA 5P2UA 3Q6YA 3C9XA 5KQXA 4AUCA 5P5JA 5P1EA 2ER0E 1IVQA 3VSXA 2J9JA 4PZXA 5AH7A 2O4LA 5P25A 1AIDA 3PMYA 1LZQA 5J25A 1B6PA 1VIKA 2HC0A 1FMUA 4N00A 4M8XA 3KT2A 2R5QA 5DGUA 5I3YA 4I10A 4XXSA 4Y3YA 1DP5A 3UDMA 5IE1A 3QRMA 3KA2A 5P16A 5SZ9A 5HDXA 5P5EA 5P7MA 5BRYA 1D4LA 1UPJA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4I0J A;  5P0W A;  3PEP A;  5P2G A;  5DR3 A;  5P8L A;  4Y5L A;  1GNM A;  5P5R A;  1YTI A;  5P64 A;  3G70 A;  5P8B A;  5P4L A;  5P0D A;  1T7J A;  5P5Z A;  3SAA A;  1HOS A;  5EZZ A;  5OYV A;  5P8T A;  3VYD A;  4D88 A;  2P3D A;  3S2O A;  4Y3F A;  5OYZ A;  3A2O A;  1SDV A;  5P6G A;  4A6B A;  4Q1X A;  4FAF A;  6UPJ A;  4GYE A;  4J17 A;  1HTR B;  1EPR E;  3VF3 A;  2ZJJ A;  2B8V A;  5P70 A;  1HVR A;  3K5D A;  5P7I A;  3GI5 A;  5P4G A;  1JLD A;  3K5G A;  5P4V A;  1GVW A;  1XN3 A;  3PI0 A;  3OHF A;  2OHP A;  2Q3K A;  1ZAP A;  1IVP A;  5P0X A;  1KZK A;  4EJL A;  3QRO A;  2ZJH A;  4FIV A;  1E82 E;  4R91 A;  5P36 A;  3B80 A;  5P6H A;  5P8U A;  4I1C A;  4U8W A;  2VA7 A;  5P79 A;  5P5G A;  3VLA A;  3LHG A;  1FMX A;  2WJO A;  5P8N A;  5P0R A;  4DJW A;  4H3I A;  1LYW A;  3TOG A;  5P2I A;  4Y3P A;  3EM3 A;  2RKG A;  4J0Z A;  5P53 A;  5P3O A;  3QN8 A;  3LIT A;  2HM1 A;  4Y5C A;  3RTM A;  3VYE A;  2QHY A;  5P7U A;  2QU2 A;  1M43 A;  1DIF A;  5P39 A;  2P3A A;  1APU E;  1BIM A;  4APR E;  3UDY A;  3T7Q A;  4OC6 B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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