4YDGA

Crystal structure of compound 10 in complex with htlv-1 protease
Total Genus 21
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
21
sequence length
116
structure length
108
Chain Sequence
PVIPLDPARRPVIKAQVDTQTSHPKTIEALLDTGADMTVIPIALFSSNTPLKNTTQDHFKLTSLPVLIRLPFRTTPIVLTSCLVDTKNNWAIIGRDALQQCQGVLYLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Privileged Structures Meet Human T-Cell Leukemia Virus-1 (HTLV-1): C2-Symmetric 3,4-Disubstituted Pyrrolidines as Nonpeptidic HTLV-1 Protease Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HTLV-1 protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human t-cell leukemia virus 1 (strain japan atk-1 subtype a)
total genus 21
structure length 108
sequence length 116
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ydgA00
5P8IA 1QS8A 4Z4XA 4FRKA 5DQ5A 5P34A 5P5YA 3PWWA 2ZDZA 1K1UA 5P58A 5HCOA 5KR8A 4TVHA 3VYFA 2G1NA 2B7ZA 1PSNA 5HU1A 3UQRA 4RVIA 4Y53A 5P31A 5P1IA 2O40A 5P7RA 4DJPA 4K4RA 4DI2A 4DJUA 5OZWA 4OBZA 1XN2A 5P0KA 2AZBA 2V0ZC 2Z4OA 3OHFA 2HS1A 3EKQA 3FX5A 4XKXA 4B0QA 5P4UA 3L5DA 5OZ2A 1SMRA 4X2LA 4RCDA 3K4VC 3KMYA 3VFBA 3URJA 1B6PA 3MXEA 4RVXA 5OZBA 5P12A 3VCMA 2FNSA 4J55A 3SA9A 5P3BA 5P03A 4Z50A 3ZKMA 3FNTA 2WL0A 1BILA 5OZGA 3ZKXA 2NTRA 2IQGA 5P15A 5P6EA 5P8PA 3OXWA 2ANLA 5P49A 5P6LA 2ZHRA 4DJRA 2ER0E 4NJVA 5P8RA 4Y44A 4DQEA 2BKSA 5P6XA 3K5DA 1SGZA 4XX4A 2J9KA 3LZVA 1MERA 2ZJMA 2R5PA 5P5JA 3OWNA 4BFBA 3HVGA 2R5QA 1EPNE 2IDWA 1PSOE 2FLEA 3KDDA 1FQ7A 4Q1NA 4Q1YA 4NJUA 5P8KA 4J54A 3VF7A 5APRE 3S53A 3EKYA 4NKKA 2ER7E 3TOGA 3D20A 1KJFA 2CEMA 4DJOA 5P1BA 5P5WA 5P25A 5P5MA 2I4DA 4FM6A 5B18A 1NPWA 1WBKA 5P59A 4NPTA 5KOQA 4MC2A 1QBRA 3UDJA 5HTZA 2G1SA 3O9HA 2IS0A 4LC7A 4TVGA 4Y50A 5P8SA 4FLGA 2QZWA 4Y5AA 3O9LB 4Z22A 5P2BA 5P0VA 3UFNA 1NSOA 5AHAA 3UQWA 5P2IA 4OD9B 2NNKA 4Q1WA 5IVTA 5P05A 1GVTA 4DPFA 4Y48A 3O9FA 5JG1A 3SPKA 1QBTA 4LXMA 2B8VA 5P1UA 4B72A 2VA7A 4PYVA 5P85A 2ZHTA 3PLLA 5OZ6A 3D1YA 1HIIA 5P2MA 2IKOA 4R91A 3HAUA 3IXJA 3K4VA 5ENMA 5IVQA 5P2OA 1MTRA 2WHHA 5OYZA 4LXKA 3SQFA 2VJ6A 5P0DA 4Y5CA 3LPJA 1SDVA 2FMBA 1MT9A 1ZLFA 2HB4A 3LPIA 4EP2A 1DW6C 5P1XA 2OHMA 5P63A 1ODYA 3TH9A 2OHTA 3BHEA 3OQDA 5P54A 1RL8A 1MSNA 5P3DA 1TZSA 2Q63A 1EPME 3OY4A 5P0CA 2O4KA 1E5OE 5HDUA 4GJCA 1HVJA 1HTEA 1WKRA 1SIPA 1EPRE 5I3WA 5P20A 3AUPA 5P0RA 2XFJA 5P2TA 5P35A 2ZJKA 5P2ZA 5P37A 3NDTA 5KOSA 4FRSA 5P5QA 1MT7A 4CPQA 5OYSA 3T7XA 1K6PA 4H3GA 3UF3A 4Y3DA 5P1LA 2QU3A 3N4LA 4YD3A 5P5OA 1K2CA 2P3BB 4JP9A 4Z2ZA 1XL5A 3D3TA 3EMYA 2ZE1A 1Z8CA 2P83A 1HPOA 1AJXA 1LF4A 3QBFA 5P3PA 1EBWA 5P4IA 4YCKA 4Y5BA 3L38A 4GB2A 2APRA 2PYNA 5P50A 5P8TA 3UTLA 3OGPA 4ZPFA 2H6TA 2O4SA 3QRVA 4Q1XA 1FG6C 5P75A 2VJ9A 5OZ7A 5P7UA 1DIFA 3APRE 5SZ9A 2CEJA 5P06A 3U71A 4CPTA 4Y39A 5P72A 5P8NA 3L5FA 5P24A 6UPJA 2H6SA 4U7VA 3SKFA 2J9JB 5P2GA 1A9MA 2AOJA 2V11C 2PC0A 1IIQA 1NH0A 1HXBA 5P7GA 5P6AA 4FCOA 5P61A 5P7SA 5OZ1A 1ZBGA 4QJ7A 4ZIPA 3T3CA 4CPSA 5P8AA 3SKGA 1HEGE 1LYBA 2PH8A 2I1AA 1RPIA 1T7IA 4YD5A 5P73A 1BXQA 5P6FA 1HVCA 2A1EA 3EKPA 4OBKA 3HAWA 5P0HA 3NUJA 5P1KA 2ZGAA 4FIVA 3PVKA 5P8QA 2IEOA 3MSKA 5SY2A 3EXOA 3I7EA 5P2UA 4Y3YA 5P3JA 5P0BA 1ZTZA 3OQAA 5OYWA 4HDBA 3IN4A 3MXDA 5P4YA 1YM4A 4COEA 5KAOA 4PHVA 3RSXA 1BIMA 2UXZA 5DR4A 3FKTA 1QRPE 1RQ9A 2XYEA 5P7NA 2V00A 5P2QA 2P3DA 1GNOA 1G6LA 2ER6E 1FGCC 3EL5A 4BEKA 5AHCA 4B05A 1MT8A 5P1GA 3C9XA 1B6JA 4LL3A 4QJ6A 1AXAA 3PEPA 2P4JA 1BXOA 2WF3A 3G70A 2PH6A 1BV9A 2QMDA 1KJ7A 2R3WA 4K8SA 3A2OA 1EPPE 2QMFA 3EKVA 3NDUA 5DQ4A 3PSGA 5OZ5A 3ST5A 5P6SA 1D4LA 3WZ8A 1C6ZA 3HW1A 1C6YA 4GJAA 5P55A 4ACUA 5P7KA 4LBTA 1C70A 4OBFA 4Y5LA 4OBJA 5P17A 5P3HA 2I4WA 4FRJA 1MUIA 3NYGA 5P7CA 5P6YA 5P2DA 3OQ7A 1W50A 4GZFA 4Y43A 3EKXA 5P3KA 4APEA 4YE3A 2WEAA 3SA7A 5OZVA 2QU2A 3OTYA 5P7FA 5P4JA 1OHRA 4GJ6A 3L58A 5P1HA 2P3AA 3PCWA 5P5XA 1LYWA 5P1JA 4Y5KA 2QI7A 5P2JA 5P48A 5P76A 5P3ZA 3IVHA 5IVRA 5P5HA 5P7IA 2IKUA 3URLA 5P0AA 5P43A 4DV9A 2I4XA 3NWQA 4FM8A 1XS7D 3ZOVA 3I6OA 1HIVA 4K4QA 3S43A 4U7QA 4ACXA 3KFSA 2AOGA 3HBOA 4F74A 3ZLQA 5P5GA 4L6BA 4OBGA 5P7YA 4Y57A 1T6EX 5KR0A 5P70A 1G2KA 4YD7A 3NDWA 3PB5A 1BVGA 2WF0A 4J5JA 3TPJA 1FQ4A 2QI6A 5P6IA 3VV8A 4Y4UA 4R5NA 5P7WA 1N49A 5P8HA 5P7QA 4Y3QA 1B5FB 5P3XA 5P11A 5TOLA 1META 3KFRA 3TNEA 2BKTA 1Z1HA 2QNPA 2HB3A 3MWSA 5P0FA 3OUAA 2BQVA 2OAHA 5P1TA 5P89A 5P57A 3LHGA 5P6UA 1PFZA 3ZKQA 2FXDA 5HDZA 2VNNA 2B8LA 5P1RA 1HTRB 2VJ7A 2NMYA 4N00A 5P6MA 1NPAA 2G1RA 5P4MA 5FIVA 1T3RA 1UH8A 4GMIA 5HDXA 5P0YA 5OZDA 5P22A 5OZ8A 2I0DA 4Y4DA 3K5GA 5P5CA 1MEUA 2QHZA 4D8CA 2AVQA 4DQBA 3NWXA 3UDHA 3BXRA 3QROA 2FGVA 5P3SA 4Y3HA 1BBSA 5OZEA 4Y4ZA 2I4UA 2QMPA 3OU1B 4I0HA 8HVPA 2VIZA 3LIVA 5P62A 1MVPA 3BXSA 2G20A 5OYQA 4J17A 2AZ9A 3VV7A 3Q5HA 5P2LA 2Q54A 5OYRA 1EBZA 5HE7A 3RTNA 4DQHA 4XXSA 5P4RA 1T6GA 2IGXA 4WY1A 3I25A 2NXDA 3VFAA 3ER5E 1ME6A 1EC2A 3OAGA 1GVWA 4AA9A 5OZAA 3KM4A 5P5LA 5P5RA 5P82A 3EC0A 3EKTA 5P3WA 5P68A 5P2KA 1B6MA 3PGIA 3B80A 2Q55A 3BGCA 1APVE 2AZ8A 4QJ8A 3K5FA 3CICA 5CONA 3UDPA 5P8CA 3QIHA 5P0QA 4PEPA 2BBBA 3GGVA 3IXOA 5SXNA 1KZKA 3CKPA 4F73A 4EQJA 2NMZA 1M4HA 1LZQA 1LS5A 3VYDA 1LYAB 2FS4A 3PMUA 4ZSMA 1MRWA 1ZSRA 1DMPA 5P3RA 3U6AA 3DM6A 1QBSA 5ISKA 5OZCA 2HM1A 2R3TA 3PHVA 4S1GA 5P47A 3FNUA 1KJHA 3LZYA 3VLAA 5P7XA 2V12C 5P65A 5P51A 4Y3FA 5P53A 5P3LA 4YBFA 1FQ6A 1IBQA 4JPEA 4OBZB 2QI5A 2ZHVA 4Y3ZA 3S85A 1OEXA 4ER1E 5P8LA 3IA9A 1YG9A 2BPXA 1HVHA 3EL9A 4OC6A 5P3EA 3VYEA 4ZSPA 2OHKA 1A8GA 3LIXA 3QP0A 2F3KA 1IZDA 3I2LA 3NSHA 3NXNA 3DUYA 5P79A 5DGUA 4APRE 5P23A 3RSVA 1M0BA 2OHNA 3LZUA 1HVRA 2QK5A 4Y4EA 5P7LA 6APRE 2OHPA 3PSYA 1QDMA 3UDRA 5P6DA 2G24A 3OTSA 5P09A 5P5KA 2B42A 3LIQA 4J0TA 1SP5A 5P1VA 4NPUA 3TPLA 5DR1A 1A94A 2QCIA 3QVCA 2G94A 4DUSA 4KE0A 4NJTA 5DR0A 5I70A 3BC4A 1FMBA 5P27A 2BB9A 5P4VA 4YDGA 4F75A 2AOEA 4ZE6A 2IGYA 4L7GA 2QAKA 4EJKA 5I3XA 4GJ7A 3CYXA 3LIYA 5P19A 4JOOA 4GJ9A 1LV1A 1TQFA 5P5NA 4ZLSA 3JVYA 1APTE 2QD6A 4RRNA 4D83A 5P4DA 4RZ1A 5OYTA 3OOZA 5P1FA 3VF3A 5P0XA 5P8OA 5P71A 5DR3A 3INEA 2XFKA 2FDPA 3O9DA 4ZEAA 5P4SA 5P1CA 4RYCA 4J0VA 4Y6MA 5P56A 4MC6A 5P4TA 1T7KA 3WSJA 1Q9PA 5P5BA 3QI1A 3FSMA 5DGWA 4YA8A 5OZKA 5CLMA 1G35A 2HAHA 2RKFA 1E81E 1OEWA 4L7JA 4Y58A 1E80E 5P6ZA 5P40A 3TPRA 3BUHA 5F01A 5UPJA 2I4QA 5P83A 5AH9A 4Y3MA 5OZPA 3SO9A 4J1IA 3TTPA 3NU5A 5OYXA 3OUDB 2RKGA 4GIDA 4Y3TA 4EP3A 4I0IA 1W6HA 1VIJA 3IGBA 3H0BA 4LXAA 3UCBA 4J0ZA 3QBHA 5KQFA 2V13A 2J9JA 1WBMA 5OZ0A 3UQXA 1AJVA 1AIDA 3KFPA 2VKMA 5P4HA 3LNKA 2CENA 5P8EA 1KJ4A 3DV1A 5DQ1A 2OF0A 3NU9A 5SY3A 5P5AA 2WECA 5AH6A 1YTJA 2VIJA 2QNQA 5P8FA 2XFIA 3QN8A 4EHCA 5P4GA 1IZHA 4I1CA 3VUCA 3EM3A 5P33A 1CMSA 2PMAA 3G6ZA 2R38A 5P3VA 1EPQE 5P80A 4Y3GA 4I0FA 4EQ0A 4RROA 5P38A 4Y35A 3OK9A 1FFIC 4DJXA 4B77A 4I8WA 4EJ8A 3PWMA 1FEJC 5P3GA 5OZFA 5P4KA 5T4SA 5P8JA 1FF0C 4HEGA 5P7ZA 3OU4A 3EL0A 5P0IA 4Y36A 5COOA 4DH6A 1HPSA 2RSPA 4J0PA 3IVIA 5P3NA 4B78A 5P16A 4DVFA 1GVUA 2QZLA 4LP9A 1EBYA 5P00A 4FGXA 5P8BA 4EJLA 3UQUA 3INFA 3F9QA 1MIQA 2BPYA 5P2EA 5P46A 3DCRA 3ZPSA 3UFLA 4A4QA 3MSLA 3VSXA 2FIVA 1ENTE 1UH7A 5P0TA 4EXGA 4IVSA 3O99A 5P2YA 4DFGA 4DJYA 5P29A 5OZZA 4Y3SA 4K4PA 5P32A 5I3VA 1EBKC 1Z1RA 2BPZA 3OADA 3N3IA 3T7PA 4Y3PA 4Y45A 5P28A 5P6JA 1SBGA 3L3AA 3L5EA 1MESA 4FAFA 4Y3EA 2QZXA 4LHHA 5P6WA 4Y5GA 5P2SA 3SLZA 5P7VA 5P7OA 4XX3A 5HD0A 1LYBB 2ER9E 1K6VA 5P81A 5P77A 3SA6A 1FQ8A 1BWBA 2NXLA 5P0GA 2G1OA 5IVSA 2NR6A 1B11A 3VEUA 1G0VA 2ZJJA 3TOHA 3QS1A 5P3MA 4A6BA 1K6TA 2AOFA 2ZJHA 4R92A 2QI1A 1AM5A 3SA5A 3TL9A 3FV3A 2AVSA 5OZXA 2HC0A 1K2BA 1T7JA 3CKRA 5P3OA 3KN0A 5P0JA 3ZKSA 3CIDA 4ZSQA 4J1FA 4X7IA 3APPA 4DJQA 1BDLA 5DQCA 5P3IA 5P2AA 2VIEA 3NXEA 3DOXA 2VNMA 1TCXA 1HSIA 2PSUA 3ZL7A 1FFFC 1W5VA 1HOSA 4RGHA 5P36A 1PPLE 3IXKA 6FIVA 5P8DA 4CPWA 1MSMA 1GVVA 3ZKNA 2AZCA 5P52A 2OHQA 1ZAPA 4J1EA 5F00A 5P0EA 4B00A 2I0AA 4A6CA 3T7QA 2JJJA 5P1AA 3UDKA 5P69A 2B7FA 5P7TA 2V16C 5P8VA 4D89A 9HVPA 1HEFE 4MC1A 1UPJA 3S54A 4ZPGA 1HXWA 1ZPAA 3UDMA 4IVTA 4I0ZA 5P6VA 1HVSA 4Y38A 3TLHA 4CMSA 3OGQA 3PBDA 1EPLE 3NR6A 5BRYA 2VA5A 5EZXA 4LAPA 1M43A 3OXXA 1AVFA 2JJIA 3EL1A 1CZIE 3DCKA 5P2XA 5AH7A 5P1EA 3SA3A 1HTFA 5P84A 1VIKA 5AH8A 3CIBA 5OYUA 4Y3NA 4ER2E 3ZMGA 2QD7A 3U7SA 1LEEA 2Q3KA 4ZPEA 1IZEA 3FNSA 1TSUA 4L1AA 5P4LA 4DJVA 3S8IA 2PWRA 5P1ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P8I A;  1QS8 A;  4Z4X A;  4FRK A;  5DQ5 A;  5P34 A;  5P5Y A;  3PWW A;  2ZDZ A;  1K1U A;  5P58 A;  5HCO A;  5KR8 A;  4TVH A;  3VYF A;  2G1N A;  2B7Z A;  1PSN A;  5HU1 A;  3UQR A;  4RVI A;  4Y53 A;  5P31 A;  5P1I A;  2O40 A;  5P7R A;  4DJP A;  4K4R A;  4DI2 A;  4DJU A;  5OZW A;  4OBZ A;  1XN2 A;  5P0K A;  2AZB A;  2V0Z C;  2Z4O A;  3OHF A;  2HS1 A;  3EKQ A;  3FX5 A;  4XKX A;  4B0Q A;  5P4U A;  3L5D A;  5OZ2 A;  1SMR A;  4X2L A;  4RCD A;  3K4V C;  3KMY A;  3VFB A;  3URJ A;  1B6P A;  3MXE A;  4RVX A;  5OZB A;  5P12 A;  3VCM A;  2FNS A;  4J55 A;  3SA9 A;  5P3B A;  5P03 A;  4Z50 A;  3ZKM A;  3FNT A;  2WL0 A;  1BIL A;  5OZG A;  3ZKX A;  2NTR A;  2IQG A;  5P15 A;  5P6E A;  5P8P A;  3OXW A;  2ANL A;  5P49 A;  5P6L A;  2ZHR A;  4DJR A;  2ER0 E;  4NJV A;  5P8R A;  4Y44 A;  4DQE A;  2BKS A;  5P6X A;  3K5D A;  1SGZ A;  4XX4 A;  2J9K A;  3LZV A;  1MER A;  2ZJM A;  2R5P A;  5P5J A;  3OWN A;  4BFB A;  3HVG A;  2R5Q A;  1EPN E;  2IDW A;  1PSO E;  2FLE A;  3KDD A;  1FQ7 A;  4Q1N A;  4Q1Y A;  4NJU A;  5P8K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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