4YE3A

Crystal structure of multidrug resistant hiv-1 protease clinical isolate pr20 with inhibitor grl-4410a
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPFVTVKVGGQLKEALLDTGADNTIFEDINLPGRWKPKMVGGIGGFLKVREYDQVPIEIAGHKVIGTVLVGPTPVNVIGRDTMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Substituted Bis-THF Protease Inhibitors with Improved Potency against Highly Resistant Mature HIV-1 Protease PR20.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 group m subtype b
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ye3A00
5P2JA 5P4XA 4GZFA 4LXAA 1QBTA 4FGXA 5C9BA 4OD9B 2PSUA 2VJ7A 5P8JA 2Z54A 5P7KA 1UH8A 5P27A 4F75A 1LF4A 2FMBA 3HDKA 5DR0A 1XL2A 5SY3A 4Y53A 1HVRA 1FQXA 2IGXA 5P7PA 4B0QA 4Y47A 3QVCA 2OHQA 1PPME 4Y3MA 4RGHA 1D4HA 2UY0A 5AH9A 1T6EX 4HDBA 2QI5A 5P24A 1FEJC 5P1IA 5P30A 5OZ7A 3FKTA 4J1EA 5ENMA 5P4NA 2O4SA 2ZJKA 1BWAA 5OZVA 5P13A 4QJ8A 4Y3DA 5SXNA 4FRJA 4Y38A 3NWXA 5P5SA 5OYWA 4H3FA 2V0ZC 3UQWA 5OZJA 5P5MA 1SMRA 4QJ2A 2WHHA 5KR1A 4K4PA 3DM6A 3QS1A 2WF1A 1IVQA 2R5PA 5P0QA 3QAAA 1DPJA 3EKQA 2I1AA 5P3GA 2Z4OA 1MSNA 1E82E 3VF5A 4JPCA 3TOGA 5P64A 4YDGA 1KJHA 4LXMA 2ZHRA 5P5XA 4DH6A 5P2IA 3NR6A 5P7GA 3NU6A 1EBZA 2QHCA 5OZQA 3O9GA 3LPIA 2P3CA 4YD7A 1D4KA 3NU5A 1ENTE 5P6FA 1MVPA 4LC7A 5AGZA 3Q6YA 1IZDA 2P83A 1XDHA 3CYXA 4ZLSA 5P67A 4DUSA 3KDDA 1GNOA 3MWSA 3FNUA 5P60A 4YD6A 1SDTA 3UTLA 3T7PA 5P0VA 4Y58A 3PI5A 4GB2A 4YCTA 5P5PA 4DQEA 1AVFA 2WEZA 3U7SA 5OYRA 4CPXA 3VF3A 4R93A 3IXKA 5P72A 1ODXA 2HM1A 4FRSA 5P4VA 3S43B 3PWMA 4Y3LA 5P0PA 1T7KA 4YOAA 5P4UA 4B1EA 2RKFA 3PBZA 4L1AB 5P06A 1FKNA 4I0DA 3UFLA 4J17A 5P8KA 3S2OA 4DI2A 1ODYA 4Y57A 5E5JA 1W5YA 5P3PA 4DQBA 1HIIA 4WTUA 2NR6A 4NJSA 1A94A 3APRE 4Z22A 4Q1NA 5P4YA 5P3OA 2ZHUA 1K1TA 5P2NA 1A8KA 1ZPAA 3NU9A 3HVGA 2I4WA 4Y5AA 3LZUA 4L7GA 5OZHA 5P5IA 2B8LA 3K1WA 4Y5NA 2VA6A 2OHPA 5P29A 5P8SA 5P6WA 4R5NA 5P46A 1UH7A 4B1DA 3PLDA 5P7RA 2EWYA 3SA3A 3VFAA 5IE1A 5OZRA 5P7JA 3DV5A 4CPRA 1QRPE 2ZYEA 1SDVA 5AHBA 5P0NA 3LIVA 3NU4A 1C70A 1FIVA 2AZ8A 5P1UA 4Y4BA 4U7QA 1FGCC 5C9DA 5P05A 1IZIA 4GJBA 4D88A 5P08A 2AZCA 5T4SA 5P4WA 2CENA 1HIHA 4COEA 3ST5A 1E81E 4JOOA 2XYEA 2G1NA 3O9FA 3KFPA 1TCWA 1BV9A 5P5GA 2AOIA 3HW1A 1M4HA 4K4QA 2P3DA 4J1CA 5P55A 1YTIA 5OZNA 5P38A 2I4QA 5P09A 4YDFA 2VS2A 3IXJA 3UDQA 4QJ7A 2BBBA 2FLEA 4KB9A 5SY2A 4GJ7A 4Y3ZA 3OADA 5P2FA 5P6EA 2I4DA 2HAHA 3UDYA 5P8PA 1SGZA 3L38A 3ZKNA 3BRAA 2ZJLA 1PSOE 4BELA 1EBWA 1EBYA 4EXGA 5IVSA 4EHCA 1WBMA 5P2MA 2QZWA 4Y3HA 2ZJNA 1BWBA 4B70A 3PJ6A 3OXWA 1HTFA 3PSUA 3EXOA 2IRZA 1FQ8A 1FQ4A 3I7EA 3S43A 4Y3NA 2OHKA 4L7HA 5P5EA 4Y4DA 4L1AA 3D1YA 2VIYA 2I4UA 1LV1A 2ZHSA 3OOZA 3ZKGA 1TCXA 3NXEA 3UDNA 3BVAA 1FQ7A 4Y3EA 5P8QA 3SA5A 1G2KA 5P39A 2WEDA 3OQ7A 1B6PA 1PPKE 4L6BA 1DAZC 2BQVA 4KE0A 5P76A 5IVTA 3T6IA 4Q5MA 3R0WA 5P56A 5P5TA 3OQKA 3R1GB 3UQUA 1IIQA 1ER8E 4A4QA 5KQFA 2OHUA 3GGXA 2RSPA 5P7IA 4YBIA 2QMPA 3UCBA 3VV7A 2QHZA 4RYGA 1PSAA 3PLLA 5P86A 2V10C 5P6OA 5P0EA 5P73A 3I2LA 1CPIA 2R8NA 1HTRB 1RL8A 2XFJA 3OU3A 4F76A 2IGYA 4Y6MA 3CKPA 5OZCA 3T3CA 1HTEA 5P3UA 4I11A 4B1CA 1C6ZA 3LIXA 2G69A 5P18A 2FDDA 4I0HA 1EPRE 3K5CA 3VCMA 2PSVA 5COKA 4PZXA 3FX5A 3ZKIA 1A8GA 3RSVA 3KMYA 3O9IA 5OZWA 2QU2A 3UF3A 4FRKA 4M8YA 3D1ZA 5P5VA 5P52A 5P0KA 1MUIA 2BPYA 5KQXA 3BUGA 2R38A 5P4OA 2OHMA 5P7BA 2AVMA 5P6PA 2IKUA 3NDXA 5P25A 1ZSFA 1NSOA 5P6MA 5P7DA 4YD3A 4I0JA 5JFUA 5P5RA 3HVPA 2G26A 3CICA 1HPOA 2AOHA 2V16C 2O4LA 3VFBA 3VYEA 4YHQA 4Z2ZA 5DQ4A 4Y50A 4A6BA 4Y3RA 1WKRA 5P7EA 4Y45A 5P4DA 5P2UA 4Y4TA 4Y43A 4TVGA 5TOLA 2V00A 2AODA 1ODWA 4IVTA 1OD1A 5P3FA 3L5FA 3LPJA 3OXXA 5P10A 4I0IA 1PFZA 2FDEA 3BXRA 2CEMA 2PK5A 1OEWA 4LP9A 4AZYA 4B72A 3PM4A 2FIVA 1J71A 5DR7A 3L3AA 4EXHA 2P3AA 3INDA 5P2QA 3URLA 4Y4WA 5OZEA 4QLHA 2JXRA 4H3JA 1LYAA 4H1EA 1MT8A 4I12A 2FDPA 5P0ZA 4OBGA 3QRMA 3ZKQA 5P7LA 5P7OA 4NKKA 3EM3A 1APVE 3PMYA 4JP9A 3CMSA 4RCFA 5P2KA 1W6IA 3OGPA 1MRWA 2G24A 6FIVA 5P01A 4Z4XA 4FAFA 2R43A 5KOSA 4RROA 3GW5A 1MESA 5P6QA 3R2FA 4HDPA 1IDBA 3FNSA 1W5VA 4Y51A 2BB9A 2O4KA 3GI4A 4DJWA 1PROA 2B42A 3GI5A 3SM2A 1EC1A 5DR8A 3CKTA 5P4FA 5P6YA 2V11C 1EPQE 1RV7A 3VSXA 3ZKXA 3LZSA 2PQZA 3LZVA 1BBSA 1FFFC 2AVQA 2RKGA 5ISJA 2G20A 3PRSA 1MT9A 5P6RA 5KR0A 3TKGA 1BAIA 4I8WA 5JODA 1YX9A 5P7MA 3ER3E 4Y3YA 4RRNA 5I3VA 3RVIA 3QIHA 2WEAA 3MXEA 2RMPA 5P3MA 4L7JA 1D4SA 2FXEA 5P0XA 3SPKA 1BVGA 5OZ3A 2HPEA 1HVCA 5DQ2A 2WEBA 3NWQA 4Y56A 5AHCA 3SQFA 5P7SA 3EC0A 1FG6C 3OY4A 3FNTA 1GNNA 5P5AA 2NTRA 1XN2A 5P1WA 1HPXA 4BFDA 3SA6A 5P1YA 2WF2A 5P5KA 2NXMA 3MSLA 4Y4XA 4EYRA 1FMXA 4HDFA 1NPVA 1K6TA 3OXCA 3BC4A 1N49A 4RVJA 2PSGA 5OZFA 3OUAA 2ZJIA 4GJ8A 3R4BA 6APRE 1EPLE 5P1KA 4CPSA 5P4AA 5P1BA 3WB5A 4Y4AA 4OBHA 5AH7A 4Y3JA 5P1MA 3OU4A 5P78A 2BKTA 1K1UA 3GGUA 3OQAA 3S7MA 2G22A 2HIZA 2ZGAA 1HIVA 3ZMGA 5HE7A 5P54A 1HBVA 2NMYA 5P49A 2QZXA 3DCRA 5HDZA 3HAWA 5P4HA 4Q1XA 4Y54A 5DR4A 1W6HA 3NDTA 1GVVA 3S56A 3L5DA 3EM6A 5OZ8A 3DCKA 1EPNE 5P6AA 3EL5A 4Y9WA 4I1CA 3I8WA 3EKPA 3INEA 1HVJA 3APPA 5E5KA 3NDUA 3SKFA 1GVWA 2QI6A 3UDPA 3INHA 1SP5A 5P87A 5P1LA 5P1SA 5DQCA 1M0BA 3S85A 2V13A 5OZ6A 5P8HA 3D91A 3GGVA 4QJAA 1PPLE 1T6GA 2I4XA 5DQ5A 4MC9A 3TPLA 4DQGA 3HD8A 3PSGA 3UDKA 1EEDP 5P4ZA 1FMUA 5HDUA 3B7VA 1SGUA 5OZDA 3IN3A 7HVPA 5P4EA 5HD0A 3SA4A 1HXBA 3VUCA 3OGQA 3KA2A 2OHLA 5P3JA 3OADB 1DIFA 2JJIA 1DMPA 3O9BA 1K2BA 4EQ0A 1FB7A 3KF0A 2ASIA 3SACA 3RTMA 3TTPA 5P5CA 5P70A 4DPFA 4QGIA 5P0UA 3OUDA 5KR2A 3KFNA 3VYDA 5P0YA 4Y5EA 5P6DA 3S8IA 3T7XA 4F73A 2F3KA 4D8CA 1UPJA 2NPHA 4Y36A 3FIVA 5P3BA 4GMIA 5P1PA 2IEOA 3TNEA 2ZHTA 4M8XA 5P4RA 5P3EA 3O9LA 4FM6A 4J1FA 3ZPSA 8HVPA 4U7VA 3NLSA 2XFIA 5OZ1A 3DOXA 2Q55A 2ZE1A 2QNQA 5OZGA 9HVPA 5UPJA 1HPVA 3RTNA 2QNPA 3O9CA 1EBKC 3OWNA 5KQYA 5P8IA 5P03A 3Q3TA 4Y41A 4FRIA 5P7QA 5P6JA 5HCOA 3PCWA 2P8HA 3GI6A 4DJYA 3CIBA 1YTGA 5P8BA 1HSIA 4TVHA 4RCDA 5OZLA 3BUHA 5P0CA 5DR1A 1E5OE 3BXSA 5P3HA 1D4LA 5IVRA 4DJVA 2NNPA 2QI1A 4XX3A 5P0DA 5P8UA 5P6BA 5P0SA 2VNNA 2PWRA 4GJDA 1META 4H3GA 5OYTA 4LHHA 6UPJA 5P3VA 1DW6C 2FNSA 3K5DA 1A9MA 5P4LA 5OYUA 4ER2E 4DPIA 4Y3GA 4DQFA 2WECA 4KE1A 1G0VA 5P3ZA 4ZSMA 4Y35A 3EKWA 5P3CA 2ANLA 2WF3A 4B00A 5P42A 5P58A 5P2SA 5COOA 4HA5A 5P3IA 5P8EA 2F3EA 2QI0A 5OZIA 5P2TA 5P04A 2OHSA 3KDCA 1D4YA 3EBZA 5P36A 2H6TA 2IS0A 1HVIA 3FSMA 3PVKA 5P0WA 2RENA 1MTBA 4K8SA 2PMAA 2V12C 4Y5KA 4DV9A 1B6KA 5P3RA 5P89A 1AZ5A 2AOEA 3SFCA 4ZSQA 5P82A 1SMEA 1MERA 5P1QA 3DJKA 5P40A 3L5CA 5P7TA 5P5DA 4Y5MA 1C6XA 1HVHA 3G70A 1W51A 3IVIA 3TOHA 1NPAA 3U71A 2BPVA 4GJ6A 1AJVA 3VV6A 4R92A 3ZLQA 4HLAA 1TW7A 2AZ9A 3UFNA 4NJTA 1EPOE 5OZ5A 4ZEAA 4DQHA 2G1OA 4OC6B 5HDVA 2H6SA 3LIYA 5P8MA 4APEA 2QZKA 3ZPUA 3EMYA 3OAGA 5P1VA 2ER9E 5P2VA 2VIEA 3PWWA 4Y4ZA 1BDRA 2VIJA 1K6VA 1LYWA 5P3NA 2OAHA 3LIQA 3T11A 1XS7D 1LYAB 1QS8A 2G94A 3K4VA 4J0VA 2BPWA 1SH9A 1YM2A 3KMXA 1KZKA 3OK9A 3VLBA 5P79A 3AUPA 2P3BB 1MIQA 2R3TA 4FE6A 1SIPA 3O9AA 1YTJA 5F01A 2R9BA 4HEGA 3D1XA 5P7NA 2XYFA 2BJUA 2PK6A 4OBDA 2G1YA 5P62A 4OBZB 3UDJA 1SBGA 3HZCA 5P75A 1A30A 3MSJA 2BKSA 2QU3A 1RQ9A 1HHPA 5P6GA 3PB5A 5P44A 5P1ZA 5I3YA 1AJXA 4Y3FA 3SM1A 2VNMA 3I6OA 4HVPA 2QHYA 5P4QA 1IVPA 1EC2A 1HWRA 4MC6A 4Z50A 4ZSRA 5P2OA 5KR8A 2R5QA 3WB4A 1EPME 2WL0A 5P16A 2JJJA 3LIZA 4J1HA 5P83A 1OHRA 2AZBA 1LYBB 5P74A 5OZAA 5P0LA 1ZP8A 5P4BA 1B6JA 3VV8A 3QROA 3S7LA 4IVSA 2QI3A 4FS4A 4YCYA 4Q1WA 5P59A 1HEGE 4B05A 1BIMA 2FNTA 1BXQA 4DJXA 2UPJA 1MRXA 5HU0A 4I10A 1ME6A 4WY6A 4Y5BA 3DV1A 4FM7A 5I3XA 3HAUA 2QMFA 5P8AA 3UPJA 5B18A 2J9JB 1XN3A 5P8RA 4I0FA 4J55A 4YCKA 5EZZA 5OYSA 3QP0A 5DR3A 5P4IA 2VJ6A 1G6LA 4ER4E 3OU4B 4Y44A 2PYMA 1DP5A 1K6CA 2QK5A 5P7FA 4CMSA 3TH9A 4Y5CA 4J0ZA 4CPWA 5P3LA 4OC6A 3CIDA 3ER5E 3CKRA 5P53A 2HB2A 4Y39A 5P2CA 1B6MA 5P5ZA 1FQ6A 1ZLFA 5P5YA 2AQUA 4J0YA 4LXKA 5P1CA 3N3IA 1XE6A 1E80E 1FFIC 4CP7A 4F74A 2B7ZA 2PH6A 3OU1A 2NNKA 2F81A 3S53A 3IVHA 3ZKMA 4WY1A 2G27A 3IN4A 5P6HA 5P0MA 2P3BA 4ACUA 4J0TA 2I4VA 3TPJA 4I0EA 5P3XA 5BWYA 3KYRA 4Y3XA 3VYFA 4OBZA 5P15A 1KJGA 2VKMA 3ZL7A 4DJRA 1IDAA 2OHRA 1NH0A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2J A;  5P4X A;  4GZF A;  4LXA A;  1QBT A;  4FGX A;  5C9B A;  4OD9 B;  2PSU A;  2VJ7 A;  5P8J A;  2Z54 A;  5P7K A;  1UH8 A;  5P27 A;  4F75 A;  1LF4 A;  2FMB A;  3HDK A;  5DR0 A;  1XL2 A;  5SY3 A;  4Y53 A;  1HVR A;  1FQX A;  2IGX A;  5P7P A;  4B0Q A;  4Y47 A;  3QVC A;  2OHQ A;  1PPM E;  4Y3M A;  4RGH A;  1D4H A;  2UY0 A;  5AH9 A;  1T6E X;  4HDB A;  2QI5 A;  5P24 A;  1FEJ C;  5P1I A;  5P30 A;  5OZ7 A;  3FKT A;  4J1E A;  5ENM A;  5P4N A;  2O4S A;  2ZJK A;  1BWA A;  5OZV A;  5P13 A;  4QJ8 A;  4Y3D A;  5SXN A;  4FRJ A;  4Y38 A;  3NWX A;  5P5S A;  5OYW A;  4H3F A;  2V0Z C;  3UQW A;  5OZJ A;  5P5M A;  1SMR A;  4QJ2 A;  2WHH A;  5KR1 A;  4K4P A;  3DM6 A;  3QS1 A;  2WF1 A;  1IVQ A;  2R5P A;  5P0Q A;  3QAA A;  1DPJ A;  3EKQ A;  2I1A A;  5P3G A;  2Z4O A;  1MSN A;  1E82 E;  3VF5 A;  4JPC A;  3TOG A;  5P64 A;  4YDG A;  1KJH A;  4LXM A;  2ZHR A;  5P5X A;  4DH6 A;  5P2I A;  3NR6 A;  5P7G A;  3NU6 A;  1EBZ A;  2QHC A;  5OZQ A;  3O9G A;  3LPI A;  2P3C A;  4YD7 A;  1D4K A;  3NU5 A;  1ENT E;  5P6F A;  1MVP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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