4YOAA

Crsystal structure hiv-1 protease mdr769 l33f complexed with darunavir
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVFEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title The L33F darunavir resistance mutation acts as a molecular anchor reducing the flexibility of the HIV-1 protease 30s and 80s loops.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4yoaA00
1SGZA 2ZJLA 3UFNA 4CPWA 3SM1A 5JFUA 4Y4JA 3UQUA 4DFGA 3HDKA 1MRXA 3KFRA 4GJ9A 2HS1A 1ODWA 4CMSA 4AMTA 3QROA 3UDHA 2FNTA 5P09A 4RYCA 5P32A 3EKTA 1T6EX 3H5BA 2I0DA 5P0QA 5P8OA 3EM4A 3DCRA 1EBZA 1KJFA 5P8QA 5P08A 4DJRA 2QD6A 3GI4A 3OHHA 2BPXA 1C70A 3INEA 1LF3A 5P0OA 1AAQA 5HDVA 4D88A 3LHGA 3OQ7A 4Y4GA 4YOBA 2I0AA 1HTFA 3DOXA 5P70A 4EJKA 2Q55A 1D4SA 4DQFA 1YT9A 3UDQA 5APRE 3HVGA 5C9BA 3OXXA 2Q3KA 1MIQA 5P86A 1T7KA 5P23A 1LYAA 5P2UA 1K6PA 1Z1HA 5P2CA 5P2ZA 3LPJA 2XFKA 1HTGA 5P3LA 4WY1A 5P7BA 3Q4BA 5HE5A 3Q6YA 4ER2E 5P3CA 2QI3A 5P8LA 1DAZC 5P8TA 1HVRA 1HIHA 4WY6A 3B7VA 5J25A 1G2KA 2AOGA 2R3WA 1MTRA 5P3XA 4OC6A 3Q70A 4TVHA 4YE3A 3ZMGA 3CYXA 3JW2A 1MRWA 5P17A 5P6BA 3OQDA 4KE0A 4U8WA 4KE1A 4BEKA 3U71A 1F7AA 4I0EA 5OZSA 3L3AA 1YX9A 1PPME 1FLHA 4GIDA 4F73A 1HPXA 1QBRA 5P62A 3S43B 1NPWA 5P5TA 5P3HA 1MT7A 5CONA 4H3GA 1IZIA 5P06A 4Y3YA 3ZLQA 5KQYA 4FIVA 4YCKA 3HLOA 4LXKA 1DPJA 5P29A 4ZEAA 4EWOA 5EZXA 4Y41A 4Y3LA 4ZIPA 5SY2A 3SQFA 4F76A 3KFNA 2ZHRA 5P4AA 1HVLA 5P1FA 4F74A 5DQ2A 5P1YA 5OZ0A 2ZHSA 1HTRB 5OZLA 5P2HA 1APWE 4D8CA 3KA2A 1CPIA 4HVPA 1HSIA 4L7JA 5P2QA 3EL5A 1D4JA 5P03A 4L6BA 3VSWA 3HW1A 3HVPA 1HEGE 4APRE 2FMBA 5P5XA 5P1EA 1ZTZA 3PLDA 3INHA 2AVQA 5P26A 2G21A 5P1LA 3OK9A 3URIA 5P3NA 5P2KA 1IDBA 5C9DA 1KZKA 4QJ8A 3PBDA 2G22A 1TCWA 2JXRA 5HD0A 3UTLA 4FRIA 2PSVA 5P8FA 4GZFA 2H6TA 2RENA 2OAHA 2B8LA 3MSLA 4R93A 1EC3A 1BVEA 3OUDA 5P6RA 5P8BA 2B7FA 3PVKA 3ZKQA 5DR1A 1FMBA 1FG8C 3NU9A 3BC4A 4FRKA 5P5YA 5P0LA 3KM4A 3BUFA 5P11A 4HA5A 2G1OA 3VG1A 2CENA 5P45A 3RTMA 5P24A 4CPXA 2VS2A 3UF3A 5P47A 1T7JA 2BB9A 2HM1A 2OHSA 5SY3A 1EBYA 5P2BA 3TL9A 2I4VA 4RYGA 5P4SA 4Z50A 5DR0A 5P8UA 3R1GB 2JJIA 5P2AA 1T3RA 3ZKNA 4Y5NA 5OZVA 5P2SA 5P6DA 4RZ1A 3NUJA 2PYMA 3UDPA 3OQFA 3AIDA 4J0VA 2HPEA 1NH0A 4EYRA 4Y4EA 3ST5A 2F3FA 5P35A 5P52A 5P0IA 4J1FA 5P0EA 3NWQA 5P3UA 3NU5A 3WB5A 1FFIC 5P02A 1SIVA 3NUOA 4Y43A 2OHUA 4FGXA 2ER7E 1YM4A 4R91A 4EHCA 4Y4AA 1J71A 5P2VA 3VF7A 5P1WA 7UPJA 5P1XA 4Y3PA 2QAKA 4HDBA 1OHRA 3NXNA 2APRA 2XFJA 5P58A 3OQKA 5P0GA 4CP7A 4Q1NA 4OBGA 2AVMA 2WEZA 2F81A 2QI6A 1IBQA 4Y3TA 2PWRA 5OZ8A 2R8NA 3L5EA 5OZUA 5P8VA 3K4VC 5COPA 5P8NA 4Y35A 4MC1A 3IXJA 3LIYA 3NU4A 3WSJA 5P5SA 5IVSA 4CKUA 4D83A 5OZGA 5P71A 4B1DA 3C9XA 3OUAA 3BGCA 3PM4A 3TOFA 3T7XA 2JE4A 4LXMA 1XE5A 4RRNA 1EPPE 3VFAA 2F3KA 3VYFA 5KQZA 5P3MA 5ER1E 1GNOA 3S85A 5P4CA 4NJVA 2NXMA 1BVGA 5P2LA 1FG6C 4OBHA 3K5CA 3PEPA 4FE6A 1LF2A 4I0HA 2XFIA 3M9FA 5P63A 3QI1A 4Y4XA 2ZJMA 5P3DA 3OTYA 4RCEA 3NDUA 3D1XA 1T6GA 1FF0C 4YOAA 5P8JA 3A2OA 3ZKIA 3K5DA 4Y58A 1BDLA 1PFZA 3KDBA 5P0HA 5P66A 5OZMA 5P4JA 3QN8A 1QRPE 4Y38A 3BVBA 1LV1A 4RCFA 4RROA 2FDDA 3S8IA 1W50A 4DJQA 3D1YA 1HVIA 3NWXA 4PYVA 5UPJA 5P4ZA 2IGXA 3OXCA 5P5WA 4EP3A 5P6LA 5P7MA 1FMUA 5P4PA 1ZLFA 3JVYA 3PWRA 3N3IA 4IVSA 2RMPA 4HE9A 1YTJA 5P2NA 3T7PA 5OYXA 2IGYA 4Y47A 5P3AA 3IAWA 1BAIA 1VIKA 1HVJA 2G1YA 2G94A 2QK5A 5DQCA 4Y5GA 1LYBA 5P05A 2VA7A 2AOHA 3PHVA 5OYSA 6APRE 3O9LB 1FMXA 3SPKA 2V11C 3D3TA 3L5FA 4U7VA 5P19A 1XL5A 5P4QA 5P59A 2Z54A 1BDQA 1LYWB 1UH8A 1SMEA 3SKFA 4I0GA 1Q9PA 2PSGA 1AVFA 1QBTA 2VJ6A 3FX5A 3TPLA 5OZZA 4QGIA 3VYDA 2V10C 4A6BA 4MC6A 2MIPA 1IIQA 3IA9A 4DJUA 2I1AA 1RQ9A 3UQRA 4J1EA 5P3WA 3SM2A 5P6YA 2FDEA 4Y5MA 5P5FA 1ZJ7A 3OWNA 5OZRA 3UDKA 1HVKA 4B77A 1PROA 1XDHA 3I6OA 1ODXA 2QMGA 4Y5LA 4Y5CA 2NMZA 3CKTA 3NU3A 3PRSA 2NPHA 5DGWA 5HCTA 5P4FA 3TPRA 5P1KA 3BUHA 1MERA 4PEPA 4RVXA 5P68A 4B1EA 5P2YA 4DJPA 2V16C 3CKPA 5P6TA 5P83A 1BDRA 4LAPA 1SP5A 3HBOA 3LIZA 3KFSA 4Y3XA 4DPIA 1EC2A 5P1HA 2QHYA 4AA9A 2QU3A 2PK6A 5P18A 5P4DA 1MSMA 5P7IA 5P5OA 5P8MA 5OYWA 2R3TA 3ZPTA 4GJBA 4RVIA 2ZJKA 5OYRA 5DQ4A 5P5GA 5P78A 1MT8A 3D20A 4Q1WA 4D85A 4Y51A 5P1JA 5P4RA 4COEA 2UY0A 2A4FA 1W5WA 4RGHA 4FSEA 5P5JA 5I3WA 2WHHA 4QJAA 4RCDA 3MXDA 3N4LA 5P44A 1HEFE 3F9QA 5P1CA 3VV6A 1TZSA 2HAHA 3OXWA 1RPIA 2CEMA 3PJ6A 4OBKA 4J1CA 5P22A 3ZPSA 1YTIA 1LYBB 1W51A 5COOA 3S43A 2HC0A 2HB2A 4Y3QA 3CMSA 1KJGA 3KT2A 5P79A 1HIVA 5P7AA 1ER8E 3DJKA 3PGIA 4K4QA 5IVQA 3NSHA 5FIVA 5P0CA 5P4WA 4DJXA 5P7YA 5P60A 3EL0A 4JOOA 1DP5A 4EP2A 4AUCA 5P3SA 5P5DA 5P65A 1E81E 3T6IA 5I3XA 3EKYA 5P0UA 4ACXA 4J1KA 5P27A 1BWAA 5P5AA 2PYNA 1FB7A 2NR6A 5B18A 1E82E 3PCZA 4LC7A 5P4YA 3BGBA 2OHNA 5P4UA 3TKGA 5P31A 5P5QA 3QS1A 4J54A 1G6LA 3IVIA 5P0XA 2XYEA 3ZKGA 1K1TA 1DMPA 1BIMA 1VIJA 3GI6A 5P64A 4Q1YA 4EPJA 4KUPA 3OQAA 4EXHA 1F34A 4Y5EA 4YBIA 4ACUA 1ZPAA 4ZLSA 2WECA 1EBWA 2F8GA 1QS8A 3DV1A 1PSAA 3GGXA 5DQ1A 5P20A 5P10A 5P0FA 1SIPA 3KN0A 4Z4XA 2BBBA 5AHCA 1JLDA 5P7QA 7HVPA 3DV5A 1LF4A 2AQUA 2Q64A 4J0PA 1RNEA 4Y3EA 2PQZA 5OZDA 5P1PA 2QCIA 1FQ5A 1APUE 2ER6E 3EMYA 5OZ2A 4LXAA 5P1SA 1GVXA 4PPHA 2HPFA 5KOQA 5P4OA 2FXDA 5P0WA 3O99A 3INDA 3OOTA 5P5ZA 3IGBA 1HOSA 4DVFA 1K2BA 5OYVA 1EPLE 5P15A 3KT5A 4ER4E 2AZ9A 1EPRE 3LZYA 4S1GA 3PI5A 1OEXA 1HPOA 5DPZA 5P56A 3O9EA 1DW6C 2PMAA 3SKGA 5P0ZA 5OZJA 2IKOA 3L5CA 5P57A 3EL4A 3CYWA 4PZXA 5P3BA 3TTPA 3S2OA 3O9IA 5P8HA 3K1WA 1MSNA 4FCOA 4XKXA 3VUCA 2AOIA 4Y3MA 2F3EA 4GYEA 3LIQA 2NMYA 2FIVA 4PHVA 2OF0A 5P72A 5P0PA 3R0YA 1APTE 1HHPA 5P2DA 1SGUA 1B6PA 1W6HA 1K6TA 3PB5A 5AH7A 2AOFA 2RKFA 3NU6A 5ISKA 1LS5A 1B6MA 5P6VA 4EQ0A 5P4HA 1K1UA 3PWWA 5I70A 4Y4DA 5P1GA 3OUCA 2WF4A 3LZSA 4EQJA 4B00A 4Y45A 5P1AA 4ER1E 1B11A 5P8KA 4OBZB 3K5GA 2WEBA 5OZ1A 3L38A 4GJDA 4EJLA 2VNNA 4I11A 4R95A 5OZTA 4EXGA 3GI5A 1C6XA 4GJAA 4XX3A 3ZPUA 3UQXA 5P7CA 5P5BA 3SA4A 1N49A 2R38A 4Y3SA 5IS4A 1BV9A 2Q63A 3OADB 5P3ZA 4B78A 5P8SA 3I8WA 2G69A 4DPFA 1HXBA 5P4LA 5P7RA 2G1SA 1IZDA 2QHZA 2AZBA 5P8PA 4Y3RA 3TPPA 3GGAA 1MTBA 4BFDA 1D4LA 3LIVA 1HTEA 2A1EA 2P83A 3EKXA 4FAEA 4FL8A 3GGVA 3EKVA 2O4KA 3R0WA 2G20A 1EAGA 4I12A 5P8AA 3PSUA 5P3EA 4EJ8A 3EKWA 3OOZA 5HTZA 4LP9A 5P7JA 3UDJA 4APEA 5P1DA 5P7XA 3SABA 4TRYA 4ZPGA 5P2IA 3O9LA 5P6AA 4UPJA 4YCYA 1HPVA 5OZAA 5P40A 1ZBGA 4I8ZA 2ZDZA 3FIVA 5KQFA 3O9HA 5I3VA 4JP9A 5P1OA 4DQCA 4Q5MA 3K5FA 1LYWA 1FGCC 2PWCA 2F80A 5P67A 2V13A 1TQFA 4OBJA 5P2JA 4RLDA 3HZCA 1B5FA 2OHLA 4I10A 1AXAA 5P8CA 1MT9A 1NPVA 1T7IA 2PH8A 3LNKA 1OEWA 4Y3GA 5P7EA 4XX4A 3PMUA 3O9AA 4IVTA 2O4LA 4B70A 1NPAA 3G72A 5P7OA 3ZOVA 5P5RA 3T11A 2V00A 2QI1A 5HDZA 5P5LA 5P1IA 1D4KA 3SA5A 5P1UA 3SA7A 2FGVA 1SDUA 3KF0A 4B05A 2OHQA 4Y6MA 3VLBA 5P6MA 3IN3A 4FAFA 4Y4BA 3RTNA 5P73A 3CKRA 5P14A 1ZAPA 4CPUA 4Y3WA 4BFBA 2ZHUA 2P8HA 2IKUA 3OU4B 1K6CA 1IZHA 2B7ZA 4MC9A 2FS4A 5OZ6A 5EZZA 5P1RA 3NYGA 5P69A 3NR6A 4I0DA 4Y5KA 1HVHA 1LZQA 4N00A 5P25A 2O40A 5P8DA 4OD9B 5BS4A 4YD5A 4Z2ZA 5P8EA 3QRSA 5P50A 4I8WA 1K6VA 1FQ8A 3IVHA 1AIDA 4X7IA 5HVPA 4YDGA 2O4NA 5P55A 1KJHA 2QMPA 4TRZA 5C9FA 4Y4TA 3TH9A 2HIZA 1W6IA 5P7PA 4Y54A 2PSUA 5DGUA 2WJOA 5P36A 4Q1XA 4HEGA 2Q54A 2PK5A 4Y4WA 1GNNA 5P7HA 3SA9A 4YD7A 2ZE1A 2ER9E 5P28A 5P5PA 4NJSA 5OZQA 1TCXA 4Y5AA 1W5VA 1RV7A 2WEDA 3PSYA 2VIEA 2G24A 2R9BA 5P0RA 1QDMA 3IN4A 3HD8A 3G70A 3GW5A 5P43A 4R5NA 3VEUA 1BXOA 5P7GA 1QBUA 2QD7A 2RKGA 5P1VA 5P8GA 2RSPA 5P6HA 4K4RA 3OGPA 5P38A 1B5FB 4KB9A 4RRSA 5P7UA 3MWSA 4HDFA 5P1TA 2VJ9A 5P7VA 3BHEA 3QBHA 4FSLA 2QZXA 5OZEA 6FIVA 1BILA 5P5IA 5P7ZA 5P6SA 4TVGA 5P3RA 5P42A 1EPQE 4NPTA 1KJ7A 2ZJHA 5P6QA 5P1ZA 1G35A 2NNKA 1RL8A 2QI7A 3L5BA 3QVCA 4YDFA 1EPME 3ZL7A 3SA3A 2B60A 1C6YA 2Q15A 5P8IA 1XE6A 3VSXA 1A30A 5HDXA 4DQEA 4Y37A 4I0FA 2Z4OA 5P6FA 3I25A 5P2OA 1D4IA 1IVPA 2R43A 3BXRA 1FFFC 1PSNA 1WKRA 4I0JA 1B6LA 2ZYEA 5P6OA 4CPRA 1BBSA 4HZTA 3EM6A 3ER5E 3I2LA 4M8XA 2EWYA 1PPLE 5P4TA 2FLEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1SGZ A;  2ZJL A;  3UFN A;  4CPW A;  3SM1 A;  5JFU A;  4Y4J A;  3UQU A;  4DFG A;  3HDK A;  1MRX A;  3KFR A;  4GJ9 A;  2HS1 A;  1ODW A;  4CMS A;  4AMT A;  3QRO A;  3UDH A;  2FNT A;  5P09 A;  4RYC A;  5P32 A;  3EKT A;  1T6E X;  3H5B A;  2I0D A;  5P0Q A;  5P8O A;  3EM4 A;  3DCR A;  1EBZ A;  1KJF A;  5P8Q A;  5P08 A;  4DJR A;  2QD6 A;  3GI4 A;  3OHH A;  2BPX A;  1C70 A;  3INE A;  1LF3 A;  5P0O A;  1AAQ A;  5HDV A;  4D88 A;  3LHG A;  3OQ7 A;  4Y4G A;  4YOB A;  2I0A A;  1HTF A;  3DOX A;  5P70 A;  4EJK A;  2Q55 A;  1D4S A;  4DQF A;  1YT9 A;  3UDQ A;  5APR E;  3HVG A;  5C9B A;  3OXX A;  2Q3K A;  1MIQ A;  5P86 A;  1T7K A;  5P23 A;  1LYA A;  5P2U A;  1K6P A;  1Z1H A;  5P2C A;  5P2Z A;  3LPJ A;  2XFK A;  1HTG A;  5P3L A;  4WY1 A;  5P7B A;  3Q4B A;  5HE5 A;  3Q6Y A;  4ER2 E;  5P3C A;  2QI3 A;  5P8L A;  1DAZ C;  5P8T A;  1HVR A;  1HIH A;  4WY6 A;  3B7V A;  5J25 A;  1G2K A;  2AOG A;  2R3W A;  1MTR A;  5P3X A;  4OC6 A;  3Q70 A;  4TVH A;  4YE3 A;  3ZMG A;  3CYX A;  3JW2 A;  1MRW A;  5P17 A;  5P6B A;  3OQD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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