4YOBA

Crystal structure of apo hiv-1 protease mdr769 l33f
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVFEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The L33F darunavir resistance mutation acts as a molecular anchor reducing the flexibility of the HIV-1 protease 30s and 80s loops.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 Protease
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4yobA00
4CPTA 2EWYA 1HVKA 1SGZA 3NWXA 4Y3HA 5P1FA 3FIVA 3ZKIA 2PYNA 5P5LA 5P2GA 3SA6A 1ZSFA 2QHCA 3L38A 1C6XA 4CPUA 5P5HA 5P7OA 5P0PA 4E43A 3INHA 3JVWA 3UDKA 4Y3XA 4A4QA 5OYWA 3TOHA 5P3NA 1D4KA 5P8IA 5P38A 3QI1A 5P25A 2P3AA 4B1DA 4FRKA 2FNTA 5KR1A 1SIPA 4Y4BA 4YOAA 3K4VC 4OBGA 2F3KA 3T7XA 3KFNA 5P4VA 5P01A 3WZ8A 5P4JA 2QZLA 5DPZA 2PH6A 2R3WA 3QS1A 5OZ5A 4DQHA 2B8LA 4J1EA 5P5MA 5P84A 2ZJLA 2I4VA 2O4LA 3KYRA 2IEOA 4NJVA 1BWBA 3UPJA 1HPOA 4Q5MA 3NU6A 4R92A 1BIMA 1B5FA 5P87A 3L58A 5P71A 3HDKA 5P6WA 4APEA 5P5SA 3S43B 3DV1A 4Y57A 5P4MA 2QD7A 1HTRB 2VJ9A 5P68A 2QI1A 3BXSA 5P0BA 5KR0A 2VA7A 3U6AA 1EPME 5P1HA 2AOFA 3DUYA 4R8YA 2HB4A 4LHHA 1NPAA 2ER9E 3RTNA 3EXOA 3IGBA 4Y3MA 5P07A 4LAPA 5P2NA 5P7UA 2PSVA 5P8PA 1HIVA 3NU4A 1UPJA 3LZYA 9HVPA 3KFPA 3D1XA 3IVHA 1MERA 4FAEA 3OWNA 3N3IA 1FLHA 5OYQA 4FM8A 1IZEA 2QNNA 3UHLA 4H3FA 3G70A 3IXOA 1HIIA 5HDZA 5P3AA 1SBGA 2QP8A 2HB2A 5P11A 2O4NA 4KB9A 5P47A 5P6XA 3O9LA 1HVJA 2Q15A 4YD5A 5P4XA 2AZ9A 2OHQA 1EPPE 2IENA 1T7IA 1HVSA 2G94A 3BHEA 3OQAA 4OBKA 5P2QA 3NDXA 1KJHA 5ISKA 5P4WA 1LYAA 5OZ6A 5P7YA 5P4NA 4JECA 1TCWA 5P82A 1LEEA 3HBOA 2R5QA 2MIPA 4OC6A 3EKPA 3O99A 4A6CA 3OADA 5P4DA 3IN3A 4Q1WA 4Y5EA 4CPRA 1ZP8A 5P1ZA 4FRIA 4EHCA 1BILA 5DR1A 1RPIA 5KQZA 4BEKA 1GKTA 3RTMA 4OBZA 4APRE 4D83A 5P6ZA 1G2KA 3RSXA 1B5FB 4Y5AA 2FGVA 1QBRA 5OYUA 5DR3A 1HPSA 2Q54A 5P8GA 1W51A 1UH7A 4Y3AA 3QVCA 3L5CA 2QAKA 2VIYA 5P70A 1FFFC 1FQ5A 5KOSA 2HC0A 3SKGA 2B8VA 3D91A 1QS8A 2AODA 1TCXA 5P0VA 2VIZA 5P1CA 5P8LA 1YG9A 2SAMA 4GJ9A 2V0ZC 5P52A 4IVTA 4XKXA 5P3TA 3EM3A 4J1FA 1FQ4A 2O40A 1SMRA 3U7SA 3ZKXA 3TH9A 3OQFA 3CKPA 3UTLA 1MT9A 3LPJA 4L6BA 4DJVA 5OYYA 1XS7D 3UF3A 1TW7A 3OU1A 5OZJA 3O9LB 1OD1A 5P15A 5P0LA 4CPWA 4DJOA 1W5WA 4I0HA 1QDMA 3UQXA 2QHZA 4HDBA 1HVLA 1MT8A 1MT7A 2V00A 1LYAB 3I6OA 2JJIA 5P65A 4Y5PA 1PSOE 3NDWA 4OC6B 4QGIA 3TOGA 4B1CA 3S8IA 3K5DA 5P5QA 4DI2A 5P62A 1NPVA 1E82E 5P5OA 5OZHA 3LITA 2IGXA 5OYRA 2AZBA 5P0TA 2OHUA 4GZFA 3S7MA 3T7PA 3TNEA 2QI3A 4OBZB 2G69A 1YTHA 5P22A 4BELA 5P6QA 3FX5A 4PHVA 3OTSA 5PEPA 3LZSA 2QZKA 1XN2A 3VF5A 3L3AA 1FB7A 1NPWA 2QD6A 3EKWA 5F01A 3PWWA 5P6NA 2IRZA 1YTJA 5P1UA 1SDTA 1NH0A 3OUAA 4Y5BA 1HBVA 5AHBA 1MSMA 4OBDA 5OZLA 5P1EA 5ER2E 3URIA 1WBKA 5P6LA 3PI5A 4Y35A 4Y3GA 2PQZA 4J0VA 3SFCA 3EM4A 1FQ7A 2BPZA 4FCOA 1W50A 1C6ZA 5OZKA 4BFBA 3L59A 5APRE 1FF0C 3ZKMA 5P5NA 1TQFA 3DM6A 5P20A 5P2SA 2WECA 1B6PA 2B42A 4WY6A 4YCKA 3EL0A 3UDMA 2WF1A 5P61A 5P6RA 2WEZA 3OU1B 1GVWA 4CPXA 3VYEA 4I0FA 2ZHSA 3HLOA 2NMZA 4A6BA 4Y5MA 3O9GA 4ZSQA 4I8ZA 4J0ZA 2B7FA 3AUPA 5P5JA 2NXLA 4RROA 5KR8A 2NMYA 5P37A 1F7AA 4F76A 4YD6A 2VS2A 4TRWA 2ZHVA 5P6EA 2BBBA 4Y39A 2V12C 4L7GA 4Y3PA 4IVSA 4R93A 3GGUA 5OZTA 5P5XA 3NDTA 5I70A 5P35A 3UDQA 2FDPA 2PH8A 5P6OA 4DFGA 2PSUA 3PI0A 4DPFA 2AOGA 3M9FA 2AVMA 4J1KA 5JFUA 3EL4A 5P1YA 2P3DA 3IXJA 1LF3A 5P4YA 3GI6A 3SA5A 5P0XA 3C9XA 3QRMA 1KJ4A 2WEDA 3OQ7A 3SPKA 5P5UA 2WL0A 1AVFA 2HB3A 3TPJA 4EQ0A 5P6VA 1MTRA 1XE6A 3EMYA 3UCBA 5P0QA 5P29A 4GIDA 1F34A 5P1OA 4YA8A 1EBKC 3EKQA 2R3TA 1A9MA 5P4EA 5P7NA 3G6ZA 5AHCA 3VF3A 5DQCA 3SAAA 1Q9PA 1FQXA 3OXVA 2AOEA 2NXMA 3I2LA 3NUOA 5P8DA 1AJXA 2H6TA 5P8SA 3OXXA 4K4RA 1W5XA 5P57A 2ZHRA 4GB2A 3EKTA 3UFNA 2ZJHA 4RRNA 1AXAA 3ZMGA 1K1TA 3LZVA 1EAGA 5HVPA 3B7VA 3UDHA 1D4JA 1EC3A 3NU3A 5KAOA 4EQJA 5P3HA 4AA8A 1Z8CA 1Z1RA 2J9JA 5DQ5A 5OZ4A 3AIDA 5SXNA 3TTPA 3QRSA 4DJWA 2QMDA 5TOLA 2QD8A 3EKYA 4OD9A 1ZTZA 2HPFA 2PMAA 5P1DA 5P8OA 2NNKA 5P4CA 5P7KA 5P60A 5OZ3A 5P2FA 5IS4A 2OHTA 3PSYA 4B72A 5CLMA 3TKGA 4H3IA 1T6GA 1XE5A 4L1AA 2VA6A 5P3BA 5P26A 4D85A 2QI5A 2XFJA 4D89A 2R38A 3CYXA 3ER3E 1OEWA 2QI6A 5P4BA 4Y6MA 5P8BA 1QRPE 1IDBA 1EPNE 3TL9A 4CPSA 2CEJA 3HD8A 4M8YA 5OZGA 2A1EA 2XYFA 3OUDA 4Y4EA 3VYFA 3BUHA 3QIHA 5P1SA 5P04A 1DW6C 5P50A 2ZHTA 4UPJA 4Y3QA 5P4OA 2NPHA 2PC0A 5P2MA 5P2AA 4FS4A 5SY3A 5P4KA 3KT5A 4S1GA 5KR2A 3PSGA 6FIVA 3WZ7A 3FSMA 1BAIA 2O4SA 5KOQA 3PEPA 1SIVA 4RVXA 4CMSA 3EBZA 3UQRA 4K4PA 4Y3WA 1FIVA 5P13A 3VFAA 3Q3TA 3ZPUA 4Y36A 5CONA 5P09A 5P0OA 4CP7A 3MXDA 3LPKA 4Z2ZA 3SKFA 1VIKA 2OF0A 3SACA 5P8AA 3SO9A 1W6IA 2ZJKA 4Y3JA 5P2TA 4Y3EA 5P1WA 4QJ2A 5P00A 4ZSPA 4J17A 4COEA 3R4BA 1AAQA 4Q1XA 5P4HA 3WB5A 5P7CA 5HCOA 2P4JA 2ASIA 3KM4A 2J9JB 3GI5A 5E5JA 2WJOA 1LF4A 1HWRA 5P7VA 5P7PA 1GVUA 3PBZA 3CKRA 4OD9B 2VIEA 5P10A 4FE6A 1BWAA 2I4QA 5HDVA 4YD7A 4I0IA 5P1VA 3ZKNA 2PYMA 3S54A 2P83A 2HIZA 5IVSA 1LYWA 4L1AB 3O9DA 3K4VA 3OUCA 5OYVA 2FIVA 4ZE6A 2OHPA 3GI4A 4YCYA 2FDEA 1K6PA 4Z22A 2BKSA 1T7JA 3TPPA 1FFIC 1IZHA 5P3KA 1PSAA 3TKWA 7HVPA 3U71A 4YBFA 2NXDA 3ECGA 5IVRA 3OUDB 4HVPA 1ENTE 2R9BA 4Y4ZA 1U8GA 4Y9WA 4DJXA 4I0EA 4HEGA 5P02A 2JE4A 5P30A 2OHMA 2ZJJA 5I3VA 5P33A 3TPRA 3TLHA 4Y48A 3LHGA 2ZYEA 1HSGA 2QU2A 3KDDA 3PHVA 2IKOA 5P4IA 5P43A 5C9FA 5BWYA 5P54A 4JPCA 4ZSRA 2FXDA 2I4WA 1QBTA 4Y3ZA 3EL5A 5P7EA 2IDWA 3CIBA 3BGCA 3VV6A 1JLDA 1YM2A 2WF3A 3CKTA 4H3GA 5P3LA 3FNSA 2V10C 5P34A 3NSHA 4TVHA 5P3GA 2PWRA 5P1AA 4RRSA 1PPKE 4LC7A 3QP0A 4GMIA 3SQFA 5P0JA 5OZPA 5P2OA 3QAAA 2QHYA 5FIVA 5P6FA 2P3CA 1XDHA 2F80A 4RYCA 5P46A 1E81E 3R0YA 2V13A 3TOFA 1GVVA 1EC2A 4XXSA 4F75A 5P7DA 4K8SA 5P0EA 5P44A 3UDJA 5UPJA 4NPTA 1GNMA 5OZDA 2P8HA 4Y3DA 3HW1A 5P05A 2V16C 3T11A 3GGAA 1LYWB 4Y5KA 1BBSA 3QRVA 5P23A 3PMYA 1C6YA 4ZSMA 3R1GB 5P03A 5P58A 5P7TA 4RCDA 5P0ZA 2Q11A 1FGCC 5P8HA 3URLA 2PK5A 1ZSRA 3T3CA 5P2VA 2Q64A 5ER1E 5P39A 4Z50A 4DUSA 4KE1A 2CEMA 4I11A 5P6UA 1FG8C 5P6GA 1DAZC 3S53A 4Y4UA 4DJYA 5OZMA 4J54A 1G6LA 4RCEA 4Y38A 4MC1A 5HD0A 2OHRA 5P4RA 5P79A 3LNKA 5P3MA 4XX4A 3O9EA 4Y5LA 4MC9A 4QJ7A 1ME6A 2FGUA 5P5YA 4Y50A 5P0AA 4FRJA 3K5FA 3O9HA 3BXRA 1ZLFA 5P8UA 5P8KA 4U7VA 5P1PA 5P0IA 4K4QA 5P7ZA 5P19A 5P8JA 1DPJA 4Y5CA 5P5BA 3OOZA 3CMSA 5HTZA 5C9DA 4ER2E 4AUCA 1KJGA 1GNOA 2G1YA 4QJ8A 5P0UA 3TPLA 4FRSA 3Q4BA 1B11A 4D8CA 5P7FA 1ZBGA 4FM7A 4Y3RA 1TSUA 4B78A 5P80A 5P5ZA 5JG1A 2Q63A 2O4PA 5OZ8A 1VIJA 4LXMA 3SM1A 4EPJA 1D4LA 4B70A 5COPA 4M8XA 5OZ0A 3VLBA 4DV9A 3JW2A 1K2BA 7UPJA 3APRE 4EP3A 2F81A 5P78A 1EBWA 3OUBA 2H6SA 5P3UA 5OYTA 2BQVA 1B6LA 5ISJA 5P6CA 2QNQA 5J25A 3G72A 5IVQA 5P0WA 1DIFA 3LPIA 2R5PA 3NYGA 3OXWA 5OZAA 4MC6A 1D4YA 4GJ6A 3LZUA 4YD4A 5OZ9A 3EL1A 5P0DA 5P24A 1DP5A 4NJSA 3DK1A 5P8TA 4DPIA 2HPEA 5P5EA 2AOHA 4GJ8A 5DR7A 5DQ4A 1META 3OU4A 5KQXA 1RNEA 1MESA 4PYVA 1MTBA 1K2CA 3O9CA 3ZPSA 4OBFA 2I4DA 1EPRE 5P6DA 5P49A 4Y41A 4GJ7A 3PB5A 5BRYA 3OU3A 3R2FA 4JOOA 2VJ6A 1HHPA 5P76A 3VEUA 5JFPA 5P7XA 1ZJ7A 3BVBA 4EWOA 3VV7A 1APWE 5P7HA 5OZXA 5P3EA 2IS0A 2QMFA 4B77A 2ZJNA 5P66A 1MEUA 2UXZA 3QVIA 1CZIE 3I25A 1A30A 4F73A 5P4FA 3DCRA 4HZTA 4EJLA 1D4SA 5OYXA 1BV7A 4CPQA 3PGIA 1SDVA 4ZPEA 4LBTA 3APPA 3NWQA 2VNMA 5OZRA 1PROA 3LIYA 2G1RA 3ZKGA 1EEDP 3IN4A 5P36A 3LIVA 2I0AA 5P73A 3CYWA 2BJUA 4U8WA 5HE4A 1HPVA 2BB9A 3QN8A 3Q6YA 4DQCA 1HTGA 5AH6A 3SA9A 1BVEA 5P3VA 3ER5E 5OZNA 1SH9A 5P5TA 5DGWA 1ER8E 1HTFA 1W6HA 2ZHUA 2R43A 4YE3A 3K5CA 5P1RA 1HPXA 5HE5A 5OZZA 3JVYA 4Y5GA 2F3FA 3PRSA 3L5EA 4RVIA 5P4GA 5P63A 3UDRA 2QK5A 3L5DA 1K6CA 3ZPTA 3FV3A 3PCWA 3OU4B 5JODA 3MXEA 4ER4E 3S7LA 1K6VA 3KN0A 2BPVA 2NR6A 1ODYA 2JXRA 5P81A 4Y54A 3O9IA 3PLDA 2B60A 5P3QA 4BFDA 3SLZA 3QBHA 4KE0A 2AVSA 5P0FA 3UQPA 1ODXA 2ZE1A 4HLAA 5P72A 1IZDA 3OOTA 1K1UA 1D4HA 1M43A 3BUGA 1WBMA 2AVOA 4ZIPA 2UY0A 1YT9A 1RL8A 2WHHA 2RSPA 3D3TA 4Y3SA 2XFKA 5OZBA 5P1KA 4FAFA 5P6PA 1B6JA 4L7HA 6UPJA 2AOJA 4AMTA 4EYRA 1EC0A 2QMPA 2G24A 3OAGA 4I0GA 5P0KA 1W5VA 3PMUA 2AVVA 3S85A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CPT A;  2EWY A;  1HVK A;  1SGZ A;  3NWX A;  4Y3H A;  5P1F A;  3FIV A;  3ZKI A;  2PYN A;  5P5L A;  5P2G A;  3SA6 A;  1ZSF A;  2QHC A;  3L38 A;  1C6X A;  4CPU A;  5P5H A;  5P7O A;  5P0P A;  4E43 A;  3INH A;  3JVW A;  3UDK A;  4Y3X A;  4A4Q A;  5OYW A;  3TOH A;  5P3N A;  1D4K A;  5P8I A;  5P38 A;  3QI1 A;  5P25 A;  2P3A A;  4B1D A;  4FRK A;  2FNT A;  5KR1 A;  1SIP A;  4Y4B A;  4YOA A;  3K4V C;  4OBG A;  2F3K A;  3T7X A;  3KFN A;  5P4V A;  5P01 A;  3WZ8 A;  5P4J A;  2QZL A;  5DPZ A;  2PH6 A;  2R3W A;  3QS1 A;  5OZ5 A;  4DQH A;  2B8L A;  4J1E A;  5P5M A;  5P84 A;  2ZJL A;  2I4V A;  2O4L A;  3KYR A;  2IEO A;  4NJV A;  1BWB A;  3UPJ A;  1HPO A;  4Q5M A;  3NU6 A;  4R92 A;  1BIM A;  1B5F A;  5P87 A;  3L58 A;  5P71 A;  3HDK A;  5P6W A;  4APE A;  5P5S A;  3S43 B;  3DV1 A;  4Y57 A;  5P4M A;  2QD7 A;  1HTR B;  2VJ9 A;  5P68 A;  2QI1 A;  3BXS A;  5P0B A;  5KR0 A;  2VA7 A;  3U6A A;  1EPM E;  5P1H A;  2AOF A;  3DUY A;  4R8Y A;  2HB4 A;  4LHH A;  1NPA A;  2ER9 E;  3RTN A;  3EXO A;  3IGB A;  4Y3M A;  5P07 A;  4LAP A;  5P2N A;  5P7U A;  2PSV A;  5P8P A;  1HIV A;  3NU4 A;  1UPJ A;  3LZY A;  9HVP A;  3KFP A;  3D1X A;  3IVH A;  1MER A;  4FAE A;  3OWN A;  3N3I A;  1FLH A;  5OYQ A;  4FM8 A;  1IZE A;  2QNN A;  3UHL A;  4H3F A;  3G70 A;  3IXO A;  1HII A;  5HDZ A;  5P3A A;  1SBG A;  2QP8 A;  2HB2 A;  5P11 A;  2O4N A;  4KB9 A;  5P47 A;  5P6X A;  3O9L A;  1HVJ A;  2Q15 A;  4YD5 A;  5P4X A;  2AZ9 A;  2OHQ A;  1EPP E;  2IEN A;  1T7I A;  1HVS A;  2G94 A;  3BHE A;  3OQA A;  4OBK A;  5P2Q A;  3NDX A;  1KJH A;  5ISK A;  5P4W A;  1LYA A;  5OZ6 A;  5P7Y A;  5P4N A;  4JEC A;  1TCW A;  5P82 A;  1LEE A;  3HBO A;  2R5Q A;  2MIP A;  4OC6 A;  3EKP A;  3O99 A;  4A6C A;  3OAD A;  5P4D A;  3IN3 A;  4Q1W A;  4Y5E A;  4CPR A;  1ZP8 A;  5P1Z A;  4FRI A;  4EHC A;  1BIL A;  5DR1 A;  1RPI A;  5KQZ A;  4BEK A;  1GKT A;  3RTM A;  4OBZ A;  4APR E;  4D83 A;  5P6Z A;  1G2K A;  3RSX A;  1B5F B;  4Y5A A;  2FGV A;  1QBR A;  5OYU A;  5DR3 A;  1HPS A;  2Q54 A;  5P8G A;  1W51 A;  1UH7 A;  4Y3A A;  3QVC A;  3L5C A;  2QAK A;  2VIY A;  5P70 A;  1FFF C;  1FQ5 A;  5KOS A;  2HC0 A;  3SKG A;  2B8V A;  3D91 A;  1QS8 A;  2AOD A;  1TCX A;  5P0V A;  2VIZ A;  5P1C A;  5P8L A;  1YG9 A;  2SAM A;  4GJ9 A;  2V0Z C;  5P52 A;  4IVT A;  4XKX A;  5P3T A;  3EM3 A;  4J1F A;  1FQ4 A;  2O40 A;  1SMR A;  3U7S A;  3ZKX A;  3TH9 A;  3OQF A;  3CKP A;  3UTL A;  1MT9 A;  3LPJ A;  4L6B A;  4DJV A;  5OYY A;  1XS7 D;  3UF3 A;  1TW7 A;  3OU1 A;  5OZJ A;  3O9L B;  1OD1 A;  5P15 A;  5P0L A;  4CPW A;  4DJO A;  1W5W A;  4I0H A;  1QDM A;  3UQX A;  2QHZ A;  4HDB A;  1HVL A;  1MT8 A;  1MT7 A;  2V00 A;  1LYA B;  3I6O A;  2JJI A;  5P65 A;  4Y5P A;  1PSO E;  3NDW A;  4OC6 B;  4QGI A;  3TOG A;  4B1C A;  3S8I A;  3K5D A;  5P5Q A;  4DI2 A;  5P62 A;  1NPV A;  1E82 E;  5P5O A;  5OZH A;  3LIT A;  2IGX A;  5OYR A;  2AZB A;  5P0T A;  2OHU A;  4GZF A;  3S7M A;  3T7P A;  3TNE A;  2QI3 A;  4OBZ B;  2G69 A;  1YTH A;  5P22 A;  4BEL A;  5P6Q A;  3FX5 A;  4PHV A;  3OTS A;  5PEP A;  3LZS A;  2QZK A;  1XN2 A;  3VF5 A;  3L3A A;  1FB7 A;  1NPW A;  2QD6 A;  3EKW A;  5F01 A;  3PWW A;  5P6N A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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