4Z2ZA

New crystal structure of yeast ddi1 aspartyl protease reveals substrate engagement mode
Total Genus 25
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
25
sequence length
136
structure length
123
Chain Sequence
NAIEYTPETQVPMLYINIEINNYPVKAFVDTGAQTTIMSTRLAKKTGLSRMIDKRFIIGRIHQAQVKIETQYIPCSFTVLDTDIDVLIGLDMLKRHLACVDLKENVLRIAEVETSFLSEAEIP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords DNA damage-inducible protein 1
publication title Structural studies of the yeast DNA damage-inducible protein Ddi1 reveal domain architecture of this eukaryotic protein family.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 25
structure length 123
sequence length 136
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13975 gag-asp_proteas gag-polyprotein putative aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4z2zA00
1BIMA 3WSJA 2WF0A 5AHAA 4J55A 5SZ9A 5P1XA 3HAWA 1LF2A 4DJVA 3UDYA 4FM8A 1M43A 2P3BA 2VA6A 1APWE 1PPME 2NXLA 3LIYA 2Q5KA 2AOIA 4I0GA 5P43A 3NYGA 1T7JA 4YDGA 4I10A 1QRPE 3QAAA 1B6JA 5BS4A 5P11A 1ZSRA 2PC0A 3OUAA 4Y4XA 3L5CA 1K6TA 3SA7A 3QRMA 1G2KA 3OGQA 5I70A 3TTPA 3I8WA 3PSGA 2R3WA 2QMDA 3FNUA 1PSAA 5P3YA 4Y3XA 3L38A 2WEZA 1FQ6A 1FG8C 4M8YA 1ODXA 5P2YA 4HDPA 5P1AA 2EWYA 5ISJA 2Q55A 5APRE 5OZ3A 5OYWA 1W50A 5P1CA 3PSUA 3ZPTA 4YBFA 2OF0A 1LZQA 4ACUA 3UPJA 5IE1A 1B6MA 5J25A 2BPZA 5P5BA 3EKPA 3INHA 5DGUA 3LNKA 1TCWA 3OOZA 3PEPA 3OY4A 5P60A 5P4AA 5P7GA 4ZIPA 1EC0A 1AAQA 2R43A 5P0CA 5UPJA 2QK5A 4GJ8A 4CPTA 4QGIA 4Y3DA 1YM4A 3PBZA 5DQCA 3O9LA 2QI5A 2OHLA 4QJ2A 5P82A 2B8VA 2WF4A 3T3CA 5P3FA 5P7EA 5OZZA 3UCBA 3BXSA 3K5GA 4Z4XA 2AZ8A 4RCFA 3HAUA 4Y4BA 5P8HA 3M9FA 1QBRA 4DJYA 5P0EA 3LIXA 5COKA 4ACXA 3KFNA 5IVQA 2VKMA 5HDXA 5P4PA 5JFUA 2I4WA 4Y4DA 3UDKA 5P53A 5P0UA 4LXAA 2UPJA 2R3TA 1HTFA 4I0EA 2OHTA 4FCOA 4Y48A 5P75A 1HVIA 1GVVA 5P1KA 3U7SA 1JLDA 3F9QA 3SACA 4CPXA 4HZTA 3ZKNA 3GI6A 1KJGA 1LYWB 5P7DA 1HWRA 4RYCA 3URLA 4Y3EA 4GYEA 4NJUA 5P7WA 3SA3A 5P5IA 1FQ8A 2G1SA 5P5UA 1OEXA 2A4FA 5KQYA 3ECGA 4D8CA 3NU3A 3SA9A 2ZYEA 1GVUA 4WTUA 4Y3QA 2WHHA 5IVTA 2QHZA 3D1XA 5KR1A 5P1SA 2V10C 2VIZA 4DQFA 5P1FA 5OZ6A 5P8LA 1SDTA 1B11A 4Y5CA 3UTLA 4Y47A 2UXZA 3UDQA 1KJ4A 1FB7A 4PHVA 4DJRA 3ZLQA 3OU1B 1WBKA 4OC6B 3KDBA 4RZ1A 3UQRA 4EQ0A 3CKRA 1XL2A 3NDUA 4Y4ZA 2AZ9A 4B0QA 2FIVA 5P3NA 3FSMA 2ZHVA 4EHCA 4AMTA 3ST5A 5P54A 5P3HA 3TH9A 4KE1A 2BBBA 3UHLA 2V13A 4GJBA 4B1CA 4PZXA 5P6AA 1ZJ7A 3LITA 4BFDA 3EL0A 5KQFA 4J54A 1LYWA 2Z54A 5P4QA 1ME6A 5P49A 4YCTA 2Q64A 2QNNA 4HA5A 3VYEA 1IBQA 5P27A 2AOFA 4NJVA 3RSVA 2ZHUA 4ZSPA 4J0TA 5P6LA 3SM2A 5P8JA 5P7VA 5P7TA 3O9GA 3OAGB 5KQZA 5KR8A 1K2CA 2VIJA 1LV1A 2G21A 2AVQA 2IS0A 2NMZA 2I1AA 2P4JA 5P0HA 3KFRA 4Y5KA 2Q15A 3GGAA 2IL2A 2XYFA 3MXEA 1W5VA 1A94A 1RNEA 5P15A 2OHQA 3LZVA 3R2FA 5P6EA 3WZ8A 5OZLA 2FLEA 1TQFA 1ZPKA 3OU1A 5P2WA 1YTHA 4GJ5A 4L7JA 1QBUA 4R5NA 5P4BA 3NUJA 5P8PA 1SGUA 2IGXA 4RGHA 3CKTA 4Y5EA 2F3EA 3OQAA 5OZVA 3UF3A 5P34A 3NUOA 3CIBA 5P6UA 1W5XA 2XFJA 4Y3SA 5DPZA 2I4QA 4ER2E 4Y3JA 4GJAA 5P4KA 2FDEA 1FQ7A 3CYWA 3VV8A 2SAMA 2OHRA 1WBMA 5P5TA 3UQXA 2HC0A 5P1PA 5P2HA 5F00A 1MPPA 2O4KA 5P5WA 3LIZA 3CMSA 3SABA 1WKRA 4QLHA 5KOQA 5P38A 1PFZA 5P1LA 4RROA 3WZ6A 5OZ7A 1TZSA 5P0RA 1G6LA 3VFAA 3OAGA 1EPOE 2V16C 3EMYA 2Q11A 1YG9A 4H3GA 5P6JA 3O9CA 5P7LA 3L5FA 5P3CA 3VSXA 4DJPA 4WY6A 4Y5PA 1E82E 4WY1A 4Y3RA 3KYRA 5P4GA 5P8GA 5P29A 3PJ6A 3L5DA 4ZPEA 3BC4A 5P0TA 2BPWA 3DCKA 3O9BA 4NPUA 5DQ2A 4Y50A 1HTGA 1BV9A 2RSPA 2G1NA 2Q54A 5SXNA 5OZ8A 2BJUA 5P3JA 4B05A 4HEGA 3VF7A 3APRE 5P6BA 3EC0A 3SO9A 5P23A 4U7VA 1B6LA 2B42A 4YD7A 4ER4E 3TNEA 3S45A 3OTSA 2CEMA 5OZ4A 2FNSA 3EKWA 2AVVA 4FRSA 5P7UA 3OHFA 2CEJA 2B7FA 3QVCA 4J1CA 1GVXA 4RRSA 4RLDA 1K2BA 5P4JA 2XYEA 2BPXA 3TL9A 5P0OA 1TSUA 5P6XA 5OZDA 3QI1A 3S7MA 4DVFA 5P2CA 1CZIE 1MTBA 1SIPA 5FIVA 3HVGA 5P3ZA 5P1TA 4Y35A 1ZP8A 1IZHA 4FGXA 5P5HA 1RV7A 5P80A 5P1ZA 5P30A 2VNNA 5P52A 5P5AA 1QDMA 4R92A 5P5XA 1HSGA 1MSMA 2QMGA 1HSIA 2OHSA 3SM1A 2NMYA 1SGZA 2G24A 4GIDA 5P1JA 3KFPA 3FIVA 4GZFA 4XXSA 5DQ5A 1Z1HA 2OHMA 5E5JA 5P8FA 5P6SA 5P44A 1KJHA 3GW5A 2ZHRA 3S43A 5EZXA 4GJ7A 5P16A 1G35A 1SH9A 5CLMA 1LYBB 1FIVA 4CMSA 3PGIA 9HVPA 5HDUA 5P0FA 5DR3A 4Y4GA 1TW7A 1UH9A 5P72A 1XS7D 4EQJA 5P8UA 4DPFA 1J71A 5P1VA 1SP5A 5CONA 5P32A 2JJIA 5OZXA 2QI4A 4DUSA 5P5KA 3QPJA 4TVGA 4NKKA 5P70A 3OQDA 4MC2A 1LEEA 4FM6A 4LP9A 2QMFA 3NWQA 1NH0A 5P7FA 4K8SA 5P4XA 4K4PA 3Q5HA 3LINA 4Q1XA 3IAWA 5P4TA 5P4ZA 2HS2A 3VEUA 5P3BA 1HXBA 8HVPA 2HAHA 5OZ9A 3O9FA 5P0MA 5P5GA 1FEJC 5P7CA 4FL8A 2F8GA 4NJSA 1B5FA 3IN3A 1ZSFA 5KQXA 3QVIA 1SMRA 4EPJA 1FLHA 1D4HA 5HTZA 3FNTA 4TRWA 2HIZA 3Q70A 3ER5E 3OXXA 3HDKA 5P5JA 1LF3A 1HPXA 5P5NA 3K1WA 1D4SA 4XKXA 2R38A 3DK1A 5OYZA 3VF5A 1NPVA 5P5OA 4D88A 4YBIA 2ER9E 5P5ZA 3LPIA 1LYBA 2RKFA 3KFSA 2WEAA 4YD5A 5F01A 2I4XA 1VIKA 1MEUA 5OYYA 4DFGA 1T6EX 4GJ9A 5P69A 1K1UA 2Z4OA 5P7AA 3UDHA 1D4IA 2VJ7A 4Y4AA 3D20A 3NDXA 4BELA 5JG1A 3S8IA 5OZRA 2IKOA 5P5YA 1HEFE 2P83A 5P2FA 4F74A 3PLLA 5P68A 5P42A 5P87A 4N00A 2NXMA 1PSNA 1ZPAA 5P7JA 1KZKA 3RU1A 5SY2A 3K5FA 4J1EA 1BXQA 3ER3E 4KB9A 1KJ7A 3NU6A 3L59A 5P62A 4Z2ZA 3NXNA 1M0BA 2QHYA 5OZIA 3PWRA 1T7KA 3OHHA 3MSKA 2ZDZA 3L5EA 4YCKA 5P3XA 1FGCC 2AZCA 3T7XA 4Y6MA 5DQ4A 4Y56A 4J0ZA 5P6KA 5P0AA 2UY0A 5P1WA 5P8SA 4LXKA 1HHPA 5P2OA 2O4PA 4FRKA 3O9HA 3BGCA 5ENMA 1META 4LL3A 2H6SA 1PPLE 1SDVA 3EM4A 2QD7A 2A1EA 5P6TA 5P56A 2OHPA 5P12A 5P0XA 1DMPA 4Y4EA 3RSXA 2F3KA 2I4VA 3I2LA 2PK5A 5P84A 1XDHA 2R9BA 5HCTA 4OBJA 5P05A 3OADB 5AHCA 4GB2A 4YD3A 4YD6A 5P0BA 4CPSA 4Y3YA 2ZGAA 4LBTA 1VIJA 2G1OA 5P2BA 2Q63A 5P0IA 2R8NA 3KDDA 5P19A 1FG6C 1YTIA 4GJDA 4OBDA 5OZUA 5P4VA 2IDWA 2G1RA 2HS1A 3LPKA 5P45A 4DV9A 3TLHA 2VA5A 2V00A 5P36A 1APTE 1BVGA 1QBTA 4QJ6A 2PSVA 5P14A 5P7SA 3O9EA 4DQEA 5P2XA 1DAZC 4JOOA 4FM7A 2WF2A 3QRVA 4Y41A 5P66A 4RRNA 3TPJA 1DW6C 5ISKA 5OYTA 2PSUA 7HVPA 2F81A 5AH8A 4FAFA 3IGBA 1HPOA 3O9DA 1MUIA 4DH6A 3R1GB 1W5YA 3OQ7A 4IVSA 3JVWA 3CKPA 3K4VA 5COOA 3BUFA 4R91A 2ZE1A 2QU2A 2IRZA 3SKFA 4I1CA 3L5BA 5P59A 3VV6A 4FE6A 3VV7A 1YTGA 2J9KA 3KDCA 1FMXA 5OYRA 2AOGA 3TOHA 3OADA 5HU1A 1K6PA 2IENA 3QROA 4Y53A 2PYNA 1FQ5A 4Y3MA 4L7GA 4RVXA 1ZLFA 2ZJKA 3NXEA 4DI2A 4GJCA 1HVKA 5DR4A 1FQXA 5OZYA 3ZKMA 4NPTA 3SPKA 2QZKA 2O4SA 2PH8A 2AQUA 1BXOA 4TVHA 3RVIA 3EL1A 4ZLSA 3HVPA 5OYUA 3T6IA 4GMIA 5P6NA 5P0PA 1G0VA 4ER1E 6APRE 3OXVA 4YDFA 4Y36A 4Y43A 4CPWA 4EJ8A 2J9JB 5HDZA 4Y5AA 3EL4A 5HE5A 2RKGA 3SKGA 2OHUA 5ER2E 5P2UA 5P3GA 5P6PA 3SA8A 2QD8A 4CPQA 1HXWA 2QI3A 5HD0A 5P0ZA 4FSEA 5P78A 5P0SA 4Y45A 2AZBA 2APRA 4DJOA 1OHRA 5AGZA 3NU5A 1EPME 3LHGA 3UDNA 5P7KA 3GGVA 5P4WA 4HE9A 3TKGA 1W51A 3EKYA 4EJKA 1U8GA 4J1FA 5P4CA 4OD9B 2XFKA 5HE7A 4Y4TA 5P3QA 1AXAA 3BUHA 1BBSA 4CP7A 5P7IA 5P0KA 3PI5A 4Q1NA 1BV7A 4OC6A 5E5KA 1BDQA 5P76A 2VS2A 1HSHA 4H3JA 4H3FA 4Y5NA 5OZGA 2RENA 1M4HA 6FIVA 1HIVA 2VIYA 4E43A 5OZAA 1HOSA 2QU3A 1Z1RA 4DPIA 1KJFA 5P5SA 1CPIA 3SQFA 2R5PA 3T11A 2WJOA 1YTJA 3DV1A 4EXHA 2IEOA 1DPJA 1IDAA 5OZJA 4DJUA 1RL8A 2PWRA 3IVIA 5P3TA 2BKTA 2ZJJA 1A8GA 1YX9A 2J9JA 4FIVA 5P7ZA 3JVYA 3D1YA 3PSYA 3NDWA 2ZJMA 4COEA 3PMUA 3SLZA 1AVFA 4J17A 1HVCA 5T4SA 4S1GA 3QBHA 3N3IA 5P2KA 5DR7A 2AOCA 4OBGA 1ODWA 3KMYA 4L7HA 2QP8A 3EKVA 3FKTA 5P3VA 1D4KA 3PHVA 4I12A 4TRYA 4Y3AA 5P31A 5DR8A 4J0YA 5P2DA 2AIDA 2PWCA 4OD9A 1AJXA 5P61A 3R0YA 3ZKIA 1MTRA 2HB2A 5P3KA 3H5BA 3PWWA 5DR1A 4AZYA 1IZIA 5OZ1A 5BRYA 4EXGA 1IVPA 3EL9A 3L58A 5P6ZA 5P39A 2B7ZA 4MC1A 5P5DA 4I8WA 1HVHA 5P4LA 4I8ZA 5P7MA 5P8BA 3DV5A 5P2RA 4I0DA 2WEDA 5P1RA 5P65A 5P17A 2AOEA 4X7IA 3LIVA 5P4MA 2BKSA 4HDFA 4Y3NA 3LIQA 1PSOE 5P2NA 4D83A 3I7EA 3OUDB 4LXMA 3Q3TA 1HRNA 3EKTA 4L1AB 4MC6A 5P00A 3ZOVA 2QD6A 4KUPA 5P73A 1UPJA 4YOAA 3KF0A 2H6TA 4ZEAA 3ZKGA 4TRZA 4K4RA 2F3FA 4J1HA 5OZCA 3RTHA 2AOJA 1MT8A 5OZ0A 3R4BA 2XFIA 3MSJA 5P13A 5P5RA 1E81E 5P2LA 4FRJA 1EBKC 5P88A 2JE4A 3U6AA 1OD1A 1SDUA 3IA9A 3IN4A 5P47A 2P3DA 1ER8E 3G70A 4J1IA 4F76A 4D89A 5P40A 3FX5A 3TOFA 5P83A 3GI4A 3D91A 3BXRA 3L3AA 3TPLA 2G1YA 4MC9A 4OBZB 5OZSA 4Y3PA 3WB5A 4R93A 5P7OA 1C6ZA 5P8VA 5BWYA 4EP3A 2ER6E 2FXDA 2WL0A 5P7XA 5P79A 5OZHA 3TKWA 2G94A 5OZPA 3TPRA 3PI0A 4OBHA 4PPHA 5OZBA 4R95A 1MESA 3VG1A 2V11C 5P7QA 5P8AA 3QBFA 4DQCA 1HVSA 3QN8A 3NDTA 3RTNA 1GVWA 5KR2A 3LZSA 3S56A 3OOTA 5ER1E 1F34A 3OUDA 3OXCA 4B70A 5OZ5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BIM A;  3WSJ A;  2WF0 A;  5AHA A;  4J55 A;  5SZ9 A;  5P1X A;  3HAW A;  1LF2 A;  4DJV A;  3UDY A;  4FM8 A;  1M43 A;  2P3B A;  2VA6 A;  1APW E;  1PPM E;  2NXL A;  3LIY A;  2Q5K A;  2AOI A;  4I0G A;  5P43 A;  3NYG A;  1T7J A;  4YDG A;  4I10 A;  1QRP E;  3QAA A;  1B6J A;  5BS4 A;  5P11 A;  1ZSR A;  2PC0 A;  3OUA A;  4Y4X A;  3L5C A;  1K6T A;  3SA7 A;  3QRM A;  1G2K A;  3OGQ A;  5I70 A;  3TTP A;  3I8W A;  3PSG A;  2R3W A;  2QMD A;  3FNU A;  1PSA A;  5P3Y A;  4Y3X A;  3L38 A;  2WEZ A;  1FQ6 A;  1FG8 C;  4M8Y A;  1ODX A;  5P2Y A;  4HDP A;  5P1A A;  2EWY A;  5ISJ A;  2Q55 A;  5APR E;  5OZ3 A;  5OYW A;  1W50 A;  5P1C A;  3PSU A;  3ZPT A;  4YBF A;  2OF0 A;  1LZQ A;  4ACU A;  3UPJ A;  5IE1 A;  1B6M A;  5J25 A;  2BPZ A;  5P5B A;  3EKP A;  3INH A;  5DGU A;  3LNK A;  1TCW A;  3OOZ A;  3PEP A;  3OY4 A;  5P60 A;  5P4A A;  5P7G A;  4ZIP A;  1EC0 A;  1AAQ A;  2R43 A;  5P0C A;  5UPJ A;  2QK5 A;  4GJ8 A;  4CPT A;  4QGI A;  4Y3D A;  1YM4 A;  3PBZ A;  5DQC A;  3O9L A;  2QI5 A;  2OHL A;  4QJ2 A;  5P82 A;  2B8V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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