4Z4XA

Crystal structure of multidrug resistant hiv-1 protease clinical isolate pr20d25n with open flap
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPFVTVKVGGQLKEALLNTGADNTIFEDINLPGRWKPKMVGGIGGFLKVREYDQVPIEIAGHKVIGTVLVGPTPVNVIGRDTMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Conformational variation of an extreme drug resistant mutant of HIV protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4z4xA00
2B8LA 3GI6A 1U8GA 4I0DA 5P7AA 5IS4A 4DV9A 5P0QA 3UDJA 1A30A 1D4SA 4RRNA 5OZLA 5P80A 4ZEAA 4J0ZA 4GJ6A 2Q11A 2Q63A 3QBHA 3OOZA 5OZ2A 5P4UA 1SBGA 5OZ0A 1WBKA 3VYDA 5I3XA 5IVRA 5OZ4A 2JYSA 5P5XA 3R2FA 5P4WA 1MTRA 2ZHRA 2FDEA 5P1QA 1D4JA 3HZCA 4AMTA 1YM4A 5P3CA 3SA8A 3HAUA 2QHZA 3ECGA 5P3SA 1HTGA 3EM4A 1AM5A 4WY1A 1MT9A 5HDUA 2VJ7A 1B6MA 2AZCA 4Y41A 3RVIA 3O9CA 2IS0A 5OZRA 3L5FA 3LHGA 4EJDA 3DK1A 4L7HA 2PMAA 5EZXA 1VIJA 5I70A 5P7YA 2MIPA 3HBOA 1EAGA 2OAHA 3D91A 2WEBA 2ZGAA 3NXEA 3KMYA 4DQHA 1G6LA 2UXZA 3TL9A 4E43A 2BQVA 1HPOA 2QI6A 4R91A 3UQPA 2NMZA 3O9LB 5P8SA 4I12A 5P1MA 5P46A 3KM4A 4XXSA 2P3AA 1YX9A 3PI0A 3ZPTA 4B77A 4RCDA 3PBDA 4AUCA 5P0SA 1BDRA 2I0AA 2ZE1A 5P2VA 5P8LA 3DOXA 3OUBA 5P75A 2QHYA 3PWMA 1EC2A 3OAGB 3IA9A 4Y36A 2Z4OA 5OZ6A 1HPSA 3SKGA 2B42A 3HLOA 4L7JA 3FIVA 4F73A 4H3FA 1XE6A 1T3RA 1HVRA 2O4KA 3D1ZA 3ZPSA 5HD0A 1E5OE 5P0LA 3RU1A 5P5LA 2P83A 2FXEA 5P6BA 4Q1WA 3BVAA 2G26A 3DM6A 1TCXA 4KB9A 2Q54A 3PBZA 3KF0A 3KDDA 1SDUA 2IKOA 5P1TA 5P30A 1F34A 3IXKA 1EBWA 3S7LA 1QBUA 1MTBA 2B7FA 4HZTA 5AH9A 1W5VA 4NPUA 5P6MA 5P7PA 3HW1A 5P1AA 3GGVA 2WEZA 2RKGA 3VV6A 3VUCA 3LZVA 3OK9A 1AAQA 5OZSA 2VA7A 3B80A 1SH9A 4ZSRA 2QHCA 3FSMA 3KDBA 2PC0A 4D8CA 3T3CA 4JPEA 2AQUA 5P68A 1FG8C 3I6OA 1YT9A 1TQFA 5P8JA 3NDTA 2AZ9A 5P2AA 3CKPA 1B5FA 5P0NA 1RV7A 5OYYA 1EPME 2O4NA 2O4PA 5P65A 2BPVA 4Y4JA 5P03A 2VIEA 4J1EA 1EPOE 5P0PA 5P6GA 3ER3E 5OZKA 1LEEA 3S43A 5P5ZA 1W50A 5OZ7A 3KMXA 1HTRB 4I10A 1M43A 5P4FA 5P09A 4PZWA 2G1SA 5P73A 3O9LA 3SLZA 4Y5MA 3BHEA 3IVIA 5PEPA 1FMXA 3I7EA 1DW6C 3MSLA 4Y5AA 4PYVA 4HLAA 5DR8A 5P6SA 2R5PA 2G24A 4B0QA 3EL5A 4HA5A 1FQ5A 2G20A 4EXHA 3EL9A 5JFPA 4ZE6A 5P0OA 1T6EX 1HIHA 4AZYA 2VNNA 2O4SA 3FX5A 1E82E 1IIQA 4DJQA 2J9KA 5P0IA 2FNSA 3OUCA 5P0FA 1FFIC 1HVIA 3I25A 3ZKGA 1META 3QPJA 2HAHA 4H3JA 3LZYA 2I4DA 7HVPA 4TRWA 3QS1A 4PZXA 1FQ6A 2UY0A 5P2EA 3RSXA 3UDMA 5P1CA 2G22A 5P1OA 5P5QA 1FEJC 5KOSA 4HEGA 4CPWA 5P2DA 4DVFA 2A1EA 5P0GA 4K4QA 2ANLA 1A9MA 1G2KA 1PSOE 5COKA 4DQBA 3O9IA 5OYQA 3OU1B 1YG9A 4TRZA 3S56A 5P4QA 1HEGE 3BRAA 5P7QA 3G72A 4A4QA 5P2IA 3SQFA 5P0TA 4F75A 2BPWA 1LZQA 3JVWA 2P3BA 1MEUA 4EYRA 4Y3DA 3IN4A 3NYGA 3SABA 1FQ8A 3ZMGA 2PYMA 5P5PA 5P81A 3O9GA 5JODA 3HVPA 4R8YA 5P4BA 5P55A 2ZJHA 3FV3A 3K4VC 1YM2A 4HE9A 4HDBA 2F3EA 3UDPA 5P1KA 5OYTA 5P4IA 3UTLA 4OBZB 4Y57A 2B60A 2AOJA 5P1IA 5P2NA 4K8SA 4LP9A 5P38A 5P5SA 2Q15A 5P20A 5OYWA 5P7BA 4AA9A 4YD4A 5P3TA 4B70A 2FLEA 2P8HA 5P26A 3WB5A 5P84A 1J71A 1E81E 5OZXA 5HDXA 3T7QA 3O9HA 3UDNA 5P5VA 3RTNA 5DR7A 5P8KA 3OTSA 4D88A 4D83A 4Q1XA 3PB5A 4DJPA 1HXBA 4MC1A 5KOQA 5IVQA 3PMUA 1HVCA 5P39A 1HBVA 4I8ZA 1JLDA 3INDA 4YD3A 5P4YA 3OU4B 1T6GA 3TPPA 1PSNA 2I4WA 3BUGA 2I4UA 5P5IA 5P6KA 3OQAA 5P2XA 1HOSA 4BELA 1ZPKA 1G0VA 1K2BA 2RKFA 3UQXA 3I8WA 5T4SA 4YCYA 2NNKA 4GJAA 2QD7A 1FKNA 3UQUA 3H0BA 2NXMA 3B7VA 5P4VA 5IVSA 3CKRA 5OZFA 1PPKE 4J1FA 4Y3TA 5P7NA 3VFAA 5OYXA 4OBHA 2IRZA 4COEA 4ZPGA 3FNUA 1GVUA 1LF3A 3OUDB 4Y54A 3UQRA 5P3PA 4EP2A 2WF2A 3KFRA 5P5UA 5OZCA 4Y56A 1B6KA 1EBYA 3EKTA 2OHNA 3QI1A 4U8WA 1W6HA 3O9DA 3OXWA 5DR3A 4B05A 1CZIE 5DQCA 3INFA 2O40A 5P0CA 5P35A 5SXNA 3DUYA 2WF4A 4FM6A 3EM3A 4RYCA 5P8GA 4Y4TA 2WECA 4DH6A 5P76A 2AOEA 2QNPA 3EKQA 1ZTZA 3SA4A 5DPZA 3OGQA 1SDVA 5DQ1A 4OBZA 3SO9A 5ER2E 4CKUA 5P0UA 3BUHA 3URLA 2QU3A 1FGCC 5P2QA 2WEAA 4RZ1A 1AIDA 1VIKA 3VLAA 2R3WA 4H1EA 5P7MA 1B6LA 5P6JA 1LYBA 2APRA 3I2LA 5P3XA 2NR6A 2QMPA 4Y3HA 5P4NA 2WF3A 3LIYA 1HPXA 1FQ4A 4ER1E 9HVPA 3UCBA 4OD9B 5P54A 5P6TA 5P29A 2G1YA 1B11A 3TOFA 4Y45A 5P0EA 4YHQA 3ZKNA 2XFKA 5P1LA 4DQGA 5P16A 4CMSA 4EJ8A 1FMUA 1A8GA 3L5EA 4NJSA 1DMPA 2V11C 3PHVA 4Y5BA 3HD8A 2BB9A 1QBRA 1BXOA 3UF3A 2Z54A 5P7TA 3UDKA 5P47A 5P4EA 5DQ5A 5P2ZA 4YD7A 2B8VA 3H5BA 1FLHA 3D3TA 5P4TA 4Y4ZA 2OHQA 2O4LA 1APUE 3R0YA 4Q1YA 5KQFA 1SIPA 5OZ9A 2ZJJA 3N3IA 3APRE 5P67A 4Y9WA 1TSUA 3KDCA 5P72A 5P2OA 4BFBA 3Q3TA 3SA3A 4Y48A 1EEDP 1DIFA 5P2CA 4NPTA 2NTRA 5P5NA 4OBDA 3OHFA 4EJKA 3PSUA 5P7DA 3TOHA 5P2HA 4B1CA 5OZBA 4RRSA 5P5DA 5OZVA 4QJAA 5P8AA 4JECA 5P8CA 4Y5PA 1BVGA 3VF3A 2F3FA 2HIZA 5P79A 5P3IA 2QZLA 4WY6A 3BXSA 2JJJA 3L5DA 4J17A 4OBKA 6UPJA 5P1WA 5P64A 1GNOA 5P61A 4DJOA 5P0WA 5P4ZA 3CIBA 3BC4A 5OYRA 4Y4WA 5P86A 3TKGA 1EPLE 3VYFA 1GVTA 3O9BA 3O9FA 5P85A 5P8UA 2AOIA 3O99A 4Y3WA 5P7IA 5P3UA 3D1XA 4LHHA 4PPHA 4RVXA 4J55A 1LYWA 5P8FA 5P3HA 2IGYA 2WHHA 3HAWA 2RSPA 2IENA 2H6SA 1MT8A 5P3QA 4OD9A 5P33A 2HB2A 1B5FB 3UFLA 5P7JA 3BXRA 3LPKA 5AH7A 1K6VA 4RVJA 3TPLA 4Z4XA 4Z22A 3S43B 5JFUA 1FF0C 2G94A 1FQ7A 5P0VA 2HC0A 3DV5A 1QBSA 4Z2ZA 1ODYA 3VV7A 4Y4XA 1AJXA 5OYSA 4Y5KA 5P2UA 4DJVA 5UPJA 1GNMA 4GJDA 3KFSA 1BXQA 2NXLA 4DI2A 2AIDA 2V0ZC 3EKYA 2R43A 3C9XA 1KZKA 2IGXA 5P02A 2OHLA 1SDTA 2NXDA 5P8QA 3KFNA 1KJFA 4R92A 4Y47A 3FNTA 4DFGA 4RLDA 2V16C 6APRE 4H3GA 3K4VA 3VLBA 3OUAA 4ACXA 1TCWA 1FQXA 2OF0A 4NJTA 4TVHA 2QI7A 4OBGA 3ZLQA 3LIVA 5P8VA 1Z1RA 3SACA 2G69A 2BPZA 5OYVA 4YBFA 3CMSA 3VSWA 4NJVA 5BS4A 4ER2E 5P8EA 5P58A 1HPVA 3S7MA 1TSQA 4ZPEA 3D1YA 5DR4A 2FDPA 3A2OA 1KJGA 4Y4BA 5P41A 1K1TA 1GNNA 1WBMA 2R9BA 1C6ZA 5OZYA 4Y4EA 5COPA 2PYNA 5P6YA 1XN3A 1QRPE 4FIVA 4I1CA 2J9JA 5P5MA 4R93A 1RNEA 5P6CA 4J0PA 3UDHA 2OHPA 4GB2A 3UPJA 3DCRA 3VF7A 1APWE 2V12C 3TPJA 4YD5A 3LZUA 5P0XA 4I0ZA 1Z1HA 5P3KA 1SGZA 1DPJA 4ZIPA 2P3BB 1AVFA 5P23A 5P1FA 4CPUA 5OZMA 1UPJA 3NWXA 5P1GA 3OQFA 2ZJKA 5P3GA 3KT2A 5P3DA 5HU1A 5P8RA 5P7ZA 1SMEA 5P4LA 1IZEA 2Q5KA 3EBZA 5P12A 4MC6A 4J1KA 5P2WA 3WZ7A 5P25A 1SMRA 2IEOA 4QJ2A 1APTE 4N00A 4GJ5A 5P3VA 4K4PA 2FXDA 4YCTA 2PWCA 3TPRA 5OZQA 5P08A 5P3OA 5P1BA 5OZ3A 2QD6A 4Q1NA 2BJUA 2QZKA 5P7XA 5P40A 3LZSA 5P1PA 5P1UA 3EC0A 4KUPA 4MC9A 4OC6A 2CEMA 5P1NA 1Z8CA 1GVWA 3GGAA 4X7IA 2ER6E 3VCMA 1HRNA 2ZJLA 3OXVA 5ER1E 5P4JA 1EC1A 3SPKA 1M4HA 5ISJA 4KE0A 3F9QA 1EPNE 3NXNA 3VYEA 5DR0A 4D85A 3S45A 5CLMA 3NU4A 5P74A 2QMGA 3VF5A 4DJUA 4HDPA 1BDQA 2QNQA 1T7IA 4Z50A 3OY4A 5HTZA 2P3DA 5P1EA 1ZPAA 4J0YA 5HDZA 1LF2A 4ZSPA 3ZKIA 5P4HA 4RVIA 1LF4A 2OHKA 5P8IA 1BDLA 4GJ7A 4L7GA 3T7PA 4FE6A 4EPJA 2WKZA 5P4MA 3OTYA 5P6ZA 2PK6A 2OHRA 1DAZC 2Q3KA 2WF1A 3G70A 1W6IA 2G1NA 3EXOA 5OZGA 3NR6A 4RCEA 4Y3RA 3NU9A 2AVMA 3PJ6A 3OQKA 3R0WA 3WSJA 4B00A 1EBZA 3L3AA 1OD1A 3SA6A 5KAOA 4EXGA 1NH0A 4U7VA 4QGIA 4YDGA 5P18A 3R1GB 1IZIA 1LYBB 5AH6A 5P2GA 5P1HA 3TTPA 5B18A 5DGWA 4Y4UA 2WJOA 3RTHA 2NMYA 4J0TA 2V10C 2ZHTA 4FM7A 5P10A 3SA5A 5P5OA 5P7HA 2FIVA 3S2OA 3GGUA 5P04A 3ZKXA 3L58A 3Q70A 4FAEA 4H3IA 5P78A 1F7AA 3Q5HA 5OZ8A 5KQYA 2I4XA 4BEKA 5OZ1A 4UPJA 2AOGA 3QAAA 4Y5EA 1T7JA 5P07A 4YA8A 4DQCA 3IGBA 1HEFE 2JXRA 2AODA 4FSLA 5P1RA 2AVOA 5KR2A 4ZSMA 2NPHA 1XN2A 5P1VA 5HE5A 1DP5A 5AGZA 1HSGA 2SAMA 1M0BA 3UDRA 5P7SA 4DQFA 1EPRE 4GJ8A 5P15A 2VIJA 5P2FA 5P3FA 4Y50A 2I1AA 2AVQA 5AHBA 5KR8A 4ACUA 1RPIA 1FMBA 3NUJA 5P32A 3NLSA 3PWWA 1IDAA 1MPPA 3DJKA 2G1OA 2PSGA 3LNKA 5E5JA 3LIZA 4GJBA 5P5RA 4YCKA 2PH6A 3QN8A 3PMYA 3SAAA 2OHTA 4JP9A 2HPFA 1APVE 5P8BA 4A6CA 5F00A 1MRWA 1SP5A 3WB4A 2VIZA 4LXAA 5P6NA 2QI0A 3K1WA 4ZSQA 1ZJ7A 1W5WA 3L5BA 4OBFA 4NKKA 4QLHA 4S1GA 5P7KA 2IQGA 1FFFC 5P36A 5P4PA 5P6LA 1NSOA 3L59A 4QJ8A 3UDYA 4Y3PA 4CP7A 4FRIA 5P50A 3TOGA 1BBSA 3IXJA 3QVIA 1KJHA 3UHLA 1LYWB 3TNEA 4EQJA 1MT7A 5ENMA 3PCWA 1HHPA 1QS8A 3RSVA 4I8WA 5P3MA 4XX3A 3Q4BA 4J1IA 1MUIA 4DJYA 5HU0A 5P8OA 3PLLA 3NU6A 5P2SA 2PSVA 5HCOA 1UH7A 5I3YA 5P59A 1SGUA 4R5NA 3PRSA 4Y5NA 3EL1A 5APRE 4PHVA 4EJLA 1A94A 3OOTA 2VA6A 1EC0A 5P6XA 4YOBA 5OZZA 4D89A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2B8L A;  3GI6 A;  1U8G A;  4I0D A;  5P7A A;  5IS4 A;  4DV9 A;  5P0Q A;  3UDJ A;  1A30 A;  1D4S A;  4RRN A;  5OZL A;  5P80 A;  4ZEA A;  4J0Z A;  4GJ6 A;  2Q11 A;  2Q63 A;  3QBH A;  3OOZ A;  5OZ2 A;  5P4U A;  1SBG A;  5OZ0 A;  1WBK A;  3VYD A;  5I3X A;  5IVR A;  5OZ4 A;  2JYS A;  5P5X A;  3R2F A;  5P4W A;  1MTR A;  2ZHR A;  2FDE A;  5P1Q A;  1D4J A;  3HZC A;  4AMT A;  1YM4 A;  5P3C A;  3SA8 A;  3HAU A;  2QHZ A;  3ECG A;  5P3S A;  1HTG A;  3EM4 A;  1AM5 A;  4WY1 A;  1MT9 A;  5HDU A;  2VJ7 A;  1B6M A;  2AZC A;  4Y41 A;  3RVI A;  3O9C A;  2IS0 A;  5OZR A;  3L5F A;  3LHG A;  4EJD A;  3DK1 A;  4L7H A;  2PMA A;  5EZX A;  1VIJ A;  5I70 A;  5P7Y A;  2MIP A;  3HBO A;  1EAG A;  2OAH A;  3D91 A;  2WEB A;  2ZGA A;  3NXE A;  3KMY A;  4DQH A;  1G6L A;  2UXZ A;  3TL9 A;  4E43 A;  2BQV A;  1HPO A;  2QI6 A;  4R91 A;  3UQP A;  2NMZ A;  3O9L B;  5P8S A;  4I12 A;  5P1M A;  5P46 A;  3KM4 A;  4XXS A;  2P3A A;  1YX9 A;  3PI0 A;  3ZPT A;  4B77 A;  4RCD A;  3PBD A;  4AUC A;  5P0S A;  1BDR A;  2I0A A;  2ZE1 A;  5P2V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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