4Z50A

Crystal structure of multidrug resistant hiv-1 protease clinical isolate pr20d25n with tucked flap
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPFVTVKVGGQLKEALLNTGADNTIFEDINLPGRWKPKMVGGIGGFLKVREYDQVPIEIAGHKVIGTVLVGPTPVNVIGRDTMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Conformational variation of an extreme drug resistant mutant of HIV protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4z50A00
4MC2A 1PPKE 5P2LA 4CPWA 2AOFA 4J0ZA 3PM4A 5P2YA 5P06A 2G21A 4J0PA 3EL0A 3JVWA 5P5LA 3O9EA 1MTRA 4ER2E 1Z8CA 2WF4A 5HDZA 3PCZA 4RVJA 4Z4XA 5C9BA 2O4PA 1HIVA 2QZXA 2FDPA 5DR8A 1D4KA 1XDHA 5COOA 5P2FA 5P4MA 4QJ8A 3KFRA 5P8IA 1GVUA 1EC3A 3S43B 2I0DA 3R1GB 3A2OA 1ZP8A 2ZJNA 3PMYA 5P0PA 5P36A 1K1UA 5P52A 3OHHA 2FNSA 4I1CA 3LIVA 5P15A 4PZXA 5P70A 2AIDA 2QD7A 5P81A 3FNSA 2OHTA 4TVGA 4Y37A 3DCRA 2AOEA 5P4WA 3L5FA 5P19A 4DJOA 4COEA 3QRVA 2WEDA 2NXLA 2BB9A 3ZKMA 1FQ5A 4PPHA 4ZSPA 3UDQA 5P3BA 1D4JA 4LC7A 5P38A 5DR7A 3PB5A 3QIHA 3NLSA 1B6LA 3UFNA 1G2KA 4TRZA 5P07A 5P53A 3H0BA 3R2FA 1CZIE 2FDDA 4MC1A 5P8MA 5P83A 4TRWA 5P1FA 4FGXA 4FSLA 4DJWA 5CLMA 1APTE 1BV7A 5P7OA 4Y3GA 4GYEA 5P3AA 4KE1A 5P6TA 2AOJA 4Q5MA 1EPRE 5OZ2A 4B1DA 1PROA 5P7RA 4Y44A 3IVHA 5P64A 1AJXA 5P3YA 4CPTA 5BS4A 5P0OA 5P8KA 1UH7A 3QBFA 1VIKA 3K5DA 1W5VA 3DUYA 4Q1NA 5P4QA 5P61A 4YD3A 4AZYA 5P1MA 3WSJA 5HCOA 1T3RA 3K4VC 3NU3A 5P7EA 4OBDA 4J0YA 3VYEA 1EPNE 5P6UA 3B80A 1MERA 3L5DA 1ME6A 3OADB 3D1XA 5OZPA 2NPHA 4Q1YA 4Y58A 4CMSA 4CPSA 2VJ6A 4RVXA 4TRYA 5DQ2A 4RGHA 5P18A 3OXCA 5OZ6A 1XE6A 1HPOA 2PYMA 1FG6C 1N49A 3VLAA 3DK1A 1SDVA 4Y5NA 4R5NA 4BELA 3QRSA 5P3VA 1W50A 4R93A 4NJTA 2FMBA 3L5BA 5KQZA 3D3TA 4YBIA 4ER4E 5P71A 4L6BA 4Y5KA 2V00A 4FSEA 3L5CA 4GJ6A 4LAPA 4QJ7A 5P1YA 4Y4BA 4HE9A 5P3HA 2O4NA 3IN3A 5P45A 1MRWA 5P2UA 5P48A 4DQCA 3CMSA 4AMTA 2AZ8A 2H6SA 4Y3XA 4F73A 1LZQA 1MRXA 5P4PA 5P5YA 5P30A 2APRA 1IVQA 5OZFA 5P8FA 3SA7A 5P5NA 4NJSA 2AZBA 2XFKA 3NYGA 1ZAPA 3WZ8A 4YOAA 4LBTA 2V16C 5P5ZA 4OD9B 5KOQA 4YCYA 4RLDA 1OHRA 2AOIA 2PWCA 4QLHA 4Q1XA 5P0QA 4IVTA 3MWSA 3EKPA 3SFCA 5P1BA 3QVIA 5SXNA 5OYRA 1EPME 2QI4A 4FIVA 2HB4A 3EMYA 4OC6B 2UY0A 4M8XA 1PSNA 3O9FA 3NXEA 1PPLE 5P2QA 1HVSA 1T6GA 2CENA 1RV7A 5P7DA 5P8UA 3URIA 1QBUA 5P62A 5IVQA 5IVSA 1HSIA 4Z22A 5P6JA 3UQXA 5P25A 3AIDA 1AZ5A 5P09A 5P3LA 1E81E 3HVPA 4GJ5A 5P66A 4ZIPA 1YTGA 5P7ZA 1DPJA 2PH8A 2IENA 4B0QA 5P6SA 4B70A 2P3BA 2HS2A 1QBRA 3SA8A 1FFIC 4B78A 4RVIA 3DCKA 3ZMGA 1HPXA 2RSPA 3BRAA 4LXAA 1IVPA 3PI0A 3OUCA 1SGZA 2FXEA 3O9BA 3BVBA 4Y5GA 1BDRA 5AH6A 5P49A 2Q55A 5P2JA 4ER1E 1PSAA 5P4VA 4I0FA 5P34A 2P3CA 5P32A 5P3XA 1HIHA 1XE5A 4FRKA 5P60A 3IXKA 5P57A 5P1DA 4Z2ZA 1XL2A 2QZLA 3O9LA 4DQEA 2OAHA 3GI4A 5P8EA 5OZ7A 1MEUA 2QI1A 5P4EA 2WF2A 5P5EA 2OHPA 3EBZA 5P6AA 3O9CA 5P5FA 4U7VA 5BWYA 4OBKA 3URJA 3OU4A 2WEAA 5P3SA 5P7JA 3EKVA 5P0RA 5P37A 2P8HA 4RRSA 4A6BA 4DQHA 3FNTA 3OQKA 4RYGA 5P8GA 4AA9A 3LZSA 4R8YA 2V13A 4YA8A 3L3AA 1EPOE 1EC2A 3L59A 4A6CA 4JPCA 4FM8A 4I10A 3TKWA 1C6YA 2BPXA 1HVCA 5P1IA 5P4GA 1EPQE 2PYNA 5P8SA 5P4LA 4X2LA 3QROA 5P86A 3OOTA 5P3IA 3ZKXA 3G70A 2I0AA 2P83A 1HTRB 2EWYA 3PSGA 3QPJA 3APRE 2IRZA 1HVLA 3OOZA 5P4SA 4X7IA 4Y36A 3HW1A 2I4VA 5P7TA 3OUDA 2G22A 1OEXA 4JOOA 5P5QA 4QJ9A 3HVGA 5TOLA 4B00A 2WF0A 2P3AA 2XFJA 3NU4A 2IS0A 3K4VA 5P89A 2QZWA 4J17A 4DJQA 2AZ9A 5DR1A 4GJDA 2ZHSA 3KN0A 3S45A 3VV6A 2IDWA 4S1GA 5P7AA 3S7MA 4Y56A 3INHA 4GJBA 4Y54A 2HB3A 4OBGA 2Z54A 3ZKNA 3O99A 3EKYA 1APWE 3TPRA 5P3WA 2BPZA 5OZQA 2B8VA 5P1CA 1B6KA 4LXMA 4JECA 3ZOVA 4XX3A 3EKTA 2BPYA 3VLBA 2UXZA 3PVKA 5I3WA 5OZOA 5P1EA 1HHPA 3GW5A 5EZZA 2HM1A 3ZPUA 3WB5A 2O4SA 2RKGA 3CKRA 5OZAA 5P7SA 1LV1A 1WKRA 2PH6A 5I3XA 2O4KA 4QJAA 3BUGA 3IGBA 4BFDA 3OTYA 1HTEA 1W51A 5P8DA 5KR8A 1A8GA 5P5TA 5P1AA 3SABA 1HVJA 4IVSA 1G0VA 5P4DA 2QNPA 2HS1A 5P8LA 4KUPA 4EXGA 4K9HA 3KA2A 3LIXA 5HU1A 5P7KA 3BUHA 5OYTA 1DIFA 5P56A 2ER6E 2Q11A 1LYWA 5COKA 5P1KA 5F00A 5P20A 1RL8A 4A4QA 5COPA 2CEMA 1ODYA 5P7XA 5HVPA 3TPPA 5P6PA 3TLHA 5HDUA 2NR6A 1GVTA 1B5FB 1T6EX 3KDBA 5P6XA 5IVRA 3O9HA 5P4IA 3EKWA 1NPAA 3OUBA 4DFGA 5P7WA 6FIVA 5P4OA 1AAQA 4GIDA 3CKPA 2B8LA 3ZLQA 2IKUA 4J1KA 3O9IA 1XS7D 2P4JA 5P4FA 5I3VA 5P76A 4B1EA 2ZJJA 1QS8A 5P3KA 4XKXA 1ZPKA 5SY3A 4I0EA 1LF4A 3KMXA 1LS5A 1LYAA 3DV1A 2V0ZC 5HE5A 5P05A 2QI7A 2OHMA 5P2DA 2AVQA 2NMYA 5P0TA 5OZ8A 3KFNA 4N00A 5P5RA 4YCKA 5P7NA 1KJ7A 5P6IA 3KT2A 2O40A 5P4KA 5P5VA 1OD1A 1FKNA 2FIVA 4I8WA 3PWWA 3M9FA 2AOCA 4J1IA 3T7PA 4FM7A 5SZ9A 3TNEA 2WEZA 4J1EA 2IGXA 2P3BB 2VNMA 5P5KA 1BILA 2BKSA 4R91A 5P1RA 4I12A 4Y5EA 3ER5E 4I0DA 5P1LA 5P68A 3EL9A 3BXSA 1ZSFA 5OYYA 1HIIA 2A4FA 2QMFA 3KFPA 5P4TA 4DJRA 3IA9A 5P2RA 1W6IA 3QBHA 3CIDA 3K1WA 1IZDA 4HLAA 2AOGA 5DR4A 5P33A 5IVTA 5KQFA 3KFSA 4PZWA 3UPJA 5P2NA 3PCWA 4Y5AA 3O9LB 1HXBA 3VYFA 4ZSMA 1KJHA 2AOHA 2R5PA 3UDPA 5DGUA 3F9QA 5P58A 1MIQA 1TSUA 1FEJC 5P77A 2AODA 5P0WA 4Y3PA 1SBGA 2VKMA 2FGUA 1META 5P0NA 1FQ4A 3OQDA 3HAUA 1T7KA 3EXOA 5OYZA 5OZ5A 5FIVA 3OU4B 5P3TA 1DW6C 3HAWA 1BDQA 5P0EA 3ZKIA 5DQ5A 2RMPA 3DOXA 1MUIA 4CPXA 5P8HA 4FL8A 5DPZA 3RU1A 1BDLA 2ANLA 2FGVA 1D4LA 3OQFA 2CEJA 5P72A 1BIMA 2QMPA 1IZHA 1Z1HA 1IDBA 3N3IA 1EBYA 1SDUA 4DJYA 2VIJA 4Y47A 3R4BA 2JJJA 5P4XA 3WB4A 5P2MA 5P5UA 4FCOA 2HAHA 2ZJKA 3VFBA 5DQCA 2Q3KA 4K8SA 3QS1A 4DJPA 1E82E 3UTLA 3VSXA 4DPIA 3S85A 1OEWA 3TPJA 3PLDA 1IZIA 3NU9A 2ZJMA 8HVPA 3OUDB 5P6GA 5P8AA 5HDVA 2OHKA 4Y3DA 4EJDA 1MESA 2QP8A 3OAGA 3OGPA 3OK9A 2ASIA 1TCWA 5HDXA 4Y5CA 2WF1A 4KB9A 2G1SA 3TTPA 1SIVA 6APRE 1EBKC 2BBBA 4FRIA 4EJ8A 3INEA 4U7QA 4YCTA 4J1FA 5P5XA 5OYWA 1B6MA 5IS4A 2UPJA 5I3YA 5P2WA 4Y6MA 2G1NA 5P0JA 2R3TA 4MC9A 5P7IA 3OY4A 1XN3A 2B60A 3OGQA 3EKQA 3SA4A 5P3CA 5P23A 4Y35A 2QAKA 3EKXA 2QK5A 4I0JA 5OZLA 1CMSA 3GGUA 5P3DA 1SDTA 1ZPAA 1FIVA 2ZHTA 3LPJA 3OXXA 5OZTA 3ZL7A 5P28A 1BV9A 3NU5A 3CKTA 5P6VA 3EM4A 2IEOA 3CYWA 3NR6A 5P2GA 1FQ7A 1D4IA 2NNPA 1AVFA 1T7JA 4Y3AA 5J25A 4Y57A 3HLOA 4Y39A 1AIDA 4YD4A 1HEFE 1QRPE 1ZJ7A 4EQ0A 2PSUA 2QMDA 3FV3A 2BQVA 2ER0E 4Y41A 2I4QA 2A1EA 5P6EA 5KR1A 1E80E 5DR0A 3QI1A 3SPKA 2G1YA 3VUCA 4DI2A 1YTIA 5P22A 5P55A 3PWRA 4NJVA 3VCMA 5P3MA 3CYXA 3SLZA 2IQGA 3RTNA 3PSUA 3T6IA 3SKFA 5P08A 2XYFA 2VS2A 2VJ9A 3O9GA 3LHGA 3UQUA 2ZJLA 3SA9A 3Q70A 3VSWA 4I0IA 5P5AA 3NSHA 1ZBGA 1GVXA 4K4RA 1MT8A 5P0XA 2QHYA 3S56A 4QGIA 2IGYA 3VV7A 2QU2A 4D85A 3DJKA 3OHFA 4YD6A 3LITA 1EPPE 3S7LA 5EZXA 1FQ6A 1XL5A 3B7VA 4Y5PA 1LYAB 5JFPA 5P39A 5P1ZA 3TOGA 4APEA 2R9BA 5P16A 4Y53A 1LYBA 3I7EA 5P0SA 5P7QA 3BGCA 3KM4A 3RVIA 4UPJA 1D4HA 5KAOA 5P82A 5OZ1A 4Y3LA 3I2LA 3ZKGA 1G35A 2VJ7A 5P3UA 5P5MA 3PJ6A 5PEPA 4OBZA 4Y3RA 3PGIA 5OZRA 1K1TA 1FG8C 1K2CA 4WY1A 1NPVA 4J5JA 1GVVA 1DMPA 3C9XA 4F76A 5E5KA 5P0BA 1HPSA 5P0CA 4FLGA 5P2KA 2HPEA 3UDHA 2BPWA 5P5JA 3OXVA 4GJ7A 4Y50A 4FRJA 1Z1RA 5OZNA 3PHVA 1QBTA 4Y4WA 2F81A 3WZ6A 1C70A 2F8GA 4D89A 4CPUA 6UPJA 1BWAA 1K2BA 4DUSA 5P0AA 5OZGA 2WKZA 2BJUA 3TKGA 2JXRA 2V11C 5P5GA 3OU3A 5P1XA 5OYUA 3NDXA 3NDWA 3QAAA 5KR2A 3O9DA 1YTJA 4RRNA 2I4DA 3R0YA 7UPJA 3ER3E 5P31A 1ZTZA 5OZJA 4RZ1A 1ER8E 1BWBA 4ZE6A 4H3IA 5P1SA 3ZPSA 5P4RA 2G94A 5AH7A 5P0DA 4BEKA 4E43A 1NH0A 3IAWA 5P65A 5P5BA 5OZXA 1MVPA 5P14A 1Q9PA 5P7HA 3URLA 3UDKA 2AVVA 2VA7A 3QRMA 4Y3EA 5P3RA 3LZVA 5OZMA 2B7FA 5AHCA 5P41A 1EC1A 5P6QA 5P6FA 1MSNA 3D1ZA 5P1NA 2PMAA 1B6JA 3OU1A 4YE3A 1MTBA 3RSXA 3Q5HA 1C6XA 3APPA 2JJIA 3UQPA 2ER7E 5P8CA 1T7IA 3N4LA 5C9FA 5P4YA 3SA5A 4Y9WA 2ZJHA 1A8KA 5P1HA 3S2OA 3JW2A 5P5DA 5AH9A 3OAGB 5I70A 5P6CA 3NWXA 5P4AA 4J54A 3S53A 5OZ9A 3UDJA 3SAAA 3MSKA 5OZBA 1A94A 3KYRA 5DR3A 3BHEA 4NPTA 4DPFA 1BXOA 1ODWA 2OF0A 2QI5A 3T7XA 2VIEA 5OZ3A 1FGCC 2G1RA 3BXRA 2R43A 4GMIA 4Y38A 1GNMA 4Y4UA 5P1WA 4NPUA 4FE6A 1HRNA 1EC0A 3PEPA 1B6PA 1IBQA 5P17A 1G6LA 5ER1E 4Y5MA 4I0ZA 5ER2E 4KE0A 3UDYA 4Y3JA 3SKGA 4D8CA 3NUJA 2QHZA 4Y4ZA 2ZGAA 5P7PA 5P3EA 4Y3WA 1EBZA 2ZDZA 3JVYA 1ENTE 4DV9A 2O4LA 5P3FA 3BUFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4MC2 A;  1PPK E;  5P2L A;  4CPW A;  2AOF A;  4J0Z A;  3PM4 A;  5P2Y A;  5P06 A;  2G21 A;  4J0P A;  3EL0 A;  3JVW A;  5P5L A;  3O9E A;  1MTR A;  4ER2 E;  1Z8C A;  2WF4 A;  5HDZ A;  3PCZ A;  4RVJ A;  4Z4X A;  5C9B A;  2O4P A;  1HIV A;  2QZX A;  2FDP A;  5DR8 A;  1D4K A;  1XDH A;  5COO A;  5P2F A;  5P4M A;  4QJ8 A;  3KFR A;  5P8I A;  1GVU A;  1EC3 A;  3S43 B;  2I0D A;  3R1G B;  3A2O A;  1ZP8 A;  2ZJN A;  3PMY A;  5P0P A;  5P36 A;  1K1U A;  5P52 A;  3OHH A;  2FNS A;  4I1C A;  3LIV A;  5P15 A;  4PZX A;  5P70 A;  2AID A;  2QD7 A;  5P81 A;  3FNS A;  2OHT A;  4TVG A;  4Y37 A;  3DCR A;  2AOE A;  5P4W A;  3L5F A;  5P19 A;  4DJO A;  4COE A;  3QRV A;  2WED A;  2NXL A;  2BB9 A;  3ZKM A;  1FQ5 A;  4PPH A;  4ZSP A;  3UDQ A;  5P3B A;  1D4J A;  4LC7 A;  5P38 A;  5DR7 A;  3PB5 A;  3QIH A;  3NLS A;  1B6L A;  3UFN A;  1G2K A;  4TRZ A;  5P07 A;  5P53 A;  3H0B A;  3R2F A;  1CZI E;  2FDD A;  4MC1 A;  5P8M A;  5P83 A;  4TRW A;  5P1F A;  4FGX A;  4FSL A;  4DJW A;  5CLM A;  1APT E;  1BV7 A;  5P7O A;  4Y3G A;  4GYE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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