4ZE6A

Endothiapepsin in complex with fragment b39
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
330
structure length
329
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of endothiapepsin-fragment complexes from crystallographic fragment screening using a novel, diverse and affordable 96-compound fragment library.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 81
structure length 329
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ze6A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ze6A01
2B7FA 1FMUA 4MC6A 5P20A 5DR4A 1NPWA 4RVIA 2PH8A 4YBIA 4B0QA 4I0JA 5OYVA 3ZPTA 1C6XA 5P0DA 5P8MA 5OZ4A 2NPHA 1UH7A 3RTNA 5KQXA 2QP8A 2QK5A 4AA9A 1QBSA 1VIKA 5P2BA 4Y3NA 5P8KA 3MXEA 3CICA 4I0DA 5P33A 3CYXA 4FGXA 4EJ8A 3A2OA 1MSNA 1HTEA 2WEBA 5KR2A 1MRWA 3GGAA 5P5ZA 3KDDA 1D4YA 3OHHA 1HHPA 5P6FA 5P23A 2QZLA 5P0QA 5P28A 3HAWA 1AXAA 5JFPA 2G21A 2FLEA 3L38A 3HW1A 1HOSA 5P4AA 1KJFA 2QZWA 5P4GA 3BXRA 2QI5A 4Y3RA 1ZSFA 4GJDA 5OZ5A 5P2XA 3S56A 4QJ8A 2HB2A 1HRNA 3LIXA 5P1KA 3EL4A 6FIVA 4MC9A 3LIYA 4YA8A 3OUDB 5P3FA 2AOJA 5OZYA 1Q9PA 5P4NA 3JVYA 2IS0A 5P2HA 2IL2A 5P77A 4BEKA 1SH9A 1AIDA 2XFJA 4HDBA 5DGWA 2G94A 5P43A 4EYRA 5DR8A 1MUIA 5C9DA 1YT9A 2AVSA 5OYYA 5P2ZA 4DJOA 5E5KA 3S54A 5P0RA 3TKWA 5HDZA 5P0VA 3SAAA 1M0BA 1W5VA 4I11A 4TVHA 5OZFA 2J9KA 5P05A 3L58A 3UHLA 3HVPA 1CMSA 4K4PA 5P38A 5P5HA 1E5OE 1LF3A 4X2LA 5OZUA 3VLBA 4EP3A 2VIEA 1K1UA 4OBDA 1EC0A 1LZQA 4QJ2A 2I1AA 1OEXA 2HB4A 1YX9A 4L1AB 3O9IA 4Y3TA 5IS4A 3CIBA 3PMYA 3DM6A 3O9BA 5P0KA 5OZLA 4FAFA 5P4OA 3OXCA 5P1XA 4PZWA 4CMSA 4J1HA 3K5GA 5P3VA 5HCTA 4YOAA 1D4KA 3OU3A 5P3QA 3PI0A 2G1NA 2RSPA 4Y57A 5ER2E 2WEAA 4Z4XA 3PBZA 4LXMA 5P3XA 5P75A 2AOIA 5P36A 1IZEA 5P0NA 5C9BA 4MC1A 3BUHA 2VS2A 5P0HA 5P74A 5P6RA 3OU1B 5P1RA 2OHUA 4YD7A 3G72A 6APRE 3H5BA 5P2YA 5P6IA 1C70A 1NSOA 3NDWA 3Q70A 5P3IA 5P2AA 5JODA 2FXEA 1D4IA 3BC4A 2MIPA 3VCMA 2QZKA 4FRKA 3OXVA 1SDUA 3LIQA 5OYWA 2AZ9A 3D1XA 5P1OA 4I0FA 5P3NA 2J9JA 1XE5A 3NWQA 4Y3GA 3PCZA 3DUYA 1EC3A 5P1JA 5P3JA 2O4KA 1HVSA 3UDMA 2FS4A 5KAOA 3KDCA 5P5VA 4LHHA 5P3CA 4Y35A 2BQVA 4D8CA 5P2OA 5P2MA 3NUJA 1T3RA 2XYEA 4Y4BA 2PYMA 1TW7A 3SLZA 1LYBB 3UDHA 5P73A 3ZMGA 5P3TA 1LYAB 5P67A 2P3BA 5P0LA 3HBOA 4F76A 3UDNA 4I0IA 5IVSA 1B5FA 1HXWA 2I4VA 4CPSA 4OBZA 5OYTA 3JVWA 1CZIE 5P6GA 4DPFA 3PWRA 2VIZA 2AOGA 2VNMA 5P59A 4MC2A 4M8YA 3QN8A 3INDA 4APEA 2R43A 3GI4A 2O4SA 4OBFA 5P7NA 2ZHVA 4I0GA 5P7IA 2P4JA 5P4HA 3RVIA 2PK6A 2G24A 3F9QA 5F01A 2NXDA 5P3MA 3O9GA 5OZKA 4Y39A 2PSGA 2VKMA 2WF1A 5F00A 5P1HA 2ZHRA 5P2FA 3FKTA 4WY6A 2F80A 3NU4A 4CPUA 1B11A 5P0OA 1BDQA 5P09A 2EWYA 3LZUA 4L6BA 4Y43A 4RROA 5COOA 2V12C 1HPOA 2PSUA 1G6LA 3LZSA 4RCEA 2BKSA 3FIVA 4I12A 3QRVA 3WZ6A 5P1AA 1D4HA 5P2UA 5DQ2A 1HVHA 4FE6A 2PC0A 1G35A 3GGUA 1FQXA 1YG9A 3FNUA 3UQXA 5IVQA 4EWOA 5P2JA 7UPJA 4Y4WA 2P3DA 3D20A 4KUPA 2JJJA 5P83A 2AVQA 5P40A 1RL8A 3DJKA 2QZXA 4H3JA 3SA5A 3BXSA 3OWNA 1WBMA 3NSHA 1EPQE 1YM2A 4RGHA 4ZPEA 4K4QA 5OZ6A 5P45A 3UCBA 2V0ZC 2P8HA 5DR3A 5OYXA 2ER0E 4DJQA 1A8KA 5TOLA 5P3EA 3SFCA 4ZSMA 2ANLA 4DJUA 2PWRA 4NJUA 4OBGA 1B6MA 3VF7A 3EM6A 1K2CA 4FIVA 3T7XA 5P8CA 2HM1A 4I0HA 3IN3A 2OHTA 5P27A 4YBFA 3HAUA 2AOHA 2I4UA 5COPA 2ER7E 2IRZA 5P1SA 3MSLA 1APTE 1SIPA 4DJXA 2P3CA 4GJAA 3NDUA 5T4SA 5P0WA 2QI1A 4Q1NA 5I70A 3PSYA 3L3AA 3OU4B 5P0ZA 2AOCA 2IGXA 4HE9A 3EL0A 1MVPA 1SMEA 3NWXA 3BGCA 1LYWB 5P2KA 1A8GA 5P85A 3LNKA 4Y5BA 3OADB 2FNTA 3FNTA 4B70A 5P8QA 2ZHSA 5UPJA 2Q64A 3OUDA 5P0YA 3ZKGA 3S7MA 2FGUA 5P4VA 4Y4XA 1FIVA 2F8GA 3NR6A 4JOOA 1YTIA 5OZHA 1FEJC 1HEGE 5HU0A 5KOQA 1QBRA 4TRZA 4Y4UA 5P5SA 1W6HA 3EL5A 4Y3SA 5P4DA 3PM4A 4YD6A 3OQFA 3TKGA 4D85A 4ZPGA 4I1CA 3KT5A 1HVJA 1TQFA 2VIYA 5P6BA 5P82A 4Y4ZA 3DV1A 3UDKA 5C9FA 3PJ6A 2Z4OA 3HLOA 5P01A 2NMYA 5P1TA 4YE3A 3EM4A 5P2QA 3M9FA 4FRSA 4J5JA 4Y58A 2I4XA 5OZOA 3PLLA 1LS5A 1BVGA 5P6AA 1BXOA 5P6DA 2RENA 1GVXA 5P17A 5P5OA 5P6PA 1HTRB 2ZHUA 5P35A 1PFZA 3OUCA 4Q1XA 3OUBA 1KZKA 4PYVA 5P26A 3ECGA 4Y3PA 2NMZA 5ISKA 5P8HA 4I8WA 5P3HA 5P3BA 3B7VA 2AZBA 3ST5A 1ZLFA 4DJWA 2QCIA 4QLHA 1ZSRA 2FDPA 4NJSA 2QNQA 2QI6A 3SKFA 4HDPA 3KFRA 5P6XA 2RMPA 5P7YA 3VV7A 3I25A 3AUPA 5P5AA 5P4YA 3H0BA 3ER3E 4DPIA 2R3WA 4Y45A 1FG8C 2ZJMA 4JPEA 3OHFA 1FQ6A 4Y3LA 2AQUA 1W51A 1W6IA 3LPIA 1EBZA 3GI0A 3RTHA 2ER6E 5P4ZA 5HTZA 3I6OA 3LIZA 4HA5A 4Y3FA 3OXWA 5P3DA 4Y3XA 3S43B 2VNNA 3LITA 5P71A 5SXNA 5P2SA 1NPVA 3PEPA 1KJ7A 2Q15A 5P16A 4Y4DA 4OD9A 5P66A 4B1DA 1BILA 3OK9A 3IXJA 5P24A 3VV8A 1DP5A 3MWSA 5OZ0A 5P5LA 4RVJA 2NR6A 4Y3HA 4ZSQA 4K8SA 4D83A 5JFUA 3RSVA 2G22A 1B6PA 2OHKA 3BUFA 3PCWA 2BPWA 1FQ8A 1E82E 3K4VA 3PB5A 4ZPFA 5P0CA 5I3VA 1LYAA 3URJA 5P3RA 5SY2A 1EPLE 5AH7A 4Y3YA 5P1MA 5P6TA 1DAZC 5P62A 2PSVA 1HVIA 3KFSA 4DQGA 4B1CA 1FFFC 3GI5A 5P6YA 4YCYA 5P2WA 1ZPKA 1DIFA 4QJAA 1BBSA 2A1EA 5P1FA 3APRE 3Q4BA 4J1CA 2I0AA 3PSGA 4F73A 4Y5KA 3UDYA 2Q54A 4GB2A 5OZEA 2WEZA 4FSLA 3LINA 3TPJA 4CPXA 1HIHA 2AODA 3U71A 4J1EA 5P13A 4J17A 1IZIA 4HLAA 5P0MA 2HAHA 4APRE 3TPRA 2ZJLA 2QMFA 1FLHA 1QRPE 4HZTA 2WF2A 4NJVA 4OC6A 4Q5MA 5P4PA 1HPVA 2HIZA 1EPPE 5P48A 5J25A 5JG1A 5P56A 5OZ3A 4ACUA 3BVBA 4RZ1A 1BAIA 5DR1A 3ZKNA 3K4VC 3K5FA 2OHSA 2BJUA 5P3OA 3NDTA 5P1DA 3LPKA 5P68A 5P7TA 5P14A 4A4QA 3IN4A 4A6BA 1DMPA 3OGPA 4FM6A 4QJ6A 3IVIA 1SGUA 5ENMA 3HDKA 4K9HA 6UPJA 2I4DA 5P2DA 4J1KA 4Y47A 4DI2A 3DK1A 1A30A 5OZTA 4GJCA 3O9LB 3S53A 3CIDA 4B72A 2BPZA 5KOSA 2OHRA 1YTGA 5P55A 3TOHA 3N4LA 4R93A 3N3IA 5OZIA 5P6NA 2PWCA 4B1EA 4BFBA 1MT8A 2ZJNA 5P6CA 3DCRA 3VYFA 2AIDA 1HWRA 1PPME 5P08A 5HDXA 3S45A 3UDJA 5AH9A 4YDFA 2WKZA 5P1UA 2NNKA 5P6WA 1APWE 3LPJA 5P88A 1RV7A 3ZLQA 4HEGA 5AGZA 4GJ5A 5P6VA 5P0AA 4YCTA 5P1LA 2WJOA 5P8PA 3Q6YA 3UDQA 1RNEA 1K1TA 1C6YA 5HD0A 1HSIA 1G2KA 4TRWA 4FSEA 2G26A 1GVVA 3LIVA 4J0YA 1WBKA 3JW2A 4F74A 2ZE1A 3SPKA 2XFIA 4ZEAA 4GMIA 5P7AA 1ENTE 3QROA 4GJ7A 4YD4A 2IKUA 3K1WA 2QI3A 3UFNA 2AOEA 2QHYA 5P3YA 3SKGA 3NUOA 3OTYA 4RRNA 1K6VA 5P52A 4WTUA 2R5QA 2G69A 5P5XA 2ZJIA 3GGVA 4Y51A 3ZPSA 1KJHA 5P3UA 2HPEA 4IVTA 3G6ZA 3BGBA 5OZ2A 2JJIA 2AOFA 5P5TA 5P2EA 3R0YA 4U7QA 1IVPA 5AHBA 5BRYA 4JP9A 3UQUA 1BVEA 3OAGA 2OHNA 3D1ZA 2WEDA 5HE7A 3ZL7A 1TSQA 4J0VA 4RYGA 3I2LA 3ZKXA 3TL9A 5APRE 3HD8A 4Y4JA 5P0XA 5P49A 5IE1A 2O4NA 1GNNA 2QU2A 1IIQA 4F75A 5OZ9A 1GNMA 5P5FA 3ZPUA 4YD3A 1EBYA 4HDFA 1AVFA 3MXDA 1BWBA 4EHCA 5KQZA 4LC7A 5OZVA 4ZIPA 4RCDA 3ER5E 1W5WA 1T7KA 4QJ9A 5P8OA 5P6LA 1IZHA 1UPJA 5P7PA 1QDMA 2Q5KA 3GW5A 1MRXA 4DH6A 2BKTA 1B6JA 3T11A 5P3GA 3K5CA 1DW6C 4RVXA 2BPXA 1LV1A 3SQFA 2QMGA 3VF3A 5HU1A 1LF4A 4E43A 3SA9A 1XN2A 3I8WA 5P4KA 1IBQA 3L5DA 5P2LA 2QD6A 2ZJJA 4CPWA 4GJBA 5OZDA 3S8IA 1MTBA 3BHEA 5P04A 1MT7A 5P0PA 5OZXA 3UTLA 2B60A 5AHCA 2OHMA 3HVGA 2QAKA 1FMBA 3UF3A 2V16C 3EMYA 3KMXA 3SA8A 4CPQA 4R5NA 3TNEA 2VJ6A 4Y37A 2HS2A 4EJLA 5P0GA 5P7OA 2QMPA 1AJVA 4Y56A 3D1YA 2ER9E 4DQHA 2I4QA 2V10C 2V00A 3QP0A 5P5DA 5P5YA 3SA4A 3VG1A 5P50A 5P5CA 1GVWA 4Y4GA 1EPNE 4YCKA 3URIA 3O9EA 4U8WA 1BWAA 2BPVA 3O9DA 3AIDA 4L7HA 1FGCC 4D89A 2I4WA 1ZAPA 2Q11A 3OQDA 5P46A 5P4RA 2R3TA 3U6AA 5P51A 2G27A 5P8VA 3O99A 1BXQA 5P44A 3SA3A 5HCOA 5P7QA 1WKRA 3PMUA 2VA5A 2WF3A 5FIVA 5P7LA 5P39A 3PWMA 3WB4A 3QPJA 1AAQA 3IXOA 5P4BA 5P0EA 4HVPA 3VUCA 5P7EA 1HEFE 5P3SA 4DQEA 5ISJA 5PEPA 4CPTA 4YD5A 3RTMA 1K6TA 2J9JB 1T7IA 4TRYA 1GVTA 4I0ZA 3TLHA 3KFPA 3OQ7A 1FB7A 3B80A 3UDRA 1ER8E 5P7BA 2XYFA 1OEWA 4L7GA 5P8SA 5P18A 5P65A 3S85A 5P8BA 3GI6A 5OZCA 3LZYA 2PYNA 4NKKA 1IVQA 1ME6A 4J54A 5P1NA 5P07A 4R92A 1D4LA 4QGIA 3VFAA 2FDDA 5OZMA 3D3TA 4B78A 5P41A 5P7MA 4XXSA 5P1ZA 2P3BB 3U7SA 4B05A 2WECA 5P6UA 5P2IA 3LZVA 5P64A 3INFA 5OYQA 5P2NA 5P4IA 5P80A 5P8RA 1B5FB 2B7ZA 4LXAA 5OZNA 5P84A 4DVFA 4LAPA 4Y4TA 4L1AA 2O4PA 3BRAA 5P31A 4EQJA 5P2RA 2Q63A 5AH6A 2R9BA 2ZHTA 3QVCA 2IENA 3SA6A 5P86A 3SO9A 1PSNA 4RLDA 3PI5A 3IA9A 5OZQA 5HE5A 1TCWA 1VIJA 2Z54A 4TVGA 2APRA 4AA8A 1DPJA 3EKYA 2IGYA 2RKFA 4AMTA 1FF0C 1BDRA 3T7PA 3EM3A 4ER4E 5P1WA 5P47A 5P6HA 4Y6MA 3ZOVA 1EAGA 5P61A 4BELA 4GIDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2B7F A;  1FMU A;  4MC6 A;  5P20 A;  5DR4 A;  1NPW A;  4RVI A;  2PH8 A;  4YBI A;  4B0Q A;  4I0J A;  5OYV A;  3ZPT A;  1C6X A;  5P0D A;  5P8M A;  5OZ4 A;  2NPH A;  1UH7 A;  3RTN A;  5KQX A;  2QP8 A;  2QK5 A;  4AA9 A;  1QBS A;  1VIK A;  5P2B A;  4Y3N A;  5P8K A;  3MXE A;  3CIC A;  4I0D A;  5P33 A;  3CYX A;  4FGX A;  4EJ8 A;  3A2O A;  1MSN A;  1HTE A;  2WEB A;  5KR2 A;  1MRW A;  3GGA A;  5P5Z A;  3KDD A;  1D4Y A;  3OHH A;  1HHP A;  5P6F A;  5P23 A;  2QZL A;  5P0Q A;  5P28 A;  3HAW A;  1AXA A;  5JFP A;  2G21 A;  2FLE A;  3L38 A;  3HW1 A;  1HOS A;  5P4A A;  1KJF A;  2QZW A;  5P4G A;  3BXR A;  2QI5 A;  4Y3R A;  1ZSF A;  4GJD A;  5OZ5 A;  5P2X A;  3S56 A;  4QJ8 A;  2HB2 A;  1HRN A;  3LIX A;  5P1K A;  3EL4 A;  6FIV A;  4MC9 A;  3LIY A;  4YA8 A;  3OUD B;  5P3F A;  2AOJ A;  5OZY A;  1Q9P A;  5P4N A;  3JVY A;  2IS0 A;  5P2H A;  2IL2 A;  5P77 A;  4BEK A;  1SH9 A;  1AID A;  2XFJ A;  4HDB A;  5DGW A;  2G94 A;  5P43 A;  4EYR A;  5DR8 A;  1MUI A;  5C9D A;  1YT9 A;  2AVS A;  5OYY A;  5P2Z A;  4DJO A;  5E5K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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