4ZLSA

Hiv-1 wild type protease with grl-096-13a (a boc-derivative p2-ligand, 3,-5-dimethylbiphenyl p1-ligand)
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Structure-Based Design of Potent HIV-1 Protease Inhibitors with Modified P1-Biphenyl Ligands: Synthesis, Biological Evaluation, and Enzyme-Inhibitor X-ray Structural Studies.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 bh10
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4zlsA00
4H3FA 4Y51A 5P2TA 1PSNA 3CKPA 3L3AA 6UPJA 5P7PA 2NXLA 4Y3MA 1MPPA 5IVQA 5OZ2A 2WF3A 5P1AA 5P5HA 4GB2A 4I12A 1DIFA 1E5OE 5T4SA 3AIDA 1IVPA 4DQBA 1ZPAA 2WEDA 5P55A 1HTRB 3L5EA 4K8SA 5P61A 5P1FA 4RLDA 1K6PA 4I8WA 5P8HA 4JOOA 4Y57A 2IDWA 1EBZA 3ZKQA 2VIZA 2V11C 1LYBA 5OYRA 1MSMA 1K6TA 4YHQA 1WKRA 1A30A 1XN3A 4HA5A 1G6LA 5P8GA 1EAGA 1NH0A 5OZ1A 4Y44A 5P6MA 1T6EX 5P2WA 5J25A 4GJ9A 4Y3NA 5P0IA 5P6DA 4JPCA 3ZMGA 2NTRA 3TPLA 3OTYA 5P43A 5P2BA 1UPJA 2VJ6A 5P71A 3ZLQA 1RQ9A 1HVHA 4NJVA 3AUPA 3INEA 3TOGA 4J0ZA 1IDBA 3ZKSA 2NNKA 3PB5A 3S54A 5P1WA 3T7XA 2R3WA 4B1CA 4Y5EA 3OAGB 5DQ1A 4ZIPA 3PM4A 5E5JA 5P1CA 5KQYA 4Y3JA 5P7CA 5PEPA 5P7LA 4EJ8A 4FSLA 5P17A 4FRJA 5P8CA 3Q3TA 2F81A 5P81A 4J1IA 5OZVA 1CMSA 3EL9A 5P7GA 5P7SA 2FNSA 3JVWA 2ER6E 4B00A 3GI5A 1HBVA 2J9KA 3QRVA 2BKSA 2BPXA 1K2BA 5P0KA 3GGVA 1W5VA 4L7HA 5P6WA 1B6PA 9HVPA 4FRSA 4GYEA 4I8ZA 1LS5A 1FF0C 1UH9A 4Z50A 3BGCA 1Z1RA 4Y3TA 3LPJA 3UDHA 2ZHRA 5P4WA 4MC6A 1HPXA 5HU0A 5P4EA 1QDMA 1HIHA 4Y4XA 1EBYA 2HC0A 4J0TA 3LIVA 4ZSRA 5P59A 3HLOA 2NMZA 5DR8A 2QP8A 1D4SA 5P8FA 3TTPA 4EWOA 2R9BA 1HVSA 3EKTA 3LZYA 4L1AB 4OBDA 5P0BA 5P3CA 4LL3A 3U71A 3S85A 5P89A 3WB4A 3KYRA 3DCKA 5DR7A 4DFGA 3Q5HA 5HD0A 4Y47A 5P67A 2A1EA 5P2KA 1U8GA 3PCWA 3PBDA 2PSVA 3NU4A 2QMPA 1XE5A 1N49A 2F3EA 5P2NA 2H6TA 4XX3A 2HB4A 2G1RA 4Y43A 5P10A 2VJ9A 2NPHA 5P42A 4DJOA 1HTFA 3GW5A 5KQZA 3SA5A 3PGIA 4GJBA 5HDUA 3EKWA 5P4FA 3L5FA 4FM6A 4Y3FA 4F74A 2I0DA 3LZVA 1MUIA 2VNNA 5P4BA 5P5NA 1ZTZA 3NDXA 3K5CA 4YE3A 5P7ZA 3HW1A 5P1XA 3PI0A 3S8IA 5P48A 4H3GA 3MSKA 1LYAA 3HDKA 3D1XA 5P16A 5P8SA 2I4UA 3QBFA 5P7MA 2BB9A 1HIIA 3VFBA 3OUCA 4YDGA 1LZQA 5SY3A 5P7NA 3LZUA 4FCOA 5P22A 4J0PA 3PHVA 4Y41A 2QZWA 4HE9A 4R5NA 5P2VA 1ODYA 4Y3RA 4A4QA 2R43A 1SIVA 2I4XA 4OBGA 5DQ5A 4D8CA 3QRSA 5P05A 2ZGAA 3PMUA 3CYWA 1B11A 1KZKA 3UDKA 2HB3A 3F9QA 5HDVA 2QZLA 2PMAA 5P5RA 2V16C 5P7BA 1F7AA 2G1YA 3O9FA 5P3ZA 2QD8A 3PSGA 5UPJA 5P4OA 1FIVA 3NU6A 1HEFE 5P8IA 5P37A 1HTEA 4J1CA 2Z4OA 4Y3WA 3R1GB 3KF0A 5P3GA 5P7UA 2ZDZA 1HEGE 1HVKA 5P14A 1HPVA 3B7VA 4Y4BA 3OU1B 3FX5A 5P0QA 1GVVA 3D1ZA 1EC3A 2PYMA 5P7XA 2FMBA 3OGQA 5P4VA 5P3OA 3NU3A 3ZPTA 5P6PA 2FXDA 2QMDA 2AOHA 4X7IA 3QAAA 5HE4A 2Q54A 3QI1A 4PZWA 5P5XA 4FL8A 4D89A 4DH6A 3O9DA 1QRPE 4I0DA 5P3RA 5P3TA 1FMBA 3N3IA 2FDDA 2ZJLA 4OD9A 5P6SA 2G24A 5JFPA 1D4IA 4Z4XA 2RKGA 3FIVA 5OYYA 1PSAA 1HVRA 2R3TA 5OZPA 1DW6C 5E5KA 4QGIA 5P6HA 5P3MA 2AOFA 3ZPUA 3SA3A 4K4QA 3TLHA 1BVEA 1HOSA 3VLBA 1FFIC 4RCFA 2OHLA 5P6VA 2P3AA 4ZPFA 3ZPSA 1MT9A 4R91A 4RZ1A 5P23A 5P78A 4YD7A 4Y3PA 2RMPA 5P0ZA 1EPRE 4Y50A 3TOFA 5C9DA 3SA8A 2AVQA 5P11A 2FGVA 5P3UA 4DQCA 2PWCA 5P3QA 3EL1A 4I0ZA 5P7AA 4ZLSA 5P7QA 3VSWA 1FQ6A 4HEGA 4B70A 2ZJMA 3SM1A 1EPOE 1BDQA 1M0BA 1MEUA 2WEBA 2UY0A 1BDLA 5OZSA 4BFBA 3OU4A 3OAGA 3KDCA 4A6BA 2O4SA 4WY1A 1W6HA 3QS1A 2JJIA 5P0LA 5P50A 5P1VA 1A8KA 5P8UA 2ZHTA 1IDAA 5P8VA 3UDRA 2CEMA 1C6ZA 5P1PA 1QBRA 1W50A 5P7EA 5P7HA 3KT5A 5P74A 5OZNA 5I3WA 3UDMA 1G35A 3ZKGA 1YM2A 5HU1A 3D1YA 5HTZA 5HDXA 4EP2A 2ZJNA 5DR1A 3OQDA 4Y38A 3UFLA 5P1MA 4CMSA 4WY6A 1F34A 5P1SA 2XFKA 5P8BA 3LNKA 5OYSA 3UDQA 5AH9A 1BV9A 4RVJA 2AOEA 1NSOA 2QNNA 1UH8A 4Y54A 5OZLA 1MT7A 5P35A 3QBHA 2VKMA 4OBJA 2AQUA 1BWAA 5ENKA 3KDDA 5P7JA 1XL2A 3OHFA 5OZ0A 1MVPA 3KFSA 2QHCA 4R95A 1G0VA 2CENA 3UQUA 2I4VA 2O40A 3DCRA 2R5QA 5DPZA 2FLEA 4FRKA 2ZJKA 3PBZA 3SAAA 3ER3E 4UPJA 5OZHA 1AZ5A 1PSOE 1FB7A 3BXRA 3H0BA 4CPWA 4D85A 1MERA 4Y5CA 3S2OA 3ZKMA 4PHVA 4HDBA 5P5EA 5P53A 5OZWA 2O4LA 4Y9WA 1ZPKA 4APRE 4YBIA 2AODA 3QROA 3ER5E 3IXKA 4J55A 5P6BA 1MRWA 4PEPA 4I0EA 3MSJA 2P8HA 5C9FA 3K5FA 3O9IA 3URIA 3VF7A 5OYXA 5P0GA 5P6TA 1APTE 3HD8A 1E80E 4Y39A 4AZYA 2WKZA 4YCTA 3S56A 4XXSA 3B80A 4D88A 1FFFC 5P1BA 1T7IA 2PSGA 5OZUA 5OZXA 1B5FB 1HPSA 1SDTA 3EM6A 4E43A 4LAPA 3UQXA 1W5XA 5DR4A 5P6GA 2AIDA 4DQEA 1KJ7A 4Z22A 5P5UA 4EQ0A 1XL5A 3G72A 2Q55A 2V10C 3O9AA 1C70A 3UQRA 5P29A 5P0TA 5OZAA 1C6YA 5P2FA 5P8DA 1KJGA 1AXAA 4CPUA 5P07A 1JLDA 4J17A 5P2LA 1D4KA 2ZHUA 4KE1A 3UPJA 4J0YA 5KR1A 1EPQE 3URJA 2G26A 3PSUA 5OZRA 4J54A 1LF2A 2PWRA 2NMYA 4I0FA 5P6XA 1GVWA 1HHPA 4Q1XA 3OQ7A 5P1YA 2QNPA 1CPIA 1XN2A 5P3KA 5P25A 2QAKA 3NUOA 1AIDA 3S7MA 1PPLE 1TCWA 5P84A 2HPFA 5P4RA 1UH7A 3NDTA 5P1HA 2AZCA 3CIDA 4Y58A 4FM7A 2I4WA 1FG6C 3S7LA 2F8GA 1WBMA 2HIZA 4COEA 5OZOA 5P83A 4TVHA 3OU1A 5CLMA 5P6KA 3Q70A 1IZHA 5P00A 4I11A 5P4GA 1SP5A 5OZZA 5P51A 5P2QA 1QBSA 1IVQA 4Y6MA 5B18A 2QD7A 4LBTA 1W6IA 5P30A 5OZ6A 1LF4A 4Y5AA 3GI4A 5BWYA 1BIMA 1LV1A 3VSXA 3PVKA 1FEJC 5OZQA 1K6CA 5BS4A 4R92A 4D83A 1YTJA 4NPUA 3OXWA 3PRSA 2WEZA 3TKWA 2G20A 5P4CA 2QI1A 4DJWA 1K2CA 5COOA 4BFDA 1HWRA 3KFPA 1AM5A 3EMYA 5P27A 5P8KA 3IN3A 4J1HA 4GZFA 3TKGA 1TSUA 4EJDA 2QHYA 3KM4A 1D4JA 1G2KA 5P5WA 3FV3A 1ZJ7A 5P0DA 5P5PA 5P8AA 3OUDB 3DUYA 5OZTA 1TCXA 2OHRA 2P3CA 3NDUA 4K9HA 3I6OA 5P0YA 3Q6YA 3L38A 5P7WA 3UDYA 5AHBA 4OC6A 1KJ4A 3NWQA 5P08A 5P57A 5DR3A 5P3AA 1EPNE 5DQ4A 5KR8A 5AHAA 4B77A 3L5BA 4U7VA 5P4JA 3N4LA 5P4PA 2G1NA 5P20A 1YTGA 3SABA 3VG1A 3LIXA 2J9JB 1FGCC 5I3XA 5AH7A 4OBZB 4QJ9A 2ASIA 4I0HA 5P1LA 2P3BB 5P02A 5F00A 5OZDA 2R38A 5APRE 1LEEA 5P32A 4AA8A 3UF3A 5P40A 4GJ7A 5P28A 4NKKA 5P8EA 4Y4WA 5OZ4A 5P4TA 4RCEA 4OBHA 4Y3QA 4J1FA 4Y4TA 5AHCA 4Q1YA 5OYUA 1NPVA 4NJSA 5P60A 1C6XA 5P87A 3OADB 4DJRA 2NXMA 1ENTE 5P3YA 4QJAA 1YM4A 1MT8A 5P66A 3S43B 3FNTA 3VF5A 3O9CA 1ODWA 5HE5A 2NNPA 3LIYA 2VIJA 5P62A 2G21A 3R0WA 3CMSA 1GKTA 5DQ2A 5OZKA 4Q1WA 4Y35A 1HSHA 2IQGA 5C9BA 1DPJA 5OZYA 1GNNA 3I7EA 4DJVA 5P1KA 5P5ZA 5P8TA 2ZJHA 5P73A 3GI0A 5P04A 3GGXA 5P0HA 2ZJIA 2NXDA 1FMUA 2G1SA 4J0VA 3PWWA 5OYWA 5SZ9A 5OZEA 3RTMA 3VFAA 1YX9A 3LPKA 4L7GA 3EM3A 5P5MA 3O9EA 5P12A 5OZ8A 3PLLA 4FGXA 4FAFA 1SDVA 3O9LA 1AAQA 2RKFA 1K6VA 2FNTA 5P77A 4YDFA 5P7TA 3EC0A 3HAWA 1T3RA 3ECGA 4QJ6A 5P2AA 2VS2A 3K4VC 1T7KA 5COKA 2G1OA 1B5FA 1E82E 3RSVA 2NR6A 4JECA 3CKTA 4RGHA 2EWYA 2FGUA 1ODXA 2FS4A 3KMXA 3DM6A 4U7QA 5P7YA 2ZHVA 5P1TA 1WBKA 1A9MA 3DOXA 5P0MA 4Y3ZA 1TSQA 5P5YA 2UPJA 4AMTA 3NWXA 5KOSA 5ENMA 1LYBB 2UXZA 3BUHA 3MXEA 5P86A 3INFA 5P52A 3VV7A 5P33A 2IEOA 4TRYA 2BBBA 4NJTA 2G94A 3KFNA 5OZ5A 5AH8A 2Q64A 4CPXA 2QNQA 1BWBA 5P0VA 3QVIA 3K5GA 1AJVA 4Q5MA 1IZIA 5P4XA 5P8PA 4NJUA 1RPIA 1A8GA 3TNEA 1NPAA 5P6YA 4Y3DA 4F75A 5P4HA 3PWRA 1T6GA 3OGPA 3SKFA 3APRE 5SY2A 1YT9A 1MESA 4M8XA 5ER2E 5P54A 3CIBA 3EM4A 3BHEA 2IENA 1SDUA 1GVTA 1YTHA 1FQ4A 1EPME 4R8YA 5JG1A 3T3CA 2QMGA 5ISKA 1ZP8A 3CICA 5P0UA 1EEDP 2P3DA 2AVMA 2WEAA 4Y45A 5P58A 2WJOA 4L6BA 1FQ7A 1W51A 4FM8A 5P0SA 4DPIA 5P63A 5OZFA 4Y4UA 3SA7A 4B1DA 4A6CA 1XS7D 4MC9A 4FSEA 1M43A 1BILA 5P19A 2IKUA 4OBFA 1W5YA 4PPHA 2QI3A 1RV7A 3WZ8A 3QIHA 2OHUA 5P15A 3I25A 3O9HA 1XDHA 5OYZA 5P8QA 1Z8CA 5P8OA 2BPWA 3SPKA 2PH8A 1APWE 4S1GA 5P39A 3EKXA 5P2RA 2P83A 4Y4EA 5P38A 5P3DA 3L5DA 3D20A 3NSHA 4RVXA 1Z1HA 4Y56A 2Q63A 2ANLA 4I0JA 2I0AA 2QHZA 2FIVA 5P75A 4TRZA 1EC1A 4CPRA 4ACXA 5HCTA 5OYVA 5P06A 4B1EA 2IRZA 4ZSMA 2JJJA 4APEA 5P76A 3S53A 5IE1A 1BAIA 3O9GA 3UHLA 2VIYA 4Y4DA 1HRNA 1M4HA 2QI4A 3NYGA 4YOBA 2OHSA 5P44A 1HVIA 2R5PA 1SMRA 5DGWA 4LXKA 1OEWA 2B7ZA 4Y3AA 1SMEA 2MIPA 3UTLA 5JODA 5P8MA 2J9JA 5KQFA 2QMFA 4OBZA 4DJYA 5CONA 5P4SA 3WZ7A 3KMYA 2XYFA 3HBOA 5P1QA 3G70A 4Y5NA 5P4YA 4L1AA 5P2CA 5P65A 5P0JA 4AA9A 2Q15A 2HAHA 3OWNA 4DJQA 3BUFA 4DJUA 3DV5A 1APUE 4Y4AA 4HDFA 5I3YA 5KR0A 3IVHA 2AOIA 2AVOA 2PC0A 5P6CA 3SO9A 2BPVA 5HVPA 2AVSA 2XYEA 5P4IA 5P4KA 7UPJA 4H1EA 3PJ6A 5P2JA 2PK6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4H3F A;  4Y51 A;  5P2T A;  1PSN A;  3CKP A;  3L3A A;  6UPJ A;  5P7P A;  2NXL A;  4Y3M A;  1MPP A;  5IVQ A;  5OZ2 A;  2WF3 A;  5P1A A;  5P5H A;  4GB2 A;  4I12 A;  1DIF A;  1E5O E;  5T4S A;  3AID A;  1IVP A;  4DQB A;  1ZPA A;  2WED A;  5P55 A;  1HTR B;  3L5E A;  4K8S A;  5P61 A;  5P1F A;  4RLD A;  1K6P A;  4I8W A;  5P8H A;  4JOO A;  4Y57 A;  2IDW A;  1EBZ A;  3ZKQ A;  2VIZ A;  2V11 C;  1LYB A;  5OYR A;  1MSM A;  1K6T A;  4YHQ A;  1WKR A;  1A30 A;  1XN3 A;  4HA5 A;  1G6L A;  5P8G A;  1EAG A;  1NH0 A;  5OZ1 A;  4Y44 A;  5P6M A;  1T6E X;  5P2W A;  5J25 A;  4GJ9 A;  4Y3N A;  5P0I A;  5P6D A;  4JPC A;  3ZMG A;  2NTR A;  3TPL A;  3OTY A;  5P43 A;  5P2B A;  1UPJ A;  2VJ6 A;  5P71 A;  3ZLQ A;  1RQ9 A;  1HVH A;  4NJV A;  3AUP A;  3INE A;  3TOG A;  4J0Z A;  1IDB A;  3ZKS A;  2NNK A;  3PB5 A;  3S54 A;  5P1W A;  3T7X A;  2R3W A;  4B1C A;  4Y5E A;  3OAG B;  5DQ1 A;  4ZIP A;  3PM4 A;  5E5J A;  5P1C A;  5KQY A;  4Y3J A;  5P7C A;  5PEP A;  5P7L A;  4EJ8 A;  4FSL A;  5P17 A;  4FRJ A;  5P8C A;  3Q3T A;  2F81 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1DMP A;  4X2L A;  5P7O A;  1PPM E;  1HTG A;  5P4N A;  1D4Y A;  3MWS A;  1FG8 C;  3HVG A;  4QJ8 A;  4Y5B A;  4Y3H A;  4K4R A;  3OXV A;  5P0E A;  4Q1N A;  5P56 A;  2V13 A;  3HZC A;  3C9X A;  5P6E A;  4I0G A;  3SQF A;  5P0N A;  5P6R A;  4H3J A;  2QK5 A;  5P1Z A;  3OU3 A;  4CPQ A;  3MSL A;  3OTS A;  3ZKN A;  3UFN A;  3VCM A;  3R2F A;  3EKV A;  3D91 A;  6FIV A;  2OHM A;  5P6F A;  3PCZ A;  3UDJ A;  1EBW A;  4K4P A;  4CP7 A;  1FQ5 A;  5P4A A;  3NUJ A;  8HVP A;  3OY4 A;  1IZE A;  1HPO A;  2WF1 A;  5OZ3 A;  4J1K A;  1E81 E;  5P8R A;  3IXO A;  5OYQ A;  1MRX A;  1VIK A;  5OYT A;  3UDP A;  3LIQ A;  3EKP A;  1FQ8 A;  3EXO A;  3VLA A;  5P5V A;  3LIT A;  3UQP A;  5P88 A;  5P1E A;  4JPE A;  5P45 A;  2IL2 A;  3SFC A;  3NXE A;  4Y5L A;  4DQH A;  2ZE1 A;  1J71 A;  2BKT A;  3PLD A;  3FSM A;  2Q11 A;  5P2X A;  5COP A;  4YD4 A;  5P2Y A;  3LIN A;  1DP5 A;  5P4U A;  4DV9 A;  3QVC A;  3G6Z A;  4ZPE A;  4QJ2 A;  2IGY A;  3T7Q A;  5P2U A;  1TQF A;  4Y3S A;  5P3E A;  1EPL E;  3O9B A;  3NXN A;  1SIP A;  2JE4 A;  3JW2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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