4ZSRA

Bace crystal structure with tricyclic aminothiazine inhibitor
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Preparation and biological evaluation of conformationally constrained BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 107
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2015-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4zsrA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4zsrA02
1YG9A 4MC6A 4QJAA 1EPQE 1MTBA 5P2RA 5AH9A 4LXKA 3SA6A 3QN8A 5P70A 4RGHA 4KB9A 3ZKSA 3UQRA 3ZPUA 5P7LA 3PI5A 7UPJA 1UPJA 3ER5E 5P7VA 3TTPA 4TRYA 5P6YA 3T3CA 5P7HA 3UQXA 4B00A 3WSJA 1GVTA 5P3VA 1ENTE 5P6TA 2WECA 3UQWA 2G1OA 5P1IA 2HS1A 1FMBA 2XFJA 3B7VA 5P8LA 1GVUA 5COPA 5P1PA 3SQFA 2IS0A 5P6HA 1IZHA 3PEPA 1HHPA 3VEUA 1B6PA 3PMUA 2WL0A 5P04A 1HXWA 3O9IA 1W5WA 1ER8E 5P3YA 4HLAA 2JJJA 4XX3A 2ZJKA 4PZXA 5P8PA 4I0JA 5P8HA 4NPTA 5P7CA 2VJ9A 1WKRA 3RTNA 2R5QA 1C6XA 5P24A 5P63A 5P4SA 3OXCA 3MSKA 5P7YA 5P0WA 2WJOA 3R1GB 3HDKA 5P1TA 5P47A 5P2CA 1SDVA 3N4LA 5P58A 4ER1E 5P4GA 5P76A 3K5DA 4B1EA 5P0IA 1HXBA 5P2VA 3TOGA 5P6QA 1UH8A 1K6VA 5OZQA 3JW2A 2XYEA 2Q64A 1APTE 2OHLA 2PMAA 4Y5PA 2WEDA 2BBBA 3IXJA 1W5YA 4R91A 2Q55A 1CMSA 4R8YA 5P1JA 3OQKA 2XFIA 5P5PA 1HEGE 3TPPA 4Y37A 5OZWA 2F8GA 2NXLA 4RZ1A 3TLHA 5P8OA 4J1EA 5IS4A 5P5YA 5P7SA 4J1HA 1SBGA 3U6AA 4FIVA 4Y38A 5P35A 4CMSA 4EQ0A 1FQ4A 2P4JA 5P7TA 2PSVA 5OZ9A 5JODA 5BS4A 4RCEA 1SMEA 3D1ZA 4TVGA 1KJ7A 1NPVA 1MT9A 5P0SA 3VYDA 3L59A 2F81A 3WZ7A 1FLHA 1RNEA 5ISKA 5P8QA 3NU6A 5OZCA 5OYXA 5JG1A 5J25A 3Q70A 5P75A 2AZCA 4XXSA 4Y36A 3DJKA 5P16A 3CKTA 3N3IA 2PH8A 4Y3RA 4Y3QA 3UDMA 2NXDA 3NSHA 1Z1HA 4X2LA 2HAHA 3LZSA 5P02A 3L58A 1QRPE 3MSLA 3ZKNA 1EC1A 4LHHA 2VA7A 4L1AA 4Y51A 5OYZA 2VS2A 2G20A 1IZIA 2WEBA 3QRVA 2VA5A 5P26A 3VV8A 4Q1YA 3JVWA 2MIPA 5P15A 1E80E 4I0GA 5P3RA 5KQXA 3LIZA 1YT9A 2WF1A 1SDTA 1YTGA 1Z8CA 3S2OA 5OZOA 3DCRA 4OD9B 3UDYA 3NWXA 5P0MA 1ZTZA 4RVIA 1BDRA 5P5EA 3H0BA 5P4RA 4F75A 5P8BA 3BC4A 4HE9A 5B18A 4OBJA 1UH7A 4B78A 1HPVA 4Y3PA 1TCXA 5OZ2A 5P68A 5P7KA 3GW5A 2QU2A 3QI1A 1MTRA 1AXAA 4Y3MA 4PHVA 4J55A 1TSUA 1LZQA 5P03A 5P3FA 3EM6A 3O99A 5IE1A 5PEPA 1XE6A 2FGVA 1DPJA 3OGQA 1A94A 4Y54A 4EJ8A 3CMSA 4Y3AA 5P22A 5P5IA 5P81A 5P2LA 4E43A 4Y4ZA 5CLMA 2CEMA 3LZYA 4Z50A 4BELA 4YDFA 5P6GA 2ZYEA 4MC9A 4CP7A 2P3BA 5P80A 4DJOA 3RVIA 1HSIA 1WBMA 1QBSA 5P0JA 2VIYA 2ZJNA 5P57A 1ME6A 1BWAA 1A8GA 1EBYA 3I6OA 3OTYA 2IQGA 5P8TA 1PPKE 4J0TA 3D1YA 1BAIA 5KR1A 2V12C 3RTMA 3ZKIA 4CPUA 1MT7A 1PROA 3AUPA 4EXGA 4FGXA 5KR0A 3SO9A 5P0OA 3OXXA 4FCOA 5P8RA 3QS1A 3APPA 3QROA 4FSLA 1LYAA 1EC2A 3HW1A 4YOBA 4BFDA 3QVIA 4PYVA 2BQVA 3KT5A 1GNMA 4TVHA 3VG1A 3ZPTA 3TL9A 1HSGA 3CIBA 4AZYA 4I8WA 3LPKA 5P1AA 1PPME 4RCFA 3PWWA 4ZSQA 3VUCA 2APRA 5F00A 4GJ8A 5P2KA 3ZKQA 1D4SA 5OZUA 4QJ2A 3ZPSA 5P6ZA 5P1HA 1TCWA 1KJFA 5OZBA 1PFZA 2AOEA 5P2ZA 2QNQA 5P8SA 3SABA 2I4DA 1EPPE 2V00A 5OZ0A 4FE6A 2OHPA 3KFNA 3VSXA 4FRJA 1AJXA 5P1RA 4J1FA 5P1BA 4Y45A 4ER4E 1BVGA 3INEA 5P60A 2F3EA 4DJPA 1QBRA 3VF5A 5P1VA 2QI3A 3PVKA 3EL9A 3VV7A 3UTLA 3KDDA 4RYCA 2Q54A 2VKMA 4Y3LA 5P4WA 2QI0A 2PYMA 1FFIC 4YD4A 5P1EA 4R92A 4L6BA 4FRKA 1T7IA 1LEEA 2R38A 5P3IA 2QHYA 2QD6A 3B80A 1LYWA 2OHNA 4N00A 5P5SA 1HSHA 2NMZA 2P8HA 5P0ZA 5P5VA 3A2OA 5P2TA 4Y58A 3RSXA 1BILA 3D91A 2I0AA 2HB4A 5P6JA 5HDUA 2HIZA 2H6TA 5DGUA 1HVSA 3ZMGA 2JYSA 3LIQA 4GZFA 3BXRA 5HTZA 1DIFA 5P4YA 1QDMA 3EKTA 3OU1A 2V11C 2FDPA 1EBKC 4Y48A 2ER6E 3K4VC 3KM4A 2R3TA 5OZIA 3SA5A 5P6WA 4I0DA 3EKQA 5P5ZA 4NPUA 5P20A 1HRNA 4DJQA 5P8GA 4EWOA 3URLA 2I4QA 5P8NA 2IL2A 1MVPA 2FXEA 4I0EA 5HCOA 2QD8A 3NUOA 5OZMA 3BGCA 5P3DA 1ZP8A 1YTJA 4Y47A 5P0VA 3OADA 1W50A 1W5XA 5P74A 4H3GA 5OZDA 3PSUA 5T4SA 2FNSA 2PQZA 2HM1A 4FSEA 1FEJC 4J1CA 5P79A 5P4CA 4CPQA 4L7JA 1K1UA 1K2BA 5P3NA 5P85A 4EP2A 1BIMA 3SM2A 1DP5A 3EC0A 2F3KA 2O40A 5OZ8A 2WEAA 2G21A 4Y5NA 4I0ZA 4B1CA 5P2JA 3PWRA 5P1DA 5P2NA 3SFCA 5P8CA 4QJ9A 5P00A 5P36A 2VNMA 3S7MA 1E5OE 1OEXA 4ZPFA 4Y5AA 5P6PA 2IKUA 2QMFA 5AH8A 5P7AA 2NR6A 5AHAA 3QVCA 2OHMA 5P2EA 3LIYA 3L3AA 1AAQA 3EL4A 1HPXA 4R93A 3AIDA 3O9LB 4Y43A 3OY4A 3OQDA 4A4QA 2V0ZC 5HU1A 3VF7A 5P3HA 5P8AA 3INDA 5P4JA 5DR8A 5P1WA 3NDWA 3O9DA 2J9JB 5P8IA 4YBIA 2R8NA 5P54A 3FX5A 3LPJA 5P4PA 1MRWA 3NWQA 1T6GA 3FIVA 5P7UA 4EYRA 5E5JA 4GJBA 3S7LA 1MSMA 5COOA 4AA9A 3UDNA 5P5GA 4FL8A 3HVGA 5OYVA 5DPZA 3QIHA 3NR6A 2ANLA 2WEZA 4Y3GA 3EKYA 5P6UA 5P43A 3CIDA 1K1TA 5P2HA 4Y4DA 1HOSA 5ER2E 4U7VA 1ODXA 1QBTA 3INHA 1IBQA 4RYGA 4Y3EA 3KFSA 5I3VA 5P40A 2R9BA 3OQ7A 4FM8A 5P2AA 1W6HA 4Y41A 3LZVA 4Y56A 5DR4A 2JXRA 5KQYA 4AA8A 2RKGA 4DJYA 5P6VA 3ZOVA 2NTRA 3SA9A 2P3BB 1BVEA 1D4LA 5AH7A 3KA2A 1T7JA 5P6CA 4Y4TA 1T6EX 5P42A 1QBUA 1XN3A 2QNNA 2QMPA 4KE1A 2VNNA 3HZCA 5DQ1A 3RTHA 4ZPEA 2BPWA 3KDBA 2FMBA 5P0YA 1MRXA 4Y5EA 3NXEA 2FGUA 2OHSA 5DR1A 5P69A 3O9CA 3SPKA 1B5FA 4KE0A 4RRNA 4B72A 1F7AA 1LYAB 1YTIA 3WZ8A 5P28A 2AIDA 4Y3YA 4D83A 4Y3JA 5P38A 5OZ6A 1KJGA 1LS5A 5P7QA 1BV9A 2G1YA 5P4TA 1A30A 4BEKA 5JFPA 3IVIA 4B05A 5IVRA 2UXZA 4Y4JA 4DJXA 1EBWA 1ZPKA 3PCZA 4H3IA 5P0BA 1HPSA 4GB2A 5P3MA 5P5XA 3GI4A 5P7GA 2O4PA 4YD7A 4DFGA 4Y9WA 1APVE 3O9FA 4QGIA 4YA8A 4Y3DA 2I1AA 3PLDA 5HCTA 4MC1A 1FQXA 4YD3A 3ECGA 2WKZA 4AUCA 1E82E 5OZ4A 5P7BA 5P3UA 1TZSA 5P67A 4L7HA 3LINA 4OBFA 5C9DA 5SY3A 4CPWA 2G1RA 3R4BA 5C9FA 1G0VA 5P18A 2OHQA 5P2GA 3BUGA 1BXOA 5P83A 1PSAA 4LBTA 1LF3A 3CYXA 5P7WA 3T6IA 1FQ8A 1HIVA 3HAWA 1AJVA 2G24A 2O4SA 5P0HA 2BKTA 2QI6A 4I0IA 5P5AA 4LXMA 5P3TA 1XS7D 2AVOA 5P66A 3HLOA 1LYWB 1KJHA 4RRSA 4LC7A 4OBZA 5P5HA 2Q63A 3EBZA 1KZKA 5P5JA 2R43A 1GVVA 1D4YA 1B6MA 3ZKXA 1FFFC 2P83A 4RVXA 1HTEA 3EM3A 4UPJA 5P37A 3NU4A 5P7NA 3KMXA 4EJLA 5P5NA 2R5PA 3L5CA 4J0YA 3OOZA 2IEOA 3G72A 3PWMA 5P6XA 5P4LA 3QAAA 4ACXA 3VCMA 3PMYA 5P4KA 5BRYA 5P5FA 5P06A 5C9BA 2Z54A 4I8ZA 1GNOA 3SA4A 2PK6A 1EPLE 5DR7A 5P0LA 5P11A 3EKVA 5ER1E 3OADB 1FG6C 2HS2A 5P45A 5KR8A 1EPOE 1FGCC 4OBHA 2FIVA 3SKGA 1HVIA 2IENA 3OQAA 5P32A 2QZXA 3SA3A 5E5KA 2I4VA 3IVHA 2AZ8A 3LIVA 5P0AA 3I25A 5AGZA 2QI4A 5P2QA 1HEFE 1MERA 2PYNA 5AHCA 5P8FA 5P0FA 5AHBA 5P1FA 3OXVA 2ER7E 3EKWA 4S1GA 3D3TA 2WHHA 5OZAA 3OXWA 3GGVA 3S8IA 5OYWA 2QMGA 1NSOA 2B8LA 2BKSA 5P49A 2Q11A 1FMXA 3WB4A 1EBZA 2BPZA 5P34A 3TH9A 4Y3WA 1ZJ7A 5P0PA 2QI1A 1FQ7A 5P7RA 3BVBA 5FIVA 1HVKA 2QZWA 5P33A 3SLZA 3OOTA 4TRZA 5P31A 1DW6C 5P7PA 2QP8A 3BUFA 5P07A 5P6FA 5P0CA 1HWRA 2F80A 3OU4B 5P3KA 2ER0E 4I0FA 5P0QA 4K4PA 4PZWA 4K4QA 2QI7A 1D4IA 3DCKA 5P0XA 5P3QA 5SY2A 7HVPA 3SA8A 4K9HA 3O9HA 4CPXA 2A4FA 2ZHVA 3BUHA 4Z4XA 1NPWA 3OTSA 1HIHA 5P4OA 4F74A 2B60A 3H5BA 4XKXA 1YM2A 5P01A 4GJAA 4A6CA 2AVVA 3EL0A 3QPJA 4I10A 1HTGA 4EPJA 4J1IA 4DI2A 4CPSA 4DJRA 5P8VA 2J9KA 5P1QA 3SM1A 3PM4A 3O9EA 5OZPA 1CZIE 2CENA 2PH6A 3U7SA 5P51A 3NU9A 4B0QA 3S45A 1AVFA 3PLLA 3L5DA 1ODYA 4HA5A 4WY6A 3UDRA 2JJIA 2AVQA 4NJTA 3TPLA 1LF4A 3I8WA 4Y3HA 1DAZC 4DQHA 4Y4GA 4YCYA 5P1ZA 3GGAA 4B1DA 3ZKGA 3UFNA 6FIVA 4DQCA 4Q1NA 5OZZA 3GGXA 3L5BA 3UQUA 3KFPA 1NPAA 5P6OA 4Y50A 1HIIA 3QBFA 2AOGA 4Q1WA 3CKPA 2BPYA 1EEDP 1PSOE 5P3WA 2BJUA 4J54A 4Y4EA 5P7FA 2AOHA 2Q5KA 1W5VA 4DQFA 4EHCA 5P14A 3T7PA 4GJ9A 3OUAA 1B5FB 4HZTA 5CONA 5P8KA 6UPJA 2IGXA 5P1CA 5EZZA 1BDLA 5P4NA 3QRMA 5P41A 4YD5A 5P05A 3PCWA 3FNSA 5P23A 4Y57A 4DV9A 3Q3TA 5OYQA 2JE4A 4Y5MA 2VIEA 1Q9PA 5P44A 3GI5A 3BVAA 4EJDA 5P65A 1FF0C 3VF3A 2OAHA 1MPPA 4EP3A 5P3EA 3CICA 5P73A 2F3FA 4COEA 3PSGA 4F73A 5P0NA 5P2BA 1A8KA 3UQPA 5OZXA 3URIA 5P4AA 5SZ9A 2PK5A 5P1OA 4K4RA 1K2CA 4DQEA 4DUSA 3PHVA 1W6IA 5P1SA 2HB2A 1RL8A 5P4XA 5P62A 3TPRA 5DR3A 4ER2E 2G22A 4Y3NA 3M9FA 5P6IA 5P8DA 4IVTA 5P7OA 3URJA 4R5NA 4FRSA 4DVFA 4D8CA 3SACA 4GJDA 5APRE 4Y5CA 2FNTA 2QZKA 5OZHA 4OD9A 3UHLA 1QS8A 2OHRA 1FQ5A 1PSNA 5P29A 6APRE 1RV7A 4OBZB 4J0PA 1EC0A 5P2FA 5P0TA 5P6EA 3O9BA 4R95A 5P30A 1XN2A 1XDHA 2BB9A 5P4IA 3DK1A 2PWCA 3PBDA 4DQGA 2XFKA 4CPTA 4EJKA 2G1NA 2QZLA 1GVXA 5P7IA 4APEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YG9 A;  4MC6 A;  4QJA A;  1EPQ E;  1MTB A;  5P2R A;  5AH9 A;  4LXK A;  3SA6 A;  3QN8 A;  5P70 A;  4RGH A;  4KB9 A;  3ZKS A;  3UQR A;  3ZPU A;  5P7L A;  3PI5 A;  7UPJ A;  1UPJ A;  3ER5 E;  5P7V A;  3TTP A;  4TRY A;  5P6Y A;  3T3C A;  5P7H A;  3UQX A;  4B00 A;  3WSJ A;  1GVT A;  5P3V A;  1ENT E;  5P6T A;  2WEC A;  3UQW A;  2G1O A;  5P1I A;  2HS1 A;  1FMB A;  2XFJ A;  3B7V A;  5P8L A;  1GVU A;  5COP A;  5P1P A;  3SQF A;  2IS0 A;  5P6H A;  1IZH A;  3PEP A;  1HHP A;  3VEU A;  1B6P A;  3PMU A;  2WL0 A;  5P04 A;  1HXW A;  3O9I A;  1W5W A;  1ER8 E;  5P3Y A;  4HLA A;  2JJJ A;  4XX3 A;  2ZJK A;  4PZX A;  5P8P A;  4I0J A;  5P8H A;  4NPT A;  5P7C A;  2VJ9 A;  1WKR A;  3RTN A;  2R5Q A;  1C6X A;  5P24 A;  5P63 A;  5P4S A;  3OXC A;  3MSK A;  5P7Y A;  5P0W A;  2WJO A;  3R1G B;  3HDK A;  5P1T A;  5P47 A;  5P2C A;  1SDV A;  3N4L A;  5P58 A;  4ER1 E;  5P4G A;  5P76 A;  3K5D A;  4B1E A;  5P0I A;  1HXB A;  5P2V A;  3TOG A;  5P6Q A;  1UH8 A;  1K6V A;  5OZQ A;  3JW2 A;  2XYE A;  2Q64 A;  1APT E;  2OHL A;  2PMA A; 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 1YTG A;  1Z8C A;  3S2O A;  5OZO A;  3DCR A;  4OD9 B;  3UDY A;  3NWX A;  5P0M A;  1ZTZ A;  4RVI A;  1BDR A;  5P5E A;  3H0B A;  5P4R A;  4F75 A;  5P8B A;  3BC4 A;  4HE9 A;  5B18 A;  4OBJ A;  1UH7 A;  4B78 A;  1HPV A;  4Y3P A;  1TCX A;  5OZ2 A;  5P68 A;  5P7K A;  3GW5 A;  2QU2 A;  3QI1 A;  1MTR A;  1AXA A;  4Y3M A;  4PHV A;  4J55 A;  1TSU A;  1LZQ A;  5P03 A;  5P3F A;  3EM6 A;  3O99 A;  5IE1 A;  5PEP A;  1XE6 A;  2FGV A;  1DPJ A;  3OGQ A;  1A94 A;  4Y54 A;  4EJ8 A;  3CMS A;  4Y3A A;  5P22 A;  5P5I A;  5P81 A;  5P2L A;  4E43 A;  4Y4Z A;  5CLM A;  2CEM A;  3LZY A;  4Z50 A;  4BEL A;  4YDF A;  5P6G A;  2ZYE A;  4MC9 A;  4CP7 A;  2P3B A;  5P80 A;  4DJO A;  3RVI A;  1HSI A;  1WBM A;  1QBS A;  5P0J A;  2VIY A;  2ZJN A;  5P57 A;  1ME6 A;  1BWA A;  1A8G A;  1EBY A;  3I6O A;  3OTY A;  2IQG A;  5P8T A;  1PPK E;  4J0T A;  3D1Y A;  1BAI A;  5KR1 A;  2V12 C;  3RTM A;  3ZKI A;  4CPU A;  1MT7 A;  1PRO A;  3AUP A;  4EXG A;  4FGX A;  5KR0 A;  3SO9 A;  5P0O A;  3OXX A;  4FCO A;  5P8R A;  3QS1 A;  3APP A;  3QRO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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