5AH7A

Disubstituted bis-thf moieties as new p2 ligands in non-peptidal hiv- 1 protease inhibitors (ii)
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Disubstituted Bis-Thf Moieties as New P2 Ligands in Non-Peptidal HIV-1 Protease Inhibitors (II).
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (z2/cdc-z34 isolate)
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ah7A00
2XYFA 3BC4A 4YD3A 1HTGA 1B5FB 5OYYA 1MIQA 2F3FA 3NR6A 5P6RA 5P8TA 4YCKA 3MXEA 3VYFA 5HE5A 5P8RA 5P82A 3RU1A 2R3TA 2BBBA 2HAHA 4TRYA 1D4JA 1W50A 2VJ7A 4WY6A 3IXOA 3LIVA 5P2QA 4YBFA 2O4NA 1MUIA 1HSGA 2I0AA 3SFCA 4HZTA 2VJ6A 3MSJA 5SXNA 1FEJC 3WSJA 1HTRB 2O4PA 4DQBA 5HDXA 5DQ5A 2CEMA 4J1HA 1C6ZA 7HVPA 3VLBA 1SH9A 5P40A 4I1CA 3I25A 3EKWA 1PSNA 3OU1B 5P2OA 1DMPA 4J0TA 1ZBGA 2RENA 5P44A 5CLMA 1HSIA 2F8GA 1FG6C 5P7UA 5P5GA 1SMEA 1DAZC 1LF4A 3UPJA 1D4LA 5P4JA 1ODXA 1ZPKA 3DK1A 4IVTA 4J1CA 2V11C 4DJXA 3FV3A 5HE4A 1FFIC 4H1EA 3TPLA 3ZPTA 3R0YA 4EXGA 1APVE 4XXSA 3BXSA 1EPLE 2UPJA 3ZMGA 2ZHSA 5P7PA 3SABA 5P5LA 2QHCA 1NPVA 4Q5MA 3T6IA 2HC0A 4Y9WA 3HDKA 1EBZA 1NH0A 1GNOA 1BDRA 5P6JA 5P02A 2G1SA 4I0JA 5COPA 2I4XA 3G70A 5P7NA 4Y37A 4YD5A 5SY2A 4WTUA 5HCTA 4ZIPA 3LIQA 3OADB 4ACXA 2NPHA 5EZXA 4GJCA 2B7FA 4GJBA 1A8KA 4YDGA 5P24A 4DQHA 4Y3MA 4DJYA 5P22A 1MT8A 5P27A 3EKPA 4PPHA 3ZKXA 5P1RA 2WHHA 5CONA 3KDDA 4Y3PA 5I3WA 4I0GA 1KJHA 1PPKE 4DQFA 5P51A 3SQFA 1N49A 4IVSA 4PHVA 1J71A 4Q1NA 2BPZA 4Y38A 3EMYA 5P8SA 3LZSA 2QI4A 5IS4A 6UPJA 3OTSA 4D83A 3KM4A 3TPPA 4EPJA 3KT2A 1K6CA 2IL2A 4I0IA 1QDMA 3QVCA 1FMXA 3RTMA 3CKPA 3PCWA 5T4SA 4L7JA 5P4YA 1M4HA 3PWMA 4LP9A 4NJVA 3ZKSA 3OUCA 1FMBA 5P6QA 2XFKA 5P5TA 1SDTA 5COKA 4ZSQA 3UDHA 2J9JB 4PEPA 1ODYA 1IBQA 5P6UA 3K5FA 4ZEAA 3KDBA 1EPRE 5IE1A 5P19A 5P2XA 1K1UA 5P1JA 1MERA 4L7GA 5P8AA 1XE5A 4D89A 5P0GA 2VKMA 4NJUA 5P7OA 4ZPEA 5P2YA 4QJ6A 1EPQE 2ZJMA 3HZCA 4Z2ZA 4PZWA 2G24A 2PSVA 5P66A 2R8NA 5J25A 3FNTA 1B11A 4Y3XA 2EWYA 1BWAA 5P0JA 3TL9A 5P8KA 2ASIA 5P1MA 5P32A 3KT5A 2A1EA 2WL0A 1LV1A 2VA7A 5P30A 4FM7A 5P4XA 3RTHA 1TQFA 5P47A 1WBKA 4LXMA 5P6WA 3TH9A 5JFUA 3RVIA 4Y4TA 2HB2A 4J0ZA 4KB9A 1K2BA 2VIJA 3PGIA 2V16C 3H5BA 4I0ZA 4CPQA 3OGQA 5P38A 1Z8CA 2HIZA 3O9LB 1ZSRA 5P6TA 5P7KA 2R38A 5C9FA 2AODA 2AOJA 2ZJJA 5P0AA 2Z54A 2FGVA 5DQ4A 3FKTA 4M8XA 1TCWA 1XN3A 5P8EA 1MTRA 5P0HA 3GGVA 5P4SA 5P7SA 1LS5A 1EPME 3ZPUA 1K6VA 2BPVA 5OZRA 4Y3SA 1ZPAA 5P8GA 2QMGA 1GVUA 3D1ZA 1XDHA 5P56A 3RSXA 2VIEA 5C9BA 3L5DA 3PEPA 3NUOA 3EM3A 4Y50A 1IDAA 4I11A 1NPAA 2PH8A 3PBZA 1DW6C 3D1XA 4Y4UA 2B8LA 5P0TA 2G94A 4OD9A 4X2LA 2CEJA 1PSOE 2VA5A 5P6DA 2PQZA 4CPUA 3VF5A 5P0CA 2AOFA 3S2OA 1T7KA 2WF0A 4TRWA 3BRAA 3N4LA 4Y48A 1FKNA 1YTHA 5P7DA 5P7GA 4GJDA 1HBVA 4GMIA 5P3IA 2G1YA 3IVHA 5DR3A 3VLAA 1IDBA 3K4VA 5JODA 5OZPA 1EAGA 2ZJIA 5P2AA 3Q70A 3BUGA 1U8GA 5P33A 1PPLE 2ER7E 3PSGA 4Y35A 5P4HA 5P5BA 3ZKIA 5P5QA 8HVPA 5P6AA 5BRYA 5OZ6A 2I4VA 5P8HA 5B18A 1HXBA 1W5XA 3WB4A 4Y4JA 4Y51A 5E5KA 1WBMA 5P8PA 3OQKA 4B05A 4GJ9A 3PM4A 2JXRA 3FSMA 2PC0A 4B0QA 4Y5EA 1FF0C 3GGXA 2QMFA 5P48A 5P79A 3L5BA 2OHRA 4Y3QA 4YD7A 3LZYA 2F80A 1BXQA 5P1BA 3TLHA 5P4CA 5P4DA 4OBDA 5P1VA 1DP5A 5P3EA 2V12C 4RGHA 3T7PA 3M9FA 4J1KA 4Y3YA 4K4RA 4EJLA 3S7LA 1LYWB 3ZLQA 3K1WA 2G27A 3OY4A 3BUHA 1HSHA 1HPXA 3IA9A 1UPJA 3LHGA 5P1XA 5TOLA 2O40A 3CKRA 1IVQA 2OHSA 1MT7A 2HB3A 1MRWA 5P5DA 3SO9A 2QI0A 5P54A 5P7MA 3U6AA 4HEGA 2JJIA 3D20A 4QJ7A 3WZ8A 5P6YA 3QI1A 4RLDA 5P59A 5P3SA 4Y56A 3S45A 5P8DA 5P28A 3T11A 5SZ9A 3SA9A 2QAKA 5P2NA 5P6XA 1GNMA 5I3YA 4LBTA 4K8SA 4U7VA 2FGUA 5P18A 3SACA 4D88A 1HEGE 5KR1A 3VV7A 2OHPA 2PH6A 3N3IA 3NU6A 2AVOA 4A6BA 2QMDA 3TOFA 5P0UA 2WF2A 5P85A 3SA4A 5HDZA 4KE0A 3LZVA 1Z1HA 3SA7A 5IVTA 1HHPA 2G20A 3TKWA 3PLDA 3UQPA 1BVGA 2QZXA 5P5EA 4KUPA 3O9HA 5OZ4A 4CPXA 4Y54A 1CPIA 4FIVA 5BS4A 5P2MA 3IN3A 5P5OA 3LNKA 2SAMA 5P81A 5OZ9A 4Y3WA 4Y4AA 3O9IA 2IS0A 5HDVA 4U7QA 4A4QA 5AH6A 4B1EA 3GI0A 5P15A 5EZZA 3NDWA 3DCRA 5P7BA 5ISJA 2OHQA 3EC0A 4DI2A 5P5UA 1RV7A 4J0YA 3S43B 1APWE 5P3KA 2QI3A 4YBIA 3VG1A 2Q55A 4OBKA 1B6JA 5P84A 3CKTA 2BKTA 3I6OA 1PROA 5P14A 5OYSA 1HOSA 1WKRA 2QNQA 1ME6A 3ZOVA 4EHCA 2RSPA 4GJAA 3GI6A 2BQVA 3PI5A 5P0KA 1XS7D 1FQ7A 2IRZA 5P0DA 1XN2A 5DQ2A 3OOTA 2ZJKA 1RL8A 3LIYA 2FMBA 2R9BA 3T7XA 5OZ2A 4CMSA 1W5YA 5P6EA 3UTLA 3O9CA 4XX4A 3IXJA 3R1GB 4Y3EA 1APTE 4J0VA 5OZDA 4B78A 1LYBA 1GVVA 4Y5GA 3LZUA 3K5GA 5JG1A 1E82E 3D91A 5DR7A 5P7HA 5JFPA 3UFLA 1HRNA 3O9FA 4RYCA 5OYQA 4YCYA 5HVPA 3D3TA 5P8CA 3KA2A 5P7RA 1TZSA 1FG8C 1MT9A 4FRIA 3PSUA 4Y4BA 5P1CA 2B8VA 2VNNA 2VA6A 3NDTA 5HDUA 1LEEA 4ZSMA 4ER1E 1HVHA 3UDYA 4AA8A 3SAAA 5P39A 4YOAA 4BFBA 2XFJA 5P7JA 3QRVA 2QCIA 1EBKC 2BB9A 4Q1XA 5AHAA 2P3BA 4MC2A 5P23A 5OZVA 3PHVA 3OWNA 5P76A 3SKGA 5P6IA 2QMPA 1XL5A 2P3DA 4K9HA 3I8WA 5P4UA 1QS8A 5P4PA 4Y5AA 5P3OA 4J0PA 2OHTA 4CP7A 1ER8E 1KJGA 5P2WA 4Y4ZA 5OZ8A 4ER2E 5OZ7A 5P70A 3ER3E 4DPIA 5OZXA 5P12A 3TOGA 5ER2E 5OZQA 5DR4A 5OYXA 5P2LA 5P1AA 1GNNA 3UDJA 5HD0A 4FGXA 1BXOA 4JOOA 5P5JA 2PWCA 4HA5A 3O9EA 5P2DA 5OZCA 4Y5BA 3PCZA 3K5DA 5P7AA 2WF1A 3OXWA 1EEDP 3OU4B 5F00A 2PMAA 3Q5HA 5P4WA 5P6HA 3QAAA 2HS2A 3OAGB 5OYVA 3O9DA 5P41A 1SGZA 2ZHTA 3KMYA 5P65A 1FFFC 5DQCA 5P1DA 2B42A 1M0BA 2QU2A 2I0DA 2BJUA 1NPWA 2JJJA 2WEDA 4GJ6A 4E43A 3KMXA 4XX3A 2B7ZA 4ZPGA 5P17A 2QI1A 2VIYA 2QI6A 3OHHA 5OZWA 5P53A 4F74A 3ECGA 5P7FA 2AVMA 4Y5LA 2WEAA 5P7TA 4Y5NA 3DOXA 3OXXA 5P4QA 5P6LA 2OHMA 5P7WA 3VFAA 3PWWA 4XKXA 4I0HA 3T3CA 4J1EA 1AZ5A 5P1TA 3O99A 4HE9A 2ZJLA 6APRE 3CYXA 5OZYA 3NUJA 5P06A 5P5HA 4ER4E 1BIMA 3UQUA 2XFIA 5P11A 4R92A 4NJTA 3OOZA 5P3WA 2H6TA 5P6PA 4AUCA 5KQXA 3AUPA 2VS2A 3OQFA 2I4UA 5P8QA 3S54A 4I10A 1IVPA 2F81A 5OYZA 1JLDA 5P0VA 3QVIA 4DJOA 1HVIA 3NXNA 4Y53A 3INEA 1T7JA 4ACUA 4I0EA 5P8LA 3ZL7A 5P4LA 4YHQA 4B72A 3KFSA 1NSOA 2B60A 1QBTA 2FIVA 3PVKA 3QIHA 4OBZB 2AZBA 5P1NA 1IZIA 3PWRA 2WEZA 3LIZA 3VYDA 2OF0A 2H6SA 5ER1E 5P6MA 5P1YA 5P5FA 3UQRA 4H3FA 4GJ8A 1TSQA 5P6KA 5P05A 4QJ9A 1G2KA 4EWOA 5P3AA 5P00A 4DUSA 4GYEA 2IGXA 3INDA 5OZ3A 5P4NA 1FQXA 5KQFA 1EC2A 4BELA 5P60A 3DCKA 2G1OA 2ER6E 5P3TA 4OC6B 4ZSPA 5P2SA 1QBSA 1T6GA 5P5IA 4FM8A 5AHBA 1QRPE 3OUDB 3TPRA 4PZXA 4I8ZA 4H3JA 5P55A 3DV5A 4L1AB 1B5FA 4Y4EA 3FNUA 4NPTA 3BGCA 1FGCC 1AAQA 4YOBA 3U7SA 3NU9A 3SPKA 5P0QA 4Y3AA 2I4QA 5P3DA 5P89A 1KJ4A 1RNEA 1W5VA 3U71A 5P36A 2PWRA 4AZYA 4YCTA 1BAIA 3QROA 1HEFE 2QHZA 2V10C 4EQ0A 3BGBA 3OGPA 2Q63A 5FIVA 5P8VA 3Q3TA 1GVXA 4Y39A 1E5OE 2IKUA 3O9AA 1HXWA 1TW7A 1RQ9A 1BDQA 3I7EA 2CENA 5ENMA 3B7VA 2NXDA 4TRZA 5P1KA 5P2EA 3UQWA 4CPWA 5P7CA 1SGUA 3EL0A 2PK5A 1KZKA 1GKTA 2IEOA 4RVJA 4HDBA 4NJSA 2V13A 4Y4GA 3OU1A 4FLGA 5P3CA 1AM5A 1XL2A 5P3HA 3OQ7A 4JPEA 2QD8A 2AZCA 2OHLA 4R8YA 5P4EA 5KQZA 4KE1A 3S8IA 1G6LA 5AH8A 1BV9A 5P2ZA 1META 4Y3RA 2G69A 2NNPA 1GVWA 2ER0E 3L38A 1VIKA 1EBWA 1ZTZA 5P0EA 3Q4BA 4GIDA 4EJDA 4GJ7A 3SA6A 3H0BA 4EJKA 5KAOA 3MSKA 5P7LA 4APEA 4R5NA 3VSWA 5P2RA 2WF3A 4OBGA 4DH6A 4DJVA 3L5EA 3SLZA 5P2IA 4Y3HA 5P1SA 4L6BA 4HDPA 3OADA 1IZEA 5OZZA 4FM6A 5KOSA 2AVQA 5P4KA 2AQUA 4L7HA 4I12A 3S56A 1MTBA 1AIDA 4MC1A 4B1CA 2I4WA 3INFA 3VFBA 1RPIA 2ZE1A 1FMUA 3OXVA 3R0WA 5P6CA 3UDPA 4RCDA 3PLLA 5AHCA 1ZJ7A 4RCFA 3NDXA 5DGWA 5P3QA 3EKQA 4ZPFA 2R43A 3PBDA 4AMTA 2OHKA 4GJ5A 4JECA 4Y4WA 5APRE 3CYWA 3GI4A 2Z4OA 5P6OA 3QRMA 1E81E 5P8BA 3I2LA 3NDUA 2AZ9A 3QS1A 5KR8A 4RCEA 2O4SA 3IAWA 5P5ZA 5P0NA 4Z22A 3OK9A 2QZKA 1HTEA 1APUE 4K4QA 2AOEA 5P77A 5AH9A 5P2JA 2G26A 5P83A 5P52A 5P7VA 2MIPA 5P3YA 4YDFA 1EBYA 4J1FA 5P88A 2PYNA 4Y5PA 4H3GA 4CPRA 2WF4A 4Y3DA 4LHHA 1PPME 2J9JA 1AXAA 1D4IA 1G35A 3EKYA 6FIVA 3R4BA 1KJ7A 1PSAA 2NTRA 2FNSA 4Y41A 5DR0A 1HIHA 1HIVA 1K1TA 4Y3FA 4U8WA 4AA9A 2AIDA 5P0LA 5OZFA 4B77A 5OZUA 5P1EA 5PEPA 5P0XA 4OBHA 3AIDA 4DJUA 5P0SA 1UH8A 4FS4A 1M43A 3OTYA 2BPWA 5BWYA 4QJ8A 3IGBA 2PSGA 4Y45A 3EM6A 3ZKGA 1SIPA 3GW5A 3JVWA 5P80A 3FNSA 5P2UA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2XYF A;  3BC4 A;  4YD3 A;  1HTG A;  1B5F B;  5OYY A;  1MIQ A;  2F3F A;  3NR6 A;  5P6R A;  5P8T A;  4YCK A;  3MXE A;  3VYF A;  5HE5 A;  5P8R A;  5P82 A;  3RU1 A;  2R3T A;  2BBB A;  2HAH A;  4TRY A;  1D4J A;  1W50 A;  2VJ7 A;  4WY6 A;  3IXO A;  3LIV A;  5P2Q A;  4YBF A;  2O4N A;  1MUI A;  1HSG A;  2I0A A;  3SFC A;  4HZT A;  2VJ6 A;  3MSJ A;  5SXN A;  1FEJ C;  3WSJ A;  1HTR B;  2O4P A;  4DQB A;  5HDX A;  5DQ5 A;  2CEM A;  4J1H A;  1C6Z A;  7HVP A;  3VLB A;  1SH9 A;  5P40 A;  4I1C A;  3I25 A;  3EKW A;  1PSN A;  3OU1 B;  5P2O A;  1DMP A;  4J0T A;  1ZBG A;  2REN A;  5P44 A;  5CLM A;  1HSI A;  2F8G A;  1FG6 C;  5P7U A;  5P5G A;  1SME A;  1DAZ C;  1LF4 A;  3UPJ A;  1D4L A;  5P4J A;  1ODX A;  1ZPK A;  3DK1 A;  4IVT A;  4J1C A;  2V11 C;  4DJX A;  3FV3 A;  5HE4 A;  1FFI C;  4H1E A;  3TPL A;  3ZPT A;  3R0Y A;  4EXG A;  1APV E;  4XXS A;  3BXS A;  1EPL E;  2UPJ A;  3ZMG A;  2ZHS A;  5P7P A;  3SAB A;  5P5L A;  2QHC A;  1NPV A;  4Q5M A;  3T6I A;  2HC0 A;  4Y9W A;  3HDK A;  1EBZ A;  1NH0 A;  1GNO A;  1BDR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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