5AH7A

Disubstituted bis-thf moieties as new p2 ligands in non-peptidal hiv- 1 protease inhibitors (ii)
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Disubstituted Bis-Thf Moieties as New P2 Ligands in Non-Peptidal HIV-1 Protease Inhibitors (II).
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (z2/cdc-z34 isolate)
molecule keywords PROTEASE
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ah7A00
2VIZA 5AHAA 4GJ8A 5P2FA 3UCBA 1W6IA 5P4FA 4BFBA 2QI0A 3K1WA 4YCYA 3DCKA 3IVIA 5JG1A 3RSXA 2NMYA 1TCXA 2WL0A 2FIVA 4Y3WA 5DR4A 5OZKA 1PPLE 5P0BA 2AZCA 4RROA 3S85A 1MT7A 1XE6A 3JVWA 2CENA 5P1YA 1YTGA 4Y3TA 3RTHA 1ZTZA 2XFIA 4Y3YA 2OHTA 1GNOA 2AVMA 4I0IA 4LBTA 1EPQE 5P7XA 1MEUA 3FNTA 3I8WA 5P1VA 4K9HA 4HVPA 3NU5A 2IDWA 5P0MA 1FQ5A 2J9JA 2WF3A 5UPJA 3EKYA 2I4XA 3PWRA 2AQUA 3EL5A 4ZPEA 2UPJA 5I70A 5P8FA 3OHFA 4Y4AA 5P1XA 3LIZA 5P6RA 3O9FA 3UFLA 3PEPA 3I7EA 2ZE1A 1IZEA 5OYXA 5KAOA 2AOIA 4RVXA 2O4SA 3BC4A 4OBJA 5OYTA 5P24A 3VV6A 1BWBA 5P40A 4YOAA 1MPPA 3R0YA 1M0BA 1DIFA 4JPCA 4CPRA 5OZFA 1RNEA 5CLMA 5P33A 1XN2A 4Y5EA 5P1MA 3EL4A 5P88A 5P3YA 4ZPFA 3GI6A 5T4SA 2ER6E 4HE9A 5P1EA 3TOHA 5P2MA 2EWYA 3K5CA 3OGQA 2ZHVA 2ZHTA 4MC6A 2QI1A 4D83A 5P00A 2IKOA 3Q4BA 1FMXA 2XYEA 5P30A 4PHVA 4DQFA 3IAWA 1QRPE 3LINA 1Z8CA 4EWOA 2NNPA 5P14A 5P65A 4Y5PA 5OZLA 1G2KA 5P2VA 4B00A 2F80A 4JECA 3CYXA 4FM7A 3PI0A 1D4LA 3OQFA 4BFDA 5P8SA 2V16C 4J0VA 1K6VA 1E5OE 1W5VA 5P12A 5HDXA 5IVQA 2AIDA 5I3YA 5P2NA 5SZ9A 3SA7A 5P4ZA 4Z50A 5IS4A 3TPJA 1T7JA 1FQ4A 5P1HA 3IGBA 5P3CA 1HVCA 4H3IA 4RYCA 1N49A 5P0PA 3KA2A 4FRIA 3WB4A 1TQFA 5P64A 2WECA 2OHLA 1T7IA 3RSVA 2FMBA 3OQ7A 5AH7A 5P4SA 2V11C 5OZPA 1D4KA 3SACA 4J0YA 3UDRA 3QS1A 5BWYA 1SGZA 3B7VA 1FFFC 1QDMA 1HVHA 5HU0A 5P3RA 5P11A 5P0IA 1K1TA 1MSMA 1HPVA 5P4OA 2Q15A 1LF4A 3H5BA 2G1NA 1GVXA 3KFPA 1SMRA 5P2LA 5P3HA 1G0VA 3PWWA 3UDMA 4DJUA 4GJCA 2PQZA 5P1KA 5HDUA 1LYWA 4ER1E 4Y4WA 4Y47A 5P4IA 4Y3EA 4JPEA 5E5JA 5F01A 1HVSA 3T7QA 4LAPA 5P6EA 3INFA 1B6MA 1MTRA 5P2XA 5P1OA 1EPLE 5P82A 3IN3A 4I0DA 3B80A 2FGUA 2IGYA 1FMUA 1HTRB 4Y35A 3BVBA 1QS8A 3UQUA 2PMAA 1SIPA 4ZLSA 2OF0A 1APVE 4J0TA 4U7QA 2QI7A 4TVHA 5OZEA 3QVIA 5HE7A 4WY1A 2VIEA 5OZSA 5P6NA 2QU3A 3OU4A 3FX5A 5KQXA 1UH9A 4TVGA 3HD8A 3LPJA 5P48A 2ZJHA 5P6TA 4D85A 4DQEA 2QHYA 1HVRA 2AOEA 5P7UA 4HLAA 2P8HA 5TOLA 4I0GA 5KOQA 3O9LA 2RKGA 4RGHA 5P1FA 5P4GA 3OOZA 1MRXA 2ASIA 3OGPA 3S53A 2NMZA 2UXZA 3L5DA 5P0RA 1KJGA 1XL5A 2AZ9A 5P5TA 4B05A 1B11A 1GVUA 4Y5MA 3FKTA 4GJDA 3SABA 5P7WA 1K2BA 2G20A 2ZHUA 3OXXA 2O4KA 4DJVA 1EC2A 1HTEA 4B1DA 4F75A 1D4JA 1PROA 5DQ4A 2I4QA 5P3JA 3Q6YA 2AOCA 3HLOA 5JFPA 5P84A 4OD9B 5P0UA 1BIMA 1D4IA 2I4VA 2NXLA 4YHQA 5P77A 4QLHA 3FNUA 1UPJA 1ZPAA 4LL3A 3AIDA 4ZIPA 4J1FA 5P0OA 5P80A 3TOGA 4Q1WA 4Y3AA 4Y4ZA 5OZJA 5P1GA 5P3NA 3ZMGA 2VJ7A 3SA6A 2PK6A 4Y3MA 5OZTA 3EKQA 4H1EA 5P52A 3UDQA 5P66A 5C9DA 1PSOE 5P7YA 5P69A 5P8QA 3TPRA 3K4VA 1HVKA 1BDLA 2A1EA 4YA8A 1T7KA 2G22A 2PYNA 4PYVA 3DOXA 1HSHA 3PBZA 4D8CA 3INEA 3NDXA 4GJ6A 1GNNA 1LYBA 3D91A 4ER2E 1LYAB 4Z22A 1HSIA 4PZWA 3LIVA 5P5AA 2J9KA 5ENKA 2OHPA 2Q3KA 4QJ7A 3R0WA 1OEWA 2VIYA 1ZAPA 2FDDA 4Y37A 3APRE 1CZIE 5HTZA 5P6UA 4D89A 4Y3NA 1QBRA 1PSNA 5P2DA 1HRNA 1EAGA 1D4HA 1C6YA 1DAZC 5AH8A 5P3QA 5KR8A 4DJPA 4OC6A 1IDBA 5P0EA 4R93A 1E82E 3VYEA 2I4WA 2ZJIA 4LC7A 3UDYA 5P16A 5P5UA 5P68A 3U71A 5P1RA 5P1CA 3QROA 5P2QA 2HB4A 5P37A 4YBFA 5P6MA 5OZWA 3L5CA 4WTUA 2ZJNA 3KMYA 5P1UA 1W6HA 5P8NA 2PSGA 1T6GA 2P83A 3ZKMA 4EQ0A 5OYZA 1EPNE 1K6PA 5P57A 3K4VC 1DW6C 2AOHA 1U8GA 3LZSA 1F7AA 2NTRA 5P0TA 3NXNA 3MXEA 4Y9WA 3EMYA 4IVTA 2WEDA 4Y4XA 5P36A 3S7MA 2XFKA 2AOGA 5KOSA 4ZPGA 3VG1A 5P3WA 4AA8A 3ZKSA 5AHCA 4TRWA 3NU9A 2AOFA 2Q55A 3JW2A 4Y3FA 5P7KA 2FLEA 5P3KA 1MESA 2Q63A 4FRSA 4DJOA 4NJUA 3T7XA 3ZKGA 4LHHA 4EQJA 5HVPA 2I0DA 2WF4A 2OHMA 2JE4A 3VLAA 1HBVA 4L7HA 3DCRA 2QK5A 4NJSA 3TKWA 4I12A 4GB2A 3ECGA 5P31A 5P2ZA 3G6ZA 3PMYA 3OU1B 4Y48A 3O9AA 1W51A 1B5FA 5P70A 4CPSA 5P19A 1W5WA 1FLHA 4J17A 1YTIA 1W5YA 5P20A 5DR0A 4Y5NA 4GZFA 2VNMA 4K8SA 4QJ9A 3A2OA 2I4UA 1C6XA 3VEUA 1HVIA 3GGXA 5P3ZA 3VSWA 5P7EA 1RQ9A 4LXKA 1FG8C 3MWSA 1ENTE 2VA5A 5KQFA 5P0JA 1FFIC 4DQBA 4R92A 2Z4OA 1EPOE 4EPJA 1LEEA 5P61A 4Y3RA 5P2JA 1IVQA 1HPXA 3OOTA 3S54A 5P7JA 5P6SA 1A8GA 3GGAA 3KM4A 3QP0A 2BPWA 1BAIA 3UDPA 3O9BA 5P5NA 2QMDA 1XN3A 5P7CA 2AVSA 3WZ8A 4YCTA 2PC0A 3UDJA 3PGIA 3PCWA 3KDDA 4Y3GA 3VV7A 2PYMA 5BS4A 4FM8A 4Y50A 5P3FA 5P1PA 4DJXA 3O9IA 5P7GA 1ZP8A 4GJBA 1XE5A 5P34A 1AVFA 1BVGA 4F74A 5OZRA 3UFNA 5P55A 3TPPA 2QZKA 4Y3HA 3VSXA 3VLBA 4Y4GA 1EBWA 4S1GA 5KR0A 5P7MA 2G69A 2G1SA 5P7AA 1SIVA 3VYFA 3PI5A 4KUPA 1K6TA 1YM4A 5P4AA 5P7SA 4QJ8A 1KJ4A 5P6DA 3L58A 5P72A 1UH8A 2A4FA 1MSNA 3GI4A 1NSOA 1KJ7A 3OQAA 5P5BA 3TH9A 3KMXA 5P0WA 1IDAA 5P4YA 2HPFA 1SMEA 2WHHA 3URLA 1GKTA 1RL8A 3BXRA 3BGCA 2HPEA 3PB5A 1B6JA 3URIA 5I3WA 2FNTA 2Q11A 5APRE 3IXJA 3S45A 3SKGA 3KF0A 1SP5A 1IVPA 1D4YA 4I1CA 3Q3TA 5OZOA 3O9HA 4DUSA 1LF3A 5P1QA 2G27A 3OAGB 9HVPA 5P2GA 2RSPA 4Y38A 1BV9A 3OXVA 5P08A 3U6AA 1AZ5A 5P8VA 2HB2A 4PEPA 4FS4A 2VJ9A 3KDCA 1CPIA 4EYRA 1Z1RA 1G35A 4EP3A 5P47A 2G94A 3T6IA 1B6LA 3UDNA 1SDTA 4MC9A 3FV3A 3VYDA 1HIHA 3OHHA 4M8YA 1NPAA 5HU1A 3RTMA 2AVQA 4JP9A 4YD4A 2ER7E 3KDBA 4R8YA 5P5RA 5P22A 5P45A 3NDTA 4NPTA 4DV9A 1SGUA 4FSEA 1PPME 5OZUA 5P15A 1WKRA 5OZDA 5P7DA 3RVIA 2IL2A 8HVPA 5P0AA 2WKZA 4NKKA 3LPIA 3CYWA 5DR8A 4MC2A 1HTGA 2HS1A 5P7TA 4NJTA 1DP5A 3IN4A 3PLLA 3U7SA 4K4QA 3FIVA 3IA9A 4QJAA 4GJ9A 5OZ4A 4OBGA 1M43A 5P2KA 5P4NA 3PLDA 1APTE 1JLDA 5P3UA 4FM6A 5P8KA 2BQVA 3LIYA 4EJ8A 1YX9A 7UPJA 5SXNA 4Y5CA 3VF3A 2JYSA 3HAUA 2PWCA 2VIJA 2OHSA 4BEKA 4Z2ZA 5EZZA 5KR1A 4Q5MA 2P3BB 3DV5A 5P0XA 3D1ZA 4CPQA 2Z54A 4XX4A 2WEZA 1MUIA 3BRAA 4Y54A 4RVIA 3VF5A 3OXWA 3K5FA 2NXMA 3JVYA 1SDUA 5P76A 2OHNA 4J1EA 3RU1A 1PFZA 5DR7A 3L5EA 5HE5A 5P5VA 5P86A 5P2OA 3EKXA 5P39A 5P2EA 5P46A 3LHGA 3EKVA 3L5BA 3OY4A 3UDKA 1G6LA 3QRMA 1WBMA 5CONA 1EEDP 1MIQA 4Y3PA 3OUAA 5ENMA 2SAMA 2XFJA 5P1NA 3ST5A 4DJYA 5P6OA 5I3XA 5P5OA 2PH8A 2BKSA 5OZBA 2PH6A 3DJKA 3K5DA 3UPJA 3LZUA 5P17A 5P42A 4E43A 1FQ7A 5AGZA 4MC1A 5KQYA 2PSUA 4Y4EA 5P6KA 5I3VA 4OBZB 2RENA 4BELA 3INHA 3GGUA 1TW7A 4I10A 2AVOA 2QD6A 3CKPA 5P3PA 5P8IA 5P0FA 2F3FA 5DQ1A 5P85A 1EBYA 3PSGA 5DGUA 3S43A 4EXGA 4ZSMA 1HWRA 3GI0A 5J25A 3N4LA 1KJFA 2V10C 3WB5A 2QI4A 4U8WA 4Y3SA 3OTYA 4LP9A 3QRSA 4Y36A 4ZEAA 2F81A 5P6PA 4RVJA 5P5PA 5KQZA 4OD9A 4I8WA 3F9QA 2BKTA 5COPA 2F3KA 5IVTA 5P43A 5OYVA 2ZJLA 1HHPA 5P0HA 4ZE6A 4K4RA 3OADA 5P1SA 4DPFA 5P87A 2RMPA 5IE1A 1AM5A 5OZHA 5P0YA 3VFBA 4CMSA 2R38A 3OU4B 5P67A 5OZ3A 5P41A 3LPKA 5JFUA 2O4NA 5P5FA 1FKNA 4R91A 1BVEA 5P03A 1YTJA 3ZL7A 4J1IA 4Y45A 2QD7A 3SAAA 3CMSA 1Z1HA 3O9LB 4Z4XA 5P6QA 4OBFA 3CKRA 3PVKA 1OHRA 1UH7A 5P0ZA 1FIVA 4DQCA 1GVVA 4UPJA 3MSLA 1OD1A 2AZ8A 5P0DA 4X2LA 1IZIA 1T3RA 3KFNA 4L1AA 1GNMA 4RRNA 4OBDA 3WZ7A 3L5FA 4CPUA 1TCWA 2F8GA 5OYSA 4A6BA 1WBKA 5P2UA 5P7ZA 2I0AA 5P6WA 2NPHA 4M8XA 1IZDA 2QMPA 3NLSA 1ME6A 4Y57A 5P8DA 3QN8A 5PEPA 5P5DA 1FQ8A 3RTNA 4CPWA 5P5JA 1HVLA 3ZKQA 4WY6A 4EXHA 5COKA 1HPSA 3L38A 3PRSA 5P8HA 4RRSA 2B8VA 3PM4A 5IVSA 2FDPA 2ZHRA 5P60A 5JODA 3I2LA 1ODYA 3S8IA 1LS5A 5P4VA 2QZLA 5P2TA 2MIPA 5P4DA 4ZSQA 5P73A 4Y3JA 5P4QA 5DQCA 3UTLA 5C9BA 3T11A 3SLZA 4ZSRA 3ZPTA 3QIHA 3SFCA 5P8JA 1BXQA 1QBSA 3O9DA 4K4PA 5P4EA 1MRWA 5OZ9A 1BDRA 4Y53A 5P7FA 5OZQA 4J0ZA 5ER1E 2V0ZC 2R9BA 5P78A 3QBFA 1NPVA 5P89A 1BBSA 1LYBB 5P1TA 2AVVA 2QI5A 5P4LA 5P6BA 4Y4BA 2G1OA 3ER3E 5P3IA 2IKUA 5P3EA 2G24A 4IVSA 5OZ6A 5P4TA 5P4XA 1TSQA 3OUCA 4YOBA 5P75A 5AH9A 5P6IA 3VCMA 5COOA 2WF0A 3WZ6A 5P09A 4EJLA 3ER5E 2WEBA 1FQ6A 4J1CA 2VS2A 3ZLQA 2B8LA 4APEA 1MTBA 3QI1A 3OQDA 2AZBA 5C9FA 2BPVA 1HXBA 2BB9A 4L6BA 5P35A 4FRKA 3DM6A 1APWE 4OC6B 3PJ6A 2R5PA 5OYRA 3SM1A 5P6XA 4GJ5A 1K2CA 2V12C 3PCZA 2O4LA 4N00A 4QJ2A 1FB7A 5P0KA 3LIQA 3WSJA 5P13A 4Y5LA 5FIVA 4FE6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2VIZ A;  5AHA A;  4GJ8 A;  5P2F A;  3UCB A;  1W6I A;  5P4F A;  4BFB A;  2QI0 A;  3K1W A;  4YCY A;  3DCK A;  3IVI A;  5JG1 A;  3RSX A;  2NMY A;  1TCX A;  2WL0 A;  2FIV A;  4Y3W A;  5DR4 A;  5OZK A;  1PPL E;  5P0B A;  2AZC A;  4RRO A;  3S85 A;  1MT7 A;  1XE6 A;  3JVW A;  2CEN A;  5P1Y A;  1YTG A;  4Y3T A;  3RTH A;  1ZTZ A;  2XFI A;  4Y3Y A;  2OHT A;  1GNO A;  2AVM A;  4I0I A;  4LBT A;  1EPQ E;  5P7X A;  1MEU A;  3FNT A;  3I8W A;  5P1V A;  4K9H A;  4HVP A;  3NU5 A;  2IDW A;  5P0M A;  1FQ5 A;  2J9J A;  2WF3 A;  5UPJ A;  3EKY A;  2I4X A;  3PWR A;  2AQU A;  3EL5 A;  4ZPE A;  2UPJ A;  5I70 A;  5P8F A;  3OHF A;  4Y4A A;  5P1X A;  3LIZ A;  5P6R A;  3O9F A;  3UFL A;  3PEP A;  3I7E A;  2ZE1 A;  1IZE A;  5OYX A;  5KAO A;  2AOI A;  4RVX A;  2O4S A;  3BC4 A;  4OBJ A;  5OYT A;  5P24 A;  3VV6 A;  1BWB A;  5P40 A;  4YOA A;  1MPP A;  3R0Y A;  1M0B A;  1DIF A;  4JPC A;  4CPR A;  5OZF A;  1RNE A;  5CLM A;  5P33 A;  1XN2 A;  4Y5E A;  5P1M A;  3EL4 A;  5P88 A;  5P3Y A;  4ZPF A;  3GI6 A;  5T4S A;  2ER6 E;  4HE9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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