5BS4A

Hiv-1 wild type protease with grl-047-11a (a methylamine bis-tetrahydrofuran p2-ligand, 4-amino sulfonamide derivative)
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design of HIV-1 Protease Inhibitors with Amino-bis-tetrahydrofuran Derivatives as P2-Ligands to Enhance Backbone-Binding Interactions: Synthesis, Biological Evaluation, and Protein-Ligand X-ray Studies.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 bh10
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5bs4A00
4IVSA 5P34A 1W5VA 5OZGA 5I3VA 4YD3A 5P4PA 4U8WA 2G1NA 5P6RA 4OBFA 5P7GA 1HHPA 5P4WA 2OHSA 5P0OA 1FQ5A 1FMUA 6UPJA 1FQ7A 5P31A 5P5JA 4L1AA 4LP9A 2O4KA 2QK5A 3D91A 5P17A 4B00A 4ZPEA 4I11A 3OOTA 3NDXA 3APPA 4Y3JA 3I25A 3VV7A 1XL5A 1XDHA 2I4VA 2QI5A 4XX3A 1A8KA 1FMBA 2OF0A 1IVPA 1PFZA 1BVEA 2VA6A 3IAWA 5P00A 3AUPA 4DUSA 4OBJA 2HC0A 3KT2A 2B60A 1G6LA 3SAAA 5P52A 3UDNA 2XYFA 3VSWA 2G1RA 5P3MA 5OZJA 1YTJA 3L38A 1PSOE 1GNNA 1G2KA 5P28A 4KUPA 4ER2E 4H1EA 1HIIA 4HE9A 4M8YA 1PROA 5P35A 1PPLE 4L7GA 1BWAA 5P5WA 3PRSA 4FAFA 5P5YA 5P49A 1FFFC 4Y4WA 5P84A 1B5FA 1EBZA 3VF3A 1M43A 2V11C 5P61A 3LIVA 5P6PA 3OQFA 2NMZA 5I70A 5OYYA 1GVXA 2R8NA 3I6OA 4FM8A 4RCDA 1FMXA 4WY6A 3G70A 3VYFA 2UXZA 3OU4B 4CPRA 5P4NA 3OUAA 1N49A 5HD0A 5P6AA 4YCTA 4I0GA 3OQKA 4GIDA 3IXKA 3QROA 5P2TA 1K6CA 2HIZA 3TOFA 5P5XA 4NJUA 3EKYA 3H5BA 2QD6A 5P85A 1YX9A 2IENA 5P6GA 3NU3A 3T7XA 3LHGA 2AOEA 3PI5A 2JE4A 3RTNA 4FRJA 1MVPA 1AJXA 5P79A 5SXNA 5P2BA 1MUIA 3UDRA 4YA8A 2G1OA 4DJVA 5P22A 2NXLA 2VS2A 2PK6A 1EPOE 4DQBA 5HVPA 4NPUA 5P2LA 4Y3ZA 1BDRA 5P7CA 1EPQE 1K6PA 3T7QA 3TTPA 3T11A 1DMPA 3MXEA 2G22A 2WF4A 2HPFA 5SY2A 5OYXA 4LXMA 5OZDA 1HTGA 1HXBA 4Q1YA 5DPZA 5P6KA 5P2JA 2NXMA 2V10C 4Y48A 5P0UA 3UQRA 5P83A 4EPJA 5P2WA 1BV9A 5P8JA 3DOXA 1ZJ7A 2PH8A 5P58A 4D8CA 5OZBA 1ZSFA 5P20A 4I8ZA 4KB9A 4XKXA 3PWMA 3VEUA 3GI4A 1EBWA 3RTMA 5AH9A 5P25A 2HB3A 1EPRE 3PM4A 1OHRA 1KZKA 5P3EA 4DI2A 2NR6A 5DQ5A 5P8TA 5P7YA 4B1CA 2QI0A 4Z4XA 5P11A 5P3HA 5P2IA 3BC4A 4EJ8A 5J25A 4WTUA 1C6ZA 2H6SA 5P8NA 3DV5A 1BV7A 5P01A 2F81A 2JJIA 4HVPA 1K2BA 5P2KA 4D85A 4GMIA 4Y5MA 4RZ1A 4QLHA 4Y57A 5P6TA 1ZSRA 2XYEA 5P09A 3FNUA 3RTHA 5P0DA 5P0IA 2FS4A 5P3SA 3CIDA 5P1KA 5OZ3A 4Y37A 4YD7A 2A1EA 3FSMA 4FL8A 1CZIE 4R5NA 4GJ5A 1LF3A 3EL9A 4Y4ZA 2JJJA 3TOGA 4J0YA 1T7JA 3JVWA 4N00A 5P6JA 3GW5A 1HXWA 1WKRA 3KT5A 3ZPTA 5C9FA 4DJWA 1LYWB 1ZTZA 4ZSRA 4LXKA 2IGYA 4LL3A 3RVIA 5P32A 5P1OA 3QS1A 5P0QA 2I4DA 3LNKA 2ZJLA 2RENA 4Y5CA 3ZKGA 2OHUA 2OHNA 2WF2A 4CKUA 2HAHA 2QD8A 5P6IA 1FEJC 3LIQA 3WZ6A 5P65A 2IKUA 3OU3A 5HTZA 5P55A 3ZKQA 4Y3FA 3QIHA 3Q3TA 4Y3QA 5P1FA 5P4ZA 4EQ0A 5P36A 3QRSA 5P0KA 3RSVA 3ECGA 3TL9A 3PCZA 3Q5HA 2QHZA 3ZPUA 3U6AA 2F3FA 4EXHA 4I0IA 5P14A 5P60A 4ER4E 2QI6A 2I4UA 4B1DA 3N3IA 4Z50A 5COOA 5P44A 3OUBA 5OZ5A 1RPIA 5OZ9A 5P3YA 3LIYA 5I3XA 1PPKE 4FS4A 5P78A 2OHMA 5OZ7A 4Y9WA 5P4FA 5HCOA 4HA5A 3D1YA 1FQ8A 2NMYA 1OD1A 5OYUA 5P12A 4ACUA 4Y4JA 4E43A 4YBIA 2PQZA 3PJ6A 3VF5A 3OUCA 5P3GA 5P74A 3VV8A 2ZHUA 2AQUA 1TZSA 4X2LA 5P6XA 3NUOA 5ISJA 3QRMA 3T6IA 3PBDA 3NXEA 3OK9A 3HW1A 3HVPA 1YT9A 3O9FA 1T7IA 1K6TA 3APRE 5P5HA 3EKTA 1NPAA 5HU0A 4ZLSA 5JG1A 4YDFA 1TCWA 1A30A 4DJYA 5OZZA 5EZXA 2B8VA 1FQXA 4Z22A 3R1GB 5P26A 3SA4A 4J1KA 1B5FB 5P2RA 4JPCA 4PHVA 5AH6A 3DV1A 3S53A 4DJQA 5P0EA 5OYRA 4BFDA 4Y58A 5OZHA 1RL8A 4I0FA 5P5QA 1XE5A 3KYRA 1NPVA 1MEUA 5P7DA 5P2ZA 5BWYA 3O9DA 3QRVA 5P37A 4J5JA 5P57A 2P8HA 3QBFA 4AUCA 2F80A 4F75A 3MXDA 5BRYA 2IL2A 3RU1A 1EC0A 4I0HA 5P6VA 3SFCA 1WBKA 5P0WA 4LC7A 3VSXA 4Y43A 5P8SA 1E81E 4HEGA 1U8GA 2IEOA 3L59A 2AODA 3TPJA 4CPSA 5P6LA 5P2YA 4PPHA 2BPVA 4Y54A 2QNQA 4PZXA 4KE0A 1RNEA 5P6CA 5P30A 1SIPA 5OZ0A 3Q6YA 5P0BA 2WEZA 1AZ5A 1K6VA 5P3DA 8HVPA 4FGXA 4HDPA 3UDYA 2G26A 3N4LA 4R8YA 4YE3A 4TVGA 3UQXA 2ER9E 4IVTA 5IVSA 3QP0A 3D3TA 5P0MA 4Y4DA 5P3TA 3SLZA 5P3JA 3HBOA 1T6GA 1G0VA 2G1YA 3R4BA 3TH9A 5P7AA 1KJHA 3UTLA 3ZLQA 2R9BA 4RVJA 1META 3H0BA 5P5MA 4A4QA 5P1QA 2PYMA 4Y41A 4DQEA 4EJKA 5P2OA 5P6ZA 5P80A 2VIEA 2ZJHA 1D4KA 1LYWA 4PZWA 2UY0A 4F73A 4ZSQA 1MPPA 1MRXA 3K4VA 5OZPA 5P3BA 5P4LA 4DPIA 5P4TA 3PBZA 5HDXA 1FQ4A 2Q11A 1CMSA 5DR7A 2FMBA 4J1IA 2P3CA 1OEWA 5P51A 3VLBA 1C6XA 4J0PA 3RSXA 2BPXA 3L5BA 5OZAA 4Y3GA 1D4HA 3T7PA 3QAAA 4TVHA 1GNMA 3EKWA 4I0DA 4LXAA 4Y5EA 5HE4A 5OZWA 2PWRA 5P38A 2H6TA 4NJTA 3KDBA 4ZE6A 5P7JA 2F3KA 5P0TA 5P6NA 1IDAA 1YTHA 2VA5A 3DCRA 1C6YA 4Y5GA 2QNNA 3PSYA 4WY1A 1GVVA 6FIVA 2AZ8A 5P6EA 3L3AA 1HTFA 1YTIA 2SAMA 3SKFA 4Y3NA 5OZVA 3UF3A 4RROA 1ZBGA 1DIFA 4ZSMA 2I4WA 3ZKNA 4R91A 5OZ2A 1VIJA 3GGVA 5P1BA 3CICA 3S7MA 3SA3A 5KOQA 2ZHRA 3QVIA 1MTBA 4B0QA 4Y5PA 2PSGA 5DGWA 5P8OA 5P8KA 2VIZA 4CMSA 3HVGA 1SMEA 3BRAA 1FF0C 1QBTA 2R3TA 1LYBB 1TSUA 2FDDA 5HU1A 1DW6C 1XN2A 3SKGA 3OQAA 2QZLA 3VG1A 1W6IA 1NPWA 2ZJNA 5P16A 4RYGA 2CEJA 5P33A 3PEPA 3DK1A 5P50A 2QNPA 3VFAA 5COKA 2RKGA 5P4RA 3UHLA 1B6KA 3UFNA 3UDKA 1SP5A 4U7VA 1AXAA 1Q9PA 1SBGA 4J55A 2AZCA 2OHPA 3HDKA 4NKKA 4I1CA 2AVOA 5P7OA 5P45A 5OYSA 3K5DA 1MT7A 3HLOA 5B18A 5P0RA 2O40A 4YD4A 3PMUA 2IGXA 5P4IA 4YHQA 1SDUA 5JFPA 4RRSA 5P08A 4OC6A 1W5YA 1HSHA 5P4JA 1EBYA 1IBQA 3FX5A 3HZCA 1SGUA 7UPJA 3UDPA 5P4BA 5P5UA 1YM4A 5P81A 4Y4AA 2AOCA 2V0ZC 5P7LA 4RRNA 3K5GA 2APRA 5IVQA 2Z54A 2ZHTA 4DQFA 3INHA 1Z1RA 3EKQA 1W5XA 5DR8A 4Q5MA 4DJOA 2AOIA 5P2CA 5P70A 4Y44A 5P3VA 1SMRA 3IXJA 3S43B 3PB5A 2EWYA 1HPSA 2R5QA 4YDGA 1K1UA 3TPLA 1FLHA 4Y39A 3QVCA 1IDBA 1B6LA 4AMTA 5AHCA 5P0NA 3EKPA 1AVFA 5P29A 5OZOA 4B72A 2AOHA 4I8WA 5P4XA 5P3CA 5BS4A 3FNSA 1HIVA 5T4SA 4CPTA 3SO9A 1LF2A 4MC9A 3U7SA 2AIDA 2BB9A 4I0EA 1HPOA 5P07A 5P67A 3TOHA 4GJ7A 1FG8C 2QHCA 5OZUA 3ZKSA 5C9DA 2WECA 2WEBA 5P1MA 1MSMA 5P1HA 5P8AA 4Y53A 4FSLA 2VA7A 3SPKA 3OWNA 1QDMA 4PYVA 4Y3YA 3CKTA 4YCKA 3B7VA 3L58A 2CEMA 5OZIA 5P0HA 2HS2A 2VNMA 4K4PA 2WF1A 2I4XA 4J1HA 3NDTA 5DR0A 1M0BA 3VLAA 2QZXA 4HDFA 5P4OA 2ANLA 4GJCA 1GVTA 4MC6A 3K1WA 4R93A 3OXVA 5AGZA 1EPME 1CPIA 2P3BB 4CP7A 1W51A 1HWRA 5P3AA 4L7HA 3S85A 1HRNA 2P4JA 5OZXA 5SY3A 3NYGA 5P02A 2ZJMA 4Y51A 3ZOVA 5DQCA 3CMSA 2A4FA 1HIHA 4ZPFA 5P72A 1DAZC 3O9BA 3U71A 1W50A 4A6CA 3OGPA 5P47A 5P0GA 4ZSPA 1KJ4A 5P8UA 4GJ9A 3KFPA 2AOFA 1GVWA 4OBZA 4GJ8A 1YTGA 1ZPKA 5P2UA 4HDBA 5IVTA 2XFJA 3DCKA 5P4GA 2Q3KA 5P0ZA 5P05A 1PSNA 2FGUA 3OXCA 5P13A 5P2XA 5DGUA 3NR6A 2AVMA 5I3WA 1LYBA 3EKVA 1HSGA 2ZJIA 3INEA 4K4QA 5P46A 3NLSA 2P3AA 5P6QA 3AIDA 3VCMA 4OBDA 2QI1A 4CPUA 4D89A 2IQGA 1EC3A 4I0JA 5P5RA 2I1AA 1ER8E 5P2EA 2HS1A 1EEDP 2Q54A 4GJAA 1VIKA 3EL5A 1EC1A 3LPIA 4ER1E 5P1NA 3BXRA 3DM6A 5P5AA 2V00A 5EZZA 5P7EA 5OZYA 2QMPA 2WL0A 3IN4A 5P7BA 5P4QA 4DFGA 4Y3LA 5E5KA 3GI6A 4OBHA 1BXOA 1MRWA 5P3RA 5P5FA 3TNEA 4RCEA 5PEPA 1HVHA 4FSEA 5P7KA 3JW2A 4JECA 1EPNE 2ZHSA 2PYNA 4K8SA 3PGIA 5IS4A 4RGHA 4DJXA 5KOSA 4DQHA 5P75A 4FAEA 5P5CA 5P41A 4J54A 5P2NA 3R2FA 5OZ1A 4QJ8A 1ENTE 3KA2A 5P24A 5P4EA 2AZBA 3FKTA 3L5DA 2QU3A 5DQ1A 3KDDA 1LEEA 2BPZA 2IS0A 2AOJA 5P8PA 3L5CA 1EC2A 5P5BA 2QU2A 1W5WA 1D4LA 3SM1A 3A2OA 1HTRB 6APRE 3EC0A 5P62A 3S43A 5P7RA 3D1ZA 3ZKIA 1B11A 3LPJA 5P8CA 3EL1A 5P4YA 4Y3TA 4K9HA 1M4HA 3PWRA 5P3FA 3R0YA 4MC2A 1LZQA 7HVPA 4AZYA 1TW7A 4YD5A 3LPKA 5P5LA 2FNTA 1LS5A 3KDCA 3BGBA 5F00A 2OHQA 2XFIA 4JOOA 2AVQA 5P1VA 1XN3A 2Z4OA 3VFBA 4DVFA 4OD9B 4Y3XA 3D20A 3KN0A 5KR8A 2I0DA 5FIVA 5JFUA 5JODA 2FLEA 3T3CA 5P3OA 5P2DA 3ST5A 4OC6B 1IZDA 5OZKA 5KQFA 2ZYEA 4EYRA 4RVIA 1AIDA 3ZKXA 5P6DA 1IZHA 4Q1XA 2QCIA 3ER5E 4I0ZA 3SABA 5P2AA 1GNOA 2WF3A 5P5IA 1T7KA 2VJ7A 2NXDA 5P5VA 4Y5AA 1FB7A 1KJ7A 2J9JA 1TSQA 1BBSA 1HPXA 5AHBA 3FIVA 1FGCC 1HEGE 5P6UA 2P3BA 1HVJA 3CKPA 3TLHA 5P39A 5P7MA 1BIMA 1HOSA 3O9EA 4Y3DA 4Y3SA 1TQFA 2V13A 3SA7A 1D4SA 3QI1A 5OYWA 5COPA 1B6MA 5P0JA 2O4LA 5P2MA 2FDEA 1IZIA 2Q15A 2QZKA 4BELA 5P6MA 5P8VA 3OU1B 5P8DA 3IGBA 4ZIPA 2B8LA 3HAUA 4TRZA 5P5KA 1F7AA 4YOAA 1ZLFA 2PSUA 5OYVA 1UH7A 1UH8A 5P1GA 5P1ZA 1XL2A 2I4QA 5P1UA 5P68A 3OQDA 3UQWA 3IA9A 5P63A 2R43A 4Y3AA 1HPVA 4Y4XA 1FG6C 5HE7A 4MC1A 5P1YA 4EQJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4IVS A;  5P34 A;  1W5V A;  5OZG A;  5I3V A;  4YD3 A;  5P4P A;  4U8W A;  2G1N A;  5P6R A;  4OBF A;  5P7G A;  1HHP A;  5P4W A;  2OHS A;  5P0O A;  1FQ5 A;  1FMU A;  6UPJ A;  1FQ7 A;  5P31 A;  5P5J A;  4L1A A;  4LP9 A;  2O4K A;  2QK5 A;  3D91 A;  5P17 A;  4B00 A;  4ZPE A;  4I11 A;  3OOT A;  3NDX A;  3APP A;  4Y3J A;  3I25 A;  3VV7 A;  1XL5 A;  1XDH A;  2I4V A;  2QI5 A;  4XX3 A;  1A8K A;  1FMB A;  2OF0 A;  1IVP A;  1PFZ A;  1BVE A;  2VA6 A;  3IAW A;  5P00 A;  3AUP A;  4DUS A;  4OBJ A;  2HC0 A;  3KT2 A;  2B60 A;  1G6L A;  3SAA A;  5P52 A;  3UDN A;  2XYF A;  3VSW A;  2G1R A;  5P3M A;  5OZJ A;  1YTJ A;  3L38 A;  1PSO E;  1GNN A;  1G2K A;  5P28 A;  4KUP A;  4ER2 E;  4H1E A;  1HII A;  4HE9 A;  4M8Y A;  1PRO A;  5P35 A;  1PPL E;  4L7G A;  1BWA A;  5P5W A;  3PRS A;  4FAF A;  5P5Y A;  5P49 A;  1FFF C;  4Y4W A;  5P84 A;  1B5F A;  1EBZ A;  3VF3 A;  1M43 A;  2V11 C;  5P61 A;  3LIV A;  5P6P A;  3OQF A;  2NMZ A;  5I70 A;  5OYY A;  1GVX A;  2R8N A;  3I6O A;  4FM8 A;  4RCD A;  1FMX A;  4WY6 A;  3G70 A;  3VYF A;  2UXZ A;  3OU4 B;  4CPR A;  5P4N A;  3OUA A;  1N49 A;  5HD0 A;  5P6A A;  4YCT A;  4I0G A;  3OQK A;  4GID A;  3IXK A;  3QRO A;  5P2T A;  1K6C A;  2HIZ A;  3TOF A;  5P5X A;  4NJU A;  3EKY A;  3H5B A;  2QD6 A;  5P85 A;  1YX9 A;  2IEN A;  5P6G A;  3NU3 A;  3T7X A;  3LHG A;  2AOE A;  3PI5 A;  2JE4 A;  3RTN A;  4FRJ A;  1MVP A;  1AJX A;  5P79 A;  5SXN A;  5P2B A;  1MUI A;  3UDR A;  4YA8 A;  2G1O A;  4DJV A;  5P22 A;  2NXL A;  2VS2 A;  2PK6 A;  1EPO E;  4DQB A;  5HVP A;  4NPU A;  5P2L A;  4Y3Z A;  1BDR A;  5P7C A;  1EPQ E;  1K6P A;  3T7Q A;  3TTP A;  3T11 A;  1DMP A;  3MXE A;  2G22 A;  2WF4 A;  2HPF A;  5SY2 A;  5OYX A;  4LXM A;  5OZD A;  1HTG A;  1HXB A;  4Q1Y A;  5DPZ A;  5P6K A;  5P2J A;  2NXM A;  2V10 C;  4Y48 A;  5P0U A;  3UQR A;  5P83 A;  4EPJ A;  5P2W A;  1BV9 A;  5P8J A;  3DOX A;  1ZJ7 A;  2PH8 A;  5P58 A;  4D8C A;  5OZB A;  1ZSF A;  5P20 A;  4I8Z A;  4KB9 A;  4XKX A;  3PWM A;  3VEU A;  3GI4 A;  1EBW A;  3RTM A;  5AH9 A;  5P25 A;  2HB3 A;  1EPR E;  3PM4 A;  1OHR A;  1KZK A;  5P3E A;  4DI2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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