5C9DA

Crystal structure of a retropepsin-like aspartic protease from rickettsia conorii
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
127
structure length
115
Chain Sequence
MEVGEIIIARNRDGHFYINAFVNNVKIKFMVDTGASDIALTKEDAQKLGFDLTKLNKAAPITLNSVVIGKEFKNIKGHVGLGDLDISLLGMSLLERFKGFRIDKDLLILNYAAAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of RC1339/APRc from Rickettsia conorii, a retropepsin-like aspartic protease
doi rcsb
molecule keywords ApRick protease
molecule tags Hydrolase
source organism Rickettsia conorii
total genus 19
structure length 115
sequence length 127
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13975 gag-asp_proteas gag-polyprotein putative aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5c9dA00
4K4QA 3ZKIA 3OUAA 4Z2ZA 5OZ4A 5P1RA 2OF0A 3ZKXA 3RTNA 4I12A 5IE1A 1FB7A 3QPJA 4DI2A 4IVSA 1ZTZA 2XFJA 1MERA 1FQ8A 2PH8A 2G1RA 4GJBA 5I3XA 5P39A 5CLMA 3OU4B 3UHLA 4R8YA 5P78A 4R92A 5P2OA 4Y3XA 1FFFC 3S2OA 5HD0A 1FLHA 5P2XA 4IVTA 3UFLA 1BDQA 1OHRA 3N4LA 5P24A 1HVLA 3UDJA 4L7GA 4Y48A 2AOEA 4RVXA 1B5FA 5P3SA 4X7IA 4GJDA 4ER1E 1D4SA 1FG8C 1BXQA 2QI3A 4RCEA 4Y4TA 5P80A 5HVPA 1GNOA 3PM4A 5OZDA 3OQAA 5OYWA 5OZBA 4FE6A 4YHQA 1XN2A 2VA6A 2G1YA 4Y5GA 2AODA 5P5KA 1IIQA 4Y5AA 3MXDA 3IN3A 4J0YA 5DR1A 3LINA 5P25A 4TVGA 3RTMA 5P7OA 1MT9A 4COEA 5P50A 3SA5A 3O9EA 3VEUA 1YX9A 1HVRA 5P4RA 5P4BA 3NWXA 3OUDB 4PHVA 3RSXA 5P10A 4AMTA 1F7AA 5I3VA 3ZPSA 5P8VA 5IVQA 3ZKNA 3DM6A 5P03A 3WZ6A 4Y5CA 5OZFA 2G94A 2AOGA 2ZJJA 5P0IA 5P44A 4I0IA 3PSGA 5P5UA 3NUOA 5P0QA 4RRSA 4Y3FA 1FIVA 3L5EA 5CONA 2ZJHA 5P5WA 3BVAA 4Y3LA 5P7LA 5OZ8A 1CPIA 1APVE 1DMPA 4H3GA 4XXSA 1EAGA 4GZFA 1TSUA 4DQGA 4RLDA 5P1UA 3JVWA 4BELA 1SMEA 2QHYA 4FCOA 1HTRB 5P8MA 3FSMA 4J5JA 4DQEA 1A30A 2G21A 2V0ZC 4Y3JA 4K4PA 2J9JA 5P0RA 5P0AA 5P35A 1UPJA 4L1AA 1LYBA 4FM6A 1HPXA 3FNSA 2QD7A 5P17A 5COKA 5P4GA 5P6FA 3INHA 3QROA 2BPXA 4YA8A 4Y4EA 1T7KA 2NNKA 4J0PA 1A9MA 5P1BA 5P2RA 5P4ZA 3CKPA 4X2LA 5P2AA 2QZWA 5P2NA 5OZCA 3OQFA 5P59A 3UPJA 2G1NA 2QMGA 4Y3ZA 4AA9A 1MRXA 5P1VA 1EC1A 4RGHA 2RENA 5P4AA 1HIHA 5P4DA 4UPJA 5P1FA 5P56A 2Z4OA 5P57A 4K4RA 5P28A 2WF2A 4B78A 3TKWA 4ER2E 5P3WA 5P4UA 2AVQA 1HTFA 5P89A 1HVCA 4R91A 2QI4A 4EQ0A 5KQYA 5P7VA 3O9DA 1HSHA 5DGUA 3DCKA 4OBJA 5KR8A 2RKGA 5P0LA 3F9QA 4EPJA 5P6UA 4I1CA 4B77A 3OK9A 4Y45A 5COOA 4J1HA 2VNNA 1NSOA 1A8KA 3O9IA 1BVEA 3VV6A 1T6GA 4FM7A 4ER4E 1EBKC 3PBDA 2QI7A 4RROA 1A94A 1N49A 1G35A 2VKMA 2J9KA 5OZWA 4L6BA 3LZUA 1ME6A 5P2SA 5P0HA 4D83A 2AIDA 3O9HA 2PYMA 4D8CA 1YT9A 3S45A 3NWQA 2BB9A 1LYWB 4RYCA 5P4OA 5P0VA 3OOTA 2ZJMA 5P6AA 3EXOA 5P5PA 5P0JA 2V00A 4EP3A 2JJJA 5P2KA 1MTBA 5DQ2A 1B11A 4Y3HA 5P5LA 3PI0A 1BDRA 2O4KA 4OBGA 5P3FA 4NKKA 4PYVA 1BBSA 2IDWA 5P5HA 5JG1A 3OXWA 2H6TA 1NH0A 2AZCA 2HS1A 1RV7A 2QNNA 5TOLA 4QJAA 4ZLSA 5P2VA 3TLHA 5UPJA 4Y5MA 1MESA 3D91A 2QHZA 4YOAA 2ER6E 4ZSPA 1K2BA 2HPEA 3GGAA 4TRZA 2QK5A 5P70A 4Y56A 2BJUA 1HIIA 4QJ6A 4CMSA 3ER5E 5P8GA 4OBKA 1SGZA 1ZSRA 3FNUA 2AOFA 5JFPA 3IN4A 2VIEA 4NJVA 1PSAA 4I8WA 3PMUA 2WF3A 3U71A 1E81E 3ER3E 5P1MA 5P2UA 5OZEA 5KQZA 5P47A 2WJOA 2FGUA 5JFUA 5OZRA 1BIMA 3SA4A 2EWYA 5P6VA 1BXOA 3GI0A 3EM4A 3S56A 3T7PA 2MIPA 5P7QA 5P12A 2OHUA 3Q5HA 4DV9A 5P42A 3VLAA 5P02A 1T7JA 5P2TA 1G0VA 2B60A 3TKGA 4RVJA 5P5SA 3QIHA 5FIVA 2O4LA 4CPRA 2B8LA 2OHRA 4Y9WA 1PPLE 3AIDA 4Y5NA 2Q64A 5IVTA 5P7KA 4Q1NA 3OQDA 5P3QA 4Y4XA 3ZLQA 4A4QA 4RCFA 3UDYA 3D1YA 3URLA 4B05A 3UQXA 3KN0A 5P6JA 2P3BA 5OZTA 2Q55A 5ER1E 4F75A 3L38A 5OZZA 2PYNA 4QJ2A 2BPZA 1XDHA 3WZ7A 2PWRA 5DQ4A 3HZCA 4I0EA 4LC7A 5DPZA 1UH8A 4JP9A 2AOCA 1MUIA 2R9BA 3KT5A 2Q3KA 3PHVA 5ENMA 3NR6A 3NLSA 4LAPA 3A2OA 3VFBA 4DH6A 1MEUA 2QNQA 4ZEAA 4AA8A 2FDEA 3JVYA 5P08A 1FKNA 4Z4XA 5P11A 3VUCA 4HVPA 1CMSA 1HSGA 2FNSA 2PQZA 5P3TA 3HVGA 3KFSA 3UFNA 2WEBA 4CP7A 2IS0A 4ZSRA 2NMYA 2I4WA 3APRE 5P04A 3D1ZA 5P1YA 1EPPE 1PSOE 2WEDA 3BRAA 5P5ZA 4FAFA 5P0KA 2AZBA 3O9CA 4FAEA 2VNMA 5P2LA 3FKTA 5HCOA 6APRE 4TRYA 3RU1A 1M43A 3HD8A 3OXXA 5SY3A 4EP2A 3OXCA 5P79A 4YOBA 3NU9A 4Y53A 2JE4A 5P72A 1QBSA 2AVSA 4OBDA 3KA2A 5P0UA 5P8BA 5P77A 4FRKA 1WKRA 3EKTA 5P7HA 4GJ8A 2QZLA 2O4SA 5P6YA 1BV7A 3AUPA 4Y5EA 1HEFE 4AUCA 1KJGA 3KM4A 5F00A 5OZ0A 1M0BA 5JODA 5P1WA 1META 4PPHA 2NPHA 3EMYA 4OBZB 5P7XA 4CPWA 2AZ9A 2FXEA 5P6RA 5P52A 3PEPA 3S54A 3ZKSA 4R5NA 2BPYA 4Y4DA 5P0GA 4EJKA 4OD9A 1MTRA 2OHMA 3S43A 2CEJA 2AQUA 3OHFA 3IXOA 3OAGB 1GNNA 5HDUA 5P3MA 1D4HA 1XL2A 2QD6A 4GJ7A 3VYEA 1SGUA 3ZKQA 4Y3RA 3OTYA 5ER2E 2F3KA 2I0DA 1SBGA 3LZVA 4KE0A 2FDDA 3KT2A 5P61A 4NPUA 3NDXA 1VIKA 5P76A 1GVVA 1ER8E 3IXKA 3OU1B 2ZJIA 3EM6A 1ODWA 2QD8A 4B70A 1MT8A 1EC3A 5DQ5A 5P8SA 3ZKMA 5IVRA 4FS4A 2WEAA 4QJ8A 3BVBA 2BKTA 3I2LA 1EPOE 3TOFA 2AZ8A 5P4SA 5P84A 5OYXA 2HIZA 1AZ5A 1YM2A 4Q1XA 5P5EA 3TOHA 5DR3A 1PROA 5P4JA 1EC2A 4RVIA 5P5NA 2ZDZA 3IVIA 4JPEA 3T7QA 5HE4A 2VJ7A 1ZAPA 1SDVA 5EZZA 3TOGA 1RL8A 4WY6A 1TQFA 2ZE1A 4ZSMA 5P3LA 5P0MA 2XFIA 5P00A 4YD6A 2FS4A 4M8YA 1MVPA 3WZ8A 5AHAA 5AHCA 5P5QA 5P1DA 4GMIA 2ZHRA 2P8HA 3ST5A 2ER0E 5P54A 1EBYA 2PWCA 2Q11A 5P7RA 4DPFA 1K1TA 2I1AA 1EEDP 1LYWA 4EHCA 2QZXA 3L5FA 1GVTA 1HWRA 3CIBA 5P0ZA 5P7UA 5AH7A 5P6GA 5P75A 3K4VC 1GVWA 3B7VA 2FMBA 2PH6A 3PWMA 5OZJA 3S85A 3UQPA 2OHKA 5OZ7A 1GNMA 3NU6A 1LYAB 3TPJA 5P1TA 3IA9A 5P8CA 5C9DA 5DR8A 5P4QA 3HW1A 4Y3TA 4J17A 4EJDA 5P7NA 5P7MA 3LIYA 1LZQA 4K8SA 3FV3A 5P81A 2ZHSA 4Y6MA 1YTGA 4I0GA 3CKTA 3PSYA 4YDGA 3SABA 1EC0A 5P6NA 2FNTA 5P6XA 5ISJA 1BWAA 3K5CA 1HHPA 5AH9A 2FXDA 2ZJLA 5HDVA 3TPLA 5OZUA 5P1PA 4U8WA 3ZPUA 4DJUA 4NJSA 2OHLA 2R3TA 4Y5KA 1B6JA 1HTEA 5P0DA 3K5FA 1RNEA 2B8VA 4ZPEA 5P1EA 2VIYA 3CYXA 5P65A 3VFAA 4J0TA 2F3FA 3LHGA 5AH8A 3LIZA 3LPKA 4GB2A 1ODYA 3R0YA 1AJVA 1FQ6A 2R38A 4Y37A 4FL8A 3B80A 1U8GA 5P82A 4ZPGA 5OYZA 2R43A 3OOZA 5P71A 2R5QA 4Z50A 3QAAA 1C6XA 5P3JA 5P66A 1MSMA 1APWE 2HPFA 1NPWA 3TNEA 5P23A 5HTZA 4EQJA 3EKVA 4PEPA 3HAWA 2G26A 4B72A 3H0BA 3PGIA 2CENA 3LIQA 5P46A 3RSVA 3O9AA 2A4FA 1K6VA 3O9LB 4BFDA 4Y38A 5DR4A 4Z22A 3L58A 2XYEA 4TRWA 4ZIPA 2UY0A 1SP5A 5P43A 1T3RA 3NDUA 5P8QA 5BWYA 4YCYA 1W5WA 4M8XA 4LXMA 5P6DA 2OHTA 5P0SA 4FSEA 5P58A 1RPIA 3KDDA 5P15A 3R4BA 4BEKA 3IAWA 1GVUA 1UH9A 5KQFA 5P5MA 2WKZA 1D4KA 3DK1A 4WTUA 2QI6A 3UQWA 4S1GA 2ZGAA 2BKSA 3NU3A 3QP0A 5P32A 2BQVA 1HPSA 4JPCA 2UXZA 5P1JA 5P4FA 3S7LA 4Y3QA 1ZPAA 4A6CA 5P1IA 4ACXA 1ZSFA 3BGCA 2WECA 4EXGA 5P1SA 5P6HA 3OHHA 1ZJ7A 9HVPA 5P0WA 2Q63A 3OXVA 1SH9A 1IVPA 3SM2A 1FQXA 5P6WA 3GW5A 4F73A 5P3YA 2I4QA 3INEA 7UPJA 5OZIA 2ZJNA 5OZXA 1APUE 2ZHVA 3UQRA 3SLZA 5P1CA 5SZ9A 5P0YA 3Q70A 4Y4UA 5P5DA 5DQCA 3LPJA 1FMUA 1HIVA 2QU3A 1WBKA 1FG6C 4JOOA 3KFNA 4OBZA 1TZSA 4QJ7A 5P5JA 2QMDA 5P4NA 3SO9A 2OHNA 5P27A 5P83A 5P6IA 4NJTA 1W51A 2QU2A 1A8GA 1VIJA 2QMPA 3FIVA 3OAGA 1BWBA 3QBFA 2NNPA 2P3CA 5P6OA 1KJFA 1MT7A 3PMYA 4OC6B 5P62A 3WSJA 4Y5PA 4YD3A 3PWRA 3VV8A 4R95A 3GGXA 3CYWA 3CIDA 5P1GA 1J71A 3UDKA 5P73A 2AVMA 4I0HA 1EPLE 5P8KA 5HE5A 1QBRA 4FRJA 3D1XA 5P16A 4FLGA 3OU1A 5P37A 5P74A 2IENA 3PRSA 4TVHA 4J54A 1IDBA 3KMXA 5P3OA 3FNTA 4AZYA 4APRE 3MXEA 4RRNA 1E80E 2HB3A 3URIA 4ZE6A 3VSWA 3UDPA 4J0VA 2Z54A 2WHHA 5HE7A 2FGVA 2Q15A 3LZYA 4F76A 5OZ9A 4B1EA 3SM1A 4DQCA 5B18A 2B42A 4XKXA 2QZKA 1XS7D 3LIXA 3OGQA 2PC0A 2PSGA 4MC9A 3PSUA 5P3CA 1IZIA 2AVVA 1XN3A 1YTHA 2H6SA 3T11A 3HAUA 3K5DA 1IDAA 5OZ1A 1LYBB 3VF3A 3T3CA 5AHBA 1EPRE 2I4DA 5P5RA 4K9HA 4Y3MA 1TCXA 4CPXA 2IKOA 3HLOA 5AH6A 5OZLA 3PLDA 5P18A 2ASIA 3OU4A 4YD7A 2G27A 3S8IA 1BDLA 4YDFA 5P0EA 4Y41A 4GJ5A 4Y4ZA 4YD5A 4ZPFA 3Q3TA 5P63A 3ZMGA 4Y39A 5P7WA 1HXWA 4H3JA 3DV5A 1W5VA 1JLDA 1AJXA 4U7QA 2VA7A 3QRMA 5KR0A 5P8RA 4B1DA 2AOJA 2F8GA 4Y35A 5E5JA 1ZPKA 5KAOA 5KQXA 5P1AA 3BUGA 4Y58A 1OD1A 1YTJA 4Y4GA 3I8WA 5P1ZA 3BUHA 4HZTA 5ENKA 5P29A 3QRSA 3QS1A 2JYSA 2CEMA 1MIQA 1CZIE 4NJUA 3L5BA 5AGZA 3KYRA 5P4VA 3UDHA 5P8JA 1NPAA 5T4SA 4HE9A 5P2FA 5P1NA 4LP9A 5P26A 3IGBA 4XX4A 5P3KA 5OYQA 2QHCA 4Q5MA 1B6KA 1WBMA 3UTLA 2V10C 1K6PA 3R2FA 5P4KA 3OUDA 4DFGA 1HVJA 5P7IA 1B6MA 1W5YA 2QI5A 1LYAA 2RSPA 1YG9A 1HSIA 4MC2A 5IS4A 1D4LA 5P0BA 2ER7E 1FF0C 1G6LA 5SY2A 3OU3A 4I0FA 2QP8A 3SKFA 4YE3A 1B6PA 4I11A 4LBTA 3CICA 4APEA 5APRE 5P1KA 2ZHTA 2O40A 4GIDA 2P3AA 3GGUA 2B7ZA 2IL2A 2JJIA 4FRIA 4E43A 4LXAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4K4Q A;  3ZKI A;  3OUA A;  4Z2Z A;  5OZ4 A;  5P1R A;  2OF0 A;  3ZKX A;  3RTN A;  4I12 A;  5IE1 A;  1FB7 A;  3QPJ A;  4DI2 A;  4IVS A;  1ZTZ A;  2XFJ A;  1MER A;  1FQ8 A;  2PH8 A;  2G1R A;  4GJB A;  5I3X A;  5P39 A;  5CLM A;  3OU4 B;  3UHL A;  4R8Y A;  5P78 A;  4R92 A;  5P2O A;  4Y3X A;  1FFF C;  3S2O A;  5HD0 A;  1FLH A;  5P2X A;  4IVT A;  3UFL A;  1BDQ A;  1OHR A;  3N4L A;  5P24 A;  1HVL A;  3UDJ A;  4L7G A;  4Y48 A;  2AOE A;  4RVX A;  1B5F A;  5P3S A;  4X7I A;  4GJD A;  4ER1 E;  1D4S A;  1FG8 C;  1BXQ A;  2QI3 A;  4RCE A;  4Y4T A;  5P80 A;  5HVP A;  1GNO A;  3PM4 A;  5OZD A;  3OQA A;  5OYW A;  5OZB A;  4FE6 A;  4YHQ A;  1XN2 A;  2VA6 A;  2G1Y A;  4Y5G A;  2AOD A;  5P5K A;  1IIQ A;  4Y5A A;  3MXD A;  3IN3 A;  4J0Y A;  5DR1 A;  3LIN A;  5P25 A;  4TVG A;  3RTM A;  5P7O A;  1MT9 A;  4COE A;  5P50 A;  3SA5 A;  3O9E A;  3VEU A;  1YX9 A;  1HVR A;  5P4R A;  5P4B A;  3NWX A;  3OUD B;  4PHV A;  3RSX A;  5P10 A;  4AMT A;  1F7A A;  5I3V A;  3ZPS A;  5P8V A;  5IVQ A;  3ZKN A;  3DM6 A;  5P03 A;  3WZ6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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