5CLMA

1,4-oxazine bace1 inhibitors
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
387
structure length
376
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVADDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title 1,4-Oxazine beta-Secretase 1 (BACE1) Inhibitors: From Hit Generation to Orally Bioavailable Brain Penetrant Leads.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 91
structure length 376
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2015-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5clmA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5clmA02
4L1AA 2NXLA 1ZBGA 3VLAA 2G94A 5KR0A 2IL2A 5P6YA 3GGXA 5P4ZA 1A9MA 2OHKA 3VYDA 3O99A 5ENMA 5OZZA 5P72A 4R92A 4I8ZA 1K6PA 4RVJA 3IAWA 3WZ7A 2FMBA 2V12C 3S54A 3S7MA 4GMIA 1TSUA 5P0NA 3I25A 3DM6A 4Y3GA 2Z4OA 4EJDA 5DQ1A 5P30A 2R43A 3HBOA 1WBKA 5P4GA 4GJDA 5OZUA 5P1SA 3PLLA 1LYAA 5P0JA 2WF1A 2G27A 1NPAA 5P26A 4FM8A 3LITA 4D89A 4A4QA 1AJVA 3D3TA 4PHVA 3OQFA 3VV8A 4KE1A 3VF7A 3OUAA 1RL8A 3QBFA 2Z54A 3NXNA 3IXOA 2VKMA 1D4HA 5P2AA 5HCOA 5OZ2A 2V0ZC 2AOJA 3G72A 2SAMA 5KQYA 3AIDA 5P6QA 4YDGA 5P4UA 4LXKA 5P03A 1ER8E 1EBKC 5AHBA 5P52A 5P12A 2VA5A 4Y4ZA 5OZ9A 5OYSA 3UDYA 3I8WA 5P49A 5P0CA 5P6JA 1LF2A 3BXSA 1FMUA 5SXNA 3NUOA 3OXCA 5HE5A 5P2RA 4Y4BA 4F76A 1M43A 5OZIA 5P4TA 4Y5GA 5OZTA 5P8RA 3NYGA 5OZOA 3VF5A 1AM5A 2ZHTA 3L5EA 5OZWA 2OHLA 3PMYA 4J1KA 4PZWA 3TKWA 4HDFA 5P6OA 5COOA 3LZVA 5P54A 5P11A 1F34A 4Y3LA 3PMUA 1BV9A 5P74A 4LC7A 3S43B 3OU1B 4S1GA 3KYRA 5KQZA 5P5UA 1IZDA 4XX4A 3SKFA 4FIVA 5P20A 2PSVA 1Z1RA 5P62A 4GJ7A 3OOZA 5KQXA 1HPSA 2AOGA 4YE3A 1CMSA 1A8KA 5OZKA 3VYEA 5P0TA 2B60A 4I0JA 3ZKXA 5P1TA 3TL9A 1MEUA 1ZAPA 3M9FA 5OZ1A 4RCFA 3O9BA 2HAHA 3VYFA 5DR1A 4QJ8A 5P10A 1D4KA 5P2IA 4X2LA 4B78A 2IEOA 5P7NA 7UPJA 5P57A 1NPVA 5OZBA 2HIZA 3HVGA 4Y5KA 1BIMA 2QU3A 2ZHRA 5P2HA 2OHTA 2FGVA 3DJKA 3D91A 1BILA 5P5HA 1DAZC 3T3CA 4YBFA 1MERA 4LL3A 1MSMA 5P88A 5P1RA 3EL0A 5KOQA 1YT9A 5P0ZA 5HDZA 3OAGA 5P2NA 3RSXA 5F00A 1DW6C 4Y57A 2VA7A 4YOAA 5P53A 1FFIC 4GYEA 4QJ7A 3R4BA 4LP9A 2APRA 2NXDA 7HVPA 2HB4A 5P71A 5P0GA 3C9XA 2P3CA 4R91A 5P7WA 1JLDA 2ZJMA 5P4WA 4FGXA 1EC2A 3LIZA 3IN3A 2G1RA 2AOIA 3EKPA 3UFLA 5P8KA 1HTEA 3URLA 4PZXA 3T6IA 5P45A 5P3CA 3ZKSA 4KE0A 1XDHA 1E80E 5P37A 5OYUA 1D4IA 5P3UA 3KT2A 4I0GA 5P0YA 3SA7A 3BC4A 4Y36A 5P2ZA 2ANLA 3L58A 2Q55A 5P4OA 2F3KA 4TRZA 4TVHA 1BV7A 1LF3A 3OQAA 5DR3A 5P1EA 3TPJA 2QMGA 5OZAA 5P4IA 4LXMA 4F73A 2B7ZA 2XFIA 4J0TA 4IVTA 2QI4A 5OZEA 1D4JA 3KFPA 5P3FA 3OQKA 1B6PA 3OU4A 4GJAA 3OGPA 2R8NA 1MRWA 2JJJA 5CONA 4Y35A 1PPKE 3OXXA 2I1AA 5PEPA 5P06A 5P6SA 2BB9A 3KF0A 3FX5A 5I3YA 4X7IA 2QMDA 2QHZA 5P0VA 1LYBB 4EQJA 1XS7D 3Q5HA 4BFBA 2CEJA 2HB3A 1B6LA 5DPZA 3K1WA 2WF0A 3DV5A 3IN4A 5P4XA 1TCWA 1QRPE 1IZHA 2AZCA 3TOGA 4B72A 2IKUA 5P3KA 2VNMA 2NNKA 4Y3XA 2FDDA 3UHLA 3KN0A 2G69A 4J1EA 1HSHA 2I4DA 1GNMA 3OXWA 3PB5A 2QHYA 2HM1A 1BAIA 5P5RA 5OZ0A 3T11A 1KJGA 4GJ6A 1G35A 3NXEA 1SP5A 5P4VA 5P6BA 2QI3A 1UH7A 4Y4XA 3S8IA 4J0YA 2AOFA 1VIKA 2G20A 1MIQA 4Y3EA 3UQWA 4CKUA 5P2TA 5APRE 4ACXA 4FAFA 3PSGA 5P8IA 3HW1A 5P66A 1KJFA 5P7IA 1EPRE 1FQ6A 3NWQA 1TSQA 3OUBA 3AUPA 4Y5AA 1UH8A 1C6ZA 2WEBA 2HB2A 5P60A 3QRVA 3PWWA 2PWCA 3EM3A 5P7MA 4Y53A 4CPWA 5ER1E 3L5FA 4Y6MA 3KM4A 5P01A 4L7HA 6APRE 2AIDA 3EL4A 2VIYA 4B1EA 5P7QA 4J0PA 5P3HA 2ER7E 2BKSA 2G26A 5P6XA 3OU3A 1ODWA 5P5MA 2P83A 5P6RA 2QZWA 3PM4A 5P0SA 2QNNA 3TKGA 4GB2A 4K9HA 1B6JA 2FXEA 2QCIA 5P7RA 1E82E 4Y3QA 3D1ZA 3UTLA 4HDPA 3O9EA 2QNQA 3TTPA 4ZSRA 3A2OA 5P0IA 1CZIE 5P1XA 5ENKA 2VIZA 3LZSA 3UDMA 5P25A 5P6AA 1HVKA 3BHEA 3SM2A 3GI0A 3UQPA 5KAOA 1FKNA 5P6NA 4GJ5A 1HVSA 3PI0A 2WF2A 3K5DA 5P63A 1GNOA 5E5KA 3VV7A 4DV9A 5BRYA 3NDWA 3NU9A 3UDPA 1HRNA 5P5OA 1FQ5A 2ASIA 3FIVA 5P24A 3OTYA 1E81E 2G1SA 4Y4WA 2I4UA 5EZXA 2IKOA 1KJ7A 2XFJA 4Z2ZA 5OZ5A 5FIVA 2O4KA 5P6EA 3O9DA 1MUIA 1YM2A 1W5WA 5P1MA 4I1CA 1UPJA 2Q11A 5E5JA 3NDTA 5OZ6A 5P4YA 5SY3A 5JFUA 5P6MA 5P19A 4LXAA 1WBMA 5AHAA 5OZDA 2BJUA 5P7XA 4K4PA 2VJ6A 1A8GA 4DQGA 4XKXA 5OYZA 5P3AA 3S43A 1HEFE 3OU1A 3G70A 5P4LA 3R0YA 3HVPA 3WB5A 3NUJA 3FSMA 4Y4UA 2O4LA 5P2JA 4DPIA 2HPEA 2B8LA 3LPKA 2QD7A 1HEGE 4H3FA 2O40A 3B7VA 3KFSA 5P8BA 1SDUA 3PCZA 4FSEA 3HDKA 5P1FA 2R38A 5P44A 1DIFA 4Y3FA 4ZSQA 4J17A 2QHCA 4I0FA 5P4SA 2JJIA 3O9IA 3UQXA 5OYRA 5IS4A 3DCRA 4Y58A 1BWBA 3UDRA 2UPJA 2UXZA 4EHCA 3RTMA 4I0DA 4Y3HA 1EBZA 3PSYA 1HIHA 2P3DA 3OXVA 5OYXA 5P40A 5P6DA 1ZTZA 5P8QA 3I7EA 3MSLA 2I4QA 3S53A 5P5FA 1SGZA 5P2SA 2PQZA 5P0FA 5P8CA 5P0OA 3MXEA 5AH7A 4RRNA 4RVXA 4CPTA 5OZSA 1KJHA 3NU6A 3SA5A 5P8GA 1W6IA 1QBRA 4H3GA 5DQCA 4CP7A 3I2LA 4EPJA 1MT9A 5P0QA 3U71A 4RVIA 1EAGA 2HPFA 4EXGA 3LPJA 5P8JA 5P65A 2VIEA 2VJ7A 2F81A 2FNTA 2I4XA 5COKA 1DMPA 5OZVA 2AZ9A 1EC0A 2G1YA 2J9JB 5P1LA 2FDPA 2IQGA 5P3XA 3NU3A 3EKQA 5P7FA 4B05A 3RSVA 3WZ8A 3SA9A 1QDMA 2I4VA 4TRYA 3D1YA 1N49A 5P5GA 2PC0A 5P7LA 3TPRA 4EYRA 3UQUA 1WKRA 1T7JA 3NWXA 3OTSA 3EKYA 5P5EA 5P39A 1MPPA 3GI4A 4B77A 4PEPA 5P8SA 1HBVA 2RMPA 2WJOA 3FV3A 5P7UA 3QPJA 5P4QA 3VSWA 5P1WA 5P80A 3TOFA 1HIVA 1EPQE 3SQFA 5P4CA 3B80A 2OHQA 2NNPA 1ZJ7A 1MTBA 4B00A 5P70A 2AZ8A 5P7ZA 3QP0A 4Y37A 5P2DA 1LYBA 1C6YA 4Y38A 4OBJA 1HXBA 1EBYA 3MWSA 3ZOVA 3ZPSA 1D4SA 5P6KA 5P1IA 3D1XA 2HC0A 5P8EA 3GGVA 5OZHA 5P05A 3BUFA 4EQ0A 3GI6A 1ZP8A 2QMPA 4QJ6A 1C6XA 3UDKA 2HS1A 5P0DA 5P0HA 5P5BA 5P3JA 3L59A 5P7TA 4ZLSA 2OAHA 2XYEA 6FIVA 1W50A 3TPLA 2QAKA 1B11A 2IDWA 3OQ7A 5P1VA 5P8NA 5OYYA 5P76A 2BPVA 5P43A 1LF4A 1APWE 3CICA 5OYQA 1AIDA 4Y4TA 3NU4A 5P6CA 5JG1A 3R2FA 5P3GA 1FF0C 2AVQA 3Q70A 1EPNE 5OZ8A 1AAQA 3U6AA 3BGBA 5P3WA 5DQ4A 5OZXA 4OC6B 1B6KA 4Y44A 4DI2A 2HS2A 1BWAA 5P3RA 1FQ4A 4LHHA 3EM4A 3IXJA 4U8WA 3LIQA 1E5OE 1XE5A 1HPOA 3UDNA 1XE6A 5P1PA 1EPLE 2NXMA 1DP5A 3KMXA 3URJA 5P7KA 1LS5A 3QS1A 1M0BA 4J0ZA 4TRWA 5IVSA 5P38A 2ZJLA 5P5LA 5B18A 5P1YA 2I4WA 3R0WA 5P3ZA 2QK5A 5P2XA 2BPYA 3L5DA 5P0EA 1IIQA 4WTUA 2G24A 1QBSA 4FRSA 5P6PA 3ZKNA 3PGIA 1W5VA 3VG1A 4GJ9A 4CPXA 1BVGA 3VV6A 1HSIA 5P8AA 4Y4DA 3SA6A 3Q3TA 1NSOA 3O9GA 5DR8A 3PWRA 5P7OA 2VJ9A 4HLAA 2ZJKA 1T6GA 3K5CA 4DJVA 4TVGA 3K4VA 1XN2A 1HVJA 5OZRA 5P17A 2AVSA 3N3IA 2OHRA 3NDXA 1TCXA 5P3DA 4L7GA 5OZ4A 4Y5EA 4COEA 2OHSA 1EC1A 4YBIA 2P4JA 5P2MA 1XL2A 1YX9A 2B8VA 4WY1A 1ZLFA 5P3BA 4AA8A 3S56A 3D20A 1FEJC 5ISKA 2BQVA 5P32A 2OHNA 5JFPA 5P1NA 3OWNA 2Q5KA 3FKTA 4NPUA 5IVTA 1B6MA 2PH6A 4ZSMA 5CLMA 5P3MA 2WKZA 4FCOA 5P2UA 5P5VA 5P48A 3VEUA 3ZLQA 5P42A 4U7VA 3LIYA 3APRE 4GIDA 4HEGA 1SGUA 5P75A 4K8SA 4APEA 1ZSFA 2VIJA 4Y3PA 1TW7A 3VUCA 4Q1YA 3SM1A 2AOHA 3NSHA 4Y3NA 4CPQA 3MSJA 5P73A 3ZPUA 5P7AA 4YA8A 4HDBA 2PMAA 5OZ7A 5P0BA 4ZSPA 5IVQA 4I0ZA 4N00A 1EPME 4Y4GA 1Z1HA 4HE9A 3INDA 1FIVA 3INFA 5KR1A 5IVRA 3NR6A 4DQFA 3SAAA 4Z50A 2P3AA 5HVPA 1YG9A 1K6TA 1MT7A 4IVSA 2IGYA 3HD8A 5P2VA 5OZLA 5KR2A 1APVE 1PSOE 8HVPA 1U8GA 4FRKA 4RCDA 2ZJHA 1YTGA 3BGCA 5P83A 1K6VA 3IVHA 3OHFA 4YD7A 3OUDB 2WL0A 2CEMA 3O9CA 5P87A 5P4FA 5DR7A 2G1OA 4Y43A 2NR6A 5DR4A 4LBTA 1SBGA 5ISJA 1FG6C 5P79A 3K5GA 4XX3A 2ZHVA 3CYWA 3S2OA 3Q6YA 5IE1A 5P78A 5P7PA 4NKKA 2PH8A 4HVPA 1NPWA 2QI0A 3ZKGA 4PPHA 5P1AA 1APUE 3GGUA 1BDRA 4CPRA 5P3OA 1HIIA 3EC0A 4OBZB 3GGAA 4YCKA 4B1DA 4ZIPA 4NPTA 2NMYA 1HXWA 5P31A 1T7KA 5P8TA 2BKTA 4CPSA 4FM7A 5P4PA 5I3XA 5P5KA 5C9DA 2AVVA 3VFAA 3IXKA 5P3TA 1HVLA 3CYXA 5P3YA 2ZDZA 3SKGA 1OD1A 5I3VA 3QBHA 2ZYEA 1PPLE 3RTHA 3WZ6A 3LIVA 3UDHA 3SABA 5P5CA 2J9JA 4Y5MA 5HE4A 5P2LA 3LZYA 1MVPA 4OBKA 5T4SA 2RKFA 5AH9A 1PSAA 2AVOA 2AQUA 5P0MA 5P2QA 4DJPA 3OY4A 5P0XA 1GVUA 3F9QA 1HPXA 3L3AA 4NJUA 2H6TA 3EBZA 5P81A 4AUCA 3UDQA 3DV1A 4ZPFA 5P6UA 1APTE 5KOSA 2P8HA 2QZXA 1MT8A 2FNSA 4ZPEA 3BVAA 4DJRA 4DFGA 5P77A 5HDXA 4D83A 2QZLA 5P58A 2BPZA 3R1GB 4KUPA 4DJYA 3EXOA 2ZE1A 5P08A 4DQHA 2EWYA 2MIPA 3T7XA 4PYVA 3PJ6A 2Q54A 5P6TA 3HLOA 4Y3JA 3MXDA 3FNTA 4JPEA 2V13A 4A6BA 3EM6A 1FFFC 5BWYA 1MESA 5P4NA 5P3VA 5P0RA 1GKTA 1HHPA 2J9KA 3PBDA 3OADB 2PYNA 5SY2A 3KDDA 4DJOA 4GZFA 4YD3A 5P6IA 5HU1A 2XFKA 3OK9A 5P6FA 1RNEA 1FLHA 1EPOE 2BPWA 5P2FA 3OUCA 4L6BA 4EJ8A 2QI1A 2G22A 3JVYA 1K2CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4L1A A;  2NXL A;  1ZBG A;  3VLA A;  2G94 A;  5KR0 A;  2IL2 A;  5P6Y A;  3GGX A;  5P4Z A;  1A9M A;  2OHK A;  3VYD A;  3O99 A;  5ENM A;  5OZZ A;  5P72 A;  4R92 A;  4I8Z A;  1K6P A;  4RVJ A;  3IAW A;  3WZ7 A;  2FMB A;  2V12 C;  3S54 A;  3S7M A;  4GMI A;  1TSU A;  5P0N A;  3I25 A;  3DM6 A;  4Y3G A;  2Z4O A;  4EJD A;  5DQ1 A;  5P30 A;  2R43 A;  3HBO A;  1WBK A;  5P4G A;  4GJD A;  5OZU A;  5P1S A;  3PLL A;  1LYA A;  5P0J A;  2WF1 A;  2G27 A;  1NPA A;  5P26 A;  4FM8 A;  3LIT A;  4D89 A;  4A4Q A;  1AJV A;  3D3T A;  4PHV A;  3OQF A;  3VV8 A;  4KE1 A;  3VF7 A;  3OUA A;  1RL8 A;  3QBF A;  2Z54 A;  3NXN A;  3IXO A;  2VKM A;  1D4H A;  5P2A A;  5HCO A;  5OZ2 A;  2V0Z C;  2AOJ A;  3G72 A;  2SAM A;  5KQY A;  3AID A;  5P6Q A;  4YDG A;  5P4U A;  4LXK A;  5P03 A;  1ER8 E;  1EBK C;  5AHB A;  5P52 A;  5P12 A;  2VA5 A;  4Y4Z A;  5OZ9 A;  5OYS A;  3UDY A;  3I8W A;  5P49 A;  5P0C A;  5P6J A;  1LF2 A;  3BXS A;  1FMU A;  5SXN A;  3NUO A;  3OXC A;  5HE5 A;  5P2R A;  4Y4B A;  4F76 A;  1M43 A;  5OZI A;  5P4T A;  4Y5G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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