5COKA

X-ray crystal structure of wild type hiv-1 protease in complex with grl-0476
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title C-5-Modified Tetrahydropyrano-Tetrahydofuran-Derived Protease Inhibitors (PIs) Exert Potent Inhibition of the Replication of HIV-1 Variants Highly Resistant to Various PIs, including Darunavir.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5cokA00
3UQPA 1BV7A 5P8DA 3PSGA 5P5PA 1UH8A 3H5BA 4K4QA 4QJ6A 1D4SA 2WEDA 5OYTA 4ZPEA 4ZPGA 5P31A 5P06A 4GZFA 3CKPA 3KFSA 2G1YA 1EPME 1SP5A 4J1IA 4D89A 5P7LA 3GGVA 4Y3RA 3VEUA 5P7XA 5P2LA 5P2BA 2ANLA 5CONA 2AZ8A 4Q5MA 1FG6C 2FLEA 2I1AA 3HDKA 3IGBA 5F01A 1K1UA 5P3PA 1HPXA 2ZJNA 5I3VA 4Y44A 3S85A 5P3FA 4Y3QA 3R1GB 5P2HA 3PI0A 1HXWA 2XYEA 3KN0A 5P7NA 5P7FA 3OAGB 2BKSA 1IDAA 4X7IA 3RSVA 3PB5A 5P42A 4RYGA 4DUSA 1D4LA 3UDPA 3QP0A 4L7HA 4Y6MA 5HDUA 2NXLA 5P5BA 2Q11A 1GNNA 3GGAA 1YX9A 5P2AA 3UDYA 1FQ6A 3T11A 3NU5A 4LXAA 4OBDA 1E82E 5DPZA 3PGIA 2F3EA 5P5FA 4Y39A 1WKRA 1BDRA 5P71A 3I25A 2Q63A 2QU3A 2NNKA 3OXVA 3O9LA 3PEPA 2VKMA 5P30A 4LC7A 3FX5A 3LHGA 5P2UA 3O9IA 4Y3TA 3TPPA 4YBFA 3LNKA 5SY3A 4NJUA 1EBZA 3GI5A 4B1CA 3ZKIA 1RNEA 3HAUA 1SDTA 1PPME 4ACUA 3HD8A 3OTYA 4R5NA 1B6JA 3KMYA 2I4QA 1CZIE 2G1RA 3O9CA 5P7DA 3SO9A 4BELA 1EC0A 1TZSA 5P45A 3D91A 4XKXA 5P2NA 3INEA 3N4LA 4Y58A 5P24A 3K5DA 3GI0A 5P2QA 4GYEA 4ZSMA 2PSVA 5P12A 5P3LA 2AODA 1U8GA 3PBDA 4EP3A 1LYWA 2IGYA 3Q3TA 5DR0A 5P5HA 9HVPA 2WECA 2P4JA 3DUYA 5P6ZA 4H3JA 3N3IA 5P7IA 4I0HA 5P5QA 5P0LA 3EKYA 4L1AB 5P2XA 5P0EA 2V13A 2QD8A 3CKRA 1ZP8A 3AIDA 2J9JB 2PSUA 3JVWA 3S7LA 4I0GA 1HPVA 3O9FA 2AVQA 5P4SA 5P6TA 4OC6A 4HA5A 4Y5EA 5F00A 3NWQA 3JVYA 3OHFA 3DJKA 5P5VA 5P6OA 2R3WA 1BXOA 4LP9A 4Y9WA 5P1VA 5P8FA 5P28A 3IXJA 1CPIA 1EPPE 5P1FA 4GJ6A 5P54A 3VF3A 3TH9A 4A4QA 1GNMA 5P48A 3ER5E 2IGXA 4DJQA 4L6BA 2NNPA 4Z22A 3TOHA 1QS8A 5P0PA 4QJ9A 4I0DA 5HD0A 3FKTA 4I0EA 1MT7A 5P6KA 3UDHA 3D1YA 3UDNA 5P25A 4K4PA 3KDCA 4Y4DA 2XFKA 1UH7A 4GJDA 3OXCA 5P5JA 4FM6A 3PSUA 2JE4A 5P4RA 1DP5A 3DK1A 5P0XA 1ZLFA 1EPOE 3K4VC 1HXBA 3NLSA 5P2WA 3OU1A 3SFCA 3D3TA 2G69A 3EL0A 4YBIA 5P6BA 5OZCA 1WBKA 3BVAA 2QCIA 5P44A 5P14A 5P72A 2A1EA 4TRWA 5P34A 3PWWA 5OZYA 5FIVA 5P3HA 5OYWA 4Y3HA 2PK5A 1FLHA 3TLHA 5P37A 5P0IA 3DV1A 2WF3A 5P80A 5P0BA 3BUHA 4EP2A 3LZVA 4HDFA 3MSKA 5P2RA 5P73A 3QRVA 2OHUA 4OD9B 3SA8A 1C6YA 5KR8A 5P33A 3VV7A 1DPJA 1XS7D 2QK5A 3K5CA 1TCXA 1NPVA 2QD7A 5OZAA 4HDBA 4N00A 5P56A 3ZKMA 5P5SA 4DJUA 4MC1A 1XDHA 3SKGA 3VYDA 5P7AA 2R3TA 1BXQA 1SH9A 2JYSA 2P8HA 6FIVA 2QI4A 1FIVA 4DFGA 1IDBA 5P7PA 5P64A 2QNQA 3RTNA 1D4IA 4R95A 2B8VA 3HVPA 4Y5AA 2V10C 4GJ8A 5P0KA 3BRAA 5AHAA 4RGHA 4QJ7A 5HDVA 4AZYA 3IA9A 4DJRA 4Y4UA 2VNNA 2Q55A 2P3BA 5P2GA 5E5JA 3OADA 1Z1HA 5HVPA 1QBTA 1SDUA 2QI1A 2F8GA 4RRNA 3U71A 5P4CA 3QI1A 5P81A 4GMIA 3NXNA 3NDTA 3PHVA 5P4DA 4DPFA 2AIDA 3I2LA 1HOSA 4Q1WA 2APRA 5P60A 5HE7A 1BWBA 3IVIA 4CMSA 5P43A 3VUCA 3LZYA 4WY6A 3OUBA 4YD4A 5P8SA 4Y4WA 1HVHA 4ER4E 4CPQA 3GI4A 4Z50A 1IVPA 3VF7A 1QBSA 2G1NA 1K6VA 1G6LA 5P22A 4K9HA 1CMSA 5IE1A 2I0DA 3L5DA 2O4KA 5KQFA 1BBSA 5P20A 5P0GA 2QI0A 4Y50A 2FNSA 5OZWA 2G24A 2PYMA 2VS2A 3L38A 5B18A 2FXEA 2WJOA 1D4YA 5P2IA 4I11A 5OZEA 3DCKA 2G1SA 5P1QA 2QNPA 1MVPA 5P0OA 3UDKA 4Y5PA 5P3VA 1K6PA 1PSOE 5P4JA 2F81A 5JFPA 1ZTZA 2ZGAA 3ZMGA 3GGXA 1A8KA 1PPLE 4DJXA 5DGWA 4EJ8A 4FCOA 5P1ZA 1EPLE 5P67A 4DQEA 3EKWA 5P00A 4DQBA 1RPIA 5P2CA 4FLGA 5P65A 1MUIA 2AVSA 2QMDA 1FMXA 5AH9A 2CENA 5UPJA 4Y4GA 5P7HA 1IBQA 5KR2A 4DPIA 5P0YA 3EKQA 5P8MA 3GW5A 3LIXA 3SQFA 4Y4XA 5OZUA 4BEKA 1Z8CA 2PK6A 4NJSA 4J1CA 3PRSA 3UHLA 5P47A 2B8LA 4LHHA 2QZKA 4Y5NA 4Y3AA 6UPJA 3SA7A 1E5OE 2PYNA 4TRYA 4B72A 5P3DA 2FXDA 3NDXA 4Y3ZA 5P5RA 2WF1A 1YM4A 1BIMA 3G6ZA 3O99A 4R93A 4DQCA 5P1WA 1W5YA 5P69A 3S43A 5P89A 5P32A 5OZSA 4OBZA 4JPEA 1HSHA 3QRMA 4ZLSA 1SBGA 5P1CA 4APRE 5OZNA 5P8TA 3EKVA 5P59A 1NH0A 2FDEA 5P5XA 4LXKA 4GJ5A 3BXRA 3PWRA 5P5YA 5P1GA 4Y3FA 1AAQA 5P3AA 3SKFA 1MRWA 3K5GA 2PH6A 3PCZA 3G72A 2OHMA 3T7XA 4Y3SA 2QHCA 2QMFA 3D20A 1EBYA 2QI5A 4J1FA 2QZLA 4H3FA 3KA2A 2FDPA 3EKTA 5P5ZA 5OZPA 2R5PA 4Y56A 4B0QA 5JFUA 2FDDA 4I0ZA 4RCDA 1GNOA 5P4VA 4OBGA 5EZZA 1GVUA 1SIVA 2I4DA 2PSGA 3OY4A 2H6SA 2R5QA 3HAWA 3SABA 2UY0A 3SM1A 1AM5A 1LF3A 5KQYA 5SXNA 1MT9A 4I0FA 4EHCA 1SMEA 2NPHA 1GVVA 5P3KA 3RU1A 5OZMA 1META 1TQFA 3U7SA 1QBRA 5P0DA 5P13A 4YD3A 1NPWA 2AZCA 2Q3KA 3NU4A 1KJHA 2IKOA 3RVIA 3WB5A 1YM2A 2G20A 1W5XA 5P8QA 3UFNA 1E80E 4GIDA 2P3DA 5P3IA 5BWYA 5P83A 1K1TA 4DH6A 2P83A 5OZXA 1PPKE 4HLAA 2O4LA 2HAHA 5P5AA 1HEGE 3TOFA 5AH6A 1UH9A 5P51A 2EWYA 5TOLA 5P0JA 5OZJA 5P2OA 2AZBA 3G70A 2ZJIA 5P04A 4EQ0A 3SPKA 3OAGA 3TKGA 1ODWA 2HC0A 1EPRE 4IVSA 4Y3MA 3SA5A 4DJOA 5JODA 5P87A 4Y4BA 5OZKA 1MSNA 5P6QA 5P4KA 4PYVA 5P4QA 5P26A 4TVGA 4Y41A 5P6PA 5P76A 1HTFA 3UCBA 3NU3A 1JLDA 5KR1A 5E5KA 2OHRA 2R8NA 2B7FA 4ZEAA 4RVIA 2FGVA 4Q1YA 4X2LA 1LZQA 1OD1A 1OEWA 3DCRA 4B00A 1FQ7A 4FS4A 5P1UA 4Q1XA 1XN3A 3O9LB 5SZ9A 4EWOA 5P0QA 3MSLA 5P1IA 1D4KA 2WKZA 1A8GA 1EC1A 4Y4AA 4FM8A 1FMBA 2V16C 3QPJA 5P82A 3KDBA 5P4EA 3L3AA 2Q15A 5P7TA 5HU0A 4HZTA 1KZKA 5P0RA 3QS1A 2OHNA 5P7SA 5P8UA 5P6UA 3R4BA 1LF4A 5P1OA 3SAAA 3LIZA 1MTRA 3KM4A 4H3GA 4XX3A 3PMUA 3JW2A 2F80A 5P0FA 4FM7A 3PVKA 1NSOA 5P1JA 4CPRA 2ASIA 4KE0A 5CLMA 4L1AA 5P5DA 1LYWB 2J9JA 3NYGA 5P84A 2QI7A 2I0AA 5KQXA 1DW6C 4D83A 4DJPA 5P3GA 2WF0A 2WL0A 1MSMA 1K2CA 3UTLA 3PWMA 2QI3A 5P0UA 1MTBA 3ER3E 3OU4B 5P3ZA 2AOIA 4FAEA 5P1PA 2ZDZA 5P19A 3TKWA 1FKNA 4Y3XA 5P6FA 3PJ6A 1B5FB 1TSQA 3LIYA 4QJ8A 5P61A 2HPFA 3SACA 2O40A 3OQDA 2UPJA 3K5FA 4DJVA 4DVFA 1TSUA 4TRZA 3IXKA 5AGZA 2ZHSA 1YT9A 5P53A 3APPA 2NR6A 3Q5HA 4F73A 4Z4XA 3ZPUA 5KOSA 5OYSA 5OZIA 2XYFA 1ODXA 5APRE 5P8EA 2ZJHA 5P38A 5P1HA 2OF0A 2IRZA 4E43A 4J0PA 4EJKA 1G2KA 5DR8A 2WF2A 4PPHA 3ZPTA 3AUPA 5ISJA 4ER2E 1BAIA 2B42A 5AH7A 4B77A 3ST5A 3PLLA 4QGIA 4FIVA 1LYBB 5P2TA 3VF5A 3EBZA 3QRSA 5OZ3A 4B70A 4J54A 2HS2A 4Y4TA 5P0MA 4Y3WA 5P77A 2QNNA 4I8WA 3UQXA 1MT8A 5P1BA 5P4HA 3OOTA 1B6LA 1KJGA 2JJJA 5P4YA 5P3YA 5P40A 5P4XA 4CPUA 2VJ7A 2FGUA 2HB4A 4YA8A 5P39A 1G0VA 1ZSFA 4GJ9A 1HHPA 1A9MA 1SMRA 1E81E 1HRNA 5P4NA 5P79A 4OD9A 5P0SA 4PEPA 3MXDA 3LINA 3QVIA 2O4PA 3VLBA 3APRE 3L59A 5I3XA 3S2OA 4FRKA 4NKKA 5P6CA 3OXXA 4PZWA 4HE9A 1BILA 1NPAA 2R9BA 1MIQA 5P6XA 4HEGA 5OZGA 4Y47A 5P86A 2VIJA 3ZKNA 5OZHA 2G21A 1FB7A 3NU9A 4ACXA 3BVBA 4RLDA 4RCEA 5P88A 4Z2ZA 5P8LA 3TTPA 2AOFA 1DIFA 4F75A 3S8IA 4Y5MA 5P3NA 3RTHA 1VIKA 2V0ZC 4ZSQA 3I8WA 5P46A 5P6DA 5P1RA 2QMPA 3OU3A 2Q54A 2BBBA 5P6SA 4DQHA 2VIEA 5OYUA 3LIVA 3D1XA 2I4UA 3T6IA 1YG9A 5P7QA 3OOZA 1EEDP 2PWCA 2WEBA 4IVTA 4AA9A 5P5LA 5P6AA 5P5WA 4AMTA 5P3OA 1FG8C 2IQGA 5HE4A 5P7JA 3B7VA 5P4AA 1EC3A 4Y3NA 1T7JA 2ZHRA 5P8JA 4DQGA 3LITA 3URIA 2B7ZA 1PSAA 4Y5BA 1C6XA 5ER2E 5P62A 3EKXA 1BV9A 1QRPE 3R2FA 3FIVA 1EC2A 5P8BA 5P02A 1TCWA 1HWRA 5P1LA 5P1YA 4APEA 3L5CA 1HVRA 4I1CA 2G22A 3EL9A 3I7EA 2G1OA 2AOCA 3VG1A 3IVHA 3Q6YA 3L5EA 5P8IA 4J0TA 2NXMA 4EQJA 2AOEA 2F3FA 5P7WA 5PEPA 3URLA 4FSEA 4RCFA 5OYRA 3VV8A 3ZL7A 1PFZA 1F34A 3D1ZA 1VIJA 4U8WA 5P3XA 7UPJA 5IVRA 2QMGA 4Y5KA 4ZPFA 3S56A 5EZXA 4Y37A 2VA6A 2BPVA 3R0YA 4U7QA 4Y51A 3O9BA 2ZHUA 1ZPAA 5P4TA 1FQ8A 3CICA 1TW7A 5OZBA 4JECA 3EM3A 4EPJA 4RVXA 2ZHTA 3CYWA 5DQ2A 4D88A 5P5MA 1UPJA 5P8CA 1LV1A 5P3MA 3L58A 1YTGA 5P2MA 2G26A 5KAOA 4B1EA 5P1EA 4TVHA 3T3CA 5COOA 1XL2A 5OYZA 5BRYA 3DM6A 3OWNA 2I4XA 3EL5A 5P70A 5P63A 5OZFA 5HCOA 3IN3A 2VIYA 5HU1A 1MPPA 3B80A 5OZ6A 5DR1A 3EL1A 4LBTA 5P8RA 5OZRA 1LEEA 2WEAA 3INDA 1HTEA 5P17A 3SA6A 5P5IA 5P4WA 3ECGA 4DI2A 1D4JA 5J25A 3EKPA 3TOGA 1ZAPA 5OZ1A 4Y48A 3MSJA 1Z1RA 5DQ5A 3ZKXA 5P16A 5OZTA 3LZUA 3ZPSA 1HVJA 5OZ5A 3WZ6A 3Q4BA 2IENA 3O9DA 5OYXA 1AXAA 2AOGA 4DQFA 4MC2A 3NUJA 1APUE 1OHRA 4R91A 3S7MA 5P0ZA 3OUDB 3LPKA 2IKUA 1LYAB 4J1KA 4FRJA 3UPJA 2AVOA 4Y3YA 3PI5A 3RSXA 3R0WA 1ZJ7A 1HVSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UQP A;  1BV7 A;  5P8D A;  3PSG A;  5P5P A;  1UH8 A;  3H5B A;  4K4Q A;  4QJ6 A;  1D4S A;  2WED A;  5OYT A;  4ZPE A;  4ZPG A;  5P31 A;  5P06 A;  4GZF A;  3CKP A;  3KFS A;  2G1Y A;  1EPM E;  1SP5 A;  4J1I A;  4D89 A;  5P7L A;  3GGV A;  4Y3R A;  3VEU A;  5P7X A;  5P2L A;  5P2B A;  2ANL A;  5CON A;  2AZ8 A;  4Q5M A;  1FG6 C;  2FLE A;  2I1A A;  3HDK A;  3IGB A;  5F01 A;  1K1U A;  5P3P A;  1HPX A;  2ZJN A;  5I3V A;  4Y44 A;  3S85 A;  5P3F A;  4Y3Q A;  3R1G B;  5P2H A;  3PI0 A;  1HXW A;  2XYE A;  3KN0 A;  5P7N A;  5P7F A;  3OAG B;  2BKS A;  1IDA A;  4X7I A;  3RSV A;  3PB5 A;  5P42 A;  4RYG A;  4DUS A;  1D4L A;  3UDP A;  3QP0 A;  4L7H A;  4Y6M A;  5HDU A;  2NXL A;  5P5B A;  2Q11 A;  1GNN A;  3GGA A;  1YX9 A;  5P2A A;  3UDY A;  1FQ6 A;  3T11 A;  3NU5 A;  4LXA A;  4OBD A;  1E82 E;  5DPZ A;  3PGI A;  2F3E A;  5P5F A;  4Y39 A;  1WKR A;  1BDR A;  5P71 A;  3I25 A;  2Q63 A;  2QU3 A;  2NNK A;  3OXV A;  3O9L A;  3PEP A;  2VKM A;  5P30 A;  4LC7 A;  3FX5 A;  3LHG A;  5P2U A;  3O9I A;  4Y3T A;  3TPP A;  4YBF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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