5DR4A

Endothiapepsin in complex with fragment 231
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5dr4A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5dr4A01
4FAEA 1DW6C 5OZTA 2HS1A 4I8ZA 5P5TA 5HDXA 4APEA 2FXDA 2G21A 1HVCA 3NYGA 3VLBA 1XL5A 5P6FA 4Y56A 1E82E 3O99A 4B1EA 3MXDA 1MTBA 5P56A 5P3QA 5P4SA 5TOLA 4DJVA 5P5UA 1RNEA 4Y3YA 1ZP8A 2QI7A 5P3DA 1YG9A 2Q63A 3N3IA 5P45A 1G35A 3INFA 2PQZA 2WF2A 3NUOA 4Y3ZA 4YDFA 3RVIA 3PLLA 2EWYA 4DV9A 3KF0A 2IRZA 2J9JA 2R38A 3QI1A 3UDPA 2AQUA 2IENA 2WF4A 3EL4A 4R93A 1AM5A 1T6GA 1AZ5A 3FX5A 4ZPEA 2J9JB 1HTRB 1D4YA 5P6MA 3UDJA 4Y50A 5I70A 3K5DA 5P6LA 4QJ6A 3S7MA 2Z4OA 1M0BA 3KDDA 2ZJKA 1T7JA 3OU4A 3Q5HA 5AHBA 3H5BA 3QVIA 3JVYA 2FXEA 5P11A 1EAGA 3PM4A 3GGAA 3OU4B 3TLHA 5P64A 4L7JA 3O9FA 5P5XA 4YOAA 5DR3A 5OZOA 5P47A 1E80E 3IN4A 3SLZA 1PPKE 5P72A 5P70A 1ODWA 5DR4A 5P0OA 3IVHA 3G72A 3S45A 4TRZA 4R91A 2R9BA 3KMXA 5P35A 5P59A 5P1IA 5P16A 1FKNA 3OXWA 1FQ6A 2V12C 1KZKA 1Z8CA 5OZBA 1MESA 4DQFA 5P8PA 3AIDA 3NWXA 5P09A 2OHTA 2F8GA 2VA5A 4Y4JA 2QMPA 2I4VA 5P1BA 1IBQA 2ZJLA 3UQPA 2AOEA 1B6KA 3OTYA 3S43A 4JPEA 4NKKA 3DV1A 1DPJA 3UDRA 1D4KA 4DJOA 2QD8A 4LL3A 1GNNA 3S43B 2G22A 1SGUA 5DPZA 5P1MA 1C6XA 4B00A 1E81E 3VSWA 3QBFA 5P38A 5DQ2A 5P6WA 4WTUA 3GI4A 1W5YA 2V13A 5DQ5A 2NPHA 4Y5PA 1QBRA 2ER7E 5P0GA 3LHGA 2ZJHA 5OZJA 1K1UA 1XDHA 1BIMA 3PLDA 5P8QA 1ZAPA 1ZSFA 5CONA 1D4IA 3O9LA 5P55A 4J1HA 5KR1A 5HU0A 1Z1RA 4R8YA 4MC9A 3QIHA 3PEPA 2OHLA 4GJ9A 5P03A 4ZSMA 4DFGA 3O9LB 5JODA 1EPNE 3L5BA 4K4QA 2QZKA 3OXCA 4Y3QA 3EM6A 5OZPA 3URLA 4F75A 2QZWA 2AZ9A 4UPJA 5P7RA 4Y9WA 4BEKA 1HPXA 4YD3A 5OZ2A 5E5JA 1HRNA 4IVSA 5P4OA 1A94A 3KA2A 5P78A 1J71A 5AH7A 2HIZA 5P2IA 1EPRE 2F80A 1SP5A 5P8KA 1T6EX 2NNPA 1A30A 3INEA 5P0SA 2FS4A 1MUIA 5P1HA 3PCZA 4I0EA 5P4IA 3FSMA 2AZBA 3IXJA 3VEUA 4YBFA 4F73A 5IVTA 5HD0A 4H3FA 2QU2A 1FFFC 5P14A 4YCTA 5OYUA 1META 2OHKA 5P4FA 4EHCA 3HVPA 4E43A 4Y5CA 5P2FA 1YTJA 1ZBGA 5P2DA 3T11A 1XE5A 2HB2A 5P8NA 4Y48A 3OXVA 2JJJA 3GGXA 4TRYA 1VIJA 5OZCA 3T7QA 2WEAA 5AHCA 5P7WA 2CENA 3ZPSA 2HPFA 1B5FA 1APWE 5P3WA 4J5JA 4I0IA 4M8YA 2BPVA 3SA8A 1B5FB 4RCFA 3EC0A 5DQ4A 4I10A 3EKPA 3L5EA 1GVUA 4AA8A 4J1CA 1APVE 3RTNA 4ZSRA 5OZ5A 2SAMA 5P1YA 5P8JA 5P39A 4I0HA 5DR7A 4DVFA 2QHYA 2A4FA 3QVCA 5HE7A 5P4GA 3SA7A 3HD8A 4AZYA 3R0YA 4Y4WA 1EC0A 3KFSA 5P53A 5P1FA 2QMGA 3HW1A 2R3WA 4Y4XA 2O4NA 1EEDP 4I0DA 2RENA 4M8XA 5P0KA 1RV7A 5DQ1A 3TPPA 3VF5A 2F3EA 3OQDA 5P1GA 1RL8A 4YHQA 5P0JA 1YTGA 3KMYA 1KJ4A 5ISKA 2NXMA 4H3JA 4Y47A 1D4JA 3RSVA 4FL8A 4GJ8A 2P3DA 3KM4A 5P2GA 3UCBA 3IXOA 5P1DA 1A8GA 3EKWA 3QBHA 5P1VA 2QD7A 5OYZA 3ZKIA 5P1NA 1HTGA 5OZ9A 4DQCA 4ER4E 2R5PA 5P51A 5OZKA 3VLAA 5P2OA 3VYDA 2BKTA 5P7JA 4I12A 5P37A 2WECA 5HDZA 5DGUA 1FMUA 4J1KA 1PFZA 2R3TA 4KE1A 1ODXA 4QJ9A 5P8VA 5P79A 4XX3A 1SMRA 3O9HA 1LZQA 5EZZA 4YDGA 1BVGA 2P3AA 1MT7A 4Y53A 3NSHA 4CPXA 1LV1A 4Y4TA 2O4KA 3BUGA 4Y3NA 2ZHSA 5P12A 3ZL7A 1EBZA 4WY6A 2P83A 4LHHA 5P28A 1OEWA 1HVLA 3O9GA 4YCYA 2VIEA 5P5MA 3IGBA 4PPHA 1WBMA 5P30A 3EKYA 3PSUA 3FNTA 3SPKA 2B8VA 2QI4A 4JPCA 5P5CA 4FRJA 1HVIA 3NU6A 1IZIA 4Y58A 1ZLFA 3DV5A 3HDKA 3GI5A 1XS7D 5KR8A 1T3RA 1UH7A 4LC7A 4Y45A 4PHVA 2FNTA 4Y3LA 3TOFA 2Q54A 3K5GA 4S1GA 1MVPA 1F7AA 4HDPA 5COOA 3WB4A 4GJ6A 4J0YA 3OUAA 4X2LA 2P3CA 3HLOA 4KB9A 5P7LA 4ER2E 5P8RA 5P1LA 4B78A 1EPLE 1K6CA 4Q1YA 3BRAA 2Q64A 2IKUA 4HEGA 1CMSA 4Y37A 4EXGA 5P0NA 2G20A 5OZDA 3INHA 4CPSA 3SFCA 1MT9A 1AJVA 4RRSA 1LF2A 4H3IA 2QI1A 2IKOA 3FKTA 3JW2A 3G6ZA 4B70A 4YD5A 4COEA 3ZLQA 3OHHA 2BPXA 3G70A 5ER2E 5P81A 3ST5A 2HS2A 3NU4A 5P0BA 5P8MA 5P5KA 5P6OA 2ER6E 3URJA 2VIZA 5P7KA 2HB3A 1HSHA 2OHSA 3L3AA 1GNOA 2JYSA 3QRMA 2NR6A 5P4QA 5P61A 9HVPA 2WF0A 5EZXA 5P3JA 3FIVA 2APRA 4DJPA 4B05A 1B6PA 5P5SA 1SGZA 4GJBA 1IZEA 4B1CA 4OBDA 4D83A 5P2WA 2OHPA 1FMXA 4K4RA 4A6CA 5P52A 4XKXA 1G6LA 3SKFA 1LEEA 5P6RA 1ODYA 5HE4A 2QNNA 5P4XA 1BDLA 1HXWA 4RLDA 2PWRA 3OQAA 3SM2A 1BXQA 3KYRA 3WZ8A 3O9CA 1PSNA 5I3WA 5KOQA 5P6GA 4HLAA 2O4SA 2AOHA 5P2TA 5P00A 1HVRA 5KQYA 2G1YA 4U7VA 5P2NA 1HBVA 1MSNA 3OQKA 5P6SA 3U71A 2ZGAA 5P68A 4HE9A 4B77A 3VF7A 1G0VA 3UQXA 2WF1A 5OYQA 5OYXA 4LAPA 1CZIE 3CIDA 5P7MA 5P86A 6APRE 3ZMGA 2FMBA 4FRKA 2HC0A 5P2ZA 4OBJA 1BV9A 3LPJA 4EYRA 3S7LA 3SQFA 1FG6C 5BWYA 2Q55A 4MC2A 5P6QA 2AZCA 3LZYA 5P17A 5OZ6A 5I3XA 4L7HA 5P1SA 5P5NA 5OZAA 2QK5A 1ME6A 2I4WA 4CPWA 4Y3EA 4DJYA 4Y5EA 2G1NA 4I0FA 5OZSA 4K8SA 1RPIA 3O9EA 3R2FA 2V16C 5P1XA 3UDKA 2CEMA 5P08A 2PK5A 4GJ7A 5P1OA 1EC1A 3ZOVA 2I4QA 3SABA 5P3VA 3DCRA 3MSJA 5P4DA 5P6JA 1OHRA 3LZUA 3PGIA 4R5NA 2G1RA 4LXAA 2VKMA 3ZKSA 1BWAA 4GIDA 5P06A 4DPIA 1BDRA 5P5JA 5P3SA 3DUYA 4PEPA 1MIQA 2FLEA 4J0PA 4Y3AA 2A1EA 2RSPA 2AVSA 1QRPE 4Y5NA 4L1AA 3LZVA 3T7XA 2AIDA 3OU3A 4I0JA 2JXRA 1W5WA 4EJ8A 3LITA 4HA5A 1FQ4A 3R1GB 1RQ9A 1QDMA 2I1AA 4L1AB 2ASIA 1SDUA 4QLHA 5P4LA 1EBYA 2QMDA 1ZPKA 1B6JA 2G24A 3QROA 5P2CA 5P1WA 3TH9A 3C9XA 1UH9A 3UDQA 5P5EA 5P4UA 5P7EA 5COPA 3UPJA 2QD6A 4F74A 5OZ1A 2IQGA 5P3HA 1EC2A 5OZ8A 1LYBA 3APPA 1KJGA 5P5WA 4RCEA 4GMIA 3EBZA 1EPME 1TSQA 5P7PA 4YOBA 1LYBB 3TPLA 2AVQA 2VJ9A 5HDVA 3OY4A 3S2OA 4YE3A 5P1PA 4YBIA 3EXOA 1D4SA 2JJIA 3ZPUA 1D4HA 3MXEA 1OD1A 2WF3A 2MIPA 4IVTA 5P2UA 5P6XA 2F3KA 2R5QA 1FGCC 4H3GA 1BBSA 5P6NA 1A9MA 3CICA 4EP3A 5P66A 3NU3A 1W50A 5OZ0A 4Y3MA 5P87A 5KOSA 2F81A 1A8KA 4YCKA 3Q70A 2ZHUA 4GYEA 4OBKA 5OYVA 2QI0A 1FQ5A 1PSOE 1DMPA 3OADA 3I8WA 3PBZA 4J0TA 1BDQA 3MSKA 4QJ7A 4AUCA 3L5DA 3ER5E 2CEJA 5P8EA 4Y3RA 2OHUA 3VV8A 4KUPA 3PHVA 3SA6A 1BILA 2AOCA 3VUCA 2IGXA 5P49A 1QBTA 1HWRA 4FRSA 1EBWA 1HIIA 1HVSA 4RVIA 2PC0A 4FLGA 1PPLE 5P7BA 5P4BA 3NDTA 5P2HA 1K1TA 5CLMA 4QJAA 4Q5MA 5P0YA 2VJ6A 2FDPA 3EM3A 5OZFA 3UHLA 2I4XA 5P05A 5P89A 4OBGA 2WJOA 1W51A 5IE1A 1NSOA 2OAHA 4K9HA 2NMZA 1B6LA 4JOOA 3PWWA 1HEFE 5P4CA 5P5QA 3PWMA 3Q6YA 3RTHA 1CPIA 4Y3HA 1EPQE 5P8DA 3URIA 4J17A 4R92A 1ZJ7A 3PRSA 5I3YA 5IVQA 5P0ZA 1LYAA 5UPJA 1W6IA 3CMSA 5OZIA 4Y3FA 2G27A 1NPAA 1JLDA 2OHMA 1LYAB 1YTIA 1AJXA 2AODA 1E5OE 5P8OA 4K4PA 3UDYA 4MC6A 4RYCA 1NH0A 3TOGA 1W5XA 1PPME 4EJDA 4Y3SA 1YT9A 3LIZA 3DJKA 5P8IA 3ER3E 2OHNA 3UDMA 3LPKA 4HDBA 2ZJNA 3MWSA 3K4VC 3QS1A 1SIVA 3Q3TA 5APRE 1QS8A 2QI3A 2ZJMA 3L5FA 1W6HA 3FNSA 4Y44A 5P5LA 3UFLA 3B7VA 2XFJA 2I0AA 2RMPA 2ZDZA 1HVKA 4FM8A 1XL2A 1FIVA 1ER8E 4I0GA 3TPJA 5HU1A 5P1KA 3OOZA 5P1UA 5P5BA 2IS0A 2BB9A 3OGQA 4DPFA 5KR0A 3O9AA 4OBHA 1GVXA 5P0TA 4GJAA 4ZEAA 5P7XA 1BXOA 2FDEA 3BXSA 5P6YA 3TPRA 5P0EA 2QZLA 5AH9A 3UDHA 3KFPA 3PI5A 3KDCA 4U8WA 4U7QA 5P5PA 2V0ZC 3DK1A 5P3CA 1SMEA 5SZ9A 5P48A 5P2VA 5AH6A 5DGWA 3OQ7A 3BVBA 5P22A 1AIDA 4QJ8A 5KQFA 5OZXA 3RTMA 2NXLA 3SA3A 4A6BA 5P6IA 4Y4BA 2V10C 4J1FA 4EJLA 2Q11A 2Z54A 3D91A 3OTSA 5P34A 5P32A 4Y3WA 4QJ2A 3PMYA 5DR8A 3TL9A 4Y4DA 2IL2A 2XFIA 5P5RA 3NXEA 3FNUA 3LNKA 3MSLA 5C9BA 3AUPA 5P01A 2B8LA 2ZJIA 4Y3GA 3M9FA 5P0UA 5OZWA 5P20A 4DJXA 3K5FA 3BUHA 2ANLA 2BPWA 5P83A 2Q15A 5P6BA 5P5GA 4GB2A 2G1OA 3KT5A 5P67A 3B80A 3I25A 4AA9A 4Y43A 3VV6A 5P7FA 2IGYA 2XYFA 3LIYA 3PB5A 4CPQA 3LIXA 3QAAA 5PEPA 5P7YA 5OYWA 5OZHA 5P0QA 1FF0C 3EL5A 3NU5A 4MC1A 5P50A 4BFBA 5C9FA 4Y3JA 5P6HA 1C6YA 5P4NA 4FGXA 1OEXA 3CKPA 1FLHA 3WB5A 5OZVA 3I2LA 3QPJA 3CIBA 3GI0A 1IZHA 4XXSA 4EQJA 1ZSRA 5F01A 4ZLSA 3HAUA 1QBSA 2I4DA 3IVIA 4DQEA 1EC3A 4OD9A 5P4WA 1HOSA 3EKXA 5P2SA 3NR6A 5HCOA 3L38A 5P8FA 3HVGA 4OD9B 3VF3A 3DM6A 3LZSA 5P8GA 3OXXA 2P8HA 4Y4EA 2QHCA 4Y3DA 3SA4A 4DUSA 5P2YA 3SAAA 3PMUA 1HIHA 5COKA 2B42A 2PYNA 5P3UA 2ZHTA 2J9KA 5JFPA 5P58A 5P2LA 3GW5A 2VNNA 1PSAA 3GGVA 1KJFA 5P4PA 3D1YA 1HVJA 5P2JA 1TW7A 1B6MA 2ZYEA 5P3AA 5P7VA 5P13A 8HVPA 1UPJA 2XFKA 1TCXA 3EL9A 1MRWA 4F76A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4FAE A;  1DW6 C;  5OZT A;  2HS1 A;  4I8Z A;  5P5T A;  5HDX A;  4APE A;  2FXD A;  2G21 A;  1HVC A;  3NYG A;  3VLB A;  1XL5 A;  5P6F A;  4Y56 A;  1E82 E;  3O99 A;  4B1E A;  3MXD A;  1MTB A;  5P56 A;  5P3Q A;  5P4S A;  5TOL A;  4DJV A;  5P5U A;  1RNE A;  4Y3Y A;  1ZP8 A;  2QI7 A;  5P3D A;  1YG9 A;  2Q63 A;  3N3I A;  5P45 A;  1G35 A;  3INF A;  2PQZ A;  2WF2 A;  3NUO A;  4Y3Z A;  4YDF A;  3RVI A;  3PLL A;  2EWY A;  4DV9 A;  3KF0 A;  2IRZ A;  2J9J A;  2R38 A;  3QI1 A;  3UDP A;  2AQU A;  2IEN A;  2WF4 A;  3EL4 A;  4R93 A;  1AM5 A;  1T6G A;  1AZ5 A;  3FX5 A;  4ZPE A;  2J9J B;  1HTR B;  1D4Y A;  5P6M A;  3UDJ A;  4Y50 A;  5I70 A;  3K5D A;  5P6L A;  4QJ6 A;  3S7M A;  2Z4O A;  1M0B A;  3KDD A;  2ZJK A;  1T7J A;  3OU4 A;  3Q5H A;  5AHB A;  3H5B A;  3QVI A;  3JVY A;  2FXE A;  5P11 A;  1EAG A;  3PM4 A;  3GGA A;  3OU4 B;  3TLH A;  5P64 A;  4L7J A;  3O9F A;  5P5X A;  4YOA A;  5DR3 A;  5OZO A;  5P47 A;  1E80 E;  3IN4 A;  3SLZ A;  1PPK E;  5P72 A;  5P70 A;  1ODW A;  5DR4 A;  5P0O A;  3IVH A;  3G72 A;  3S45 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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