5DR4A

Endothiapepsin in complex with fragment 231
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5dr4A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5dr4A01
5P2NA 3GGUA 5T4SA 1T7JA 5P2MA 4J1FA 2QHZA 7HVPA 2H6TA 1EC3A 2J9KA 4CPWA 1IZDA 4Y3WA 4QGIA 2FGUA 3WB4A 1APVE 5BWYA 4CPRA 3A2OA 3QIHA 4DVFA 5P0BA 3QRVA 1FQ8A 3UQPA 2G20A 5SY2A 1FIVA 4Y3YA 4RVXA 1DW6C 1HTEA 3S7MA 4ER4E 2OHLA 1LYWB 5OZ1A 3KT5A 2AZCA 1APUE 4TVGA 4OBHA 1IZHA 5P56A 5P7GA 1APWE 5P7EA 3LIYA 4I11A 5HU0A 3JVYA 5P7VA 3OGQA 5P51A 5P4JA 1HVKA 2V10C 4J1EA 3AUPA 5P7NA 1DPJA 2WECA 4CPQA 1MIQA 4QJ2A 5P0FA 3R0WA 5ENMA 3SACA 4L1AA 2QZKA 3FV3A 4ZPFA 4Q1YA 5P8OA 3DCRA 1IDAA 2ZJHA 4MC2A 5P59A 5DR7A 1EAGA 1SGZA 1D4SA 5HE7A 2VA6A 5P6NA 4X2LA 5P69A 4PPHA 5P8TA 4H3IA 4RYGA 1T7KA 4Y3LA 4Y4EA 3KDDA 5P3PA 4EQ0A 2ZHUA 1YT9A 3EL9A 2I4DA 5P2XA 3TPJA 4RVIA 3KFPA 4Y5PA 5P42A 2G22A 2PSUA 4Y3TA 4D83A 5P6SA 3EM4A 4I0JA 5C9DA 3URLA 1T6GA 3CKTA 1HIHA 5DR0A 4GJ6A 5P2GA 1YM2A 2ER9E 3UQUA 4Y39A 4IVSA 3PHVA 2NXMA 5P4YA 3EM6A 1RNEA 4IVTA 3S45A 5HCOA 5P5GA 5OZ7A 2Q3KA 5P02A 3OU1A 5P0TA 2MIPA 1HPOA 1YG9A 5P52A 5P1LA 2IDWA 3KFRA 5P8SA 4DQGA 4EP2A 3LINA 1W6HA 3T7PA 2I4WA 5P64A 2BJUA 2BPZA 3O9EA 3GI4A 4YBIA 4JP9A 4PHVA 3NDTA 5P7FA 3D1YA 5P6TA 4LC7A 4NJVA 4M8YA 4DI2A 2J9JB 4I1CA 4OBZA 1G2KA 3TLHA 3IA9A 3L5FA 5P11A 3U71A 3I2LA 2F3FA 3D20A 4R93A 5P2UA 4S1GA 3NU5A 1D4LA 5P5CA 5P6ZA 3VV8A 1ZTZA 2G24A 1CZIE 3URIA 5P6JA 2PH8A 4FM7A 3NUJA 5P83A 5P0XA 2IENA 3WZ7A 4Z22A 1W51A 1KZKA 5P6KA 5P37A 3UQWA 1EEDP 4EQJA 4ZLSA 3IN3A 4DJWA 1FF0C 4Y47A 4Y37A 4ACXA 3OHFA 3DM6A 5P0AA 4DJYA 1RL8A 4Y4JA 4YCKA 3H5BA 4R5NA 4B78A 3OXCA 5P8BA 5P5QA 2NR6A 4AZYA 4Y5KA 3SA9A 1C6ZA 1VIJA 5P26A 3RTMA 3UDRA 4GJ8A 4EJ8A 5P7YA 5P6PA 5UPJA 5P35A 5P4SA 1IDBA 2F8GA 4A6BA 4TRWA 5P1MA 3S7LA 1DAZC 4H3JA 5P43A 3O9CA 5P5AA 5P53A 2PYNA 4KUPA 3ZKXA 2R8NA 2FXEA 4NPTA 5P2RA 1YTIA 5P4XA 4Y3HA 1BV9A 2OHMA 3ZKGA 2QD8A 2RKFA 1META 3O9HA 3PM4A 3S56A 4DH6A 5J25A 4EJKA 5OZTA 1LYAB 1W6IA 2NMZA 2QD6A 3OQKA 5P1IA 4NKKA 3SO9A 3VLBA 5OYWA 5P8UA 4U7QA 1W5YA 1FQ6A 4FAEA 2HPFA 4LXAA 2WEZA 5P0CA 3EBZA 5P0GA 5P09A 5P7IA 2AOCA 3ZKIA 1Z1HA 1B6KA 1PSNA 2AVMA 5P8IA 3O9AA 5P7CA 2Z54A 3BUFA 5DGWA 1HXWA 4J5JA 5P2FA 5P31A 3QBFA 3APPA 5P4EA 4J0YA 1DIFA 3KF0A 1IIQA 4HVPA 3LZVA 4CP7A 5P3UA 2BPWA 5P34A 3T7XA 3O9LA 4B0QA 5AHCA 5P2IA 2B8LA 1LV1A 2AOJA 5P70A 3PI5A 5P3NA 5AGZA 5P5ZA 1HOSA 1UPJA 5DGUA 4YD4A 2QI5A 1PPKE 3VEUA 3SA8A 5OYSA 5P30A 1EC2A 5P4WA 3INFA 4B00A 3RU1A 3OUDB 5P5LA 3SABA 3VV6A 5P2LA 2QK5A 2Z4OA 5OZ5A 9HVPA 1D4JA 3GGXA 3NLSA 5I70A 2AOFA 4BELA 3NDUA 3BRAA 5P4CA 1A30A 4YDFA 1BDLA 4Y43A 5OZ0A 2R38A 5DPZA 1EBKC 1EPOE 5OZLA 5P8NA 2G94A 5OZ8A 5ENKA 5P6DA 3VFBA 5P6EA 5KR0A 2Q63A 5AH8A 3OXXA 3F9QA 5OZIA 3PI0A 1LF4A 5OZXA 4Y4ZA 5OYZA 5P2DA 1SGUA 4I0HA 5HD0A 3EKWA 3UCBA 1TW7A 5P3VA 4DJXA 4FSEA 5P3EA 4M8XA 2QI6A 5P4LA 3EKTA 4MC9A 1FMUA 1BXOA 5P3MA 3KT2A 4ZEAA 3UDQA 4XKXA 2QI4A 2JJIA 2FXDA 1MT7A 5DQCA 3ZPTA 1MT9A 2QHCA 5P17A 5OZNA 2A4FA 4B1CA 3PCWA 2BQVA 1ER8E 4F76A 3EKQA 3PWWA 1NSOA 4Y4UA 1EPNE 2AVVA 2BBBA 1CPIA 4CPUA 1BDRA 3TH9A 2VJ7A 2UY0A 5P8VA 2Q5KA 4Y3FA 2I1AA 1BVGA 3MWSA 4NJUA 1YTGA 5P85A 3UPJA 5P0PA 3QAAA 2FMBA 4Y5CA 2F80A 4LXMA 3K5DA 1YTHA 5P1VA 2VJ9A 5P5RA 5P72A 3IVHA 1Z8CA 3QROA 2HB2A 2RSPA 4A4QA 5BS4A 5P6YA 1APTE 3FX5A 4Y3XA 3NR6A 1PSAA 5P8LA 1CMSA 2XFKA 3OU4B 2BPVA 1Z1RA 1BAIA 1K2BA 1GKTA 2HS2A 3D91A 1AAQA 5OYVA 4LL3A 3OU3A 2V0ZC 5EZXA 2G27A 2WEBA 5P57A 5P3DA 3TPPA 5P3HA 3K5FA 3LNKA 5AH9A 1SDVA 5P10A 4Y48A 5OYRA 2ZJKA 1MTBA 1GNOA 4WY6A 3K5CA 3K5GA 5P3SA 4Z50A 4QJ8A 5ISKA 3EKVA 5P8GA 5P3WA 2HB4A 5P0NA 2QI7A 2PH6A 4DJVA 2ZHSA 3VYDA 3OADA 5P1CA 5P7RA 3L5DA 1LF3A 3S85A 3MSLA 4FAFA 3Q6YA 4YOAA 2PK6A 5P5NA 5DR8A 1ME6A 3VF3A 4ZSRA 1QBTA 5P1WA 1LS5A 1XN3A 5P1EA 1IZEA 2O40A 1F34A 2ZHVA 4Q1XA 1OEXA 5P1BA 5P2JA 2UPJA 5P4TA 3ER3E 2SAMA 5P7BA 5C9FA 3UDPA 3WB5A 1HVHA 5P5OA 4NJSA 5P73A 1A9MA 2O4NA 2QMFA 4GJ9A 5P6VA 3CYWA 5P0UA 3I8WA 5P5XA 5HDXA 3HW1A 4EPJA 2B8VA 6UPJA 5P1HA 3PSGA 5P4MA 4FM8A 1UH9A 1SBGA 5KQYA 4FRSA 5KQZA 5P5DA 5P04A 2AVQA 4B70A 2AOEA 1ZSRA 2Q15A 5P4VA 4RYCA 1J71A 3U7SA 5F00A 5IVSA 4Y5MA 5P7WA 1FQ4A 5P03A 5P0EA 4YD3A 5HU1A 2G21A 4J55A 3KA2A 5P4HA 2Q54A 3KFSA 5P0RA 1M0BA 5P1FA 3ZKSA 1D4HA 2RENA 1XL2A 4YOBA 5P3OA 3L38A 5P77A 5OZZA 3FIVA 4Y41A 2QZWA 5P36A 3BVAA 1WBMA 4J1HA 2PWRA 3PSUA 4ZPEA 1BBSA 5E5KA 5OYYA 4Y9WA 5P5UA 2QHYA 2APRA 2R5QA 2VKMA 1GVVA 5DR1A 4B05A 5P7UA 5HDZA 5P3FA 5P4KA 1DP5A 4EHCA 1HSGA 3HVGA 2VNNA 3VF5A 5P0HA 4J0VA 3FSMA 4TVHA 4GJCA 5P8EA 5P18A 1K6PA 4OC6A 3LIVA 5P2WA 5IVQA 4DJOA 5COOA 4EP3A 4Y58A 2QMDA 4I0DA 3UQXA 3PWRA 2IKOA 3UQRA 6FIVA 5P5IA 1HSIA 1QBUA 5P8PA 5P6UA 5P38A 3FNSA 4Y5LA 4BFBA 4HDBA 2ZJJA 5P63A 1HRNA 5P3ZA 3LPJA 4DUSA 5AHAA 5P5MA 1EPME 4ER1E 1HIIA 2QZXA 5P81A 2XYEA 2ZJMA 5KQFA 3EC0A 4HA5A 2RKGA 3LIQA 1NPAA 5P41A 3SQFA 5P7KA 1ZPAA 1FLHA 3EL4A 3DV5A 2QI1A 2VS2A 2QMPA 2QI3A 4B1EA 2VNMA 2OHSA 4TRZA 2QU2A 3S43A 4OD9A 1E80E 4HDFA 3HDKA 4Y3NA 1HEGE 2I0DA 3G6ZA 5P2SA 3QPJA 5P78A 3PLDA 1DMPA 2RMPA 5P8MA 5P8RA 1NPWA 1ZLFA 4FLGA 4WTUA 2VIZA 3BUGA 3TPLA 3WZ6A 1HPXA 4OBFA 4B72A 2BPYA 4J17A 5P6XA 1HSHA 3UF3A 5P3BA 2ZGAA 5ER2E 5CONA 3PBZA 1BILA 5HCTA 2R3WA 4FRKA 5P8AA 3PRSA 5P75A 2XYFA 5P24A 2WF3A 2ZE1A 3BUHA 4Y35A 4CMSA 1TQFA 3NU9A 1OD1A 5P32A 1AJXA 2QD7A 3GGAA 1LYBA 3PGIA 2OHNA 3OHHA 4EWOA 3SA7A 4Y4BA 1MT8A 1IZIA 3INDA 3LPKA 4EYRA 4H3FA 4J1IA 3EL5A 1K2CA 5OZRA 2IKUA 1ZPKA 3QRSA 1YX9A 1HVLA 1ODWA 3OAGB 1AM5A 4MC1A 3VLAA 2I4QA 3QN8A 2A1EA 3Q5HA 5P1AA 4XXSA 2QP8A 3INEA 4GJAA 3VCMA 3LPIA 4OBKA 2F3EA 4LBTA 1TSQA 5P2AA 5BRYA 2V13A 1LZQA 1QBRA 2JJJA 3CKPA 1MPPA 3KFNA 5P1UA 1HTRB 3VSXA 3ZKMA 2WJOA 3S8IA 5P8JA 1LYWA 3TKWA 2EWYA 5P47A 5P4AA 2G1YA 4Y3AA 4Y53A 5I3VA 2WF4A 1HVJA 5OZOA 5P65A 4R8YA 1PROA 3L5BA 5P6MA 4Y3QA 5P55A 3GGVA 2OHQA 1HVRA 1FMXA 5P44A 2I0AA 3LZYA 4Q1WA 2QCIA 2NNKA 1D4IA 5P2EA 4ZSMA 2ER7E 5P0OA 5P7QA 5PEPA 8HVPA 5P28A 5COPA 1K6VA 4XX4A 3OK9A 1GVXA 2AZ8A 5P0VA 5P5VA 5KR1A 4R91A 4QJAA 2JXRA 1QDMA 1B11A 2G1SA 5DR4A 5P5PA 3R1GB 5P0MA 3KYRA 5P0ZA 3QRMA 1BV7A 3HAWA 5C9BA 4D89A 4GYEA 3KDCA 4E43A 2WKZA 3TOFA 2G69A 1MESA 2PSGA 3RSXA 2OHUA 3LIXA 5P2BA 3UFNA 6APRE 4X7IA 5HDVA 5P2TA 3RVIA 4BFDA 2ASIA 3PCZA 5P1KA 5ISJA 2P3BB 5DQ4A 5P7DA 4Q5MA 1K1UA 3TOGA 5P7ZA 5OZSA 5OYUA 4YD5A 2FNSA 3NU6A 1TCXA 3G70A 2JE4A 3UDHA 3OQAA 1BWBA 2P83A 3PB5A 4I0FA 3O9GA 5P3QA 5P71A 3SA3A 2HC0A 1Q9PA 4GJDA 3T3CA 5OZDA 4Y3SA 5P2OA 3TNEA 3SKFA 4L7JA 1FQXA 1AIDA 3L58A 2FNTA 3NDWA 2AIDA 5COKA 2QAKA 5P3IA 4U8WA 1A8GA 2G1RA 2IS0A 5P8CA 1RQ9A 5P84A 3RTHA 5P6WA 3U6AA 2HPEA 4JPEA 1FFIC 1MTRA 1SIVA 1ZP8A 2BKSA 5P2VA 1N49A 2WL0A 5OZ6A 1MSMA 4Y5AA 5P16A 4NPUA 3VFAA 4J1KA 2VA5A 2AZ9A 2V12C 4YE3A 3ZPSA 3OTSA 3NXNA 5AH7A 5P13A 1KJHA 3EXOA 4PEPA 4OBGA 3L3AA 1M43A 3OUCA 5P7LA 3PSYA 4GJBA 4D88A 4YA8A 5OZHA 4LP9A 4Y4AA 1XE6A 1W50A 5P1XA 3FNUA 3BXSA 4L1AB 4ACUA 2R43A 3VSWA 4AUCA 5P4UA 3OOZA 3DK1A 3K1WA 1LF2A 2PWCA 3OUAA 5OZKA 1ZSFA 3PJ6A 5P1QA 4CPXA 2HM1A 5OZPA 5OZEA 1MVPA 1SIPA 3DCKA 5P0KA 4HZTA 5P3TA 5P22A 1BDQA 2CEJA 4Y4WA 1BXQA 1AJVA 3I7EA 3TOHA 2NPHA 1HPVA 2WHHA 3UHLA 1GVTA 1HVCA 5P01A 3OQFA 4FGXA 4FM6A 1K1TA 3VYFA 5IVTA 2OHPA 3CIBA 2QU3A 3PVKA 5I3XA 4DQEA 3D1ZA 4GZFA 3KDBA 5OZJA 1B5FA 5P5HA 4AA9A 2VIYA 3EKYA 1PFZA 1UH8A 1T3RA 3BGCA 3NWQA 3OU1B 1LYAA 3OTYA 4L6BA 2NTRA 5OYQA 5P82A 1SP5A 3MXDA 1IVPA 3INHA 5OZAA 2R9BA 3UDJA 4I10A 4RGHA 3TKGA 5HVPA 5KAOA 5OZYA 3K4VA 4FSLA 1QBSA 3EKXA 3ER5E 4Y4TA 4FCOA 3RSVA 3VF7A 3EMYA 4GB2A 3DV1A 2NXDA 3KN0A 4OBZB 4K4PA 1YM4A 4DFGA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2N A;  3GGU A;  5T4S A;  1T7J A;  5P2M A;  4J1F A;  2QHZ A;  7HVP A;  2H6T A;  1EC3 A;  2J9K A;  4CPW A;  1IZD A;  4Y3W A;  4QGI A;  2FGU A;  3WB4 A;  1APV E;  5BWY A;  4CPR A;  3A2O A;  3QIH A;  4DVF A;  5P0B A;  3QRV A;  1FQ8 A;  3UQP A;  2G20 A;  5SY2 A;  1FIV A;  4Y3Y A;  4RVX A;  1DW6 C;  1HTE A;  3S7M A;  4ER4 E;  2OHL A;  1LYW B;  5OZ1 A;  3KT5 A;  2AZC A;  1APU E;  4TVG A;  4OBH A;  1IZH A;  5P56 A;  5P7G A;  1APW E;  5P7E A;  3LIY A;  4I11 A;  5HU0 A;  3JVY A;  5P7V A;  3OGQ A;  5P51 A;  5P4J A;  1HVK A;  2V10 C;  4J1E A;  3AUP A;  5P7N A;  1DPJ A;  2WEC A;  4CPQ A;  1MIQ A;  4QJ2 A;  5P0F A;  3R0W A;  5ENM A;  3SAC A;  4L1A A;  2QZK A;  3FV3 A;  4ZPF A;  4Q1Y A;  5P8O A;  3DCR A;  1IDA A;  2ZJH A;  4MC2 A;  5P59 A;  5DR7 A;  1EAG A;  1SGZ A;  1D4S A;  5HE7 A;  2VA6 A;  5P6N A;  4X2L A;  5P69 A;  4PPH A;  5P8T A;  4H3I A;  4RYG A;  1T7K A;  4Y3L A;  4Y4E A;  3KDD A;  5P3P A;  4EQ0 A;  2ZHU A;  1YT9 A;  3EL9 A;  2I4D A;  5P2X A;  3TPJ A;  4RVI A;  3KFP A;  4Y5P A;  5P42 A;  2G22 A;  2PSU A;  4Y3T A;  4D83 A;  5P6S A;  3EM4 A;  4I0J A;  5C9D A;  3URL A;  1T6G A;  3CKT A;  1HIH A;  5DR0 A;  4GJ6 A;  5P2G A;  1YM2 A;  2ER9 E;  3UQU A;  4Y39 A;  4IVS A;  3PHV A;  2NXM A;  5P4Y A;  3EM6 A;  1RNE A;  4IVT A;  3S45 A;  5HCO A;  5P5G A;  5OZ7 A;  2Q3K A;  5P02 A;  3OU1 A;  5P0T A;  2MIP A;  1HPO A;  1YG9 A;  5P52 A;  5P1L A;  2IDW A;  3KFR A;  5P8S A;  4DQG A;  4EP2 A;  3LIN A;  1W6H A;  3T7P A;  2I4W A;  5P64 A;  2BJU A;  2BPZ A;  3O9E A;  3GI4 A;  4YBI A;  4JP9 A;  4PHV A;  3NDT A;  5P7F A;  3D1Y A;  5P6T A;  4LC7 A;  4NJV A;  4M8Y A;  4DI2 A;  2J9J B;  4I1C A;  4OBZ A;  1G2K A;  3TLH A;  3IA9 A;  3L5F A;  5P11 A;  3U71 A;  3I2L A;  2F3F A;  3D20 A;  4R93 A;  5P2U A;  4S1G A;  3NU5 A;  1D4L A;  5P5C A;  5P6Z A;  3VV8 A;  1ZTZ A;  2G24 A;  1CZI E;  3URI A;  5P6J A;  2PH8 A;  4FM7 A;  3NUJ A;  5P83 A;  5P0X A;  2IEN A;  3WZ7 A;  4Z22 A;  1W51 A;  1KZK A;  5P6K A;  5P37 A;  3UQW A;  1EED P;  4EQJ A;  4ZLS A;  3IN3 A;  4DJW A;  1FF0 C;  4Y47 A;  4Y37 A;  4ACX A;  3OHF A;  3DM6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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