5DR7A

Endothiapepsin in complex with fragment 311
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5dr7A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5dr7A01
3WSJA 1FFIC 5P6AA 3SABA 4FRSA 5P37A 4NKKA 4RCDA 4R5NA 2FNSA 5P6XA 1GVUA 3TOFA 5P20A 3S2OA 5P61A 4KUPA 5P4NA 5P7TA 2FDPA 2VJ7A 1MEUA 5SZ9A 2WHHA 5COKA 1HWRA 1EPQE 3NU9A 2BPWA 5HTZA 5J25A 2ZJKA 3OU4B 5AH7A 5P5IA 2HM1A 4CPTA 5P5SA 1HIHA 3IVHA 4K9HA 4Y4BA 5P43A 4UPJA 3L58A 3I8WA 5P79A 4RCEA 5P0DA 4YOAA 3M9FA 5DR7A 3K5DA 5P4GA 4Q1WA 1EAGA 2Q5KA 2V16C 5P7SA 5P2GA 5P7KA 3TPPA 4Y45A 4R91A 5P7ZA 5P3YA 3FNSA 3AIDA 5KR0A 4DJRA 5P5CA 5P08A 3HBOA 5P7CA 1CPIA 2QD8A 4DI2A 4RRNA 3L59A 1ER8E 2P8HA 2NXDA 1LS5A 4ZE6A 2I4VA 4Y3PA 3OUDB 4A4QA 5IS4A 5ENKA 1HBVA 1EC3A 1HEGE 5DR1A 4NJTA 2CEJA 5P5LA 4DQHA 1BVEA 4QGIA 3O9LA 4Y43A 2BPYA 1HTGA 2R5QA 5KR2A 2QNPA 3TLHA 5P3IA 2ER0E 3OGQA 2QI5A 5HDZA 3I6OA 2P4JA 1LYBB 2O40A 5OYYA 3BC4A 2ZJMA 4FCOA 1XDHA 5OZHA 1K6VA 5P48A 3LPKA 5P2IA 4ER4E 4KB9A 1LYWB 3OU1B 5P2KA 3GGAA 3IXOA 5P64A 4OC6B 1T6EX 2IDWA 5IVRA 1QS8A 5HDUA 4YE3A 1W50A 1GVXA 3T6IA 5IVSA 4QJ6A 4BELA 3ST5A 3DUYA 5P28A 2HPEA 2APRA 1IZEA 5P36A 5T4SA 4EQJA 9HVPA 4M8YA 5P68A 4CPUA 4QJ2A 2O4SA 3VUCA 3JVYA 4I0IA 4RVXA 5P5FA 1FGCC 4HA5A 5DQ5A 2ER6E 4Y3TA 3VYEA 5AHCA 3EL0A 4Z4XA 1LF2A 1C70A 4LP9A 6APRE 3OADA 5P1TA 3NWXA 4Y3EA 4RZ1A 1C6XA 3QVIA 2QD7A 3OHFA 3UDKA 2FXEA 3KDBA 4Y35A 3HAWA 4DUSA 1FQ8A 5P1PA 4R95A 4FL8A 1T3RA 1MIQA 4BFBA 3ZPTA 2ZJHA 3R0YA 3LZSA 5P2XA 5P0CA 3CKPA 4HDFA 4HDPA 2BKTA 4J1KA 1HPVA 3RTHA 4B00A 3PBZA 5P6HA 5P78A 1C6YA 3SKFA 5ISJA 5I3XA 5P1YA 5DR8A 4Y3MA 1D4IA 4Y4XA 1E80E 2G21A 5IE1A 5P3DA 4Q1YA 3S54A 2CENA 3G72A 1XN3A 4CPSA 5P6NA 2QNNA 4TRWA 1AXAA 1W5WA 5F01A 1YTHA 3VFAA 5P03A 3UQRA 2ZJNA 1YG9A 1BWBA 4D88A 4Y6MA 3UPJA 3TPRA 2IS0A 1U8GA 2Q54A 1D4YA 5OZNA 5P4ZA 3BVAA 2F3KA 5OZOA 3CYXA 4QJ8A 3VG1A 5P5KA 1RNEA 5P82A 1BDQA 5P67A 3H5BA 2WECA 4Y5LA 5AGZA 4GJ9A 3O9AA 2O4NA 4FS4A 5OYVA 5SXNA 3MSJA 5DQ1A 4Y58A 2AIDA 8HVPA 3INDA 1B5FB 4FGXA 4LBTA 3DV1A 3WZ6A 1BV7A 3PSYA 4J1IA 5P46A 2IEOA 1TW7A 3KMYA 2P3DA 5P55A 2XFIA 3PSUA 5P04A 5P0JA 3I2LA 4S1GA 3KMXA 5P4UA 5P2HA 3SLZA 3VLBA 3HW1A 4QJ7A 4PEPA 3CMSA 4FM8A 1TCWA 5OYUA 3GW5A 3VF7A 2HIZA 4RROA 1SIVA 4DJWA 3K4VC 3L38A 4Y4AA 2VA7A 2VJ9A 3OU4A 4Y4UA 5P7LA 5P6RA 5P1MA 1KJ7A 1SBGA 4L7GA 4QJ9A 3PVKA 4I0FA 5OZTA 3ZKIA 5P19A 5P85A 4JPCA 1FQ4A 5P8JA 2ZDZA 3S53A 4GMIA 2ASIA 2F3FA 5P89A 5P8RA 5P2MA 5P7DA 5P5EA 3TKWA 1AVFA 5OZYA 3OUCA 3OY4A 3NDTA 3R4BA 5HCTA 3EMYA 1OEXA 2WEAA 4Y3JA 4FSEA 3EL1A 5P1GA 4J55A 5P52A 3OUDA 1EPNE 2XFJA 2AZ8A 1PFZA 1GKTA 2G1NA 4DQBA 1G6LA 5OZ4A 3R2FA 1UH7A 4Y3YA 2ZJJA 3JW2A 3O9BA 1Z8CA 4Y39A 1Z1RA 3D20A 4ZIPA 1LYBA 3UDRA 1AM5A 5P7FA 4Y4JA 1EBZA 1FG8C 4Y4GA 2PWRA 3TPJA 4J0YA 4MC1A 5B18A 5P3WA 1LYWA 3OU1A 3PWWA 3WZ7A 4Y44A 4OC6A 3VYFA 4CP7A 1SGUA 5P6DA 2HPFA 4EWOA 2G1RA 5OZSA 4DJQA 3ZPSA 3U71A 1B6PA 4YD6A 4Y54A 1OHRA 5P1UA 2OHQA 5P7JA 1MUIA 4TRZA 3FSMA 5P2UA 3EL9A 4I0EA 4H1EA 5P84A 1A9MA 1APUE 5P8VA 5P13A 5HU1A 1SP5A 4RVJA 5P6GA 5P4WA 4Y5PA 5P7AA 2IQGA 3PB5A 4JPEA 2AOCA 5OZ5A 5OZMA 3OUBA 4R93A 5P87A 1EC0A 2WF4A 5P35A 4Y3DA 3PWRA 2H6TA 3VYDA 2NXLA 4AUCA 3UQUA 2ER7E 5P4DA 3UDHA 3D1XA 5P2WA 5HE7A 2F3EA 2PMAA 4D89A 3S43B 3UF3A 1EPOE 4Q5MA 5HE4A 4B1EA 5AH8A 4FM6A 5P3TA 4DQFA 3T7QA 3K1WA 3KFRA 1W6IA 3BXSA 3S45A 5P7YA 1BAIA 2V10C 4QLHA 1TZSA 5P6JA 2HB2A 5P5TA 5ISKA 3GI5A 2QMFA 3EM3A 5P8BA 4EXGA 1T7IA 3IN3A 2J9JB 4Y5MA 1ZPKA 5P51A 4U7QA 3DV5A 4AA9A 1AJXA 2AVQA 2R38A 3PI0A 4ZPFA 5P0EA 4OBDA 2IKOA 3FKTA 3GGVA 1G35A 3SPKA 5P4FA 4Y5NA 4HDBA 2UY0A 5P5GA 5DGUA 2FS4A 3VSXA 1FMBA 5P75A 5P4TA 2G1SA 2B7FA 1PPKE 4GIDA 2V0ZC 1FKNA 3H0BA 1EC1A 1G0VA 3LIQA 4OBZB 1J71A 5OYSA 5P73A 2PH6A 4DJOA 2HS2A 1T7KA 3TL9A 3IA9A 4Y3ZA 5P60A 1WKRA 5P6SA 5P76A 5P0UA 2PYNA 5P1AA 5KR8A 1NH0A 1IBQA 1LYAB 1DW6C 3R1GB 2BBBA 3EXOA 4WY1A 3MSKA 1UH9A 1B5FA 1CZIE 2NR6A 3LPJA 4OBGA 3D91A 5HDXA 4YOBA 2AOIA 3C9XA 4Y36A 5EZXA 2P3CA 3D3TA 1XS7D 4COEA 1HTEA 5P1HA 3EL5A 1SDUA 3OWNA 2BJUA 4N00A 1SDVA 3O9CA 4LXKA 3G70A 3ZKMA 1EEDP 5P49A 3CIBA 5P7IA 1EBKC 5AH9A 3BUFA 1NSOA 2NNKA 5OZLA 1E5OE 2QP8A 3ZMGA 4Y3WA 4B70A 3CIDA 2QHYA 1LEEA 5OZ2A 5P1KA 3OQAA 3IGBA 5P2DA 1JLDA 3UDPA 3O9DA 4ZEAA 1SMEA 2G24A 4AA8A 5DQ2A 5P3ZA 1D4LA 3T7PA 3INEA 2G22A 1QBSA 5P58A 1Z1HA 4PHVA 5OZJA 1B6MA 5P7MA 4JECA 3IXJA 5OZ6A 4GJBA 4MC2A 4XXSA 5P8QA 5OZGA 5OZPA 5P0WA 4FRJA 2VIYA 2QI1A 3LZYA 2PSGA 1IDBA 1HPOA 5OYWA 2I1AA 4ACUA 3IXKA 5P3EA 3K5CA 1D4KA 5P2QA 5P3GA 4K4QA 1HOSA 2XYFA 3TOGA 1PROA 5P11A 3TKGA 1TSUA 5P5ZA 3NYGA 3SA4A 3RU1A 5P0FA 1EPLE 5P6ZA 5P2EA 4YD7A 3DM6A 4Q1NA 4I0ZA 2AODA 3GGUA 4Y3NA 5P50A 3NU5A 3ZPUA 3G6ZA 3PI5A 5P5OA 5P0AA 2VNNA 5P2ZA 4BEKA 1ZBGA 4J0TA 3VFBA 3KFNA 4Y51A 5I3VA 2FGVA 3HVGA 2JYSA 5P0MA 4CKUA 5P5HA 4ER1E 1KJFA 3MXEA 5P1DA 5P7QA 2OHRA 2FGUA 5P29A 5P45A 3I7EA 5P1RA 5P53A 4CPXA 4GJ7A 5P54A 3TOHA 2I4DA 1KJGA 3BXRA 1DMPA 5P22A 4I0JA 5P2FA 2FLEA 1AJVA 5P65A 5OZDA 3Q5HA 3ZOVA 2F80A 4FAFA 2I0DA 1B11A 4I10A 1HIIA 3NXEA 1MT7A 4Y5EA 1N49A 5OZ1A 3NWQA 1BBSA 3OOTA 5OZQA 1RL8A 5DQ4A 4JOOA 4Y3XA 5P8IA 3B7VA 1HTFA 4Q1XA 1HVRA 2XYEA 3NDUA 1XE5A 5P70A 5PEPA 2VNMA 5SY2A 2ZHTA 1HVKA 1M4HA 5HCOA 3S7MA 3DOXA 3LIZA 5P2CA 3EKWA 5P24A 4MC6A 5P5BA 5P2AA 5P6CA 3NLSA 2G94A 5KAOA 3OU3A 5P2JA 4X7IA 3NU3A 1YTJA 5P0OA 3NDXA 3QS1A 4E43A 4U7VA 4GJ6A 4YCKA 2I4XA 4IVTA 5P34A 5OZ3A 4DFGA 3SA6A 3S8IA 4MC9A 5P3MA 3EKQA 4DH6A 3LZVA 3WB4A 5OZ7A 3LITA 2RMPA 5JG1A 3PHVA 2JJJA 4IVSA 2J9JA 1FIVA 3PEPA 1PPLE 1GNMA 3VV6A 3B80A 4AMTA 5P1WA 5I3WA 5P3UA 3OQFA 3OQ7A 5P4BA 4LXAA 5OZBA 4F76A 2AVVA 2B7ZA 3ZL7A 3UDJA 4EP2A 3CKRA 1EPME 5ER1E 3EBZA 1ZSFA 5P2TA 4J17A 5P74A 2IRZA 5P8MA 1WBMA 2WF1A 2WEDA 5P6PA 1QBRA 5EZZA 4OBZA 1BDLA 3L5BA 4YD5A 4RRSA 5P0TA 3WB5A 3OUAA 1MTBA 3ZKQA 5P0YA 3T7XA 4K8SA 5P01A 5P3KA 7UPJA 5E5JA 3S56A 3OOZA 1LYAA 4A6CA 4OBJA 7HVPA 2ZGAA 2QNQA 1DPJA 5C9DA 3QVCA 4FM7A 5OZWA 3SFCA 5OZFA 2BPZA 1C6ZA 5OZXA 1B6KA 1D4JA 2OHNA 5AH6A 4B1DA 4Z2ZA 5ENMA 1MPPA 4CPQA 4APRE 4RYGA 3PM4A 2BB9A 2NPHA 2R8NA 4H3GA 4WTUA 3K4VA 1HVHA 3URIA 3INFA 1QBTA 5OZEA 1HSHA 3BGBA 3KF0A 3PRSA 4J1FA 4DPFA 3EM6A 4Y3HA 1FMUA 3QRSA 2F81A 4I8WA 2IGXA 2QMDA 5P4CA 1ZJ7A 2CEMA 4Y5GA 2I4UA 5P57A 5P4OA 5P7BA 5IVTA 1TQFA 1EPRE 5OZZA 2QZWA 2QK5A 3LNKA 3VLAA 2F8GA 3O9EA 3Q6YA 3HD8A 2O4PA 5KOSA 3SA3A 2IL2A 5P88A 1OEWA 4HZTA 5P3JA 1YT9A 3OXWA 1NPAA 2IKUA 5P4VA 5P0RA 1W51A 2Q63A 4LXMA 3BUHA 3OXCA 2Z4OA 5P39A 5UPJA 4H3FA 2VIJA 3QBFA 1VIJA 1MSNA 4GB2A 1EBWA 1HIVA 5P5DA 2QZLA 1YM2A 4GJ8A 5P5XA 3I25A 5P0LA 1DP5A 1HHPA 2V12C 3LZUA 4Y4ZA 1GVWA 2HAHA 4YHQA 2XFKA 5JODA 1FQ5A 2WF3A 2WEBA 3TNEA 4CPRA 5P7VA 2A1EA 1IVQA 4HLAA 3KFPA 1ENTE 1NPVA 5P2LA 2AOJA 4DQEA 5OZCA 1PSOE 2QZKA 3ZKXA 2HS1A 3NR6A 5P5UA 1ZLFA 2PC0A 1QDMA 1FMXA 3QP0A 3BUGA 5DR3A 1FQ6A 5P4SA 5C9FA 3DCKA 2ZHVA 5JFPA 3PSGA 2JJIA 3ECGA 2BPXA 5OYTA 5P56A 3CICA 3QROA 2QCIA 3BGCA 5P1NA 4L1AB 1MT8A 4ZSRA 2Q11A 1SIPA 5HE5A 5P2OA 1F7AA 5P3RA 5P0HA 3SM1A 3LPIA 5P05A 5P69A 2QZXA 5P4XA 5KOQA 5P7NA 4DJUA 3KDCA 5P5WA 1FG6C 4Y9WA 4B1CA 5P3PA 4LHHA 4I8ZA 5KR1A 4HVPA 3GI4A 3PLDA 4I1CA 5AHAA 4Y38A 1BVGA 5BS4A 4K4PA 3TPLA 5P1IA 2AVMA 4NJUA 3UDMA 5OZIA 2OHSA 4DQCA 1LF4A 5P4HA 1A8GA 2PSUA 5P17A 5P4EA 4CPWA 1OD1A 1PPME 5P32A 4DJYA 1APWE 4FSLA 2J9KA 4Y3AA 5P42A 1K2BA 2G20A 3SACA 1MERA 3EC0A 3FNTA 2QU3A 5BRYA 1W5YA 5OZ0A 3L5DA 4OD9B 3OXXA 2B8LA 1K1TA 2NMYA 3ER5E 3UQWA 4LAPA 1FB7A 4NJSA 2RKFA 1ZP8A 4XX3A 1BIMA 1B6LA 5DGWA 1HPSA 2IENA 4J0VA 4EPJA 1LZQA 5P1EA 1ZTZA 3SM2A 4GJDA 4J54A 2R43A 5P14A 4OBHA 3L3AA 5OYRA 3NU6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WSJ A;  1FFI C;  5P6A A;  3SAB A;  4FRS A;  5P37 A;  4NKK A;  4RCD A;  4R5N A;  2FNS A;  5P6X A;  1GVU A;  3TOF A;  5P20 A;  3S2O A;  5P61 A;  4KUP A;  5P4N A;  5P7T A;  2FDP A;  2VJ7 A;  1MEU A;  5SZ9 A;  2WHH A;  5COK A;  1HWR A;  1EPQ E;  3NU9 A;  2BPW A;  5HTZ A;  5J25 A;  2ZJK A;  3OU4 B;  5AH7 A;  5P5I A;  2HM1 A;  4CPT A;  5P5S A;  1HIH A;  3IVH A;  4K9H A;  4Y4B A;  5P43 A;  4UPJ A;  3L58 A;  3I8W A;  5P79 A;  4RCE A;  5P0D A;  4YOA A;  3M9F A;  5DR7 A;  3K5D A;  5P4G A;  4Q1W A;  1EAG A;  2Q5K A;  2V16 C;  5P7S A;  5P2G A;  5P7K A;  3TPP A;  4Y45 A;  4R91 A;  5P7Z A;  5P3Y A;  3FNS A;  3AID A;  5KR0 A;  4DJR A;  5P5C A;  5P08 A;  3HBO A;  5P7C A;  1CPI A;  2QD8 A;  4DI2 A;  4RRN A;  3L59 A;  1ER8 E;  2P8H A;  2NXD A;  1LS5 A;  4ZE6 A;  2I4V A;  4Y3P A;  3OUD B;  4A4Q A;  5IS4 A;  5ENK A;  1HBV A;  1EC3 A;  1HEG E;  5DR1 A;  4NJT A;  2CEJ A;  5P5L A;  4DQH A;  1BVE A;  4QGI A;  3O9L A;  4Y43 A;  2BPY A;  1HTG A;  2R5Q A;  5KR2 A;  2QNP A;  3TLH A;  5P3I A;  2ER0 E;  3OGQ A;  2QI5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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