5E5JA

Joint x-ray/neutron structure of hiv-1 protease triple mutant (v32i,i47v,v82i) with darunavir at ph 6.0
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTIIEEMSLPGRWKPKMVGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPINIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Long-Range Electrostatics-Induced Two-Proton Transfer Captured by Neutron Crystallography in an Enzyme Catalytic Site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5e5jA00
4HLAA 3S43B 2QHYA 5COPA 3EKQA 4AA8A 1OEWA 1MEUA 1IBQA 2G27A 2F80A 5P2FA 1E82E 5P2IA 2F3KA 1FLHA 2H6TA 3KDCA 1BXOA 4CPTA 1U8GA 5P20A 4Z4XA 4Y3DA 2ZHUA 4YCYA 2V11C 3SFCA 2HS1A 5OZKA 3PBDA 3QI1A 5P1FA 5P16A 5OZJA 2A1EA 3SACA 2P4JA 3CKTA 2AOGA 2UY0A 3VYFA 5P8KA 5P5GA 2AOEA 4LBTA 5P3LA 3OADA 1BVGA 1UH7A 4FM6A 4B1EA 3S45A 3CIBA 4Y5KA 3EL0A 6FIVA 5P89A 1EBWA 4PPHA 1MESA 5P0EA 3B7VA 1EEDP 5P0YA 4I0JA 5DR8A 5P85A 3IGBA 4J17A 3EKTA 5P33A 2F8GA 4EHCA 3S43A 1UPJA 1G6LA 4L1AB 5P69A 5P1HA 3TKGA 4H1EA 1APVE 1LYWB 1FG6C 5HE5A 1YT9A 3D91A 4LHHA 5P46A 4Y58A 5P6GA 3K5GA 4RRSA 3S8IA 3RU1A 3QVCA 1HVRA 2QD6A 1BVEA 1E5OE 1K6TA 1SP5A 3G72A 1BDLA 1HVKA 3DV1A 3LPKA 3SO9A 3OQFA 4Y56A 3LIYA 4EWOA 4DJVA 1CMSA 5P0JA 3AIDA 1LZQA 5P67A 2FGUA 3ZPTA 3GI5A 1HTGA 1ENTE 3EL4A 3NDUA 1DPJA 3LZYA 5P5HA 3OU1B 2Z4OA 5P2EA 3UQPA 5P1CA 4NJVA 1TCWA 5P2MA 4RCEA 4K4QA 4KB9A 4H3IA 3UDRA 4OBKA 3BGCA 5P4EA 5ENKA 5T4SA 3VCMA 5P4PA 1E81E 4Y5BA 4DQHA 3TOGA 4RLDA 2ER6E 4GJ5A 1HPOA 4OC6B 5KQXA 4YBIA 4HA5A 2P3BB 5P7SA 1A30A 1XN3A 3PWRA 3RTHA 5P0AA 3L3AA 5P38A 5P5IA 2FDPA 3QP0A 1SIPA 4CKUA 5P7HA 3NWXA 1B6MA 2PK6A 5P3ZA 3NYGA 1IDBA 4Y37A 3ZOVA 4ZE6A 3PCZA 4JECA 5P10A 3BXSA 1PFZA 3U7SA 2I0AA 2AIDA 3GGAA 4OBZB 2B8VA 4CPRA 1FGCC 5P8DA 3NDXA 2QU3A 2WEDA 4Y53A 5P2JA 5P72A 3MSKA 2RKGA 2HAHA 5P23A 5P1UA 1HOSA 4CPQA 5P4VA 1PSOE 5P00A 4YCTA 1W6IA 3ZPSA 2NTRA 5P7DA 4NJTA 3PGIA 5OZUA 5P4BA 4D88A 5P18A 2RMPA 3Q3TA 4KUPA 4DQBA 2HB2A 5OZQA 5P6YA 1VIKA 1FQ5A 3KMXA 4EP3A 5HTZA 4PZWA 5DQ4A 1YTJA 5P49A 4LP9A 5P75A 4Y3YA 2FGVA 1DW6C 3JW2A 1W50A 1F7AA 4APRE 2NR6A 4BEKA 4Y5EA 2G21A 2ZE1A 4OBJA 4HDPA 5OYTA 5OZYA 2PSUA 5CONA 5P0CA 5OZ7A 4Y51A 3O9HA 1MTRA 2O4SA 4Y3QA 4Y3XA 2OHTA 3D1ZA 2WF2A 4EJ8A 2J9JA 1MERA 3G6ZA 1Q9PA 1MSMA 3O9IA 3PWMA 3UQUA 5P1BA 2VIZA 2HS2A 5P7GA 3SA3A 2BPXA 3T7PA 4Q1NA 4D89A 5DPZA 2VJ7A 3O9DA 3TPPA 5OZLA 4LXKA 5I3YA 3GGUA 1HVCA 2OHKA 2Q63A 5P55A 1BAIA 2ER7E 1W5XA 4Y39A 5OYSA 1HHPA 1B6PA 5P1WA 4RYCA 2R5PA 3O9GA 5P5OA 4QJ7A 2FDEA 4DJWA 4RZ1A 4TVGA 5HVPA 5P5ZA 4I11A 4DH6A 3SA5A 4YDFA 5P3OA 2AODA 1MRWA 3U6AA 3UFLA 3BRAA 5OZCA 4RVXA 3UDMA 4J1CA 3OGPA 1SDUA 2Q55A 3NU6A 1AZ5A 5P41A 4QJ6A 3RVIA 2R38A 3IXKA 3S56A 2QI7A 4HDFA 4CPUA 4DJUA 2R5QA 2VNMA 3NDWA 4B1CA 5DQ1A 2ANLA 5P8FA 1QRPE 3CMSA 1W5YA 4Y4ZA 3CYXA 5HE4A 1Z1RA 5P8UA 3OUCA 5P1OA 3BC4A 4BELA 3OK9A 1W5VA 2JXRA 3L59A 5P1DA 5P6EA 3M9FA 3OOTA 3PI0A 4Z2ZA 4FSEA 5P43A 4DJYA 1AVFA 3IN3A 2AOJA 3KFRA 5OZSA 5P5RA 4D85A 4AMTA 1BV9A 4KE1A 3WZ8A 3TOHA 2BQVA 3WZ7A 5HDXA 3SPKA 5P4IA 1IDAA 5C9FA 3BVBA 3BUHA 5P4CA 3FSMA 3ZKSA 1IZIA 3IA9A 5OZ6A 3OTYA 4Q1WA 2QI4A 4Y4GA 2OHSA 4X7IA 4NPUA 7HVPA 5P8VA 1LYAA 1YTIA 1IVQA 5P8GA 2JYSA 4JPCA 1MT7A 2BKSA 4DPIA 5OZ4A 5P4FA 5OZ0A 5P2LA 5IS4A 4QJ8A 5P7IA 2HB4A 4Y4JA 1UH9A 4Y3TA 2G94A 5TOLA 5P2KA 1HPSA 5P7KA 4OD9A 2ZJKA 1K2CA 2QMDA 5P0LA 5IVSA 5P3YA 3L5DA 5P8LA 2AOFA 5P2RA 3INDA 5P3FA 4ZLSA 7UPJA 1EPLE 1GVWA 4I10A 1GNNA 3O99A 1MT8A 2WL0A 4R5NA 1QS8A 5P6ZA 4Y35A 5P73A 5P7RA 4Y5CA 3SA6A 5P2VA 3TLHA 3FKTA 4GJ7A 2O4KA 3I25A 4U7QA 4ZPGA 5P5UA 4F74A 5SY2A 3SABA 3WB5A 3EM4A 3PSYA 1G35A 4Y4EA 5P0KA 5P5BA 5IVQA 1BWBA 1FQ4A 9HVPA 4EXHA 3PB5A 2WECA 4AZYA 1BIMA 1HPVA 2ZJJA 1APUE 5P7TA 2PWRA 3URJA 4J1FA 1HSGA 2AVVA 1HXWA 1QDMA 2V0ZC 3GW5A 2G24A 5OZWA 2ASIA 4J1HA 2OHLA 1GKTA 1KZKA 4Q5MA 5P3GA 2PSVA 4Y3HA 4J1IA 4Y44A 5P3AA 5P8EA 3VUCA 5P63A 4Y54A 4KE0A 4F76A 1LYBA 5P7BA 2RENA 5P5SA 3TTPA 3NU9A 5P1ZA 5P53A 4GZFA 5P82A 4EJDA 2HC0A 5P6DA 3UQXA 3GI6A 1A9MA 3R4BA 3EXOA 5OZ8A 5P7PA 5P30A 4CPSA 1YTHA 2XFKA 4WTUA 5KR0A 5BRYA 5P12A 5P6PA 5P4QA 1DP5A 4R8YA 1YX9A 3O9EA 5P6TA 3ER5E 1ME6A 4Y3JA 3UDJA 3IXJA 2APRA 2ZHSA 5P8OA 4YOBA 3OADB 4A6BA 1KJ4A 4EPJA 4PZXA 4ER4E 5P7OA 5C9BA 5P1EA 5P7NA 3ER3E 4RCFA 5OZZA 3VF5A 5OZGA 2AZCA 3T11A 2I4WA 5P66A 3CIDA 2OF0A 2QMGA 3LINA 5P44A 3K5FA 1EPNE 3INEA 3FNUA 3CYWA 1HSIA 3GGXA 2PWCA 4Y3FA 4IVTA 5P4RA 5P0DA 5HD0A 5OZ2A 3S7MA 5P4AA 5P1KA 1HTEA 6APRE 4Y6MA 5AHCA 4NJUA 4JPEA 2AVOA 4GJ6A 2P3DA 5P3QA 1MRXA 5P81A 3EC0A 5P3MA 5P1SA 1NPWA 5P5AA 3UFNA 5F00A 1UH8A 1BDQA 5DQ2A 3ZKQA 5P4UA 3KT2A 2Q64A 3OXWA 4Y5MA 4YCKA 5P3DA 4HEGA 2I0DA 4U8WA 5P3BA 4FRSA 1D4JA 3BHEA 5P3EA 3IVHA 2VA7A 4GJDA 1KJGA 5P0IA 4B0QA 1RQ9A 4MC6A 3INFA 4Y3GA 1G2KA 3D20A 3LIQA 1B5FB 5P34A 3IVIA 1IZEA 5P61A 1D4HA 5AH7A 4L7JA 1HPXA 4Y3NA 5P0WA 4XXSA 2P3AA 1FQ7A 2QI5A 5P3KA 1OD1A 3LITA 5P51A 3TNEA 6UPJA 3FV3A 5SXNA 5P2NA 2VIJA 4OBGA 3SAAA 5P1GA 2XFIA 1K1TA 3HVGA 3PLDA 3JVWA 3L5EA 1QBTA 3T3CA 5P7EA 2FIVA 2OHMA 1ZSRA 1M4HA 5ER2E 5DGUA 4Y3MA 4RVIA 3K5CA 4F73A 2CENA 5P0HA 5OZ9A 1FMUA 4D83A 4J0TA 3CICA 2WF3A 3ZLQA 1XL2A 1ZPAA 3O9LA 3PSUA 3HAUA 5P0RA 4I0GA 1QBUA 3K4VA 5P1PA 1FFFC 5P6MA 1AM5A 1B5FA 2Q54A 1PPKE 1BILA 1D4KA 5P6UA 3K1WA 4DJRA 3QRMA 3NLSA 2QZXA 5P5MA 3UQRA 3QBHA 4H3GA 4FRIA 1JLDA 3OQDA 2NPHA 3HW1A 5P4LA 5P7JA 3FIVA 4I8WA 3PJ6A 1MUIA 1SBGA 4I8ZA 4M8XA 5P6BA 1FG8C 1D4YA 1HEFE 2VJ9A 3PM4A 3OUAA 5P78A 1ZSFA 3EKXA 1C6ZA 5IVRA 2FNTA 4ACXA 5OZNA 5P5FA 5P5DA 5P0OA 4D8CA 4Y48A 1FEJC 4EJLA 3KF0A 1A94A 5P6CA 1M43A 5P2QA 4K9HA 2AOHA 5DR7A 5P7VA 2J9JB 4NKKA 5P87A 2HPFA 3O9CA 3TPJA 4Y3ZA 2WKZA 5OYRA 3VEUA 4ZSMA 2G1RA 1ZP8A 2P83A 5P79A 5P7AA 3OUDB 5P8RA 3H5BA 2QZLA 5P14A 2QMPA 5P1TA 2RSPA 2EWYA 2O40A 1D4IA 2FMBA 3MWSA 3DOXA 4I0DA 5P8AA 2QHZA 1AIDA 5P5NA 3DM6A 2XYFA 2VKMA 3OQKA 3QAAA 5P17A 1EPME 1GNMA 5P0MA 4B77A 2V12C 4YBFA 5P60A 3EBZA 3OTSA 1EAGA 4B70A 4I0IA 5P3RA 1C6XA 1T7KA 5P5XA 2G1NA 4J0YA 4EXGA 3LZUA 3L38A 3NUJA 5P52A 2OHUA 5OZTA 1FMBA 5BS4A 5P32A 5P3SA 4Q1XA 5AHAA 5P2CA 3QVIA 5E5KA 4CPWA 3EKWA 2FDDA 1HTRB 4Y5AA 5P5LA 4HDBA 3I6OA 3NWQA 5P6OA 3NDTA 4ZIPA 2VIYA 3OGQA 4IVSA 5P4TA 3U71A 3OUDA 2IL2A 5OZIA 2RKFA 3D1YA 1TZSA 2WEZA 3FX5A 4HE9A 5P0PA 1A8KA 3WSJA 3OXCA 5P5WA 2G20A 3BVAA 3IN4A 3ZL7A 2AZ8A 4RYGA 3UDKA 1W51A 3VSXA 4Y3RA 5P29A 4FE6A 1FQ6A 1J71A 3WZ6A 5C9DA 5P25A 5P7XA 1ODYA 3PHVA 1SMRA 2R8NA 2ZHVA 5P01A 3ZKMA 4FIVA 1NSOA 3S53A 2ZJHA 5P6FA 4WY6A 5P2HA 5P3VA 5P64A 2ZJNA 5P3TA 1MIQA 2BJUA 4B05A 1LV1A 3UDQA 4RVJA 4Y50A 4NJSA 4FAEA 1DAZC 2WF4A 3SKGA 1XE5A 2J9KA 5P02A 5P22A 3VLAA 4GJ9A 1LYAB 3OXVA 3N3IA 4RROA 2ZYEA 1XS7D 5P31A 5P7QA 5AH8A 2ZDZA 1B11A 3GGVA 4Y3AA 4DJOA 2B42A 5P1NA 3T6IA 4FCOA 4Y5PA 5P8QA 1WBMA 5UPJA 1TW7A 2BKTA 2G26A 3EKVA 1ODWA 2JJJA 3DK1A 1C70A 4OD9B 2QP8A 5OZHA 2NMYA 4Y4AA 3VLBA 1LF4A 2IGXA 4I12A 2BBBA 5P1VA 2VJ6A 1LEEA 5P8MA 2UXZA 5P26A 2AZ9A 2QI6A 1F34A 1TQFA 5OZ1A 1MT9A 3I7EA 1OEXA 5P7LA 5HCTA 2G69A 5P6WA 2B7FA 1GVXA 5P4KA 4H3FA 4L7GA 5KQYA 4J0ZA 5P5KA 2AQUA 5P7WA 4B1DA 3EMYA 1YM2A 2HPEA 2R43A 1K6VA 2AVSA 5P0SA 5P1QA 1CPIA 3UDYA 3OXXA 5P27A 1BV7A 1D4LA 4R91A 4H3JA 2F3FA 2IDWA 4LC7A 2ER0E 4COEA 4I0EA 2IKOA 3PWWA 1TSUA 5P1XA 3ZKNA 1SDVA 2VNNA 1SGUA 2IENA 3QPJA 4A6CA 3UDNA 4Y4TA 5OZDA 5I70A 2HIZA 5P28A 3BGBA 1K6PA 3UHLA 4RCDA 5P40A 1HRNA 3D3TA 3INHA 5P5CA 3FNSA 1LYBB 3SKFA 4YDGA 2Q3KA 5HDVA 1PSNA 5P1RA 3UCBA 5P04A 3RSXA 5P3XA 3OY4A 3OHHA 4GMIA 5P0QA 5P4XA 5P4GA 4FM7A 5P59A 4J0VA 1AXAA 1DMPA 2WEAA 5P0XA 5KOSA 2VS2A 4EYRA 1KJFA 2I4VA 2XYEA 3TOFA 3S54A 3BUGA 1W6HA 3PMUA 4J1EA 3QRSA 3EKYA 4Y47A 4K8SA 3APRE 4RRNA 3ZPUA 1GVVA 3UDHA 5ENMA 5OYUA 5COKA 1SMEA 3HLOA 5P1MA 5P5VA 3VF3A 5OZAA 4QLHA 4FGXA 5P4MA 4EQJA 1CZIE 5P8CA 2HB3A 4FAFA 5P4YA 3UF3A 2G1SA 4K4RA 5BWYA 4Y5LA 4PEPA 2P8HA 1ZTZA 5P39A 2PSGA 4X2LA 3LPJA 5KR8A 4FL8A 4Y4DA 3D1XA 2WF0A 2OHNA 5KR1A 5JFUA 1SIVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4HLA A;  3S43 B;  2QHY A;  5COP A;  3EKQ A;  4AA8 A;  1OEW A;  1MEU A;  1IBQ A;  2G27 A;  2F80 A;  5P2F A;  1E82 E;  5P2I A;  2F3K A;  1FLH A;  2H6T A;  3KDC A;  1BXO A;  4CPT A;  1U8G A;  5P20 A;  4Z4X A;  4Y3D A;  2ZHU A;  4YCY A;  2V11 C;  3SFC A;  2HS1 A;  5OZK A;  3PBD A;  3QI1 A;  5P1F A;  5P16 A;  5OZJ A;  2A1E A;  3SAC A;  2P4J A;  3CKT A;  2AOG A;  2UY0 A;  3VYF A;  5P8K A;  5P5G A;  2AOE A;  4LBT A;  5P3L A;  3OAD A;  1BVG A;  1UH7 A;  4FM6 A;  4B1E A;  3S45 A;  3CIB A;  4Y5K A;  3EL0 A;  6FIV A;  5P89 A;  1EBW A;  4PPH A;  1MES A;  5P0E A;  3B7V A;  1EED P;  5P0Y A;  4I0J A;  5DR8 A;  5P85 A;  3IGB A;  4J17 A;  3EKT A;  5P33 A;  2F8G A;  4EHC A;  3S43 A;  1UPJ A;  1G6L A;  4L1A B;  5P69 A;  5P1H A;  3TKG A;  4H1E A;  1APV E;  1LYW B;  1FG6 C;  5HE5 A;  1YT9 A;  3D91 A;  4LHH A;  5P46 A;  4Y58 A;  5P6G A;  3K5G A;  4RRS A;  3S8I A;  3RU1 A;  3QVC A;  1HVR A;  2QD6 A;  1BVE A;  1E5O E;  1K6T A;  1SP5 A;  3G72 A;  1BDL A;  1HVK A;  3DV1 A;  3LPK A;  3SO9 A;  3OQF A;  4Y56 A;  3LIY A;  4EWO A;  4DJV A;  1CMS A;  5P0J A;  3AID A;  1LZQ A;  5P67 A;  2FGU A;  3ZPT A;  3GI5 A;  1HTG A;  1ENT E;  3EL4 A;  3NDU A;  1DPJ A;  3LZY A;  5P5H A;  3OU1 B;  2Z4O A;  5P2E A;  3UQP A;  5P1C A;  4NJV A;  1TCW A;  5P2M A;  4RCE A;  4K4Q A;  4KB9 A;  4H3I A;  3UDR A;  4OBK A;  3BGC A;  5P4E A;  5ENK A;  5T4S A;  3VCM A;  5P4P A;  1E81 E;  4Y5B A;  4DQH A;  3TOG A;  4RLD A;  2ER6 E;  4GJ5 A;  1HPO A;  4OC6 B;  5KQX A;  4YBI A;  4HA5 A;  2P3B B;  5P7S A;  1A30 A;  1XN3 A;  3PWR A;  3RTH A;  5P0A A;  3L3A A;  5P38 A;  5P5I A;  2FDP A;  3QP0 A;  1SIP A;  4CKU A;  5P7H A;  3NWX A;  1B6M A;  2PK6 A;  5P3Z A;  3NYG A;  1IDB A;  4Y37 A;  3ZOV A;  4ZE6 A;  3PCZ A;  4JEC A;  5P10 A;  3BXS A;  1PFZ A;  3U7S A;  2I0A A;  2AID A;  3GGA A;  4OBZ B;  2B8V A;  4CPR A;  1FGC C;  5P8D A;  3NDX A;  2QU3 A;  2WED A;  4Y53 A;  5P2J A;  5P72 A;  3MSK A;  2RKG A;  2HAH A;  5P23 A;  5P1U A;  1HOS A;  4CPQ A;  5P4V A;  1PSO E;  5P00 A;  4YCT A;  1W6I A;  3ZPS A;  2NTR A;  5P7D A;  4NJT A;  3PGI A;  5OZU A;  5P4B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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