5E5KA

Joint x-ray/neutron structure of hiv-1 protease triple mutant (v32i,i47v,v82i) with darunavir at ph 4.3
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTIIEEMSLPGRWKPKMVGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPINIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Long-Range Electrostatics-Induced Two-Proton Transfer Captured by Neutron Crystallography in an Enzyme Catalytic Site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 group m subtype b
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5e5kA00
5P6SA 1MT9A 5P31A 3GI5A 5P8NA 3S54A 4RVJA 4NJUA 1B11A 5P7WA 5P29A 1FLHA 5P52A 5IS4A 2NMYA 4U7VA 5P7ZA 2CEJA 1VIKA 3HVGA 4FAFA 4YHQA 4B1EA 1HEFE 4GJ6A 4ZSMA 2QZKA 5P1LA 3UCBA 1META 3SA9A 4L6BA 4Z50A 3R2FA 3PMUA 3FV3A 5P15A 5P6VA 5KR1A 3L5EA 2AODA 5P5YA 3ZPTA 5JODA 3UQXA 3MSKA 1C6YA 3QBFA 2ZHRA 5P17A 1E5OE 4ZSQA 5P3BA 5P7QA 3DJKA 2ZHSA 5SY2A 1PROA 3EC0A 5P1ZA 5P3FA 5COKA 5P2SA 2HS1A 5P1JA 3GI4A 2AOHA 4DQBA 2O4LA 5P1VA 3INHA 5P3AA 3CYXA 2IGYA 2Q63A 5P0QA 5P37A 3EKPA 5P80A 4RCEA 4I0ZA 3B80A 4L7HA 1Z1RA 4YD7A 3VV8A 5P5NA 4IVSA 5I3VA 2FNTA 5JFUA 3VEUA 5P07A 2V13A 4F75A 4YD5A 4DJRA 1A8KA 3EKYA 3SABA 5P7OA 4R92A 2PH8A 2XFKA 3NDXA 3OQKA 4DJUA 2QNNA 2QMPA 5P3QA 3D91A 2VIEA 4Y3WA 1IDAA 2G26A 3FIVA 5P5KA 3CMSA 1KJ4A 4EJLA 5P6TA 3SA6A 5P57A 5P0UA 1TCXA 3O9FA 3GI6A 4XXSA 1SDUA 5UPJA 4AA8A 4Y51A 2J9KA 5P6RA 3TTPA 1G6LA 4Z2ZA 1NH0A 4OC6B 1EC1A 2NPHA 4YCYA 4H3JA 5P8UA 3LIVA 5P8OA 4FLGA 4ZLSA 3RTMA 2IKUA 5P3VA 2QP8A 4K8SA 3PJ6A 4QJ2A 3ZKGA 4Y39A 3OUDB 4F73A 4Y5PA 1XL2A 5P3HA 2IDWA 3I2LA 4J1HA 5P84A 5P5GA 5P5FA 4APRE 4X7IA 1G0VA 4B72A 1MSNA 5I70A 5P59A 4LP9A 4RGHA 1EBZA 2A1EA 3EM4A 3UF3A 4Y3DA 2V0ZC 3DV5A 3KT2A 5P4YA 3KT5A 5HU0A 1AJVA 5AH6A 4DJXA 3SA8A 5P2JA 3DK1A 4HDBA 5P55A 4CMSA 3LIXA 1UH7A 2ZJHA 2QHZA 1YTGA 5P7UA 3NXEA 2WF2A 3OXVA 3MSJA 1FQXA 1LS5A 4OBGA 1ZSRA 5ISJA 5P1CA 1APTE 2FDDA 5P45A 4QJAA 3KFSA 3APRE 3EM6A 2P83A 2UXZA 5P7DA 5P5UA 5P7BA 3IXOA 2PK5A 4OC6A 3QRSA 3TLHA 5OZYA 1HSHA 5P67A 5P86A 3SM2A 5P7AA 2BKSA 1HPXA 4FS4A 4Y5NA 3MXEA 2QU2A 2RMPA 1UPJA 3DM6A 4RCDA 3OUDA 1B6JA 3VCMA 2OHQA 4Y3SA 5P5AA 5P0PA 5P6FA 4RLDA 1BV7A 3LIQA 5OZFA 3BUFA 1BDRA 5P1UA 2HAHA 5P2UA 5P1YA 7HVPA 4TVHA 2R3WA 2QI0A 4RCFA 2VA7A 4EP3A 1PSAA 3SA4A 4J0ZA 4EQ0A 1MIQA 2ZJLA 2QI6A 2VA6A 5P0JA 2VJ9A 5P3LA 3VSXA 5OZEA 1Q9PA 1G35A 2QHYA 4F76A 5DGUA 2O4SA 5P75A 4CPQA 1QS8A 2G1SA 3IVHA 5P27A 1UH8A 4Y4AA 3PBZA 5HVPA 5AHCA 5P6CA 5P7FA 5P0BA 2QZXA 4Y5KA 3QPJA 4HLAA 3GI0A 3LZUA 3BUGA 3GGVA 2AZ9A 3OY4A 5P4XA 2VS2A 3EBZA 5P8QA 4HDFA 4PZWA 3VYDA 2OHSA 1F7AA 4J1FA 3EMYA 4GJBA 3N3IA 5P6MA 5HD0A 5SY3A 2PSUA 1GVVA 1GVUA 5P49A 1LF3A 2UY0A 3NWQA 4AMTA 2PYNA 5HCOA 3PBDA 4RVIA 3HZCA 4QJ6A 5P5IA 1W5WA 1MT8A 2XFJA 5P1PA 3L5BA 3CKRA 2JE4A 5P87A 1GNMA 3Q70A 3ZPUA 1MESA 1PPME 3KYRA 1EC3A 3F9QA 4J1CA 4GMIA 4DJYA 4FSEA 3T7QA 2R5PA 4FSLA 2I4QA 4LXKA 3SLZA 3PSUA 2ZHVA 4F74A 3SPKA 2VKMA 5DQ2A 4DJVA 5KQZA 1LYWB 3BVBA 4OBZB 4UPJA 4YCTA 5P76A 6FIVA 4R93A 2QZLA 3OGQA 3OXCA 6UPJA 4OBHA 2IKOA 1APUE 1ZSFA 1EC0A 1GNOA 4NJSA 1HVKA 3UDRA 3T7XA 5P2XA 4QJ7A 4WY1A 5P8LA 4Q1WA 2BBBA 5P7RA 3S2OA 4Y9WA 4GJ7A 3WZ7A 2R38A 1GKTA 5OZ9A 3EKVA 4NPUA 1K6PA 5EZXA 5P4ZA 5I3YA 1NPAA 4Q1YA 4DJQA 3NLSA 3G72A 2OF0A 2WEAA 5P30A 5P4JA 4DFGA 2F3EA 5P1IA 3KN0A 3QRMA 5P4DA 4LAPA 1FQ5A 1ZTZA 2F80A 5P7MA 4COEA 4Y3NA 3UDYA 5P51A 1NPWA 5P0EA 3AUPA 1EPOE 5P3TA 5P4VA 5KQXA 5P2NA 3O9DA 2HC0A 1LYWA 4OBZA 3IVIA 3C9XA 4MC2A 3QBHA 5P0GA 5P1RA 4J1IA 3IN4A 5P6HA 4Y43A 2HB2A 2G1RA 1QRPE 2ZJJA 4Y35A 5P24A 3VF3A 5P40A 5P58A 2AVQA 1BVGA 1GVTA 4TRYA 4CPUA 5P04A 3K5GA 2ER6E 4EPJA 2AQUA 1ZAPA 2I4UA 4Y4GA 3SACA 4GZFA 5P18A 4H3FA 4QGIA 5P5ZA 5OYUA 5P1GA 5P7EA 3NSHA 5P83A 1PPKE 2Q11A 1K6CA 5ISKA 5JFPA 4A6BA 3ZKQA 2H6TA 5OZ1A 5DQ1A 3DOXA 2FDEA 2OHTA 1XDHA 4Y5BA 4FCOA 3VF5A 5P5BA 5C9BA 5P6ZA 1DIFA 5HU1A 4QJ9A 5BS4A 5OZQA 4Q1XA 2AZ8A 3GW5A 2FGVA 3D1ZA 1SGUA 4YOBA 5P62A 1FQ4A 1A8GA 3U7SA 4PHVA 1HPSA 5P0VA 5OZ2A 1N49A 3I7EA 3UQUA 5P7GA 4K4PA 2QMFA 1JLDA 2Q3KA 5P4CA 5KR2A 5P6LA 5COOA 2B8VA 2IS0A 4HE9A 5OZRA 5IVSA 5P4KA 5P10A 4CPTA 4DQFA 3EL9A 1FMBA 1ZPKA 3IGBA 5P6QA 4BEKA 5P81A 1AAQA 1BWBA 1SIVA 3OADB 4Y5CA 5P1DA 4NJTA 2XFIA 4K4QA 3KMXA 4B1CA 3FNUA 1E82E 4Y48A 3PB5A 4ACUA 2NXMA 5OZ4A 1FG6C 4EXHA 3WZ6A 2R43A 5P70A 1SBGA 1T7KA 3TPPA 5P1WA 3D1XA 3VSWA 5OZCA 1BWAA 3OXXA 4A4QA 1QDMA 5P4BA 1SDVA 3QS1A 4K4RA 2WF0A 3OQFA 2AZCA 5OZJA 3KDCA 4ZE6A 2NXDA 3GGXA 3S43B 5P7LA 5P71A 1ME6A 1C70A 1T6EX 1QBSA 2CEMA 5P88A 3UTLA 3WZ8A 3LZSA 5P54A 3SKFA 3WB4A 5P63A 1ZLFA 4Y3EA 1APVE 4TRZA 4FL8A 4RYCA 1ZP8A 1MPPA 4NPTA 2IL2A 3OADA 5P89A 2HS2A 1FIVA 4AZYA 5P2DA 4Y3YA 4B77A 2BJUA 2QD6A 4M8XA 4I0DA 5P8JA 2OHUA 5P19A 5P66A 5P0NA 1YTIA 5OYYA 5P2YA 5OZAA 1CPIA 5P2MA 5P0IA 4Y5MA 2OAHA 3O9HA 1ENTE 5P7KA 3TPRA 4N00A 5AH8A 5P3GA 1HTFA 4HA5A 5P4PA 5DR0A 3S43A 5P0KA 2B7ZA 2WKZA 3FSMA 4Y3FA 2HM1A 3OGPA 4YOAA 3PLDA 5HE4A 4AA9A 1YM2A 4YDFA 2QAKA 1E80E 3O9BA 1YG9A 3TKWA 5P8HA 3T3CA 3TH9A 3NYGA 5OZMA 3T7PA 5P32A 5IVTA 5P1XA 3SA7A 5P5EA 1MTRA 4ZIPA 1IZDA 5P5TA 5P2AA 3LITA 4Y4JA 4B00A 1BXOA 4Y3HA 5P44A 4Y37A 5P7PA 5P6EA 4J0YA 5DR7A 4MC6A 2WHHA 3UDQA 1DP5A 5P5QA 2AOCA 5OZVA 4Y4WA 5P5OA 4D88A 4I8WA 3A2OA 4LBTA 3EL1A 4TRWA 5P3SA 5TOLA 4MC9A 3PCWA 4Y57A 5P78A 5P4QA 5OZIA 5P74A 3TNEA 3OQDA 2QI3A 3SM1A 1SMRA 4Y4UA 5P8FA 5P3NA 5DQ4A 4LHHA 2FXEA 4B0QA 3KDBA 4FRKA 5P6UA 3BC4A 3UQRA 3TPLA 3SA5A 5P6OA 4EHCA 4DUSA 1EC2A 2R9BA 2B7FA 4QLHA 5P1EA 2HPFA 1HVSA 2APRA 4H1EA 3NU3A 4ZPFA 2NNPA 3JVYA 4Y3AA 1B6PA 4HVPA 5P4HA 3FNTA 4FM6A 1UH9A 5P7IA 4Y53A 4U8WA 4GJCA 5DR3A 5P6XA 5P2WA 5FIVA 5P2QA 5P3OA 1ZPAA 3SAAA 2BPXA 5P36A 3EXOA 5P5SA 4J55A 7UPJA 3INEA 1M43A 5P2FA 5AH9A 3O99A 2V11C 4HZTA 5P0RA 1BDQA 2BQVA 1EEDP 5P53A 2Q64A 3ER3E 5OZZA 2VJ7A 4NKKA 2Z4OA 1MEUA 5P1OA 2PSVA 4EYRA 5C9FA 4I0IA 5P2EA 1EAGA 5P8DA 4R95A 5PEPA 1SP5A 2G24A 3PSYA 3L3AA 2VIJA 3G70A 4DVFA 1C6XA 2PMAA 2QI5A 3RTNA 1F34A 2IRZA 3BGBA 3RVIA 5P82A 3OOTA 3L5CA 2FS4A 4BELA 5P7XA 3S8IA 4JPCA 5P6KA 3KFPA 4WTUA 5P00A 3OXWA 5P41A 4RZ1A 3KA2A 2P8HA 1YT9A 3O9IA 3PHVA 5P77A 2OHPA 4I11A 3CIBA 5P6YA 2P3DA 1HVRA 2H6SA 1IVPA 4Y3MA 2ZHUA 2VNMA 5ENKA 5P8IA 3VYFA 1EPRE 3LPJA 4Y56A 4GIDA 5OZ8A 1A9MA 4CP7A 4JP9A 5P0HA 2RSPA 5P0XA 1OEXA 4J1KA 5P0DA 1QBUA 4Y36A 4D83A 3QVCA 2QU3A 5P1AA 4YCKA 3OQ7A 5P6AA 5KR0A 1W6HA 3SQFA 5P1SA 5P6GA 3PI5A 1HBVA 1EPME 1M4HA 3OU3A 4Y3JA 2BPVA 1BDLA 2Z54A 5P4FA 4DQGA 4K9HA 5KAOA 1A94A 1AM5A 4MC1A 1TQFA 2RKGA 1HVHA 5P48A 4ER1E 5P5PA 3EL4A 3QRVA 1SIPA 2P3BB 1AZ5A 1W5XA 3OUAA 4ZSPA 2VA5A 5P8AA 1YM4A 4J54A 2BPZA 5P8TA 5HDVA 3BRAA 3UDPA 1OD1A 3UDMA 3UDKA 3SFCA 3I25A 2BPYA 2ZGAA 3VUCA 2PH6A 1XE6A 4J0TA 1HHPA 1NSOA 5P0YA 5OZXA 5OYSA 2QK5A 5P8KA 3TPJA 5IVQA 3QP0A 1U8GA 3ZKMA 4ZPGA 5P2VA 3K5DA 4YBIA 3SKGA 1FKNA 5P3KA 5P4EA 3MWSA 2I4DA 2VJ6A 4J1EA 3APPA 4XKXA 5P4SA 4EXGA 1GNNA 1T7JA 1CZIE 3KFRA 2I4VA 3FKTA 3OUCA 5P5RA 1HVLA 1W5YA 4ER2E 2AIDA 1RPIA 1MVPA 1B6MA 4ACXA 1WBKA 5BWYA 4Y41A 4FM8A 1D4YA 1D4SA 4YD6A 2P3BA 2FLEA 2BKTA 3ZKIA 4GYEA 1WBMA 1AJXA 2HIZA 4Y3GA 1KZKA 1QBRA 2P4JA 2HPEA 5P3EA 4DQEA 5P1BA 2WJOA 5P7CA 5P85A 5HE7A 5P1HA 1IIQA 5AHAA 5P4IA 1HOSA 4X2LA 3OAGB 5P5VA 2OHRA 2Q15A 4Y4EA 4Y47A 4DPFA 5P2ZA 2RENA 1C6ZA 1HTGA 5OZBA 1EPNE 2O4KA 2FNSA 4GB2A 2Q54A 4Y3PA 4J0VA 4CPSA 3L38A 3KF0A 4GJDA 1HPVA 3FNSA 5C9DA 1RNEA 4H3GA 1EBYA 1QBTA 3QI1A 1PPLE 3H5BA 2WF1A 3L5FA 3BGCA 2ZDZA 3L59A 1IZHA 3S53A 5P79A 5P20A 5P5XA 3OQAA 2G21A 1EPLE 5APRE 1TSUA 5OZ3A 2QCIA 4ZSRA 5HDUA 4FRIA 3ECGA 5P3PA 4D85A 4PEPA 5I3WA 4EQJA 4Y6MA 5P4GA 1LEEA 5P1TA 3R0YA 5P6NA 3MXDA 4L7JA 5P69A 5P1NA 5AHBA 3HVPA 5P4AA 3VFAA 3IXJA 3HAWA 4GJ9A 1KJFA 2R8NA 3LPIA 5P16A 3OAGA 1HIHA 3CICA 1HIIA 5P8GA 2PWCA 4Y45A 3HW1A 4GJAA 3KM4A 5DR8A 1HSIA 1MUIA 1GVWA 5P0TA 1KJ7A 4I1CA 3QROA 2JXRA 5P3CA 3K1WA 4I8ZA 4DJPA 1YTJA 3NDUA 2AVVA 2F3FA 4LC7A 3Q4BA 1XS7D 5IVRA 1HTEA 2IQGA 4JPEA 5DQ5A 4R8YA 5P72A 4GJ5A 4CPRA 1FGCC 1T6GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P6S A;  1MT9 A;  5P31 A;  3GI5 A;  5P8N A;  3S54 A;  4RVJ A;  4NJU A;  1B11 A;  5P7W A;  5P29 A;  1FLH A;  5P52 A;  5IS4 A;  2NMY A;  4U7V A;  5P7Z A;  2CEJ A;  1VIK A;  3HVG A;  4FAF A;  4YHQ A;  4B1E A;  1HEF E;  4GJ6 A;  4ZSM A;  2QZK A;  5P1L A;  3UCB A;  1MET A;  3SA9 A;  4L6B A;  4Z50 A;  3R2F A;  3PMU A;  3FV3 A;  5P15 A;  5P6V A;  5KR1 A;  3L5E A;  2AOD A;  5P5Y A;  3ZPT A;  5JOD A;  3UQX A;  3MSK A;  1C6Y A;  3QBF A;  2ZHR A;  5P17 A;  1E5O E;  4ZSQ A;  5P3B A;  5P7Q A;  3DJK A;  2ZHS A;  5SY2 A;  1PRO A;  3EC0 A;  5P1Z A;  5P3F A;  5COK A;  5P2S A;  2HS1 A;  5P1J A;  3GI4 A;  2AOH A;  4DQB A;  2O4L A;  5P1V A;  3INH A;  5P3A A;  3CYX A;  2IGY A;  2Q63 A;  5P0Q A;  5P37 A;  3EKP A;  5P80 A;  4RCE A;  4I0Z A;  3B80 A;  4L7H A;  1Z1R A;  4YD7 A;  3VV8 A;  5P5N A;  4IVS A;  5I3V A;  2FNT A;  5JFU A;  3VEU A;  5P07 A;  2V13 A;  4F75 A;  4YD5 A;  4DJR A;  1A8K A;  3EKY A;  3SAB A;  5P7O A;  4R92 A;  2PH8 A;  2XFK A;  3NDX A;  3OQK A;  4DJU A;  2QNN A;  2QMP A;  5P3Q A;  3D91 A;  2VIE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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