5ENMA

Compound 10
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
387
structure length
359
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Targeting the BACE1 Active Site Flap Leads to a Potent Inhibitor That Elicits Robust Brain A beta Reduction in Rodents.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 88
structure length 359
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2015-11-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5enmA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5enmA02
5P7SA 4BELA 5P2UA 4R93A 1B6LA 4JECA 5P48A 1NPWA 2IKUA 1A94A 4Y3LA 2QCIA 5P23A 5P4KA 1EC2A 1KJGA 4AUCA 5JFUA 7HVPA 2QHYA 1F7AA 3SA8A 2QD7A 5OZ9A 2F3KA 1SDVA 4K4QA 3O9FA 1FB7A 5P2FA 5P26A 7UPJA 3WSJA 5P00A 1FQ7A 4DQCA 5P3TA 4L7HA 1FQ4A 1NPAA 4Z22A 4WY1A 1DMPA 3VYEA 2ZJHA 5AHBA 1CZIE 4GJ9A 3NWQA 5DGWA 3PCZA 6FIVA 2PSGA 5P3LA 2P4JA 3L59A 5P53A 4Y3MA 4Y4JA 1B5FA 5P0VA 1B6JA 5P1WA 3UDQA 5KQXA 5IVSA 4X2LA 4FS4A 3PHVA 2P3CA 5P79A 4PZWA 2WECA 3I7EA 4DJWA 4I0FA 1WKRA 4FAEA 2G20A 1PSOE 1BBSA 5P7HA 3K5DA 4B77A 3SPKA 3JVYA 2QP8A 2QU3A 3EKVA 4I0IA 5OZGA 5TOLA 3O9IA 1LYWA 3M9FA 5P0SA 3TPLA 2I4XA 4RCFA 5OZPA 1YTGA 3MXDA 1SGUA 2AVSA 4OBKA 3URJA 4YD5A 5P0WA 5HVPA 4DFGA 5P5BA 5OZJA 1ZTZA 5P6XA 3OUAA 5P14A 4FM6A 1BVEA 5P8QA 4H3GA 1MSNA 3APRE 5P7CA 4CPRA 2PK5A 5HE5A 5P2AA 4RYGA 4Y5GA 4B1EA 4K4PA 4YA8A 1LV1A 4Y4GA 1MRWA 2J9JB 5P6HA 4Y4XA 3BC4A 5P6FA 3NU3A 2HS2A 3UDRA 1AZ5A 3PVKA 2AVVA 1HSHA 1IVPA 2PWCA 5P1ZA 3NYGA 4OBDA 4EP3A 3CKTA 3KFNA 3EL4A 5P3AA 3O9LA 1XL5A 5P5EA 1YTHA 1XS7D 3TKGA 3NDUA 1EBWA 1HSIA 2JJJA 3AUPA 5OZAA 2XYFA 4RLDA 5P5FA 2NR6A 2F80A 2Q3KA 1HHPA 4RVJA 4F74A 4ZE6A 4IVTA 1Q9PA 4EYRA 4HE9A 3L5DA 1XL2A 3OQFA 3ZMGA 4HZTA 4ZPGA 1SMEA 4LXAA 1EPOE 5FIVA 2RMPA 3T11A 1B6PA 5OZFA 5P0GA 1ZJ7A 2FGUA 5P8DA 3S85A 4GJCA 1ODYA 2QZXA 5OYQA 3UTLA 4YD6A 2AIDA 3ZKMA 1XN3A 1HTRB 1M4HA 4Y37A 4Y41A 3ZKNA 5I3WA 1T3RA 1GKTA 4I10A 3Q70A 2O4KA 3UHLA 3OWNA 1HVSA 2ZHRA 5PEPA 5AH9A 1MTBA 5P4EA 3L38A 3L58A 1RQ9A 3UDPA 2ASIA 5P8PA 5P0CA 1BIMA 2O40A 1T7JA 4Y5KA 5OZDA 2V00A 1GVVA 1RV7A 4J0YA 2OAHA 5KQYA 4FRKA 1VIJA 3OXWA 3TKWA 5P15A 3SKFA 2G1NA 1BDQA 3VFAA 5P5AA 5HTZA 1XE6A 1HPOA 5P7WA 2JXRA 2IGYA 4ZPFA 3S43B 3TH9A 2ZJMA 2O4NA 4MC9A 5P1TA 1GVWA 1QDMA 1DPJA 1F34A 3ZPTA 4J55A 5OZTA 5P88A 4I8WA 3BVAA 1D4KA 3EKYA 1G2KA 1MT8A 4YD7A 5P2VA 2J9JA 3PI0A 4J1HA 5P3DA 5P76A 3ZKGA 5SZ9A 4YDFA 1PROA 5P2IA 2PSUA 2UPJA 1QBRA 2NXLA 4H3FA 1YT9A 2O4SA 3D3TA 4RVXA 3Q5HA 2OHSA 5P2QA 5OZBA 5P6VA 1FQ6A 5OZOA 3PCWA 5P4OA 5P3KA 4GJAA 5P3NA 3K5CA 3PMYA 5DQ2A 3VCMA 4HVPA 4CMSA 5P7JA 4OC6B 1K2CA 2HIZA 1HWRA 3S7LA 1APVE 5P5ZA 4ACXA 4Y4TA 5P7DA 3UQWA 2WKZA 3QS1A 5EZXA 4FL8A 5P3GA 5P5NA 2VJ7A 3OUBA 4NJVA 4EJKA 4I0ZA 1HIHA 5P2DA 2QMDA 2PYMA 5P3QA 5P4GA 5P56A 5P40A 1B6MA 1LZQA 3MSJA 4HA5A 2V10C 3FNTA 5P7OA 5P2JA 2VIEA 5P3XA 5P59A 4R95A 2WF3A 3IA9A 1HBVA 2OHRA 3INDA 1XE5A 3QRSA 3FX5A 5P8GA 4CP7A 3R1GB 1FMUA 5P1JA 5OZRA 6APRE 1D4HA 4PPHA 1ZSFA 5OYSA 4CPUA 5P7EA 1GVTA 5BWYA 3I8WA 2OHMA 4JPCA 1BV7A 1NH0A 2OHPA 1D4YA 3TPPA 5P61A 1FKNA 4YE3A 3VG1A 2Q11A 2QMGA 5HU0A 2ZJLA 1PSNA 1RNEA 2BKSA 3UQUA 2FDEA 4IVSA 1WBKA 1K1TA 2VNNA 4QJ9A 4Y44A 4TRWA 5P6AA 2XYEA 5OYVA 3TOGA 3PI5A 2Q64A 3SA6A 2NXDA 3URIA 1QS8A 3PLLA 5P39A 1E80E 3BUGA 5P7AA 5E5JA 3S43A 3HVGA 3OGPA 5P4UA 4MC6A 3QIHA 1FMBA 2OHNA 3FIVA 5DPZA 5IVRA 2QMFA 3QI1A 4NKKA 4EWOA 5P0IA 4Q1YA 2R9BA 3VLAA 4LHHA 5P64A 2BPZA 2P8HA 3VFBA 5ER1E 3DV1A 2NNKA 1YM4A 5P81A 1NSOA 3VV8A 1K6PA 5P0KA 5P1DA 3SM1A 2AVQA 1IZIA 5OZEA 5AGZA 1HOSA 4OC6A 4Y4AA 2HPFA 9HVPA 5P0MA 3BGCA 3A2OA 4GJDA 2FS4A 3HBOA 3OHHA 4I11A 1MT7A 3INEA 2QHZA 3G72A 3OUDB 5P4NA 1C6YA 1MEUA 4DJYA 4YCKA 4L1AB 1APWE 3S7MA 1YTJA 4J0ZA 2V12C 5P2ZA 5P6OA 5P83A 4F73A 3NDTA 4AA8A 3K4VC 5P6EA 4YD4A 3VF7A 3GI0A 5P1OA 5SY3A 1EC0A 5OZ3A 2FLEA 5P4MA 1KJFA 3TLHA 4EJ8A 3RTMA 5KOSA 1HVLA 3MXEA 3K5GA 2QI3A 3LZSA 1HVIA 2I4DA 4J54A 5P7PA 1C6XA 1FFIC 1G35A 5P6NA 2CENA 2G1RA 5P62A 4DQHA 5BS4A 3CIBA 4Y3DA 2G1SA 3LHGA 2AOFA 5P3WA 2QZKA 3OQDA 1UH7A 4ZPEA 1FG8C 1ZAPA 3FV3A 4B1DA 1EPRE 5I3VA 5P05A 4GJ7A 5P4LA 5P3CA 5BRYA 3UQXA 5P3YA 3D1XA 4DH6A 4X7IA 1BILA 1AAQA 3PB5A 4FGXA 3UDHA 1M0BA 4OBHA 3K1WA 3LIXA 1EPLE 5P3RA 3FNSA 1DAZC 3OU4B 5P5IA 1NPVA 5P60A 4R92A 4L6BA 3INHA 5P38A 5IVQA 4PHVA 2R5PA 5P7GA 5P1HA 2IKOA 1KJHA 1XDHA 2WEAA 1LYAB 5OZVA 5P8RA 2QHCA 3PJ6A 2WF0A 3JW2A 2QI6A 2JJIA 4DPFA 1AXAA 3OTSA 2JYSA 3T6IA 3KFPA 5P69A 4FAFA 1BXQA 3O9EA 1MUIA 1G6LA 5P50A 2IQGA 4EJLA 1BAIA 4ZSRA 2UY0A 4RGHA 3QRMA 4AMTA 1W5WA 3VEUA 5P5LA 4DJOA 5P58A 3U6AA 1LF2A 3ER3E 1HXWA 3ZKXA 4HDFA 5JG1A 4Z50A 3OAGB 3OOTA 5P2BA 3SA3A 4I0DA 2AVOA 3CIDA 1Z1HA 2ER9E 5P6PA 3OUDA 4APEA 3TL9A 3EKQA 5SXNA 5P2GA 2FNTA 4L1AA 3H5BA 2VIYA 3PSYA 5HDXA 1BVGA 4Y6MA 5P24A 4QJ8A 5P2SA 1GVXA 2PH8A 5ENKA 2H6TA 2Z4OA 1Z8CA 5P28A 2B42A 2VJ6A 3GI4A 5J25A 2HAHA 5P0UA 4Y4BA 2G26A 5KQFA 4COEA 2BB9A 4EQJA 2G1OA 5P49A 2FXDA 4ZLSA 5HDVA 5P7YA 4GYEA 5IE1A 5P5QA 3PSGA 1HRNA 5P5OA 4Y50A 5P7RA 2B60A 3UF3A 3L5FA 2BBBA 3UQRA 5P7TA 1GNNA 1LF3A 4FE6A 1MIQA 5P4IA 3O9CA 4FM8A 3SACA 1MERA 2Q15A 5OZWA 1BDRA 3B80A 4Y5LA 1PPME 3D1YA 5P4XA 1GVUA 4D85A 3KA2A 2Q54A 3ECGA 1ZPAA 5AH8A 1SGZA 1AJXA 1E5OE 1EC1A 5P5CA 5OZ4A 3SA7A 4Y43A 2ZE1A 3UCBA 4DPIA 8HVPA 4B0QA 5P3ZA 5P7FA 4OBFA 3OUCA 2FDPA 3IXKA 1QBSA 3CKRA 2G1YA 4Y3HA 3OU4A 4CPSA 2BPVA 5P1CA 5P0LA 3G6ZA 2QI1A 3BGBA 5OZ7A 5P8BA 4AA9A 3EC0A 3HLOA 1LEEA 5P5RA 3EBZA 1LYAA 5OZQA 4TRZA 5P8LA 1CMSA 2QK5A 5P17A 5P8JA 2QZWA 2R38A 3LZUA 2WL0A 3OHFA 4FSLA 5DR8A 4H3IA 3VLBA 1D4JA 1GNOA 1U8GA 1HTGA 1HVKA 5OZ2A 1FQ5A 2QD6A 1WBMA 5P4VA 5OYTA 3NWXA 5P72A 4L7JA 1SIPA 4UPJA 2AOGA 4JOOA 5OZSA 3MSKA 3NUJA 5P0XA 5P2EA 3NSHA 4PZXA 4J0PA 2QMPA 4Y54A 1MESA 4Y3JA 2Q63A 3T7QA 1PPKE 2BPYA 5P78A 3NDWA 3OAGA 3NXEA 1E81E 2AQUA 4NPUA 5P5UA 4Y5PA 4Y39A 4Y4UA 5OZ8A 5P1QA 5IS4A 4GJBA 5AH7A 3HD8A 4J0TA 5P5VA 3CMSA 4DJRA 4I0JA 3NU9A 5P1UA 5P5KA 5P3IA 2ZJJA 1SMRA 2ZJKA 4TVHA 1TCWA 4WTUA 4GJ6A 5P1VA 5P4FA 1AM5A 1AVFA 3ZOVA 1SP5A 4K9HA 5P6YA 2ZHUA 4D83A 3BHEA 5DGUA 3TPJA 4Q1XA 2PK6A 5C9FA 3UDYA 5P1KA 4H3JA 3SQFA 2QI7A 4KE1A 5P7MA 3O9HA 4LXKA 5P7QA 5P3MA 1OD1A 4Y9WA 2VA7A 4YHQA 1HPSA 4JPEA 5P08A 5P6LA 5P3JA 4JP9A 3LZYA 1B11A 3TTPA 4Y3EA 1A9MA 1RPIA 4RYCA 2WF1A 3ZKSA 4ER1E 2PQZA 4Y45A 3IXOA 3L5CA 4Q1WA 2VA6A 2VIJA 5DQCA 3EL1A 1IZDA 5P19A 3TOHA 4R91A 3SFCA 4Y3GA 1T6GA 4Y3FA 4GJ5A 2IENA 1VIKA 1QBTA 2RKGA 4Y3YA 3KFRA 2QNQA 4D89A 3RSXA 1HPXA 3VUCA 5P51A 2IRZA 2B8VA 3HAUA 2H6SA 5IVTA 3WZ7A 1RL8A 5P3FA 2A1EA 5P2HA 4E43A 4ZSPA 4M8XA 2I4UA 3OQKA 2I4WA 1OHRA 5I70A 3OK9A 5P8TA 3LPKA 5OZ0A 5P5HA 5KOQA 1FQ8A 1ZPKA 2AODA 5P4TA 5P2NA 4F75A 4CPTA 5P07A 4KUPA 5P8MA 2NMYA 1FMXA 2AZ8A 5P2RA 4A6CA 5P0DA 5CLMA 2PYNA 4B00A 4WY6A 4Y3XA 3UQPA 1J71A 3O9BA 4FRIA 1SH9A 1TW7A 2AZ9A 3O99A 4J0VA 4I1CA 5P27A 1UH9A 3ZPSA 3KM4A 3NXNA 4D88A 1K2BA 5P3OA 5P8NA 4R5NA 5P4DA 5P5JA 4Y48A 3S45A 3OQ7A 5HCOA 2ANLA 5P0NA 1HTEA 5P30A 4FCOA 3LPJA 5C9DA 1A8KA 5OZUA 4YDGA 3FNUA 3OU1B 5P34A 3NDXA 3CKPA 3OGQA 1EBZA 3VF5A 5P2XA 2HC0A 2RSPA 3EL0A 5KR0A 1MPPA 4GIDA 2B8LA 5DR3A 2QD8A 2IS0A 4BFDA 2NXMA 4FSEA 3S2OA 5P46A 3SA4A 4K8SA 3QVCA 4U7VA 4DQGA 4PEPA 3APPA 3KT2A 5P87A 3RTHA 4B78A 3NU4A 4MC2A 2O4LA 3SM2A 3TOFA 4Y4DA 3WZ8A 4I0GA 4Y4EA 2HB3A 2ZHTA 3UFLA 5P6GA 2QU2A 1IZEA 4Y5EA 4J5JA 5P6CA 3HZCA 1MRXA 4QGIA 3NU5A 5AH6A 3ZPUA 3URLA 1EC3A 3RTNA 3DV5A 3O9AA 5P6RA 4YCTA 3BXSA 5OZ5A 2G27A 4J1CA 2NPHA 1IVQA 4M8YA 1W5XA 3ZLQA 2QI0A 3AIDA 3IN3A 5ER2E 4ER2E 4HDBA 5UPJA 3T7PA 1K6CA 4B1CA 5OZLA 2QI5A 5P52A 1QRPE 5P32A 3BUHA 1IIQA 2QAKA 4Y3SA 3H0BA 3ZL7A 3PWMA 4Y56A 1BV9A 5P6KA 4Y3TA 4TVGA 5P63A 1T7KA 1W50A 3HVPA 1EPNE 5P4AA 5P0JA 3EL9A 3PLDA 1KZKA 5P25A 5C9BA 5KR8A 4FM7A 5P5PA 3L5BA 5P8IA 3KYRA 3LIZA 3OY4A 3DCKA 3VF3A 5P1AA 2HB4A 3TPRA 4LL3A 3S8IA 4KB9A 5P70A 4OBZB 4NJUA 5P84A 3U7SA 2PMAA 2BQVA 5P43A 4CKUA 1ER8E 3DOXA 3Q4BA 2HB2A 3OXXA 3WZ6A 4CPQA 1BDLA 1BWAA 3D20A 5P01A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7S A;  4BEL A;  5P2U A;  4R93 A;  1B6L A;  4JEC A;  5P48 A;  1NPW A;  2IKU A;  1A94 A;  4Y3L A;  2QCI A;  5P23 A;  5P4K A;  1EC2 A;  1KJG A;  4AUC A;  5JFU A;  7HVP A;  2QHY A;  1F7A A;  3SA8 A;  2QD7 A;  5OZ9 A;  2F3K A;  1SDV A;  4K4Q A;  3O9F A;  1FB7 A;  5P2F A;  5P26 A;  7UPJ A;  3WSJ A;  5P00 A;  1FQ7 A;  4DQC A;  5P3T A;  4L7H A;  1FQ4 A;  1NPA A;  4Z22 A;  4WY1 A;  1DMP A;  3VYE A;  2ZJH A;  5AHB A;  1CZI E;  4GJ9 A;  3NWQ A;  5DGW A;  3PCZ A;  6FIV A;  2PSG A;  5P3L A;  2P4J A;  3L59 A;  5P53 A;  4Y3M A;  4Y4J A;  1B5F A;  5P0V A;  1B6J A;  5P1W A;  3UDQ A;  5KQX A;  5IVS A;  4X2L A;  4FS4 A;  3PHV A;  2P3C A;  5P79 A;  4PZW A;  2WEC A;  3I7E A;  4DJW A;  4I0F A;  1WKR A;  4FAE A;  2G20 A;  1PSO E;  1BBS A;  5P7H A;  3K5D A;  4B77 A;  3SPK A;  3JVY A;  2QP8 A;  2QU3 A;  3EKV A;  4I0I A;  5OZG A;  5TOL A;  3O9I A;  1LYW A;  3M9F A;  5P0S A;  3TPL A;  2I4X A;  4RCF A;  5OZP A;  1YTG A;  3MXD A;  1SGU A;  2AVS A;  4OBK A;  3URJ A;  4YD5 A;  5P0W A;  5HVP A;  4DFG A;  5P5B A;  5OZJ A;  1ZTZ A;  5P6X A;  3OUA A;  5P14 A;  4FM6 A;  1BVE A;  5P8Q A;  4H3G A;  1MSN A;  3APR E;  5P7C A;  4CPR A;  2PK5 A;  5HE5 A;  5P2A A;  4RYG A;  4Y5G A;  4B1E A;  4K4P A;  4YA8 A;  1LV1 A;  4Y4G A;  1MRW A;  2J9J B;  5P6H A;  4Y4X A;  3BC4 A;  5P6F A;  3NU3 A;  2HS2 A;  3UDR A;  1AZ5 A;  3PVK A;  2AVV A;  1HSH A;  1IVP A;  2PWC A;  5P1Z A;  3NYG A;  4OBD A;  4EP3 A;  3CKT A;  3KFN A;  3EL4 A;  5P3A A;  3O9L A;  1XL5 A;  5P5E A;  1YTH A;  1XS7 D;  3TKG A;  3NDU A;  1EBW A;  1HSI A;  2JJJ A;  3AUP A;  5OZA A;  2XYF A;  4RLD A;  5P5F A;  2NR6 A;  2F80 A;  2Q3K A;  1HHP A;  4RVJ A;  4F74 A;  4ZE6 A;  4IVT A;  1Q9P A;  4EYR A;  4HE9 A;  3L5D A;  1XL2 A;  3OQF A;  3ZMG A;  4HZT A;  4ZPG A;  1SME A;  4LXA A;  1EPO E;  5FIV A;  2RMP A;  3T11 A;  1B6P A;  5OZF A;  5P0G A;  1ZJ7 A;  2FGU A;  5P8D A;  3S85 A;  4GJC A;  1ODY A;  2QZX A;  5OYQ A;  3UTL A;  4YD6 A;  2AID A;  3ZKM A;  1XN3 A;  1HTR B;  1M4H A;  4Y37 A;  4Y41 A;  3ZKN A;  5I3W A;  1T3R A;  1GKT A;  4I10 A;  3Q70 A;  2O4K A;  3UHL A;  3OWN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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