5ER2E

High-resolution x-ray diffraction study of the complex between endothiapepsin and an oligopeptide inhibitor. the analysis of the inhibitor binding and description of the rigid body shift in the enzyme
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-resolution X-ray diffraction study of the complex between endothiapepsin and an oligopeptide inhibitor: the analysis of the inhibitor binding and description of the rigid body shift in the enzyme.
pubmed rcsb
molecule keywords ENDOTHIAPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Cryphonectria parasitica
total genus 80
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 1991-01-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5er2E02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5er2E01
5P8KA 2UPJA 5P40A 1GVXA 3EKPA 4BFDA 1RNEA 4Y3RA 5P2CA 4F74A 1BDQA 1AAQA 4Y5CA 4NJVA 3UDRA 2WF4A 2ZJNA 5P44A 2HB3A 4LHHA 3N3IA 3AUPA 1BXQA 4B70A 5OZ1A 1TZSA 3EL0A 2QZXA 5P4ZA 2QNNA 3QVCA 4YA8A 5KR8A 2FXEA 5P7LA 4YD3A 1MESA 5P1UA 5J25A 3LPJA 3OWNA 3KFSA 5P62A 2AZCA 5OZ3A 3KYRA 1KJHA 5P7RA 1PROA 2QD7A 2NXMA 1C6YA 4B1CA 4AA8A 2RSPA 3G70A 5DGUA 3EKWA 4NPUA 3LZYA 4ZPGA 5P67A 5P65A 3OTYA 2I0DA 2JJJA 3O9BA 5P63A 5P8MA 1AM5A 3FNTA 5P76A 4LXKA 3ER5E 1EC0A 5P5DA 2PQZA 2ZJHA 5OZNA 1XE5A 3SFCA 1B6JA 1GVUA 5P1AA 5P1WA 3RU1A 4K8SA 2RMPA 5P0IA 1HVJA 5P41A 3EM6A 3CKPA 4Q1YA 5P5NA 5P3EA 1A8KA 1WBKA 3VV8A 5OZ6A 1TSQA 5IVSA 5DQ2A 3QP0A 4BEKA 5AH6A 4Y5KA 1MSNA 3CICA 4DJUA 5P4JA 4AA9A 4Y41A 3U7SA 5P2TA 1W51A 5P1NA 1PSNA 2AVVA 3EBZA 3INFA 4R93A 3F9QA 3SA7A 1HTEA 4QJ6A 4R95A 3S43A 4X2LA 5ISKA 3SO9A 4NPTA 1ZJ7A 5AHAA 1T6GA 4QLHA 5OZXA 4MC1A 4Y3HA 1LF3A 2AZBA 1CPIA 5P2LA 2RENA 3LZVA 5P86A 3O9GA 5KAOA 5I70A 3PSGA 1IZEA 3T7QA 4NJSA 2JJIA 4QJ7A 5P4CA 3S43B 3S7LA 4RYCA 5P77A 5OZWA 4S1GA 2QI4A 4D8CA 4L1AA 3WB5A 5KOQA 2PK5A 3RSVA 1FLHA 4ER2E 4OBGA 1EPQE 4ZSRA 4Y4TA 5P6QA 3SM1A 3L59A 1HIIA 5P0PA 4L1AB 3UDKA 5P0KA 5P37A 2PWRA 1FFIC 2P3DA 4I8ZA 4J1EA 2ZHUA 5P2AA 4GMIA 5P2DA 1GNMA 1Q9PA 1XN3A 2B60A 2FIVA 3GGVA 5P57A 5BWYA 5P1OA 3O9AA 5P6JA 5OYZA 5IVTA 5P6FA 5PEPA 3GI4A 2G22A 4EPJA 4CMSA 3Q4BA 5P5UA 5P8VA 5AH8A 4J1KA 5AH9A 2R38A 2RKGA 4Y39A 3RTMA 1QS8A 5P82A 1M4HA 4GJBA 3VSXA 4J0PA 4MC6A 5P8IA 1HVCA 3H0BA 1RPIA 1FQXA 3SA6A 3ZKNA 5HDZA 5P1HA 3ZOVA 4D85A 4DJVA 2VJ6A 5HE5A 3SLZA 5P3MA 4B78A 3K4VC 3NYGA 3OGQA 4XXSA 1TQFA 1CZIE 5P4OA 2WF0A 4Y5PA 3L5EA 4DJYA 3VEUA 4DH6A 5HU0A 5OZEA 2QMGA 1HTRB 3KFRA 1D4JA 5P5FA 5HTZA 2G1NA 2JYSA 2CEJA 5APRE 3L58A 4DPFA 3VYFA 1ZSRA 4KE0A 4B0QA 5P47A 3UDPA 5OZOA 3I6OA 2ER7E 2NNKA 3EKXA 5P0BA 1APVE 3UQUA 4NJUA 4DJOA 5P60A 3INHA 2AOEA 3DUYA 1QBSA 2I4DA 2IKUA 5P2QA 4J0ZA 4LXAA 1IBQA 4NJTA 4CPXA 2PWCA 5P8HA 4TRYA 2A1EA 4H1EA 5P7SA 5OZ0A 2QNQA 5P48A 1EPOE 1FMBA 5P8RA 5OZHA 4FRSA 5AH7A 1K6TA 1SIVA 4CPTA 4GB2A 4Y3QA 1MSMA 2VNNA 5P3KA 3TOFA 5P5VA 4APEA 5P6HA 1FIVA 1HSGA 2HPFA 1IIQA 3PMUA 4FAEA 2P83A 1MT7A 2R3WA 5P0CA 3G72A 1HTFA 1ZPAA 3Q6YA 3PLDA 2FXDA 2QZKA 1NPWA 2R5PA 2VJ7A 5P3OA 2FDEA 5AGZA 4NKKA 5P1PA 5P4UA 4F75A 3HVGA 4CPWA 4DUSA 5P0YA 3KN0A 3LZSA 4EWOA 3LINA 3CIBA 3KFNA 5ENKA 2ZDZA 3QI1A 1B6KA 5P1LA 4DQGA 5OZ5A 5P11A 4HZTA 4RVIA 2AVMA 3KMXA 4F73A 3VSWA 5P74A 3MSJA 4CPQA 4N00A 4YD5A 1AVFA 3UDQA 2R3TA 3UQRA 1YT9A 2BPVA 4GIDA 2O4LA 5SY2A 2NMYA 3VUCA 3IAWA 4Y3MA 2Q55A 2HAHA 3OTSA 2A4FA 2AOIA 4DQHA 5P3BA 5OYRA 1TSUA 5P2RA 3VV7A 3KDBA 1EC3A 1YTHA 1FGCC 5P28A 4J54A 5P5TA 5P50A 5P4LA 3KT5A 1MTRA 5OZTA 5P69A 1BAIA 3SA3A 5OZKA 3NR6A 2I4XA 2BBBA 5P7XA 3PCZA 1CMSA 1XE6A 3OXWA 2ZHRA 3OK9A 4YE3A 4U8WA 3PI0A 3NXEA 3CYXA 1WBMA 4HEGA 5P46A 1MIQA 3RTHA 2ANLA 4CP7A 3D20A 5P2IA 1NPVA 2P3AA 2WF2A 2JE4A 5P8OA 1A8GA 3A2OA 3PWMA 3OU4B 5DPZA 3WZ8A 4ER1E 4J0TA 2UY0A 2ZJJA 1C6ZA 3HBOA 3PVKA 2QAKA 2PSUA 3UF3A 1HXWA 4I0GA 5P2VA 1K1UA 4K4RA 3O9IA 4Y5AA 4H3JA 4R5NA 6FIVA 5P4XA 4E43A 5P7MA 2B42A 5P6UA 5P15A 5P7PA 2PMAA 5P52A 3R0WA 2PH6A 2IENA 3SPKA 5P09A 5COKA 5SXNA 5P3XA 2Z54A 5P7AA 3UDNA 5OYUA 4I8WA 1FFFC 3ZMGA 5P4KA 5P3RA 2QZLA 4Y4ZA 1DPJA 3H5BA 3TLHA 1AXAA 3IVIA 5OYVA 2OHQA 2ZJLA 4YDGA 5P8TA 4ZEAA 3OGPA 4J55A 4COEA 3PLLA 9HVPA 3EMYA 2XFKA 1G6LA 2FDDA 5P0FA 4OC6A 2ZGAA 3NU5A 3ZKXA 1BWBA 4Y44A 1ENTE 1ZTZA 2XFIA 2FNTA 3O9FA 1EC1A 2G26A 3JW2A 5P0ZA 5P5QA 1AJVA 5P4QA 1EAGA 2FGVA 5P7BA 4Y3EA 4TRZA 3SA8A 1EPLE 3IVHA 4R8YA 3MSLA 4YOBA 3NDUA 1NSOA 4GJAA 3NSHA 1EPME 3IN4A 1PSAA 4ZSQA 3CYWA 2F3FA 4GYEA 4A6BA 1FG6C 1LV1A 5P3AA 6APRE 2Q15A 1C6XA 1A94A 1MRWA 1T3RA 3DK1A 5P2JA 3EKYA 3PB5A 5KR0A 3KF0A 5P43A 3URLA 4Y3LA 5P29A 5P3PA 4L7HA 1SIPA 1JLDA 2BQVA 3NU3A 2QD8A 4EJKA 1J71A 3T3CA 5P26A 1K1TA 2QZWA 3LPIA 2MIPA 2IGXA 2QU3A 5P3DA 4EJLA 2ZJKA 1M0BA 1QRPE 4DQFA 2BPZA 3UQWA 5P2KA 2AZ9A 3TPLA 4JOOA 4A6CA 2B8VA 3OQAA 1K6PA 1Z8CA 5P03A 3OUBA 3SKFA 1QDMA 3CKTA 4I0FA 2O4SA 2I4UA 1IVPA 3EM4A 4QJAA 5P7YA 3LIVA 5P7JA 5KQXA 4JPCA 5P4GA 1ZPKA 4Z2ZA 1E80E 5P3UA 4YBFA 1BWAA 1SDTA 3LIXA 4ACXA 2QHZA 2G1SA 3NUJA 4HA5A 4I0DA 5P5XA 2AOFA 4BFBA 5P6ZA 3PBZA 3SACA 3L38A 5P36A 3OQ7A 5P6NA 2QMFA 5P06A 3PWRA 3I25A 4IVSA 4B05A 2IL2A 2WEAA 5P1XA 5JODA 2FGUA 5P6YA 3FIVA 3TH9A 4GJDA 2RKFA 2OHRA 2WJOA 4FM8A 5P0TA 3Q70A 5HDVA 2PC0A 5P8JA 2AVOA 4FRKA 5I3YA 3DCRA 3QBHA 4CPRA 4CPSA 2NNPA 2PK6A 3L5FA 3URIA 5P88A 3URJA 1W50A 4KE1A 4AZYA 2IKOA 3EXOA 3WB4A 2I1AA 4Y43A 1BV9A 3Q5HA 5P64A 5OZGA 1F7AA 5P3NA 3I7EA 1W6IA 3BGCA 4U7VA 3PBDA 4I0IA 4D88A 5P17A 1W5XA 2G1OA 5P1SA 5DQ4A 5P1RA 5P3QA 3OXXA 5P39A 5E5JA 5P7HA 2PH8A 2R8NA 2QD6A 4GJCA 4RRNA 4AMTA 4J0VA 1D4KA 3SA4A 7UPJA 3TKWA 4Y3ZA 3INEA 5AHCA 3BUFA 5UPJA 5JFPA 4DFGA 4Q1XA 1MERA 5P12A 5P1ZA 5P7GA 3O9LA 2H6SA 3OUDA 4LXMA 4I0HA 1LF4A 2CENA 3O9LB 1T7KA 3OUDB 4Y37A 5P2NA 1KJGA 2XYEA 3BVBA 5OZ4A 1MEUA 4Y9WA 1META 4Y51A 5OZYA 2NMZA 1K6VA 3VF3A 1D4HA 2VNMA 5OZUA 3BVAA 2F3KA 3C9XA 1SGZA 5HD0A 3UPJA 1W5YA 4Y3PA 1EBWA 5P5EA 3KFPA 4L7GA 5P2ZA 5P0XA 3T7PA 1EC2A 4FSLA 5P25A 4Y4BA 4YCYA 3UCBA 5P33A 5P6DA 2PYMA 2V00A 5OZQA 5P6MA 5P49A 3HAWA 5P05A 5P0GA 1SBGA 3WZ7A 4YD7A 3ZLQA 5DR8A 1BVGA 3I8WA 5HE7A 5P13A 5P6AA 2ZHVA 5P72A 2VA6A 4R92A 2O40A 5P2FA 5C9FA 1TW7A 1AJXA 2J9KA 5P84A 4JP9A 5OZ8A 3LITA 3SM2A 3OU1A 1FMUA 5E5KA 6UPJA 5P04A 3IXJA 5P8GA 4J1IA 3FX5A 3INDA 5P4IA 5EZXA 1HVIA 3OU1B 2F8GA 4Z4XA 5P87A 1KJFA 3G6ZA 2VKMA 1HSHA 3BHEA 1HEFE 2F3EA 2VIJA 2Q11A 5IVQA 2R43A 5OZJA 3UDJA 4DJPA 1YTGA 5P6CA 3K5CA 1FG8C 2BB9A 4Y50A 5P5WA 5P4AA 3QRVA 1PPKE 1PPME 3TPRA 1A30A 1HPVA 3TL9A 3ECGA 4OBJA 1IDBA 5I3WA 5P6OA 1VIKA 4XX3A 4J17A 4Y4EA 1RV7A 4Y5NA 3UDHA 3SABA 5P45A 2R9BA 5P3LA 5P31A 3O9EA 3UQPA 5HVPA 2ZHTA 4EXHA 1OHRA 4ZLSA 3OQDA 5DQCA 3TPJA 2G24A 5P4EA 4Y4UA 2SAMA 5P27A 5P0HA 5P7DA 3EL1A 5P4DA 2AQUA 2OAHA 1PFZA 5P0UA 1C70A 1BXOA 3PSUA 8HVPA 2CEMA 4J5JA 2AVSA 4EP2A 4ACUA 2QI3A 2ZJMA 3K5FA 1MUIA 2WL0A 2FNSA 3LNKA 3NU4A 3TKGA 5P1GA 1HOSA 4RCEA 5P73A 4IVTA 3DOXA 1B11A 5P0MA 3S56A 4Y3FA 2I4VA 5KQYA 5P59A 5P38A 4J1HA 4Y3SA 3AIDA 5OZRA 1E5OE 1B5FA 3APPA 2QP8A 2UXZA 1AZ5A 1OEWA 3IXOA 4DVFA 1PSOE 4I12A 5P85A 2QMPA 1T6EX 5P0VA 2NPHA 5P1TA 5P51A 2ER6E 4L6BA 4FM6A 3OY4A 4XKXA 3VG1A 3ZKMA 5P32A 2O4KA 4KUPA 3PWWA 3UHLA 4RVXA 4GJ7A 1SH9A 5P3FA 1HPXA 3QPJA 2FMBA 1B6LA 2WECA 4LAPA 5DR4A 3D1XA 1HHPA 2F80A 5P3JA 3ZPUA 4YBIA 5C9BA 4PHVA 5DR1A 5P6WA 3EL4A 5KR1A 5P8BA 5P3WA 4DJWA 1G0VA 3D91A 5P5MA 1A9MA 5KQFA 2AZ8A 4EQ0A 4F76A 2FLEA 1ME6A 3APRE 5P3VA 3RSXA 5P0DA 1APTE 1EBKC 2FDPA 5DGWA 2IGYA 1XN2A 2XYFA 2QMDA 3IN3A 5P35A 5P08A 3PM4A 3PI5A 1IZDA 3O99A 4B00A 2Q54A 2VIEA 1EPRE 1YX9A 4RCFA 3NLSA 4EP3A 5C9DA 5I3XA 1AIDA 5P6BA 3S7MA 4MC9A 5P8CA 3OUAA 2Q3KA 1FEJC 4J1CA 1QBTA 2G94A 2BKTA 3D1ZA 1TCXA 3CIDA 1D4YA 5OYSA 5P68A 5CONA 1ODYA 5HCOA 3NU9A 4RZ1A 1HTGA 5HDXA 5P2SA 2I4WA 3EKTA 4YD4A 3B7VA 2HS1A 3GW5A 1QBUA 1UH8A 3LZUA 5P8NA 5P0EA 2HC0A 3K5DA 2O4NA 3JVYA 1LYAA 1XS7D 3DJKA 4YD6A 4Y5EA 1SP5A 1NPAA 5P4MA 5P16A 5P14A 1RQ9A 1LYAB 1YTIA 5OYWA 1FQ4A 5HDUA 2NR6A 3K4VA 3KMYA 4Y45A 4HDPA 4R91A 3GI5A 5P7ZA 4Y3AA 2G69A 4GJ9A 5P7VA 1FQ8A 1M43A 1XL2A 4D83A 3S8IA 4LBTA 3S53A 3IXKA 1W5WA 4Y53A 3MXDA 5P2MA 3U6AA 1LF2A 3ST5A 5P7WA 3BRAA 4OC6B 3TOHA 2OHKA 1WKRA 5P2UA 3T6IA 5COOA 5BRYA 3PRSA 5P80A 1FB7A 2G21A 1KZKA 2OHNA 1DW6C 5OYQA 5P4PA 4Y3XA 3DM6A 4A4QA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P8K A;  2UPJ A;  5P40 A;  1GVX A;  3EKP A;  4BFD A;  1RNE A;  4Y3R A;  5P2C A;  4F74 A;  1BDQ A;  1AAQ A;  4Y5C A;  4NJV A;  3UDR A;  2WF4 A;  2ZJN A;  5P44 A;  2HB3 A;  4LHH A;  3N3I A;  3AUP A;  1BXQ A;  4B70 A;  5OZ1 A;  1TZS A;  3EL0 A;  2QZX A;  5P4Z A;  2QNN A;  3QVC A;  4YA8 A;  5KR8 A;  2FXE A;  5P7L A;  4YD3 A;  1MES A;  5P1U A;  5J25 A;  3LPJ A;  3OWN A;  3KFS A;  5P62 A;  2AZC A;  5OZ3 A;  3KYR A;  1KJH A;  5P7R A;  1PRO A;  2QD7 A;  2NXM A;  1C6Y A;  4B1C A;  4AA8 A;  2RSP A;  3G70 A;  5DGU A;  3EKW A;  4NPU A;  3LZY A;  4ZPG A;  5P67 A;  5P65 A;  3OTY A;  2I0D A;  2JJJ A;  3O9B A;  5P63 A;  5P8M A;  1AM5 A;  3FNT A;  5P76 A;  4LXK A;  3ER5 E;  1EC0 A;  5P5D A;  2PQZ A;  2ZJH A;  5OZN A;  1XE5 A;  3SFC A;  1B6J A;  1GVU A;  5P1A A;  5P1W A;  3RU1 A;  4K8S A;  2RMP A;  5P0I A;  1HVJ A;  5P41 A;  3EM6 A;  3CKP A;  4Q1Y A;  5P5N A;  5P3E A;  1A8K A;  1WBK A;  3VV8 A;  5OZ6 A;  1TSQ A;  5IVS A;  5DQ2 A;  3QP0 A;  4BEK A;  5AH6 A;  4Y5K A;  1MSN A;  3CIC A;  4DJU A;  5P4J A;  4AA9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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