5EZXA

Crystal structure of bace-1 in complex with {(1r,2r)-2-[(r)-2-amino-4-(4-difluoromethoxy-phenyl)-4,5-dihydro-oxazol-4-yl]-cyclopropyl}-(5-chloro-pyridin-3-yl)-methanone
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
390
structure length
374
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A Real-World Perspective on Molecular Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 374
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2015-11-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ezxA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ezxA02
5DR3A 3QI1A 1W5WA 3OXCA 4Y3GA 3O9FA 3VSWA 4TVGA 3LIQA 1HIVA 4EJDA 5P1HA 3U7SA 4B77A 7HVPA 8HVPA 1IVPA 5P1WA 2PYNA 1K1UA 1LYAB 4YOAA 1RPIA 2ZJMA 4I0EA 1W6HA 4RCEA 3K5GA 1G2KA 3KDBA 3S2OA 4BFDA 4B00A 1ENTE 4Y44A 4OBJA 1QBRA 1WBKA 3OTYA 5P10A 1MSNA 2OHNA 5IVQA 4J1EA 3UPJA 2Q3KA 3VFAA 1EPQE 1HPOA 3GI5A 2CENA 2ZJKA 3R0YA 1TCWA 3OTSA 4DI2A 1D4IA 3VUCA 4B1EA 4Y4DA 2WF0A 3QBFA 4DJQA 1EEDP 5ENKA 2OF0A 5P7DA 2F81A 5AHBA 5OZTA 3WSJA 3KDCA 1NPVA 5P7IA 1BDQA 5P63A 4A6CA 2O4PA 3NDUA 2O4KA 5P80A 4NJUA 5P65A 4U7VA 1M0BA 4R8YA 4GZFA 3VLBA 1EPOE 2ZHVA 3EL5A 1SDTA 5P5YA 4JECA 5P4GA 3URJA 5OZ0A 1GVVA 1HBVA 2P3BB 2QHCA 4COEA 2AVSA 1HXBA 1FEJC 1DMPA 3N4LA 3HAWA 4Y39A 1KJFA 2BPVA 2F3EA 3EMYA 1ODYA 1MRWA 5I3VA 1T7IA 1SBGA 3RTNA 5P8LA 2AVOA 5P11A 4Y51A 5P0RA 3O9LA 1DAZC 5P8EA 3S56A 4DQBA 5P73A 3SA8A 3B80A 4H3IA 3EKXA 3PMUA 2VIEA 4XKXA 5P6GA 4YDFA 1E5OE 1BWBA 5HDXA 1IZEA 3S53A 5AH8A 4ZIPA 3PM4A 5ISJA 4B05A 1N49A 1PFZA 3BHEA 1LS5A 5P3TA 4LL3A 3UQRA 4YD7A 2Q63A 2VKMA 1AIDA 4RZ1A 3PB5A 4GB2A 5KQYA 3DK1A 2PSUA 3I8WA 3LIVA 3RTHA 4NJVA 4F75A 2AOCA 2NXDA 5DQCA 3UQPA 6UPJA 4A6BA 5P7KA 5HU1A 1QS8A 5P5JA 5DPZA 5P75A 1TW7A 2RENA 5P42A 3VV6A 5P8IA 4RROA 3EL0A 1B6KA 2QZWA 2P4JA 3OADB 1D4LA 4Y57A 4Y3AA 5P5AA 4WTUA 1M4HA 2FS4A 4HDPA 4ZSRA 4D83A 5DQ1A 5P7MA 5P0AA 1YG9A 2FGUA 1J71A 4OBDA 5OYWA 5P87A 4AMTA 1APVE 3FSMA 3SM2A 2ZDZA 1FFIC 3LPKA 1QRPE 5P3WA 5P32A 2P8HA 2NMZA 4Y43A 4PYVA 1KZKA 3QVIA 5P3FA 4D88A 1D4SA 2HB3A 5P5PA 1LYWA 3D91A 5OZEA 4Y3YA 2V16C 1Z8CA 5P1DA 3UDPA 3BGBA 3CMSA 5OZVA 3PWMA 2R3TA 1SGUA 4Y5AA 4Q1NA 1MESA 4KE0A 1HIHA 1MT8A 1ZJ7A 1NSOA 2QZLA 3S8IA 4U8WA 5KQZA 4F76A 2FGVA 5P41A 1EAGA 1SIPA 3SA9A 3DOXA 3CIBA 5P3HA 5P3AA 5P0QA 3DM6A 3PSGA 5P7EA 5OZ8A 3OU1B 4PEPA 3VFBA 3APPA 5P51A 1LF3A 1A94A 4Y3QA 3WZ6A 4Y3EA 1FQ7A 3S54A 5P6PA 4I10A 4J1IA 3Q5HA 5P17A 3I6OA 4OD9B 4I0HA 3KF0A 2WF4A 3M9FA 5APRE 4PZWA 4EP2A 3SQFA 3O99A 3BUHA 3QN8A 4DQCA 3SA4A 3LHGA 1FQ5A 2JXRA 3L38A 3MXEA 4I0DA 2AODA 5P0LA 4Z22A 5HDUA 5P2WA 2PSVA 5P8RA 5P4NA 1LYAA 2FDDA 3EKPA 4Y58A 1D4HA 5P29A 5P0JA 2ANLA 1W51A 5HE5A 1LF2A 1GKTA 1TQFA 2VA6A 1ZPAA 4CPRA 1NPWA 5P2GA 1B6PA 3PBDA 3NDWA 1YTIA 3BVAA 5DQ5A 5P13A 1KJ7A 5P2JA 2B42A 4Y4EA 1FGCC 5OZNA 3NWQA 5PEPA 5P0IA 5OYXA 5P6LA 2G1RA 4J17A 3Q4BA 4ZEAA 2HM1A 3FIVA 5P34A 4I12A 5P4IA 3OQDA 1K6PA 5P3ZA 3QRVA 1MIQA 2VIYA 5P7HA 4BELA 5P7XA 5P5RA 4NPTA 5P74A 2EWYA 3WZ8A 5P50A 4EQJA 3OGPA 5P5WA 2RKFA 4Y47A 2QI7A 4YBIA 2VIJA 5I3YA 5KR8A 1DIFA 5P84A 2WL0A 4EPJA 4Q5MA 2I0DA 2R5QA 3Q70A 3C9XA 4J0PA 5KOQA 5OZ9A 5P86A 5OZBA 3DV1A 3SA3A 2ZE1A 3K5DA 5P20A 4DJRA 4LXAA 4Y4BA 3WB5A 1G35A 1SH9A 2R38A 5P04A 3D1YA 5OZ5A 4PPHA 5P00A 2I4QA 2OAHA 5P0BA 2B60A 1D4KA 5P2OA 1B6JA 2XYEA 4GJBA 3WB4A 3FNUA 5P3YA 4GJCA 1MRXA 1TSQA 5P0CA 4GJAA 5P4BA 3CYWA 2BB9A 3QIHA 5P68A 5P0MA 5P4SA 2VA7A 1FMXA 3PLDA 5P0EA 3EKQA 4CPUA 3IXJA 1EPRE 4Y5PA 4FGXA 3L5FA 5P82A 4Q1YA 5P3UA 3O9EA 4L1AA 4GJ9A 1XN2A 5P3MA 4DH6A 3L59A 3QBHA 1MERA 4J0ZA 4FS4A 5ER2E 2OHRA 4YCTA 2Z4OA 4H3GA 4APRE 3IXKA 3T6IA 4E43A 4GMIA 3OXXA 5P19A 3OK9A 5P48A 1HPXA 1T6GA 2AOJA 3SO9A 3EKYA 1MUIA 4IVTA 1BV9A 2ER7E 2G94A 3O9LB 4I8WA 4ZSPA 2FLEA 4EXGA 4Y4JA 3OGQA 1F7AA 4TRYA 3SFCA 3NR6A 4I0JA 5P6EA 3LIYA 2J9JA 5P26A 2HAHA 5I3XA 2V0ZC 1SP5A 5COPA 5AH7A 5EZZA 5P59A 2WF3A 5HDVA 1ZSFA 3D1ZA 5P2BA 2PH8A 4LP9A 4RLDA 3VEUA 3TL9A 3QP0A 2OHSA 3TPJA 3GI6A 3BRAA 1D4YA 3GW5A 5P5EA 3O9CA 2QNQA 4FRKA 1MVPA 4ZLSA 4FRJA 4B1CA 5JFPA 1EPME 1YTHA 3SM1A 3KYRA 2G26A 1TZSA 3OY4A 1WKRA 1FQ8A 3HLOA 1HVKA 4FRSA 3G6ZA 1XL2A 1A30A 5P5TA 3RTMA 5P8DA 3PJ6A 3NU6A 3SKFA 4Y5CA 4J54A 4RVJA 3TPRA 5P06A 5P2UA 3OU1A 3INEA 2UXZA 5P6XA 4CPTA 4FIVA 3TOGA 2VJ7A 3VYDA 5P49A 4L7GA 2BBBA 4OD9A 2WEBA 1FMUA 1OEWA 3QS1A 1RL8A 1PSOE 5P2DA 1NH0A 5P45A 3NU3A 1MSMA 5P3VA 6FIVA 2B8LA 5P2NA 2SAMA 1SDVA 2O4NA 3TH9A 4ZPEA 1WBMA 2B8VA 5DR7A 4M8YA 1HVHA 5DGWA 5P12A 5P4ZA 5P1VA 3UHLA 1XS7D 5P02A 4Y56A 5P44A 1F34A 4NJSA 3GI0A 2OHPA 5OZ2A 3OQAA 5SZ9A 3QRMA 3OAGB 4Y5LA 4I0FA 5P71A 4GIDA 5P01A 1U8GA 3KFRA 5OZ1A 4F74A 4FE6A 4J0VA 4APEA 1AJVA 1IZHA 3T7PA 4DJOA 5B18A 3BGCA 4Y50A 3NDTA 5P47A 3ZL7A 1LV1A 2IKUA 4RCDA 4KB9A 5HE7A 5JG1A 1QBTA 2AOGA 3PWWA 4YD6A 1T7JA 5P2KA 5P5QA 1SGZA 5DGUA 5P6KA 3PSUA 2Q15A 2VNMA 5P2TA 4FAFA 3CKRA 2AQUA 1B6MA 4RYCA 3NYGA 5P6WA 3EL1A 3U6AA 5P83A 1HSIA 1ODWA 3QPJA 1G6LA 4EHCA 2IGYA 4CPXA 1SMEA 3UQWA 3S7MA 1B11A 2O40A 3O9HA 3KFPA 1IDAA 4Z50A 4R5NA 5P1IA 4FAEA 3IXOA 4Y3MA 5HTZA 5P2RA 2P3AA 4K4QA 2HC0A 5P7YA 1HVCA 2Q5KA 3Q3TA 1HWRA 5P60A 3L3AA 2PWRA 1ZTZA 1HTGA 1MT9A 5P2YA 1SDUA 2P3DA 5P1SA 4FM7A 4FRIA 5HVPA 5SXNA 3VV7A 2FXDA 4EJ8A 4J1HA 2HS2A 5P8VA 1CZIE 5P0VA 1XDHA 1EC3A 5P88A 3TKWA 4Y54A 2JYSA 2WEAA 3EL9A 4N00A 1K2CA 5ENMA 4B78A 1RV7A 5P1AA 5P1ZA 1BBSA 1GNNA 5I70A 2R8NA 2ZHSA 5P6SA 3MSJA 4J55A 3NUOA 2FMBA 4ZSQA 1DP5A 3O9IA 2FDEA 1FQ6A 1MT7A 4X2LA 5COOA 5AH9A 5OZ3A 3OQ7A 2PH6A 4Y5EA 4Y3SA 2R9BA 1IVQA 1APTE 4HEGA 1VIJA 3OU3A 2XYFA 1Z1HA 5P4TA 3T11A 2QAKA 5P2SA 2IL2A 3NXEA 4FL8A 5BRYA 3OOZA 4L1AB 3BC4A 5P38A 3L58A 1CPIA 1META 4EWOA 4RCFA 5P7BA 5P7UA 4YD4A 3HW1A 2CEMA 1BVEA 2UY0A 4MC6A 3LPJA 5P2FA 1XE6A 2OHUA 2H6SA 1ME6A 2APRA 5P0GA 3IA9A 3RSXA 2PK6A 1A8GA 3WZ7A 2A1EA 1HVIA 4OC6A 4Y4AA 2IENA 2J9JB 3PI0A 3SA5A 3HBOA 1BIMA 3KA2A 4DJXA 3T7QA 5ISKA 1G0VA 1BILA 2R5PA 4Y41A 5AHAA 2PQZA 3OU4A 4IVSA 3EC0A 4WY6A 3I25A 1BAIA 4DUSA 3SAAA 4LXKA 2O4SA 3UDMA 3VG1A 4I0ZA 4LAPA 4NJTA 3T3CA 1CMSA 1VIKA 3L5DA 2WECA 5P5UA 1FQXA 3INHA 5P0ZA 3PCWA 1EC0A 1MEUA 3JVWA 5FIVA 5P3NA 1EPPE 4Y37A 3IAWA 5P7JA 4Y5KA 5OZWA 5P7RA 2ER9E 5KQFA 5P7LA 5DR0A 4DJYA 1W5VA 2Q54A 2QMFA 3VF5A 2I4WA 1HTFA 9HVPA 4RGHA 5P5VA 3ER5E 5IVTA 4Y3XA 5P39A 5OYSA 3CKTA 5OZIA 5P6TA 3SA6A 2AOFA 2PK5A 2IKOA 1JLDA 5P36A 2IS0A 2JJJA 3NU5A 4I0IA 3OAGA 5OZSA 5OYZA 2F3KA 4ACUA 3HZCA 5P1FA 4MC1A 5OZ4A 4M8XA 4EXHA 1EPNE 3NWXA 5P1GA 2QHYA 1HEFE 1GVUA 5P6AA 5P2CA 4R93A 1IIQA 3ZOVA 2ZJNA 3BXRA 4Y4UA 5P0KA 3ZKNA 3G72A 1FKNA 4L7HA 4XX4A 2VIZA 5TOLA 2FNSA 5P33A 2ER0E 3NDXA 2G27A 5P61A 2BPYA 2G1YA 3ZPSA 5P1RA 3HVGA 2FNTA 4YD3A 2XFKA 5I3WA 4K8SA 5E5JA 3DCKA 5OZRA 2HIZA 3HAUA 4YBFA 4MC9A 5C9FA 4Y5NA 3OXWA 3BUFA 1RNEA 4DJWA 1FIVA 2HPEA 3URIA 1C6YA 4Y35A 1QDMA 2MIPA 3HVPA 3RSVA 3LNKA 1W6IA 2QD6A 1MPPA 4RRNA 5P1BA 2QU3A 4Y5MA 4Y36A 4NPUA 5F01A 2ASIA 5P3RA 2I4XA 5P64A 3D1XA 5HDZA 5P4WA 1EBKC 4YCYA 5P8KA 4Y48A 2BQVA 4J1CA 5P0YA 2VJ6A 5OZFA 5P4JA 1APWE 4JPCA 3OWNA 3IN3A 1AAQA 1YM4A 2ZJHA 3EBZA 3ZKIA 1YT9A 5AH6A 3JW2A 5P6VA 3NUJA 3R4BA 4TVHA 5P0NA 5BWYA 4Y3TA 1YTGA 3KT2A 3MSLA 3VF7A 5P54A 3S7LA 3SKGA 2ZHRA 2G1NA 5DQ2A 5OYYA 5P0SA 3IVHA 1E82E 5HCOA 1ZP8A 5P66A 5P0WA 5P4XA 2NPHA 5P56A 2QU2A 4R92A 2QI3A 5DR8A 1PROA 1K2BA 5KAOA 1KJGA 4Y9WA 3SLZA 4Y3PA 1BWAA 5P3XA 4EP3A 2NR6A 1ZAPA 5P1CA 5P7NA 5P1MA 3N3IA 3Q6YA 5P1UA 5P4FA 3R0WA 5P08A 4RVIA 2BJUA 2OHTA 3UCBA 4CPSA 2G24A 2AZBA 5P7WA 3EM3A 1NPAA 5OZ7A 5JODA 4Y45A 3OUAA 2A4FA 5P53A 5P5CA 3TOFA 4TRZA 5P3JA 3KMYA 3ZPUA 3EKWA 2WEZA 4QGIA 3D3TA 4F73A 4LC7A 5P2LA 4BFBA 4DPIA 2B7ZA 1E80E 3INDA 4Y53A 4FCOA 2XFIA 3ZKQA 4CMSA 5DR4A 4Y4GA 1AZ5A 3CYXA 4YOBA 1LEEA 3S43A 5OZCA 3TNEA 2PWCA 5P03A 2NNKA 2H6TA 5P14A 4I0GA 3PCZA 1B5FB 5UPJA 5KR1A 1OEXA 4OC6B 2IEOA 2VNNA 5P6NA 3LZYA 5P4QA 2Q55A 1EC1A 2I0AA 1PPME 3OQKA 4CP7A 3OHFA 3OU4B 1C6ZA 1K6TA 5P2HA 1IZIA 1W5YA 5P3LA 2AOHA 4CPQA 3L5CA 5P8UA 2Q64A 1W5XA 3LINA 3DCRA 5P25A 4Y5GA 1HRNA 2ZJLA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DR3 A;  3QI1 A;  1W5W A;  3OXC A;  4Y3G A;  3O9F A;  3VSW A;  4TVG A;  3LIQ A;  1HIV A;  4EJD A;  5P1H A;  3U7S A;  4B77 A;  7HVP A;  8HVP A;  1IVP A;  5P1W A;  2PYN A;  1K1U A;  1LYA B;  4YOA A;  1RPI A;  2ZJM A;  4I0E A;  1W6H A;  4RCE A;  3K5G A;  1G2K A;  3KDB A;  3S2O A;  4BFD A;  4B00 A;  1ENT E;  4Y44 A;  4OBJ A;  1QBR A;  1WBK A;  3OTY A;  5P10 A;  1MSN A;  2OHN A;  5IVQ A;  4J1E A;  3UPJ A;  2Q3K A;  3VFA A;  1EPQ E;  1HPO A;  3GI5 A;  2CEN A;  2ZJK A;  3R0Y A;  1TCW A;  3OTS A;  4DI2 A;  1D4I A;  3VUC A;  4B1E A;  4Y4D A;  2WF0 A;  3QBF A;  4DJQ A;  1EED P;  5ENK A;  2OF0 A;  5P7D A;  2F81 A;  5AHB A;  5OZT A;  3WSJ A;  3KDC A;  1NPV A;  5P7I A;  1BDQ A;  5P63 A;  4A6C A;  2O4P A;  3NDU A;  2O4K A;  5P80 A;  4NJU A;  5P65 A;  4U7V A;  1M0B A;  4R8Y A;  4GZF A;  3VLB A;  1EPO E;  2ZHV A;  3EL5 A;  1SDT A;  5P5Y A;  4JEC A;  5P4G A;  3URJ A;  5OZ0 A;  1GVV A;  1HBV A;  2P3B B;  2QHC A;  4COE A;  2AVS A;  1HXB A;  1FEJ C;  1DMP A;  3N4L A;  3HAW A;  4Y39 A;  1KJF A;  2BPV A;  2F3E A; 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 2AQU A;  1B6M A;  4RYC A;  3NYG A;  5P6W A;  3EL1 A;  3U6A A;  5P83 A;  1HSI A;  1ODW A;  3QPJ A;  1G6L A;  4EHC A;  2IGY A;  4CPX A;  1SME A;  3UQW A;  3S7M A;  1B11 A;  2O40 A;  3O9H A;  3KFP A;  1IDA A;  4Z50 A;  4R5N A;  5P1I A;  4FAE A;  3IXO A;  4Y3M A;  5HTZ A;  5P2R A;  2P3A A;  4K4Q A;  2HC0 A;  5P7Y A;  1HVC A;  2Q5K A;  3Q3T A;  1HWR A;  5P60 A;  3L3A A;  2PWR A;  1ZTZ A;  1HTG A;  1MT9 A;  5P2Y A;  1SDU A;  2P3D A;  5P1S A;  4FM7 A;  4FRI A;  5HVP A;  5SXN A;  3VV7 A;  2FXD A;  4EJ8 A;  4J1H A;  2HS2 A;  5P8V A;  1CZI E;  5P0V A;  1XDH A;  1EC3 A;  5P88 A;  3TKW A;  4Y54 A;  2JYS A;  2WEA A;  3EL9 A;  4N00 A;  1K2C A;  5ENM A;  4B78 A;  1RV7 A;  5P1A A;  5P1Z A;  1BBS A;  1GNN A;  5I70 A;  2R8N A;  2ZHS A;  5P6S A;  3MSJ A;  4J55 A;  3NUO A;  2FMB A;  4ZSQ A;  1DP5 A;  3O9I A;  2FDE A;  1FQ6 A;  1MT7 A;  4X2L A;  5COO A;  5AH9 A;  5OZ3 A;  3OQ7 A;  2PH6 A;  4Y5E A;  4Y3S A;  2R9B A;  1IVQ A;  1APT E;  4HEG A;  1VIJ A;  3OU3 A;  2XYF A;  1Z1H A;  5P4T A;  3T11 A;  2QAK A;  5P2S A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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