5FIVA

Structural studies of hiv and fiv proteases complexed with an efficient inhibitor of fiv pr
Total Genus 27
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
27
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
GTTTTLEKRPEILIFVNGYPIKFLLDTGADITILNRRDFQVKNSIENGRQNMIGIGGGKRGTNYINVHLEIRDENYKTQCIFGNVCVLEDNSLIQPLLGRDNMIKFNIRLVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural studies of FIV and HIV-1 proteases complexed with an efficient inhibitor of FIV protease
pubmed doi rcsb
molecule keywords RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Feline immunodeficiency virus
total genus 27
structure length 112
sequence length 112
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5fivA00
1W5XA 2AZ8A 5P8PA 4Y6MA 5HCTA 1BDRA 5DR8A 3KM4A 5OZ9A 5P6GA 4Y5KA 3LZVA 5P3IA 4TVHA 5KR8A 5P5ZA 4YCYA 5P8EA 1M0BA 5OYQA 1FQ4A 4IVSA 4Y5NA 5P0VA 2OHKA 1APUE 3L58A 2IS0A 2J9JA 3OU4B 5HU1A 5P3XA 3S56A 1RPIA 6FIVA 3EM6A 5P2FA 4Y51A 1T6EX 2NR6A 3TPLA 1B6PA 4F74A 4L7JA 5P2SA 2SAMA 5P3SA 3T11A 1T7JA 2PH8A 3LZUA 4ACUA 2AVMA 3NWXA 1K6PA 1FMUA 3SA6A 5KR0A 3ZKQA 4L7HA 4WY1A 3LZYA 3OU3A 4I10A 5P62A 5EZXA 5KR2A 4M8YA 4EJ8A 4QJAA 4B1DA 4HA5A 2AZ9A 1G0VA 3LIZA 1EAGA 1ODXA 5DR4A 4XX3A 3OWNA 4B77A 2WEAA 5P0HA 5P3YA 4H3GA 2G27A 3HDKA 3DK1A 3NU3A 5OZFA 4GB2A 4MC9A 2HAHA 4Y3MA 3S7LA 3OAGA 4B00A 3LPIA 2FIVA 5P0FA 1HSIA 2BPZA 2IKOA 4YDFA 1K2BA 3ER5E 5AH6A 2P3BB 2PYNA 3RTNA 3ZPSA 1LYWA 4J5JA 1EC3A 3LNKA 2OHTA 2BBBA 5P37A 1PPLE 5DQCA 5P5NA 5HDUA 5OZOA 3S2OA 3Q5HA 4J17A 1EPME 3EL1A 5P29A 3SKGA 4CKUA 5HE5A 2B8VA 5P59A 2ZYEA 2NXDA 2BJUA 5P7WA 1E5OE 2OHNA 3L5EA 9HVPA 3O9GA 5JODA 2NNPA 1EPPE 2P8HA 3T7XA 1B11A 4PZWA 4MC6A 5IVSA 2VNNA 3ZMGA 1FG6C 1XL5A 4HDFA 2HS1A 4H3JA 5P8IA 4QJ6A 2PSGA 5OZPA 5P12A 4I11A 5OYUA 2B60A 5P2OA 2PC0A 1SBGA 3OHHA 5JFPA 2R3TA 3OTSA 1XS7D 1LF3A 5P3EA 5P7NA 1ENTE 3IXKA 3JVWA 1WBKA 5OZYA 1DP5A 2ZHRA 4CPWA 4EP3A 3HBOA 5P46A 5P49A 5AH7A 4LXKA 4OBJA 1PSNA 2QI0A 2AZBA 4PYVA 4Y37A 5F00A 2VNMA 5OYYA 1EPNE 3TH9A 1RL8A 5OZMA 5P3GA 2B7FA 3PI5A 3PWMA 4ZE6A 2G21A 2WECA 3M9FA 5P14A 5P2CA 5P6CA 4EXHA 3OUAA 4HVPA 5COKA 5P2MA 2O4LA 5P2ZA 5P3UA 2FNTA 3BUGA 4ZLSA 1LYBB 3JW2A 1SIVA 4APEA 3IGBA 4Y45A 3LPKA 5P2LA 4ZSRA 5J25A 4LP9A 5P8BA 2HB3A 5P1AA 1EBKC 5P7ZA 2G26A 3L38A 1MRWA 3OQAA 2O4PA 3RTMA 3EC0A 2NNKA 3KF0A 4EJLA 5P31A 5P2IA 5P4XA 5P3AA 4PEPA 1PPME 3CKPA 4EYRA 2Q15A 3CMSA 5OZXA 3KFSA 3KFRA 3SQFA 4MC1A 3PBZA 3EKQA 5P7PA 3UDNA 5DQ5A 1PFZA 1K2CA 2XFKA 4GJ5A 5P42A 3S45A 5P07A 3HVPA 4GJAA 3BXRA 3L5DA 1FLHA 2NMYA 4RRNA 4Q5MA 1MERA 3CICA 5P89A 4QJ2A 2G1OA 5OZVA 1AVFA 4B05A 3TOFA 5P8AA 3H5BA 4NKKA 2ASIA 5DQ1A 1YT9A 4B72A 2AVVA 5P0BA 3R0YA 4OC6A 1BILA 5P4SA 4FSLA 3UDRA 4FE6A 4HLAA 3A2OA 4NJUA 3K5FA 1EPLE 5P8HA 1W6HA 5P4CA 5P7SA 3INHA 4FAFA 5P6FA 2XYEA 3OADA 5P78A 1KJGA 2QD7A 5P23A 2PSUA 1HRNA 3NDUA 4K9HA 5SXNA 5OYSA 4I0EA 5P86A 4AZYA 4EWOA 2Q64A 1HPVA 3UDPA 1HHPA 5P1KA 2ZJJA 3ST5A 5P51A 3ZKNA 3GGAA 3LITA 5AGZA 4Y3XA 1W51A 5P1MA 5P5DA 4I0GA 1EPRE 5DR3A 4J0TA 5P7JA 1MUIA 1APTE 1QBUA 3PSUA 5P38A 3PI0A 4Y43A 4R5NA 2NXMA 1FB7A 2QNPA 3HD8A 4X2LA 5P1RA 3S43B 3ZKXA 5BWYA 3VEUA 4DJXA 5P1EA 5P0YA 1XL2A 4J0YA 4TRWA 2IKUA 3LIYA 5P2UA 5P4ZA 5P30A 1W5VA 4PHVA 1D4JA 1D4LA 2WHHA 4RCEA 4Y3PA 5P3DA 4FCOA 1BXOA 1U8GA 5P1HA 5P7BA 2G20A 1HVKA 4Y4XA 5P4EA 1FGCC 3O9DA 3ZKMA 2F3EA 5P1QA 5AHBA 2G1SA 1K1TA 5P5OA 1YX9A 4YOBA 3IXOA 4M8XA 1W5WA 4I8ZA 4Y36A 5P57A 1EBYA 1ODYA 4ER4E 4X7IA 2HIZA 5P5UA 1EPQE 3CYWA 3CKTA 5P7XA 3OXCA 4Y3JA 3UFNA 2QZWA 3K5CA 5HU0A 5P05A 5P09A 2AODA 7UPJA 5P0CA 3F9QA 3QN8A 5AHCA 3Q6YA 4RYGA 3K5GA 4RRSA 4DJQA 5OZ0A 4RVIA 2Q54A 2F81A 2VA5A 4YBIA 5P58A 4Y4DA 1TSUA 5P60A 3NLSA 1QBTA 3ZKIA 3QRVA 4ZIPA 3BUFA 3BRAA 1SIPA 5P7FA 1XE6A 2OHMA 3APPA 5P70A 4FLGA 3HAUA 5DR7A 5P4HA 3VSXA 2V12C 4J1HA 4JPEA 5P2RA 2IQGA 5P4FA 1NPWA 2QP8A 1FQ7A 2ER0E 3O9LA 5P32A 4DJYA 5P2JA 5P2QA 4OD9A 3FIVA 3NU6A 5OZNA 5T4SA 2ZJHA 3EL0A 5P34A 4EHCA 2WJOA 3EKVA 1MSMA 3C9XA 1BWAA 2WF4A 1IVPA 1META 1BWBA 5P13A 5P3HA 3VF5A 4FGXA 3K1WA 4H3FA 2QI7A 2RKFA 5KOSA 3D1XA 2FXDA 5ISJA 2VIEA 4DI2A 2IL2A 3U71A 2OHPA 3VLAA 4DPFA 3OU1B 1LYAB 3NYGA 1B6JA 2QI1A 3O9BA 5OZHA 1AZ5A 4BELA 2QMFA 2OHSA 3SACA 3DV1A 5P8FA 4I0IA 3PVKA 4L1AB 1YTGA 4Y3SA 3UTLA 5EZZA 2QD6A 3KT5A 5DGUA 1NH0A 5P02A 5P2HA 3OXXA 1OEWA 3VUCA 4FM8A 1D4YA 2MIPA 2OHLA 4Y4ZA 5OZUA 5KR1A 2BPYA 2ZJLA 3VFAA 1BVEA 1FKNA 1IVQA 1OEXA 3KFPA 3Q70A 1WKRA 3L5FA 1EC0A 3HVGA 4FRJA 1EBWA 2J9KA 2WEZA 3PMUA 5JG1A 5P5HA 1UH8A 1UH7A 2ZJIA 4BFDA 5OZIA 4FIVA 5P8NA 5KQYA 3WZ7A 1KJ7A 2G94A 2AOGA 5P4PA 3PLDA 5P5CA 3UF3A 5P25A 1MEUA 5OYVA 2APRA 3PEPA 1F7AA 5P50A 3PGIA 2FS4A 3EKWA 4ZEAA 4H1EA 2V00A 5P3KA 2VA7A 4RYCA 5E5KA 2B8LA 1MT9A 5P5MA 5P4LA 4B1CA 1W6IA 4J1FA 5P6UA 5I3WA 3VG1A 4D8CA 4K4QA 3OU4A 4Y5CA 3UHLA 5P11A 4GJBA 3PHVA 2AOEA 6UPJA 3GI0A 1GNMA 2FDDA 3R4BA 3T7PA 1ODWA 2QU3A 5P1BA 2VJ6A 2CENA 2V16C 3EM4A 2WKZA 3I6OA 5P41A 1XDHA 1AAQA 4Y4TA 3OGQA 3NU9A 5B18A 3O9IA 3FX5A 5SZ9A 3VYDA 5C9DA 3IN3A 1BDLA 2AZCA 2QI4A 5P48A 1SGZA 1HIIA 5P54A 3WB5A 4D89A 3KDBA 5P3CA 5COOA 3OQ7A 1HTGA 4Q1WA 3UQPA 4F76A 1E81E 4DJOA 3NXNA 1YTHA 5P7TA 4Y3HA 4LHHA 3U6AA 1NSOA 1YTIA 4NJTA 2FDEA 3FNSA 2R5QA 3ZPUA 4BEKA 5P0LA 5P68A 3VF3A 3R2FA 5P0DA 5BS4A 2V13A 4Y54A 2G1NA 2WL0A 5P4RA 5OZ2A 3QRSA 3IA9A 1BAIA 1XE5A 3TKGA 1MVPA 3VV6A 2P3BA 3NWQA 3INFA 1LF4A 3KA2A 1ZLFA 4FS4A 5P76A 5OZKA 2G1RA 1D4SA 4B0QA 2VJ9A 1HVSA 4DQBA 3FKTA 4GJ7A 1HOSA 4CPXA 4J1KA 3LIQA 2PWRA 3BXSA 4GIDA 5P74A 5P4QA 3SA9A 2XFIA 1HIVA 4GJCA 4DVFA 5P72A 4OBZB 3SFCA 3VYEA 4Y41A 5P3QA 5P7DA 2FGUA 1ZTZA 4MC2A 4KB9A 3KYRA 3EKXA 5OZDA 1GNOA 5COPA 3Q3TA 3GW5A 4FRKA 2ZJMA 4DQHA 5P7LA 2UY0A 1MRXA 3OQFA 5P5RA 4AUCA 1LEEA 3QBHA 2P83A 3L5CA 5P16A 3IAWA 5AH9A 5P61A 1G2KA 1MT7A 3SPKA 3ZL7A 1G35A 1PSAA 3MXEA 5P5GA 1BXQA 3RTHA 2JJJA 3EKYA 4DUSA 5P0OA 4PZXA 3O9EA 2R8NA 2PK5A 4J1CA 5C9BA 2OAHA 2H6TA 3VSWA 3OUDB 3I2LA 5P3TA 3RSXA 5ER1E 3PBDA 5P6XA 5OZ4A 5IVRA 3CYXA 4ZSMA 1LYBA 4ZSPA 5F01A 4XX4A 5P6AA 1HIHA 3I7EA 4GZFA 3S8IA 3TPRA 2AVSA 4Y35A 4NJVA 5KQXA 3SO9A 1J71A 2ZE1A 2ANLA 2NMZA 4RGHA 3PWWA 1GVXA 3EKTA 3NUJA 2ZDZA 5P6HA 5P24A 4L7GA 3QRMA 2QHZA 1FQ8A 5P3ZA 4L6BA 1D4HA 2UXZA 3EBZA 1RV7A 2AIDA 1Q9PA 2IRZA 5P2KA 3AIDA 5OZ7A 5ISKA 5KAOA 4F75A 4DJRA 3PWRA 4I0ZA 1IZEA 2JXRA 5P3FA 2QI6A 3OOZA 1A30A 1QRPE 3OOTA 3EL5A 4J55A 5P4DA 5P8KA 5OZTA 7HVPA 1D4IA 5ENMA 5P6PA 3G70A 5P83A 2I4UA 2AOFA 3VV7A 4GMIA 1IDAA 2F3FA 5P8OA 1T7IA 3UCBA 5P3NA 1SMEA 3OQDA 2QNNA 3IN4A 4I0DA 1HPXA 1BVGA 5P65A 2R38A 1MT8A 2Q63A 4UPJA 4HZTA 3DCKA 3NDWA 3S7MA 5OYRA 5OZRA 4LBTA 5P7MA 5P7HA 3MSLA 5P03A 5P80A 5P0KA 1TSQA 1FQ5A 5HCOA 5P1CA 4B1EA 4TRZA 2XFJA 3I25A 1IBQA 5HE4A 5P4VA 5P67A 1T6GA 5P63A 4U7QA 4RVXA 2RMPA 2RSPA 3VCMA 1FFIC 3K5DA 3VF7A 5KQFA 1HVLA 3GGUA 3K4VA 4FSEA 3URLA 4KUPA 4DQEA 2ZHSA 2I4WA 2OHQA 3WZ8A 2HC0A 3S43A 5P0QA 5P1YA 2BQVA 1QS8A 2OF0A 4Y3GA 4OBFA 5P44A 2VIJA 3NDTA 1HTEA 5P2DA 4YDGA 1AJVA 5ENKA 1B5FB 3BGCA 5P40A 5OZBA 1B6MA 2QHCA 5FIVA 3OQKA 5P6YA 2IGXA 4F73A 1M4HA 5P0JA 2IEOA 5P4NA 3UQUA 5P5BA 2PMAA 3QP0A 5P0EA 5PEPA 4A6BA 3L5BA 1K6TA 4Y39A 2QAKA 5P1GA 3FNUA 1Z1RA 3N3IA 4FL8A 3SA5A 3RU1A 4J54A 3ZLQA 3N4LA 5P1NA 4RVJA 4D88A 4HEGA 5P1SA 2VJ7A 2QCIA 2HM1A 5P7YA 3SM1A 5P66A 3HAWA 5P22A 4HE9A 3O9HA 5P26A 5P5VA 1B6LA 4LAPA 3UQWA 3NDXA 1EC2A 3SKFA 3KDDA 4OBGA 3LINA 5P3JA 4CPUA 3EL4A 1TZSA 3KMYA 1TCXA 2F80A 1KJ4A 3K4VC 4QJ9A 3CKRA 4DJPA 1IZHA 2WEDA 5P2TA 1ZPKA 3MSJA 4ZPGA 5DGWA 1AIDA 4Y4BA 2IENA 4Y4UA 3T7QA 5OZWA 5P0UA 4EJKA 1T3RA 5P1PA 5P1ZA 2B7ZA 3WSJA 5OZAA 1HVHA 3U7SA 2PH6A 3OGPA 5I3VA 2I4DA 3EXOA 1BDQA 1HVJA 1HTFA 2V11C 4U7VA 5P6DA 3BC4A 2HPFA 4Y3RA 3EMYA 4DQGA 5P8SA 1GVWA 5P73A 1DAZC 3QROA 1C6YA 2P3CA 3LHGA 3PB5A 1HPOA 3KFNA 1JLDA 5OZZA 1MESA 1ZSFA 3KN0A 1FMBA 5P04A 3UDKA 4YD7A 2ER7E 3QI1A 5P8RA 2AOJA 1AM5A 4R91A 5P1DA 1RQ9A 5P1JA 2O4SA 4Y47A 5P3RA 3TPJA 4RZ1A 5OZJA 1NPVA 5P27A 3ZKSA 3PMYA 1C70A 5P7KA 2AVQA 5P8JA 3ZOVA 4Y5PA 2VS2A 3OU1A 1LYAA 4Y4WA 4YCTA 2R3WA 3RSVA 2QI3A 2Q3KA 1LF2A 2PK6A 3PSGA 4Y3WA 2CEMA 3TKWA 5P3PA 4L1AA 1EEDP 3UFLA 5P4TA 2PWCA 2O40A 1KZKA 5P47A 2WF0A 2Q11A 2QZLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1W5X A;  2AZ8 A;  5P8P A;  4Y6M A;  5HCT A;  1BDR A;  5DR8 A;  3KM4 A;  5OZ9 A;  5P6G A;  4Y5K A;  3LZV A;  5P3I A;  4TVH A;  5KR8 A;  5P5Z A;  4YCY A;  5P8E A;  1M0B A;  5OYQ A;  1FQ4 A;  4IVS A;  4Y5N A;  5P0V A;  2OHK A;  1APU E;  3L58 A;  2IS0 A;  2J9J A;  3OU4 B;  5HU1 A;  5P3X A;  3S56 A;  1RPI A;  6FIV A;  3EM6 A;  5P2F A;  4Y51 A;  1T6E X;  2NR6 A;  3TPL A;  1B6P A;  4F74 A;  4L7J A;  5P2S A;  2SAM A;  5P3S A;  3T11 A;  1T7J A;  2PH8 A;  3LZU A;  4ACU A;  2AVM A;  3NWX A;  1K6P A;  1FMU A;  3SA6 A;  5KR0 A;  3ZKQ A;  4L7H A;  4WY1 A;  3LZY A;  3OU3 A;  4I10 A;  5P62 A;  5EZX A;  5KR2 A;  4M8Y A;  4EJ8 A;  4QJA A;  4B1D A;  4HA5 A;  2AZ9 A;  1G0V A;  3LIZ A;  1EAG A;  1ODX A;  5DR4 A;  4XX3 A;  3OWN A;  4B77 A;  2WEA A;  5P0H A;  5P3Y A;  4H3G A;  2G27 A;  3HDK A;  3DK1 A;  3NU3 A;  5OZF A;  4GB2 A;  4MC9 A;  2HAH A;  4Y3M A;  3S7L A;  3OAG A;  4B00 A;  3LPI A;  2FIV A;  5P0F A;  1HSI A;  2BPZ A;  2IKO A;  4YDF A;  1K2B A;  3ER5 E;  5AH6 A;  2P3B B;  2PYN A;  3RTN A;  3ZPS A;  1LYW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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