5HCOA

Endothiapepsin in complex with hydrazide
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 86
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-01-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5hcoA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5hcoA01
1HVLA 2FNSA 4ACXA 9HVPA 1QBUA 5IVTA 1YTHA 4EHCA 3NUOA 4AMTA 1W50A 2J9KA 5P15A 1DIFA 5P4DA 1EC0A 1PPKE 3LZYA 4KE1A 5P5GA 1LYBA 1MTRA 5P10A 2V11C 4Y5AA 3VF5A 2WJOA 4J0VA 2QMPA 2P4JA 4YCYA 5P5MA 4RRSA 1KZKA 1PROA 1MRXA 3OTSA 4Q1XA 4NJTA 1B6MA 2O4PA 4J1KA 3URIA 2VKMA 1LYAB 5P0PA 1LYWB 3LPKA 2VJ9A 4MC1A 5UPJA 3I2LA 4Y3XA 1N49A 5P4SA 1D4JA 2OHLA 3KA2A 1XL2A 5P0QA 1KJFA 2P3DA 5P6KA 3S43B 4GJDA 4PYVA 3SA5A 5JFPA 1UH8A 4APEA 3KDCA 4Z50A 5P6RA 3SKGA 5OYZA 2RENA 1E81E 1LF3A 4Y3HA 5DR4A 4A6CA 4J1IA 2HS2A 2I4XA 2F3KA 5HDUA 4Y4XA 5KQYA 4GJBA 4J17A 5P4ZA 5P2LA 2WEDA 4CPTA 1T6GA 4DQEA 4QGIA 1FQ5A 3KMXA 1K2CA 1C6XA 5P0CA 1FMUA 5P5WA 1M43A 4DQBA 5C9FA 5P52A 4ZPGA 8HVPA 1BVGA 5P4FA 4EXHA 5P5AA 1C70A 5I3YA 5P8TA 4L7JA 2VS2A 4Y9WA 4RYCA 3QRSA 5OZEA 3PMYA 5HCOA 2Q64A 2PWRA 4FAFA 4OC6A 5P4IA 4GJ6A 5P68A 4JPEA 3OADA 3RTMA 3QVCA 4Y3QA 2IGXA 4Y35A 3L5BA 3UTLA 5IVRA 3MSJA 3U6AA 3SA6A 4J54A 2G1RA 2R8NA 2QHCA 4I11A 1XN3A 2QAKA 2WEBA 3APPA 5P24A 3RSXA 5P7MA 4OD9B 1NSOA 2P83A 4A4QA 3RU1A 4ER1E 5P77A 5OZJA 2OAHA 3UDYA 4YD6A 4RGHA 4Y39A 3EKYA 2WHHA 2F3FA 2QD6A 1CZIE 1AJXA 2I4QA 4ZLSA 3AIDA 5CONA 3LZVA 4FM7A 2ZJHA 5P7QA 2H6SA 5P8KA 2AIDA 3OU1A 1BVEA 5P2QA 3L58A 5P79A 3GW5A 3VF7A 5P5ZA 1MSNA 4DJXA 1B6PA 2I4WA 1EAGA 1GNOA 2FDEA 2QMDA 4L1AB 4R91A 4Y6MA 4K4QA 3O9AA 4EXGA 1B6LA 3DOXA 4DJYA 1YM2A 3D91A 3QPJA 4WY6A 2OHUA 1T7IA 5OZMA 4I8WA 5P83A 4Y4UA 4S1GA 2P8HA 3PSUA 5KR2A 2P3CA 1GVTA 3DK1A 4TVHA 5P19A 2FDPA 5P4XA 2B8LA 1G0VA 1IZEA 3S85A 3OUAA 4CPWA 1K6PA 5P3IA 2AVMA 3JVWA 5P5FA 2G1NA 4J1CA 3URLA 3CMSA 1EPOE 3HAUA 5OZFA 3OXVA 5P2RA 2NXDA 5P5PA 3TOHA 5OYUA 2NPHA 3F9QA 1ZSRA 3G6ZA 5P1FA 3IN3A 1IZIA 5OZYA 3IXOA 5E5KA 4FGXA 5OYWA 2XYEA 1PSOE 3CIBA 5P14A 3K5DA 3HLOA 4D83A 3TPPA 1EPLE 5P6SA 1FG6C 2CEJA 5OZKA 3SM1A 5AHAA 2V00A 1OEXA 1U8GA 2ER7E 4TRZA 3LNKA 1A30A 3QVIA 2FS4A 4YBFA 4KB9A 5P43A 2I4DA 5P2WA 4OBZA 5P8QA 4CKUA 5JG1A 4I1CA 4D85A 3VEUA 5P3DA 2H6TA 3MSLA 2AOFA 3OWNA 3BUFA 5P7VA 4Y36A 2Q55A 1RNEA 5AH9A 4J0TA 3ZKIA 5P1LA 1APVE 2BQVA 1Q9PA 2IDWA 2G1YA 1XS7D 5OZVA 5OZSA 1E5OE 3LINA 5P1SA 1BDQA 1TCXA 4OBDA 3SLZA 1DPJA 3L59A 2VJ6A 4FS4A 2JJIA 3PEPA 1FEJC 1FFFC 2BPWA 2Q5KA 5P5IA 5P26A 3T6IA 1HBVA 3SACA 2PK6A 1EPRE 3T7QA 1KJGA 1EPME 4RZ1A 3UHLA 5P7DA 5KQZA 4AZYA 2FNTA 2HB3A 5P4RA 5P2YA 5P6OA 2G26A 4HA5A 5KQXA 4DJQA 4CPXA 4Y3MA 1HPOA 1VIJA 3OOZA 5P1UA 4F74A 5P8NA 2PWCA 1D4YA 4I12A 3EKTA 4I0IA 5P5VA 1K6VA 1UPJA 1GNNA 5P4OA 4XX4A 5P1TA 5P73A 4FRSA 5P69A 3UF3A 3KDDA 3PRSA 3U7SA 2NR6A 2RKGA 3OUDB 4BFBA 5DR1A 5P6NA 1B6JA 2V16C 4DQFA 5AHBA 5EZZA 5COPA 5P00A 2OHSA 5P18A 2VNMA 2I4VA 3MSKA 5P6YA 3BGCA 4EJLA 3KF0A 5P5RA 1Z1RA 3VFAA 1EPQE 1IZHA 2V10C 3OU4B 5OZCA 3WB4A 4Y4EA 3FKTA 3L38A 1FQ7A 2Q63A 4FIVA 3DJKA 3UCBA 3LZSA 2FGVA 5FIVA 3ST5A 1EBYA 5OZGA 3I6OA 4B70A 3BVAA 4ZPEA 5P4GA 1ZSFA 2PC0A 5BRYA 3VYDA 1SDTA 5P5KA 1TSUA 5P0HA 4Y4DA 5DR3A 4YD3A 5P1BA 5P0UA 4ZIPA 4Y4ZA 5P30A 5P37A 2I0AA 5P65A 5P7SA 3IXJA 4Z22A 4Q1WA 4FM6A 2QI6A 5I3XA 3RSVA 1SP5A 3INHA 1EEDP 5AH8A 3GI6A 5COOA 3KT5A 1MERA 5P3BA 1WBMA 3NU9A 2IL2A 5SZ9A 1BXQA 5P1HA 4X7IA 1B5FB 1FMBA 1MSMA 5P2ZA 5P6ZA 4DQHA 5T4SA 5ER2E 1ODXA 5IVSA 1TW7A 5P7NA 5DQ2A 5P23A 3U71A 3QN8A 4Y54A 2HIZA 1BDRA 2QZXA 2ZGAA 1OEWA 3LIXA 3TPRA 4Y3PA 5P51A 2WF1A 3HZCA 4LC7A 5P6BA 5P4NA 5I70A 4LHHA 5P29A 3BUGA 4QJ8A 3DV5A 4HE9A 1HTEA 4YD7A 1LYWA 3L5CA 5OZ9A 3S7LA 1K1TA 2QI5A 1W5WA 5P48A 2Q3KA 4Y5NA 1MUIA 4CPUA 5P2GA 4J0YA 3PSGA 5P0LA 1BWBA 4M8YA 5P1JA 3S43A 5P1NA 3QBFA 4Y5BA 2ZE1A 1EC3A 3EL4A 2VA5A 1SBGA 4R92A 2A4FA 2IKUA 3ZKSA 3S54A 3O9EA 1IDAA 5COKA 4CP7A 5ISKA 5P84A 1EC1A 1PFZA 5P8SA 1HVJA 2IQGA 3VYEA 4GYEA 4GZFA 5IS4A 4FAEA 4L7HA 4B05A 3SAAA 4Y38A 3OHHA 3K4VA 2P3AA 2WF0A 2FIVA 1FQ6A 4TRYA 3O9LA 3IN4A 3VV8A 5P3ZA 3PWRA 1NPVA 2OF0A 1RPIA 4ZSPA 5P1PA 3HW1A 1SMEA 4B77A 4YE3A 5P5UA 5P4PA 4Q1YA 5P3EA 4D89A 5P3AA 2IGYA 5P63A 2QMFA 3OXXA 5P3JA 4I0JA 4OBHA 5OZHA 3ER3E 2ZDZA 3NDTA 5AH7A 5B18A 3TLHA 1BAIA 3LZUA 1G6LA 1AXAA 2O4KA 1DP5A 2G22A 1ER8E 4J0PA 3OQKA 3TKWA 1RL8A 2AQUA 4RVJA 2AZBA 4OD9A 3URJA 2WEZA 3FV3A 4OBFA 5P0XA 5P1GA 5OYXA 4QJ7A 4DVFA 5IE1A 3OU3A 4J1FA 1FFIC 4NJUA 2WL0A 3NWXA 2B42A 5KR1A 4FSLA 5P2TA 3RVIA 2VA7A 3S7MA 2WF4A 4N00A 1XE6A 5AH6A 4DPFA 4A6BA 1GVXA 1MIQA 5HDVA 3OY4A 5OYYA 5P5YA 1APUE 4APRE 4ER2E 4YD4A 5P2VA 5P31A 4NJSA 5P1OA 1ZAPA 5P0FA 3I8WA 4FE6A 5P8HA 5P4AA 4D88A 4Y4JA 4U7QA 1GVUA 3EL0A 4L1AA 3T7PA 3UFNA 3PCWA 5OZLA 5OZ7A 4CPQA 1DAZC 5P6CA 5P3OA 5P66A 4LAPA 4RVIA 1J71A 1YM4A 4WY1A 4YCKA 2IRZA 1SMRA 5HE7A 5P3LA 5OYTA 1FMXA 1HVHA 2VIZA 3EL5A 5OZ1A 5P27A 2PSGA 3R2FA 3OAGA 5P0MA 3R1GB 1ME6A 1W5XA 5P55A 4PPHA 3G70A 4I10A 5TOLA 2I0DA 4EP2A 4I0HA 3ZPUA 1G35A 3IXKA 1HIHA 1WKRA 4ACUA 1PSNA 5P64A 3S8IA 1IVPA 3PLLA 4E43A 3IGBA 2OHPA 3K4VC 5P17A 1BBSA 2ER0E 3KYRA 5P3KA 3GI4A 4Y56A 1META 3UDRA 3TKGA 4Y45A 3G72A 5P46A 3OXCA 3WZ7A 5P5EA 4JPCA 3T7XA 2VNNA 5P3WA 1EBKC 3FNTA 2BBBA 2APRA 1XE5A 3K5FA 1A8KA 5P1MA 5P6UA 2FMBA 3OGPA 4QJ6A 1GKTA 4FRJA 1PSAA 5P7XA 3SA9A 3TOGA 5ENKA 3L5FA 3HDKA 5P7ZA 4DUSA 4LXMA 4Y50A 3ECGA 5HE4A 5P4EA 5IVQA 5P82A 4PHVA 5P3RA 2G21A 2A1EA 3ZOVA 3Q5HA 4UPJA 3HD8A 2ZHUA 1WBKA 5P2MA 3UDHA 3UDKA 5JODA 2AVSA 4Y5CA 3DV1A 5P7TA 3EKPA 1IDBA 1ODWA 5P38A 3BGBA 1SDUA 3B7VA 2V0ZC 4RYGA 5KOQA 5P6GA 5P42A 1XN2A 3UFLA 1UH7A 3PI5A 5DQ1A 5P1ZA 3GGXA 2G24A 2IS0A 5P04A 5P4KA 5KOSA 3UQRA 4I0GA 4DFGA 1TSQA 4H1EA 3ZKGA 4J1HA 1D4HA 2AZ9A 3Q3TA 1TCWA 2NMYA 3VF3A 1KJHA 5P1QA 4F73A 5P7AA 3TTPA 2G1OA 2BPVA 3VFBA 1HTGA 5P2IA 5KAOA 5P7PA 5P54A 2QCIA 5HDZA 1W51A 5JFUA 5P7JA 3NSHA 4GJ7A 4DJWA 3SQFA 3EXOA 1ZP8A 2AVOA 3Q4BA 3SABA 2P3BB 2WEAA 2Z54A 5P2UA 2QI1A 3SFCA 3QIHA 4QJ9A 3EL1A 4HDBA 5P2EA 5OYSA 5P0VA 4ZSRA 5DR8A 4HVPA 4Y37A 5P2JA 2ZJNA 2QI0A 2QHZA 3OADB 4GMIA 5P0RA 2RSPA 3MXDA 3FIVA 1SIPA 1T7JA 5P3MA 2B8VA 4NPUA 4GJ8A 1HIIA 1BWAA 2ZJMA 5P02A 2HM1A 1CPIA 1TZSA 4FSEA 5P09A 1UH9A 2ANLA 5P5OA 4AUCA 3FNUA 5I3VA 3EM6A 3NDXA 2OHNA 4GJCA 3HVGA 4YOBA 3CYWA 3BRAA 2BJUA 3O9BA 1NH0A 1ZPKA 3OU4A 1QS8A 1K6TA 1HXWA 5P0BA 3B80A 5OZ2A 2HB4A 4CPRA 5P4VA 5P6PA 2IKOA 5P2NA 3EL9A 1LZQA 3TL9A 3M9FA 2PYNA 1W5YA 3WB5A 4Y4AA 5ISJA 4Y3WA 3GI0A 3H5BA 4K9HA 3OU1B 4YBIA 3S45A 2WKZA 4EP3A 2VA6A 4DJPA 3UQPA 2F80A 5P12A 2VIYA 5P7FA 5P7YA 3IVIA 3VV7A 5P05A 4OBGA 1HSGA 5DR0A 1YTGA 2JJJA 4Y3ZA 4B00A 2Z4OA 5P71A 2FGUA 5OZ3A 3CKPA 3R0WA 3PLDA 4I0FA 3Q6YA 5P76A 1E82E 5P0SA 4X2LA 4DJRA 4FRIA 3N3IA 4LP9A 3ZKXA 2QNNA 4QLHA 1G2KA 4FL8A 1B5FA 1HVIA 5P72A 2AZ8A 3BUHA 2PH8A 4Y3RA 5AHCA 2AOHA 5P89A 3UPJA 5P7GA 5P5HA 5P4WA 3D3TA 2PSVA 1QBSA 1LF2A 1A9MA 3PCZA 3WZ8A 3IAWA 5P7KA 4Y4BA 5P2XA 4L7GA 5P34A 5DR7A 3NYGA 4DJOA 5HDXA 2EWYA 3PVKA 5DGWA 3OQAA 4RLDA 2CENA 5P45A 5BWYA 2R3WA 3VG1A 2G1SA 5OZIA 1BXOA 1RV7A 5P3NA 5P4HA 5P40A 4Y5PA 5P2AA 3UQUA 2QD7A 3CKRA 2QU3A 5OYRA 5DGUA 4DV9A 4I8ZA 5P4MA 4Y58A 3QS1A 3OQFA 5P4TA 5P8OA 2XFKA 5P01A 5P06A 2OHTA 1BDLA 5P8BA 7UPJA 3PSYA 4HZTA 3ZKNA 5P8DA 1KJ7A 3INFA 2ZHVA 4R93A 5P8CA 5P0AA 3EC0A 1D4KA 3ER5E 2G94A 1B6KA 3PWMA 4IVSA 3UDPA 3ZPTA 1EBZA 3RTHA 2G69A 3EKXA 3SO9A 1K2BA 3AUPA 3SA3A 2OHMA 2HPEA 1MPPA 4HDPA 3OOTA 2QZWA 4QJAA 2BB9A 1KJ4A 4LXAA 4EJ8A 2HC0A 5P1VA 4J55A 4DJUA 5P4LA 1MEUA 4CPSA 3UDJA 2ZJKA 1HIVA 6APRE 2O4LA 3S53A 4YCTA 2ZHRA 3LHGA 4B0QA 1IVQA 1XL5A 2XYFA 3VYFA 4ZSMA 3C9XA 4DH6A 5P49A 5P16A 2G20A 2QNQA 3QRVA 1VIKA 1HTFA 3KFSA 4TRWA 3OXWA 1FLHA 4Y3EA 1W6HA 3TH9A 2WF3A 2XFIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HVL A;  2FNS A;  4ACX A;  9HVP A;  1QBU A;  5IVT A;  1YTH A;  4EHC A;  3NUO A;  4AMT A;  1W50 A;  2J9K A;  5P15 A;  1DIF A;  5P4D A;  1EC0 A;  1PPK E;  3LZY A;  4KE1 A;  5P5G A;  1LYB A;  1MTR A;  5P10 A;  2V11 C;  4Y5A A;  3VF5 A;  2WJO A;  4J0V A;  2QMP A;  2P4J A;  4YCY A;  5P5M A;  4RRS A;  1KZK A;  1PRO A;  1MRX A;  3OTS A;  4Q1X A;  4NJT A;  1B6M A;  2O4P A;  4J1K A;  3URI A;  2VKM A;  1LYA B;  5P0P A;  1LYW B;  3LPK A;  2VJ9 A;  4MC1 A;  5UPJ A;  3I2L A;  4Y3X A;  1N49 A;  5P4S A;  1D4J A;  2OHL A;  3KA2 A;  1XL2 A;  5P0Q A;  1KJF A;  2P3D A;  5P6K A;  3S43 B;  4GJD A;  4PYV A;  3SA5 A;  5JFP A;  1UH8 A;  4APE A;  3KDC A;  4Z50 A;  5P6R A;  3SKG A;  5OYZ A;  2REN A;  1E81 E;  1LF3 A;  4Y3H A;  5DR4 A;  4A6C A;  4J1I A;  2HS2 A;  2I4X A;  2F3K A;  5HDU A;  4Y4X A;  5KQY A;  4GJB A;  4J17 A;  5P4Z A;  5P2L A;  2WED A;  4CPT A;  1T6G A;  4DQE A;  4QGI A;  1FQ5 A;  3KMX A;  1K2C A;  1C6X A;  5P0C A;  1FMU A;  5P5W A;  1M43 A;  4DQB A;  5C9F A;  5P52 A;  4ZPG A;  8HVP A;  1BVG A;  5P4F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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