5HDUA

Bace-1 incomplex with (7ar)-7a-(4-(3-cyanophenyl)thiophen-2-yl)-6-(5-fluoro-4-methoxypyrimidin-2-yl)-3-methyl-4-oxooctahydro-2h-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-2-iminium
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
390
structure length
387
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-Based Design of an Iminoheterocyclic beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme (BACE) Inhibitor that Lowers Central A beta in Nonhuman Primates.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 103
structure length 387
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5hduA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5hduA02
5P5BA 1G0VA 2CENA 2ZE1A 5TOLA 3QRSA 3U6AA 1HSHA 5P1LA 5P4VA 3SA4A 1B5FB 4Y47A 5OZHA 1K6TA 4OBFA 5P3FA 2H6TA 4J1EA 4L1AA 4OD9B 3PI0A 5P1ZA 1LEEA 2ZJMA 4QJ6A 2VNNA 4GJ6A 1YG9A 1SBGA 3TOGA 3VYEA 5AH9A 1GVTA 4Y4JA 2AOGA 3GI5A 4OBDA 4DJOA 2P8HA 4Y4AA 3ZL7A 4EXHA 4Y37A 5P6WA 3F9QA 4J1CA 2RKFA 4E43A 5P7SA 5P0AA 5P48A 2G69A 4EXGA 3WZ6A 7UPJA 4FL8A 5P80A 3MSLA 4DJPA 5T4SA 3VEUA 2Z54A 4KE0A 5ENMA 3LZVA 4DJYA 4AMTA 4LBTA 3ZPUA 1K2BA 5P28A 3TKGA 3I8WA 4PZXA 3BUFA 1IDBA 3HD8A 4YBIA 1FQ4A 2AOIA 4DJQA 2OHSA 3K1WA 4J0TA 4LHHA 3OU1A 4EYRA 1MSNA 1HIHA 5APRE 3I7EA 4D89A 5P0IA 2B60A 5P6JA 5OZCA 3SM1A 3VYFA 2O4NA 1ODXA 5P75A 3S53A 4Y56A 4Y57A 2BPVA 1LYAA 3U7SA 4FLGA 1LYWA 4B1DA 5P40A 2JXRA 2O4PA 5P4UA 3HLOA 5P7OA 2HPFA 4L6BA 1KJGA 2VIJA 5CONA 3UFLA 3NUJA 2B7ZA 5HVPA 1EEDP 3U71A 1FIVA 1T7KA 4J0YA 5C9BA 2AZ8A 1MPPA 2R43A 4NPUA 4FM8A 5P5CA 5P4KA 1M43A 2B42A 3O9LB 1BAIA 5P2CA 4CPSA 4Y4EA 5P4QA 1SH9A 3NU9A 5P3RA 3EKXA 4XX3A 3OUAA 4Y3YA 1EPLE 5P50A 1ZSFA 2OHNA 5HDVA 5OZ9A 1ME6A 3EKPA 1GNOA 5P5RA 4ZIPA 4ZE6A 4Y48A 4GJ9A 5P0BA 4J1KA 4Z50A 4RZ1A 2BPWA 3LIZA 4MC2A 4OC6A 5P7EA 5P7BA 4J0PA 5P6MA 1MVPA 2IKUA 4Y5KA 5P26A 4L1AB 4DJWA 1GVUA 1HSGA 5DQ4A 2R3WA 2F3FA 4K9HA 3VV8A 5HU1A 1PPLE 4J0VA 5P5WA 5P1AA 3VV7A 1EBZA 2PYMA 3R0YA 1F34A 5P67A 5P81A 2ANLA 2VNMA 1IZHA 3M9FA 3MWSA 1W5WA 5OZJA 5ENKA 4R8YA 4DQCA 2WHHA 5HU0A 5P14A 4RCFA 2P4JA 4H3FA 1SP5A 5P38A 3FNSA 1GNNA 2FNTA 3UDYA 3NLSA 5IVSA 2V0ZC 3LIVA 5DQ1A 5P0MA 4Q1NA 5OZUA 3RVIA 2Q3KA 5P8OA 3UQUA 1LF4A 1T7JA 5P8IA 2QI0A 1AVFA 1D4LA 1APTE 3PSUA 1KJFA 5ISKA 1GNMA 2P3AA 3SLZA 5OZPA 5P6IA 2R5QA 4F76A 5AH6A 3LNKA 5CLMA 3NSHA 1BV7A 5P7JA 4Q1YA 5P60A 3OQDA 1OEWA 5P2GA 2ZJKA 5P6GA 5OZVA 3QI1A 3PJ6A 5P19A 1LYAB 4Y5NA 3OUBA 1LYWB 3ZKQA 1EPPE 3TNEA 4Y51A 1QBSA 2XYFA 1SDUA 4N00A 4PEPA 5P13A 2HB2A 5P64A 3C9XA 2AOCA 3OU4B 5AGZA 5P36A 3L58A 3PSYA 5P1VA 2Q11A 5DGUA 2Q15A 1HXWA 5P83A 3CKRA 1HRNA 3TL9A 3OGQA 3BGCA 1BBSA 1K1TA 2IEOA 1SIPA 3BXSA 4I0ZA 2WF1A 4FAEA 5P8FA 4CPWA 3N3IA 5P8DA 1D4IA 5P6UA 4CKUA 5P65A 5P2QA 5P3KA 2ZYEA 4Y5AA 3BVAA 1ODYA 1EPME 1BWBA 2ZJJA 5P7XA 4XXSA 5OZLA 1FFFC 5IE1A 1QDMA 5P3UA 5P8MA 4YDGA 5I3WA 4Y36A 5P46A 5P6AA 4RYGA 5P3SA 2V13A 2RENA 3LITA 5P1YA 4JPEA 3VLBA 4NJSA 1ZTZA 2BQVA 2PYNA 2PQZA 1LZQA 5KR0A 3PSGA 4CPUA 5OZ3A 3EM6A 2A4FA 3OHFA 1KJ4A 1TSUA 4IVSA 5P7QA 2FDDA 4H1EA 1E5OE 4J54A 5P2YA 2QNQA 4B0QA 5DR7A 1D4KA 1DIFA 5OZOA 4DJUA 4LP9A 5P6HA 4DFGA 1D4HA 4I12A 5OZXA 4YD5A 4YOAA 4JPCA 2ZHVA 4L7HA 4ER2E 5KAOA 4ZEAA 1TSQA 5P2LA 5DR4A 3DOXA 4Y38A 1BDLA 4Y3SA 2O4KA 5P74A 1EC2A 4J1FA 5P2FA 2AVQA 1A30A 4GJBA 4LXAA 5AHBA 5P3GA 3DV5A 1J71A 2CEJA 2ZJNA 1AXAA 5OZ8A 3OQAA 2XFKA 3ER5E 4Y5PA 4FE6A 3UPJA 3UQXA 2FGUA 5P68A 5OZKA 5P0FA 3APRE 2B8VA 4EJ8A 4ZPEA 2F3KA 2QK5A 4FRIA 5P3YA 2AOFA 5AHAA 5P7GA 5P2KA 2G1YA 3UDHA 3SPKA 5P0QA 3TLHA 3PHVA 5P0ZA 1F7AA 3O9GA 5KQFA 3FX5A 4Z4XA 3EM3A 3VCMA 3S45A 5JFUA 3TPLA 5OZTA 5P6LA 5P41A 1HTFA 1MUIA 3VSXA 4Y3DA 4FSEA 2WF4A 1YTIA 2QZXA 1W6HA 5P6YA 5P5IA 3PM4A 3ZKNA 3S8IA 2RKGA 2FXEA 1LYBB 1FG8C 2O4SA 3EXOA 1K2CA 3SACA 1ZLFA 3G70A 5P6NA 5DPZA 5P35A 5OZ1A 5P8CA 2AVSA 1B5FA 2IL2A 3BXRA 5P8LA 2G21A 5P53A 1FMBA 3ST5A 5DR8A 4DQHA 3ER3E 4Y5CA 3CYWA 5P09A 5P5KA 2IDWA 3FV3A 5P54A 1Z1HA 3SFCA 5HE4A 3RTHA 5OZEA 3NU3A 2BKSA 3DCKA 3UDJA 5P4IA 2HS1A 5P0CA 4DQBA 2F80A 1W6IA 2OHKA 5EZZA 1EPNE 3S7MA 2B7FA 5HD0A 5IVRA 5P2IA 5P4ZA 2WEAA 3HAUA 4MC6A 4YBFA 1MEUA 5JFPA 5P39A 2AIDA 4I0IA 1GVVA 1FQ7A 5KOQA 3HVGA 4D88A 1E82E 3OK9A 3L5CA 4NJVA 5KR1A 1C6YA 5ER2E 5P0KA 5P8HA 4GJCA 5P82A 3Q70A 5OYYA 3UDMA 3VV6A 1AAQA 5P34A 5OZMA 1Z8CA 6APRE 4Y41A 3OOTA 5P10A 3VF5A 1YT9A 3GGUA 3K5CA 4ZPFA 5P18A 5P3LA 3OY4A 5P3BA 5JG1A 5OZBA 5P4GA 1B6JA 1ZPKA 1IDAA 3PVKA 1QBUA 4L7GA 4D83A 4LAPA 3WSJA 2AOEA 2VS2A 4XX4A 4ZSPA 2FXDA 5OZYA 5EZXA 1HTEA 4Y3JA 3MSKA 5P87A 5P5ZA 3Q4BA 2G1OA 2WECA 4K4PA 5P1CA 5P44A 5P8TA 4Z22A 2QD7A 3NDUA 1MRXA 3GI0A 3O9LA 2XFIA 2VIZA 2FS4A 5OYZA 4FAFA 2QI3A 3LINA 4Y4GA 5P1TA 2G22A 5P6EA 3CKTA 5P8GA 1ODWA 5P7FA 3ZKGA 1APWE 5P4PA 4Z2ZA 3WZ7A 5HCTA 4D8CA 5P0EA 1EC3A 1EPOE 5P69A 4I0FA 2ZHSA 3LZSA 4Y3XA 5P8JA 4HLAA 5P4EA 5P0VA 5P17A 4DUSA 5P1QA 5P3IA 5OZ4A 1LS5A 3QN8A 2PMAA 3KN0A 4Q5MA 4WY1A 4M8XA 5P61A 3O9BA 5P16A 1FKNA 2A1EA 3WB4A 3O99A 1C6ZA 2HB4A 5COPA 3NU4A 4PYVA 4DQFA 1MTBA 2QHCA 4L7JA 3TPJA 5P7KA 3LPJA 4PZWA 5P4TA 4LXMA 5P15A 2B8LA 5P08A 1XL2A 4OBKA 4FCOA 3IAWA 1NPWA 4NJUA 5P3ZA 2Q55A 4EQJA 2IENA 4DVFA 4R91A 5P78A 2OHQA 3URLA 5P2SA 1FLHA 3DV1A 2P83A 5ISJA 1HOSA 3EKWA 1HTRB 5P5VA 4APRE 5P5PA 3CYXA 4A6BA 4Y3MA 3BVBA 2H6SA 2SAMA 5P32A 3SA6A 2HAHA 2OHRA 5SZ9A 4Y4XA 4K4RA 2IQGA 3GI4A 4HA5A 5P0NA 5P86A 2QU3A 3G72A 4FM7A 1SMRA 5P1IA 4Y58A 1MSMA 3EM4A 1FQ5A 4Y50A 2BPXA 3UHLA 1BVGA 3VG1A 5P7VA 4DJVA 2OHPA 2IRZA 5P12A 3S2OA 3CIBA 3OU4A 4Y3ZA 1FEJC 3PCWA 3UQWA 5P1MA 2APRA 5P45A 2R3TA 2QI4A 5P84A 1C70A 5HE7A 4H3GA 2R38A 2ZJHA 5P5GA 3I6OA 5OZ6A 1XDHA 1HPXA 4TVHA 5P31A 5I3XA 1TW7A 5P0WA 5IS4A 3NR6A 5P27A 5P1BA 1AZ5A 5P3CA 5P7MA 3UDKA 5P56A 2QZKA 5P47A 4GJ7A 1ZJ7A 3LIYA 1W5XA 4QJAA 5P4BA 4F75A 4QJ9A 1HVSA 2NPHA 4Y5LA 4RRNA 3EL4A 2RSPA 5P2AA 1HVRA 3B7VA 5P0XA 5P6SA 2WF2A 4FIVA 4FS4A 1HBVA 2WF0A 3OAGA 3NDXA 3TTPA 5OZ7A 1CPIA 2HPEA 2V16C 4R92A 4CPXA 3UDRA 5HDZA 5P5JA 3IGBA 5KQZA 5COOA 2J9KA 5P1JA 2O4LA 4EWOA 2Z4OA 2JJIA 1G2KA 1PFZA 4RRSA 4X7IA 5OZFA 1BILA 3BUGA 5OYQA 1A94A 1PPME 2JYSA 5P5XA 3PBZA 4AA9A 5P58A 1SDTA 3QAAA 1SMEA 5BRYA 2G27A 2G1NA 4I0GA 4ER1E 2ZDZA 4RVIA 1DPJA 3OGPA 5DQCA 1CZIE 4OBGA 2F3EA 3FIVA 1ZSRA 1XE6A 3S43B 2P3CA 1DAZC 5P2VA 2G20A 2QMGA 5P3PA 5P4OA 1A9MA 2VKMA 1OHRA 5P2TA 4I11A 2J9JA 5KR8A 5P5HA 1BDQA 3L5BA 3KM4A 2QMPA 3OQKA 1W50A 3TPRA 2V00A 2JE4A 1MT8A 5P4RA 5P0GA 3RTNA 1W5VA 3R4BA 5P62A 2OF0A 5P0PA 5P5MA 1KZKA 5OZWA 5P2UA 1MESA 1D4SA 2UY0A 5OZRA 1FG6C 5P8NA 3Q6YA 3IA9A 3VSWA 5AHCA 2PC0A 5P42A 5OZIA 2VIEA 3LIQA 3QBHA 5P1HA 4PPHA 4ACUA 5OZZA 3S7LA 4YDFA 5P3WA 3UDNA 2UXZA 5P03A 5P7AA 5P7RA 5HTZA 1HXBA 4IVTA 2QD8A 4Y53A 3TH9A 5P3XA 1UH7A 5P1DA 1EAGA 3SAAA 1TQFA 3URJA 5P5UA 1HEGE 1NPVA 3OUDA 2P3BA 3D3TA 5ER1E 1LYBA 3KF0A 1ZAPA 3SM2A 5P0OA 4RGHA 4LXKA 1CMSA 1HVIA 3IVIA 1AJVA 2ER0E 3OOZA 5AH7A 2I4XA 5OZ5A 5P1SA 5OYUA 4YD6A 5P5AA 1SIVA 3AIDA 4Y54A 5P6FA 4LL3A 3PMYA 3GGAA 3OAGB 2FMBA 1PSOE 4Y3FA 5P7UA 1QBRA 1IZEA 4Y39A 3OXWA 2EWYA 5P85A 4HE9A 4CPRA 4EJLA 4EHCA 4WTUA 3O9IA 3EC0A 2OHUA 1AJXA 2F8GA 5P5NA 3OUCA 1T6EX 5HCOA 3T7QA 4YHQA 3PGIA 3L5DA 3I2LA 5IVQA 4FGXA 2G94A 4APEA 5P4AA 5P7NA 9HVPA 3IN3A 5DQ5A 4GB2A 2ZHRA 5BS4A 3HBOA 3MXDA 1BXOA 4Y4ZA 1MT9A 4UPJA 4ER4E 5P5QA 1AM5A 5P37A 1Z1RA 4B05A 4F73A 4QLHA 4AA8A 4HZTA 5AH8A 2J9JB 5P70A 3Q5HA 3RSVA 4COEA 2HM1A 5P63A 2QD6A 5P20A 1E80E 3Q3TA 4DJRA 4NJTA 3UQRA 3D20A 4Y43A 3T3CA 4Y3WA 2XFJA 1HIVA 3L5FA 4HDBA 5P7DA 5HDXA 2FIVA 3LIXA 1YTGA 1SGUA 5P04A 1T6GA 2WEZA 4TRYA 2PSUA 3VUCA 5P4FA 2AZBA 3PEPA 2P3DA 2ASIA 3BGBA 2NMYA 1ZP8A 4J55A 3I25A 3A2OA 5P2BA 3T11A 5P4CA 2NR6A 2ZJLA 3N4LA 4QJ2A 2VJ7A 5P4MA 1MTRA 2VA7A 2OHLA 5IVTA 3OU3A 5P8BA 2QMDA 2NMZA 1HPVA 5P88A 1LF3A 3TPPA 1MERA 4HDFA 1BDRA 5P3VA 3SA3A 5P2XA 3OUDB 2P3BB 1VIKA 3SA8A 3UTLA 1SGZA 3VFBA 4YCKA 1MIQA 5P7WA 5P43A 4B1EA 2Q63A 2HIZA 3RSXA 3UDPA 2VA6A 3KDCA 3ZKMA 1YM4A 3SA7A 4DH6A 2R8NA 7HVPA 2AVOA 1EC0A 4OBZA 1G6LA 4Y3RA 4Y3QA 5OYTA 4J0ZA 1A8KA 1C6XA 5P1WA 1DW6C 3OXXA 3O9HA 3UCBA 5HDUA 3T7PA 3UDQA 1VIJA 5B18A 3KT2A 5P8SA 1IIQA 1HTGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5B A;  1G0V A;  2CEN A;  2ZE1 A;  5TOL A;  3QRS A;  3U6A A;  1HSH A;  5P1L A;  5P4V A;  3SA4 A;  1B5F B;  4Y47 A;  5OZH A;  1K6T A;  4OBF A;  5P3F A;  2H6T A;  4J1E A;  4L1A A;  4OD9 B;  3PI0 A;  5P1Z A;  1LEE A;  2ZJM A;  4QJ6 A;  2VNN A;  4GJ6 A;  1YG9 A;  1SBG A;  3TOG A;  3VYE A;  5AH9 A;  1GVT A;  4Y4J A;  2AOG A;  3GI5 A;  4OBD A;  4DJO A;  2P8H A;  4Y4A A;  3ZL7 A;  4EXH A;  4Y37 A;  5P6W A;  3F9Q A;  4J1C A;  2RKF A;  4E43 A;  5P7S A;  5P0A A;  5P48 A;  2G69 A;  4EXG A;  3WZ6 A;  7UPJ A;  4FL8 A;  5P80 A;  3MSL A;  4DJP A;  5T4S A;  3VEU A;  2Z54 A;  4KE0 A;  5ENM A;  3LZV A;  4DJY A;  4AMT A;  4LBT A;  3ZPU A;  1K2B A;  5P28 A;  3TKG A;  3I8W A;  4PZX A;  3BUF A;  1IDB A;  3HD8 A;  4YBI A;  1FQ4 A;  2AOI A;  4DJQ A;  2OHS A;  3K1W A;  4J0T A;  4LHH A;  3OU1 A;  4EYR A;  1MSN A;  1HIH A;  5APR E;  3I7E A;  4D89 A;  5P0I A;  2B60 A;  5P6J A;  5OZC A;  3SM1 A;  3VYF A;  2O4N A;  1ODX A;  5P75 A;  3S53 A;  4Y56 A;  4Y57 A;  2BPV A;  1LYA A;  3U7S A;  4FLG A;  1LYW A;  4B1D A;  5P40 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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